ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 10188

back

Distances from reference structure (by RMSD)

46, 9, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 2, 3, 3, 59, 40, 40, 120,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N9 A 0, 0.465, 1.181, 1.897, 2.935 max_d=2.935 avg_d=1.181 std_dev=0.716
C8 A 0, 0.706, 1.465, 2.224, 2.686 max_d=2.686 avg_d=1.465 std_dev=0.759
N9 B 0, 0.530, 1.365, 2.200, 3.369 max_d=3.369 avg_d=1.365 std_dev=0.835
C5 A 0, 0.827, 1.713, 2.599, 3.436 max_d=3.436 avg_d=1.713 std_dev=0.886
C4 A 0, 0.276, 1.181, 2.085, 3.197 max_d=3.197 avg_d=1.181 std_dev=0.905
C4 B 0, 0.251, 1.195, 2.138, 3.217 max_d=3.217 avg_d=1.195 std_dev=0.943
C1' B 0, 0.940, 1.901, 2.863, 5.068 max_d=5.068 avg_d=1.901 std_dev=0.962
N7 A 0, 0.995, 1.994, 2.993, 4.141 max_d=4.141 avg_d=1.994 std_dev=0.999
C5 B 0, 0.619, 1.692, 2.765, 4.141 max_d=4.141 avg_d=1.692 std_dev=1.073
N1 A 0, 0.937, 2.119, 3.302, 5.059 max_d=5.059 avg_d=2.119 std_dev=1.182
C6 A 0, 1.072, 2.261, 3.450, 4.590 max_d=4.590 avg_d=2.261 std_dev=1.189
C8 B 0, 0.565, 1.764, 2.963, 4.475 max_d=4.475 avg_d=1.764 std_dev=1.199
O4' A 0, 0.683, 1.916, 3.148, 6.193 max_d=6.193 avg_d=1.916 std_dev=1.233
C1' A 0, 0.425, 1.667, 2.909, 5.238 max_d=5.238 avg_d=1.667 std_dev=1.242
N3 A 0, 0.307, 1.554, 2.801, 4.756 max_d=4.756 avg_d=1.554 std_dev=1.247
C2' B 0, 1.292, 2.559, 3.826, 6.643 max_d=6.643 avg_d=2.559 std_dev=1.267
N3 B 0, 0.252, 1.531, 2.810, 4.596 max_d=4.596 avg_d=1.531 std_dev=1.279
O4' B 0, 1.149, 2.485, 3.820, 6.514 max_d=6.514 avg_d=2.485 std_dev=1.336
C2 A 0, 0.467, 1.807, 3.147, 5.853 max_d=5.853 avg_d=1.807 std_dev=1.340
N7 B 0, 0.733, 2.127, 3.521, 5.696 max_d=5.696 avg_d=2.127 std_dev=1.394
C6 B 0, 0.655, 2.055, 3.456, 5.055 max_d=5.055 avg_d=2.055 std_dev=1.401
N1 B 0, 0.562, 1.995, 3.428, 4.776 max_d=4.776 avg_d=1.995 std_dev=1.433
C2 B 0, 0.365, 1.800, 3.234, 5.245 max_d=5.245 avg_d=1.800 std_dev=1.434
C3' B 0, 1.364, 2.828, 4.291, 7.936 max_d=7.936 avg_d=2.828 std_dev=1.464
O2' B 0, 1.411, 2.960, 4.509, 8.391 max_d=8.391 avg_d=2.960 std_dev=1.549
C4' B 0, 1.406, 3.014, 4.622, 8.213 max_d=8.213 avg_d=3.014 std_dev=1.608
C4' A 0, 1.087, 2.725, 4.362, 8.621 max_d=8.621 avg_d=2.725 std_dev=1.638
O6 A 0, 1.368, 3.024, 4.679, 7.021 max_d=7.021 avg_d=3.024 std_dev=1.656
O5' B 0, 1.159, 2.842, 4.525, 6.987 max_d=6.987 avg_d=2.842 std_dev=1.683
