ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 11840

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 25, 32, 38, 7, 0, 9, 34, 18, 5, 13, 7, 11, 64, 19, 3, 5, 1, 5, 54,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, 0.202, 0.467, 0.732, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.467 std_dev=0.265
C4 A 0, 0.223, 0.628, 1.032, 1.774 max_d=1.774 avg_d=0.628 std_dev=0.405
N3 A 0, 0.227, 0.652, 1.077, 2.058 max_d=2.058 avg_d=0.652 std_dev=0.425
C5 A 0, 0.268, 0.775, 1.282, 2.023 max_d=2.023 avg_d=0.775 std_dev=0.507
C2 B 0, 0.416, 0.946, 1.476, 2.309 max_d=2.309 avg_d=0.946 std_dev=0.530
C2 A 0, 0.336, 0.883, 1.429, 2.925 max_d=2.925 avg_d=0.883 std_dev=0.546
C6 B 0, 0.284, 0.831, 1.377, 3.113 max_d=3.113 avg_d=0.831 std_dev=0.547
C1' B 0, 0.204, 0.779, 1.354, 3.304 max_d=3.304 avg_d=0.779 std_dev=0.575
N3 B 0, 0.584, 1.316, 2.047, 3.423 max_d=3.423 avg_d=1.316 std_dev=0.731
N7 A 0, 0.366, 1.123, 1.879, 3.454 max_d=3.454 avg_d=1.123 std_dev=0.757
C6 A 0, 0.112, 0.878, 1.644, 2.585 max_d=2.585 avg_d=0.878 std_dev=0.766
N1 A 0, 0.208, 0.991, 1.774, 2.886 max_d=2.886 avg_d=0.991 std_dev=0.783
N9 A 0, 0.168, 0.956, 1.745, 3.169 max_d=3.169 avg_d=0.956 std_dev=0.788
C5 B 0, 0.410, 1.266, 2.122, 4.255 max_d=4.255 avg_d=1.266 std_dev=0.856
C2' B 0, 0.205, 1.088, 1.970, 5.011 max_d=5.011 avg_d=1.088 std_dev=0.883
C8 A 0, 0.260, 1.187, 2.113, 4.038 max_d=4.038 avg_d=1.187 std_dev=0.927
C4 B 0, 0.476, 1.409, 2.343, 3.726 max_d=3.726 avg_d=1.409 std_dev=0.934
O2 B 0, 0.490, 1.426, 2.362, 4.267 max_d=4.267 avg_d=1.426 std_dev=0.936
O4' B 0, 0.229, 1.182, 2.135, 5.470 max_d=5.470 avg_d=1.182 std_dev=0.953
N6 A 0, 0.049, 1.172, 2.294, 3.962 max_d=3.962 avg_d=1.172 std_dev=1.122
C3' B 0, 0.244, 1.445, 2.645, 7.247 max_d=7.247 avg_d=1.445 std_dev=1.200
O2' B 0, 0.227, 1.432, 2.637, 5.328 max_d=5.328 avg_d=1.432 std_dev=1.205
C1' A 0, -0.027, 1.208, 2.443, 4.391 max_d=4.391 avg_d=1.208 std_dev=1.235
C4' B 0, 0.304, 1.588, 2.872, 7.543 max_d=7.543 avg_d=1.588 std_dev=1.284
O4 B 0, 0.656, 2.006, 3.356, 5.424 max_d=5.424 avg_d=2.006 std_dev=1.350
O5' B 0, 0.419, 1.840, 3.260, 8.407 max_d=8.407 avg_d=1.840 std_dev=1.420
C5' B 0, 0.493, 2.100, 3.706, 9.402 max_d=9.402 avg_d=2.100 std_dev=1.607
O3' B 0, 0.384, 2.010, 3.636, 8.764 max_d=8.764 avg_d=2.010 std_dev=1.626
P B 0, 0.817, 2.449, 4.081, 9.513 max_d=9.513 avg_d=2.449 std_dev=1.632
OP2 B 0, 0.756, 2.472, 4.188, 9.546 max_d=9.546 avg_d=2.472 std_dev=1.716
O4' A 0, 0.061, 1.845, 3.629, 5.964 max_d=5.964 avg_d=1.845 std_dev=1.784
OP1 B 0, 1.193, 3.079, 4.964, 12.348 max_d=12.348 avg_d=3.079 std_dev=1.885
C2' A 0, 0.225, 2.153, 4.081, 6.749 max_d=6.749 avg_d=2.153 std_dev=1.928
