ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 10872

back

Distances from reference structure (by RMSD)

11, 90, 142, 86, 62, 32, 14, 11, 6, 8, 8, 4, 3, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 20,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.075, 0.216, 0.357, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.216 std_dev=0.141
C4 A 0, 0.098, 0.243, 0.388, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.243 std_dev=0.145
C5 B 0, 0.044, 0.317, 0.590, 1.691 max_d=1.691 avg_d=0.317 std_dev=0.273
N3 B 0, 0.058, 0.355, 0.651, 1.951 max_d=1.951 avg_d=0.355 std_dev=0.297
C5 A 0, 0.080, 0.378, 0.676, 1.671 max_d=1.671 avg_d=0.378 std_dev=0.298
N3 A 0, 0.012, 0.323, 0.635, 2.137 max_d=2.137 avg_d=0.323 std_dev=0.311
N9 A 0, 0.016, 0.391, 0.767, 2.296 max_d=2.296 avg_d=0.391 std_dev=0.375
N9 B 0, -0.038, 0.351, 0.740, 2.322 max_d=2.322 avg_d=0.351 std_dev=0.389
C6 B 0, 0.009, 0.432, 0.854, 2.511 max_d=2.511 avg_d=0.432 std_dev=0.423
C6 A 0, 0.028, 0.471, 0.913, 2.500 max_d=2.500 avg_d=0.471 std_dev=0.442
C2 B 0, 0.012, 0.471, 0.930, 3.082 max_d=3.082 avg_d=0.471 std_dev=0.459
C2 A 0, -0.029, 0.447, 0.923, 3.196 max_d=3.196 avg_d=0.447 std_dev=0.476
N1 A 0, -0.012, 0.489, 0.990, 2.746 max_d=2.746 avg_d=0.489 std_dev=0.501
N1 B 0, -0.025, 0.493, 1.011, 3.169 max_d=3.169 avg_d=0.493 std_dev=0.518
N7 B 0, -0.020, 0.502, 1.024, 3.511 max_d=3.511 avg_d=0.502 std_dev=0.522
N7 A 0, 0.030, 0.594, 1.158, 3.403 max_d=3.403 avg_d=0.594 std_dev=0.564
C8 B 0, -0.077, 0.495, 1.067, 3.798 max_d=3.798 avg_d=0.495 std_dev=0.572
C1' A 0, -0.103, 0.473, 1.049, 3.358 max_d=3.358 avg_d=0.473 std_dev=0.576
C8 A 0, 0.014, 0.596, 1.178, 3.599 max_d=3.599 avg_d=0.596 std_dev=0.582
C1' B 0, -0.085, 0.508, 1.100, 3.391 max_d=3.391 avg_d=0.508 std_dev=0.592
N6 B 0, -0.019, 0.637, 1.293, 3.925 max_d=3.925 avg_d=0.637 std_dev=0.656
O6 A 0, -0.012, 0.670, 1.352, 3.814 max_d=3.814 avg_d=0.670 std_dev=0.682
C2' A 0, -0.169, 0.585, 1.339, 4.540 max_d=4.540 avg_d=0.585 std_dev=0.754
C2' B 0, -0.140, 0.634, 1.407, 4.618 max_d=4.618 avg_d=0.634 std_dev=0.773
O4' A 0, -0.134, 0.643, 1.421, 5.334 max_d=5.334 avg_d=0.643 std_dev=0.777
N2 A 0, -0.097, 0.688, 1.474, 5.314 max_d=5.314 avg_d=0.688 std_dev=0.785
O4' B 0, -0.302, 0.629, 1.559, 5.863 max_d=5.863 avg_d=0.629 std_dev=0.930
C3' A 0, -0.277, 0.691, 1.658, 6.910 max_d=6.910 avg_d=0.691 std_dev=0.968
