ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 11832

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 33, 32, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 5, 16, 10, 4, 23, 1, 1, 2, 0, 0, 42,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.055, 0.744, 1.432, 2.319 max_d=2.319 avg_d=0.744 std_dev=0.688
N7 A 0, 0.060, 0.760, 1.460, 3.546 max_d=3.546 avg_d=0.760 std_dev=0.700
C4 B 0, -0.014, 0.709, 1.433, 2.415 max_d=2.415 avg_d=0.709 std_dev=0.723
C8 A 0, -0.012, 0.780, 1.572, 4.396 max_d=4.396 avg_d=0.780 std_dev=0.792
C4 A 0, -0.075, 0.730, 1.536, 2.583 max_d=2.583 avg_d=0.730 std_dev=0.805
N9 B 0, 0.012, 0.827, 1.642, 3.083 max_d=3.083 avg_d=0.827 std_dev=0.815
N9 A 0, -0.040, 0.840, 1.720, 3.533 max_d=3.533 avg_d=0.840 std_dev=0.880
C6 A 0, 0.168, 1.103, 2.039, 3.443 max_d=3.443 avg_d=1.103 std_dev=0.935
N3 B 0, 0.065, 1.019, 1.973, 3.164 max_d=3.164 avg_d=1.019 std_dev=0.954
C1' B 0, 0.129, 1.122, 2.114, 4.527 max_d=4.527 avg_d=1.122 std_dev=0.993
N3 A 0, -0.017, 1.024, 2.066, 3.389 max_d=3.389 avg_d=1.024 std_dev=1.042
N1 A 0, 0.249, 1.317, 2.385, 3.895 max_d=3.895 avg_d=1.317 std_dev=1.068
C2 A 0, 0.116, 1.214, 2.312, 3.608 max_d=3.608 avg_d=1.214 std_dev=1.098
C5 B 0, -0.152, 1.080, 2.311, 4.282 max_d=4.282 avg_d=1.080 std_dev=1.231
N6 A 0, 0.198, 1.443, 2.688, 4.473 max_d=4.473 avg_d=1.443 std_dev=1.245
C1' A 0, -0.027, 1.251, 2.528, 4.853 max_d=4.853 avg_d=1.251 std_dev=1.277
C8 B 0, 0.002, 1.343, 2.683, 4.660 max_d=4.660 avg_d=1.343 std_dev=1.341
C2' A 0, 0.156, 1.540, 2.923, 6.313 max_d=6.313 avg_d=1.540 std_dev=1.383
C2 B 0, 0.161, 1.568, 2.976, 4.773 max_d=4.773 avg_d=1.568 std_dev=1.408
O4' B 0, 0.087, 1.546, 3.005, 6.435 max_d=6.435 avg_d=1.546 std_dev=1.459
C2' B 0, 0.132, 1.592, 3.052, 5.869 max_d=5.869 avg_d=1.592 std_dev=1.460
N7 B 0, -0.053, 1.466, 2.985, 5.753 max_d=5.753 avg_d=1.466 std_dev=1.519
C6 B 0, -0.124, 1.523, 3.171, 5.945 max_d=5.945 avg_d=1.523 std_dev=1.648
O2' B 0, 0.227, 1.879, 3.530, 6.938 max_d=6.938 avg_d=1.879 std_dev=1.652
N1 B 0, 0.104, 1.784, 3.464, 6.203 max_d=6.203 avg_d=1.784 std_dev=1.680
C3' A 0, 0.045, 1.743, 3.440, 8.168 max_d=8.168 avg_d=1.743 std_dev=1.697
O4' A 0, -0.229, 1.526, 3.280, 7.389 max_d=7.389 avg_d=1.526 std_dev=1.754
O2' A 0, 0.234, 2.005, 3.776, 8.113 max_d=8.113 avg_d=2.005 std_dev=1.771
C4' B 0, 0.043, 2.039, 4.034, 8.759 max_d=8.759 avg_d=2.039 std_dev=1.996
C4' A 0, -0.240, 1.756, 3.752, 9.280 max_d=9.280 avg_d=1.756 std_dev=1.996
C3' B 0, -0.064, 1.940, 3.945, 8.199 max_d=8.199 avg_d=1.940 std_dev=2.005
O3' A 0, 0.266, 2.312, 4.357, 9.610 max_d=9.610 avg_d=2.312 std_dev=2.046
N6 B 0, -0.166, 2.035, 4.237, 8.214 max_d=8.214 avg_d=2.035 std_dev=2.202
O3' B 0, -0.069, 2.292, 4.654, 10.464 max_d=10.464 avg_d=2.292 std_dev=2.361
C5' A 0, -0.539, 2.020, 4.579, 11.550 max_d=11.550 avg_d=2.020 std_dev=2.559
