ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 10189

back

Distances from reference structure (by RMSD)

14, 30, 10, 1, 0, 0, 1, 0, 9, 5, 0, 14, 13, 3, 3, 1, 1, 0, 0, 146,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N9 A 0, 0.375, 1.436, 2.497, 3.497 max_d=3.497 avg_d=1.436 std_dev=1.061
C8 A 0, 0.402, 1.499, 2.596, 3.940 max_d=3.940 avg_d=1.499 std_dev=1.097
N9 B 0, 0.301, 1.402, 2.504, 4.119 max_d=4.119 avg_d=1.402 std_dev=1.101
N7 A 0, 0.407, 1.531, 2.656, 3.885 max_d=3.885 avg_d=1.531 std_dev=1.124
C1' A 0, 0.634, 1.798, 2.962, 4.211 max_d=4.211 avg_d=1.798 std_dev=1.164
C8 B 0, 0.548, 1.742, 2.936, 4.687 max_d=4.687 avg_d=1.742 std_dev=1.194
O4' A 0, 0.854, 2.070, 3.285, 4.757 max_d=4.757 avg_d=2.070 std_dev=1.215
C1' B 0, 0.657, 1.925, 3.192, 4.302 max_d=4.302 avg_d=1.925 std_dev=1.268
C5 A 0, 0.310, 1.621, 2.933, 4.060 max_d=4.060 avg_d=1.621 std_dev=1.311
N7 B 0, 0.952, 2.268, 3.585, 4.399 max_d=4.399 avg_d=2.268 std_dev=1.316
C4 A 0, 0.042, 1.369, 2.697, 3.743 max_d=3.743 avg_d=1.369 std_dev=1.328
C4 B 0, 0.019, 1.377, 2.735, 3.997 max_d=3.997 avg_d=1.377 std_dev=1.358
N3 B 0, 0.323, 1.755, 3.186, 4.359 max_d=4.359 avg_d=1.755 std_dev=1.431
C5 B 0, 0.620, 2.052, 3.484, 4.290 max_d=4.290 avg_d=2.052 std_dev=1.432
C2' A 0, 0.589, 2.081, 3.572, 5.811 max_d=5.811 avg_d=2.081 std_dev=1.491
O4' B 0, 0.806, 2.371, 3.936, 5.123 max_d=5.123 avg_d=2.371 std_dev=1.565
N3 A 0, -0.014, 1.599, 3.212, 5.322 max_d=5.322 avg_d=1.599 std_dev=1.613
C4' A 0, 0.961, 2.621, 4.282, 7.195 max_d=7.195 avg_d=2.621 std_dev=1.660
C2' B 0, 0.790, 2.466, 4.143, 6.680 max_d=6.680 avg_d=2.466 std_dev=1.676
C6 A 0, 0.560, 2.254, 3.948, 5.131 max_d=5.131 avg_d=2.254 std_dev=1.694
O6 A 0, 0.912, 2.740, 4.568, 5.613 max_d=5.613 avg_d=2.740 std_dev=1.828
C6 B 0, 0.837, 2.750, 4.663, 5.715 max_d=5.715 avg_d=2.750 std_dev=1.913
C2 B 0, 0.203, 2.126, 4.050, 5.782 max_d=5.782 avg_d=2.126 std_dev=1.923
C3' A 0, 0.524, 2.468, 4.412, 6.969 max_d=6.969 avg_d=2.468 std_dev=1.944
C5' A 0, 1.290, 3.236, 5.182, 8.747 max_d=8.747 avg_d=3.236 std_dev=1.946
O2' A 0, 0.716, 2.679, 4.642, 7.381 max_d=7.381 avg_d=2.679 std_dev=1.963
C2 A 0, 0.102, 2.119, 4.135, 6.856 max_d=6.856 avg_d=2.119 std_dev=2.016
C3' B 0, 0.866, 2.916, 4.967, 7.618 max_d=7.618 avg_d=2.916 std_dev=2.051
N1 A 0, 0.412, 2.475, 4.538, 6.592 max_d=6.592 avg_d=2.475 std_dev=2.063
O5' A 0, 1.009, 3.087, 5.166, 8.511 max_d=8.511 avg_d=3.087 std_dev=2.078
