ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 1207

back

Distances from reference structure (by RMSD)

46, 145, 72, 30, 5, 2, 0, 0, 7, 46, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 2, 1, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N9 B 0, 0.017, 0.165, 0.312, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.165 std_dev=0.148
C1' B 0, 0.008, 0.173, 0.338, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.173 std_dev=0.165
C2 A 0, 0.040, 0.211, 0.381, 1.642 max_d=1.642 avg_d=0.211 std_dev=0.171
C2' B 0, 0.040, 0.214, 0.387, 1.597 max_d=1.597 avg_d=0.214 std_dev=0.174
N1 A 0, 0.055, 0.231, 0.406, 1.236 max_d=1.236 avg_d=0.231 std_dev=0.176
C4 B 0, -0.018, 0.198, 0.415, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.198 std_dev=0.216
N3 A 0, -0.021, 0.206, 0.432, 2.126 max_d=2.126 avg_d=0.206 std_dev=0.226
O2' B 0, 0.104, 0.333, 0.562, 1.644 max_d=1.644 avg_d=0.333 std_dev=0.229
C4 A 0, -0.023, 0.237, 0.497, 1.411 max_d=1.411 avg_d=0.237 std_dev=0.260
N3 B 0, -0.022, 0.279, 0.579, 2.173 max_d=2.173 avg_d=0.279 std_dev=0.300
C3' B 0, -0.018, 0.310, 0.637, 2.518 max_d=2.518 avg_d=0.310 std_dev=0.328
N2 A 0, 0.000, 0.333, 0.666, 3.634 max_d=3.634 avg_d=0.333 std_dev=0.333
O4' B 0, -0.067, 0.286, 0.639, 3.247 max_d=3.247 avg_d=0.286 std_dev=0.353
C6 A 0, 0.023, 0.382, 0.742, 3.184 max_d=3.184 avg_d=0.382 std_dev=0.359
C8 B 0, -0.044, 0.316, 0.675, 2.428 max_d=2.428 avg_d=0.316 std_dev=0.360
C5 A 0, 0.039, 0.400, 0.762, 2.692 max_d=2.692 avg_d=0.400 std_dev=0.362
N9 A 0, -0.042, 0.324, 0.689, 2.001 max_d=2.001 avg_d=0.324 std_dev=0.365
C5 B 0, -0.050, 0.344, 0.738, 2.019 max_d=2.019 avg_d=0.344 std_dev=0.394
C2 B 0, -0.084, 0.350, 0.784, 2.841 max_d=2.841 avg_d=0.350 std_dev=0.434
O3' B 0, 0.030, 0.466, 0.902, 2.676 max_d=2.676 avg_d=0.466 std_dev=0.436
C4' B 0, -0.073, 0.378, 0.829, 3.674 max_d=3.674 avg_d=0.378 std_dev=0.451
C1' A 0, -0.109, 0.351, 0.811, 2.634 max_d=2.634 avg_d=0.351 std_dev=0.460
C8 A 0, 0.057, 0.531, 1.004, 2.955 max_d=2.955 avg_d=0.531 std_dev=0.474
N7 B 0, -0.037, 0.445, 0.927, 2.875 max_d=2.875 avg_d=0.445 std_dev=0.482
O4' A 0, 0.019, 0.509, 1.000, 2.635 max_d=2.635 avg_d=0.509 std_dev=0.490
N1 B 0, -0.118, 0.395, 0.908, 2.499 max_d=2.499 avg_d=0.395 std_dev=0.513
C6 B 0, -0.068, 0.458, 0.985, 2.525 max_d=2.525 avg_d=0.458 std_dev=0.526
N7 A 0, 0.059, 0.588, 1.116, 4.445 max_d=4.445 avg_d=0.588 std_dev=0.528
O6 A 0, -0.016, 0.520, 1.056, 5.335 max_d=5.335 avg_d=0.520 std_dev=0.536
C4' A 0, 0.055, 0.595, 1.134, 3.279 max_d=3.279 avg_d=0.595 std_dev=0.540
C5' B 0, -0.082, 0.502, 1.086, 4.961 max_d=4.961 avg_d=0.502 std_dev=0.584
N2 B 0, -0.103, 0.488, 1.080, 4.504 max_d=4.504 avg_d=0.488 std_dev=0.591
C3' A 0, -0.072, 0.562, 1.196, 4.313 max_d=4.313 avg_d=0.562 std_dev=0.634
C2' A 0, -0.117, 0.526, 1.170, 3.192 max_d=3.192 avg_d=0.526 std_dev=0.643
O5' B 0, -0.076, 0.583, 1.243, 4.832 max_d=4.832 avg_d=0.583 std_dev=0.660
O6 B 0, -0.039, 0.653, 1.346, 3.391 max_d=3.391 avg_d=0.653 std_dev=0.693
C5' A 0, 0.041, 0.784, 1.528, 3.735 max_d=3.735 avg_d=0.784 std_dev=0.743
O5' A 0, 0.063, 0.818, 1.572, 3.816 max_d=3.816 avg_d=0.818 std_dev=0.755
P B 0, 0.055, 0.926, 1.796, 6.243 max_d=6.243 avg_d=0.926 std_dev=0.870
OP1 B 0, 0.209, 1.095, 1.981, 6.020 max_d=6.020 avg_d=1.095 std_dev=0.886
O3' A 0, -0.135, 0.880, 1.896, 6.518 max_d=6.518 avg_d=0.880 std_dev=1.015
P A 0, 0.001, 1.098, 2.196, 5.311 max_d=5.311 avg_d=1.098 std_dev=1.098
OP2 B 0, 0.061, 1.164, 2.267, 6.598 max_d=6.598 avg_d=1.164 std_dev=1.103
OP2 A 0, 0.024, 1.203, 2.382, 5.649 max_d=5.649 avg_d=1.203 std_dev=1.179
O2' A 0, -0.199, 1.040, 2.280, 4.385 max_d=4.385 avg_d=1.040 std_dev=1.239
OP1 A 0, -0.007, 1.333, 2.674, 6.330 max_d=6.330 avg_d=1.333 std_dev=1.341

