ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 10871

back

Distances from reference structure (by RMSD)

10, 154, 148, 79, 31, 22, 13, 18, 11, 7, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 3,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.056, 0.173, 0.291, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.173 std_dev=0.117
C4 A 0, 0.038, 0.179, 0.319, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.179 std_dev=0.141
C5 B 0, 0.065, 0.254, 0.442, 1.571 max_d=1.571 avg_d=0.254 std_dev=0.189
N9 B 0, 0.046, 0.261, 0.477, 1.925 max_d=1.925 avg_d=0.261 std_dev=0.215
N3 A 0, 0.041, 0.260, 0.480, 2.233 max_d=2.233 avg_d=0.260 std_dev=0.220
N3 B 0, 0.046, 0.268, 0.490, 1.597 max_d=1.597 avg_d=0.268 std_dev=0.222
C6 B 0, 0.060, 0.326, 0.592, 2.522 max_d=2.522 avg_d=0.326 std_dev=0.266
C5 A 0, 0.033, 0.306, 0.578, 2.690 max_d=2.690 avg_d=0.306 std_dev=0.273
C1' B 0, 0.069, 0.369, 0.668, 2.930 max_d=2.930 avg_d=0.369 std_dev=0.300
N9 A 0, -0.032, 0.269, 0.571, 3.107 max_d=3.107 avg_d=0.269 std_dev=0.301
N7 B 0, 0.071, 0.398, 0.725, 2.699 max_d=2.699 avg_d=0.398 std_dev=0.327
N1 B 0, 0.013, 0.341, 0.668, 3.389 max_d=3.389 avg_d=0.341 std_dev=0.327
C2 B 0, 0.008, 0.340, 0.672, 3.101 max_d=3.101 avg_d=0.340 std_dev=0.332
C2 A 0, 0.018, 0.351, 0.684, 3.685 max_d=3.685 avg_d=0.351 std_dev=0.333
C8 B 0, 0.037, 0.381, 0.724, 3.131 max_d=3.131 avg_d=0.381 std_dev=0.344
C6 A 0, 0.005, 0.365, 0.725, 4.074 max_d=4.074 avg_d=0.365 std_dev=0.360
C2' B 0, 0.086, 0.455, 0.824, 3.310 max_d=3.310 avg_d=0.455 std_dev=0.369
N1 A 0, -0.017, 0.353, 0.722, 4.219 max_d=4.219 avg_d=0.353 std_dev=0.370
O6 B 0, 0.089, 0.468, 0.848, 3.476 max_d=3.476 avg_d=0.468 std_dev=0.380
C1' A 0, -0.092, 0.326, 0.743, 4.917 max_d=4.917 avg_d=0.326 std_dev=0.418
O4' B 0, 0.006, 0.441, 0.875, 4.637 max_d=4.637 avg_d=0.441 std_dev=0.434
N7 A 0, -0.010, 0.464, 0.938, 4.836 max_d=4.836 avg_d=0.464 std_dev=0.474
C8 A 0, -0.046, 0.430, 0.905, 4.822 max_d=4.822 avg_d=0.430 std_dev=0.475
N2 B 0, -0.001, 0.520, 1.041, 4.808 max_d=4.808 avg_d=0.520 std_dev=0.521
C4' B 0, -0.036, 0.497, 1.031, 5.917 max_d=5.917 avg_d=0.497 std_dev=0.533
O6 A 0, -0.020, 0.519, 1.059, 6.258 max_d=6.258 avg_d=0.519 std_dev=0.539
C3' B 0, -0.001, 0.540, 1.081, 5.389 max_d=5.389 avg_d=0.540 std_dev=0.541
N2 A 0, 0.003, 0.551, 1.100, 6.197 max_d=6.197 avg_d=0.551 std_dev=0.549
O2' B 0, 0.115, 0.670, 1.224, 3.897 max_d=3.897 avg_d=0.670 std_dev=0.555
