ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 12049

back

Distances from reference structure (by RMSD)

34, 29, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 29, 31, 6, 19, 3, 1, 0, 0, 2,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, 0.075, 0.346, 0.618, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.346 std_dev=0.271
N1 A 0, -0.012, 0.332, 0.675, 1.762 max_d=1.762 avg_d=0.332 std_dev=0.343
N3 A 0, 0.154, 0.519, 0.885, 1.503 max_d=1.503 avg_d=0.519 std_dev=0.366
C6 A 0, 0.065, 0.527, 0.989, 2.065 max_d=2.065 avg_d=0.527 std_dev=0.462
C2 A 0, 0.027, 0.545, 1.063, 2.585 max_d=2.585 avg_d=0.545 std_dev=0.518
C4 A 0, 0.073, 0.653, 1.233, 2.121 max_d=2.121 avg_d=0.653 std_dev=0.580
C1' B 0, 0.203, 0.818, 1.433, 2.023 max_d=2.023 avg_d=0.818 std_dev=0.615
C2' B 0, 0.008, 0.655, 1.303, 2.298 max_d=2.298 avg_d=0.655 std_dev=0.648
C4 B 0, 0.176, 0.825, 1.475, 3.115 max_d=3.115 avg_d=0.825 std_dev=0.649
C6 B 0, 0.056, 0.750, 1.444, 1.935 max_d=1.935 avg_d=0.750 std_dev=0.694
O4' A 0, 0.139, 0.886, 1.633, 3.378 max_d=3.378 avg_d=0.886 std_dev=0.747
C1' A 0, -0.014, 0.737, 1.488, 3.191 max_d=3.191 avg_d=0.737 std_dev=0.751
C5 A 0, 0.004, 0.790, 1.575, 2.971 max_d=2.971 avg_d=0.790 std_dev=0.785
C5 B 0, 0.182, 0.979, 1.775, 2.855 max_d=2.855 avg_d=0.979 std_dev=0.797
C3' B 0, 0.193, 1.009, 1.825, 4.289 max_d=4.289 avg_d=1.009 std_dev=0.816
C2 B 0, 0.203, 1.082, 1.961, 3.043 max_d=3.043 avg_d=1.082 std_dev=0.879
N3 B 0, 0.241, 1.144, 2.047, 3.459 max_d=3.459 avg_d=1.144 std_dev=0.903
C4' A 0, 0.109, 1.043, 1.977, 3.608 max_d=3.608 avg_d=1.043 std_dev=0.934
N4 A 0, 0.109, 1.046, 1.984, 3.195 max_d=3.195 avg_d=1.046 std_dev=0.937
C5' A 0, 0.203, 1.163, 2.122, 5.753 max_d=5.753 avg_d=1.163 std_dev=0.959
O4 B 0, 0.266, 1.268, 2.269, 4.350 max_d=4.350 avg_d=1.268 std_dev=1.001
O2' B 0, 0.264, 1.276, 2.288, 3.378 max_d=3.378 avg_d=1.276 std_dev=1.012
O2 A 0, 0.008, 1.036, 2.064, 4.749 max_d=4.749 avg_d=1.036 std_dev=1.028
O5' A 0, 0.143, 1.174, 2.204, 5.793 max_d=5.793 avg_d=1.174 std_dev=1.031
O3' B 0, 0.264, 1.350, 2.436, 5.891 max_d=5.891 avg_d=1.350 std_dev=1.086
C2' A 0, -0.180, 0.941, 2.062, 3.660 max_d=3.660 avg_d=0.941 std_dev=1.121
O4' B 0, 0.241, 1.388, 2.535, 3.759 max_d=3.759 avg_d=1.388 std_dev=1.147
C3' A 0, -0.167, 0.989, 2.145, 3.725 max_d=3.725 avg_d=0.989 std_dev=1.156
C4' B 0, 0.261, 1.500, 2.738, 4.802 max_d=4.802 avg_d=1.500 std_dev=1.238
O2 B 0, 0.329, 1.879, 3.429, 4.800 max_d=4.800 avg_d=1.879 std_dev=1.550
