ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 10874

back

Distances from reference structure (by RMSD)

21, 158, 158, 82, 42, 17, 6, 8, 6, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.062, 0.163, 0.264, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.163 std_dev=0.101
N1 B 0, 0.066, 0.174, 0.282, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.174 std_dev=0.108
N3 A 0, 0.078, 0.210, 0.342, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.210 std_dev=0.132
C6 B 0, 0.077, 0.225, 0.372, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.225 std_dev=0.147
C2 B 0, 0.099, 0.259, 0.419, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.259 std_dev=0.160
N9 A 0, 0.076, 0.237, 0.399, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.237 std_dev=0.162
C5 A 0, 0.091, 0.260, 0.428, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.260 std_dev=0.169
C2 A 0, 0.110, 0.282, 0.455, 1.739 max_d=1.739 avg_d=0.282 std_dev=0.173
N1 A 0, 0.093, 0.276, 0.459, 1.579 max_d=1.579 avg_d=0.276 std_dev=0.183
C6 A 0, 0.090, 0.287, 0.484, 1.328 max_d=1.328 avg_d=0.287 std_dev=0.197
C1' A 0, 0.065, 0.263, 0.461, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.263 std_dev=0.198
C5 B 0, 0.099, 0.305, 0.512, 1.588 max_d=1.588 avg_d=0.305 std_dev=0.206
N3 B 0, 0.093, 0.300, 0.507, 1.881 max_d=1.881 avg_d=0.300 std_dev=0.207
C1' B 0, 0.078, 0.293, 0.509, 1.371 max_d=1.371 avg_d=0.293 std_dev=0.215
C4 B 0, 0.078, 0.306, 0.533, 1.864 max_d=1.864 avg_d=0.306 std_dev=0.227
C8 A 0, 0.124, 0.383, 0.642, 1.399 max_d=1.399 avg_d=0.383 std_dev=0.259
O2 B 0, 0.148, 0.415, 0.681, 1.585 max_d=1.585 avg_d=0.415 std_dev=0.266
O4' B 0, 0.077, 0.348, 0.618, 1.939 max_d=1.939 avg_d=0.348 std_dev=0.270
N7 A 0, 0.131, 0.403, 0.676, 1.612 max_d=1.612 avg_d=0.403 std_dev=0.272
C2' B 0, 0.124, 0.407, 0.690, 1.746 max_d=1.746 avg_d=0.407 std_dev=0.283
N2 A 0, 0.160, 0.444, 0.728, 2.689 max_d=2.689 avg_d=0.444 std_dev=0.284
O6 A 0, 0.115, 0.402, 0.688, 1.903 max_d=1.903 avg_d=0.402 std_dev=0.287
C3' B 0, 0.170, 0.484, 0.797, 2.083 max_d=2.083 avg_d=0.484 std_dev=0.313
C4' B 0, 0.103, 0.432, 0.761, 2.431 max_d=2.431 avg_d=0.432 std_dev=0.329
O4' A 0, 0.044, 0.385, 0.725, 2.728 max_d=2.728 avg_d=0.385 std_dev=0.341
N4 B 0, 0.113, 0.459, 0.804, 2.825 max_d=2.825 avg_d=0.459 std_dev=0.345
C2' A 0, -0.020, 0.341, 0.702, 3.601 max_d=3.601 avg_d=0.341 std_dev=0.361
C5' B 0, 0.117, 0.525, 0.933, 2.782 max_d=2.782 avg_d=0.525 std_dev=0.408
C3' A 0, -0.036, 0.412, 0.861, 4.988 max_d=4.988 avg_d=0.412 std_dev=0.448
C4' A 0, -0.015, 0.442, 0.898, 4.359 max_d=4.359 avg_d=0.442 std_dev=0.457
O2' B 0, 0.153, 0.611, 1.068, 2.692 max_d=2.692 avg_d=0.611 std_dev=0.458
O3' B 0, 0.267, 0.754, 1.240, 2.933 max_d=2.933 avg_d=0.754 std_dev=0.486
O5' B 0, 0.052, 0.546, 1.040, 3.815 max_d=3.815 avg_d=0.546 std_dev=0.494