C5' B 0, -0.012, 2.557, 5.127, 10.793 max_d=10.793 avg_d=2.557 std_dev=2.570
O5' A 0, -0.576, 2.125, 4.826, 11.883 max_d=11.883 avg_d=2.125 std_dev=2.701
O5' B 0, -0.195, 2.592, 5.378, 10.404 max_d=10.404 avg_d=2.592 std_dev=2.786
OP2 B 0, -0.141, 3.231, 6.603, 12.205 max_d=12.205 avg_d=3.231 std_dev=3.372
P B 0, -0.205, 3.245, 6.694, 12.971 max_d=12.971 avg_d=3.245 std_dev=3.450
OP2 A 0, -0.471, 2.992, 6.455, 13.413 max_d=13.413 avg_d=2.992 std_dev=3.463
P A 0, -0.877, 2.595, 6.068, 13.843 max_d=13.843 avg_d=2.595 std_dev=3.472
OP1 B 0, -0.356, 3.629, 7.615, 14.958 max_d=14.958 avg_d=3.629 std_dev=3.986
OP1 A 0, -0.803, 3.230, 7.263, 16.578 max_d=16.578 avg_d=3.230 std_dev=4.033

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.09 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.03 0.26 0.01 0.30 0.35 0.35 0.22
C2 0.04 0.00 0.41 0.32 0.01 0.30 0.02 0.53 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.42 0.47 0.40 0.64 0.66 0.90 0.67
C2' 0.01 0.41 0.00 0.01 0.22 0.02 0.13 0.23 0.21 0.20 0.33 0.41 0.16 0.12 0.04 0.01 0.04 0.02 0.62 0.66 0.73 0.58
C3' 0.02 0.32 0.01 0.00 0.24 0.01 0.27 0.03 0.30 0.27 0.32 0.29 0.31 0.29 0.18 0.02 0.01 0.04 0.40 0.55 0.31 0.29
C4 0.02 0.01 0.22 0.24 0.00 0.14 0.00 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.29 0.21 0.52 0.47 0.73 0.44
C4' 0.02 0.30 0.02 0.01 0.14 0.00 0.13 0.01 0.15 0.28 0.23 0.29 0.17 0.24 0.10 0.27 0.04 0.01 0.02 0.26 0.27 0.13
C5 0.02 0.02 0.13 0.27 0.00 0.13 0.00 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.38 0.26 0.10 0.62 0.62 0.92 0.57
C5' 0.09 0.53 0.23 0.03 0.27 0.01 0.27 0.00 0.32 0.44 0.44 0.49 0.32 0.40 0.19 0.10 0.21 0.02 0.01 0.36 0.38 0.02
C6 0.02 0.01 0.21 0.30 0.01 0.15 0.01 0.32 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.38 0.33 0.18 0.64 0.65 1.00 0.61
C8 0.02 0.02 0.20 0.27 0.01 0.28 0.01 0.44 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.54 0.24 0.23 0.73 0.78 0.91 0.71
N1 0.03 0.01 0.33 0.32 0.01 0.23 0.01 0.44 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.37 0.42 0.31 0.64 0.65 0.97 0.65
N3 0.04 0.01 0.41 0.29 0.01 0.29 0.01 0.49 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.40 0.44 0.40 0.57 0.56 0.76 0.57
N6 0.03 0.02 0.16 0.31 0.01 0.17 0.02 0.32 0.00 0.05 0.02 0.02 0.00 0.06 0.03 0.46 0.34 0.13 0.69 0.75 1.11 0.68
N7 0.01 0.02 0.12 0.29 0.01 0.24 0.01 0.40 0.02 0.00 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.53 0.25 0.13 0.75 0.83 1.05 0.75
N9 0.01 0.02 0.04 0.18 0.01 0.10 0.01 0.19 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.25 0.18 0.02 0.49 0.46 0.62 0.39
O2' 0.03 0.42 0.01 0.02 0.25 0.27 0.38 0.10 0.38 0.54 0.37 0.40 0.46 0.53 0.25 0.00 0.09 0.18 0.45 0.65 0.80 0.53
O3' 0.26 0.47 0.04 0.01 0.29 0.04 0.26 0.21 0.33 0.24 0.42 0.44 0.34 0.25 0.18 0.09 0.00 0.16 0.27 0.58 0.40 0.26
O4' 0.01 0.40 0.02 0.04 0.21 0.01 0.10 0.02 0.18 0.23 0.31 0.40 0.13 0.13 0.02 0.18 0.16 0.00 0.16 0.39 0.26 0.31
