ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 10185

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 9, 11, 4, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 2, 4, 3, 12, 3, 3, 9,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, -0.022, 0.682, 1.386, 3.006 max_d=3.006 avg_d=0.682 std_dev=0.704
C4 A 0, -0.056, 0.708, 1.472, 3.358 max_d=3.358 avg_d=0.708 std_dev=0.764
C6 B 0, 0.285, 1.063, 1.840, 2.705 max_d=2.705 avg_d=1.063 std_dev=0.777
N9 A 0, 0.123, 0.957, 1.792, 2.893 max_d=2.893 avg_d=0.957 std_dev=0.834
N3 A 0, 0.023, 0.871, 1.719, 3.698 max_d=3.698 avg_d=0.871 std_dev=0.848
C5 A 0, -0.130, 0.826, 1.782, 3.897 max_d=3.897 avg_d=0.826 std_dev=0.956
C8 A 0, 0.161, 1.125, 2.089, 3.662 max_d=3.662 avg_d=1.125 std_dev=0.964
C1' B 0, 0.195, 1.189, 2.184, 3.827 max_d=3.827 avg_d=1.189 std_dev=0.994
N7 A 0, 0.086, 1.114, 2.142, 4.548 max_d=4.548 avg_d=1.114 std_dev=1.028
C2 B 0, -0.048, 1.007, 2.063, 4.932 max_d=4.932 avg_d=1.007 std_dev=1.056
C2 A 0, -0.128, 0.981, 2.090, 4.846 max_d=4.846 avg_d=0.981 std_dev=1.109
C1' A 0, 0.193, 1.320, 2.447, 3.037 max_d=3.037 avg_d=1.320 std_dev=1.127
C6 A 0, -0.107, 1.121, 2.349, 4.860 max_d=4.860 avg_d=1.121 std_dev=1.228
C5 B 0, 0.170, 1.427, 2.683, 4.107 max_d=4.107 avg_d=1.427 std_dev=1.257
N1 A 0, -0.198, 1.097, 2.392, 5.368 max_d=5.368 avg_d=1.097 std_dev=1.295
N2 A 0, 0.019, 1.382, 2.745, 5.717 max_d=5.717 avg_d=1.382 std_dev=1.363
O2 B 0, 0.131, 1.517, 2.903, 5.663 max_d=5.663 avg_d=1.517 std_dev=1.386
N3 B 0, 0.001, 1.403, 2.805, 6.034 max_d=6.034 avg_d=1.403 std_dev=1.402
C2' B 0, 0.251, 1.698, 3.145, 4.921 max_d=4.921 avg_d=1.698 std_dev=1.447
O4' A 0, 0.423, 1.911, 3.399, 4.178 max_d=4.178 avg_d=1.911 std_dev=1.488
C2' A 0, 0.145, 1.634, 3.124, 4.811 max_d=4.811 avg_d=1.634 std_dev=1.490
O4' B 0, 0.205, 1.728, 3.250, 5.300 max_d=5.300 avg_d=1.728 std_dev=1.522
O6 A 0, 0.066, 1.592, 3.119, 5.894 max_d=5.894 avg_d=1.592 std_dev=1.526
C4 B 0, 0.072, 1.607, 3.142, 5.975 max_d=5.975 avg_d=1.607 std_dev=1.535
O2' A 0, 0.234, 1.937, 3.640, 5.238 max_d=5.238 avg_d=1.937 std_dev=1.703
O2' B 0, 0.308, 2.031, 3.753, 7.027 max_d=7.027 avg_d=2.031 std_dev=1.722
C3' A 0, 0.325, 2.211, 4.097, 6.221 max_d=6.221 avg_d=2.211 std_dev=1.886
C4' A 0, 0.467, 2.395, 4.324, 5.794 max_d=5.794 avg_d=2.395 std_dev=1.928
C4' B 0, 0.364, 2.311, 4.259, 6.388 max_d=6.388 avg_d=2.311 std_dev=1.947
C3' B 0, 0.225, 2.181, 4.137, 6.019 max_d=6.019 avg_d=2.181 std_dev=1.956
O4 B 0, 0.199, 2.280, 4.361, 8.288 max_d=8.288 avg_d=2.280 std_dev=2.081
O5' B 0, 0.481, 2.810, 5.139, 8.046 max_d=8.046 avg_d=2.810 std_dev=2.329
C5' B 0, 0.423, 2.797, 5.171, 7.323 max_d=7.323 avg_d=2.797 std_dev=2.374
O3' A 0, 0.379, 2.808, 5.237, 7.978 max_d=7.978 avg_d=2.808 std_dev=2.429