O2' A 0, -0.032, 0.468, 0.967, 4.542 max_d=4.542 avg_d=0.468 std_dev=0.499
O3' A 0, -0.057, 0.500, 1.058, 5.407 max_d=5.407 avg_d=0.500 std_dev=0.558
P B 0, -0.066, 0.578, 1.222, 5.514 max_d=5.514 avg_d=0.578 std_dev=0.644
C5' A 0, -0.004, 0.680, 1.364, 7.023 max_d=7.023 avg_d=0.680 std_dev=0.684
OP1 B 0, -0.072, 0.715, 1.502, 5.941 max_d=5.941 avg_d=0.715 std_dev=0.787
OP2 B 0, -0.157, 0.696, 1.548, 8.154 max_d=8.154 avg_d=0.696 std_dev=0.852
O5' A 0, 0.054, 0.973, 1.892, 8.899 max_d=8.899 avg_d=0.973 std_dev=0.919
P A 0, 0.134, 1.424, 2.715, 11.750 max_d=11.750 avg_d=1.424 std_dev=1.290
OP2 A 0, 0.175, 1.665, 3.155, 11.928 max_d=11.928 avg_d=1.665 std_dev=1.490
OP1 A 0, 0.203, 1.764, 3.325, 13.535 max_d=13.535 avg_d=1.764 std_dev=1.561

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.12 0.01 0.19 0.03 0.29 0.31 0.19
C2 0.04 0.00 0.21 0.22 0.01 0.12 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.20 0.24 0.13 0.39 0.01 0.60 0.60 0.43
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.11 0.02 0.07 0.08 0.10 0.11 0.16 0.25 0.21 0.08 0.03 0.00 0.02 0.01 0.24 0.09 0.33 0.31 0.23
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.16 0.01 0.17 0.03 0.19 0.18 0.21 0.25 0.20 0.19 0.11 0.02 0.01 0.02 0.28 0.20 0.37 0.27 0.24
C4 0.02 0.01 0.11 0.16 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.13 0.07 0.38 0.02 0.52 0.56 0.40
C4' 0.01 0.12 0.02 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.09 0.13 0.10 0.16 0.11 0.12 0.06 0.13 0.03 0.00 0.02 0.10 0.21 0.26 0.09
C5 0.02 0.01 0.07 0.17 0.00 0.08 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.13 0.04 0.48 0.02 0.66 0.74 0.53
C5' 0.04 0.23 0.08 0.03 0.16 0.01 0.18 0.00 0.21 0.20 0.22 0.27 0.20 0.22 0.12 0.08 0.09 0.02 0.01 0.22 0.22 0.31 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.19 0.01 0.09 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.17 0.06 0.50 0.01 0.71 0.79 0.56
C8 0.01 0.01 0.11 0.18 0.01 0.13 0.01 0.20 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.17 0.15 0.08 0.52 0.03 0.61 0.70 0.54
N1 0.03 0.01 0.16 0.21 0.01 0.10 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.21 0.10 0.45 0.01 0.67 0.70 0.50
N2 0.05 0.01 0.25 0.25 0.01 0.16 0.01 0.27 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.25 0.30 0.16 0.39 0.02 0.63 0.60 0.46
N3 0.04 0.01 0.21 0.20 0.01 0.11 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.22 0.13 0.34 0.01 0.52 0.51 0.37
N7 0.01 0.01 0.08 0.19 0.01 0.12 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.16 0.05 0.56 0.03 0.73 0.84 0.63
N9 0.01 0.02 0.03 0.11 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.09 0.07 0.01 0.36 0.02 0.44 0.49 0.35
O2' 0.02 0.20 0.00 0.02 0.11 0.13 0.13 0.08 0.15 0.17 0.17 0.25 0.18 0.17 0.09 0.00 0.06 0.09 0.12 0.16 0.29 0.29 0.16
