ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 11870

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 5, 8, 18, 52, 39, 21, 14, 8, 39, 19, 5, 35, 32, 5, 1, 0, 5, 41, 146,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, 0.306, 0.693, 1.079, 1.799 max_d=1.799 avg_d=0.693 std_dev=0.387
C1' A 0, 0.421, 0.894, 1.367, 2.341 max_d=2.341 avg_d=0.894 std_dev=0.473
N3 A 0, 0.495, 0.977, 1.459, 2.197 max_d=2.197 avg_d=0.977 std_dev=0.482
N9 A 0, 0.401, 0.897, 1.392, 2.081 max_d=2.081 avg_d=0.897 std_dev=0.495
C4 A 0, 0.361, 0.868, 1.375, 2.211 max_d=2.211 avg_d=0.868 std_dev=0.507
C6 B 0, 0.434, 0.988, 1.543, 2.382 max_d=2.382 avg_d=0.988 std_dev=0.554
C2 A 0, 0.534, 1.194, 1.853, 2.874 max_d=2.874 avg_d=1.194 std_dev=0.659
C2' B 0, 0.440, 1.214, 1.988, 3.819 max_d=3.819 avg_d=1.214 std_dev=0.774
C1' B 0, 0.273, 1.077, 1.881, 3.087 max_d=3.087 avg_d=1.077 std_dev=0.804
C5 A 0, 0.553, 1.377, 2.202, 3.112 max_d=3.112 avg_d=1.377 std_dev=0.824
C2' A 0, 0.354, 1.214, 2.074, 4.037 max_d=4.037 avg_d=1.214 std_dev=0.860
O4' A 0, 0.530, 1.403, 2.275, 4.544 max_d=4.544 avg_d=1.403 std_dev=0.873
N1 A 0, 0.443, 1.328, 2.214, 3.751 max_d=3.751 avg_d=1.328 std_dev=0.886
C5 B 0, 0.636, 1.528, 2.420, 3.445 max_d=3.445 avg_d=1.528 std_dev=0.892
N2 A 0, 0.710, 1.622, 2.533, 3.493 max_d=3.493 avg_d=1.622 std_dev=0.911
C8 A 0, 0.518, 1.430, 2.341, 3.317 max_d=3.317 avg_d=1.430 std_dev=0.911
C6 A 0, 0.606, 1.606, 2.606, 4.102 max_d=4.102 avg_d=1.606 std_dev=1.000
C4' A 0, 0.361, 1.426, 2.491, 6.502 max_d=6.502 avg_d=1.426 std_dev=1.065
O2' B 0, 0.754, 1.837, 2.919, 5.144 max_d=5.144 avg_d=1.837 std_dev=1.082
C2 B 0, 0.477, 1.567, 2.657, 4.122 max_d=4.122 avg_d=1.567 std_dev=1.090
C3' A 0, 0.205, 1.314, 2.423, 6.294 max_d=6.294 avg_d=1.314 std_dev=1.109
N7 A 0, 0.618, 1.755, 2.892, 3.913 max_d=3.913 avg_d=1.755 std_dev=1.137
C4 B 0, 0.751, 2.069, 3.386, 4.768 max_d=4.768 avg_d=2.069 std_dev=1.317
O6 A 0, 0.759, 2.135, 3.510, 5.260 max_d=5.260 avg_d=2.135 std_dev=1.376
O2' A 0, 0.535, 1.927, 3.320, 5.411 max_d=5.411 avg_d=1.927 std_dev=1.393
N3 B 0, 0.667, 2.190, 3.713, 5.160 max_d=5.160 avg_d=2.190 std_dev=1.523
O3' A 0, 0.213, 1.737, 3.262, 8.535 max_d=8.535 avg_d=1.737 std_dev=1.525
C3' B 0, 0.448, 2.008, 3.567, 6.352 max_d=6.352 avg_d=2.008 std_dev=1.560
O2 B 0, 0.572, 2.137, 3.701, 5.978 max_d=5.978 avg_d=2.137 std_dev=1.564
O4' B 0, 0.435, 2.024, 3.613, 4.793 max_d=4.793 avg_d=2.024 std_dev=1.589
C5' A 0, 0.382, 2.059, 3.736, 8.748 max_d=8.748 avg_d=2.059 std_dev=1.677
O5' A 0, 0.582, 2.432, 4.283, 9.036 max_d=9.036 avg_d=2.432 std_dev=1.851
N4 B 0, 1.035, 2.940, 4.845, 6.798 max_d=6.798 avg_d=2.940 std_dev=1.905
O3' B 0, 0.471, 2.443, 4.416, 8.383 max_d=8.383 avg_d=2.443 std_dev=1.972
C4' B 0, 0.622, 2.689, 4.755, 6.826 max_d=6.826 avg_d=2.689 std_dev=2.066