O2' A 0, 0.157, 2.371, 4.585, 7.859 max_d=7.859 avg_d=2.371 std_dev=2.214
C4' A 0, 0.272, 2.744, 5.216, 8.370 max_d=8.370 avg_d=2.744 std_dev=2.472
C3' A 0, 0.442, 2.918, 5.393, 8.414 max_d=8.414 avg_d=2.918 std_dev=2.476
C5' A 0, 0.506, 3.656, 6.805, 10.241 max_d=10.241 avg_d=3.656 std_dev=3.149
O3' A 0, 0.697, 3.914, 7.132, 11.025 max_d=11.025 avg_d=3.914 std_dev=3.218
O5' A 0, 0.449, 4.059, 7.668, 11.846 max_d=11.846 avg_d=4.059 std_dev=3.610
OP2 A 0, 0.808, 5.116, 9.424, 14.009 max_d=14.009 avg_d=5.116 std_dev=4.308
P A 0, 0.487, 4.806, 9.126, 14.145 max_d=14.145 avg_d=4.806 std_dev=4.319
OP1 A 0, 0.419, 5.457, 10.496, 16.596 max_d=16.596 avg_d=5.457 std_dev=5.038

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.21 0.01 0.35 0.50 0.45 0.39
C2 0.05 0.00 0.35 0.65 0.02 0.74 0.01 1.26 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.42 0.67 0.58 0.95 1.30 1.39 1.20
C2' 0.01 0.35 0.00 0.01 0.20 0.02 0.12 0.13 0.19 0.16 0.29 0.34 0.16 0.08 0.04 0.01 0.03 0.02 0.37 0.63 0.43 0.43
C3' 0.02 0.65 0.01 0.00 0.35 0.01 0.28 0.03 0.38 0.37 0.54 0.61 0.34 0.30 0.15 0.03 0.01 0.02 0.23 0.62 0.25 0.30
C4 0.02 0.02 0.20 0.35 0.00 0.34 0.01 0.55 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.24 0.32 0.30 0.40 0.62 0.69 0.50
C4' 0.01 0.74 0.02 0.01 0.34 0.00 0.18 0.01 0.33 0.38 0.57 0.72 0.24 0.26 0.08 0.19 0.04 0.01 0.02 0.28 0.23 0.07
C5 0.02 0.01 0.12 0.28 0.01 0.18 0.00 0.34 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.24 0.23 0.13 0.58 0.77 0.97 0.70
C5' 0.06 1.26 0.13 0.03 0.55 0.01 0.34 0.00 0.57 0.59 0.98 1.16 0.45 0.45 0.15 0.08 0.13 0.02 0.01 0.32 0.36 0.02
C6 0.03 0.01 0.19 0.38 0.01 0.33 0.01 0.57 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.28 0.37 0.26 0.49 0.75 0.93 0.64
C8 0.02 0.02 0.16 0.37 0.01 0.38 0.02 0.59 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.30 0.28 0.31 1.22 1.35 1.54 1.36
N1 0.04 0.01 0.29 0.54 0.02 0.57 0.01 0.98 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.36 0.56 0.45 0.67 1.02 1.11 0.89
N3 0.05 0.01 0.34 0.61 0.01 0.72 0.01 1.16 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.40 0.60 0.59 0.85 1.10 1.15 1.02
N6 0.03 0.02 0.16 0.34 0.02 0.24 0.02 0.45 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.29 0.32 0.18 0.60 0.84 1.11 0.77
N7 0.02 0.02 0.08 0.30 0.01 0.26 0.01 0.45 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.28 0.21 0.17 1.11 1.29 1.59 1.30
N9 0.01 0.02 0.04 0.15 0.01 0.08 0.01 0.15 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.14 0.12 0.02 0.58 0.71 0.77 0.64
O2' 0.02 0.42 0.01 0.03 0.24 0.19 0.24 0.08 0.28 0.30 0.36 0.40 0.29 0.28 0.14 0.00 0.07 0.14 0.22 0.49 0.38 0.30
