ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 11868

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 3, 8, 47, 75, 57, 28, 13, 12, 7, 3, 2, 2, 2, 1, 3, 7, 5, 4, 215,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N9 A 0, 0.234, 1.035, 1.835, 3.021 max_d=3.021 avg_d=1.035 std_dev=0.800
C4 B 0, 0.220, 1.062, 1.905, 2.869 max_d=2.869 avg_d=1.062 std_dev=0.842
C1' A 0, 0.289, 1.142, 1.994, 4.101 max_d=4.101 avg_d=1.142 std_dev=0.853
C4 A 0, 0.235, 1.158, 2.081, 3.118 max_d=3.118 avg_d=1.158 std_dev=0.923
N9 B 0, 0.210, 1.171, 2.132, 3.127 max_d=3.127 avg_d=1.171 std_dev=0.961
O4' A 0, 0.400, 1.381, 2.362, 6.605 max_d=6.605 avg_d=1.381 std_dev=0.981
C8 A 0, 0.303, 1.307, 2.311, 3.870 max_d=3.870 avg_d=1.307 std_dev=1.004
N3 A 0, 0.320, 1.420, 2.520, 3.606 max_d=3.606 avg_d=1.420 std_dev=1.100
C5 A 0, 0.296, 1.415, 2.534, 3.538 max_d=3.538 avg_d=1.415 std_dev=1.119
C2' A 0, 0.510, 1.645, 2.781, 5.494 max_d=5.494 avg_d=1.645 std_dev=1.135
N3 B 0, 0.267, 1.463, 2.660, 3.915 max_d=3.915 avg_d=1.463 std_dev=1.196
C4' A 0, 0.501, 1.711, 2.921, 7.884 max_d=7.884 avg_d=1.711 std_dev=1.210
N7 A 0, 0.355, 1.569, 2.783, 4.178 max_d=4.178 avg_d=1.569 std_dev=1.214
C5 B 0, 0.354, 1.606, 2.858, 3.956 max_d=3.956 avg_d=1.606 std_dev=1.252
C3' A 0, 0.696, 1.994, 3.291, 6.486 max_d=6.486 avg_d=1.994 std_dev=1.298
C2 A 0, 0.333, 1.703, 3.073, 4.339 max_d=4.339 avg_d=1.703 std_dev=1.370
C6 A 0, 0.351, 1.749, 3.147, 4.879 max_d=4.879 avg_d=1.749 std_dev=1.398
C1' B 0, 0.127, 1.526, 2.925, 4.218 max_d=4.218 avg_d=1.526 std_dev=1.399
N1 A 0, 0.330, 1.795, 3.260, 4.855 max_d=4.855 avg_d=1.795 std_dev=1.465
C8 B 0, 0.330, 1.796, 3.262, 4.502 max_d=4.502 avg_d=1.796 std_dev=1.466
N7 B 0, 0.350, 1.849, 3.348, 4.620 max_d=4.620 avg_d=1.849 std_dev=1.499
O2' B 0, 0.834, 2.500, 4.166, 5.970 max_d=5.970 avg_d=2.500 std_dev=1.666
C2' B 0, 0.401, 2.085, 3.769, 5.900 max_d=5.900 avg_d=2.085 std_dev=1.684
N2 A 0, 0.452, 2.154, 3.857, 5.411 max_d=5.411 avg_d=2.154 std_dev=1.702
O2' A 0, 0.560, 2.263, 3.967, 7.944 max_d=7.944 avg_d=2.263 std_dev=1.703
O6 A 0, 0.432, 2.143, 3.854, 7.243 max_d=7.243 avg_d=2.143 std_dev=1.711
OP2 A 0, 4.596, 6.311, 8.027, 13.496 max_d=13.496 avg_d=6.311 std_dev=1.716
C5' A 0, 0.632, 2.378, 4.124, 9.702 max_d=9.702 avg_d=2.378 std_dev=1.746
O3' A 0, 0.985, 2.845, 4.706, 8.490 max_d=8.490 avg_d=2.845 std_dev=1.860
C6 B 0, 0.502, 2.409, 4.317, 5.732 max_d=5.732 avg_d=2.409 std_dev=1.908
