ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 12042

back

Distances from reference structure (by RMSD)

37, 10, 5, 2, 3, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 4, 11, 2, 2, 3, 4,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' B 0, -0.093, 0.261, 0.616, 1.752 max_d=1.752 avg_d=0.261 std_dev=0.355
N3 A 0, -0.062, 0.457, 0.975, 1.632 max_d=1.632 avg_d=0.457 std_dev=0.518
C4 B 0, -0.125, 0.394, 0.914, 1.519 max_d=1.519 avg_d=0.394 std_dev=0.520
N1 A 0, -0.124, 0.403, 0.930, 1.863 max_d=1.863 avg_d=0.403 std_dev=0.527
N3 B 0, -0.081, 0.496, 1.074, 2.259 max_d=2.259 avg_d=0.496 std_dev=0.578
C4 A 0, -0.060, 0.534, 1.127, 1.943 max_d=1.943 avg_d=0.534 std_dev=0.594
C2 A 0, -0.171, 0.538, 1.247, 2.466 max_d=2.466 avg_d=0.538 std_dev=0.709
N9 B 0, -0.182, 0.536, 1.254, 2.027 max_d=2.027 avg_d=0.536 std_dev=0.718
C6 A 0, -0.195, 0.540, 1.275, 3.273 max_d=3.273 avg_d=0.540 std_dev=0.735
C2 B 0, -0.133, 0.609, 1.351, 3.043 max_d=3.043 avg_d=0.609 std_dev=0.742
C1' A 0, -0.167, 0.603, 1.372, 2.857 max_d=2.857 avg_d=0.603 std_dev=0.770
N1 B 0, -0.195, 0.599, 1.394, 2.657 max_d=2.657 avg_d=0.599 std_dev=0.795
C4' B 0, -0.113, 0.691, 1.495, 3.155 max_d=3.155 avg_d=0.691 std_dev=0.804
O4' B 0, -0.117, 0.710, 1.536, 3.102 max_d=3.102 avg_d=0.710 std_dev=0.826
N4 A 0, -0.085, 0.750, 1.585, 3.043 max_d=3.043 avg_d=0.750 std_dev=0.835
O4' A 0, -0.105, 0.736, 1.577, 3.078 max_d=3.078 avg_d=0.736 std_dev=0.841
C5 A 0, -0.216, 0.714, 1.644, 3.718 max_d=3.718 avg_d=0.714 std_dev=0.930
C2' B 0, -0.189, 0.753, 1.695, 2.818 max_d=2.818 avg_d=0.753 std_dev=0.942
C4' A 0, -0.107, 0.939, 1.985, 3.481 max_d=3.481 avg_d=0.939 std_dev=1.046
C2' A 0, -0.229, 0.886, 2.001, 4.437 max_d=4.437 avg_d=0.886 std_dev=1.115
C3' B 0, -0.189, 0.982, 2.153, 3.514 max_d=3.514 avg_d=0.982 std_dev=1.171
O2 A 0, -0.330, 0.920, 2.170, 4.579 max_d=4.579 avg_d=0.920 std_dev=1.250
C6 B 0, -0.342, 0.944, 2.231, 3.603 max_d=3.603 avg_d=0.944 std_dev=1.286
C5 B 0, -0.390, 0.903, 2.195, 3.534 max_d=3.534 avg_d=0.903 std_dev=1.292
C5' A 0, -0.277, 1.070, 2.417, 6.315 max_d=6.315 avg_d=1.070 std_dev=1.347
C3' A 0, -0.186, 1.175, 2.536, 4.304 max_d=4.304 avg_d=1.175 std_dev=1.361
O2' B 0, -0.337, 1.137, 2.611, 4.726 max_d=4.726 avg_d=1.137 std_dev=1.474
O2' A 0, -0.368, 1.156, 2.680, 5.905 max_d=5.905 avg_d=1.156 std_dev=1.524
C5' B 0, -0.221, 1.347, 2.916, 4.745 max_d=4.745 avg_d=1.347 std_dev=1.569
C8 B 0, -0.462, 1.179, 2.820, 4.515 max_d=4.515 avg_d=1.179 std_dev=1.641
O3' B 0, -0.335, 1.388, 3.111, 5.289 max_d=5.289 avg_d=1.388 std_dev=1.723
O5' A 0, -0.477, 1.258, 2.994, 7.600 max_d=7.600 avg_d=1.258 std_dev=1.735
N6 B 0, -0.522, 1.455, 3.431, 5.463 max_d=5.463 avg_d=1.455 std_dev=1.976
