ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 11869

back

Distances from reference structure (by RMSD)

5, 6, 0, 5, 13, 41, 31, 16, 2, 2, 5, 2, 10, 11, 10, 2, 7, 43, 9, 280,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N9 A 0, 0.617, 1.252, 1.886, 2.370 max_d=2.370 avg_d=1.252 std_dev=0.635
C8 A 0, 0.752, 1.407, 2.061, 3.066 max_d=3.066 avg_d=1.407 std_dev=0.655
N9 B 0, 0.770, 1.486, 2.201, 3.528 max_d=3.528 avg_d=1.486 std_dev=0.716
C4 B 0, 0.458, 1.225, 1.992, 2.666 max_d=2.666 avg_d=1.225 std_dev=0.767
N7 A 0, 0.727, 1.526, 2.326, 4.120 max_d=4.120 avg_d=1.526 std_dev=0.800
C1' A 0, 0.753, 1.556, 2.358, 4.325 max_d=4.325 avg_d=1.556 std_dev=0.802
C5 A 0, 0.546, 1.378, 2.211, 3.368 max_d=3.368 avg_d=1.378 std_dev=0.833
C4 A 0, 0.410, 1.246, 2.083, 2.688 max_d=2.688 avg_d=1.246 std_dev=0.836
N3 B 0, 0.911, 1.749, 2.588, 3.457 max_d=3.457 avg_d=1.749 std_dev=0.838
C1' B 0, 0.660, 1.625, 2.591, 4.800 max_d=4.800 avg_d=1.625 std_dev=0.965
C2' B 0, 1.325, 2.351, 3.376, 6.696 max_d=6.696 avg_d=2.351 std_dev=1.025
C2' A 0, 0.762, 1.830, 2.897, 6.204 max_d=6.204 avg_d=1.830 std_dev=1.067
N3 A 0, 0.540, 1.626, 2.711, 3.981 max_d=3.981 avg_d=1.626 std_dev=1.085
C6 A 0, 0.639, 1.739, 2.839, 4.380 max_d=4.380 avg_d=1.739 std_dev=1.100
N1 A 0, 0.902, 2.016, 3.130, 4.586 max_d=4.586 avg_d=2.016 std_dev=1.114
C5 B 0, 0.783, 1.902, 3.021, 3.989 max_d=3.989 avg_d=1.902 std_dev=1.119
O4' A 0, 0.803, 1.937, 3.072, 5.153 max_d=5.153 avg_d=1.937 std_dev=1.134
C2 A 0, 0.862, 1.998, 3.133, 4.663 max_d=4.663 avg_d=1.998 std_dev=1.136
C2 B 0, 1.354, 2.583, 3.811, 5.188 max_d=5.188 avg_d=2.583 std_dev=1.229
O2' B 0, 1.486, 2.728, 3.971, 6.667 max_d=6.667 avg_d=2.728 std_dev=1.242
C8 B 0, 1.107, 2.372, 3.636, 5.130 max_d=5.130 avg_d=2.372 std_dev=1.264
O2' A 0, 1.275, 2.556, 3.837, 8.312 max_d=8.312 avg_d=2.556 std_dev=1.281
N7 B 0, 1.276, 2.597, 3.918, 5.444 max_d=5.444 avg_d=2.597 std_dev=1.321
N2 A 0, 1.205, 2.594, 3.982, 6.104 max_d=6.104 avg_d=2.594 std_dev=1.389
C3' A 0, 1.146, 2.584, 4.022, 7.691 max_d=7.691 avg_d=2.584 std_dev=1.438
O6 A 0, 0.599, 2.039, 3.480, 6.319 max_d=6.319 avg_d=2.039 std_dev=1.440
C4' A 0, 0.843, 2.317, 3.791, 7.254 max_d=7.254 avg_d=2.317 std_dev=1.474
N1 B 0, 1.152, 2.761, 4.371, 5.569 max_d=5.569 avg_d=2.761 std_dev=1.610
C6 B 0, 0.727, 2.367, 4.007, 5.338 max_d=5.338 avg_d=2.367 std_dev=1.640