C4' B 0, 0.838, 2.927, 5.015, 6.778 max_d=6.778 avg_d=2.927 std_dev=2.089
O2' B 0, 0.959, 3.089, 5.218, 6.541 max_d=6.541 avg_d=3.089 std_dev=2.130
C5' B 0, 1.010, 3.181, 5.353, 8.332 max_d=8.332 avg_d=3.181 std_dev=2.172
O5' B 0, 0.957, 3.143, 5.328, 7.951 max_d=7.951 avg_d=3.143 std_dev=2.186
O3' A 0, 0.975, 3.162, 5.350, 8.955 max_d=8.955 avg_d=3.162 std_dev=2.187
N1 B 0, 0.367, 2.555, 4.743, 6.498 max_d=6.498 avg_d=2.555 std_dev=2.188
N2 B 0, 0.509, 2.701, 4.892, 6.748 max_d=6.748 avg_d=2.701 std_dev=2.192
O6 B 0, 1.302, 3.601, 5.900, 6.571 max_d=6.571 avg_d=3.601 std_dev=2.299
OP2 B 0, 1.094, 3.428, 5.763, 8.835 max_d=8.835 avg_d=3.428 std_dev=2.335
P B 0, 0.782, 3.189, 5.596, 8.229 max_d=8.229 avg_d=3.189 std_dev=2.407
N2 A 0, 0.163, 2.587, 5.012, 9.035 max_d=9.035 avg_d=2.587 std_dev=2.425
P A 0, 1.385, 4.207, 7.029, 11.311 max_d=11.311 avg_d=4.207 std_dev=2.822
O3' B 0, 1.134, 3.989, 6.843, 8.358 max_d=8.358 avg_d=3.989 std_dev=2.855
OP1 B 0, 1.131, 4.022, 6.914, 9.467 max_d=9.467 avg_d=4.022 std_dev=2.892
OP1 A 0, 1.586, 4.659, 7.733, 13.072 max_d=13.072 avg_d=4.659 std_dev=3.073
OP2 A 0, 1.375, 4.750, 8.126, 12.782 max_d=12.782 avg_d=4.750 std_dev=3.376

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.08 0.04 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.02 0.30 0.01 0.38 0.06 0.28 0.60 0.32
C2 0.05 0.00 0.55 0.47 0.01 0.52 0.01 1.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.48 0.34 0.43 1.78 0.02 1.76 2.64 2.13
C2' 0.01 0.55 0.00 0.01 0.29 0.02 0.16 0.17 0.27 0.26 0.43 0.65 0.54 0.14 0.04 0.01 0.04 0.03 0.56 0.22 0.53 0.90 0.57
C3' 0.03 0.47 0.01 0.00 0.29 0.01 0.33 0.03 0.37 0.38 0.42 0.57 0.44 0.39 0.21 0.02 0.01 0.02 0.34 0.40 0.59 0.76 0.43
C4 0.03 0.01 0.29 0.29 0.00 0.23 0.01 0.49 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.26 0.21 0.22 1.02 0.03 0.86 1.47 1.14
C4' 0.02 0.52 0.02 0.01 0.23 0.00 0.17 0.01 0.24 0.35 0.39 0.67 0.50 0.28 0.11 0.25 0.04 0.01 0.02 0.23 0.38 0.43 0.17
C5 0.03 0.01 0.16 0.33 0.01 0.17 0.00 0.36 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.28 0.17 0.10 0.81 0.03 0.75 1.37 0.97
C5' 0.08 1.05 0.17 0.03 0.49 0.01 0.36 0.00 0.52 0.56 0.82 1.35 0.96 0.47 0.20 0.13 0.17 0.03 0.01 0.47 0.32 0.31 0.02
C6 0.04 0.01 0.27 0.37 0.02 0.24 0.02 0.52 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.32 0.21 0.18 1.10 0.01 1.08 1.85 1.37
C8 0.02 0.02 0.26 0.38 0.01 0.35 0.02 0.56 0.04 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.41 0.18 0.24 0.39 0.08 0.61 0.66 0.37