N7 B 0, -0.588, 1.416, 3.419, 5.407 max_d=5.407 avg_d=1.416 std_dev=2.004
O3' A 0, -0.364, 1.801, 3.967, 6.073 max_d=6.073 avg_d=1.801 std_dev=2.165
O5' B 0, -0.450, 1.749, 3.947, 5.838 max_d=5.838 avg_d=1.749 std_dev=2.199
P A 0, -0.795, 1.636, 4.067, 10.615 max_d=10.615 avg_d=1.636 std_dev=2.431
OP1 A 0, -0.872, 1.948, 4.769, 12.330 max_d=12.330 avg_d=1.948 std_dev=2.821
OP2 A 0, -0.700, 2.135, 4.969, 11.306 max_d=11.306 avg_d=2.135 std_dev=2.835
P B 0, -0.786, 2.464, 5.713, 8.511 max_d=8.511 avg_d=2.464 std_dev=3.250
OP1 B 0, -0.736, 2.592, 5.920, 9.758 max_d=9.758 avg_d=2.592 std_dev=3.328
OP2 B 0, -1.063, 2.924, 6.910, 10.514 max_d=10.514 avg_d=2.924 std_dev=3.987

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.28 0.01 0.15 0.38 0.26 0.22
C2 0.02 0.00 0.12 0.20 0.01 0.06 0.02 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.21 0.07 0.26 0.53 0.42 0.29
C2' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.04 0.02 0.11 0.17 0.13 0.03 0.09 0.05 0.23 0.01 0.03 0.02 0.38 0.43 0.53 0.44
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.35 0.01 0.40 0.02 0.36 0.21 0.27 0.37 0.17 0.02 0.01 0.02 0.27 0.23 0.36 0.22
C4 0.01 0.01 0.04 0.35 0.00 0.15 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.34 0.17 0.02 0.45 0.56 0.65 0.38
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.15 0.00 0.19 0.01 0.18 0.08 0.09 0.16 0.07 0.27 0.03 0.01 0.02 0.16 0.24 0.07
C5 0.01 0.02 0.11 0.40 0.00 0.19 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.31 0.27 0.06 0.53 0.52 0.71 0.42
C5' 0.06 0.12 0.17 0.02 0.22 0.01 0.25 0.00 0.21 0.11 0.17 0.25 0.12 0.11 0.18 0.02 0.01 0.18 0.25 0.02
C6 0.01 0.01 0.13 0.36 0.01 0.18 0.01 0.21 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.25 0.22 0.08 0.46 0.46 0.52 0.34
N1 0.01 0.01 0.03 0.21 0.01 0.08 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.19 0.10 0.01 0.27 0.45 0.35 0.24
N3 0.02 0.01 0.09 0.27 0.01 0.09 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.33 0.14 0.05 0.35 0.57 0.53 0.33
N4 0.01 0.01 0.05 0.37 0.01 0.16 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.37 0.21 0.03 0.49 0.59 0.76 0.43
O2 0.04 0.01 0.23 0.17 0.02 0.07 0.02 0.12 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.29 0.41 0.12 0.21 0.56 0.42 0.31
O2' 0.02 0.27 0.01 0.02 0.34 0.27 0.31 0.11 0.25 0.19 0.33 0.37 0.29 0.00 0.06 0.19 0.31 0.33 0.58 0.36
O3' 0.28 0.21 0.03 0.01 0.17 0.03 0.27 0.18 0.22 0.10 0.14 0.21 0.41 0.06 0.00 0.19 0.30 0.51 0.49 0.35
O4' 0.01 0.07 0.02 0.02 0.02 0.01 0.06 0.02 0.08 0.01 0.05 0.03 0.12 0.19 0.19 0.00 0.14 0.37 0.27 0.18