O3' 0.21 0.67 0.03 0.01 0.32 0.04 0.23 0.13 0.37 0.28 0.56 0.60 0.32 0.21 0.12 0.07 0.00 0.13 0.31 0.75 0.36 0.38
O4' 0.01 0.58 0.02 0.02 0.30 0.01 0.13 0.02 0.26 0.31 0.45 0.59 0.18 0.17 0.02 0.14 0.13 0.00 0.29 0.40 0.34 0.32
O5' 0.35 0.95 0.37 0.23 0.40 0.02 0.58 0.01 0.49 1.22 0.67 0.85 0.60 1.11 0.58 0.22 0.31 0.29 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.50 1.30 0.63 0.62 0.62 0.28 0.77 0.32 0.75 1.35 1.02 1.10 0.84 1.29 0.71 0.49 0.75 0.40 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.45 1.39 0.43 0.25 0.69 0.23 0.97 0.36 0.93 1.54 1.11 1.15 1.11 1.59 0.77 0.38 0.36 0.34 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.39 1.20 0.43 0.30 0.50 0.07 0.70 0.02 0.64 1.36 0.89 1.02 0.77 1.30 0.64 0.30 0.38 0.32 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.93 1.52 0.79 0.75 2.45 0.76 2.30 0.81 1.79 1.38 2.04 1.36 0.68 0.83 2.86 0.94 0.95 1.05 1.30 1.10
C2 0.51 1.27 0.38 0.36 1.84 0.66 1.60 0.91 1.21 0.97 1.71 1.21 0.60 0.66 2.15 0.67 0.87 1.10 1.11 1.02
C2' 1.01 1.76 0.82 0.79 2.84 0.76 2.67 0.84 2.05 1.57 2.36 1.60 0.68 0.78 3.35 0.98 1.06 1.15 1.57 1.28
C3' 1.25 1.98 1.16 1.16 2.83 1.00 2.71 1.06 2.16 1.75 2.47 1.91 0.91 1.09 3.26 1.16 1.32 1.42 1.82 1.51
C4 0.64 1.22 0.53 0.49 1.98 0.66 1.82 0.78 1.42 1.08 1.70 1.00 0.63 0.68 2.27 0.76 0.78 0.91 1.01 0.90
C4' 1.26 1.86 1.19 1.24 2.61 1.11 2.51 1.18 2.05 1.69 2.29 1.79 0.86 1.21 2.98 1.22 1.41 1.55 1.80 1.56
C5 0.58 1.13 0.47 0.43 1.72 0.63 1.60 0.76 1.28 1.00 1.52 0.92 0.64 0.64 1.91 0.73 0.76 0.87 0.94 0.85
C5' 1.49 2.07 1.45 1.59 2.74 1.43 2.67 1.56 2.27 1.92 2.47 1.98 1.01 1.55 3.04 1.48 1.83 2.00 2.21 1.97
C6 0.49 1.20 0.39 0.35 1.56 0.64 1.38 0.88 1.11 0.93 1.50 1.18 0.63 0.62 1.74 0.67 0.85 1.01 1.05 0.96
C8 0.97 1.45 0.82 0.76 2.19 0.76 2.14 0.76 1.75 1.38 1.85 1.29 0.73 0.82 2.42 0.95 0.92 0.96 1.18 1.03
N1 0.54 1.33 0.42 0.38 1.72 0.68 1.48 0.96 1.16 0.99 1.68 1.36 0.62 0.67 1.96 0.68 0.93 1.16 1.19 1.09
N3 0.56 1.22 0.45 0.42 1.98 0.65 1.77 0.83 1.34 1.02 1.73 1.05 0.61 0.67 2.32 0.71 0.80 0.99 1.04 0.94
N6 0.60 1.29 0.52 0.44 1.43 0.68 1.26 0.95 1.06 0.98 1.46 1.40 0.69 0.63 1.56 0.69 0.95 1.10 1.17 1.06
N7 0.80 1.19 0.67 0.61 1.79 0.68 1.76 0.70 1.48 1.17 1.53 0.95 0.72 0.72 1.94 0.85 0.79 0.83 0.97 0.86
N9 0.85 1.39 0.72 0.67 2.24 0.72 2.12 0.77 1.67 1.28 1.87 1.19 0.68 0.77 2.56 0.88 0.87 0.95 1.15 1.00
O2' 1.02 1.81 0.78 0.74 2.97 0.78 2.75 0.89 2.09 1.61 2.47 1.61 0.66 0.78 3.56 1.02 1.09 1.19 1.62 1.33
O3' 1.26 2.11 1.15 1.15 3.03 0.96 2.84 1.03 2.24 1.82 2.67 2.05 0.90 1.05 3.52 1.14 1.31 1.43 1.93 1.54
O4' 1.12 1.57 1.03 1.06 2.27 1.02 2.19 1.07 1.79 1.45 1.94 1.51 0.79 1.10 2.60 1.13 1.22 1.35 1.48 1.33