C2 B 0, 0.412, 2.352, 4.293, 5.720 max_d=5.720 avg_d=2.352 std_dev=1.940
P A 0, 2.633, 4.692, 6.751, 11.802 max_d=11.802 avg_d=4.692 std_dev=2.059
O5' A 0, 1.020, 3.102, 5.185, 9.420 max_d=9.420 avg_d=3.102 std_dev=2.083
O4' B 0, 0.345, 2.545, 4.744, 6.508 max_d=6.508 avg_d=2.545 std_dev=2.199
N1 B 0, 0.486, 2.729, 4.973, 6.590 max_d=6.590 avg_d=2.729 std_dev=2.243
O6 B 0, 0.636, 3.061, 5.487, 7.417 max_d=7.417 avg_d=3.061 std_dev=2.426
C3' B 0, 0.640, 3.143, 5.647, 8.457 max_d=8.457 avg_d=3.143 std_dev=2.504
OP1 A 0, 2.470, 5.031, 7.591, 13.029 max_d=13.029 avg_d=5.031 std_dev=2.561
N2 B 0, 0.522, 3.166, 5.810, 7.632 max_d=7.632 avg_d=3.166 std_dev=2.644
C4' B 0, 0.461, 3.346, 6.231, 8.527 max_d=8.527 avg_d=3.346 std_dev=2.885
O3' B 0, 1.153, 4.168, 7.183, 10.447 max_d=10.447 avg_d=4.168 std_dev=3.015
C5' B 0, 0.836, 4.431, 8.027, 10.843 max_d=10.843 avg_d=4.431 std_dev=3.596
O5' B 0, 0.911, 4.588, 8.264, 10.810 max_d=10.810 avg_d=4.588 std_dev=3.677
OP2 B 0, 1.541, 5.929, 10.316, 13.999 max_d=13.999 avg_d=5.929 std_dev=4.388
P B 0, 1.207, 5.704, 10.201, 13.182 max_d=13.182 avg_d=5.704 std_dev=4.497
OP1 B 0, 1.183, 6.502, 11.820, 15.548 max_d=15.548 avg_d=6.502 std_dev=5.318

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.06 0.03 0.02 0.04 0.07 0.05 0.02 0.01 0.02 0.15 0.01 0.24 0.03 0.38 0.44 0.30
C2 0.05 0.00 0.27 0.60 0.01 0.64 0.01 0.99 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.40 0.55 0.53 1.49 0.02 1.61 2.14 1.71
C2' 0.01 0.27 0.00 0.01 0.14 0.02 0.09 0.10 0.14 0.14 0.21 0.33 0.27 0.11 0.04 0.01 0.04 0.02 0.31 0.13 0.43 0.46 0.33
C3' 0.02 0.60 0.01 0.00 0.30 0.01 0.25 0.03 0.33 0.37 0.48 0.75 0.57 0.32 0.16 0.02 0.01 0.03 0.36 0.31 0.48 0.38 0.31
C4 0.03 0.01 0.14 0.30 0.00 0.26 0.01 0.36 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.19 0.24 0.27 0.74 0.01 0.78 1.17 0.83
C4' 0.02 0.64 0.02 0.01 0.26 0.00 0.12 0.01 0.22 0.42 0.46 0.82 0.62 0.31 0.09 0.17 0.03 0.00 0.03 0.17 0.27 0.30 0.11
C5 0.02 0.01 0.09 0.25 0.01 0.12 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.18 0.21 0.10 0.68 0.01 0.84 1.29 0.83
C5' 0.06 0.99 0.10 0.03 0.36 0.01 0.22 0.00 0.34 0.70 0.70 1.34 0.90 0.57 0.19 0.10 0.12 0.02 0.01 0.29 0.34 0.38 0.02
C6 0.03 0.01 0.14 0.33 0.01 0.22 0.01 0.34 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.20 0.29 0.21 0.83 0.01 0.99 1.55 1.02
C8 0.02 0.02 0.14 0.37 0.01 0.42 0.01 0.70 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.30 0.32 0.31 0.97 0.03 1.16 1.34 1.12