O4' B 0, 0.914, 2.560, 4.206, 6.739 max_d=6.739 avg_d=2.560 std_dev=1.646
C3' B 0, 1.060, 2.710, 4.361, 8.699 max_d=8.699 avg_d=2.710 std_dev=1.651
C4' B 0, 1.403, 3.198, 4.993, 8.687 max_d=8.687 avg_d=3.198 std_dev=1.795
O3' B 0, 0.879, 2.685, 4.492, 8.477 max_d=8.477 avg_d=2.685 std_dev=1.807
O3' A 0, 1.672, 3.527, 5.382, 9.823 max_d=9.823 avg_d=3.527 std_dev=1.855
O5' A 0, 0.670, 2.586, 4.502, 9.174 max_d=9.174 avg_d=2.586 std_dev=1.916
C5' A 0, 0.582, 2.534, 4.486, 8.491 max_d=8.491 avg_d=2.534 std_dev=1.952
N6 B 0, 1.104, 3.163, 5.222, 6.890 max_d=6.890 avg_d=3.163 std_dev=2.059
P A 0, 0.471, 2.867, 5.264, 10.315 max_d=10.315 avg_d=2.867 std_dev=2.396
C5' B 0, 1.993, 4.451, 6.908, 10.777 max_d=10.777 avg_d=4.451 std_dev=2.458
OP2 A 0, 0.606, 3.394, 6.183, 11.347 max_d=11.347 avg_d=3.394 std_dev=2.788
O5' B 0, 1.842, 4.674, 7.507, 12.341 max_d=12.341 avg_d=4.674 std_dev=2.833
OP1 A 0, 0.244, 3.283, 6.322, 12.517 max_d=12.517 avg_d=3.283 std_dev=3.039
OP1 B 0, 3.612, 6.928, 10.243, 15.747 max_d=15.747 avg_d=6.928 std_dev=3.316
P B 0, 2.629, 6.116, 9.604, 14.314 max_d=14.314 avg_d=6.116 std_dev=3.488
OP2 B 0, 2.332, 6.230, 10.127, 14.707 max_d=14.707 avg_d=6.230 std_dev=3.897

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.08 0.03 0.02 0.05 0.08 0.06 0.02 0.01 0.02 0.24 0.01 0.25 0.03 0.46 0.36 0.28
C2 0.06 0.00 0.33 0.38 0.02 0.27 0.01 0.48 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.31 0.30 0.27 0.73 0.02 0.85 1.09 0.72
C2' 0.01 0.33 0.00 0.01 0.17 0.02 0.08 0.16 0.14 0.18 0.25 0.40 0.33 0.12 0.03 0.01 0.03 0.02 0.39 0.11 0.54 0.40 0.45
C3' 0.02 0.38 0.01 0.00 0.31 0.01 0.35 0.03 0.39 0.29 0.40 0.41 0.34 0.34 0.22 0.03 0.01 0.02 0.30 0.40 0.40 0.24 0.24
C4 0.03 0.02 0.17 0.31 0.00 0.15 0.01 0.29 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.24 0.16 0.14 0.59 0.02 0.64 0.87 0.51
C4' 0.01 0.27 0.02 0.01 0.15 0.00 0.17 0.01 0.19 0.24 0.22 0.33 0.25 0.23 0.11 0.27 0.03 0.00 0.02 0.20 0.25 0.23 0.11
C5 0.02 0.01 0.08 0.35 0.01 0.17 0.00 0.33 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.32 0.19 0.06 0.70 0.02 0.72 1.11 0.65
C5' 0.08 0.48 0.16 0.03 0.29 0.01 0.33 0.00 0.37 0.38 0.43 0.59 0.43 0.40 0.21 0.13 0.17 0.02 0.01 0.40 0.29 0.32 0.02
C6 0.03 0.01 0.14 0.39 0.01 0.19 0.01 0.37 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.34 0.24 0.11 0.75 0.01 0.79 1.25 0.72
C8 0.02 0.02 0.18 0.29 0.01 0.24 0.01 0.38 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.34 0.20 0.16 0.68 0.03 0.71 0.95 0.65
