ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 10187

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 8, 40, 3, 1, 0, 3, 2, 1, 1, 1, 47, 15, 59, 0, 2, 6, 3, 4, 168,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C3' B 0, 0.782, 1.729, 2.675, 5.996 max_d=5.996 avg_d=1.729 std_dev=0.946
C6 B 0, 0.816, 1.784, 2.752, 3.517 max_d=3.517 avg_d=1.784 std_dev=0.968
C4' B 0, 0.527, 1.514, 2.501, 6.459 max_d=6.459 avg_d=1.514 std_dev=0.987
C2' B 0, 0.811, 1.863, 2.915, 5.484 max_d=5.484 avg_d=1.863 std_dev=1.052
O4' A 0, 0.812, 1.910, 3.008, 5.402 max_d=5.402 avg_d=1.910 std_dev=1.098
N9 A 0, 0.402, 1.501, 2.599, 4.742 max_d=4.742 avg_d=1.501 std_dev=1.098
C1' A 0, 0.367, 1.467, 2.567, 4.919 max_d=4.919 avg_d=1.467 std_dev=1.100
C8 A 0, 0.725, 1.842, 2.960, 4.708 max_d=4.708 avg_d=1.842 std_dev=1.118
O4' B 0, 0.743, 1.870, 2.998, 4.592 max_d=4.592 avg_d=1.870 std_dev=1.128
C1' B 0, 0.586, 1.747, 2.908, 4.507 max_d=4.507 avg_d=1.747 std_dev=1.161
C5 B 0, 1.034, 2.217, 3.401, 4.325 max_d=4.325 avg_d=2.217 std_dev=1.183
C2' A 0, 0.793, 2.028, 3.264, 7.150 max_d=7.150 avg_d=2.028 std_dev=1.235
C4 A 0, 0.321, 1.595, 2.868, 4.636 max_d=4.636 avg_d=1.595 std_dev=1.274
N1 B 0, 0.287, 1.570, 2.854, 4.477 max_d=4.477 avg_d=1.570 std_dev=1.284
N7 A 0, 0.827, 2.112, 3.396, 4.738 max_d=4.738 avg_d=2.112 std_dev=1.285
C4' A 0, 1.138, 2.459, 3.780, 7.686 max_d=7.686 avg_d=2.459 std_dev=1.321
C5 A 0, 0.558, 1.906, 3.254, 4.620 max_d=4.620 avg_d=1.906 std_dev=1.348
C5' B 0, 1.264, 2.634, 4.005, 7.422 max_d=7.422 avg_d=2.634 std_dev=1.370
O3' B 0, 1.499, 2.876, 4.253, 8.327 max_d=8.327 avg_d=2.876 std_dev=1.377
N3 A 0, 0.411, 1.803, 3.194, 4.687 max_d=4.687 avg_d=1.803 std_dev=1.392
C3' A 0, 1.029, 2.491, 3.953, 8.368 max_d=8.368 avg_d=2.491 std_dev=1.462
C4 B 0, 0.789, 2.285, 3.781, 5.285 max_d=5.285 avg_d=2.285 std_dev=1.496
O2' B 0, 1.264, 2.778, 4.292, 7.352 max_d=7.352 avg_d=2.778 std_dev=1.514
C6 A 0, 0.678, 2.237, 3.797, 5.554 max_d=5.554 avg_d=2.237 std_dev=1.559
O5' B 0, 1.626, 3.250, 4.875, 6.899 max_d=6.899 avg_d=3.250 std_dev=1.625
C2 A 0, 0.462, 2.092, 3.723, 5.035 max_d=5.035 avg_d=2.092 std_dev=1.631
O2' A 0, 0.669, 2.335, 4.001, 7.916 max_d=7.916 avg_d=2.335 std_dev=1.666
O6 A 0, 1.016, 2.702, 4.388, 7.196 max_d=7.196 avg_d=2.702 std_dev=1.686
C5' A 0, 1.587, 3.279, 4.970, 9.574 max_d=9.574 avg_d=3.279 std_dev=1.692
N1 A 0, 0.519, 2.221, 3.922, 5.421 max_d=5.421 avg_d=2.221 std_dev=1.702
N4 B 0, 1.057, 2.796, 4.536, 6.872 max_d=6.872 avg_d=2.796 std_dev=1.740
O5' A 0, 1.623, 3.382, 5.141, 9.486 max_d=9.486 avg_d=3.382 std_dev=1.759
C2 B 0, 0.683, 2.501, 4.318, 6.670 max_d=6.670 avg_d=2.501 std_dev=1.817
N2 A 0, 0.692, 2.548, 4.404, 6.241 max_d=6.241 avg_d=2.548 std_dev=1.856
N3 B 0, 0.781, 2.657, 4.533, 6.983 max_d=6.983 avg_d=2.657 std_dev=1.876