N2 A 0, 0.584, 2.336, 4.088, 8.057 max_d=8.057 avg_d=2.336 std_dev=1.752
C2' A 0, 1.001, 2.779, 4.556, 6.635 max_d=6.635 avg_d=2.779 std_dev=1.778
OP2 B 0, 1.483, 3.323, 5.164, 7.655 max_d=7.655 avg_d=3.323 std_dev=1.841
C5' B 0, 1.518, 3.362, 5.205, 8.322 max_d=8.322 avg_d=3.362 std_dev=1.843
N6 B 0, 0.844, 2.809, 4.774, 7.452 max_d=7.452 avg_d=2.809 std_dev=1.965
O3' B 0, 1.608, 3.582, 5.557, 10.623 max_d=10.623 avg_d=3.582 std_dev=1.975
C5' A 0, 1.847, 3.822, 5.797, 9.191 max_d=9.191 avg_d=3.822 std_dev=1.975
P B 0, 1.210, 3.209, 5.209, 8.156 max_d=8.156 avg_d=3.209 std_dev=2.000
C3' A 0, 1.119, 3.313, 5.506, 9.065 max_d=9.065 avg_d=3.313 std_dev=2.193
O5' A 0, 2.046, 4.300, 6.555, 10.142 max_d=10.142 avg_d=4.300 std_dev=2.255
O2' A 0, 1.417, 3.808, 6.199, 7.846 max_d=7.846 avg_d=3.808 std_dev=2.391
OP1 B 0, 1.641, 4.154, 6.666, 10.622 max_d=10.622 avg_d=4.154 std_dev=2.512
O3' A 0, 1.625, 4.258, 6.890, 11.155 max_d=11.155 avg_d=4.258 std_dev=2.632
P A 0, 2.807, 5.901, 8.996, 11.987 max_d=11.987 avg_d=5.901 std_dev=3.095
OP1 A 0, 3.157, 6.479, 9.801, 13.961 max_d=13.961 avg_d=6.479 std_dev=3.322
OP2 A 0, 3.189, 6.875, 10.561, 12.829 max_d=12.829 avg_d=6.875 std_dev=3.686

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.09 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.01 0.01 0.02 0.33 0.01 0.18 0.03 0.44 0.42 0.25
C2 0.05 0.00 0.48 0.80 0.01 0.75 0.01 1.36 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.45 0.67 0.58 1.63 0.02 2.32 2.12 1.93
C2' 0.01 0.48 0.00 0.01 0.24 0.02 0.11 0.24 0.20 0.27 0.36 0.59 0.48 0.16 0.04 0.01 0.03 0.02 0.20 0.15 0.47 0.56 0.24
C3' 0.02 0.80 0.01 0.00 0.43 0.01 0.39 0.03 0.48 0.49 0.65 0.99 0.76 0.45 0.24 0.03 0.01 0.02 0.28 0.46 0.47 0.70 0.27
C4 0.03 0.01 0.24 0.43 0.00 0.32 0.01 0.58 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.22 0.27 0.29 0.77 0.02 1.19 0.98 0.85
C4' 0.02 0.75 0.02 0.01 0.32 0.00 0.17 0.01 0.29 0.44 0.55 0.97 0.72 0.32 0.10 0.30 0.03 0.01 0.02 0.23 0.33 0.55 0.22
C5 0.02 0.01 0.11 0.39 0.01 0.17 0.00 0.33 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.29 0.21 0.12 0.52 0.02 1.02 0.87 0.65
C5' 0.09 1.36 0.24 0.03 0.58 0.01 0.33 0.00 0.58 0.64 1.04 1.77 1.24 0.47 0.14 0.10 0.22 0.02 0.01 0.46 0.43 0.41 0.02
C6 0.03 0.01 0.20 0.48 0.01 0.29 0.01 0.58 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.29 0.31 0.24 0.82 0.01 1.47 1.30 1.04