O5' 0.30 0.64 0.62 0.40 0.52 0.02 0.62 0.01 0.64 0.73 0.64 0.57 0.69 0.75 0.49 0.45 0.27 0.16 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.35 0.66 0.66 0.55 0.47 0.26 0.62 0.36 0.65 0.78 0.65 0.56 0.75 0.83 0.46 0.65 0.58 0.39 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.35 0.90 0.73 0.31 0.73 0.27 0.92 0.38 1.00 0.91 0.97 0.76 1.11 1.05 0.62 0.80 0.40 0.26 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.22 0.67 0.58 0.29 0.44 0.13 0.57 0.02 0.61 0.71 0.65 0.57 0.68 0.75 0.39 0.53 0.26 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.70 2.57 0.72 0.98 1.77 0.80 2.03 1.00 2.54 1.26 2.78 2.04 2.74 1.72 1.20 0.80 1.43 0.61 0.76 1.20 0.78 0.85
C2 0.69 2.46 0.37 0.38 1.96 0.49 2.50 0.62 2.97 1.78 2.93 1.90 3.30 2.35 1.45 0.66 0.66 0.71 0.74 1.00 1.03 0.88
C2' 0.58 2.36 0.81 1.18 1.53 1.05 1.78 1.35 2.29 1.04 2.55 1.83 2.49 1.47 0.98 0.85 1.64 0.68 1.12 1.60 1.11 1.23
C3' 0.78 2.53 0.96 1.32 1.69 1.09 1.90 1.43 2.40 1.18 2.69 2.02 2.59 1.59 1.15 0.93 1.79 0.67 1.15 1.78 1.04 1.27
C4 0.65 2.33 0.57 0.68 1.78 0.59 2.12 0.69 2.53 1.42 2.62 1.87 2.72 1.88 1.26 0.79 1.02 0.60 0.57 0.84 0.72 0.65
C4' 0.90 2.76 0.83 1.09 1.89 0.89 2.09 1.15 2.61 1.29 2.92 2.24 2.80 1.74 1.31 0.81 1.58 0.71 0.88 1.46 0.86 1.00
C5 0.58 1.90 0.55 0.59 1.58 0.54 1.87 0.61 2.13 1.32 2.14 1.58 2.27 1.70 1.16 0.85 0.86 0.58 0.57 0.77 0.75 0.65
C5' 0.95 2.80 0.86 1.09 1.89 0.91 2.06 1.18 2.59 1.25 2.93 2.28 2.76 1.67 1.30 0.87 1.58 0.73 0.89 1.48 0.92 1.02
C6 0.57 1.82 0.39 0.32 1.61 0.48 2.00 0.61 2.22 1.54 2.12 1.50 2.40 1.94 1.25 0.77 0.52 0.66 0.77 0.98 1.03 0.89
C8 0.59 1.96 0.78 1.02 1.41 0.83 1.58 0.98 1.90 1.01 2.06 1.64 1.99 1.35 0.97 0.91 1.47 0.56 0.75 1.04 0.71 0.78
N1 0.64 2.17 0.33 0.28 1.82 0.50 2.35 0.66 2.70 1.77 2.58 1.70 2.99 2.30 1.40 0.68 0.52 0.72 0.87 1.13 1.18 1.02
N3 0.70 2.56 0.48 0.57 1.95 0.54 2.40 0.64 2.90 1.62 2.97 1.99 3.19 2.17 1.40 0.71 0.89 0.66 0.60 0.88 0.82 0.71
N6 0.48 1.45 0.36 0.27 1.34 0.56 1.69 0.73 1.80 1.46 1.67 1.23 1.96 1.75 1.11 0.80 0.43 0.71 0.96 1.19 1.22 1.09
N7 0.52 1.60 0.72 0.84 1.28 0.69 1.45 0.77 1.67 0.99 1.73 1.37 1.74 1.28 0.92 0.96 1.17 0.54 0.59 0.77 0.64 0.62
N9 0.65 2.34 0.70 0.91 1.68 0.74 1.93 0.90 2.35 1.23 2.53 1.89 2.51 1.66 1.15 0.83 1.33 0.58 0.67 1.01 0.69 0.73
O2' 0.86 2.38 0.85 1.20 1.60 1.23 1.83 1.49 2.31 1.19 2.57 1.88 2.53 1.56 1.14 0.85 1.56 1.07 1.44 1.79 1.58 1.57
O3' 0.81 2.50 0.86 1.25 1.69 1.07 1.90 1.43 2.39 1.21 2.66 2.00 2.59 1.61 1.17 0.77 1.70 0.75 1.20 1.89 1.17 1.36
O4' 0.84 2.75 0.76 1.01 1.89 0.82 2.13 1.02 2.65 1.33 2.94 2.21 2.84 1.79 1.31 0.79 1.48 0.65 0.75 1.24 0.75 0.85
O5' 0.98 2.57 0.85 1.19 1.68 1.29 1.83 1.62 2.35 1.15 2.70 2.06 2.53 1.50 1.18 0.94 1.59 1.06 1.32 1.86 1.42 1.50
OP1 1.03 2.82 1.06 1.22 1.85 1.26 2.01 1.62 2.57 1.23 2.96 2.28 2.76 1.62 1.28 1.16 1.59 0.99 1.35 1.96 1.70 1.62
OP2 1.10 2.13 1.15 1.48 1.37 1.76 1.54 2.23 1.94 1.30 2.24 1.66 2.12 1.42 1.14 1.25 1.69 1.47 1.99 2.48 2.19 2.22