N1 0.04 0.01 0.21 0.48 0.01 0.46 0.01 0.70 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.29 0.44 0.39 1.19 0.01 1.33 1.93 1.41
N2 0.07 0.01 0.33 0.75 0.02 0.82 0.02 1.34 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.53 0.72 0.64 1.91 0.02 2.19 2.77 2.26
N3 0.05 0.01 0.27 0.57 0.01 0.62 0.01 0.90 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.39 0.49 0.54 1.32 0.02 1.34 1.72 1.44
N7 0.02 0.01 0.11 0.32 0.01 0.31 0.00 0.57 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.27 0.29 0.18 0.89 0.03 1.18 1.48 1.11
N9 0.01 0.02 0.04 0.16 0.01 0.09 0.01 0.19 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.12 0.12 0.02 0.48 0.02 0.59 0.81 0.56
O2' 0.02 0.40 0.01 0.02 0.19 0.17 0.18 0.10 0.20 0.30 0.29 0.53 0.39 0.27 0.12 0.00 0.08 0.13 0.16 0.21 0.35 0.42 0.25
O3' 0.15 0.55 0.04 0.01 0.24 0.03 0.21 0.12 0.29 0.32 0.44 0.72 0.49 0.29 0.12 0.08 0.00 0.10 0.34 0.29 0.57 0.44 0.30
O4' 0.01 0.53 0.02 0.03 0.27 0.00 0.10 0.02 0.21 0.31 0.39 0.64 0.54 0.18 0.02 0.13 0.10 0.00 0.19 0.14 0.35 0.34 0.26
O5' 0.24 1.49 0.31 0.36 0.74 0.03 0.68 0.01 0.83 0.97 1.19 1.91 1.32 0.89 0.48 0.16 0.34 0.19 0.00 0.80 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.13 0.31 0.01 0.17 0.01 0.29 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.21 0.29 0.14 0.80 0.00 1.04 1.62 1.03
OP1 0.38 1.61 0.43 0.48 0.78 0.27 0.84 0.34 0.99 1.16 1.33 2.19 1.34 1.18 0.59 0.35 0.57 0.35 0.02 1.04 0.00 0.02 0.01
OP2 0.44 2.14 0.46 0.38 1.17 0.30 1.29 0.38 1.55 1.34 1.93 2.77 1.72 1.48 0.81 0.42 0.44 0.34 0.02 1.62 0.02 0.00 0.01
P 0.30 1.71 0.33 0.31 0.83 0.11 0.83 0.02 1.02 1.12 1.41 2.26 1.44 1.11 0.56 0.25 0.30 0.26 0.01 1.03 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.96 2.57 0.91 0.75 1.81 1.00 1.90 1.11 2.31 1.18 2.61 2.85 2.15 1.52 1.27 0.93 0.81 0.96 1.16 2.37 1.40 1.12 1.24
C2 0.93 3.75 0.81 0.83 2.59 1.10 3.11 1.34 3.97 1.87 4.28 4.07 2.84 2.61 1.73 0.53 0.94 0.93 1.55 4.33 1.93 1.62 1.67
C2' 0.99 2.21 0.96 0.98 1.52 1.30 1.63 1.41 2.02 1.06 2.28 2.50 1.80 1.31 1.11 1.10 1.10 1.16 1.38 2.11 1.63 1.24 1.42
C3' 0.61 1.82 0.66 0.66 1.23 0.82 1.34 0.99 1.67 0.80 1.88 2.05 1.48 1.08 0.82 0.76 0.86 0.67 1.01 1.76 1.41 0.98 1.14
C4 0.87 3.27 0.79 0.79 2.32 1.07 2.69 1.25 3.32 1.64 3.59 3.47 2.56 2.23 1.56 0.54 0.89 0.93 1.42 3.51 1.65 1.42 1.47
C4' 0.73 1.81 0.87 0.87 1.31 0.77 1.36 1.02 1.61 0.94 1.81 2.04 1.56 1.14 0.96 0.88 1.07 0.63 1.05 1.65 1.51 1.15 1.26
