ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 12038

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 45, 5, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 4, 6, 20, 39, 43, 11, 1, 34,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N9 B 0, 0.250, 0.768, 1.286, 2.064 max_d=2.064 avg_d=0.768 std_dev=0.518
C4 B 0, 0.289, 0.810, 1.331, 2.141 max_d=2.141 avg_d=0.810 std_dev=0.521
N1 A 0, 0.384, 1.019, 1.653, 2.671 max_d=2.671 avg_d=1.019 std_dev=0.634
N3 A 0, 0.367, 1.017, 1.667, 2.561 max_d=2.561 avg_d=1.017 std_dev=0.650
C2 A 0, 0.402, 1.056, 1.710, 2.458 max_d=2.458 avg_d=1.056 std_dev=0.654
C6 A 0, 0.370, 1.078, 1.786, 2.602 max_d=2.602 avg_d=1.078 std_dev=0.708
C1' B 0, 0.441, 1.202, 1.963, 2.834 max_d=2.834 avg_d=1.202 std_dev=0.761
C2' B 0, 0.538, 1.314, 2.090, 2.797 max_d=2.797 avg_d=1.314 std_dev=0.776
C4 A 0, 0.468, 1.245, 2.021, 3.687 max_d=3.687 avg_d=1.245 std_dev=0.777
C8 B 0, 0.300, 1.133, 1.966, 4.408 max_d=4.408 avg_d=1.133 std_dev=0.833
C5 B 0, 0.153, 1.046, 1.939, 3.454 max_d=3.454 avg_d=1.046 std_dev=0.893
N3 B 0, 0.349, 1.244, 2.139, 3.313 max_d=3.313 avg_d=1.244 std_dev=0.895
C3' B 0, 0.106, 1.015, 1.924, 3.585 max_d=3.585 avg_d=1.015 std_dev=0.909
C1' A 0, 0.624, 1.555, 2.485, 3.919 max_d=3.919 avg_d=1.555 std_dev=0.931
C5 A 0, 0.321, 1.267, 2.214, 3.889 max_d=3.889 avg_d=1.267 std_dev=0.946
O4' B 0, 0.520, 1.535, 2.550, 4.180 max_d=4.180 avg_d=1.535 std_dev=1.015
N1 B 0, 0.523, 1.553, 2.584, 3.859 max_d=3.859 avg_d=1.553 std_dev=1.031
O2 A 0, 0.474, 1.525, 2.575, 4.192 max_d=4.192 avg_d=1.525 std_dev=1.050
C2 B 0, 0.421, 1.489, 2.556, 4.085 max_d=4.085 avg_d=1.489 std_dev=1.068
O4' A 0, 0.676, 1.744, 2.812, 5.374 max_d=5.374 avg_d=1.744 std_dev=1.068
N7 B 0, 0.370, 1.453, 2.535, 5.394 max_d=5.394 avg_d=1.453 std_dev=1.083
C4' B 0, 0.206, 1.325, 2.443, 4.610 max_d=4.610 avg_d=1.325 std_dev=1.119
O3' B 0, 0.296, 1.425, 2.553, 4.670 max_d=4.670 avg_d=1.425 std_dev=1.129
N4 A 0, 0.650, 1.782, 2.913, 5.913 max_d=5.913 avg_d=1.782 std_dev=1.131
C6 B 0, 0.343, 1.488, 2.634, 3.745 max_d=3.745 avg_d=1.488 std_dev=1.145
C2' A 0, 0.607, 2.036, 3.466, 6.211 max_d=6.211 avg_d=2.036 std_dev=1.429
C5' B 0, 0.198, 1.641, 3.084, 6.256 max_d=6.256 avg_d=1.641 std_dev=1.443
C4' A 0, 0.741, 2.205, 3.669, 6.340 max_d=6.340 avg_d=2.205 std_dev=1.464
O2' B 0, 0.800, 2.273, 3.746, 4.306 max_d=4.306 avg_d=2.273 std_dev=1.473
O5' B 0, 0.391, 1.890, 3.388, 6.915 max_d=6.915 avg_d=1.890 std_dev=1.499
C3' A 0, 0.765, 2.335, 3.904, 6.802 max_d=6.802 avg_d=2.335 std_dev=1.569
O6 B 0, 0.493, 2.081, 3.668, 5.569 max_d=5.569 avg_d=2.081 std_dev=1.588
N2 B 0, 0.416, 2.024, 3.631, 5.821 max_d=5.821 avg_d=2.024 std_dev=1.607
O5' A 0, 1.195, 2.807, 4.419, 7.218 max_d=7.218 avg_d=2.807 std_dev=1.612