O3' 0.12 0.24 0.02 0.01 0.13 0.03 0.13 0.09 0.17 0.15 0.21 0.30 0.22 0.16 0.07 0.06 0.00 0.08 0.28 0.18 0.47 0.35 0.29
O4' 0.01 0.13 0.01 0.02 0.07 0.00 0.04 0.02 0.06 0.08 0.10 0.16 0.13 0.05 0.01 0.09 0.08 0.00 0.16 0.06 0.26 0.33 0.20
O5' 0.19 0.39 0.24 0.28 0.38 0.02 0.48 0.01 0.50 0.52 0.45 0.39 0.34 0.56 0.36 0.12 0.28 0.16 0.00 0.54 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.09 0.20 0.02 0.10 0.02 0.22 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.16 0.18 0.06 0.54 0.00 0.80 0.90 0.64
OP1 0.29 0.60 0.33 0.37 0.52 0.21 0.66 0.22 0.71 0.61 0.67 0.63 0.52 0.73 0.44 0.29 0.47 0.26 0.02 0.80 0.00 0.02 0.01
OP2 0.31 0.60 0.31 0.27 0.56 0.26 0.74 0.31 0.79 0.70 0.70 0.60 0.51 0.84 0.49 0.29 0.35 0.33 0.02 0.90 0.02 0.00 0.01
P 0.19 0.43 0.23 0.24 0.40 0.09 0.53 0.02 0.56 0.54 0.50 0.46 0.37 0.63 0.35 0.16 0.29 0.20 0.01 0.64 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.37 0.39 0.33 0.30 0.45 0.35 0.43 0.36 0.34 0.34 0.42 0.52 0.42 0.41 0.31 0.37 0.36 0.30 0.41 0.35
C2 0.39 0.27 0.38 0.36 0.46 0.43 0.47 0.44 0.39 0.28 0.37 0.56 0.37 0.49 0.38 0.43 0.43 0.38 0.46 0.36
C2' 0.43 0.39 0.40 0.41 0.47 0.46 0.48 0.49 0.42 0.39 0.42 0.53 0.40 0.46 0.42 0.48 0.51 0.45 0.47 0.49
C3' 0.46 0.45 0.46 0.50 0.54 0.50 0.57 0.54 0.52 0.46 0.49 0.59 0.44 0.47 0.51 0.49 0.61 0.64 0.69 0.70
C4 0.39 0.36 0.35 0.31 0.35 0.37 0.31 0.36 0.25 0.29 0.37 0.45 0.45 0.44 0.32 0.40 0.38 0.31 0.48 0.35
C4' 0.40 0.41 0.40 0.42 0.52 0.43 0.53 0.49 0.44 0.39 0.46 0.60 0.41 0.45 0.45 0.42 0.52 0.63 0.68 0.66
C5 0.49 0.47 0.44 0.39 0.32 0.43 0.25 0.40 0.31 0.41 0.44 0.41 0.56 0.51 0.39 0.47 0.43 0.37 0.58 0.42
C5' 0.46 0.51 0.49 0.51 0.65 0.48 0.64 0.53 0.53 0.48 0.58 0.75 0.51 0.52 0.54 0.47 0.60 0.78 0.90 0.79
C6 0.52 0.46 0.49 0.43 0.23 0.46 0.29 0.42 0.34 0.42 0.37 0.36 0.60 0.57 0.42 0.50 0.44 0.38 0.57 0.41
C8 0.48 0.52 0.44 0.41 0.52 0.44 0.43 0.41 0.40 0.46 0.55 0.59 0.56 0.49 0.40 0.48 0.46 0.43 0.65 0.50
N1 0.47 0.32 0.45 0.41 0.36 0.46 0.41 0.44 0.36 0.34 0.28 0.52 0.47 0.55 0.41 0.48 0.44 0.38 0.51 0.38
N2 0.44 0.43 0.44 0.44 0.60 0.50 0.58 0.52 0.51 0.42 0.54 0.67 0.42 0.53 0.46 0.49 0.49 0.46 0.47 0.40
N3 0.33 0.29 0.32 0.30 0.41 0.37 0.43 0.40 0.33 0.23 0.36 0.51 0.38 0.43 0.31 0.36 0.40 0.33 0.43 0.33
N7 0.53 0.57 0.49 0.44 0.50 0.46 0.38 0.43 0.41 0.50 0.58 0.55 0.62 0.53 0.43 0.51 0.48 0.44 0.68 0.50
N9 0.40 0.42 0.36 0.32 0.43 0.37 0.37 0.36 0.31 0.36 0.44 0.51 0.46 0.43 0.32 0.41 0.39 0.32 0.50 0.39
O2' 0.43 0.44 0.40 0.39 0.56 0.43 0.58 0.48 0.49 0.43 0.49 0.63 0.44 0.46 0.39 0.46 0.42 0.36 0.35 0.33
O3' 0.43 0.41 0.47 0.53 0.51 0.51 0.54 0.59 0.50 0.43 0.45 0.56 0.39 0.46 0.56 0.47 0.63 0.77 0.66 0.78
O4' 0.39 0.40 0.36 0.34 0.48 0.38 0.45 0.40 0.36 0.36 0.45 0.57 0.44 0.44 0.36 0.39 0.40 0.43 0.54 0.48
O5' 0.62 0.74 0.64 0.65 0.90 0.58 0.87 0.59 0.75 0.69 0.83 0.99 0.72 0.64 0.67 0.59 0.74 0.83 1.09 0.89