P A 0, 0.453, 3.219, 5.985, 12.035 max_d=12.035 avg_d=3.219 std_dev=2.766
C5' B 0, 0.917, 3.853, 6.790, 8.734 max_d=8.734 avg_d=3.853 std_dev=2.936
O5' B 0, 0.806, 3.805, 6.804, 9.254 max_d=9.254 avg_d=3.805 std_dev=2.999
OP1 A 0, 0.752, 3.912, 7.072, 13.827 max_d=13.827 avg_d=3.912 std_dev=3.160
OP2 A 0, 0.639, 3.900, 7.161, 12.812 max_d=12.812 avg_d=3.900 std_dev=3.261
P B 0, 1.009, 4.881, 8.754, 11.471 max_d=11.471 avg_d=4.881 std_dev=3.872
OP2 B 0, 0.916, 4.877, 8.837, 12.002 max_d=12.002 avg_d=4.877 std_dev=3.961
OP1 B 0, 1.353, 5.971, 10.589, 13.710 max_d=13.710 avg_d=5.971 std_dev=4.618

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.34 0.01 0.35 0.02 0.45 0.39 0.32
C2 0.04 0.00 0.35 0.36 0.01 0.48 0.01 0.94 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.29 0.27 0.42 1.34 0.02 1.41 1.91 1.55
C2' 0.01 0.35 0.00 0.01 0.18 0.02 0.10 0.22 0.17 0.17 0.27 0.42 0.35 0.10 0.03 0.00 0.04 0.02 0.50 0.13 0.55 0.56 0.51
C3' 0.02 0.36 0.01 0.00 0.29 0.01 0.39 0.03 0.40 0.46 0.37 0.43 0.33 0.48 0.27 0.02 0.01 0.02 0.29 0.45 0.42 0.44 0.29
C4 0.02 0.01 0.18 0.29 0.00 0.20 0.01 0.40 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.15 0.22 0.79 0.02 0.76 1.18 0.88
C4' 0.01 0.48 0.02 0.01 0.20 0.00 0.16 0.01 0.20 0.38 0.34 0.63 0.47 0.31 0.12 0.33 0.03 0.01 0.02 0.19 0.35 0.34 0.16
C5 0.01 0.01 0.10 0.39 0.01 0.16 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.36 0.17 0.09 0.81 0.02 0.88 1.44 1.02
C5' 0.08 0.94 0.22 0.03 0.40 0.01 0.26 0.00 0.39 0.55 0.70 1.23 0.87 0.46 0.15 0.12 0.22 0.02 0.01 0.34 0.21 0.27 0.02
C6 0.02 0.01 0.17 0.40 0.01 0.20 0.01 0.39 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.37 0.20 0.17 0.91 0.01 0.99 1.65 1.16
C8 0.01 0.01 0.17 0.46 0.01 0.38 0.01 0.55 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.40 0.21 0.24 0.98 0.02 1.15 1.46 1.21
N1 0.03 0.01 0.27 0.37 0.01 0.34 0.01 0.70 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.32 0.20 0.32 1.13 0.01 1.20 1.81 1.37
N2 0.05 0.01 0.42 0.43 0.01 0.63 0.01 1.23 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.34 0.37 0.51 1.66 0.02 1.90 2.42 2.00
N3 0.04 0.01 0.35 0.33 0.01 0.47 0.01 0.87 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.26 0.29 0.42 1.21 0.02 1.19 1.57 1.32
N7 0.01 0.01 0.10 0.48 0.01 0.31 0.00 0.46 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.43 0.26 0.14 0.97 0.03 1.20 1.71 1.29
N9 0.01 0.02 0.03 0.27 0.01 0.12 0.01 0.15 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.23 0.11 0.02 0.59 0.02 0.62 0.87 0.67
O2' 0.02 0.29 0.00 0.02 0.25 0.33 0.36 0.12 0.37 0.40 0.32 0.34 0.26 0.43 0.23 0.00 0.07 0.23 0.35 0.42 0.51 0.72 0.46
O3' 0.34 0.27 0.04 0.01 0.15 0.03 0.17 0.22 0.20 0.21 0.20 0.37 0.29 0.26 0.11 0.07 0.00 0.23 0.32 0.26 0.60 0.63 0.40