O5' 2.26 2.81 2.22 2.36 3.39 2.18 3.35 2.31 3.02 2.70 3.16 2.62 1.66 2.25 3.57 2.22 2.56 2.69 2.87 2.67
OP1 2.61 3.12 2.60 2.94 4.03 2.72 4.06 3.00 3.64 3.13 3.61 2.76 1.96 2.83 4.30 2.68 3.36 3.62 3.88 3.57
OP2 2.94 3.31 3.03 3.34 3.91 3.06 3.99 3.27 3.77 3.38 3.65 2.92 2.38 3.25 4.00 2.97 3.59 3.74 3.87 3.68
P 2.58 3.04 2.61 2.89 3.70 2.65 3.74 2.86 3.43 3.03 3.42 2.75 2.00 2.81 3.87 2.60 3.18 3.38 3.53 3.31

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.06 0.02 0.18 0.03 0.01 0.20 0.18 0.43 0.18
C2 0.04 0.00 0.18 0.24 0.02 0.08 0.03 0.14 0.02 0.01 0.01 0.01 0.19 0.24 0.03 0.12 0.34 0.26 0.55 0.28
C2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.07 0.02 0.15 0.12 0.18 0.03 0.12 0.32 0.01 0.03 0.08 0.01 0.38 0.43 0.43 0.35
C3' 0.01 0.24 0.01 0.00 0.27 0.01 0.28 0.03 0.26 0.16 0.27 0.30 0.02 0.01 0.28 0.02 0.34 0.39 0.21 0.25
C4 0.03 0.02 0.07 0.27 0.00 0.16 0.01 0.30 0.02 0.02 0.01 0.03 0.29 0.21 0.01 0.05 0.51 0.49 0.77 0.49
C4' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.16 0.00 0.22 0.01 0.21 0.08 0.10 0.16 0.20 0.03 0.17 0.01 0.02 0.16 0.34 0.06
C5 0.02 0.03 0.15 0.28 0.01 0.22 0.00 0.39 0.01 0.02 0.01 0.03 0.30 0.25 0.02 0.12 0.58 0.58 0.82 0.58
C5' 0.05 0.14 0.12 0.03 0.30 0.01 0.39 0.00 0.35 0.15 0.20 0.21 0.10 0.15 0.33 0.02 0.01 0.19 0.35 0.02
C6 0.02 0.02 0.18 0.26 0.02 0.21 0.01 0.35 0.00 0.01 0.02 0.02 0.26 0.22 0.02 0.15 0.51 0.46 0.69 0.47
N1 0.01 0.01 0.03 0.16 0.02 0.08 0.02 0.15 0.01 0.00 0.01 0.02 0.16 0.10 0.02 0.02 0.33 0.25 0.53 0.27
N3 0.03 0.01 0.12 0.27 0.01 0.10 0.01 0.20 0.02 0.01 0.00 0.02 0.24 0.23 0.02 0.08 0.41 0.35 0.65 0.36
O2 0.06 0.01 0.32 0.30 0.03 0.16 0.03 0.21 0.02 0.02 0.02 0.00 0.24 0.38 0.04 0.23 0.34 0.32 0.55 0.33
O2' 0.02 0.19 0.01 0.02 0.29 0.20 0.30 0.10 0.26 0.16 0.24 0.24 0.00 0.09 0.33 0.14 0.22 0.36 0.45 0.26
O3' 0.18 0.24 0.03 0.01 0.21 0.03 0.25 0.15 0.22 0.10 0.23 0.38 0.09 0.00 0.24 0.12 0.34 0.51 0.32 0.34
O4 0.03 0.03 0.08 0.28 0.01 0.17 0.02 0.33 0.02 0.02 0.02 0.04 0.33 0.24 0.00 0.05 0.54 0.57 0.84 0.55
O4' 0.01 0.12 0.01 0.02 0.05 0.01 0.12 0.02 0.15 0.02 0.08 0.23 0.14 0.12 0.05 0.00 0.13 0.13 0.48 0.20
O5' 0.20 0.34 0.38 0.34 0.51 0.02 0.58 0.01 0.51 0.33 0.41 0.34 0.22 0.34 0.54 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.18 0.26 0.43 0.39 0.49 0.16 0.58 0.19 0.46 0.25 0.35 0.32 0.36 0.51 0.57 0.13 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.43 0.55 0.43 0.21 0.77 0.34 0.82 0.35 0.69 0.53 0.65 0.55 0.45 0.32 0.84 0.48 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.18 0.28 0.35 0.25 0.49 0.06 0.58 0.02 0.47 0.27 0.36 0.33 0.26 0.34 0.55 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00