P A 0, 0.099, 1.658, 3.218, 7.188 max_d=7.188 avg_d=1.658 std_dev=1.559
O2' A 0, -0.218, 1.416, 3.051, 5.245 max_d=5.245 avg_d=1.416 std_dev=1.635
O3' A 0, -0.424, 1.351, 3.126, 6.314 max_d=6.314 avg_d=1.351 std_dev=1.775
OP2 A 0, 0.328, 2.231, 4.134, 8.408 max_d=8.408 avg_d=2.231 std_dev=1.903
OP1 A 0, 0.484, 2.407, 4.331, 8.757 max_d=8.757 avg_d=2.407 std_dev=1.923
C5' B 0, 0.278, 2.329, 4.379, 7.492 max_d=7.492 avg_d=2.329 std_dev=2.050
O5' B 0, 0.261, 2.363, 4.466, 7.526 max_d=7.526 avg_d=2.363 std_dev=2.102
P B 0, 0.395, 3.313, 6.231, 9.280 max_d=9.280 avg_d=3.313 std_dev=2.918
OP1 B 0, 0.692, 4.264, 7.836, 10.995 max_d=10.995 avg_d=4.264 std_dev=3.572
OP2 B 0, 0.985, 4.636, 8.288, 10.638 max_d=10.638 avg_d=4.636 std_dev=3.652

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.11 0.00 0.08 0.35 0.22 0.15
C2 0.02 0.00 0.10 0.14 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.13 0.07 0.17 0.49 0.33 0.28
C2' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.07 0.08 0.02 0.09 0.06 0.16 0.01 0.03 0.01 0.16 0.24 0.27 0.20
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.17 0.01 0.16 0.02 0.13 0.10 0.17 0.19 0.14 0.02 0.01 0.02 0.11 0.23 0.17 0.10
C4 0.02 0.01 0.05 0.17 0.00 0.09 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.13 0.14 0.03 0.27 0.62 0.48 0.41
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.09 0.00 0.12 0.01 0.11 0.05 0.07 0.10 0.10 0.12 0.02 0.00 0.02 0.14 0.14 0.03
C5 0.02 0.01 0.06 0.16 0.01 0.12 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.13 0.06 0.30 0.64 0.51 0.44
C5' 0.03 0.10 0.07 0.02 0.15 0.01 0.19 0.00 0.17 0.09 0.12 0.17 0.14 0.05 0.08 0.01 0.01 0.12 0.22 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.13 0.01 0.11 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.16 0.10 0.08 0.26 0.57 0.41 0.36
N1 0.01 0.01 0.02 0.10 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.08 0.07 0.01 0.16 0.47 0.31 0.26
N3 0.02 0.01 0.09 0.17 0.00 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.15 0.05 0.22 0.56 0.40 0.35
N4 0.02 0.01 0.06 0.19 0.01 0.10 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.15 0.17 0.04 0.29 0.66 0.53 0.45
O2 0.04 0.01 0.16 0.14 0.02 0.10 0.02 0.14 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.15 0.19 0.13 0.14 0.45 0.29 0.25
O2' 0.02 0.09 0.01 0.02 0.13 0.12 0.17 0.05 0.16 0.08 0.11 0.15 0.15 0.00 0.06 0.09 0.12 0.22 0.29 0.18
O3' 0.11 0.13 0.03 0.01 0.14 0.02 0.13 0.08 0.10 0.07 0.15 0.17 0.19 0.06 0.00 0.07 0.14 0.42 0.26 0.16