O3' A 0, 0.986, 2.703, 4.420, 7.675 max_d=7.675 avg_d=2.703 std_dev=1.717
C5' A 0, 0.805, 2.574, 4.344, 6.458 max_d=6.458 avg_d=2.574 std_dev=1.770
OP1 B 0, 0.768, 2.764, 4.759, 11.046 max_d=11.046 avg_d=2.764 std_dev=1.995
P B 0, 0.437, 2.463, 4.488, 9.194 max_d=9.194 avg_d=2.463 std_dev=2.026
O2' A 0, 0.470, 2.512, 4.554, 7.994 max_d=7.994 avg_d=2.512 std_dev=2.042
OP1 A 0, 1.562, 3.698, 5.835, 10.093 max_d=10.093 avg_d=3.698 std_dev=2.137
P A 0, 0.944, 3.179, 5.413, 9.187 max_d=9.187 avg_d=3.179 std_dev=2.235
OP2 B 0, 1.142, 3.521, 5.900, 10.283 max_d=10.283 avg_d=3.521 std_dev=2.379
OP2 A 0, 1.365, 4.113, 6.861, 8.448 max_d=8.448 avg_d=4.113 std_dev=2.748

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.29 0.01 0.29 0.35 0.50 0.33
C2 0.02 0.00 0.18 0.19 0.02 0.19 0.02 0.31 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.29 0.23 0.19 0.39 0.55 0.75 0.41
C2' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.04 0.01 0.14 0.18 0.18 0.02 0.13 0.04 0.34 0.00 0.03 0.02 0.51 0.63 0.91 0.71
C3' 0.02 0.19 0.00 0.00 0.28 0.01 0.34 0.03 0.32 0.17 0.23 0.30 0.27 0.02 0.01 0.02 0.24 0.60 0.55 0.33
C4 0.01 0.02 0.04 0.28 0.00 0.10 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.30 0.09 0.03 0.48 0.93 0.83 0.61
C4' 0.01 0.19 0.01 0.01 0.10 0.00 0.22 0.01 0.25 0.07 0.15 0.11 0.38 0.25 0.03 0.01 0.02 0.38 0.42 0.13
C5 0.02 0.02 0.14 0.34 0.00 0.22 0.00 0.37 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.33 0.17 0.15 0.72 1.20 0.89 0.89
C5' 0.07 0.31 0.18 0.03 0.13 0.01 0.37 0.00 0.41 0.08 0.25 0.15 0.65 0.09 0.19 0.02 0.01 0.37 0.38 0.02
C6 0.02 0.01 0.18 0.32 0.01 0.25 0.00 0.41 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.31 0.14 0.21 0.75 1.04 0.75 0.84
N1 0.01 0.01 0.02 0.17 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.18 0.13 0.02 0.39 0.57 0.56 0.44
N3 0.02 0.01 0.13 0.23 0.01 0.15 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.30 0.15 0.15 0.40 0.68 0.82 0.45
N4 0.02 0.02 0.04 0.30 0.00 0.11 0.01 0.15 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.32 0.11 0.04 0.50 1.04 0.93 0.66
O2 0.05 0.01 0.34 0.27 0.02 0.38 0.03 0.65 0.03 0.03 0.02 0.03 0.00 0.45 0.40 0.36 0.65 0.68 0.97 0.65
O2' 0.02 0.29 0.00 0.02 0.30 0.25 0.33 0.09 0.31 0.18 0.30 0.32 0.45 0.00 0.05 0.16 0.39 0.59 0.99 0.65
O3' 0.29 0.23 0.03 0.01 0.09 0.03 0.17 0.19 0.14 0.13 0.15 0.11 0.40 0.05 0.00 0.20 0.28 0.74 0.47 0.25
O4' 0.01 0.19 0.02 0.02 0.03 0.01 0.15 0.02 0.21 0.02 0.15 0.04 0.36 0.16 0.20 0.00 0.16 0.25 0.38 0.18