O2' B 0, -0.115, 0.882, 1.878, 5.842 max_d=5.842 avg_d=0.882 std_dev=0.996
O2' A 0, -0.208, 0.802, 1.813, 5.994 max_d=5.994 avg_d=0.802 std_dev=1.010
C4' A 0, -0.316, 0.725, 1.765, 7.090 max_d=7.090 avg_d=0.725 std_dev=1.040
C3' B 0, -0.360, 0.753, 1.865, 7.086 max_d=7.086 avg_d=0.753 std_dev=1.112
C4' B 0, -0.457, 0.730, 1.917, 7.685 max_d=7.685 avg_d=0.730 std_dev=1.187
O3' A 0, -0.447, 0.807, 2.061, 7.981 max_d=7.981 avg_d=0.807 std_dev=1.254
C5' A 0, -0.229, 1.067, 2.363, 9.807 max_d=9.807 avg_d=1.067 std_dev=1.296
O3' B 0, -0.296, 1.008, 2.312, 8.409 max_d=8.409 avg_d=1.008 std_dev=1.304
O5' A 0, -0.052, 1.261, 2.574, 10.146 max_d=10.146 avg_d=1.261 std_dev=1.313
C5' B 0, -0.672, 0.884, 2.439, 9.917 max_d=9.917 avg_d=0.884 std_dev=1.555
O5' B 0, -0.639, 0.947, 2.533, 10.092 max_d=10.092 avg_d=0.947 std_dev=1.586
P A 0, 0.047, 1.713, 3.380, 13.001 max_d=13.001 avg_d=1.713 std_dev=1.667
OP2 A 0, 0.260, 2.031, 3.802, 14.282 max_d=14.282 avg_d=2.031 std_dev=1.771
OP1 A 0, 0.004, 1.970, 3.935, 13.933 max_d=13.933 avg_d=1.970 std_dev=1.965
P B 0, -0.962, 1.067, 3.096, 12.576 max_d=12.576 avg_d=1.067 std_dev=2.029
OP2 B 0, -0.806, 1.224, 3.253, 11.605 max_d=11.605 avg_d=1.224 std_dev=2.030
OP1 B 0, -1.088, 1.287, 3.662, 14.686 max_d=14.686 avg_d=1.287 std_dev=2.375

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.12 0.01 0.19 0.03 0.31 0.32 0.20
C2 0.04 0.00 0.25 0.23 0.01 0.11 0.01 0.22 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.24 0.29 0.15 0.41 0.02 0.69 0.59 0.47
C2' 0.00 0.25 0.00 0.01 0.13 0.02 0.09 0.08 0.13 0.11 0.20 0.30 0.24 0.07 0.03 0.00 0.02 0.01 0.26 0.11 0.39 0.32 0.28
C3' 0.01 0.23 0.01 0.00 0.16 0.01 0.18 0.03 0.20 0.19 0.22 0.27 0.21 0.19 0.11 0.02 0.01 0.02 0.27 0.21 0.36 0.25 0.23
C4 0.02 0.01 0.13 0.16 0.00 0.06 0.01 0.15 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.12 0.16 0.08 0.38 0.02 0.58 0.58 0.41
C4' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.13 0.09 0.14 0.10 0.12 0.05 0.13 0.03 0.01 0.02 0.09 0.19 0.27 0.07
C5 0.02 0.01 0.09 0.18 0.01 0.08 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.13 0.16 0.05 0.46 0.02 0.69 0.77 0.53
C5' 0.05 0.22 0.08 0.03 0.15 0.01 0.17 0.00 0.19 0.20 0.20 0.26 0.19 0.21 0.11 0.07 0.09 0.02 0.01 0.21 0.24 0.33 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.20 0.01 0.08 0.01 0.19 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.15 0.21 0.07 0.48 0.01 0.76 0.82 0.57