C8 0.02 0.02 0.27 0.49 0.01 0.44 0.01 0.64 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.50 0.41 0.31 0.57 0.03 0.58 0.68 0.63
N1 0.04 0.01 0.36 0.65 0.01 0.55 0.01 1.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.33 0.51 0.43 1.31 0.01 2.06 1.87 1.62
N2 0.06 0.01 0.59 0.99 0.02 0.97 0.02 1.77 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.60 0.91 0.70 2.09 0.03 2.96 2.78 2.55
N3 0.05 0.01 0.48 0.76 0.01 0.72 0.01 1.24 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.44 0.61 0.58 1.45 0.02 1.91 1.68 1.59
N7 0.01 0.02 0.16 0.45 0.01 0.32 0.00 0.47 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.48 0.35 0.17 0.43 0.03 0.61 0.66 0.50
N9 0.01 0.02 0.04 0.24 0.01 0.10 0.01 0.14 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.22 0.16 0.02 0.27 0.02 0.56 0.43 0.31
O2' 0.02 0.45 0.01 0.03 0.22 0.30 0.29 0.10 0.29 0.50 0.33 0.60 0.44 0.48 0.22 0.00 0.08 0.22 0.27 0.34 0.58 0.95 0.45
O3' 0.33 0.67 0.03 0.01 0.27 0.03 0.21 0.22 0.31 0.41 0.51 0.91 0.61 0.35 0.16 0.08 0.00 0.23 0.43 0.31 0.63 1.06 0.55
O4' 0.01 0.58 0.02 0.02 0.29 0.01 0.12 0.02 0.24 0.31 0.43 0.70 0.58 0.17 0.02 0.22 0.23 0.00 0.25 0.17 0.43 0.44 0.31
O5' 0.18 1.63 0.20 0.28 0.77 0.02 0.52 0.01 0.82 0.57 1.31 2.09 1.45 0.43 0.27 0.27 0.43 0.25 0.00 0.69 0.03 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.15 0.46 0.02 0.23 0.02 0.46 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.34 0.31 0.17 0.69 0.00 1.39 1.26 0.93
OP1 0.44 2.32 0.47 0.47 1.19 0.33 1.02 0.43 1.47 0.58 2.06 2.96 1.91 0.61 0.56 0.58 0.63 0.43 0.03 1.39 0.00 0.02 0.01
OP2 0.42 2.12 0.56 0.70 0.98 0.55 0.87 0.41 1.30 0.68 1.87 2.78 1.68 0.66 0.43 0.95 1.06 0.44 0.02 1.26 0.02 0.00 0.01
P 0.25 1.93 0.24 0.27 0.85 0.22 0.65 0.02 1.04 0.63 1.62 2.55 1.59 0.50 0.31 0.45 0.55 0.31 0.01 0.93 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.64 2.43 1.73 1.38 2.12 1.16 2.32 0.77 2.50 2.08 2.49 2.25 2.69 2.40 1.87 1.81 1.61 1.40 0.85 1.39 0.98 0.86
C2 2.28 3.83 2.29 1.80 3.17 1.56 3.48 1.16 3.97 2.76 4.09 3.39 4.27 3.29 2.66 2.43 1.88 1.91 0.95 1.23 0.91 0.58
C2' 1.31 2.12 1.41 1.21 1.82 0.94 2.15 0.69 2.31 2.04 2.23 1.91 2.59 2.39 1.62 1.50 1.57 1.11 0.88 1.38 1.50 1.10
C3' 1.21 1.86 1.29 1.46 1.44 1.35 1.60 1.03 1.78 1.42 1.81 1.73 2.04 1.77 1.19 1.45 2.09 1.18 0.83 1.26 1.53 1.00
C4 2.00 3.15 2.02 1.64 2.74 1.41 3.02 1.05 3.31 2.51 3.33 2.86 3.52 2.94 2.35 2.09 1.72 1.72 0.91 1.24 0.91 0.59