N1 0.05 0.01 0.25 0.40 0.02 0.22 0.01 0.43 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.31 0.26 0.21 0.75 0.02 0.85 1.21 0.73
N2 0.08 0.01 0.40 0.41 0.02 0.33 0.01 0.59 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.37 0.37 0.33 0.82 0.03 0.99 1.20 0.87
N3 0.06 0.01 0.33 0.34 0.01 0.25 0.01 0.43 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.29 0.28 0.27 0.64 0.02 0.74 0.90 0.60
N7 0.02 0.01 0.12 0.34 0.01 0.23 0.00 0.40 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.37 0.23 0.10 0.75 0.03 0.77 1.19 0.75
N9 0.01 0.03 0.03 0.22 0.01 0.11 0.01 0.21 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.20 0.09 0.02 0.48 0.02 0.56 0.68 0.42
O2' 0.02 0.31 0.01 0.03 0.24 0.27 0.32 0.13 0.34 0.34 0.31 0.37 0.29 0.37 0.20 0.00 0.06 0.20 0.24 0.38 0.38 0.41 0.35
O3' 0.24 0.30 0.03 0.01 0.16 0.03 0.19 0.17 0.24 0.20 0.26 0.37 0.28 0.23 0.09 0.06 0.00 0.17 0.29 0.27 0.53 0.41 0.31
O4' 0.01 0.27 0.02 0.02 0.14 0.00 0.06 0.02 0.11 0.16 0.21 0.33 0.27 0.10 0.02 0.20 0.17 0.00 0.18 0.09 0.46 0.33 0.28
O5' 0.25 0.73 0.39 0.30 0.59 0.02 0.70 0.01 0.75 0.68 0.75 0.82 0.64 0.75 0.48 0.24 0.29 0.18 0.00 0.80 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.11 0.40 0.02 0.20 0.02 0.40 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.38 0.27 0.09 0.80 0.00 0.85 1.39 0.81
OP1 0.46 0.85 0.54 0.40 0.64 0.25 0.72 0.29 0.79 0.71 0.85 0.99 0.74 0.77 0.56 0.38 0.53 0.46 0.02 0.85 0.00 0.02 0.01
OP2 0.36 1.09 0.40 0.24 0.87 0.23 1.11 0.32 1.25 0.95 1.21 1.20 0.90 1.19 0.68 0.41 0.41 0.33 0.02 1.39 0.02 0.00 0.01
P 0.28 0.72 0.45 0.24 0.51 0.11 0.65 0.02 0.72 0.65 0.73 0.87 0.60 0.75 0.42 0.35 0.31 0.28 0.01 0.81 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.16 2.88 0.87 0.57 2.16 0.94 2.26 1.28 2.66 1.51 2.93 2.50 2.69 1.88 1.59 1.09 0.67 1.01 1.21 1.86 1.45 1.45
C2 1.36 4.02 0.95 0.65 2.95 0.79 3.43 1.05 4.22 2.25 4.47 3.24 4.60 2.99 2.12 1.02 0.69 1.07 1.32 1.83 1.94 1.59
C2' 1.20 2.74 1.05 0.75 2.00 1.07 2.09 1.35 2.50 1.40 2.79 2.35 2.55 1.74 1.49 1.37 0.86 1.10 1.26 2.06 1.54 1.57
C3' 0.93 2.19 0.87 0.60 1.60 0.80 1.68 1.15 1.99 1.16 2.22 1.89 2.05 1.43 1.18 1.22 0.75 0.78 1.11 1.98 1.45 1.47
C4 1.24 3.47 0.91 0.61 2.63 0.76 2.99 0.98 3.54 1.99 3.74 2.89 3.72 2.59 1.92 1.03 0.70 0.95 1.14 1.56 1.62 1.33
C4' 0.90 1.99 0.74 0.63 1.45 0.88 1.48 1.31 1.72 1.08 1.94 1.77 1.74 1.29 1.09 1.07 0.76 0.82 1.25 2.14 1.56 1.64