O5' 0.15 0.26 0.38 0.27 0.45 0.02 0.53 0.01 0.46 0.27 0.35 0.49 0.21 0.31 0.30 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.38 0.53 0.43 0.23 0.56 0.16 0.52 0.18 0.46 0.45 0.57 0.59 0.56 0.33 0.51 0.37 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.42 0.53 0.36 0.65 0.24 0.71 0.25 0.52 0.35 0.53 0.76 0.42 0.58 0.49 0.27 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.29 0.44 0.22 0.38 0.07 0.42 0.02 0.34 0.24 0.33 0.43 0.31 0.36 0.35 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.62 1.15 0.50 0.63 1.22 0.88 1.94 1.45 2.11 1.91 1.65 0.85 2.68 2.36 1.20 0.65 0.69 0.97 1.75 2.17 2.82 2.26
C2 0.66 1.01 0.56 0.68 1.20 0.89 1.85 1.44 1.88 1.90 1.43 0.79 2.27 2.25 1.23 0.70 0.68 1.00 1.75 2.08 2.75 2.20
C2' 0.54 1.18 0.52 0.69 1.13 0.85 1.82 1.39 2.03 1.74 1.64 0.87 2.61 2.18 1.07 0.72 0.79 0.86 1.69 2.22 2.83 2.24
C3' 0.39 1.23 0.45 0.55 0.90 0.71 1.55 1.20 1.80 1.46 1.52 0.91 2.40 1.91 0.79 0.81 0.77 0.68 1.46 2.01 2.57 2.01
C4 0.34 0.96 0.33 0.37 0.91 0.66 1.38 1.07 1.42 1.31 1.15 0.76 1.65 1.59 0.84 0.64 0.50 0.76 1.15 1.44 1.81 1.46
C4' 0.46 1.22 0.40 0.52 1.08 0.78 1.80 1.33 2.04 1.72 1.65 0.87 2.69 2.19 1.01 0.66 0.69 0.83 1.58 2.05 2.60 2.09
C5 0.32 1.27 0.28 0.30 0.97 0.62 1.46 1.02 1.64 1.26 1.45 0.98 1.94 1.62 0.79 0.57 0.52 0.69 1.06 1.42 1.71 1.38
C5' 0.35 1.29 0.38 0.48 0.98 0.71 1.63 1.19 1.91 1.48 1.63 0.91 2.54 1.95 0.84 0.67 0.72 0.72 1.33 1.82 2.23 1.79
C6 0.40 1.20 0.31 0.39 1.05 0.68 1.67 1.14 1.86 1.50 1.53 0.89 2.30 1.92 0.93 0.58 0.56 0.77 1.26 1.64 2.04 1.64
N1 0.55 1.08 0.45 0.56 1.15 0.81 1.84 1.34 1.97 1.78 1.52 0.79 2.44 2.20 1.12 0.64 0.64 0.91 1.57 1.94 2.52 2.02
N3 0.57 0.82 0.52 0.60 1.07 0.81 1.61 1.30 1.58 1.69 1.16 0.65 1.86 1.96 1.10 0.71 0.60 0.94 1.53 1.81 2.37 1.91
N4 0.25 1.00 0.33 0.27 0.74 0.60 0.99 0.94 1.05 0.90 1.01 0.88 1.16 1.08 0.59 0.67 0.46 0.68 0.93 1.19 1.41 1.17
O2 0.82 1.19 0.70 0.85 1.35 1.04 1.98 1.66 2.00 2.12 1.57 0.96 2.42 2.46 1.39 0.74 0.80 1.14 2.07 2.46 3.25 2.62
O2' 0.89 1.34 0.86 1.05 1.45 1.18 2.13 1.83 2.28 2.14 1.85 1.04 2.84 2.53 1.45 0.76 0.97 1.19 2.20 2.78 3.45 2.81
O3' 0.51 1.26 0.60 0.77 1.06 0.91 1.74 1.53 1.95 1.76 1.62 0.91 2.57 2.18 1.02 0.76 0.87 0.84 1.88 2.49 3.10 2.49
O4' 0.61 1.21 0.43 0.55 1.24 0.85 1.98 1.41 2.19 1.91 1.72 0.88 2.83 2.38 1.19 0.59 0.64 0.98 1.67 2.06 2.64 2.14
O5' 0.47 1.57 0.51 0.44 1.01 0.58 1.47 0.90 1.80 1.18 1.74 1.21 2.33 1.63 0.73 0.81 0.67 0.60 0.97 1.49 1.79 1.38
OP1 0.72 1.68 0.58 0.79 1.18 1.04 1.62 1.35 1.96 1.34 1.93 1.27 2.45 1.74 0.96 0.68 0.97 1.00 1.28 1.77 1.89 1.62
OP2 0.95 2.20 0.82 0.79 1.46 0.92 1.67 1.02 2.08 1.20 2.29 1.77 2.39 1.57 1.10 0.90 0.86 0.96 0.93 1.34 1.41 1.17
P 0.54 1.76 0.50 0.50 1.13 0.69 1.52 0.98 1.90 1.15 1.94 1.34 2.35 1.59 0.81 0.72 0.68 0.69 0.94 1.43 1.61 1.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.07 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.28 0.01 0.20 0.32 0.32 0.22