C4' 1.59 2.06 1.66 1.91 1.64 1.73 1.61 1.22 1.79 1.32 1.92 2.00 1.93 1.59 1.40 1.84 2.59 1.55 0.83 0.98 1.01 0.62
C5 2.10 3.23 2.13 1.78 2.86 1.53 3.15 1.22 3.44 2.62 3.42 2.96 3.68 3.08 2.47 2.19 1.84 1.82 0.99 1.21 1.00 0.61
C5' 2.23 2.22 2.25 2.80 1.91 2.66 1.63 2.19 1.71 1.46 1.93 2.29 1.69 1.49 1.81 2.37 3.53 2.32 1.76 1.36 1.65 1.36
C6 2.34 3.71 2.38 1.96 3.20 1.69 3.52 1.36 3.91 2.83 3.94 3.36 4.23 3.36 2.73 2.49 2.02 1.99 1.05 1.22 1.05 0.67
C8 1.65 2.30 1.68 1.46 2.14 1.26 2.38 0.98 2.51 2.17 2.42 2.15 2.71 2.47 1.94 1.67 1.55 1.50 0.88 1.20 0.94 0.58
N1 2.39 3.94 2.41 1.93 3.31 1.67 3.64 1.30 4.12 2.88 4.21 3.51 4.45 3.44 2.79 2.55 1.99 2.01 1.01 1.21 0.98 0.61
N2 2.34 4.03 2.34 1.82 3.27 1.58 3.58 1.15 4.13 2.81 4.32 3.53 4.47 3.35 2.72 2.52 1.90 1.95 0.95 1.24 0.90 0.59
N3 2.10 3.48 2.12 1.66 2.91 1.44 3.19 1.03 3.60 2.59 3.69 3.10 3.85 3.06 2.46 2.23 1.76 1.78 0.90 1.26 0.89 0.62
N7 1.90 2.74 1.93 1.69 2.51 1.45 2.78 1.20 2.97 2.41 2.90 2.55 3.21 2.79 2.23 1.94 1.75 1.69 1.00 1.19 1.06 0.66
N9 1.75 2.60 1.79 1.46 2.32 1.26 2.56 0.91 2.74 2.26 2.71 2.40 2.93 2.59 2.05 1.83 1.59 1.53 0.86 1.27 0.91 0.64
O2' 1.50 2.38 1.67 1.22 2.09 0.90 2.52 0.86 2.70 2.41 2.58 2.10 3.05 2.81 1.90 1.80 1.42 1.22 1.24 1.74 1.78 1.55
O3' 1.46 2.15 1.60 1.43 1.71 1.36 1.87 1.05 2.05 1.72 2.10 2.01 2.29 2.05 1.48 1.88 2.03 1.28 0.97 1.42 1.75 1.23
O4' 1.68 2.26 1.74 1.73 1.92 1.52 1.94 1.00 2.10 1.64 2.19 2.17 2.22 1.89 1.67 1.85 2.18 1.54 0.75 1.05 0.67 0.49
O5' 2.54 2.48 2.64 3.19 2.19 2.91 1.86 2.34 1.93 1.66 2.18 2.56 1.84 1.61 2.11 2.79 3.94 2.56 1.89 1.14 1.54 1.36
O6 2.47 3.86 2.54 2.11 3.34 1.81 3.66 1.49 4.09 2.91 4.10 3.51 4.46 3.48 2.85 2.67 2.18 2.10 1.12 1.27 1.16 0.79
OP1 3.20 2.90 3.49 3.99 2.67 3.48 2.23 2.84 2.20 2.13 2.50 3.07 2.00 1.95 2.67 3.79 4.85 3.09 2.30 1.44 1.83 1.65
OP2 3.24 3.11 3.34 3.84 2.84 3.47 2.47 2.87 2.50 2.34 2.79 3.21 2.33 2.20 2.80 3.64 4.79 3.16 2.47 1.89 2.09 2.00
P 3.26 3.00 3.43 3.99 2.77 3.56 2.36 2.90 2.36 2.24 2.64 3.15 2.16 2.07 2.75 3.66 4.92 3.19 2.39 1.55 1.92 1.77

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.10 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.03 0.30 0.01 0.39 0.35 0.66 0.39
C2 0.04 0.00 0.42 0.39 0.01 0.34 0.01 0.59 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.36 0.35 0.36 0.71 0.81 1.26 0.86
C2' 0.01 0.42 0.00 0.01 0.21 0.02 0.09 0.22 0.18 0.24 0.32 0.43 0.12 0.15 0.03 0.01 0.04 0.03 0.51 0.51 0.69 0.50