C5 1.20 3.33 0.94 0.72 2.60 0.76 3.03 0.98 3.54 2.11 3.65 2.77 3.78 2.73 1.93 1.00 0.75 0.91 1.24 1.50 1.89 1.45
C5' 0.85 1.44 0.78 0.82 1.08 0.86 1.10 1.15 1.25 0.92 1.37 1.33 1.30 1.06 0.87 1.10 1.03 0.74 1.14 1.97 1.42 1.47
C6 1.26 3.62 0.97 0.79 2.77 0.82 3.32 1.10 3.97 2.31 4.07 2.94 4.35 3.03 2.05 0.98 0.77 0.99 1.43 1.74 2.26 1.74
C8 1.01 2.49 0.86 0.61 2.05 0.69 2.25 0.86 2.53 1.62 2.63 2.19 2.61 2.00 1.56 1.04 0.75 0.72 0.91 1.20 1.29 1.02
N1 1.33 3.93 0.96 0.73 2.92 0.79 3.48 1.05 4.25 2.34 4.43 3.15 4.70 3.11 2.13 0.99 0.73 1.04 1.39 1.79 2.17 1.69
N2 1.42 4.22 0.97 0.65 3.04 0.82 3.55 1.10 4.41 2.31 4.71 3.37 4.86 3.07 2.19 1.04 0.68 1.14 1.38 1.98 2.02 1.69
N3 1.33 3.84 0.93 0.60 2.82 0.82 3.20 1.08 3.89 2.09 4.17 3.13 4.15 2.74 2.03 1.04 0.68 1.06 1.26 1.80 1.74 1.50
N7 1.09 2.75 0.94 0.77 2.26 0.78 2.61 0.99 2.94 1.93 2.98 2.36 3.09 2.41 1.74 1.01 0.79 0.83 1.20 1.37 1.80 1.38
N9 1.14 2.98 0.87 0.55 2.32 0.77 2.52 0.99 2.93 1.70 3.12 2.57 3.01 2.15 1.70 1.05 0.70 0.88 1.02 1.48 1.33 1.17
O2' 1.32 2.89 1.17 0.88 2.07 1.30 2.14 1.67 2.57 1.49 2.92 2.47 2.62 1.79 1.57 1.47 0.83 1.33 1.59 2.47 1.95 2.00
O3' 0.88 2.09 0.82 0.57 1.48 0.82 1.57 1.25 1.89 1.14 2.12 1.78 1.97 1.39 1.10 1.19 0.68 0.80 1.27 2.26 1.75 1.75
O4' 1.17 2.44 0.91 0.71 1.90 1.01 1.92 1.37 2.19 1.37 2.41 2.21 2.18 1.63 1.46 1.15 0.78 1.03 1.24 1.92 1.42 1.49
O5' 0.84 1.18 0.90 1.02 0.94 0.91 1.00 0.96 1.13 0.82 1.19 1.09 1.21 0.95 0.80 1.11 1.26 0.73 0.91 1.47 1.06 1.04
O6 1.26 3.54 1.01 0.90 2.73 0.93 3.34 1.28 3.99 2.41 4.03 2.86 4.45 3.14 2.05 0.98 0.81 1.04 1.66 1.98 2.65 2.05
OP1 1.01 0.94 1.14 1.34 0.97 1.26 1.14 1.35 1.15 1.24 1.03 0.92 1.32 1.31 1.02 1.13 1.51 1.06 1.40 1.92 1.63 1.57
OP2 1.02 1.06 1.19 1.48 1.05 1.39 1.21 1.44 1.28 1.19 1.19 0.99 1.43 1.30 1.04 1.20 1.61 1.12 1.45 1.64 1.59 1.46
P 0.94 0.76 1.06 1.40 0.75 1.28 0.84 1.24 0.87 0.90 0.80 0.76 1.01 0.94 0.80 1.04 1.68 1.02 1.17 1.51 1.22 1.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.10 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.03 0.34 0.01 0.33 0.51 0.45 0.32
C2 0.05 0.00 0.40 0.37 0.01 0.36 0.01 0.64 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.36 0.34 0.37 0.60 1.03 0.84 0.74
C2' 0.01 0.40 0.00 0.01 0.21 0.02 0.11 0.24 0.19 0.20 0.31 0.40 0.14 0.12 0.03 0.01 0.04 0.02 0.60 0.68 0.73 0.63