O4' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.03 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.05 0.04 0.13 0.09 0.07 0.00 0.08 0.40 0.18 0.13
O5' 0.08 0.17 0.16 0.11 0.27 0.02 0.30 0.01 0.26 0.16 0.22 0.29 0.14 0.12 0.14 0.08 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.35 0.49 0.24 0.23 0.62 0.14 0.64 0.12 0.57 0.47 0.56 0.66 0.45 0.22 0.42 0.40 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.22 0.33 0.27 0.17 0.48 0.14 0.51 0.22 0.41 0.31 0.40 0.53 0.29 0.29 0.26 0.18 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.28 0.20 0.10 0.41 0.03 0.44 0.02 0.36 0.26 0.35 0.45 0.25 0.18 0.16 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.76 1.20 0.82 0.80 0.97 1.32 0.66 1.83 0.69 0.73 1.32 1.65 0.96 0.91 1.14 1.21 1.57 2.35 1.91 1.87
C2 0.84 1.04 0.83 0.85 0.83 1.40 0.74 1.87 0.81 0.76 1.08 1.43 0.97 0.89 0.90 1.33 1.62 2.24 1.93 1.87
C2' 0.66 1.10 0.84 0.86 0.79 1.38 0.56 1.99 0.64 0.59 1.19 1.63 1.05 0.99 0.95 1.17 1.77 2.67 2.32 2.16
C3' 0.46 1.13 0.68 0.68 0.82 1.25 0.43 1.88 0.47 0.44 1.27 1.69 0.95 0.86 1.05 1.05 1.65 2.67 2.18 2.06
C4 0.42 0.89 0.50 0.39 0.66 0.99 0.49 1.37 0.52 0.42 0.95 1.37 0.73 0.63 0.76 1.06 1.12 1.77 1.24 1.30
C4' 0.59 1.26 0.73 0.66 1.05 1.20 0.55 1.74 0.51 0.61 1.46 1.76 0.90 0.85 1.30 1.06 1.47 2.42 1.83 1.81
C5 0.38 1.20 0.55 0.31 1.02 0.82 0.65 1.21 0.53 0.58 1.35 1.69 0.72 0.65 1.18 0.87 0.95 1.74 1.06 1.15
C5' 0.46 1.32 0.60 0.50 1.20 1.05 0.63 1.57 0.48 0.59 1.58 1.78 0.78 0.77 1.49 0.94 1.29 2.31 1.58 1.61
C6 0.46 1.16 0.58 0.45 0.95 0.99 0.53 1.41 0.46 0.53 1.31 1.64 0.77 0.71 1.14 0.96 1.13 1.94 1.31 1.36
N1 0.67 1.08 0.72 0.69 0.83 1.24 0.55 1.70 0.60 0.61 1.18 1.54 0.89 0.82 0.98 1.17 1.44 2.17 1.71 1.69
N3 0.74 0.83 0.68 0.72 0.62 1.32 0.63 1.73 0.73 0.62 0.84 1.21 0.87 0.77 0.67 1.31 1.49 2.03 1.72 1.68
N4 0.35 0.93 0.57 0.23 0.75 0.76 0.65 1.11 0.63 0.52 0.96 1.38 0.80 0.58 0.81 0.97 0.91 1.53 0.95 1.06
O2 1.06 1.26 1.06 1.09 1.13 1.58 1.07 2.08 1.09 1.04 1.30 1.56 1.12 1.06 1.20 1.46 1.88 2.47 2.31 2.16
O2' 0.87 1.29 1.05 1.05 1.04 1.48 0.86 2.09 0.89 0.86 1.37 1.75 1.20 1.16 1.18 1.27 1.89 2.77 2.49 2.30
O3' 0.45 1.15 0.73 0.74 0.85 1.28 0.53 1.98 0.55 0.45 1.29 1.73 1.02 0.93 1.08 1.03 1.78 2.89 2.44 2.26
O4' 0.71 1.29 0.76 0.69 1.12 1.20 0.66 1.66 0.61 0.73 1.48 1.73 0.86 0.85 1.34 1.12 1.38 2.20 1.62 1.65
O5' 0.36 1.40 0.49 0.30 1.37 0.91 0.85 1.42 0.62 0.67 1.70 1.84 0.66 0.63 1.66 0.85 1.16 2.21 1.46 1.48
OP1 0.60 1.43 0.39 0.48 1.67 1.02 1.22 1.41 0.97 0.90 1.84 1.67 0.40 0.70 2.03 1.01 1.16 2.12 1.33 1.38