C5' A 0, 0.424, 2.877, 5.330, 7.550 max_d=7.550 avg_d=2.877 std_dev=2.453
O3' B 0, 0.454, 3.099, 5.743, 7.633 max_d=7.633 avg_d=3.099 std_dev=2.644
O5' A 0, 0.387, 3.253, 6.118, 8.974 max_d=8.974 avg_d=3.253 std_dev=2.866
OP1 B 0, 0.661, 3.596, 6.532, 11.287 max_d=11.287 avg_d=3.596 std_dev=2.936
P B 0, 0.631, 3.699, 6.767, 9.672 max_d=9.672 avg_d=3.699 std_dev=3.068
P A 0, 0.395, 4.187, 7.979, 11.750 max_d=11.750 avg_d=4.187 std_dev=3.792
OP2 B 0, 0.754, 4.655, 8.555, 9.689 max_d=9.689 avg_d=4.655 std_dev=3.900
OP2 A 0, 0.642, 4.799, 8.955, 12.911 max_d=12.911 avg_d=4.799 std_dev=4.156
OP1 A 0, 0.322, 4.524, 8.726, 13.611 max_d=13.611 avg_d=4.524 std_dev=4.202

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.06 0.04 0.02 0.05 0.08 0.06 0.02 0.01 0.02 0.29 0.01 0.45 0.04 0.46 0.46 0.25
C2 0.06 0.00 0.46 0.39 0.02 0.36 0.02 0.70 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.35 0.35 0.42 1.07 0.02 1.41 1.42 1.13
C2' 0.01 0.46 0.00 0.01 0.24 0.02 0.11 0.17 0.21 0.23 0.36 0.56 0.45 0.12 0.02 0.00 0.03 0.02 0.41 0.16 0.51 0.48 0.32
C3' 0.02 0.39 0.01 0.00 0.31 0.01 0.37 0.02 0.41 0.36 0.40 0.43 0.34 0.40 0.24 0.03 0.01 0.02 0.30 0.44 0.52 0.51 0.30
C4 0.03 0.02 0.24 0.31 0.00 0.15 0.01 0.33 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.14 0.18 0.22 0.87 0.03 1.03 1.16 0.83
C4' 0.01 0.36 0.02 0.01 0.15 0.00 0.14 0.01 0.15 0.34 0.24 0.48 0.35 0.28 0.11 0.28 0.03 0.01 0.02 0.17 0.29 0.33 0.21
C5 0.02 0.02 0.11 0.37 0.01 0.14 0.00 0.27 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.24 0.18 0.09 1.01 0.02 1.21 1.52 1.08
C5' 0.06 0.70 0.17 0.02 0.33 0.01 0.27 0.00 0.35 0.46 0.53 0.91 0.65 0.41 0.16 0.12 0.18 0.02 0.01 0.35 0.43 0.39 0.02
C6 0.04 0.01 0.21 0.41 0.02 0.15 0.01 0.35 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.20 0.24 0.17 1.05 0.01 1.35 1.68 1.19
C8 0.02 0.02 0.23 0.36 0.01 0.34 0.01 0.46 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.48 0.21 0.25 1.09 0.04 1.15 1.37 1.09
N1 0.05 0.01 0.36 0.40 0.02 0.24 0.02 0.53 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.22 0.29 0.31 1.06 0.02 1.42 1.59 1.17
N2 0.08 0.01 0.56 0.43 0.02 0.48 0.02 0.91 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.52 0.45 0.51 1.22 0.03 1.68 1.58 1.36
N3 0.06 0.01 0.45 0.34 0.01 0.35 0.01 0.65 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.35 0.33 0.41 0.96 0.03 1.18 1.16 0.93
N7 0.02 0.02 0.12 0.40 0.01 0.28 0.01 0.41 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.45 0.23 0.14 1.15 0.04 1.32 1.69 1.27
N9 0.01 0.03 0.02 0.24 0.01 0.11 0.02 0.16 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.20 0.10 0.01 0.78 0.04 0.83 0.95 0.67
O2' 0.02 0.35 0.00 0.03 0.14 0.28 0.24 0.12 0.20 0.48 0.22 0.52 0.35 0.45 0.20 0.00 0.07 0.21 0.25 0.26 0.43 0.45 0.38