O3' A 0, 1.049, 3.005, 4.962, 9.407 max_d=9.407 avg_d=3.005 std_dev=1.956
OP2 B 0, 1.824, 3.886, 5.947, 7.964 max_d=7.964 avg_d=3.886 std_dev=2.061
P B 0, 1.831, 3.990, 6.149, 7.981 max_d=7.981 avg_d=3.990 std_dev=2.159
P A 0, 1.832, 4.154, 6.477, 11.822 max_d=11.822 avg_d=4.154 std_dev=2.323
O2 B 0, 1.198, 3.534, 5.870, 8.413 max_d=8.413 avg_d=3.534 std_dev=2.336
OP2 A 0, 1.447, 3.890, 6.333, 13.329 max_d=13.329 avg_d=3.890 std_dev=2.443
OP1 A 0, 2.040, 4.812, 7.584, 11.680 max_d=11.680 avg_d=4.812 std_dev=2.772
OP1 B 0, 2.308, 5.324, 8.340, 9.517 max_d=9.517 avg_d=5.324 std_dev=3.016

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.09 0.03 0.02 0.04 0.06 0.04 0.01 0.01 0.02 0.39 0.01 0.38 0.03 0.41 0.57 0.33
C2 0.04 0.00 0.45 0.38 0.01 0.38 0.01 0.63 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.46 0.40 0.50 0.71 0.02 1.23 0.96 0.86
C2' 0.01 0.45 0.00 0.01 0.24 0.02 0.14 0.24 0.23 0.20 0.36 0.53 0.43 0.10 0.04 0.00 0.05 0.02 0.37 0.18 0.44 0.46 0.31
C3' 0.02 0.38 0.01 0.00 0.34 0.01 0.45 0.03 0.48 0.43 0.43 0.38 0.33 0.49 0.29 0.02 0.01 0.02 0.31 0.52 0.49 0.37 0.26
C4 0.03 0.01 0.24 0.34 0.00 0.18 0.01 0.33 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.26 0.23 0.26 0.63 0.02 0.82 0.96 0.68
C4' 0.01 0.38 0.02 0.01 0.18 0.00 0.17 0.01 0.19 0.36 0.28 0.50 0.37 0.31 0.13 0.34 0.04 0.01 0.02 0.20 0.37 0.42 0.14
C5 0.02 0.01 0.14 0.45 0.01 0.17 0.00 0.30 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.33 0.21 0.12 0.77 0.02 0.91 1.29 0.88
C5' 0.09 0.63 0.24 0.03 0.33 0.01 0.30 0.00 0.37 0.43 0.52 0.79 0.58 0.40 0.16 0.14 0.23 0.02 0.01 0.37 0.37 0.37 0.02
C6 0.03 0.01 0.23 0.48 0.01 0.19 0.01 0.37 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.33 0.25 0.21 0.78 0.01 1.04 1.34 0.93
C8 0.02 0.01 0.20 0.43 0.01 0.36 0.01 0.43 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.53 0.25 0.26 0.93 0.03 0.91 1.41 1.02
N1 0.04 0.01 0.36 0.43 0.01 0.28 0.01 0.52 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.37 0.30 0.38 0.74 0.02 1.16 1.16 0.90
N2 0.06 0.01 0.53 0.38 0.01 0.50 0.02 0.79 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.61 0.52 0.59 0.80 0.03 1.49 0.98 1.00
N3 0.04 0.01 0.43 0.33 0.00 0.37 0.01 0.58 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.44 0.42 0.50 0.64 0.02 1.07 0.81 0.72
N7 0.01 0.01 0.10 0.49 0.01 0.31 0.00 0.40 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.49 0.30 0.14 0.95 0.03 1.01 1.56 1.09
N9 0.01 0.02 0.04 0.29 0.01 0.13 0.01 0.16 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.24 0.17 0.02 0.62 0.03 0.63 0.95 0.63
O2' 0.02 0.46 0.00 0.02 0.26 0.34 0.33 0.14 0.33 0.53 0.37 0.61 0.44 0.49 0.24 0.00 0.08 0.24 0.25 0.37 0.52 0.63 0.43
O3' 0.39 0.40 0.05 0.01 0.23 0.04 0.21 0.23 0.25 0.25 0.30 0.52 0.42 0.30 0.17 0.08 0.00 0.27 0.47 0.30 0.72 0.69 0.48