C5 0.80 3.19 0.72 0.81 2.36 1.09 2.85 1.32 3.50 1.78 3.65 3.26 2.49 2.45 1.59 0.52 0.93 0.92 1.56 3.75 1.81 1.65 1.65
C5' 1.23 1.70 1.46 1.65 1.53 1.34 1.62 1.52 1.72 1.49 1.75 1.77 1.58 1.59 1.40 1.32 1.87 1.14 1.49 1.77 1.85 1.67 1.65
C6 0.83 3.45 0.73 0.85 2.53 1.12 3.17 1.42 3.99 1.97 4.09 3.56 2.63 2.77 1.70 0.56 0.96 0.92 1.71 4.41 2.11 1.90 1.89
C8 0.77 2.37 0.69 0.74 1.84 1.00 2.08 1.11 2.44 1.35 2.56 2.40 1.98 1.77 1.29 0.56 0.87 0.95 1.24 2.53 1.31 1.25 1.25
N1 0.88 3.72 0.76 0.85 2.63 1.12 3.26 1.41 4.16 1.99 4.37 3.93 2.80 2.80 1.76 0.51 0.96 0.92 1.68 4.62 2.11 1.83 1.84
N2 0.97 3.88 0.84 0.84 2.65 1.10 3.18 1.35 4.10 1.91 4.44 4.27 2.92 2.67 1.77 0.56 0.96 0.93 1.55 4.52 1.98 1.63 1.69
N3 0.94 3.54 0.84 0.81 2.43 1.08 2.83 1.27 3.56 1.70 3.90 3.88 2.73 2.33 1.63 0.60 0.91 0.93 1.43 3.81 1.73 1.44 1.51
N7 0.73 2.63 0.67 0.80 2.08 1.06 2.49 1.26 2.95 1.62 2.99 2.62 2.13 2.19 1.43 0.60 0.94 0.94 1.49 3.12 1.63 1.58 1.55
N9 0.87 2.78 0.80 0.75 2.01 1.02 2.23 1.14 2.69 1.38 2.94 2.95 2.27 1.83 1.38 0.64 0.84 0.94 1.25 2.79 1.40 1.22 1.28
O2' 1.42 2.37 1.46 1.44 1.73 1.65 1.75 1.72 2.09 1.33 2.38 2.72 2.02 1.47 1.43 1.60 1.52 1.53 1.64 2.14 1.90 1.57 1.71
O3' 0.68 1.68 0.69 0.71 1.11 0.94 1.18 1.12 1.49 0.72 1.71 1.95 1.38 0.94 0.77 0.86 0.92 0.80 1.12 1.57 1.57 1.09 1.27
O4' 0.94 2.31 1.05 0.87 1.72 0.75 1.75 0.96 2.04 1.15 2.29 2.54 2.03 1.42 1.26 0.99 0.99 0.71 0.99 2.06 1.35 1.07 1.16
O5' 1.55 1.97 1.83 2.07 1.88 1.62 2.00 1.75 2.09 1.87 2.07 1.97 1.86 1.99 1.76 1.52 2.28 1.40 1.67 2.17 1.91 1.89 1.79
O6 0.81 3.35 0.73 0.87 2.51 1.13 3.25 1.49 4.10 2.07 4.07 3.43 2.55 2.92 1.71 0.69 0.99 0.92 1.84 4.64 2.34 2.14 2.10
OP1 2.11 2.04 2.36 2.91 2.23 2.56 2.46 2.89 2.43 2.62 2.22 1.92 2.00 2.68 2.32 1.86 3.12 2.18 2.77 2.56 3.15 3.08 2.98
OP2 2.19 2.50 2.55 2.91 2.59 2.28 2.83 2.52 2.88 2.79 2.71 2.36 2.40 2.94 2.54 2.02 2.92 2.02 2.48 3.01 2.64 2.94 2.62
P 2.06 2.11 2.40 2.89 2.25 2.37 2.43 2.55 2.42 2.48 2.27 1.99 2.06 2.56 2.27 1.88 3.14 2.01 2.41 2.52 2.61 2.66 2.51

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.02 0.24 0.01 0.27 0.03 0.33 0.45 0.25
C2 0.05 0.00 0.35 0.43 0.01 0.28 0.01 0.47 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.32 0.41 0.25 0.70 0.02 0.87 0.95 0.83
C2' 0.01 0.35 0.00 0.01 0.18 0.02 0.10 0.17 0.16 0.20 0.27 0.43 0.35 0.13 0.04 0.01 0.05 0.02 0.50 0.13 0.58 0.65 0.52
C3' 0.02 0.43 0.01 0.00 0.29 0.01 0.32 0.03 0.36 0.33 0.40 0.50 0.39 0.35 0.21 0.03 0.01 0.02 0.39 0.38 0.49 0.41 0.35
