ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 11834

back

Distances from reference structure (by RMSD)

23, 100, 64, 75, 13, 4, 4, 9, 10, 9, 13, 7, 0, 2, 6, 18, 1, 1, 10, 131,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.039, 0.333, 0.627, 1.743 max_d=1.743 avg_d=0.333 std_dev=0.294
C5 A 0, 0.092, 0.470, 0.848, 1.985 max_d=1.985 avg_d=0.470 std_dev=0.378
C4 A 0, 0.063, 0.455, 0.847, 2.346 max_d=2.346 avg_d=0.455 std_dev=0.392
N9 B 0, -0.057, 0.411, 0.879, 3.023 max_d=3.023 avg_d=0.411 std_dev=0.468
N3 B 0, 0.010, 0.497, 0.983, 3.299 max_d=3.299 avg_d=0.497 std_dev=0.487
C5 B 0, 0.084, 0.585, 1.087, 2.448 max_d=2.448 avg_d=0.585 std_dev=0.502
N3 A 0, 0.044, 0.550, 1.055, 2.456 max_d=2.456 avg_d=0.550 std_dev=0.505
C1' B 0, -0.083, 0.614, 1.312, 4.417 max_d=4.417 avg_d=0.614 std_dev=0.697
C8 B 0, -0.103, 0.639, 1.381, 4.815 max_d=4.815 avg_d=0.639 std_dev=0.742
N7 B 0, 0.036, 0.778, 1.520, 4.632 max_d=4.632 avg_d=0.778 std_dev=0.742
C6 B 0, 0.077, 0.819, 1.562, 3.159 max_d=3.159 avg_d=0.819 std_dev=0.743
C2 B 0, -0.058, 0.687, 1.433, 4.314 max_d=4.314 avg_d=0.687 std_dev=0.745
N1 B 0, 0.011, 0.819, 1.626, 4.272 max_d=4.272 avg_d=0.819 std_dev=0.808
C2' B 0, -0.054, 0.774, 1.602, 5.714 max_d=5.714 avg_d=0.774 std_dev=0.828
C6 A 0, -0.066, 0.851, 1.769, 2.706 max_d=2.706 avg_d=0.851 std_dev=0.917
N7 A 0, 0.040, 0.977, 1.914, 2.704 max_d=2.704 avg_d=0.977 std_dev=0.937
O6 B 0, 0.106, 1.141, 2.177, 4.104 max_d=4.104 avg_d=1.141 std_dev=1.035
O4' B 0, -0.180, 0.880, 1.940, 6.565 max_d=6.565 avg_d=0.880 std_dev=1.060
O2' B 0, -0.043, 1.027, 2.097, 6.080 max_d=6.080 avg_d=1.027 std_dev=1.070
N2 B 0, -0.169, 0.959, 2.088, 6.497 max_d=6.497 avg_d=0.959 std_dev=1.128
N9 A 0, -0.060, 1.106, 2.273, 3.741 max_d=3.741 avg_d=1.106 std_dev=1.167
C2 A 0, -0.127, 1.079, 2.284, 4.358 max_d=4.358 avg_d=1.079 std_dev=1.205
C3' B 0, -0.236, 0.989, 2.214, 7.849 max_d=7.849 avg_d=0.989 std_dev=1.225
N6 A 0, -0.082, 1.156, 2.393, 3.978 max_d=3.978 avg_d=1.156 std_dev=1.237
C4' B 0, -0.229, 1.082, 2.393, 8.440 max_d=8.440 avg_d=1.082 std_dev=1.311
C8 A 0, -0.111, 1.382, 2.875, 4.297 max_d=4.297 avg_d=1.382 std_dev=1.493
N1 A 0, -0.244, 1.252, 2.748, 4.551 max_d=4.551 avg_d=1.252 std_dev=1.496
O3' B 0, -0.207, 1.349, 2.906, 9.980 max_d=9.980 avg_d=1.349 std_dev=1.556
C5' B 0, -0.285, 1.331, 2.947, 10.181 max_d=10.181 avg_d=1.331 std_dev=1.616