N1 0.04 0.01 0.43 0.42 0.02 0.39 0.01 0.82 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.40 0.27 0.32 1.52 0.02 1.53 2.42 1.88
N2 0.06 0.01 0.65 0.57 0.02 0.67 0.02 1.35 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.59 0.43 0.51 2.14 0.03 2.28 3.26 2.65
N3 0.05 0.01 0.54 0.44 0.01 0.50 0.01 0.96 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.44 0.35 0.42 1.61 0.02 1.46 2.16 1.81
N7 0.02 0.02 0.14 0.39 0.01 0.28 0.01 0.47 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.38 0.20 0.14 0.43 0.07 0.61 0.85 0.49
N9 0.01 0.02 0.04 0.21 0.01 0.11 0.02 0.20 0.04 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.19 0.15 0.02 0.51 0.06 0.39 0.80 0.51
O2' 0.02 0.48 0.01 0.02 0.26 0.25 0.28 0.13 0.32 0.41 0.40 0.59 0.44 0.38 0.19 0.00 0.07 0.18 0.42 0.34 0.47 1.02 0.52
O3' 0.30 0.34 0.04 0.01 0.21 0.04 0.17 0.17 0.21 0.18 0.27 0.43 0.35 0.20 0.15 0.07 0.00 0.19 0.29 0.24 0.65 0.83 0.45
O4' 0.01 0.43 0.03 0.02 0.22 0.01 0.10 0.03 0.18 0.24 0.32 0.51 0.42 0.14 0.02 0.18 0.19 0.00 0.33 0.15 0.33 0.47 0.29
O5' 0.38 1.78 0.56 0.34 1.02 0.02 0.81 0.01 1.10 0.39 1.52 2.14 1.61 0.43 0.51 0.42 0.29 0.33 0.00 1.00 0.02 0.02 0.01
O6 0.06 0.02 0.22 0.40 0.03 0.23 0.03 0.47 0.01 0.08 0.02 0.03 0.02 0.07 0.06 0.34 0.24 0.15 1.00 0.00 1.04 1.80 1.29
OP1 0.28 1.76 0.53 0.59 0.86 0.38 0.75 0.32 1.08 0.61 1.53 2.28 1.46 0.61 0.39 0.47 0.65 0.33 0.02 1.04 0.00 0.02 0.01
OP2 0.60 2.64 0.90 0.76 1.47 0.43 1.37 0.31 1.85 0.66 2.42 3.26 2.16 0.85 0.80 1.02 0.83 0.47 0.02 1.80 0.02 0.00 0.01
P 0.32 2.13 0.57 0.43 1.14 0.17 0.97 0.02 1.37 0.37 1.88 2.65 1.81 0.49 0.51 0.52 0.45 0.29 0.01 1.29 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 1.75 2.76 1.57 1.29 2.55 1.16 2.98 0.92 3.27 2.43 3.09 2.72 2.49 2.98 2.20 1.53 1.36 1.46 0.80 3.58 0.92 0.65 0.41
C2 2.70 4.82 2.40 1.77 4.07 1.45 4.49 0.93 5.19 3.28 5.27 4.91 4.23 3.99 3.34 2.30 1.57 2.07 0.75 5.56 1.56 0.90 0.77
C2' 1.72 2.75 1.53 1.22 2.53 1.17 2.99 1.04 3.30 2.43 3.10 2.71 2.46 3.01 2.17 1.49 1.25 1.46 1.06 3.65 1.07 1.13 0.86
C3' 1.46 2.11 1.46 1.37 1.93 1.39 2.32 1.29 2.61 1.88 2.41 2.11 1.90 2.40 1.66 1.60 1.66 1.36 1.25 3.00 1.33 1.05 0.98
C4 2.36 3.94 2.03 1.50 3.49 1.27 3.88 0.82 4.33 2.97 4.29 3.94 3.53 3.57 2.93 1.92 1.32 1.87 0.66 4.60 1.41 0.90 0.67
C4' 1.34 1.71 1.57 1.66 1.52 1.63 1.86 1.58 2.15 1.45 1.96 1.74 1.55 1.93 1.30 1.80 2.14 1.32 1.38 2.55 1.40 1.12 1.02
