ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 10881

back

Distances from reference structure (by RMSD)

17, 134, 161, 94, 40, 18, 15, 7, 3, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 4,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.055, 0.165, 0.275, 0.656 max_d=0.656 avg_d=0.165 std_dev=0.110
N3 A 0, 0.066, 0.230, 0.393, 1.221 max_d=1.221 avg_d=0.230 std_dev=0.163
N1 B 0, 0.035, 0.199, 0.363, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.199 std_dev=0.164
C5 A 0, 0.085, 0.290, 0.494, 1.359 max_d=1.359 avg_d=0.290 std_dev=0.205
N9 A 0, 0.029, 0.238, 0.448, 1.306 max_d=1.306 avg_d=0.238 std_dev=0.210
C2 B 0, 0.072, 0.289, 0.506, 1.681 max_d=1.681 avg_d=0.289 std_dev=0.217
C2 A 0, 0.096, 0.317, 0.538, 1.806 max_d=1.806 avg_d=0.317 std_dev=0.221
C6 B 0, 0.009, 0.233, 0.458, 1.885 max_d=1.885 avg_d=0.233 std_dev=0.224
N1 A 0, 0.081, 0.320, 0.559, 1.960 max_d=1.960 avg_d=0.320 std_dev=0.239
C6 A 0, 0.081, 0.337, 0.593, 1.895 max_d=1.895 avg_d=0.337 std_dev=0.256
N3 B 0, 0.037, 0.318, 0.598, 2.303 max_d=2.303 avg_d=0.318 std_dev=0.281
C1' A 0, -0.020, 0.274, 0.567, 2.475 max_d=2.475 avg_d=0.274 std_dev=0.294
C5 B 0, 0.026, 0.321, 0.616, 2.508 max_d=2.508 avg_d=0.321 std_dev=0.295
C8 A 0, 0.087, 0.412, 0.738, 1.970 max_d=1.970 avg_d=0.412 std_dev=0.325
C4 B 0, 0.012, 0.338, 0.665, 2.692 max_d=2.692 avg_d=0.338 std_dev=0.326
N7 A 0, 0.110, 0.451, 0.791, 2.153 max_d=2.153 avg_d=0.451 std_dev=0.341
C1' B 0, -0.002, 0.361, 0.724, 3.023 max_d=3.023 avg_d=0.361 std_dev=0.363
N2 A 0, 0.140, 0.506, 0.872, 2.832 max_d=2.832 avg_d=0.506 std_dev=0.366
C2' B 0, 0.116, 0.498, 0.880, 2.501 max_d=2.501 avg_d=0.498 std_dev=0.382
O6 A 0, 0.094, 0.478, 0.862, 2.755 max_d=2.755 avg_d=0.478 std_dev=0.384
O2 B 0, 0.081, 0.479, 0.877, 3.378 max_d=3.378 avg_d=0.479 std_dev=0.398
O4' A 0, -0.019, 0.395, 0.810, 3.412 max_d=3.412 avg_d=0.395 std_dev=0.415
C2' A 0, -0.116, 0.363, 0.841, 4.552 max_d=4.552 avg_d=0.363 std_dev=0.478
O4 B 0, -0.011, 0.501, 1.013, 4.335 max_d=4.335 avg_d=0.501 std_dev=0.512
O4' B 0, -0.103, 0.432, 0.967, 5.005 max_d=5.005 avg_d=0.432 std_dev=0.535
C3' A 0, -0.100, 0.437, 0.975, 4.713 max_d=4.713 avg_d=0.437 std_dev=0.537
C4' A 0, -0.079, 0.466, 1.011, 4.339 max_d=4.339 avg_d=0.466 std_dev=0.545
O2' A 0, -0.137, 0.467, 1.071, 5.566 max_d=5.566 avg_d=0.467 std_dev=0.604
C3' B 0, 0.037, 0.642, 1.247, 5.223 max_d=5.223 avg_d=0.642 std_dev=0.605
O2' B 0, 0.104, 0.751, 1.398, 4.108 max_d=4.108 avg_d=0.751 std_dev=0.647
O3' A 0, -0.121, 0.562, 1.244, 4.994 max_d=4.994 avg_d=0.562 std_dev=0.682
C4' B 0, -0.107, 0.591, 1.288, 6.511 max_d=6.511 avg_d=0.591 std_dev=0.697
C5' A 0, -0.030, 0.717, 1.463, 5.674 max_d=5.674 avg_d=0.717 std_dev=0.746
O5' B 0, -0.138, 0.636, 1.410, 7.329 max_d=7.329 avg_d=0.636 std_dev=0.774