C2 0.05 0.00 0.29 0.32 0.01 0.18 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.32 0.32 0.21 0.29 0.53 0.45 0.35
C2' 0.01 0.29 0.00 0.01 0.16 0.01 0.09 0.18 0.15 0.13 0.24 0.29 0.12 0.07 0.02 0.00 0.02 0.02 0.38 0.57 0.53 0.49
C3' 0.01 0.32 0.01 0.00 0.27 0.01 0.34 0.02 0.36 0.35 0.34 0.29 0.40 0.38 0.23 0.02 0.01 0.02 0.21 0.32 0.20 0.22
C4 0.03 0.01 0.16 0.27 0.00 0.11 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.24 0.14 0.12 0.30 0.45 0.47 0.32
C4' 0.01 0.18 0.01 0.01 0.11 0.00 0.13 0.01 0.13 0.20 0.15 0.17 0.15 0.18 0.09 0.27 0.03 0.00 0.02 0.20 0.20 0.05
C5 0.02 0.01 0.09 0.34 0.00 0.13 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.29 0.13 0.08 0.42 0.55 0.67 0.46
C5' 0.07 0.28 0.18 0.02 0.18 0.01 0.19 0.00 0.22 0.22 0.26 0.26 0.23 0.23 0.12 0.09 0.18 0.01 0.01 0.24 0.29 0.02
C6 0.03 0.01 0.15 0.36 0.01 0.13 0.01 0.22 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.31 0.16 0.12 0.41 0.60 0.69 0.48
C8 0.02 0.01 0.13 0.35 0.01 0.20 0.01 0.22 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.30 0.22 0.11 0.51 0.54 0.69 0.52
N1 0.04 0.01 0.24 0.34 0.01 0.15 0.01 0.26 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.31 0.22 0.17 0.35 0.58 0.57 0.41
N3 0.05 0.01 0.29 0.29 0.00 0.17 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.29 0.34 0.20 0.25 0.46 0.38 0.29
N6 0.03 0.02 0.12 0.40 0.02 0.15 0.02 0.23 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.33 0.21 0.11 0.48 0.69 0.83 0.57
N7 0.02 0.02 0.07 0.38 0.01 0.18 0.01 0.23 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.33 0.24 0.07 0.54 0.63 0.82 0.59
N9 0.01 0.02 0.02 0.23 0.01 0.09 0.01 0.12 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.19 0.07 0.02 0.31 0.39 0.45 0.31
O2' 0.02 0.32 0.00 0.02 0.24 0.27 0.29 0.09 0.31 0.30 0.31 0.29 0.33 0.33 0.19 0.00 0.05 0.20 0.29 0.51 0.58 0.44
O3' 0.28 0.32 0.02 0.01 0.14 0.03 0.13 0.18 0.16 0.22 0.22 0.34 0.21 0.24 0.07 0.05 0.00 0.20 0.27 0.39 0.29 0.27
O4' 0.01 0.21 0.02 0.02 0.12 0.00 0.08 0.01 0.12 0.11 0.17 0.20 0.11 0.07 0.02 0.20 0.20 0.00 0.15 0.22 0.26 0.14
O5' 0.20 0.29 0.38 0.21 0.30 0.02 0.42 0.01 0.41 0.51 0.35 0.25 0.48 0.54 0.31 0.29 0.27 0.15 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.32 0.53 0.57 0.32 0.45 0.20 0.55 0.24 0.60 0.54 0.58 0.46 0.69 0.63 0.39 0.51 0.39 0.22 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.32 0.45 0.53 0.20 0.47 0.20 0.67 0.29 0.69 0.69 0.57 0.38 0.83 0.82 0.45 0.58 0.29 0.26 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.35 0.49 0.22 0.32 0.05 0.46 0.02 0.48 0.52 0.41 0.29 0.57 0.59 0.31 0.44 0.27 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00