C5 2.52 4.16 2.14 1.54 3.64 1.33 3.90 0.84 4.33 2.93 4.41 4.20 3.77 3.46 3.04 2.07 1.29 2.00 0.66 4.47 1.67 1.08 0.88
C5' 1.59 1.25 1.95 2.22 1.08 2.28 1.23 2.32 1.52 0.99 1.38 1.36 1.25 1.29 1.09 2.25 2.76 1.77 2.12 1.96 2.11 1.90 1.82
C6 2.80 4.81 2.43 1.74 4.03 1.49 4.23 0.95 4.81 3.07 5.06 4.95 4.31 3.63 3.31 2.40 1.49 2.18 0.77 4.93 1.85 1.13 1.01
C8 1.92 2.97 1.57 1.14 2.74 1.02 3.01 0.65 3.23 2.44 3.18 2.95 2.73 2.87 2.37 1.49 1.00 1.60 0.49 3.35 1.29 1.00 0.62
N1 2.85 5.09 2.52 1.82 4.22 1.52 4.52 0.96 5.22 3.25 5.45 5.24 4.49 3.90 3.44 2.46 1.58 2.19 0.77 5.47 1.75 1.03 0.92
N2 2.75 5.05 2.49 1.86 4.20 1.49 4.66 0.97 5.45 3.37 5.56 5.18 4.39 4.12 3.41 2.39 1.68 2.09 0.78 5.90 1.54 0.86 0.75
N3 2.45 4.25 2.17 1.63 3.70 1.35 4.16 0.90 4.74 3.13 4.69 4.27 3.76 3.82 3.08 2.06 1.48 1.91 0.73 5.12 1.38 0.83 0.64
N7 2.27 3.54 1.88 1.34 3.17 1.21 3.35 0.78 3.63 2.60 3.70 3.56 3.26 3.02 2.71 1.82 1.11 1.86 0.60 3.70 1.67 1.18 0.93
N9 2.00 3.21 1.70 1.28 2.93 1.12 3.32 0.76 3.63 2.65 3.52 3.18 2.90 3.19 2.51 1.61 1.19 1.63 0.63 3.87 1.17 0.82 0.50
O2' 2.20 3.31 2.03 1.67 3.09 1.50 3.55 1.28 3.86 2.95 3.66 3.27 3.02 3.56 2.71 1.93 1.54 1.86 1.23 4.18 1.02 1.19 0.97
O3' 1.82 2.41 1.84 1.70 2.26 1.62 2.63 1.42 2.88 2.25 2.68 2.40 2.23 2.72 2.03 1.96 1.93 1.65 1.31 3.23 1.21 0.93 0.99
O4' 1.26 2.05 1.36 1.38 1.83 1.25 2.23 1.19 2.55 1.74 2.37 2.04 1.80 2.27 1.51 1.48 1.80 1.09 0.98 2.91 1.15 0.87 0.65
O5' 1.49 1.21 1.85 2.12 0.91 2.21 1.03 2.26 1.43 0.65 1.35 1.38 1.17 1.03 0.88 2.18 2.70 1.74 2.04 1.92 2.09 2.12 1.87
O6 2.89 4.99 2.54 1.82 4.07 1.60 4.15 1.06 4.73 2.97 5.12 5.24 4.48 3.47 3.32 2.58 1.59 2.26 0.88 4.79 2.02 1.24 1.15
OP1 2.25 1.61 2.63 2.84 1.48 2.89 1.26 2.78 1.45 1.30 1.46 1.82 1.77 1.27 1.62 2.96 3.31 2.46 2.69 1.86 2.75 2.45 2.46
OP2 1.84 1.70 2.24 2.39 1.30 2.40 1.18 2.39 1.57 0.97 1.69 1.96 1.66 1.06 1.29 2.58 2.95 2.06 2.23 1.99 2.52 2.60 2.25
P 2.00 1.41 2.39 2.62 1.20 2.67 0.98 2.60 1.26 0.97 1.30 1.64 1.53 0.97 1.33 2.72 3.19 2.25 2.39 1.69 2.45 2.42 2.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.11 0.01 0.19 0.02 0.68 0.59 0.29
C2 0.04 0.00 0.28 0.36 0.01 0.21 0.01 0.39 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.19 0.39 0.20 0.49 0.02 0.99 0.92 0.57
C2' 0.01 0.28 0.00 0.01 0.16 0.02 0.11 0.08 0.16 0.11 0.23 0.33 0.27 0.08 0.05 0.01 0.03 0.01 0.36 0.14 0.77 0.46 0.38
C3' 0.03 0.36 0.01 0.00 0.28 0.01 0.32 0.03 0.36 0.30 0.37 0.40 0.32 0.33 0.21 0.02 0.01 0.02 0.45 0.38 0.70 0.31 0.38