C5' B 0, -0.160, 0.683, 1.527, 7.995 max_d=7.995 avg_d=0.683 std_dev=0.843
O3' B 0, 0.158, 1.017, 1.876, 6.437 max_d=6.437 avg_d=1.017 std_dev=0.859
O5' A 0, 0.076, 0.948, 1.820, 5.972 max_d=5.972 avg_d=0.948 std_dev=0.872
P B 0, -0.291, 0.666, 1.623, 8.600 max_d=8.600 avg_d=0.666 std_dev=0.957
P A 0, 0.185, 1.263, 2.341, 8.146 max_d=8.146 avg_d=1.263 std_dev=1.078
OP2 B 0, -0.337, 0.809, 1.956, 10.352 max_d=10.352 avg_d=0.809 std_dev=1.147
OP2 A 0, 0.292, 1.456, 2.620, 8.776 max_d=8.776 avg_d=1.456 std_dev=1.164
OP1 B 0, -0.316, 0.877, 2.070, 9.980 max_d=9.980 avg_d=0.877 std_dev=1.193
OP1 A 0, 0.279, 1.565, 2.852, 10.293 max_d=10.293 avg_d=1.565 std_dev=1.286

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.19 0.02 0.28 0.32 0.19
C2 0.04 0.00 0.21 0.22 0.01 0.10 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.20 0.26 0.13 0.42 0.02 0.60 0.50 0.42
C2' 0.00 0.21 0.00 0.01 0.11 0.02 0.07 0.06 0.10 0.10 0.16 0.25 0.21 0.07 0.03 0.00 0.02 0.01 0.25 0.09 0.38 0.31 0.25
C3' 0.01 0.22 0.01 0.00 0.14 0.01 0.14 0.03 0.17 0.15 0.20 0.26 0.20 0.15 0.09 0.02 0.01 0.02 0.30 0.17 0.44 0.26 0.27
C4 0.02 0.01 0.11 0.14 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.13 0.07 0.42 0.01 0.54 0.47 0.39
C4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.09 0.12 0.09 0.13 0.09 0.12 0.06 0.09 0.02 0.00 0.02 0.11 0.19 0.29 0.07
C5 0.01 0.01 0.07 0.14 0.00 0.09 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.09 0.13 0.04 0.51 0.01 0.66 0.58 0.49
C5' 0.05 0.19 0.06 0.03 0.16 0.01 0.21 0.00 0.23 0.23 0.21 0.20 0.16 0.25 0.14 0.06 0.07 0.02 0.01 0.25 0.24 0.35 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.17 0.01 0.09 0.01 0.23 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.11 0.17 0.06 0.53 0.01 0.73 0.64 0.53
C8 0.02 0.01 0.10 0.15 0.01 0.12 0.01 0.23 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.12 0.15 0.08 0.50 0.03 0.56 0.52 0.44
N1 0.03 0.01 0.16 0.20 0.01 0.09 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.16 0.23 0.10 0.49 0.01 0.69 0.58 0.49
N2 0.05 0.01 0.25 0.26 0.01 0.13 0.02 0.20 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.26 0.33 0.15 0.40 0.03 0.60 0.49 0.41
N3 0.04 0.01 0.21 0.20 0.00 0.09 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.23 0.12 0.37 0.02 0.52 0.44 0.36
N7 0.01 0.01 0.07 0.15 0.01 0.12 0.00 0.25 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.11 0.15 0.05 0.56 0.03 0.68 0.63 0.53
N9 0.01 0.02 0.03 0.09 0.01 0.06 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.07 0.02 0.38 0.02 0.45 0.41 0.32
O2' 0.02 0.20 0.00 0.02 0.10 0.09 0.09 0.06 0.11 0.12 0.16 0.26 0.19 0.11 0.05 0.00 0.05 0.08 0.10 0.11 0.29 0.33 0.17
O3' 0.08 0.26 0.02 0.01 0.13 0.02 0.13 0.07 0.17 0.15 0.23 0.33 0.23 0.15 0.07 0.05 0.00 0.06 0.27 0.18 0.52 0.33 0.31