O4' 0.01 0.50 0.02 0.02 0.26 0.01 0.12 0.02 0.21 0.26 0.38 0.59 0.50 0.14 0.02 0.24 0.27 0.00 0.44 0.15 0.49 0.55 0.34
O5' 0.38 0.71 0.37 0.31 0.63 0.02 0.77 0.01 0.78 0.93 0.74 0.80 0.64 0.95 0.62 0.25 0.47 0.44 0.00 0.85 0.03 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.18 0.52 0.02 0.20 0.02 0.37 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.37 0.30 0.15 0.85 0.00 1.10 1.52 1.04
OP1 0.41 1.23 0.44 0.49 0.82 0.37 0.91 0.37 1.04 0.91 1.16 1.49 1.07 1.01 0.63 0.52 0.72 0.49 0.03 1.10 0.00 0.02 0.01
OP2 0.57 0.96 0.46 0.37 0.96 0.42 1.29 0.37 1.34 1.41 1.16 0.98 0.81 1.56 0.95 0.63 0.69 0.55 0.02 1.52 0.02 0.00 0.01
P 0.33 0.86 0.31 0.26 0.68 0.14 0.88 0.02 0.93 1.02 0.90 1.00 0.72 1.09 0.63 0.43 0.48 0.34 0.01 1.04 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 2.77 2.93 2.53 2.12 2.95 1.85 2.73 1.40 2.56 2.75 3.01 3.03 2.98 2.44 2.17 2.30 1.26 0.80 0.88 0.47
C2 3.24 4.45 2.95 2.22 4.44 1.94 3.65 1.28 3.29 3.68 4.80 4.70 4.67 2.90 2.07 2.68 1.15 0.87 0.91 0.36
C2' 2.60 2.72 2.88 2.41 2.67 2.14 2.51 1.81 2.42 2.58 2.74 2.74 2.82 2.74 2.52 2.33 1.67 0.99 1.46 1.13
C3' 2.01 2.13 2.29 2.43 2.28 1.91 2.16 1.55 1.97 2.02 2.24 2.45 2.17 2.29 2.62 1.79 1.24 1.11 0.86 0.73
C4 3.00 4.05 2.71 2.10 3.86 1.83 3.31 1.24 3.09 3.43 4.15 3.90 4.02 2.58 1.94 2.55 1.14 0.84 0.90 0.31
C4' 2.01 2.22 2.20 2.13 2.44 2.04 2.36 1.48 2.12 2.09 2.36 2.62 2.23 2.22 2.44 1.86 1.21 1.21 0.58 0.69
C5 3.07 4.04 2.70 2.07 3.90 1.89 3.25 1.25 3.06 3.45 4.27 3.84 4.13 2.60 1.84 2.65 1.09 0.99 0.95 0.39
C5' 1.81 1.98 2.01 1.99 2.16 1.76 2.15 1.74 1.97 1.90 2.09 2.29 2.00 2.01 2.36 1.69 1.42 1.50 1.04 1.13
C6 3.28 4.40 2.89 2.17 4.19 2.01 3.38 1.32 3.15 3.65 4.68 4.27 4.63 2.86 1.93 2.78 1.09 1.09 0.96 0.46
C8 2.53 3.03 2.26 1.83 2.89 1.64 2.66 1.14 2.71 2.82 3.06 2.79 3.04 2.08 1.67 2.30 1.08 0.87 0.96 0.31
N1 3.32 4.56 2.96 2.22 4.44 1.99 3.58 1.29 3.28 3.74 4.92 4.62 4.80 2.94 2.00 2.77 1.11 0.99 0.93 0.39
N2 3.28 4.51 3.02 2.28 4.58 1.97 3.75 1.31 3.35 3.72 4.91 4.96 4.77 3.02 2.17 2.70 1.17 0.85 0.92 0.39
N3 3.10 4.17 2.86 2.20 4.16 1.89 3.52 1.29 3.18 3.51 4.41 4.37 4.40 2.78 2.09 2.58 1.18 0.81 0.90 0.35
N7 2.84 3.49 2.49 1.95 3.32 1.83 2.93 1.25 2.78 3.11 3.54 3.19 3.58 2.37 1.71 2.56 1.06 1.06 1.02 0.46
N9 2.74 3.35 2.49 2.00 3.25 1.74 2.94 1.23 2.83 3.16 3.41 3.24 3.34 2.32 1.90 2.37 1.16 0.78 0.89 0.30
O2' 2.79 2.81 2.96 2.64 2.68 2.53 2.51 2.28 2.48 2.66 2.79 2.75 2.97 3.36 2.84 2.64 2.03 1.39 1.89 1.60
O3' 1.94 2.11 2.31 2.38 2.39 2.00 2.22 1.71 1.92 1.94 2.29 2.69 2.15 2.46 3.10 1.73 1.23 1.30 0.88 0.88
O4' 2.41 2.72 2.37 2.06 2.90 1.81 2.79 1.31 2.56 2.57 2.86 3.02 2.71 2.28 2.18 2.34 1.22 1.10 0.53 0.58
O5' 2.06 2.26 2.20 2.22 2.35 1.95 2.31 1.80 2.17 2.14 2.33 2.47 2.31 2.20 2.60 1.93 1.87 1.59 1.27 1.41