O5' B 0, -0.327, 1.334, 2.995, 11.148 max_d=11.148 avg_d=1.334 std_dev=1.661
C1' A 0, -0.169, 1.532, 3.233, 5.626 max_d=5.626 avg_d=1.532 std_dev=1.701
C2' A 0, -0.192, 1.862, 3.916, 7.084 max_d=7.084 avg_d=1.862 std_dev=2.054
P B 0, -0.389, 1.668, 3.725, 13.705 max_d=13.705 avg_d=1.668 std_dev=2.057
O2' A 0, -0.055, 2.019, 4.093, 8.695 max_d=8.695 avg_d=2.019 std_dev=2.074
OP1 B 0, -0.279, 1.946, 4.172, 15.259 max_d=15.259 avg_d=1.946 std_dev=2.226
OP2 B 0, -0.368, 1.872, 4.111, 13.605 max_d=13.605 avg_d=1.872 std_dev=2.240
O4' A 0, -0.220, 2.218, 4.656, 7.002 max_d=7.002 avg_d=2.218 std_dev=2.438
C3' A 0, -0.154, 2.674, 5.503, 8.490 max_d=8.490 avg_d=2.674 std_dev=2.828
C4' A 0, -0.265, 2.822, 5.908, 8.991 max_d=8.991 avg_d=2.822 std_dev=3.087
O3' A 0, -0.061, 3.255, 6.572, 10.390 max_d=10.390 avg_d=3.255 std_dev=3.316
C5' A 0, -0.283, 3.489, 7.261, 11.211 max_d=11.211 avg_d=3.489 std_dev=3.772
O5' A 0, -0.333, 3.607, 7.548, 11.895 max_d=11.895 avg_d=3.607 std_dev=3.940
P A 0, -0.411, 4.241, 8.892, 13.967 max_d=13.967 avg_d=4.241 std_dev=4.651
OP2 A 0, -0.375, 4.338, 9.050, 14.996 max_d=14.996 avg_d=4.338 std_dev=4.712
OP1 A 0, -0.432, 4.967, 10.365, 16.511 max_d=16.511 avg_d=4.967 std_dev=5.398

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.24 0.01 0.26 0.29 0.38 0.22
C2 0.04 0.00 0.33 0.45 0.01 0.41 0.01 0.65 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.32 0.48 0.37 0.69 0.88 1.01 0.84
C2' 0.01 0.33 0.00 0.01 0.18 0.02 0.10 0.15 0.16 0.15 0.26 0.33 0.12 0.09 0.03 0.00 0.04 0.02 0.30 0.35 0.44 0.29
C3' 0.02 0.45 0.01 0.00 0.27 0.01 0.27 0.02 0.31 0.34 0.39 0.42 0.32 0.33 0.18 0.02 0.01 0.02 0.32 0.36 0.41 0.25
C4 0.02 0.01 0.18 0.27 0.00 0.17 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.24 0.19 0.50 0.59 0.72 0.52
C4' 0.01 0.41 0.02 0.01 0.17 0.00 0.11 0.01 0.16 0.32 0.30 0.40 0.13 0.25 0.08 0.23 0.03 0.00 0.02 0.23 0.33 0.10
C5 0.02 0.01 0.10 0.27 0.01 0.11 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.23 0.18 0.07 0.68 0.82 1.05 0.75
C5' 0.05 0.65 0.15 0.02 0.25 0.01 0.18 0.00 0.26 0.50 0.48 0.60 0.23 0.42 0.14 0.09 0.17 0.02 0.01 0.27 0.34 0.02
C6 0.03 0.01 0.16 0.31 0.01 0.16 0.01 0.26 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.25 0.15 0.65 0.85 1.06 0.75
C8 0.02 0.02 0.15 0.34 0.01 0.32 0.01 0.50 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.33 0.25 0.22 1.00 1.03 1.33 1.07
