ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 12041

back

Distances from reference structure (by RMSD)

42, 8, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 3, 2, 7, 8, 0, 0, 4, 26,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, 0.032, 0.320, 0.608, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.320 std_dev=0.288
N1 A 0, 0.026, 0.350, 0.674, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.350 std_dev=0.324
C1' A 0, 0.035, 0.542, 1.049, 1.407 max_d=1.407 avg_d=0.542 std_dev=0.507
N3 A 0, 0.034, 0.578, 1.122, 1.397 max_d=1.397 avg_d=0.578 std_dev=0.544
C2 A 0, 0.008, 0.615, 1.223, 1.556 max_d=1.556 avg_d=0.615 std_dev=0.608
C5 B 0, -0.006, 0.635, 1.277, 2.429 max_d=2.429 avg_d=0.635 std_dev=0.641
C1' B 0, 0.054, 0.701, 1.347, 1.696 max_d=1.696 avg_d=0.701 std_dev=0.646
C4 A 0, -0.046, 0.691, 1.429, 1.994 max_d=1.994 avg_d=0.691 std_dev=0.737
C6 B 0, 0.030, 0.898, 1.766, 2.367 max_d=2.367 avg_d=0.898 std_dev=0.868
O4' A 0, -0.034, 0.906, 1.846, 2.438 max_d=2.438 avg_d=0.906 std_dev=0.940
C4 B 0, 0.001, 1.006, 2.011, 2.528 max_d=2.528 avg_d=1.006 std_dev=1.005
N4 A 0, -0.025, 1.012, 2.048, 2.948 max_d=2.948 avg_d=1.012 std_dev=1.037
C6 A 0, -0.151, 0.993, 2.138, 2.862 max_d=2.862 avg_d=0.993 std_dev=1.144
C2 B 0, 0.050, 1.280, 2.510, 2.772 max_d=2.772 avg_d=1.280 std_dev=1.230
C5 A 0, -0.198, 1.184, 2.565, 3.416 max_d=3.416 avg_d=1.184 std_dev=1.381
O2 A 0, -0.110, 1.303, 2.716, 3.603 max_d=3.603 avg_d=1.303 std_dev=1.413
N4 B 0, -0.001, 1.519, 3.039, 3.818 max_d=3.818 avg_d=1.519 std_dev=1.520
C2' B 0, 0.039, 1.646, 3.252, 3.861 max_d=3.861 avg_d=1.646 std_dev=1.607
C2' A 0, -0.183, 1.438, 3.059, 4.211 max_d=4.211 avg_d=1.438 std_dev=1.621
N3 B 0, 0.052, 1.707, 3.362, 3.694 max_d=3.694 avg_d=1.707 std_dev=1.655
O2' B 0, -0.056, 1.654, 3.364, 4.493 max_d=4.493 avg_d=1.654 std_dev=1.710
O4' B 0, 0.061, 1.801, 3.540, 4.166 max_d=4.166 avg_d=1.801 std_dev=1.739
C4' A 0, -0.161, 1.616, 3.392, 4.427 max_d=4.427 avg_d=1.616 std_dev=1.776
O2 B 0, 0.067, 1.986, 3.905, 4.700 max_d=4.700 avg_d=1.986 std_dev=1.919
O2' A 0, -0.094, 1.916, 3.927, 5.394 max_d=5.394 avg_d=1.916 std_dev=2.010
C3' A 0, -0.184, 2.042, 4.268, 5.425 max_d=5.425 avg_d=2.042 std_dev=2.226
C3' B 0, 0.077, 2.627, 5.178, 5.683 max_d=5.683 avg_d=2.627 std_dev=2.550
C4' B 0, 0.067, 2.640, 5.213, 5.636 max_d=5.636 avg_d=2.640 std_dev=2.573
C5' A 0, -0.356, 2.383, 5.121, 6.616 max_d=6.616 avg_d=2.383 std_dev=2.739
O5' A 0, -0.384, 2.733, 5.849, 7.540 max_d=7.540 avg_d=2.733 std_dev=3.116
O3' A 0, -0.195, 2.988, 6.172, 7.730 max_d=7.730 avg_d=2.988 std_dev=3.184
O3' B 0, 0.057, 3.619, 7.180, 8.140 max_d=8.140 avg_d=3.619 std_dev=3.562
C5' B 0, 0.059, 3.820, 7.581, 8.094 max_d=8.094 avg_d=3.820 std_dev=3.761
O5' B 0, 0.056, 4.066, 8.077, 8.994 max_d=8.994 avg_d=4.066 std_dev=4.011
P A 0, -0.637, 3.684, 8.004, 10.396 max_d=10.396 avg_d=3.684 std_dev=4.320
OP2 A 0, -0.494, 4.047, 8.588, 11.103 max_d=11.103 avg_d=4.047 std_dev=4.541
OP2 B 0, 0.157, 4.994, 9.832, 11.423 max_d=11.423 avg_d=4.994 std_dev=4.838
OP1 A 0, -0.840, 4.204, 9.247, 12.219 max_d=12.219 avg_d=4.204 std_dev=5.043
P B 0, 0.066, 5.273, 10.481, 11.228 max_d=11.228 avg_d=5.273 std_dev=5.208
OP1 B 0, 0.135, 6.462, 12.789, 13.612 max_d=13.612 avg_d=6.462 std_dev=6.327