C2' A 0, -0.217, 0.339, 0.895, 6.699 max_d=6.699 avg_d=0.339 std_dev=0.556
O4' A 0, -0.122, 0.486, 1.093, 6.769 max_d=6.769 avg_d=0.486 std_dev=0.607
C5' B 0, -0.111, 0.610, 1.331, 8.706 max_d=8.706 avg_d=0.610 std_dev=0.721
O2' A 0, -0.218, 0.505, 1.228, 8.452 max_d=8.452 avg_d=0.505 std_dev=0.723
C3' A 0, -0.275, 0.454, 1.182, 8.638 max_d=8.638 avg_d=0.454 std_dev=0.728
O5' B 0, -0.134, 0.623, 1.381, 8.937 max_d=8.937 avg_d=0.623 std_dev=0.758
O3' B 0, 0.013, 0.777, 1.541, 6.763 max_d=6.763 avg_d=0.777 std_dev=0.764
C4' A 0, -0.233, 0.549, 1.331, 9.271 max_d=9.271 avg_d=0.549 std_dev=0.782
O3' A 0, -0.372, 0.554, 1.480, 10.900 max_d=10.900 avg_d=0.554 std_dev=0.926
P B 0, -0.312, 0.647, 1.606, 11.670 max_d=11.670 avg_d=0.647 std_dev=0.959
OP2 B 0, -0.232, 0.777, 1.786, 11.393 max_d=11.393 avg_d=0.777 std_dev=1.009
C5' A 0, -0.225, 0.807, 1.838, 11.248 max_d=11.248 avg_d=0.807 std_dev=1.031
OP1 B 0, -0.301, 0.785, 1.871, 12.968 max_d=12.968 avg_d=0.785 std_dev=1.086
O5' A 0, -0.124, 0.975, 2.073, 11.281 max_d=11.281 avg_d=0.975 std_dev=1.099
P A 0, -0.095, 1.304, 2.702, 13.592 max_d=13.592 avg_d=1.304 std_dev=1.398
OP2 A 0, 0.128, 1.639, 3.150, 14.047 max_d=14.047 avg_d=1.639 std_dev=1.511
OP1 A 0, -0.079, 1.564, 3.207, 14.855 max_d=14.855 avg_d=1.564 std_dev=1.643

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.09 0.01 0.20 0.02 0.27 0.32 0.20
C2 0.04 0.00 0.22 0.21 0.01 0.11 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.23 0.26 0.15 0.41 0.02 0.58 0.60 0.48
C2' 0.00 0.22 0.00 0.00 0.12 0.02 0.08 0.06 0.12 0.11 0.18 0.27 0.22 0.07 0.03 0.00 0.02 0.01 0.24 0.10 0.31 0.28 0.21
C3' 0.02 0.21 0.00 0.00 0.15 0.01 0.16 0.03 0.19 0.17 0.20 0.24 0.19 0.17 0.10 0.02 0.01 0.02 0.30 0.19 0.37 0.24 0.24
C4 0.02 0.01 0.12 0.15 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.12 0.14 0.08 0.41 0.01 0.51 0.58 0.43
C4' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.09 0.13 0.10 0.13 0.10 0.12 0.06 0.11 0.03 0.00 0.02 0.11 0.20 0.28 0.08
C5 0.01 0.01 0.08 0.16 0.00 0.09 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.15 0.05 0.50 0.01 0.63 0.74 0.54
C5' 0.04 0.20 0.06 0.03 0.16 0.01 0.20 0.00 0.22 0.22 0.21 0.22 0.17 0.23 0.13 0.07 0.08 0.02 0.01 0.24 0.24 0.32 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.19 0.01 0.09 0.01 0.22 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.14 0.19 0.08 0.52 0.01 0.69 0.81 0.59
C8 0.02 0.01 0.11 0.17 0.01 0.13 0.01 0.22 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.14 0.16 0.09 0.51 0.02 0.55 0.67 0.50