N1 0.04 0.00 0.26 0.39 0.01 0.30 0.01 0.48 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.26 0.38 0.28 0.63 0.84 0.98 0.76
N3 0.04 0.00 0.33 0.42 0.00 0.40 0.01 0.60 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.31 0.46 0.38 0.62 0.75 0.85 0.72
N6 0.03 0.01 0.12 0.32 0.01 0.13 0.02 0.23 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.27 0.24 0.10 0.76 1.00 1.28 0.91
N7 0.02 0.01 0.09 0.33 0.01 0.25 0.00 0.42 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.32 0.23 0.14 0.98 1.12 1.48 1.12
N9 0.01 0.02 0.03 0.18 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.16 0.13 0.02 0.55 0.56 0.72 0.53
O2' 0.02 0.32 0.00 0.02 0.18 0.23 0.23 0.09 0.24 0.33 0.26 0.31 0.27 0.32 0.16 0.00 0.06 0.17 0.22 0.28 0.51 0.23
O3' 0.24 0.48 0.04 0.01 0.24 0.03 0.18 0.17 0.25 0.25 0.38 0.46 0.24 0.23 0.13 0.06 0.00 0.15 0.29 0.46 0.45 0.26
O4' 0.01 0.37 0.02 0.02 0.19 0.00 0.07 0.02 0.15 0.22 0.28 0.38 0.10 0.14 0.02 0.17 0.15 0.00 0.20 0.28 0.39 0.25
O5' 0.26 0.69 0.30 0.32 0.50 0.02 0.68 0.01 0.65 1.00 0.63 0.62 0.76 0.98 0.55 0.22 0.29 0.20 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.29 0.88 0.35 0.36 0.59 0.23 0.82 0.27 0.85 1.03 0.84 0.75 1.00 1.12 0.56 0.28 0.46 0.28 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.38 1.01 0.44 0.41 0.72 0.33 1.05 0.34 1.06 1.33 0.98 0.85 1.28 1.48 0.72 0.51 0.45 0.39 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.84 0.29 0.25 0.52 0.10 0.75 0.02 0.75 1.07 0.76 0.72 0.91 1.12 0.53 0.23 0.26 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.86 1.90 1.01 0.95 1.48 0.88 1.71 1.00 2.00 1.31 2.09 2.03 1.54 1.58 1.19 0.93 1.04 0.81 1.11 2.15 1.28 1.44 1.26
C2 0.51 1.60 0.41 0.36 1.11 0.61 1.22 0.83 1.48 0.83 1.65 1.84 1.29 1.05 0.80 0.76 0.68 0.62 0.87 1.55 1.04 1.28 1.05
C2' 0.97 2.18 1.01 0.90 1.68 0.91 1.95 1.06 2.31 1.49 2.42 2.36 1.73 1.80 1.35 0.93 0.92 0.92 1.16 2.48 1.34 1.50 1.33
C3' 1.35 2.75 1.35 1.27 2.23 1.16 2.60 1.27 3.03 2.03 3.11 2.84 2.23 2.43 1.84 1.05 1.19 1.22 1.49 3.26 1.55 1.88 1.63
C4 0.47 1.23 0.64 0.57 0.86 0.67 0.95 0.82 1.13 0.68 1.26 1.41 1.01 0.83 0.65 0.87 0.78 0.58 0.83 1.18 1.00 1.14 0.98
C4' 1.30 2.59 1.41 1.39 2.19 1.17 2.60 1.29 3.01 2.06 3.01 2.59 2.11 2.48 1.82 1.03 1.37 1.15 1.56 3.28 1.63 2.00 1.70
C5 0.41 1.01 0.56 0.49 0.72 0.63 0.77 0.77 0.90 0.57 1.01 1.16 0.86 0.67 0.54 0.86 0.69 0.55 0.77 0.93 0.90 1.05 0.89