O3' 0.29 0.35 0.03 0.01 0.18 0.03 0.18 0.18 0.24 0.21 0.29 0.45 0.33 0.23 0.10 0.07 0.00 0.20 0.41 0.27 0.86 0.63 0.52
O4' 0.01 0.42 0.02 0.02 0.22 0.01 0.09 0.02 0.17 0.25 0.31 0.51 0.41 0.14 0.01 0.21 0.20 0.00 0.35 0.13 0.35 0.39 0.21
O5' 0.45 1.07 0.41 0.30 0.87 0.02 1.01 0.01 1.05 1.09 1.06 1.22 0.96 1.15 0.78 0.25 0.41 0.35 0.00 1.11 0.02 0.02 0.01
O6 0.04 0.02 0.16 0.44 0.03 0.17 0.02 0.35 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.26 0.27 0.13 1.11 0.00 1.46 1.88 1.33
OP1 0.46 1.41 0.51 0.52 1.03 0.29 1.21 0.43 1.35 1.15 1.42 1.68 1.18 1.32 0.83 0.43 0.86 0.35 0.02 1.46 0.00 0.02 0.02
OP2 0.46 1.42 0.48 0.51 1.16 0.33 1.52 0.39 1.68 1.37 1.59 1.58 1.16 1.69 0.95 0.45 0.63 0.39 0.02 1.88 0.02 0.00 0.01
P 0.25 1.13 0.32 0.30 0.83 0.21 1.08 0.02 1.19 1.09 1.17 1.36 0.93 1.27 0.67 0.38 0.52 0.21 0.01 1.33 0.02 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.57 1.79 2.02 2.20 2.15 1.65 2.15 1.41 1.83 1.66 1.96 1.88 2.00 2.63 2.35 1.32 1.18 0.67 1.08 0.60
C2 1.67 2.42 1.97 1.97 2.90 1.34 2.60 1.19 2.15 2.04 2.78 2.45 2.01 2.49 3.23 1.27 1.05 0.87 0.90 0.59
C2' 1.95 2.11 2.33 2.45 2.28 2.02 2.23 1.72 1.97 1.94 2.19 2.30 2.27 2.77 2.45 1.76 1.49 1.15 1.57 1.24
C3' 1.73 1.87 2.14 2.29 2.07 1.80 2.06 1.41 1.79 1.71 1.96 2.05 2.07 2.70 2.25 1.53 1.12 1.14 1.49 1.04
C4 1.51 2.08 1.89 1.97 2.56 1.33 2.41 1.19 2.02 1.84 2.38 2.07 1.90 2.48 2.80 1.16 1.06 0.78 0.89 0.53
C4' 1.72 1.81 2.15 2.37 2.06 1.78 2.11 1.37 1.88 1.72 1.91 1.92 2.10 2.82 2.21 1.46 1.04 0.98 1.20 0.74
C5 1.49 2.12 1.82 1.83 2.61 1.18 2.47 1.08 2.07 1.89 2.43 2.07 1.85 2.37 2.85 1.12 1.00 0.84 0.80 0.57
C5' 2.02 1.98 2.45 2.69 1.98 2.03 2.05 1.55 1.99 1.94 1.95 2.11 2.40 3.14 2.02 1.75 1.25 1.32 1.45 1.12
C6 1.63 2.39 1.88 1.79 2.87 1.16 2.63 1.05 2.20 2.06 2.73 2.37 1.95 2.33 3.16 1.23 0.97 0.93 0.80 0.65
C8 1.25 1.60 1.72 1.88 2.05 1.24 2.08 1.13 1.78 1.51 1.82 1.57 1.70 2.42 2.21 0.96 1.03 0.69 0.81 0.42
N1 1.68 2.50 1.93 1.87 2.97 1.23 2.67 1.10 2.22 2.11 2.87 2.53 2.00 2.40 3.30 1.27 1.00 0.93 0.84 0.63
N2 1.73 2.50 2.02 2.02 2.97 1.40 2.63 1.22 2.17 2.09 2.88 2.57 2.07 2.54 3.35 1.33 1.07 0.89 0.94 0.62
N3 1.62 2.23 1.98 2.04 2.72 1.43 2.49 1.25 2.07 1.93 2.56 2.27 1.99 2.55 3.01 1.27 1.09 0.81 0.94 0.57
N7 1.32 1.81 1.70 1.76 2.32 1.13 2.29 1.05 1.93 1.68 2.08 1.73 1.71 2.32 2.51 1.01 0.99 0.80 0.75 0.55
N9 1.43 1.81 1.88 2.03 2.24 1.41 2.21 1.25 1.87 1.65 2.03 1.82 1.86 2.52 2.43 1.13 1.09 0.68 0.93 0.49
O2' 2.17 2.36 2.51 2.56 2.56 2.21 2.52 1.99 2.23 2.18 2.46 2.55 2.45 2.78 2.75 2.00 1.81 1.42 1.90 1.65
O3' 1.80 2.08 2.17 2.17 2.45 1.71 2.41 1.40 2.08 1.91 2.27 2.19 2.09 2.49 2.67 1.56 1.19 1.39 1.88 1.40
O4' 1.52 1.64 1.97 2.24 1.99 1.70 2.04 1.49 1.79 1.57 1.78 1.71 1.95 2.71 2.16 1.33 1.25 0.78 1.01 0.62