O5' 0.29 0.39 0.51 0.24 0.48 0.02 0.72 0.01 0.75 0.39 0.40 0.50 0.65 0.39 0.28 0.16 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.35 0.55 0.63 0.60 0.93 0.38 1.20 0.37 1.04 0.57 0.68 1.04 0.68 0.59 0.74 0.25 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.50 0.75 0.91 0.55 0.83 0.42 0.89 0.38 0.75 0.56 0.82 0.93 0.97 0.99 0.47 0.38 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.33 0.41 0.71 0.33 0.61 0.13 0.89 0.02 0.84 0.44 0.45 0.66 0.65 0.65 0.25 0.18 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 1.01 2.75 1.11 0.87 2.02 0.75 2.38 0.92 2.93 1.53 3.05 2.97 2.24 2.08 1.43 1.51 1.25 0.80 0.97 3.21 1.25 1.40 1.18
C2 0.98 2.29 1.19 0.88 1.80 0.73 2.05 0.89 2.36 1.42 2.41 2.45 2.00 1.85 1.32 1.70 1.23 0.79 0.98 2.49 1.18 1.37 1.19
C2' 0.99 2.94 1.07 0.93 2.17 0.79 2.62 1.01 3.29 1.68 3.37 3.14 2.36 2.31 1.53 1.38 1.39 0.75 1.10 3.67 1.43 1.61 1.30
C3' 0.96 2.99 1.12 0.95 2.11 0.77 2.56 0.94 3.29 1.56 3.43 3.26 2.35 2.22 1.45 1.45 1.40 0.65 1.00 3.74 1.34 1.55 1.21
C4 0.64 1.93 0.69 0.35 1.43 0.65 1.52 0.99 1.74 1.13 1.90 2.16 1.69 1.36 1.04 1.22 0.78 0.99 1.12 1.76 1.28 1.48 1.33
C4' 0.88 2.99 1.03 0.85 2.06 0.69 2.46 0.89 3.17 1.46 3.38 3.33 2.34 2.09 1.37 1.40 1.28 0.59 0.93 3.55 1.29 1.46 1.17
C5 0.70 2.29 0.57 0.35 1.62 0.67 1.76 0.97 2.09 1.23 2.31 2.58 1.92 1.54 1.14 0.99 0.82 0.98 1.12 2.16 1.32 1.59 1.36
C5' 0.79 3.13 0.93 0.82 2.09 0.68 2.48 0.96 3.23 1.45 3.51 3.53 2.40 2.08 1.36 1.22 1.28 0.54 1.05 3.59 1.44 1.65 1.31
C6 0.74 2.60 0.74 0.47 1.83 0.55 2.05 0.85 2.49 1.33 2.72 2.88 2.13 1.76 1.25 1.15 0.92 0.81 1.00 2.61 1.21 1.51 1.24
N1 0.88 2.59 1.01 0.72 1.91 0.62 2.19 0.84 2.64 1.42 2.78 2.80 2.16 1.91 1.34 1.45 1.11 0.75 0.95 2.80 1.17 1.41 1.18
N3 0.78 1.95 1.07 0.68 1.54 0.58 1.66 0.87 1.86 1.22 1.95 2.12 1.76 1.52 1.14 1.66 1.03 0.79 1.01 1.91 1.15 1.36 1.22
N4 0.70 1.49 0.48 0.34 1.07 0.97 1.12 1.25 1.25 1.03 1.41 1.74 1.31 1.10 0.88 1.02 0.68 1.29 1.32 1.27 1.49 1.56 1.49
O2 1.25 2.24 1.42 1.18 1.84 1.04 2.14 1.08 2.45 1.55 2.41 2.38 1.99 2.02 1.44 1.91 1.51 1.00 1.07 2.65 1.34 1.40 1.28
O2' 1.31 2.95 1.22 1.03 2.38 0.96 2.87 1.16 3.45 2.05 3.37 3.07 2.47 2.67 1.84 1.41 1.38 1.11 1.29 3.89 1.62 1.78 1.49
O3' 1.23 2.96 1.27 1.03 2.19 0.93 2.61 1.00 3.29 1.70 3.37 3.21 2.40 2.32 1.61 1.62 1.35 0.96 0.99 3.75 1.37 1.45 1.20
O4' 0.87 2.83 1.03 0.80 1.96 0.67 2.31 0.87 2.93 1.39 3.13 3.13 2.24 1.97 1.32 1.46 1.19 0.66 0.88 3.23 1.20 1.34 1.12
O5' 0.93 3.26 0.83 0.74 2.21 0.80 2.59 1.09 3.33 1.62 3.65 3.65 2.50 2.20 1.51 1.05 1.19 0.84 1.26 3.65 1.64 1.92 1.54
OP1 0.99 2.94 0.75 0.77 2.01 1.10 2.49 1.39 3.25 1.65 3.46 3.29 2.20 2.21 1.44 0.97 0.97 1.14 1.50 3.70 1.87 2.19 1.82
OP2 1.69 3.93 1.62 1.49 2.96 1.32 3.41 1.45 4.17 2.46 4.45 4.20 3.15 3.05 2.30 1.66 1.87 1.46 1.91 4.52 2.33 2.79 2.20
P 1.06 3.34 0.88 0.76 2.30 0.84 2.71 1.11 3.47 1.77 3.78 3.75 2.57 2.34 1.63 1.05 1.18 0.98 1.37 3.82 1.80 2.15 1.69

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.02 0.03 0.06 0.04 0.02 0.01 0.02 0.33 0.01 0.23 0.02 0.72 0.54 0.39