O6 0.57 0.56 0.55 0.48 0.30 0.50 0.35 0.45 0.41 0.50 0.47 0.33 0.69 0.63 0.48 0.54 0.47 0.43 0.63 0.45
OP1 0.78 0.95 0.85 0.86 1.15 0.74 1.09 0.76 0.92 0.87 1.07 1.30 0.93 0.84 0.90 0.72 0.91 1.11 1.34 1.09
OP2 0.80 1.02 0.85 0.83 1.22 0.70 1.13 0.68 0.95 0.91 1.15 1.38 1.00 0.83 0.85 0.71 0.82 0.94 1.22 0.95
P 0.67 0.84 0.72 0.72 1.03 0.61 0.98 0.62 0.81 0.76 0.95 1.17 0.82 0.72 0.75 0.61 0.77 0.91 1.19 0.94

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.06 0.01 0.16 0.18 0.23 0.14
C2 0.02 0.00 0.09 0.12 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.12 0.04 0.32 0.32 0.41 0.31
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.06 0.02 0.08 0.05 0.09 0.03 0.08 0.06 0.17 0.00 0.02 0.01 0.21 0.27 0.25 0.19
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.13 0.01 0.15 0.02 0.15 0.08 0.13 0.15 0.16 0.02 0.01 0.02 0.24 0.30 0.22 0.21
C4 0.02 0.01 0.06 0.13 0.00 0.08 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.15 0.04 0.45 0.50 0.63 0.50
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.08 0.00 0.11 0.01 0.10 0.05 0.06 0.09 0.06 0.09 0.03 0.00 0.02 0.15 0.21 0.06
C5 0.02 0.01 0.08 0.15 0.01 0.11 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.18 0.05 0.48 0.52 0.64 0.52
C5' 0.03 0.10 0.05 0.02 0.18 0.01 0.20 0.00 0.18 0.11 0.14 0.20 0.08 0.07 0.06 0.02 0.01 0.17 0.24 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.15 0.01 0.10 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.16 0.06 0.42 0.41 0.49 0.41
N1 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.07 0.02 0.31 0.30 0.37 0.29
N3 0.02 0.00 0.08 0.13 0.01 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.14 0.04 0.39 0.42 0.54 0.41
N4 0.02 0.01 0.06 0.15 0.01 0.09 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.11 0.17 0.04 0.48 0.57 0.72 0.55
O2 0.04 0.01 0.17 0.16 0.01 0.06 0.02 0.08 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.16 0.19 0.07 0.25 0.27 0.35 0.24
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.10 0.09 0.10 0.07 0.09 0.05 0.10 0.11 0.16 0.00 0.06 0.07 0.11 0.25 0.27 0.15
O3' 0.06 0.12 0.02 0.01 0.15 0.03 0.18 0.06 0.16 0.07 0.14 0.17 0.19 0.06 0.00 0.05 0.23 0.38 0.31 0.27
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.02 0.06 0.02 0.04 0.04 0.07 0.07 0.05 0.00 0.13 0.17 0.25 0.15
O5' 0.16 0.32 0.21 0.24 0.45 0.02 0.48 0.01 0.42 0.31 0.39 0.48 0.25 0.11 0.23 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.18 0.32 0.27 0.30 0.50 0.15 0.52 0.17 0.41 0.30 0.42 0.57 0.27 0.25 0.38 0.17 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.41 0.25 0.22 0.63 0.21 0.64 0.24 0.49 0.37 0.54 0.72 0.35 0.27 0.31 0.25 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.31 0.19 0.21 0.50 0.06 0.52 0.02 0.41 0.29 0.41 0.55 0.24 0.15 0.27 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00