O5' 2.24 1.97 2.72 2.99 1.63 2.34 1.65 1.81 1.77 1.94 1.78 2.23 2.81 3.60 1.59 1.98 1.64 1.24 1.30 1.11
O6 1.70 2.46 1.88 1.72 2.95 1.13 2.69 1.02 2.26 2.13 2.81 2.46 2.00 2.25 3.27 1.32 0.96 0.98 0.80 0.74
OP1 3.19 2.95 3.82 3.74 2.25 2.91 2.16 2.20 2.45 2.86 2.64 3.27 4.05 4.24 2.06 2.69 1.95 1.68 1.42 1.43
OP2 2.22 1.80 2.73 2.84 1.22 2.24 1.26 1.75 1.46 1.76 1.47 2.17 3.18 3.76 1.14 1.95 1.72 1.40 1.70 1.55
P 2.82 2.41 3.42 3.54 1.67 2.77 1.63 2.06 1.96 2.37 2.05 2.75 3.69 4.33 1.48 2.45 1.87 1.33 1.27 1.28

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.09 0.02 0.01 0.03 0.07 0.02 0.30 0.03 0.01 0.45 0.64 0.44 0.37
C2 0.04 0.00 0.19 0.23 0.02 0.25 0.03 0.47 0.02 0.01 0.01 0.01 0.30 0.29 0.03 0.27 0.69 0.98 0.96 0.80
C2' 0.01 0.19 0.00 0.01 0.06 0.02 0.17 0.21 0.20 0.03 0.13 0.35 0.01 0.03 0.06 0.02 0.50 0.93 0.65 0.60
C3' 0.01 0.23 0.01 0.00 0.36 0.01 0.50 0.03 0.49 0.22 0.26 0.38 0.03 0.01 0.38 0.02 0.33 0.80 0.29 0.41
C4 0.03 0.02 0.06 0.36 0.00 0.14 0.01 0.22 0.02 0.02 0.01 0.04 0.36 0.19 0.01 0.04 0.79 1.14 1.21 1.05
C4' 0.01 0.25 0.02 0.01 0.14 0.00 0.31 0.01 0.35 0.09 0.19 0.51 0.29 0.03 0.15 0.01 0.02 0.31 0.45 0.16
C5 0.02 0.03 0.17 0.50 0.01 0.31 0.00 0.44 0.01 0.02 0.02 0.04 0.42 0.36 0.01 0.19 0.97 1.23 1.27 1.20
C5' 0.09 0.47 0.21 0.03 0.22 0.01 0.44 0.00 0.48 0.13 0.39 0.88 0.10 0.19 0.24 0.02 0.02 0.30 0.37 0.03
C6 0.02 0.02 0.20 0.49 0.02 0.35 0.01 0.48 0.00 0.01 0.02 0.04 0.39 0.33 0.02 0.26 0.95 1.08 1.05 1.05
N1 0.01 0.01 0.03 0.22 0.02 0.09 0.02 0.13 0.01 0.00 0.02 0.03 0.21 0.11 0.02 0.02 0.64 0.83 0.69 0.66
N3 0.03 0.01 0.13 0.26 0.01 0.19 0.02 0.39 0.02 0.02 0.00 0.03 0.33 0.19 0.03 0.19 0.73 1.07 1.13 0.93
O2 0.07 0.01 0.35 0.38 0.04 0.51 0.04 0.88 0.04 0.03 0.03 0.00 0.46 0.55 0.05 0.48 0.91 1.15 1.22 1.01
O2' 0.02 0.30 0.01 0.03 0.36 0.29 0.42 0.10 0.39 0.21 0.33 0.46 0.00 0.06 0.38 0.20 0.24 0.74 0.63 0.47
O3' 0.30 0.29 0.03 0.01 0.19 0.03 0.36 0.19 0.33 0.11 0.19 0.55 0.06 0.00 0.22 0.21 0.59 0.76 0.46 0.62
O4 0.03 0.03 0.06 0.38 0.01 0.15 0.01 0.24 0.02 0.02 0.03 0.05 0.38 0.22 0.00 0.05 0.82 1.22 1.35 1.14
O4' 0.01 0.27 0.02 0.02 0.04 0.01 0.19 0.02 0.26 0.02 0.19 0.48 0.20 0.21 0.05 0.00 0.43 0.48 0.43 0.28
O5' 0.45 0.69 0.50 0.33 0.79 0.02 0.97 0.02 0.95 0.64 0.73 0.91 0.24 0.59 0.82 0.43 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.64 0.98 0.93 0.80 1.14 0.31 1.23 0.30 1.08 0.83 1.07 1.15 0.74 0.76 1.22 0.48 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.44 0.96 0.65 0.29 1.21 0.45 1.27 0.37 1.05 0.69 1.13 1.22 0.63 0.46 1.35 0.43 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.37 0.80 0.60 0.41 1.05 0.16 1.20 0.03 1.05 0.66 0.93 1.01 0.47 0.62 1.14 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00