N1 0.03 0.01 0.18 0.20 0.01 0.10 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.19 0.24 0.12 0.47 0.01 0.65 0.72 0.55
N2 0.05 0.01 0.27 0.24 0.02 0.13 0.01 0.22 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.29 0.32 0.18 0.39 0.02 0.59 0.58 0.47
N3 0.04 0.01 0.22 0.19 0.01 0.10 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.23 0.15 0.36 0.02 0.50 0.52 0.40
N7 0.01 0.01 0.07 0.17 0.01 0.12 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.13 0.17 0.06 0.56 0.02 0.67 0.82 0.60
N9 0.01 0.02 0.03 0.10 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.07 0.08 0.02 0.37 0.02 0.42 0.50 0.36
O2' 0.02 0.23 0.00 0.02 0.12 0.11 0.11 0.07 0.14 0.14 0.19 0.29 0.21 0.13 0.07 0.00 0.05 0.08 0.11 0.14 0.27 0.30 0.16
O3' 0.09 0.26 0.02 0.01 0.14 0.03 0.15 0.08 0.19 0.16 0.24 0.32 0.23 0.17 0.08 0.05 0.00 0.06 0.29 0.21 0.48 0.34 0.29
O4' 0.01 0.15 0.01 0.02 0.08 0.00 0.05 0.02 0.08 0.09 0.12 0.18 0.15 0.06 0.02 0.08 0.06 0.00 0.17 0.07 0.26 0.36 0.21
O5' 0.20 0.41 0.24 0.30 0.41 0.02 0.50 0.01 0.52 0.51 0.47 0.39 0.36 0.56 0.37 0.11 0.29 0.17 0.00 0.56 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.10 0.19 0.01 0.11 0.01 0.24 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.14 0.21 0.07 0.56 0.00 0.76 0.91 0.66
OP1 0.27 0.58 0.31 0.37 0.51 0.20 0.63 0.24 0.69 0.55 0.65 0.59 0.50 0.67 0.42 0.27 0.48 0.26 0.02 0.76 0.00 0.02 0.01
OP2 0.32 0.60 0.28 0.24 0.58 0.28 0.74 0.32 0.81 0.67 0.72 0.58 0.52 0.82 0.50 0.30 0.34 0.36 0.02 0.91 0.02 0.00 0.01
P 0.20 0.48 0.21 0.24 0.43 0.08 0.54 0.02 0.59 0.50 0.55 0.47 0.40 0.60 0.36 0.16 0.29 0.21 0.01 0.66 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.41 0.62 0.36 0.34 0.38 0.44 0.40 0.53 0.54 0.35 0.64 0.73 0.51 0.38 0.31 0.48 0.35 0.47 0.51 0.60 0.47 0.56 0.56
C2 0.57 0.45 0.56 0.52 0.34 0.55 0.44 0.55 0.50 0.59 0.51 0.58 0.34 0.58 0.47 0.65 0.47 0.56 0.51 0.60 0.39 0.49 0.42
C2' 0.44 0.56 0.39 0.44 0.40 0.56 0.44 0.68 0.55 0.45 0.61 0.65 0.46 0.46 0.38 0.45 0.43 0.56 0.67 0.62 0.62 0.67 0.70
C3' 0.44 0.58 0.42 0.49 0.44 0.55 0.50 0.70 0.59 0.54 0.63 0.66 0.47 0.55 0.43 0.41 0.46 0.54 0.76 0.65 0.84 0.92 0.93
C4 0.44 0.55 0.40 0.37 0.28 0.42 0.26 0.44 0.43 0.38 0.54 0.66 0.45 0.34 0.30 0.50 0.35 0.46 0.43 0.49 0.30 0.45 0.37
C4' 0.38 0.62 0.35 0.39 0.41 0.47 0.48 0.63 0.60 0.46 0.66 0.74 0.49 0.52 0.36 0.40 0.38 0.47 0.68 0.68 0.85 0.92 0.90
