ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 11876

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 12, 33, 19, 24, 6, 16, 38, 19, 13, 20, 8, 10, 3, 5, 3, 22, 5, 8, 234,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N9 A 0, 0.464, 0.930, 1.396, 1.794 max_d=1.794 avg_d=0.930 std_dev=0.466
N1 B 0, 0.299, 0.839, 1.379, 1.781 max_d=1.781 avg_d=0.839 std_dev=0.540
C6 B 0, 0.458, 1.008, 1.558, 2.522 max_d=2.522 avg_d=1.008 std_dev=0.550
C4 A 0, 0.371, 0.926, 1.480, 2.010 max_d=2.010 avg_d=0.926 std_dev=0.555
N3 A 0, 0.423, 0.995, 1.567, 2.353 max_d=2.353 avg_d=0.995 std_dev=0.572
C8 A 0, 0.626, 1.244, 1.862, 2.578 max_d=2.578 avg_d=1.244 std_dev=0.618
C1' A 0, 0.396, 1.050, 1.703, 3.270 max_d=3.270 avg_d=1.050 std_dev=0.653
C5 A 0, 0.592, 1.334, 2.076, 2.564 max_d=2.564 avg_d=1.334 std_dev=0.742
N7 A 0, 0.737, 1.513, 2.288, 3.142 max_d=3.142 avg_d=1.513 std_dev=0.775
C2 A 0, 0.530, 1.321, 2.112, 2.598 max_d=2.598 avg_d=1.321 std_dev=0.791
N2 A 0, 0.758, 1.640, 2.522, 3.422 max_d=3.422 avg_d=1.640 std_dev=0.882
C5 B 0, 0.756, 1.642, 2.527, 3.522 max_d=3.522 avg_d=1.642 std_dev=0.886
C1' B 0, 0.379, 1.348, 2.317, 3.394 max_d=3.394 avg_d=1.348 std_dev=0.969
C6 A 0, 0.719, 1.718, 2.716, 3.419 max_d=3.419 avg_d=1.718 std_dev=0.998
N1 A 0, 0.579, 1.609, 2.638, 3.213 max_d=3.213 avg_d=1.609 std_dev=1.029
C2' B 0, 0.603, 1.687, 2.771, 3.767 max_d=3.767 avg_d=1.687 std_dev=1.084
C2 B 0, 0.719, 1.848, 2.976, 3.833 max_d=3.833 avg_d=1.848 std_dev=1.129
O4' A 0, 0.434, 1.618, 2.802, 4.616 max_d=4.616 avg_d=1.618 std_dev=1.184
O6 A 0, 0.959, 2.224, 3.489, 4.974 max_d=4.974 avg_d=2.224 std_dev=1.265
C4 B 0, 0.860, 2.202, 3.544, 4.263 max_d=4.263 avg_d=2.202 std_dev=1.342
C2' A 0, 0.229, 1.592, 2.955, 5.440 max_d=5.440 avg_d=1.592 std_dev=1.363
N3 B 0, 0.890, 2.342, 3.794, 4.528 max_d=4.528 avg_d=2.342 std_dev=1.452
O4' B 0, 0.482, 1.997, 3.512, 5.082 max_d=5.082 avg_d=1.997 std_dev=1.515
C3' B 0, 0.512, 2.027, 3.543, 5.569 max_d=5.569 avg_d=2.027 std_dev=1.515
O2' B 0, 0.846, 2.470, 4.094, 6.148 max_d=6.148 avg_d=2.470 std_dev=1.624
O2' A 0, 0.384, 2.042, 3.700, 7.508 max_d=7.508 avg_d=2.042 std_dev=1.658
O2 B 0, 0.985, 2.654, 4.323, 5.859 max_d=5.859 avg_d=2.654 std_dev=1.669
C4' A 0, 0.271, 2.130, 3.990, 6.719 max_d=6.719 avg_d=2.130 std_dev=1.859
O4 B 0, 1.181, 3.082, 4.983, 6.224 max_d=6.224 avg_d=3.082 std_dev=1.901
C4' B 0, 0.722, 2.649, 4.577, 6.713 max_d=6.713 avg_d=2.649 std_dev=1.928
C3' A 0, 0.128, 2.101, 4.074, 6.613 max_d=6.613 avg_d=2.101 std_dev=1.973
O3' B 0, 0.514, 2.538, 4.562, 7.272 max_d=7.272 avg_d=2.538 std_dev=2.024
O5' B 0, 0.898, 3.398, 5.898, 9.020 max_d=9.020 avg_d=3.398 std_dev=2.500
C5' B 0, 0.992, 3.570, 6.148, 8.926 max_d=8.926 avg_d=3.570 std_dev=2.578