O4' 0.01 0.42 0.02 0.02 0.22 0.01 0.09 0.02 0.17 0.24 0.32 0.51 0.42 0.14 0.02 0.23 0.23 0.00 0.28 0.12 0.45 0.37 0.29
O5' 0.35 1.34 0.50 0.29 0.79 0.02 0.81 0.01 0.91 0.98 1.13 1.66 1.21 0.97 0.59 0.35 0.32 0.28 0.00 0.93 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.13 0.45 0.02 0.19 0.02 0.34 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.42 0.26 0.12 0.93 0.00 1.08 1.82 1.25
OP1 0.45 1.41 0.55 0.42 0.76 0.35 0.88 0.21 0.99 1.15 1.20 1.90 1.19 1.20 0.62 0.51 0.60 0.45 0.02 1.08 0.00 0.02 0.01
OP2 0.39 1.91 0.56 0.44 1.18 0.34 1.44 0.27 1.65 1.46 1.81 2.42 1.57 1.71 0.87 0.72 0.63 0.37 0.02 1.82 0.02 0.00 0.01
P 0.32 1.55 0.51 0.29 0.88 0.16 1.02 0.02 1.16 1.21 1.37 2.00 1.32 1.29 0.67 0.46 0.40 0.29 0.01 1.25 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.83 1.56 0.86 0.66 1.67 0.92 1.33 1.14 1.05 1.12 1.80 1.86 1.69 0.95 0.79 0.77 0.87 1.17 1.31 1.07
C2 1.08 2.25 0.78 0.62 2.81 1.14 2.23 1.35 1.66 1.62 2.84 3.29 2.29 0.78 0.76 1.11 0.92 1.36 1.46 1.16
C2' 0.90 1.27 0.81 0.87 1.44 1.22 1.22 1.42 1.03 1.00 1.50 1.64 1.34 0.98 1.05 1.05 1.18 1.45 1.43 1.32
C3' 0.67 1.20 0.67 0.60 1.34 0.72 1.13 0.98 0.91 0.89 1.39 1.51 1.32 0.84 0.80 0.65 0.92 1.23 1.42 1.17
C4 0.95 2.01 0.75 0.61 2.41 1.09 1.93 1.30 1.46 1.45 2.47 2.74 2.04 0.76 0.77 0.97 0.87 1.24 1.36 1.08
C4' 0.92 1.47 1.04 0.82 1.41 0.67 1.16 0.89 0.99 1.11 1.57 1.52 1.68 1.17 1.00 0.68 0.89 1.14 1.48 1.14
C5 1.03 2.16 0.74 0.61 2.69 1.19 2.20 1.40 1.65 1.59 2.69 3.06 2.14 0.73 0.75 1.11 0.93 1.29 1.42 1.13
C5' 1.18 1.49 1.34 1.37 1.43 1.09 1.30 1.22 1.21 1.27 1.53 1.49 1.67 1.42 1.66 1.00 1.33 1.50 1.85 1.51
C6 1.17 2.39 0.77 0.63 3.08 1.25 2.51 1.46 1.86 1.76 3.03 3.59 2.38 0.75 0.74 1.26 1.01 1.42 1.53 1.23
C8 0.78 1.68 0.71 0.59 1.96 1.04 1.63 1.27 1.28 1.25 2.00 2.14 1.65 0.73 0.77 0.81 0.83 1.07 1.25 0.99
N1 1.16 2.40 0.78 0.63 3.07 1.21 2.47 1.42 1.82 1.75 3.05 3.62 2.42 0.76 0.75 1.23 0.98 1.42 1.52 1.21
N2 1.10 2.27 0.79 0.62 2.84 1.13 2.25 1.34 1.67 1.63 2.87 3.37 2.31 0.80 0.76 1.12 0.92 1.39 1.48 1.18
N3 0.98 2.06 0.78 0.62 2.49 1.08 1.97 1.29 1.48 1.47 2.56 2.87 2.11 0.80 0.77 0.99 0.88 1.30 1.40 1.12
N7 0.94 1.97 0.71 0.60 2.44 1.19 2.05 1.41 1.57 1.49 2.41 2.69 1.88 0.72 0.74 1.04 0.92 1.21 1.36 1.09
N9 0.83 1.74 0.76 0.61 1.98 1.00 1.60 1.22 1.24 1.25 2.07 2.21 1.78 0.79 0.78 0.82 0.84 1.15 1.29 1.03
O2' 1.16 1.39 1.07 1.13 1.54 1.48 1.40 1.68 1.28 1.22 1.58 1.70 1.44 1.18 1.21 1.31 1.46 1.76 1.59 1.58
O3' 0.87 1.28 0.82 0.65 1.36 0.84 1.17 1.06 0.98 1.00 1.43 1.52 1.44 1.02 0.73 0.84 0.99 1.33 1.40 1.21
O4' 1.08 1.73 1.23 0.83 1.69 0.69 1.39 0.87 1.19 1.33 1.86 1.81 1.91 1.34 0.88 0.74 0.78 1.00 1.41 1.03
O5' 1.48 1.61 1.70 1.91 1.71 1.59 1.72 1.71 1.64 1.57 1.67 1.76 1.60 1.51 2.13 1.44 1.84 1.82 2.27 1.95
O6 1.25 2.50 0.81 0.66 3.32 1.31 2.74 1.53 2.01 1.87 3.18 3.92 2.46 0.78 0.72 1.39 1.11 1.53 1.65 1.34