C8 0.02 0.02 0.11 0.19 0.01 0.13 0.01 0.20 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.16 0.16 0.09 0.50 0.03 0.62 0.74 0.53
N1 0.03 0.01 0.20 0.22 0.02 0.09 0.01 0.20 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.20 0.26 0.12 0.44 0.02 0.74 0.71 0.52
N2 0.05 0.01 0.30 0.27 0.02 0.14 0.02 0.26 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.30 0.35 0.17 0.42 0.03 0.73 0.57 0.50
N3 0.04 0.01 0.24 0.21 0.01 0.10 0.01 0.19 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.22 0.25 0.14 0.36 0.02 0.60 0.51 0.41
N7 0.02 0.01 0.07 0.19 0.01 0.12 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.16 0.17 0.06 0.53 0.03 0.74 0.89 0.61
N9 0.01 0.02 0.03 0.11 0.01 0.05 0.01 0.11 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.08 0.08 0.02 0.35 0.02 0.47 0.52 0.36
O2' 0.02 0.24 0.00 0.02 0.12 0.13 0.13 0.07 0.15 0.16 0.20 0.30 0.22 0.16 0.08 0.00 0.05 0.10 0.14 0.16 0.34 0.33 0.21
O3' 0.12 0.29 0.02 0.01 0.16 0.03 0.16 0.09 0.21 0.16 0.26 0.35 0.25 0.17 0.08 0.05 0.00 0.09 0.25 0.22 0.47 0.35 0.26
O4' 0.01 0.15 0.01 0.02 0.08 0.01 0.05 0.02 0.07 0.09 0.12 0.17 0.14 0.06 0.02 0.10 0.09 0.00 0.14 0.07 0.25 0.32 0.18
O5' 0.19 0.41 0.26 0.27 0.38 0.02 0.46 0.01 0.48 0.50 0.44 0.42 0.36 0.53 0.35 0.14 0.25 0.14 0.00 0.52 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.11 0.21 0.02 0.09 0.02 0.21 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.16 0.22 0.07 0.52 0.00 0.83 0.93 0.63
OP1 0.31 0.69 0.39 0.36 0.58 0.19 0.69 0.24 0.76 0.62 0.74 0.73 0.60 0.74 0.47 0.34 0.47 0.25 0.02 0.83 0.00 0.02 0.01
OP2 0.32 0.59 0.32 0.25 0.58 0.27 0.77 0.33 0.82 0.74 0.71 0.57 0.51 0.89 0.52 0.33 0.35 0.32 0.02 0.93 0.02 0.00 0.01
P 0.20 0.47 0.28 0.23 0.41 0.07 0.53 0.02 0.57 0.53 0.52 0.50 0.41 0.61 0.36 0.21 0.26 0.18 0.01 0.63 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.66 0.78 0.49 0.71 0.43 0.94 0.45 1.08 0.68 0.58 0.83 0.60 0.82 0.48 0.49 0.50 0.67 0.94 1.09 1.17 1.13 1.22
C2 0.76 0.53 0.68 0.68 0.41 0.77 0.40 0.75 0.49 0.63 0.57 0.47 0.62 0.55 0.59 0.79 0.66 0.82 0.72 0.68 0.72 0.67
C2' 0.84 0.71 0.71 1.00 0.45 1.24 0.48 1.40 0.68 0.72 0.78 0.57 0.89 0.58 0.63 0.68 0.97 1.18 1.39 1.44 1.32 1.48
C3' 0.82 0.71 0.73 1.07 0.45 1.24 0.49 1.46 0.67 0.83 0.78 0.55 0.87 0.68 0.65 0.67 1.07 1.13 1.54 1.70 1.64 1.77
C4 0.58 0.62 0.46 0.52 0.32 0.65 0.27 0.70 0.48 0.52 0.64 0.47 0.57 0.38 0.44 0.55 0.46 0.72 0.72 0.69 0.82 0.76