O4' 0.01 0.13 0.01 0.02 0.07 0.00 0.04 0.02 0.06 0.08 0.10 0.15 0.12 0.05 0.02 0.08 0.06 0.00 0.14 0.06 0.22 0.37 0.20
O5' 0.19 0.42 0.25 0.30 0.42 0.02 0.51 0.01 0.53 0.50 0.49 0.40 0.37 0.56 0.38 0.10 0.27 0.14 0.00 0.57 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.09 0.17 0.01 0.11 0.01 0.25 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.11 0.18 0.06 0.57 0.00 0.80 0.71 0.59
OP1 0.28 0.60 0.38 0.44 0.54 0.19 0.66 0.24 0.73 0.56 0.69 0.60 0.52 0.68 0.45 0.29 0.52 0.22 0.02 0.80 0.00 0.01 0.01
OP2 0.32 0.50 0.31 0.26 0.47 0.29 0.58 0.35 0.64 0.52 0.58 0.49 0.44 0.63 0.41 0.33 0.33 0.37 0.02 0.71 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.42 0.25 0.27 0.39 0.07 0.49 0.02 0.53 0.44 0.49 0.41 0.36 0.53 0.32 0.17 0.31 0.20 0.01 0.59 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.48 0.38 0.43 0.50 0.40 0.56 0.34 0.60 0.34 0.37 0.40 0.44 0.49 0.48 0.53 0.56 0.54 0.40 0.56 0.48
C2 0.49 0.37 0.48 0.43 0.48 0.48 0.48 0.46 0.39 0.35 0.40 0.51 0.61 0.49 0.58 0.48 0.42 0.61 0.42 0.42
C2' 0.62 0.39 0.58 0.72 0.40 0.81 0.38 0.87 0.45 0.46 0.37 0.42 0.62 0.72 0.55 0.77 0.80 0.66 0.74 0.73
C3' 0.65 0.43 0.67 0.83 0.42 0.88 0.46 0.99 0.56 0.53 0.41 0.44 0.65 0.83 0.52 0.80 0.98 0.92 1.05 1.03
C4 0.47 0.39 0.41 0.39 0.30 0.43 0.26 0.40 0.27 0.35 0.35 0.49 0.51 0.38 0.41 0.47 0.34 0.36 0.37 0.25
C4' 0.53 0.39 0.54 0.68 0.46 0.72 0.46 0.84 0.48 0.44 0.43 0.41 0.53 0.68 0.57 0.65 0.83 0.82 0.97 0.92
C5 0.54 0.52 0.49 0.43 0.31 0.46 0.26 0.41 0.34 0.46 0.45 0.62 0.57 0.43 0.37 0.52 0.35 0.45 0.41 0.30
C5' 0.53 0.50 0.58 0.70 0.61 0.70 0.61 0.84 0.58 0.51 0.57 0.50 0.54 0.69 0.70 0.62 0.88 0.96 1.17 1.04
C6 0.59 0.52 0.55 0.49 0.28 0.54 0.32 0.49 0.36 0.47 0.41 0.66 0.65 0.53 0.41 0.57 0.42 0.61 0.41 0.40
C8 0.52 0.56 0.47 0.46 0.50 0.48 0.40 0.47 0.43 0.50 0.57 0.62 0.51 0.42 0.55 0.52 0.47 0.45 0.64 0.47
N1 0.53 0.39 0.52 0.47 0.41 0.53 0.42 0.51 0.36 0.37 0.33 0.57 0.64 0.53 0.57 0.52 0.47 0.71 0.45 0.49
N2 0.56 0.53 0.56 0.51 0.63 0.55 0.59 0.54 0.51 0.48 0.60 0.62 0.72 0.60 0.70 0.53 0.51 0.74 0.56 0.56
N3 0.48 0.35 0.43 0.41 0.40 0.46 0.40 0.43 0.33 0.33 0.35 0.47 0.56 0.44 0.50 0.47 0.37 0.43 0.34 0.28
N7 0.58 0.64 0.53 0.47 0.49 0.48 0.40 0.43 0.45 0.55 0.62 0.71 0.59 0.46 0.51 0.54 0.41 0.45 0.57 0.39
N9 0.47 0.43 0.41 0.43 0.38 0.47 0.30 0.47 0.33 0.39 0.43 0.49 0.47 0.40 0.48 0.50 0.44 0.35 0.51 0.38
O2' 0.65 0.43 0.60 0.74 0.50 0.86 0.46 0.91 0.46 0.48 0.44 0.47 0.69 0.76 0.65 0.80 0.76 0.62 0.66 0.66
O3' 0.71 0.42 0.76 0.98 0.39 1.03 0.45 1.18 0.57 0.55 0.37 0.42 0.74 1.01 0.50 0.87 1.15 1.18 1.17 1.25
O4' 0.45 0.39 0.42 0.50 0.44 0.55 0.39 0.62 0.38 0.38 0.43 0.44 0.46 0.48 0.55 0.53 0.59 0.51 0.71 0.62
O5' 0.66 0.77 0.71 0.75 0.90 0.70 0.87 0.80 0.78 0.72 0.86 0.77 0.67 0.72 0.98 0.66 0.91 0.94 1.24 1.04