C5' A 0, 0.263, 2.866, 5.469, 8.728 max_d=8.728 avg_d=2.866 std_dev=2.603
O3' A 0, 0.128, 2.765, 5.402, 8.948 max_d=8.948 avg_d=2.765 std_dev=2.637
O5' A 0, 0.318, 3.023, 5.727, 8.519 max_d=8.519 avg_d=3.023 std_dev=2.705
P B 0, 1.377, 4.603, 7.829, 11.805 max_d=11.805 avg_d=4.603 std_dev=3.226
OP2 B 0, 1.473, 4.722, 7.970, 13.258 max_d=13.258 avg_d=4.722 std_dev=3.249
P A 0, 0.464, 3.851, 7.239, 11.601 max_d=11.601 avg_d=3.851 std_dev=3.387
OP2 A 0, 0.706, 4.131, 7.555, 12.510 max_d=12.510 avg_d=4.131 std_dev=3.425
OP1 B 0, 1.731, 5.643, 9.555, 13.904 max_d=13.904 avg_d=5.643 std_dev=3.912
OP1 A 0, 0.818, 4.750, 8.682, 13.340 max_d=13.340 avg_d=4.750 std_dev=3.932

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.20 0.01 0.25 0.02 0.42 0.39 0.27
C2 0.04 0.00 0.48 0.38 0.01 0.38 0.01 0.77 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.48 0.46 0.47 0.95 0.02 1.30 1.32 1.06
C2' 0.01 0.48 0.00 0.01 0.25 0.02 0.14 0.15 0.23 0.23 0.38 0.57 0.46 0.12 0.04 0.00 0.03 0.01 0.25 0.19 0.52 0.42 0.31
C3' 0.01 0.38 0.01 0.00 0.25 0.01 0.28 0.03 0.32 0.35 0.35 0.45 0.34 0.34 0.19 0.02 0.01 0.02 0.27 0.33 0.50 0.42 0.27
C4 0.02 0.01 0.25 0.25 0.00 0.16 0.00 0.36 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.24 0.24 0.59 0.01 0.79 0.89 0.61
C4' 0.01 0.38 0.02 0.01 0.16 0.00 0.12 0.01 0.15 0.29 0.27 0.50 0.36 0.23 0.09 0.23 0.03 0.01 0.02 0.14 0.30 0.29 0.11
C5 0.01 0.01 0.14 0.28 0.00 0.12 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.23 0.22 0.11 0.65 0.02 0.86 1.10 0.73
C5' 0.07 0.77 0.15 0.03 0.36 0.01 0.26 0.00 0.37 0.41 0.60 0.98 0.71 0.35 0.14 0.09 0.16 0.02 0.01 0.34 0.27 0.34 0.02
C6 0.02 0.01 0.23 0.32 0.01 0.15 0.01 0.37 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.27 0.31 0.20 0.70 0.01 1.01 1.23 0.81
C8 0.02 0.02 0.23 0.35 0.01 0.29 0.01 0.41 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.36 0.23 0.26 0.81 0.03 0.82 1.11 0.91
N1 0.03 0.01 0.38 0.35 0.01 0.27 0.01 0.60 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.38 0.41 0.36 0.82 0.01 1.18 1.29 0.93
N2 0.05 0.01 0.57 0.45 0.01 0.50 0.02 0.98 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.61 0.57 0.56 1.18 0.02 1.64 1.63 1.40
N3 0.04 0.01 0.46 0.34 0.01 0.36 0.01 0.71 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.45 0.40 0.46 0.85 0.02 1.10 1.09 0.90
N7 0.01 0.01 0.12 0.34 0.01 0.23 0.00 0.35 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.32 0.22 0.14 0.81 0.03 0.93 1.28 0.96
N9 0.01 0.02 0.04 0.19 0.01 0.09 0.01 0.14 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.15 0.08 0.02 0.48 0.02 0.58 0.70 0.50
O2' 0.02 0.48 0.00 0.02 0.23 0.23 0.23 0.09 0.27 0.36 0.38 0.61 0.45 0.32 0.15 0.00 0.06 0.17 0.21 0.28 0.48 0.49 0.31
O3' 0.20 0.46 0.03 0.01 0.24 0.03 0.22 0.16 0.31 0.23 0.41 0.57 0.40 0.22 0.08 0.06 0.00 0.15 0.31 0.32 0.64 0.55 0.33