O6 3.36 4.43 2.97 2.23 4.09 2.12 3.26 1.42 3.05 3.64 4.61 4.24 4.79 3.01 1.99 2.85 1.10 1.24 1.01 0.58
OP1 2.82 3.20 3.10 2.87 3.07 2.49 2.87 2.28 2.71 2.89 3.21 3.18 3.42 3.14 3.08 2.47 2.12 2.48 1.69 2.00
OP2 2.13 2.44 2.16 2.00 2.83 1.82 2.92 1.73 2.64 2.37 2.62 3.01 2.42 2.29 2.38 2.01 1.81 2.06 2.18 1.88
P 2.45 2.67 2.68 2.58 2.73 2.23 2.69 2.00 2.51 2.51 2.72 2.86 2.79 2.77 3.02 2.23 1.93 1.99 1.70 1.98

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.12 0.01 0.24 0.35 0.36 0.31
C2 0.03 0.00 0.23 0.29 0.01 0.10 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.11 0.23 0.18 0.56 0.93 0.81 0.73
C2' 0.00 0.23 0.00 0.01 0.06 0.03 0.15 0.07 0.20 0.03 0.18 0.06 0.40 0.00 0.02 0.02 0.32 0.51 0.52 0.40
C3' 0.02 0.29 0.01 0.00 0.33 0.01 0.31 0.02 0.26 0.21 0.34 0.36 0.32 0.02 0.01 0.02 0.37 0.58 0.64 0.44
C4 0.02 0.01 0.06 0.33 0.00 0.16 0.00 0.31 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.22 0.29 0.03 0.79 1.55 1.15 1.12
C4' 0.03 0.10 0.03 0.01 0.16 0.00 0.27 0.01 0.28 0.09 0.09 0.17 0.25 0.20 0.02 0.01 0.02 0.43 0.36 0.22
C5 0.02 0.01 0.15 0.31 0.00 0.27 0.00 0.49 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.32 0.26 0.14 0.89 1.62 1.19 1.20
C5' 0.03 0.21 0.07 0.02 0.31 0.01 0.49 0.00 0.47 0.18 0.22 0.35 0.40 0.16 0.09 0.02 0.01 0.40 0.47 0.02
C6 0.02 0.01 0.20 0.26 0.01 0.28 0.00 0.47 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.31 0.19 0.19 0.80 1.23 0.95 0.97
N1 0.01 0.01 0.03 0.21 0.01 0.09 0.01 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.12 0.02 0.52 0.81 0.68 0.65
N3 0.02 0.01 0.18 0.34 0.01 0.09 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.28 0.14 0.68 1.26 1.01 0.94
N4 0.02 0.02 0.06 0.36 0.01 0.17 0.01 0.35 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.24 0.33 0.04 0.84 1.78 1.29 1.25
O2 0.04 0.01 0.40 0.32 0.02 0.25 0.02 0.40 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.27 0.27 0.31 0.57 0.77 0.80 0.69
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.22 0.20 0.32 0.16 0.31 0.13 0.13 0.24 0.27 0.00 0.07 0.16 0.15 0.61 0.43 0.44
O3' 0.12 0.23 0.02 0.01 0.29 0.02 0.26 0.09 0.19 0.12 0.28 0.33 0.27 0.07 0.00 0.08 0.28 0.76 0.76 0.43
O4' 0.01 0.18 0.02 0.02 0.03 0.01 0.14 0.02 0.19 0.02 0.14 0.04 0.31 0.16 0.08 0.00 0.12 0.22 0.22 0.18
O5' 0.24 0.56 0.32 0.37 0.79 0.02 0.89 0.01 0.80 0.52 0.68 0.84 0.57 0.15 0.28 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.35 0.93 0.51 0.58 1.55 0.43 1.62 0.40 1.23 0.81 1.26 1.78 0.77 0.61 0.76 0.22 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.36 0.81 0.52 0.64 1.15 0.36 1.19 0.47 0.95 0.68 1.01 1.29 0.80 0.43 0.76 0.22 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.31 0.73 0.40 0.44 1.12 0.22 1.20 0.02 0.97 0.65 0.94 1.25 0.69 0.44 0.43 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00