C3' 0.02 0.39 0.01 0.00 0.29 0.01 0.34 0.02 0.37 0.35 0.38 0.35 0.39 0.38 0.22 0.02 0.01 0.02 0.27 0.36 0.51 0.27
C4 0.02 0.01 0.21 0.29 0.00 0.14 0.01 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.20 0.20 0.19 0.61 0.56 1.28 0.76
C4' 0.02 0.34 0.02 0.01 0.14 0.00 0.13 0.01 0.15 0.31 0.25 0.33 0.16 0.26 0.10 0.30 0.03 0.01 0.02 0.27 0.38 0.12
C5 0.02 0.01 0.09 0.34 0.01 0.13 0.00 0.30 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.30 0.17 0.08 0.79 0.71 1.73 1.03
C5' 0.10 0.59 0.22 0.02 0.29 0.01 0.30 0.00 0.35 0.50 0.47 0.55 0.37 0.46 0.21 0.15 0.22 0.02 0.01 0.28 0.42 0.02
C6 0.02 0.01 0.18 0.37 0.01 0.15 0.01 0.35 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.28 0.20 0.15 0.77 0.73 1.77 1.04
C8 0.02 0.02 0.24 0.35 0.01 0.31 0.01 0.50 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.49 0.20 0.22 1.03 0.92 1.83 1.22
N1 0.03 0.01 0.32 0.38 0.01 0.25 0.01 0.47 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.27 0.28 0.27 0.71 0.75 1.51 0.93
N3 0.04 0.01 0.43 0.35 0.01 0.33 0.01 0.55 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.37 0.36 0.36 0.63 0.71 1.08 0.74
N6 0.03 0.02 0.12 0.39 0.02 0.16 0.02 0.37 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.35 0.22 0.10 0.87 0.85 2.05 1.21
N7 0.02 0.02 0.15 0.38 0.01 0.26 0.01 0.46 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.48 0.22 0.13 1.03 0.99 2.11 1.33
N9 0.01 0.02 0.03 0.22 0.01 0.10 0.01 0.21 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.22 0.13 0.02 0.65 0.53 1.21 0.75
O2' 0.03 0.36 0.01 0.02 0.20 0.30 0.30 0.15 0.28 0.49 0.27 0.37 0.35 0.48 0.22 0.00 0.08 0.22 0.43 0.49 0.72 0.46
O3' 0.30 0.35 0.04 0.01 0.20 0.03 0.17 0.22 0.20 0.20 0.28 0.36 0.22 0.22 0.13 0.08 0.00 0.22 0.34 0.67 0.72 0.47
O4' 0.01 0.36 0.03 0.02 0.19 0.01 0.08 0.02 0.15 0.22 0.27 0.36 0.10 0.13 0.02 0.22 0.22 0.00 0.26 0.32 0.40 0.23
O5' 0.39 0.71 0.51 0.27 0.61 0.02 0.79 0.01 0.77 1.03 0.71 0.63 0.87 1.03 0.65 0.43 0.34 0.26 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.35 0.81 0.51 0.36 0.56 0.27 0.71 0.28 0.73 0.92 0.75 0.71 0.85 0.99 0.53 0.49 0.67 0.32 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.66 1.26 0.69 0.51 1.28 0.38 1.73 0.42 1.77 1.83 1.51 1.08 2.05 2.11 1.21 0.72 0.72 0.40 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.39 0.86 0.50 0.27 0.76 0.12 1.03 0.02 1.04 1.22 0.93 0.74 1.21 1.33 0.75 0.46 0.47 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00