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.23 0.00 0.13 0.42 0.12 0.14
C2 0.02 0.00 0.11 0.20 0.01 0.08 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.13 0.03 0.18 0.62 0.43 0.15
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.04 0.01 0.07 0.14 0.09 0.02 0.08 0.05 0.20 0.00 0.02 0.01 0.28 0.38 0.18 0.30
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.30 0.01 0.32 0.02 0.28 0.18 0.25 0.32 0.20 0.02 0.01 0.02 0.14 0.26 0.17 0.13
C4 0.02 0.01 0.04 0.30 0.00 0.11 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.25 0.15 0.02 0.25 0.80 0.70 0.20
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.11 0.00 0.12 0.01 0.11 0.07 0.09 0.12 0.09 0.24 0.02 0.00 0.02 0.11 0.19 0.05
C5 0.02 0.01 0.07 0.32 0.00 0.12 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.22 0.03 0.28 0.83 0.68 0.23
C5' 0.05 0.08 0.14 0.02 0.12 0.01 0.14 0.00 0.12 0.07 0.10 0.14 0.09 0.10 0.18 0.01 0.01 0.23 0.33 0.01
C6 0.01 0.01 0.09 0.28 0.01 0.11 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.18 0.03 0.24 0.73 0.48 0.19
N1 0.01 0.01 0.02 0.18 0.01 0.07 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.15 0.06 0.01 0.16 0.60 0.33 0.14
N3 0.02 0.01 0.08 0.25 0.00 0.09 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.28 0.11 0.02 0.21 0.72 0.60 0.17
N4 0.02 0.01 0.05 0.32 0.00 0.12 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.27 0.19 0.03 0.27 0.84 0.82 0.23
O2 0.04 0.01 0.20 0.20 0.01 0.09 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.29 0.28 0.04 0.17 0.55 0.36 0.15
O2' 0.02 0.25 0.00 0.02 0.25 0.24 0.20 0.10 0.15 0.15 0.28 0.27 0.29 0.00 0.05 0.16 0.21 0.29 0.15 0.23
O3' 0.23 0.13 0.02 0.01 0.15 0.02 0.22 0.18 0.18 0.06 0.11 0.19 0.28 0.05 0.00 0.16 0.26 0.61 0.31 0.35
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.04 0.16 0.16 0.00 0.10 0.30 0.16 0.10
O5' 0.13 0.18 0.28 0.14 0.25 0.02 0.28 0.01 0.24 0.16 0.21 0.27 0.17 0.21 0.26 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.42 0.62 0.38 0.26 0.80 0.11 0.83 0.23 0.73 0.60 0.72 0.84 0.55 0.29 0.61 0.30 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.43 0.18 0.17 0.70 0.19 0.68 0.33 0.48 0.33 0.60 0.82 0.36 0.15 0.31 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.15 0.30 0.13 0.20 0.05 0.23 0.01 0.19 0.14 0.17 0.23 0.15 0.23 0.35 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.33 1.42 0.37 1.37 1.12 2.01 0.30 2.97 0.30 0.43 1.70 1.42 2.02 0.51 1.83 1.21 2.75 4.26 2.74 3.34
C2 0.47 1.11 0.47 1.43 0.74 2.08 0.31 2.96 0.52 0.37 1.27 0.92 1.72 0.54 1.79 1.33 2.67 3.84 2.56 3.11
C2' 0.44 1.34 0.50 1.44 1.02 2.15 0.41 3.19 0.55 0.42 1.61 1.30 1.97 0.58 1.80 1.41 2.94 4.49 3.01 3.61
C3' 0.33 1.56 0.26 1.25 1.37 2.00 0.51 2.95 0.35 0.54 1.94 1.73 2.14 0.41 1.68 1.26 2.64 4.11 2.60 3.24
C4 0.41 1.49 0.18 0.83 1.33 1.36 0.78 1.83 0.52 0.77 1.69 1.51 1.90 0.30 1.33 0.72 1.53 2.28 1.26 1.72
C4' 0.31 1.78 0.23 1.15 1.67 1.83 0.78 2.75 0.41 0.73 2.20 2.07 2.30 0.42 1.67 1.05 2.49 4.02 2.44 3.08
C5 0.65 2.02 0.31 0.68 2.00 1.20 1.35 1.70 0.97 1.20 2.35 2.26 2.38 0.26 1.28 0.63 1.41 2.28 1.15 1.64
C5' 0.52 2.15 0.29 0.89 2.24 1.56 1.33 2.37 0.83 1.12 2.67 2.71 2.56 0.40 1.46 0.84 2.07 3.48 1.92 2.58
C6 0.46 1.85 0.21 0.91 1.79 1.47 1.05 2.14 0.67 0.96 2.21 2.10 2.29 0.35 1.49 0.76 1.85 2.95 1.62 2.19
N1 0.29 1.43 0.29 1.23 1.17 1.85 0.39 2.69 0.21 0.50 1.69 1.44 1.99 0.47 1.72 1.07 2.41 3.68 2.28 2.86
N3 0.39 1.01 0.38 1.27 0.66 1.89 0.17 2.56 0.36 0.31 1.13 0.82 1.55 0.48 1.63 1.18 2.23 3.09 2.02 2.51
N4 0.64 1.57 0.35 0.51 1.46 0.93 1.05 1.20 0.83 1.02 1.71 1.58 1.87 0.20 0.98 0.55 0.97 1.47 0.75 1.06
O2 0.79 1.13 0.70 1.69 0.84 2.38 0.91 3.45 1.06 0.72 1.25 0.95 1.72 0.64 1.92 1.67 3.23 4.59 3.28 3.82
O2' 0.85 1.64 0.92 1.63 1.37 2.25 1.01 3.36 1.04 0.93 1.88 1.60 2.23 0.92 1.92 1.55 3.23 4.96 3.48 4.02
O3' 0.32 1.61 0.36 1.25 1.40 1.99 0.52 2.99 0.38 0.56 1.99 1.77 2.21 0.49 1.65 1.25 2.70 4.24 2.74 3.36
O4' 0.29 1.71 0.24 1.17 1.59 1.79 0.72 2.68 0.35 0.70 2.10 1.95 2.23 0.44 1.71 0.98 2.45 3.95 2.40 3.01
O5' 0.68 2.34 0.36 0.71 2.52 1.38 1.65 2.08 1.12 1.35 2.91 3.00 2.68 0.27 1.29 0.78 1.71 2.94 1.49 2.12
OP1 1.02 2.81 1.00 0.78 3.17 0.94 2.23 1.48 1.57 1.80 3.48 3.76 3.06 1.00 1.35 0.41 1.12 2.23 0.79 1.40
OP2 1.54 3.06 1.02 0.94 3.53 1.49 2.77 1.91 2.20 2.24 3.75 4.06 3.16 0.69 1.09 1.47 1.62 2.35 1.67 1.89
P 0.95 2.74 0.57 0.43 3.13 1.05 2.25 1.63 1.62 1.76 3.42 3.70 2.95 0.30 1.04 0.69 1.26 2.33 1.07 1.59