O4' 0.01 0.47 0.01 0.02 0.24 0.01 0.11 0.02 0.20 0.26 0.36 0.56 0.46 0.14 0.02 0.17 0.15 0.00 0.21 0.15 0.38 0.33 0.27
O5' 0.25 0.95 0.25 0.27 0.59 0.02 0.65 0.01 0.70 0.81 0.82 1.18 0.85 0.81 0.48 0.21 0.31 0.21 0.00 0.73 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.19 0.33 0.01 0.14 0.02 0.34 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.28 0.32 0.15 0.73 0.00 1.06 1.35 0.87
OP1 0.42 1.30 0.52 0.50 0.79 0.30 0.86 0.27 1.01 0.82 1.18 1.64 1.10 0.93 0.58 0.48 0.64 0.38 0.02 1.06 0.00 0.01 0.01
OP2 0.39 1.32 0.42 0.42 0.89 0.29 1.10 0.34 1.23 1.11 1.29 1.63 1.09 1.28 0.70 0.49 0.55 0.33 0.02 1.35 0.01 0.00 0.01
P 0.27 1.06 0.31 0.27 0.61 0.11 0.73 0.02 0.81 0.91 0.93 1.40 0.90 0.96 0.50 0.31 0.33 0.27 0.01 0.87 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.89 1.82 0.92 0.48 1.77 0.80 1.36 1.31 1.10 1.24 1.99 2.13 1.15 0.66 1.95 0.64 1.20 2.09 1.53 1.64
C2 1.08 2.56 0.85 0.49 2.94 0.73 2.25 1.15 1.70 1.77 3.09 2.77 0.86 0.76 3.37 0.73 1.06 1.98 1.57 1.49
C2' 1.19 1.89 1.19 0.73 1.86 0.90 1.52 1.35 1.32 1.43 2.05 2.16 1.51 0.66 2.03 0.91 1.37 2.26 1.75 1.80
C3' 1.11 1.71 1.15 0.65 1.64 0.72 1.33 1.05 1.13 1.28 1.82 2.00 1.50 0.78 1.78 0.74 1.04 1.88 1.47 1.45
C4 0.99 2.29 0.85 0.47 2.50 0.71 1.93 1.10 1.50 1.59 2.68 2.51 0.88 0.76 2.80 0.67 1.00 1.82 1.43 1.38
C4' 1.00 1.49 1.12 0.89 1.30 1.04 1.00 1.38 0.85 1.06 1.53 1.86 1.46 1.17 1.42 0.82 1.22 2.09 1.50 1.62
C5 1.04 2.42 0.81 0.51 2.78 0.72 2.20 1.06 1.70 1.72 2.90 2.55 0.82 0.84 3.11 0.73 1.02 1.74 1.54 1.37
C5' 1.34 1.47 1.49 1.50 1.25 1.51 1.08 1.59 1.03 1.22 1.42 1.79 1.73 1.85 1.33 1.28 1.35 1.89 1.42 1.53
C6 1.12 2.65 0.81 0.55 3.21 0.76 2.54 1.13 1.93 1.89 3.27 2.74 0.85 0.86 3.67 0.82 1.13 1.91 1.75 1.52
C8 0.86 1.89 0.81 0.46 2.01 0.66 1.62 0.97 1.30 1.36 2.14 2.03 0.85 0.84 2.19 0.59 0.87 1.46 1.23 1.16
N1 1.12 2.68 0.83 0.53 3.21 0.74 2.50 1.13 1.88 1.88 3.30 2.82 0.84 0.82 3.70 0.79 1.10 1.96 1.69 1.51
N2 1.10 2.60 0.87 0.49 3.00 0.74 2.27 1.19 1.71 1.79 3.15 2.82 0.88 0.74 3.47 0.75 1.09 2.07 1.61 1.55
N3 1.02 2.37 0.87 0.47 2.60 0.73 1.97 1.17 1.51 1.62 2.79 2.63 0.92 0.72 2.94 0.69 1.06 1.98 1.50 1.49
N7 0.98 2.20 0.78 0.52 2.50 0.71 2.04 1.00 1.61 1.61 2.58 2.28 0.83 0.89 2.74 0.72 0.99 1.56 1.47 1.29
N9 0.91 1.99 0.86 0.45 2.06 0.71 1.60 1.11 1.27 1.39 2.25 2.23 0.95 0.74 2.27 0.61 0.99 1.76 1.33 1.36
O2' 1.30 2.01 1.26 0.92 2.03 1.11 1.74 1.69 1.54 1.57 2.20 2.26 1.54 0.76 2.22 1.12 1.79 2.77 2.22 2.30
O3' 1.30 1.99 1.22 0.62 1.97 0.68 1.64 1.05 1.42 1.55 2.14 2.25 1.56 0.59 2.12 0.89 1.15 1.99 1.61 1.56
O4' 1.15 1.75 1.19 0.91 1.53 1.18 1.20 1.52 1.06 1.28 1.79 2.11 1.43 1.13 1.64 1.03 1.31 2.09 1.50 1.68
O5' 1.63 1.70 1.77 1.82 1.47 1.69 1.32 1.54 1.32 1.52 1.63 1.93 1.84 2.17 1.50 1.53 1.26 1.36 1.19 1.18