OP2 0.90 2.18 1.14 0.74 2.27 0.44 1.61 0.75 1.22 1.39 2.57 2.55 1.17 0.96 2.62 0.49 0.67 1.64 1.10 0.94
P 0.50 1.55 0.44 0.27 1.71 0.85 1.22 1.29 0.93 0.90 1.94 1.86 0.46 0.56 2.06 0.87 1.06 2.09 1.29 1.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.08 0.03 0.01 0.11 0.29 0.31 0.12
C2 0.02 0.00 0.12 0.13 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.15 0.02 0.05 0.16 0.50 0.72 0.17
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.01 0.09 0.04 0.11 0.03 0.10 0.20 0.00 0.02 0.08 0.01 0.11 0.17 0.23 0.12
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.13 0.01 0.15 0.02 0.16 0.08 0.13 0.19 0.02 0.01 0.14 0.01 0.09 0.20 0.21 0.09
C4 0.02 0.01 0.06 0.13 0.00 0.07 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.02 0.14 0.12 0.01 0.04 0.28 0.71 1.16 0.32
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.10 0.04 0.05 0.08 0.10 0.02 0.07 0.00 0.02 0.14 0.24 0.03
C5 0.02 0.01 0.09 0.15 0.01 0.10 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.15 0.15 0.01 0.03 0.34 0.73 1.19 0.38
C5' 0.02 0.07 0.04 0.02 0.12 0.01 0.16 0.00 0.15 0.07 0.08 0.09 0.07 0.06 0.13 0.02 0.01 0.24 0.44 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.16 0.01 0.10 0.01 0.15 0.00 0.01 0.01 0.02 0.14 0.15 0.02 0.04 0.31 0.60 0.90 0.32
N1 0.01 0.01 0.03 0.08 0.02 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.06 0.02 0.02 0.19 0.47 0.65 0.19
N3 0.02 0.01 0.10 0.13 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.02 0.13 0.15 0.02 0.05 0.21 0.61 0.95 0.23
O2 0.04 0.01 0.20 0.19 0.02 0.08 0.02 0.09 0.02 0.02 0.02 0.00 0.17 0.24 0.03 0.07 0.12 0.44 0.58 0.13
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.14 0.10 0.15 0.07 0.14 0.07 0.13 0.17 0.00 0.05 0.15 0.07 0.07 0.18 0.20 0.09
O3' 0.08 0.15 0.02 0.01 0.12 0.02 0.15 0.06 0.15 0.06 0.15 0.24 0.05 0.00 0.15 0.05 0.16 0.43 0.44 0.17
O4 0.03 0.02 0.08 0.14 0.01 0.07 0.01 0.13 0.02 0.02 0.02 0.03 0.15 0.15 0.00 0.04 0.30 0.76 1.28 0.35
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.07 0.07 0.05 0.04 0.00 0.12 0.29 0.18 0.13
O5' 0.11 0.16 0.11 0.09 0.28 0.02 0.34 0.01 0.31 0.19 0.21 0.12 0.07 0.16 0.30 0.12 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.29 0.50 0.17 0.20 0.71 0.14 0.73 0.24 0.60 0.47 0.61 0.44 0.18 0.43 0.76 0.29 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.31 0.72 0.23 0.21 1.16 0.24 1.19 0.44 0.90 0.65 0.95 0.58 0.20 0.44 1.28 0.18 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.17 0.12 0.09 0.32 0.03 0.38 0.02 0.32 0.19 0.23 0.13 0.09 0.17 0.35 0.13 0.00 0.01 0.01 0.00