C4 0.02 0.01 0.18 0.29 0.00 0.14 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.23 0.22 0.13 0.48 0.01 0.56 0.69 0.51
C4' 0.01 0.28 0.02 0.01 0.14 0.00 0.14 0.01 0.16 0.25 0.22 0.36 0.27 0.22 0.10 0.26 0.04 0.00 0.02 0.17 0.22 0.33 0.10
C5 0.02 0.01 0.10 0.32 0.01 0.14 0.00 0.27 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.30 0.23 0.07 0.54 0.01 0.61 0.86 0.59
C5' 0.08 0.47 0.17 0.03 0.24 0.01 0.27 0.00 0.30 0.40 0.38 0.60 0.42 0.38 0.18 0.12 0.18 0.02 0.01 0.32 0.23 0.38 0.02
C6 0.03 0.01 0.16 0.36 0.01 0.16 0.01 0.30 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.31 0.28 0.11 0.57 0.01 0.70 0.91 0.66
C8 0.02 0.02 0.20 0.33 0.01 0.25 0.01 0.40 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.34 0.27 0.16 0.69 0.02 0.64 0.99 0.69
N1 0.04 0.01 0.27 0.40 0.01 0.22 0.01 0.38 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.30 0.35 0.19 0.63 0.01 0.80 0.92 0.75
N2 0.06 0.01 0.43 0.50 0.02 0.36 0.02 0.60 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.39 0.53 0.30 0.85 0.02 1.07 1.17 1.04
N3 0.05 0.01 0.35 0.39 0.01 0.27 0.01 0.42 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.29 0.38 0.25 0.63 0.01 0.75 0.81 0.72
N7 0.02 0.01 0.13 0.35 0.01 0.22 0.00 0.38 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.37 0.29 0.10 0.68 0.02 0.70 1.08 0.74
N9 0.01 0.02 0.04 0.21 0.01 0.10 0.01 0.18 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.19 0.13 0.02 0.43 0.02 0.44 0.64 0.41
O2' 0.02 0.32 0.01 0.03 0.23 0.26 0.30 0.12 0.31 0.34 0.30 0.39 0.29 0.37 0.19 0.00 0.10 0.19 0.32 0.35 0.48 0.64 0.41
O3' 0.24 0.41 0.05 0.01 0.22 0.04 0.23 0.18 0.28 0.27 0.35 0.53 0.38 0.29 0.13 0.10 0.00 0.17 0.37 0.30 0.55 0.44 0.38
O4' 0.01 0.25 0.02 0.02 0.13 0.00 0.07 0.02 0.11 0.16 0.19 0.30 0.25 0.10 0.02 0.19 0.17 0.00 0.19 0.09 0.28 0.45 0.24
O5' 0.27 0.70 0.50 0.39 0.48 0.02 0.54 0.01 0.57 0.69 0.63 0.85 0.63 0.68 0.43 0.32 0.37 0.19 0.00 0.60 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.13 0.38 0.01 0.17 0.01 0.32 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.35 0.30 0.09 0.60 0.00 0.74 1.00 0.70
OP1 0.33 0.87 0.58 0.49 0.56 0.22 0.61 0.23 0.70 0.64 0.80 1.07 0.75 0.70 0.44 0.48 0.55 0.28 0.02 0.74 0.00 0.01 0.01
OP2 0.45 0.95 0.65 0.41 0.69 0.33 0.86 0.38 0.91 0.99 0.92 1.17 0.81 1.08 0.64 0.64 0.44 0.45 0.02 1.00 0.01 0.00 0.01
P 0.25 0.83 0.52 0.35 0.51 0.10 0.59 0.02 0.66 0.69 0.75 1.04 0.72 0.74 0.41 0.41 0.38 0.24 0.01 0.70 0.01 0.01 0.00