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.19 0.19 0.17 0.11
C2 0.02 0.00 0.08 0.07 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.09 0.05 0.42 0.36 0.23 0.32
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.05 0.01 0.07 0.02 0.08 0.02 0.07 0.06 0.14 0.01 0.03 0.01 0.25 0.32 0.08 0.19
C3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.08 0.00 0.13 0.02 0.13 0.05 0.07 0.10 0.12 0.02 0.01 0.01 0.34 0.43 0.09 0.28
C4 0.02 0.01 0.05 0.08 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.10 0.03 0.64 0.56 0.49 0.57
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.04 0.06 0.05 0.05 0.02 0.00 0.02 0.14 0.28 0.03
C5 0.01 0.01 0.07 0.13 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.15 0.03 0.69 0.59 0.51 0.62
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.11 0.01 0.12 0.00 0.11 0.07 0.09 0.12 0.07 0.05 0.04 0.01 0.01 0.18 0.35 0.02
C6 0.01 0.01 0.08 0.13 0.01 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.15 0.04 0.61 0.48 0.31 0.49
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.43 0.35 0.18 0.31
N3 0.02 0.00 0.07 0.07 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.09 0.04 0.53 0.46 0.36 0.45
N4 0.02 0.01 0.06 0.10 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.12 0.03 0.69 0.62 0.59 0.65
O2 0.03 0.01 0.14 0.12 0.01 0.05 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.15 0.16 0.07 0.30 0.27 0.18 0.22
O2' 0.01 0.09 0.01 0.02 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.02 0.08 0.06 0.15 0.00 0.05 0.04 0.05 0.19 0.17 0.06
O3' 0.02 0.09 0.03 0.01 0.10 0.02 0.15 0.04 0.15 0.05 0.09 0.12 0.16 0.05 0.00 0.02 0.23 0.46 0.14 0.27
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.07 0.04 0.02 0.00 0.07 0.10 0.35 0.11
O5' 0.19 0.42 0.25 0.34 0.64 0.02 0.69 0.01 0.61 0.43 0.53 0.69 0.30 0.05 0.23 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.19 0.36 0.32 0.43 0.56 0.14 0.59 0.18 0.48 0.35 0.46 0.62 0.27 0.19 0.46 0.10 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.17 0.23 0.08 0.09 0.49 0.28 0.51 0.35 0.31 0.18 0.36 0.59 0.18 0.17 0.14 0.35 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.11 0.32 0.19 0.28 0.57 0.03 0.62 0.02 0.49 0.31 0.45 0.65 0.22 0.06 0.27 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00