P 0.83 2.38 0.94 1.26 1.47 1.37 1.63 1.75 2.15 1.01 2.51 1.86 2.34 1.32 0.99 1.06 1.64 1.02 1.45 1.99 1.64 1.67

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.30 0.01 0.30 0.23 0.38 0.28
C2 0.04 0.00 0.35 0.32 0.01 0.15 0.01 0.23 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.19 0.27 0.25 0.50 0.48 0.95 0.55
C2' 0.01 0.35 0.00 0.01 0.19 0.02 0.11 0.17 0.18 0.17 0.29 0.35 0.14 0.09 0.03 0.00 0.04 0.02 0.40 0.51 0.60 0.45
C3' 0.02 0.32 0.01 0.00 0.30 0.01 0.38 0.02 0.41 0.34 0.38 0.26 0.44 0.40 0.24 0.02 0.01 0.02 0.22 0.44 0.30 0.23
C4 0.02 0.01 0.19 0.30 0.00 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.17 0.16 0.13 0.47 0.40 0.85 0.50
C4' 0.01 0.15 0.02 0.01 0.08 0.00 0.14 0.01 0.12 0.27 0.11 0.16 0.16 0.25 0.11 0.30 0.03 0.00 0.02 0.17 0.26 0.06
C5 0.01 0.01 0.11 0.38 0.01 0.14 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.28 0.18 0.07 0.57 0.57 1.12 0.65
C5' 0.06 0.23 0.17 0.02 0.16 0.01 0.25 0.00 0.24 0.38 0.21 0.22 0.29 0.38 0.17 0.13 0.19 0.01 0.01 0.21 0.26 0.02
C6 0.02 0.01 0.18 0.41 0.01 0.12 0.01 0.24 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.26 0.21 0.12 0.58 0.61 1.21 0.68
C8 0.02 0.02 0.17 0.34 0.01 0.27 0.01 0.38 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.39 0.17 0.15 0.63 0.60 1.02 0.70
N1 0.03 0.01 0.29 0.38 0.01 0.11 0.01 0.21 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.19 0.23 0.20 0.54 0.54 1.10 0.62
N3 0.04 0.00 0.35 0.26 0.01 0.16 0.01 0.22 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.19 0.28 0.25 0.46 0.41 0.79 0.48
N6 0.02 0.02 0.14 0.44 0.02 0.16 0.02 0.29 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.32 0.26 0.09 0.64 0.73 1.38 0.78
N7 0.01 0.02 0.09 0.40 0.01 0.25 0.01 0.38 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.40 0.23 0.09 0.67 0.72 1.27 0.79
N9 0.01 0.02 0.03 0.24 0.01 0.11 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.21 0.10 0.01 0.45 0.36 0.71 0.45
O2' 0.02 0.19 0.00 0.02 0.17 0.30 0.28 0.13 0.26 0.39 0.19 0.19 0.32 0.40 0.21 0.00 0.07 0.22 0.30 0.48 0.59 0.39
O3' 0.30 0.27 0.04 0.01 0.16 0.03 0.18 0.19 0.21 0.17 0.23 0.28 0.26 0.23 0.10 0.07 0.00 0.20 0.39 0.54 0.39 0.41
O4' 0.01 0.25 0.02 0.02 0.13 0.00 0.07 0.01 0.12 0.15 0.20 0.25 0.09 0.09 0.01 0.22 0.20 0.00 0.29 0.15 0.26 0.28
O5' 0.30 0.50 0.40 0.22 0.47 0.02 0.57 0.01 0.58 0.63 0.54 0.46 0.64 0.67 0.45 0.30 0.39 0.29 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.23 0.48 0.51 0.44 0.40 0.17 0.57 0.21 0.61 0.60 0.54 0.41 0.73 0.72 0.36 0.48 0.54 0.15 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.38 0.95 0.60 0.30 0.85 0.26 1.12 0.26 1.21 1.02 1.10 0.79 1.38 1.27 0.71 0.59 0.39 0.26 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.28 0.55 0.45 0.23 0.50 0.06 0.65 0.02 0.68 0.70 0.62 0.48 0.78 0.79 0.45 0.39 0.41 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00