C5 0.52 0.61 0.49 0.46 0.40 0.47 0.27 0.43 0.40 0.42 0.56 0.71 0.55 0.34 0.42 0.57 0.45 0.51 0.41 0.44 0.27 0.43 0.31
C5' 0.39 0.71 0.39 0.42 0.50 0.44 0.59 0.59 0.71 0.54 0.76 0.84 0.58 0.63 0.42 0.40 0.42 0.45 0.69 0.80 0.95 1.07 0.97
C6 0.59 0.54 0.58 0.55 0.41 0.53 0.29 0.48 0.29 0.51 0.45 0.68 0.53 0.46 0.49 0.65 0.53 0.55 0.45 0.41 0.33 0.45 0.33
C8 0.50 0.73 0.47 0.42 0.51 0.45 0.48 0.44 0.60 0.38 0.72 0.83 0.64 0.38 0.43 0.55 0.43 0.51 0.42 0.62 0.32 0.49 0.39
N1 0.59 0.40 0.59 0.55 0.35 0.54 0.39 0.51 0.41 0.57 0.40 0.56 0.38 0.56 0.49 0.66 0.51 0.56 0.48 0.56 0.37 0.47 0.37
N2 0.67 0.59 0.70 0.62 0.53 0.64 0.61 0.64 0.65 0.67 0.65 0.68 0.50 0.67 0.61 0.81 0.58 0.65 0.58 0.71 0.48 0.54 0.49
N3 0.47 0.50 0.45 0.43 0.27 0.49 0.37 0.54 0.47 0.51 0.53 0.62 0.37 0.48 0.36 0.57 0.39 0.51 0.50 0.55 0.39 0.49 0.44
N7 0.56 0.75 0.54 0.49 0.55 0.49 0.47 0.45 0.58 0.43 0.72 0.84 0.68 0.38 0.49 0.61 0.51 0.54 0.42 0.58 0.30 0.46 0.33
N9 0.42 0.63 0.37 0.34 0.38 0.41 0.36 0.44 0.52 0.32 0.63 0.73 0.53 0.32 0.31 0.48 0.34 0.46 0.43 0.56 0.33 0.48 0.42
O2' 0.52 0.63 0.47 0.52 0.47 0.65 0.51 0.78 0.63 0.50 0.68 0.71 0.54 0.51 0.45 0.57 0.53 0.63 0.71 0.71 0.66 0.63 0.70
O3' 0.48 0.54 0.50 0.61 0.43 0.65 0.50 0.83 0.58 0.57 0.61 0.61 0.43 0.57 0.46 0.46 0.61 0.60 0.89 0.66 1.07 1.01 1.12
O4' 0.39 0.66 0.34 0.31 0.41 0.40 0.43 0.51 0.58 0.36 0.68 0.79 0.54 0.42 0.31 0.46 0.31 0.43 0.52 0.64 0.61 0.71 0.68
O5' 0.59 0.88 0.56 0.54 0.73 0.54 0.81 0.63 0.91 0.74 0.93 0.97 0.77 0.84 0.65 0.56 0.52 0.59 0.77 0.99 0.92 1.13 0.98
O6 0.66 0.66 0.68 0.64 0.53 0.61 0.41 0.55 0.36 0.56 0.53 0.80 0.65 0.52 0.57 0.75 0.64 0.62 0.51 0.43 0.41 0.49 0.38
OP1 0.67 1.08 0.72 0.69 0.88 0.60 0.99 0.69 1.12 0.83 1.14 1.19 0.95 0.98 0.76 0.72 0.71 0.61 0.86 1.23 1.17 1.34 1.13
OP2 0.70 1.05 0.70 0.67 0.90 0.62 1.03 0.70 1.15 0.89 1.14 1.12 0.93 1.04 0.80 0.70 0.66 0.67 0.80 1.28 0.97 1.19 0.98
P 0.59 0.96 0.59 0.55 0.77 0.51 0.88 0.59 1.00 0.75 1.02 1.07 0.83 0.89 0.67 0.59 0.55 0.56 0.74 1.11 0.95 1.17 0.97

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.02 0.04 0.06 0.04 0.01 0.01 0.02 0.16 0.01 0.19 0.03 0.22 0.32 0.19
C2 0.04 0.00 0.24 0.26 0.01 0.13 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.20 0.28 0.14 0.39 0.02 0.51 0.53 0.44
C2' 0.01 0.24 0.00 0.01 0.13 0.02 0.08 0.11 0.12 0.12 0.19 0.29 0.24 0.08 0.03 0.01 0.03 0.01 0.28 0.10 0.35 0.36 0.28
C3' 0.01 0.26 0.01 0.00 0.19 0.01 0.22 0.03 0.24 0.21 0.26 0.29 0.23 0.23 0.14 0.02 0.01 0.02 0.27 0.25 0.34 0.21 0.22