C5' 1.62 2.92 1.70 1.73 2.62 1.45 3.13 1.59 3.57 2.57 3.46 2.77 2.43 3.05 2.24 1.16 1.64 1.46 1.97 3.90 1.97 2.49 2.11
C6 0.46 1.27 0.38 0.36 0.94 0.58 0.99 0.78 1.14 0.70 1.26 1.41 1.10 0.85 0.69 0.77 0.63 0.59 0.80 1.16 0.91 1.15 0.93
C8 0.97 1.80 1.10 0.98 1.53 0.90 1.68 0.99 1.86 1.36 1.90 1.81 1.58 1.57 1.28 0.98 1.00 0.87 1.10 1.93 1.17 1.37 1.19
N1 0.65 1.77 0.46 0.42 1.31 0.63 1.42 0.86 1.66 1.02 1.80 1.97 1.49 1.24 0.98 0.74 0.68 0.69 0.92 1.71 1.04 1.35 1.08
N3 0.40 1.33 0.50 0.45 0.87 0.63 0.96 0.81 1.20 0.63 1.36 1.57 1.05 0.81 0.61 0.82 0.73 0.55 0.82 1.26 1.02 1.18 1.00
N6 0.68 1.41 0.53 0.49 1.17 0.62 1.21 0.82 1.33 0.93 1.40 1.46 1.32 1.08 0.94 0.74 0.69 0.70 0.86 1.34 0.93 1.23 0.97
N7 0.76 1.27 0.91 0.78 1.10 0.77 1.17 0.85 1.27 0.98 1.30 1.28 1.16 1.10 0.94 0.97 0.83 0.73 0.91 1.30 0.97 1.12 0.99
N9 0.76 1.63 0.92 0.84 1.28 0.81 1.43 0.93 1.65 1.11 1.73 1.74 1.36 1.31 1.03 0.93 0.94 0.74 1.00 1.73 1.14 1.30 1.13
O2' 0.94 2.06 0.97 0.88 1.57 0.97 1.84 1.14 2.21 1.42 2.32 2.25 1.61 1.72 1.27 0.97 0.94 0.96 1.21 2.42 1.47 1.55 1.42
O3' 1.33 2.84 1.29 1.21 2.28 1.12 2.72 1.25 3.23 2.09 3.31 2.94 2.25 2.55 1.86 0.98 1.11 1.21 1.49 3.54 1.56 1.92 1.65
O4' 1.05 2.12 1.25 1.24 1.77 1.03 2.09 1.14 2.41 1.65 2.42 2.14 1.74 1.98 1.47 0.98 1.31 0.94 1.34 2.61 1.45 1.71 1.47
O5' 2.28 3.42 2.34 2.38 3.22 2.09 3.68 2.21 4.02 3.16 3.89 3.17 3.02 3.59 2.87 1.75 2.24 2.11 2.58 4.26 2.54 3.05 2.70
OP1 2.66 3.67 2.65 2.85 3.68 2.56 4.39 2.79 4.79 3.87 4.40 3.28 3.26 4.44 3.37 1.95 2.69 2.58 3.28 5.24 3.27 3.97 3.48
OP2 3.31 3.85 3.29 3.41 4.13 3.14 4.58 3.29 4.66 4.28 4.31 3.39 3.70 4.64 3.94 2.53 3.13 3.21 3.72 4.83 3.58 4.15 3.80
P 2.67 3.56 2.73 2.87 3.59 2.55 4.14 2.72 4.41 3.70 4.11 3.19 3.24 4.15 3.32 2.01 2.71 2.56 3.17 4.70 3.12 3.70 3.30

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.03 0.01 0.04 0.06 0.04 0.01 0.01 0.02 0.18 0.01 0.19 0.03 0.27 0.26 0.16
C2 0.04 0.00 0.32 0.27 0.01 0.26 0.01 0.46 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.31 0.32 0.32 0.38 0.01 0.54 0.56 0.46
C2' 0.00 0.32 0.00 0.00 0.17 0.02 0.11 0.14 0.17 0.15 0.26 0.38 0.31 0.09 0.04 0.00 0.03 0.01 0.24 0.15 0.50 0.37 0.32
C3' 0.02 0.27 0.00 0.00 0.21 0.01 0.25 0.02 0.28 0.25 0.28 0.31 0.24 0.27 0.16 0.02 0.01 0.02 0.16 0.30 0.33 0.19 0.17
C4 0.02 0.01 0.17 0.21 0.00 0.12 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.15 0.18 0.17 0.32 0.02 0.41 0.46 0.35