OP1 2.00 1.85 2.13 2.68 2.05 2.54 2.25 2.89 2.25 2.02 1.88 2.06 1.77 1.79 2.92 2.23 3.10 3.22 3.52 3.27
OP2 2.24 2.25 2.44 2.92 2.63 2.61 2.82 2.87 2.73 2.42 2.37 2.69 2.00 1.91 2.88 2.37 3.15 3.09 3.66 3.29
P 2.07 1.97 2.28 2.77 2.17 2.48 2.33 2.65 2.31 2.12 2.02 2.19 1.84 1.86 3.01 2.20 2.82 2.74 3.17 2.89

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.08 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.28 0.01 0.23 0.32 0.37 0.29
C2 0.03 0.00 0.21 0.26 0.01 0.09 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.29 0.14 0.31 0.52 0.67 0.39
C2' 0.00 0.21 0.00 0.01 0.09 0.02 0.14 0.19 0.18 0.06 0.18 0.10 0.35 0.01 0.03 0.02 0.43 0.53 0.65 0.61
C3' 0.02 0.26 0.01 0.00 0.35 0.01 0.36 0.03 0.31 0.21 0.32 0.38 0.26 0.02 0.01 0.03 0.24 0.33 0.42 0.26
C4 0.02 0.01 0.09 0.35 0.00 0.16 0.00 0.31 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.33 0.28 0.04 0.49 0.72 1.15 0.62
C4' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.16 0.00 0.24 0.01 0.24 0.09 0.10 0.17 0.18 0.27 0.04 0.01 0.02 0.21 0.32 0.09
C5 0.02 0.01 0.14 0.36 0.00 0.24 0.00 0.44 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.37 0.29 0.11 0.59 0.78 1.26 0.74
C5' 0.08 0.16 0.19 0.03 0.31 0.01 0.44 0.00 0.41 0.19 0.21 0.35 0.24 0.13 0.21 0.02 0.01 0.26 0.40 0.02
C6 0.02 0.01 0.18 0.31 0.01 0.24 0.00 0.41 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.34 0.22 0.16 0.55 0.64 0.98 0.63
N1 0.01 0.01 0.06 0.21 0.01 0.09 0.01 0.19 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.19 0.17 0.02 0.34 0.47 0.65 0.40
N3 0.02 0.01 0.18 0.32 0.00 0.10 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.26 0.29 0.11 0.38 0.62 0.91 0.48
N4 0.02 0.01 0.10 0.38 0.00 0.17 0.01 0.35 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.36 0.32 0.04 0.52 0.80 1.31 0.68
O2 0.04 0.01 0.35 0.26 0.01 0.18 0.02 0.24 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.28 0.43 0.23 0.29 0.52 0.52 0.36
O2' 0.02 0.21 0.01 0.02 0.33 0.27 0.37 0.13 0.34 0.19 0.26 0.36 0.28 0.00 0.10 0.18 0.30 0.45 0.69 0.57
O3' 0.28 0.29 0.03 0.01 0.28 0.04 0.29 0.21 0.22 0.17 0.29 0.32 0.43 0.10 0.00 0.20 0.32 0.60 0.45 0.29
O4' 0.01 0.14 0.02 0.03 0.04 0.01 0.11 0.02 0.16 0.02 0.11 0.04 0.23 0.18 0.20 0.00 0.14 0.27 0.25 0.15
O5' 0.23 0.31 0.43 0.24 0.49 0.02 0.59 0.01 0.55 0.34 0.38 0.52 0.29 0.30 0.32 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.32 0.52 0.53 0.33 0.72 0.21 0.78 0.26 0.64 0.47 0.62 0.80 0.52 0.45 0.60 0.27 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.37 0.67 0.65 0.42 1.15 0.32 1.26 0.40 0.98 0.65 0.91 1.31 0.52 0.69 0.45 0.25 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.29 0.39 0.61 0.26 0.62 0.09 0.74 0.02 0.63 0.40 0.48 0.68 0.36 0.57 0.29 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00