C3' 0.02 0.37 0.01 0.00 0.29 0.01 0.36 0.03 0.38 0.38 0.38 0.34 0.41 0.41 0.24 0.03 0.01 0.02 0.31 0.58 0.36 0.33
C4 0.03 0.01 0.21 0.29 0.00 0.16 0.01 0.29 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.24 0.21 0.19 0.41 0.77 0.69 0.46
C4' 0.01 0.36 0.02 0.01 0.16 0.00 0.14 0.01 0.17 0.30 0.27 0.35 0.16 0.25 0.10 0.32 0.03 0.01 0.02 0.33 0.31 0.14
C5 0.02 0.01 0.11 0.36 0.01 0.14 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.34 0.22 0.09 0.56 0.94 1.00 0.65
C5' 0.10 0.64 0.24 0.03 0.29 0.01 0.25 0.00 0.32 0.47 0.50 0.59 0.31 0.41 0.17 0.12 0.24 0.02 0.01 0.27 0.36 0.02
C6 0.03 0.01 0.19 0.38 0.01 0.17 0.01 0.32 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.34 0.23 0.16 0.51 0.99 0.98 0.63
C8 0.02 0.02 0.20 0.38 0.01 0.30 0.01 0.47 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.46 0.33 0.21 0.90 1.05 1.26 0.98
N1 0.04 0.01 0.31 0.38 0.01 0.27 0.01 0.50 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.33 0.26 0.28 0.52 1.01 0.86 0.64
N3 0.05 0.01 0.40 0.34 0.00 0.35 0.01 0.59 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.35 0.36 0.37 0.54 0.91 0.72 0.65
N6 0.03 0.02 0.14 0.41 0.02 0.16 0.02 0.31 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.40 0.27 0.12 0.60 1.11 1.19 0.76
N7 0.02 0.02 0.12 0.41 0.01 0.25 0.00 0.41 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.46 0.34 0.13 0.86 1.16 1.38 1.00
N9 0.01 0.02 0.03 0.24 0.01 0.10 0.01 0.17 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.23 0.19 0.02 0.50 0.69 0.73 0.50
O2' 0.03 0.36 0.01 0.03 0.24 0.32 0.34 0.12 0.34 0.46 0.33 0.35 0.40 0.46 0.23 0.00 0.07 0.22 0.49 0.71 0.82 0.60
O3' 0.34 0.34 0.04 0.01 0.21 0.03 0.22 0.24 0.23 0.33 0.26 0.36 0.27 0.34 0.19 0.07 0.00 0.24 0.32 0.79 0.46 0.42
O4' 0.01 0.37 0.02 0.02 0.19 0.01 0.09 0.02 0.16 0.21 0.28 0.37 0.12 0.13 0.02 0.22 0.24 0.00 0.20 0.47 0.41 0.27
O5' 0.33 0.60 0.60 0.31 0.41 0.02 0.56 0.01 0.51 0.90 0.52 0.54 0.60 0.86 0.50 0.49 0.32 0.20 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.51 1.03 0.68 0.58 0.77 0.33 0.94 0.27 0.99 1.05 1.01 0.91 1.11 1.16 0.69 0.71 0.79 0.47 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.45 0.84 0.73 0.36 0.69 0.31 1.00 0.36 0.98 1.26 0.86 0.72 1.19 1.38 0.73 0.82 0.46 0.41 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.32 0.74 0.63 0.33 0.46 0.14 0.65 0.02 0.63 0.98 0.64 0.65 0.76 1.00 0.50 0.60 0.42 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00