C4' 0.70 0.78 0.60 0.91 0.43 1.10 0.48 1.33 0.70 0.71 0.85 0.59 0.87 0.61 0.54 0.56 0.93 1.02 1.38 1.65 1.54 1.66
C5 0.60 0.66 0.61 0.56 0.45 0.56 0.31 0.56 0.40 0.55 0.61 0.59 0.43 0.43 0.51 0.75 0.54 0.61 0.59 0.57 0.78 0.62
C5' 0.66 0.89 0.61 0.89 0.51 1.01 0.58 1.22 0.79 0.74 0.95 0.68 0.95 0.69 0.56 0.61 0.94 0.92 1.31 1.67 1.63 1.65
C6 0.70 0.57 0.77 0.69 0.50 0.63 0.36 0.59 0.29 0.62 0.47 0.60 0.41 0.54 0.60 0.93 0.71 0.64 0.59 0.60 0.73 0.56
C8 0.60 0.86 0.61 0.61 0.54 0.64 0.47 0.69 0.65 0.55 0.85 0.74 0.69 0.47 0.51 0.71 0.59 0.68 0.76 0.79 1.00 0.89
N1 0.73 0.48 0.75 0.69 0.44 0.68 0.39 0.63 0.39 0.65 0.45 0.50 0.56 0.58 0.61 0.90 0.72 0.70 0.61 0.61 0.68 0.55
N2 0.90 0.71 0.86 0.83 0.59 0.92 0.56 0.89 0.63 0.71 0.72 0.67 0.74 0.65 0.71 0.98 0.84 0.95 0.83 0.81 0.77 0.76
N3 0.71 0.57 0.56 0.64 0.34 0.81 0.36 0.84 0.52 0.58 0.63 0.44 0.64 0.48 0.52 0.63 0.57 0.87 0.81 0.78 0.80 0.80
N7 0.65 0.85 0.72 0.65 0.59 0.61 0.47 0.60 0.59 0.58 0.79 0.76 0.58 0.50 0.57 0.85 0.64 0.64 0.64 0.64 0.90 0.71
N9 0.57 0.75 0.45 0.56 0.41 0.71 0.38 0.81 0.61 0.52 0.78 0.59 0.70 0.41 0.44 0.51 0.51 0.76 0.85 0.87 0.98 0.95
O2' 0.96 0.83 0.85 1.14 0.59 1.42 0.63 1.60 0.82 0.76 0.90 0.70 1.03 0.67 0.72 0.84 1.12 1.32 1.49 1.59 1.31 1.55
O3' 0.94 0.67 0.90 1.30 0.48 1.47 0.52 1.75 0.66 0.90 0.76 0.53 0.89 0.73 0.73 0.83 1.36 1.27 1.81 2.13 1.84 2.12
O4' 0.61 0.82 0.48 0.71 0.44 0.91 0.46 1.10 0.69 0.59 0.86 0.63 0.82 0.51 0.47 0.49 0.69 0.90 1.13 1.32 1.27 1.35
O5' 0.71 1.08 0.72 0.87 0.72 0.90 0.78 1.05 0.97 0.83 1.13 0.88 1.09 0.84 0.68 0.75 0.91 0.85 1.19 1.45 1.59 1.49
O6 0.82 0.71 0.99 0.89 0.64 0.78 0.51 0.73 0.44 0.69 0.57 0.75 0.54 0.63 0.71 1.17 0.94 0.73 0.70 0.76 0.82 0.66
OP1 0.86 1.32 0.92 1.01 0.93 0.99 0.99 1.08 1.22 0.91 1.39 1.11 1.36 0.98 0.83 1.00 1.13 0.91 1.19 1.59 1.65 1.51
OP2 0.80 1.31 0.89 0.90 0.93 0.82 1.00 0.86 1.20 0.91 1.36 1.11 1.33 1.02 0.81 1.00 0.96 0.78 0.99 1.23 1.48 1.24
P 0.75 1.21 0.81 0.87 0.82 0.85 0.87 0.94 1.08 0.84 1.25 1.00 1.20 0.90 0.73 0.90 0.95 0.80 1.07 1.36 1.53 1.36

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.18 0.01 0.17 0.23 0.27 0.17
C2 0.04 0.00 0.25 0.26 0.01 0.24 0.01 0.46 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.23 0.29 0.22 0.57 0.74 0.77 0.67
C2' 0.01 0.25 0.00 0.01 0.13 0.02 0.08 0.13 0.13 0.12 0.20 0.24 0.10 0.08 0.03 0.00 0.03 0.01 0.29 0.37 0.37 0.31