O6 0.68 0.62 0.65 0.60 0.36 0.66 0.37 0.61 0.44 0.56 0.52 0.77 0.75 0.65 0.46 0.68 0.51 0.69 0.47 0.47
OP1 0.82 0.98 0.95 0.96 1.15 0.86 1.09 0.97 0.97 0.90 1.10 0.98 0.92 0.96 1.27 0.77 1.11 1.27 1.53 1.28
OP2 0.76 0.96 0.81 0.80 1.09 0.71 1.00 0.76 0.88 0.85 1.06 0.98 0.80 0.79 1.20 0.70 0.88 0.98 1.30 1.02
P 0.70 0.85 0.79 0.78 1.00 0.70 0.95 0.80 0.83 0.78 0.96 0.86 0.76 0.77 1.11 0.65 0.93 1.02 1.34 1.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.18 0.02 0.01 0.15 0.22 0.24 0.16
C2 0.02 0.00 0.12 0.17 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.15 0.02 0.07 0.23 0.35 0.33 0.25
C2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.06 0.02 0.10 0.12 0.12 0.03 0.09 0.21 0.00 0.03 0.07 0.01 0.28 0.35 0.38 0.31
C3' 0.01 0.17 0.01 0.00 0.24 0.01 0.24 0.02 0.21 0.15 0.21 0.17 0.02 0.01 0.26 0.02 0.17 0.26 0.16 0.15
C4 0.02 0.01 0.06 0.24 0.00 0.11 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.17 0.01 0.04 0.33 0.50 0.47 0.37
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.11 0.00 0.14 0.01 0.13 0.06 0.08 0.07 0.19 0.03 0.12 0.00 0.02 0.15 0.17 0.05
C5 0.02 0.01 0.10 0.24 0.01 0.14 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.02 0.24 0.20 0.01 0.06 0.35 0.49 0.45 0.37
C5' 0.05 0.11 0.12 0.02 0.18 0.01 0.20 0.00 0.17 0.11 0.15 0.11 0.08 0.13 0.20 0.02 0.01 0.16 0.20 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.21 0.01 0.13 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.02 0.21 0.16 0.02 0.08 0.30 0.38 0.35 0.29
N1 0.01 0.01 0.03 0.15 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.12 0.09 0.02 0.02 0.22 0.31 0.29 0.22
N3 0.02 0.00 0.09 0.21 0.01 0.08 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.15 0.01 0.05 0.29 0.44 0.40 0.31
O2 0.04 0.01 0.21 0.17 0.01 0.07 0.02 0.11 0.02 0.02 0.01 0.00 0.15 0.25 0.02 0.11 0.20 0.32 0.30 0.22
O2' 0.02 0.13 0.00 0.02 0.22 0.19 0.24 0.08 0.21 0.12 0.17 0.15 0.00 0.06 0.24 0.13 0.19 0.28 0.41 0.25
O3' 0.18 0.15 0.03 0.01 0.17 0.03 0.20 0.13 0.16 0.09 0.15 0.25 0.06 0.00 0.20 0.13 0.21 0.36 0.25 0.24
O4 0.02 0.02 0.07 0.26 0.01 0.12 0.01 0.20 0.02 0.02 0.01 0.02 0.24 0.20 0.00 0.04 0.35 0.56 0.52 0.41
O4' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.04 0.00 0.06 0.02 0.08 0.02 0.05 0.11 0.13 0.13 0.04 0.00 0.10 0.17 0.24 0.14
O5' 0.15 0.23 0.28 0.17 0.33 0.02 0.35 0.01 0.30 0.22 0.29 0.20 0.19 0.21 0.35 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.22 0.35 0.35 0.26 0.50 0.15 0.49 0.16 0.38 0.31 0.44 0.32 0.28 0.36 0.56 0.17 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.33 0.38 0.16 0.47 0.17 0.45 0.20 0.35 0.29 0.40 0.30 0.41 0.25 0.52 0.24 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.25 0.31 0.15 0.37 0.05 0.37 0.02 0.29 0.22 0.31 0.22 0.25 0.24 0.41 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00