C4 0.02 0.01 0.16 0.28 0.00 0.11 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.12 0.27 0.10 0.39 0.02 0.97 0.78 0.45
C4' 0.02 0.21 0.02 0.01 0.11 0.00 0.15 0.01 0.15 0.26 0.17 0.28 0.20 0.24 0.11 0.15 0.03 0.01 0.02 0.18 0.33 0.35 0.10
C5 0.02 0.01 0.11 0.32 0.00 0.15 0.00 0.30 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.33 0.04 0.48 0.02 1.14 0.89 0.56
C5' 0.04 0.39 0.08 0.03 0.24 0.01 0.30 0.00 0.32 0.43 0.34 0.49 0.35 0.43 0.20 0.10 0.09 0.02 0.01 0.36 0.32 0.36 0.02
C6 0.02 0.01 0.16 0.36 0.01 0.15 0.01 0.32 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.39 0.08 0.51 0.01 1.17 0.94 0.59
C8 0.01 0.02 0.11 0.30 0.01 0.26 0.01 0.43 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.16 0.30 0.12 0.55 0.02 1.19 0.89 0.63
N1 0.03 0.00 0.23 0.37 0.01 0.17 0.01 0.34 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.40 0.15 0.49 0.01 1.08 0.93 0.57
N2 0.05 0.01 0.33 0.40 0.02 0.28 0.01 0.49 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.24 0.45 0.24 0.57 0.02 1.03 1.02 0.68
N3 0.04 0.01 0.27 0.32 0.01 0.20 0.01 0.35 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.18 0.33 0.19 0.43 0.02 0.90 0.83 0.49
N7 0.01 0.01 0.08 0.33 0.01 0.24 0.00 0.43 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.16 0.36 0.07 0.58 0.03 1.29 0.98 0.69
N9 0.01 0.02 0.05 0.21 0.01 0.11 0.01 0.20 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.09 0.17 0.01 0.36 0.02 0.93 0.71 0.42
O2' 0.02 0.19 0.01 0.02 0.12 0.15 0.14 0.10 0.15 0.16 0.17 0.24 0.18 0.16 0.09 0.00 0.09 0.13 0.15 0.16 0.53 0.36 0.19
O3' 0.11 0.39 0.03 0.01 0.27 0.03 0.33 0.09 0.39 0.30 0.40 0.45 0.33 0.36 0.17 0.09 0.00 0.08 0.42 0.43 0.64 0.31 0.34
O4' 0.01 0.20 0.01 0.02 0.10 0.01 0.04 0.02 0.08 0.12 0.15 0.24 0.19 0.07 0.01 0.13 0.08 0.00 0.15 0.06 0.50 0.61 0.26
O5' 0.19 0.49 0.36 0.45 0.39 0.02 0.48 0.01 0.51 0.55 0.49 0.57 0.43 0.58 0.36 0.15 0.42 0.15 0.00 0.55 0.03 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.14 0.38 0.02 0.18 0.02 0.36 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.16 0.43 0.06 0.55 0.00 1.26 1.00 0.65
OP1 0.68 0.99 0.77 0.70 0.97 0.33 1.14 0.32 1.17 1.19 1.08 1.03 0.90 1.29 0.93 0.53 0.64 0.50 0.03 1.26 0.00 0.02 0.01
OP2 0.59 0.92 0.46 0.31 0.78 0.35 0.89 0.36 0.94 0.89 0.93 1.02 0.83 0.98 0.71 0.36 0.31 0.61 0.02 1.00 0.02 0.00 0.01
P 0.29 0.57 0.38 0.38 0.45 0.10 0.56 0.02 0.59 0.63 0.57 0.68 0.49 0.69 0.42 0.19 0.34 0.26 0.01 0.65 0.01 0.01 0.00