O6 1.17 2.75 0.82 0.61 3.50 0.83 2.81 1.22 2.12 2.00 3.46 2.77 0.93 0.91 4.03 0.92 1.28 2.07 2.00 1.71
OP1 1.82 1.88 1.94 2.15 1.99 1.96 1.96 1.84 1.85 1.81 1.93 1.94 1.89 2.42 2.07 1.76 1.71 1.65 1.74 1.59
OP2 2.15 2.20 2.30 2.43 2.17 2.18 2.14 1.99 2.10 2.14 2.19 2.27 2.20 2.59 2.19 2.06 1.91 1.62 1.96 1.73
P 2.04 1.94 2.19 2.43 1.80 2.21 1.76 1.98 1.79 1.90 1.87 2.08 2.11 2.79 1.81 2.00 1.73 1.48 1.55 1.48

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.31 0.02 0.01 0.26 0.39 0.46 0.29
C2 0.02 0.00 0.18 0.23 0.01 0.11 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.23 0.01 0.14 0.40 0.61 0.69 0.49
C2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.06 0.02 0.14 0.21 0.18 0.03 0.14 0.32 0.00 0.03 0.08 0.02 0.49 0.60 0.79 0.58
C3' 0.02 0.23 0.01 0.00 0.35 0.01 0.37 0.02 0.32 0.21 0.29 0.24 0.02 0.01 0.37 0.02 0.22 0.30 0.42 0.22
C4 0.02 0.01 0.06 0.35 0.00 0.14 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.02 0.35 0.19 0.01 0.04 0.54 0.69 1.10 0.68
C4' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.14 0.00 0.21 0.01 0.22 0.08 0.10 0.21 0.29 0.03 0.15 0.01 0.02 0.18 0.23 0.10
C5 0.02 0.01 0.14 0.37 0.01 0.21 0.00 0.28 0.00 0.01 0.01 0.02 0.42 0.24 0.01 0.12 0.63 0.70 1.20 0.77
C5' 0.08 0.21 0.21 0.02 0.20 0.01 0.28 0.00 0.27 0.11 0.20 0.36 0.10 0.21 0.22 0.02 0.01 0.15 0.21 0.02
C6 0.02 0.01 0.18 0.32 0.01 0.22 0.00 0.27 0.00 0.01 0.01 0.02 0.38 0.19 0.01 0.15 0.57 0.61 0.98 0.65
N1 0.01 0.01 0.03 0.21 0.01 0.08 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.20 0.13 0.02 0.02 0.38 0.49 0.67 0.43
N3 0.02 0.00 0.14 0.29 0.01 0.10 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.18 0.01 0.10 0.46 0.67 0.88 0.58
O2 0.04 0.01 0.32 0.24 0.02 0.21 0.02 0.36 0.02 0.02 0.01 0.00 0.25 0.39 0.02 0.25 0.49 0.73 0.65 0.59
O2' 0.02 0.18 0.00 0.02 0.35 0.29 0.42 0.10 0.38 0.20 0.25 0.25 0.00 0.06 0.38 0.19 0.34 0.52 0.85 0.53
O3' 0.31 0.23 0.03 0.01 0.19 0.03 0.24 0.21 0.19 0.13 0.18 0.39 0.06 0.00 0.22 0.21 0.25 0.43 0.39 0.30
O4 0.02 0.01 0.08 0.37 0.01 0.15 0.01 0.22 0.01 0.02 0.01 0.02 0.38 0.22 0.00 0.05 0.57 0.74 1.21 0.75
O4' 0.01 0.14 0.02 0.02 0.04 0.01 0.12 0.02 0.15 0.02 0.10 0.25 0.19 0.21 0.05 0.00 0.15 0.30 0.30 0.19
O5' 0.26 0.40 0.49 0.22 0.54 0.02 0.63 0.01 0.57 0.38 0.46 0.49 0.34 0.25 0.57 0.15 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.39 0.61 0.60 0.30 0.69 0.18 0.70 0.15 0.61 0.49 0.67 0.73 0.52 0.43 0.74 0.30 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.46 0.69 0.79 0.42 1.10 0.23 1.20 0.21 0.98 0.67 0.88 0.65 0.85 0.39 1.21 0.30 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.29 0.49 0.58 0.22 0.68 0.10 0.77 0.02 0.65 0.43 0.58 0.59 0.53 0.30 0.75 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00