C2 0.04 0.00 0.33 0.27 0.01 0.13 0.01 0.29 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.30 0.38 0.19 0.46 0.01 0.90 0.94 0.67
C2' 0.01 0.33 0.00 0.00 0.18 0.02 0.11 0.18 0.18 0.13 0.28 0.39 0.32 0.06 0.02 0.00 0.03 0.02 0.40 0.15 1.23 0.79 0.78
C3' 0.02 0.27 0.00 0.00 0.26 0.01 0.35 0.04 0.37 0.37 0.32 0.27 0.23 0.41 0.23 0.02 0.01 0.03 0.18 0.41 0.80 0.26 0.33
C4 0.02 0.01 0.18 0.26 0.00 0.09 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.25 0.20 0.10 0.36 0.01 0.76 0.76 0.49
C4' 0.01 0.13 0.02 0.01 0.09 0.00 0.13 0.01 0.12 0.21 0.11 0.17 0.13 0.20 0.09 0.31 0.03 0.01 0.02 0.15 0.35 0.16 0.12
C5 0.01 0.01 0.11 0.35 0.00 0.13 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.31 0.12 0.06 0.39 0.01 0.78 0.82 0.52
C5' 0.08 0.29 0.18 0.04 0.19 0.01 0.23 0.00 0.26 0.27 0.27 0.34 0.27 0.29 0.15 0.13 0.21 0.02 0.01 0.28 0.20 0.17 0.02
C6 0.02 0.01 0.18 0.37 0.01 0.12 0.01 0.26 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.32 0.17 0.09 0.42 0.01 0.85 0.89 0.59
C8 0.02 0.01 0.13 0.37 0.01 0.21 0.01 0.27 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.32 0.20 0.12 0.41 0.03 0.67 0.75 0.47
N1 0.03 0.00 0.28 0.32 0.01 0.11 0.01 0.27 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.31 0.27 0.15 0.44 0.01 0.88 0.93 0.63
N2 0.06 0.01 0.39 0.27 0.02 0.17 0.02 0.34 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.35 0.50 0.22 0.52 0.02 0.98 1.05 0.77
N3 0.04 0.00 0.32 0.23 0.01 0.13 0.01 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.28 0.40 0.18 0.43 0.01 0.85 0.85 0.60
N7 0.02 0.02 0.06 0.41 0.01 0.20 0.01 0.29 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.35 0.21 0.07 0.44 0.03 0.76 0.85 0.53
N9 0.01 0.02 0.02 0.23 0.01 0.09 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.20 0.11 0.02 0.30 0.02 0.68 0.65 0.41
O2' 0.02 0.30 0.00 0.02 0.25 0.31 0.31 0.13 0.32 0.32 0.31 0.35 0.28 0.35 0.20 0.00 0.06 0.20 0.26 0.35 1.20 0.83 0.72
O3' 0.33 0.38 0.03 0.01 0.20 0.03 0.12 0.21 0.17 0.20 0.27 0.50 0.40 0.21 0.11 0.06 0.00 0.22 0.34 0.19 0.54 0.39 0.22
O4' 0.01 0.19 0.02 0.03 0.10 0.01 0.06 0.02 0.09 0.12 0.15 0.22 0.18 0.07 0.02 0.20 0.22 0.00 0.14 0.08 0.35 0.34 0.16
O5' 0.23 0.46 0.40 0.18 0.36 0.02 0.39 0.01 0.42 0.41 0.44 0.52 0.43 0.44 0.30 0.26 0.34 0.14 0.00 0.44 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.15 0.41 0.01 0.15 0.01 0.28 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.35 0.19 0.08 0.44 0.00 0.89 0.93 0.62
OP1 0.72 0.90 1.23 0.80 0.76 0.35 0.78 0.20 0.85 0.67 0.88 0.98 0.85 0.76 0.68 1.20 0.54 0.35 0.02 0.89 0.00 0.01 0.01
OP2 0.54 0.94 0.79 0.26 0.76 0.16 0.82 0.17 0.89 0.75 0.93 1.05 0.85 0.85 0.65 0.83 0.39 0.34 0.02 0.93 0.01 0.00 0.01
P 0.39 0.67 0.78 0.33 0.49 0.12 0.52 0.02 0.59 0.47 0.63 0.77 0.60 0.53 0.41 0.72 0.22 0.16 0.01 0.62 0.01 0.01 0.00