C4' 0.01 0.26 0.02 0.01 0.12 0.00 0.10 0.01 0.13 0.18 0.20 0.32 0.24 0.15 0.06 0.20 0.03 0.00 0.02 0.12 0.19 0.19 0.08
C5 0.02 0.01 0.11 0.25 0.00 0.10 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.19 0.08 0.41 0.02 0.45 0.62 0.46
C5' 0.08 0.46 0.14 0.02 0.28 0.01 0.24 0.00 0.31 0.21 0.41 0.55 0.42 0.21 0.14 0.08 0.14 0.02 0.01 0.30 0.14 0.20 0.02
C6 0.03 0.01 0.17 0.28 0.01 0.13 0.01 0.31 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.18 0.24 0.14 0.41 0.01 0.52 0.67 0.50
C8 0.01 0.01 0.15 0.25 0.01 0.18 0.01 0.21 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.28 0.19 0.16 0.52 0.03 0.36 0.65 0.49
N1 0.04 0.01 0.26 0.28 0.01 0.20 0.01 0.41 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.24 0.28 0.25 0.39 0.01 0.55 0.62 0.49
N2 0.06 0.01 0.38 0.31 0.02 0.32 0.01 0.55 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.41 0.40 0.38 0.44 0.02 0.61 0.63 0.53
N3 0.04 0.01 0.31 0.24 0.01 0.24 0.01 0.42 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.29 0.29 0.31 0.34 0.02 0.48 0.47 0.39
N7 0.01 0.01 0.09 0.27 0.01 0.15 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.25 0.22 0.09 0.53 0.03 0.45 0.77 0.56
N9 0.01 0.02 0.04 0.16 0.01 0.06 0.01 0.14 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.12 0.09 0.02 0.32 0.02 0.31 0.40 0.29
O2' 0.02 0.31 0.00 0.02 0.15 0.20 0.16 0.08 0.18 0.28 0.24 0.41 0.29 0.25 0.12 0.00 0.07 0.13 0.16 0.20 0.48 0.43 0.29
O3' 0.18 0.32 0.03 0.01 0.18 0.03 0.19 0.14 0.24 0.19 0.28 0.40 0.29 0.22 0.09 0.07 0.00 0.15 0.23 0.27 0.35 0.32 0.24
O4' 0.01 0.32 0.01 0.02 0.17 0.00 0.08 0.02 0.14 0.16 0.25 0.38 0.31 0.09 0.02 0.13 0.15 0.00 0.19 0.11 0.18 0.24 0.18
O5' 0.19 0.38 0.24 0.16 0.32 0.02 0.41 0.01 0.41 0.52 0.39 0.44 0.34 0.53 0.32 0.16 0.23 0.19 0.00 0.45 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.15 0.30 0.02 0.12 0.02 0.30 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.20 0.27 0.11 0.45 0.00 0.57 0.77 0.57
OP1 0.27 0.54 0.50 0.33 0.41 0.19 0.45 0.14 0.52 0.36 0.55 0.61 0.48 0.45 0.31 0.48 0.35 0.18 0.02 0.57 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.56 0.37 0.19 0.46 0.19 0.62 0.20 0.67 0.65 0.62 0.63 0.47 0.77 0.40 0.43 0.32 0.24 0.02 0.77 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.46 0.32 0.17 0.35 0.08 0.46 0.02 0.50 0.49 0.49 0.53 0.39 0.56 0.29 0.29 0.24 0.18 0.01 0.57 0.01 0.01 0.00