C4 0.02 0.01 0.13 0.19 0.00 0.07 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.15 0.07 0.35 0.02 0.39 0.43 0.34
C4' 0.01 0.13 0.02 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.10 0.15 0.11 0.17 0.12 0.14 0.06 0.17 0.03 0.01 0.02 0.12 0.16 0.24 0.07
C5 0.02 0.01 0.08 0.22 0.00 0.09 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.17 0.15 0.04 0.42 0.02 0.45 0.49 0.41
C5' 0.06 0.21 0.11 0.03 0.15 0.01 0.19 0.00 0.20 0.22 0.21 0.25 0.19 0.24 0.12 0.08 0.12 0.02 0.01 0.23 0.18 0.28 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.24 0.01 0.10 0.01 0.20 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.18 0.19 0.06 0.44 0.01 0.51 0.55 0.45
C8 0.02 0.01 0.12 0.21 0.01 0.15 0.01 0.22 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.21 0.17 0.09 0.43 0.03 0.40 0.45 0.39
N1 0.04 0.01 0.19 0.26 0.01 0.11 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.18 0.24 0.11 0.42 0.02 0.52 0.55 0.45
N2 0.06 0.01 0.29 0.29 0.01 0.17 0.02 0.25 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.26 0.35 0.16 0.41 0.03 0.58 0.58 0.49
N3 0.04 0.01 0.24 0.23 0.00 0.12 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.25 0.13 0.35 0.02 0.44 0.46 0.38
N7 0.01 0.01 0.08 0.23 0.01 0.14 0.00 0.24 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.22 0.18 0.06 0.47 0.03 0.48 0.53 0.46
N9 0.01 0.02 0.03 0.14 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.11 0.08 0.02 0.31 0.02 0.31 0.37 0.28
O2' 0.02 0.20 0.01 0.02 0.13 0.17 0.17 0.08 0.18 0.21 0.18 0.26 0.19 0.22 0.11 0.00 0.06 0.12 0.18 0.20 0.28 0.36 0.21
O3' 0.16 0.28 0.03 0.01 0.15 0.03 0.15 0.12 0.19 0.17 0.24 0.35 0.25 0.18 0.08 0.06 0.00 0.11 0.29 0.21 0.47 0.30 0.31
O4' 0.01 0.14 0.01 0.02 0.07 0.01 0.04 0.02 0.06 0.09 0.11 0.16 0.13 0.06 0.02 0.12 0.11 0.00 0.14 0.06 0.18 0.33 0.19
O5' 0.19 0.39 0.28 0.27 0.35 0.02 0.42 0.01 0.44 0.43 0.42 0.41 0.35 0.47 0.31 0.18 0.29 0.14 0.00 0.47 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.10 0.25 0.02 0.12 0.02 0.23 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.20 0.21 0.06 0.47 0.00 0.56 0.59 0.50
OP1 0.22 0.51 0.35 0.34 0.39 0.16 0.45 0.18 0.51 0.40 0.52 0.58 0.44 0.48 0.31 0.28 0.47 0.18 0.02 0.56 0.00 0.02 0.01
OP2 0.32 0.53 0.36 0.21 0.43 0.24 0.49 0.28 0.55 0.45 0.55 0.58 0.46 0.53 0.37 0.36 0.30 0.33 0.02 0.59 0.02 0.00 0.01
P 0.19 0.44 0.28 0.22 0.34 0.07 0.41 0.02 0.45 0.39 0.45 0.49 0.38 0.46 0.28 0.21 0.31 0.19 0.01 0.50 0.01 0.01 0.00