C3' 0.02 0.26 0.01 0.00 0.18 0.01 0.22 0.02 0.23 0.29 0.24 0.25 0.26 0.29 0.16 0.02 0.01 0.02 0.24 0.34 0.23 0.21
C4 0.02 0.01 0.13 0.18 0.00 0.10 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.15 0.12 0.34 0.43 0.45 0.34
C4' 0.01 0.24 0.02 0.01 0.10 0.00 0.08 0.01 0.10 0.22 0.17 0.23 0.10 0.18 0.07 0.18 0.03 0.01 0.02 0.16 0.22 0.06
C5 0.02 0.01 0.08 0.22 0.01 0.08 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.18 0.16 0.06 0.39 0.48 0.57 0.41
C5' 0.06 0.46 0.13 0.02 0.20 0.01 0.17 0.00 0.22 0.33 0.35 0.42 0.21 0.29 0.11 0.08 0.13 0.02 0.01 0.18 0.26 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.23 0.01 0.10 0.01 0.22 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.19 0.20 0.10 0.41 0.54 0.60 0.44
C8 0.02 0.02 0.12 0.29 0.01 0.22 0.01 0.33 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.23 0.20 0.13 0.58 0.60 0.73 0.60
N1 0.03 0.01 0.20 0.24 0.01 0.17 0.01 0.35 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.20 0.24 0.17 0.49 0.65 0.68 0.56
N3 0.04 0.01 0.24 0.25 0.01 0.23 0.01 0.42 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.21 0.27 0.22 0.53 0.64 0.65 0.58
N6 0.03 0.02 0.10 0.26 0.01 0.10 0.02 0.21 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.22 0.22 0.08 0.44 0.58 0.69 0.49
N7 0.01 0.01 0.08 0.29 0.01 0.18 0.00 0.29 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.24 0.21 0.08 0.56 0.64 0.80 0.62
N9 0.01 0.02 0.03 0.16 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.12 0.09 0.02 0.31 0.34 0.40 0.29
O2' 0.02 0.23 0.00 0.02 0.14 0.18 0.18 0.08 0.19 0.23 0.20 0.21 0.22 0.24 0.12 0.00 0.07 0.13 0.22 0.35 0.41 0.27
O3' 0.18 0.29 0.03 0.01 0.15 0.03 0.16 0.13 0.20 0.20 0.24 0.27 0.22 0.21 0.09 0.07 0.00 0.13 0.25 0.45 0.32 0.28
O4' 0.01 0.22 0.01 0.02 0.12 0.01 0.06 0.02 0.10 0.13 0.17 0.22 0.08 0.08 0.02 0.13 0.13 0.00 0.12 0.17 0.28 0.16
O5' 0.17 0.57 0.29 0.24 0.34 0.02 0.39 0.01 0.41 0.58 0.49 0.53 0.44 0.56 0.31 0.22 0.25 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.23 0.74 0.37 0.34 0.43 0.16 0.48 0.18 0.54 0.60 0.65 0.64 0.58 0.64 0.34 0.35 0.45 0.17 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.27 0.77 0.37 0.23 0.45 0.22 0.57 0.26 0.60 0.73 0.68 0.65 0.69 0.80 0.40 0.41 0.32 0.28 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.17 0.67 0.31 0.21 0.34 0.06 0.41 0.02 0.44 0.60 0.56 0.58 0.49 0.62 0.29 0.27 0.28 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00