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.30 0.01 0.22 0.03 0.19 0.42 0.25
C2 0.04 0.00 0.29 0.20 0.01 0.13 0.01 0.21 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.35 0.25 0.24 0.02 0.30 0.49 0.35
C2' 0.00 0.29 0.00 0.01 0.14 0.01 0.06 0.21 0.11 0.19 0.21 0.36 0.29 0.12 0.03 0.00 0.03 0.02 0.48 0.08 0.47 0.65 0.50
C3' 0.01 0.20 0.01 0.00 0.21 0.01 0.28 0.02 0.28 0.30 0.24 0.20 0.17 0.32 0.19 0.02 0.01 0.02 0.12 0.31 0.17 0.15 0.09
C4 0.02 0.01 0.14 0.21 0.00 0.04 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.19 0.13 0.23 0.02 0.27 0.47 0.30
C4' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.04 0.00 0.09 0.01 0.07 0.22 0.07 0.19 0.13 0.19 0.08 0.29 0.02 0.01 0.01 0.10 0.10 0.17 0.07
C5 0.01 0.01 0.06 0.28 0.00 0.09 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.11 0.05 0.26 0.02 0.30 0.46 0.30
C5' 0.09 0.21 0.21 0.02 0.15 0.01 0.17 0.00 0.18 0.22 0.19 0.26 0.21 0.23 0.12 0.08 0.22 0.02 0.01 0.20 0.15 0.13 0.02
C6 0.02 0.02 0.11 0.28 0.01 0.07 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.27 0.15 0.10 0.27 0.01 0.33 0.47 0.32
C8 0.02 0.01 0.19 0.30 0.01 0.22 0.01 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.44 0.16 0.16 0.27 0.02 0.26 0.42 0.24
N1 0.03 0.01 0.21 0.24 0.01 0.07 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.25 0.18 0.25 0.01 0.32 0.48 0.34
N2 0.05 0.01 0.36 0.20 0.01 0.19 0.01 0.26 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.33 0.45 0.30 0.26 0.02 0.32 0.50 0.37
N3 0.04 0.01 0.29 0.17 0.00 0.13 0.01 0.21 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.35 0.25 0.24 0.02 0.28 0.48 0.34
N7 0.01 0.01 0.12 0.32 0.01 0.19 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.45 0.16 0.10 0.31 0.03 0.32 0.45 0.29
N9 0.01 0.02 0.03 0.19 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.21 0.11 0.02 0.22 0.02 0.22 0.44 0.26
O2' 0.02 0.21 0.00 0.02 0.14 0.29 0.29 0.08 0.27 0.44 0.17 0.33 0.21 0.45 0.21 0.00 0.05 0.20 0.36 0.35 0.37 0.70 0.42
O3' 0.30 0.35 0.03 0.01 0.19 0.02 0.11 0.22 0.15 0.16 0.25 0.45 0.35 0.16 0.11 0.05 0.00 0.21 0.22 0.14 0.45 0.26 0.27
O4' 0.01 0.25 0.02 0.02 0.13 0.01 0.05 0.02 0.10 0.16 0.18 0.30 0.25 0.10 0.02 0.20 0.21 0.00 0.08 0.07 0.13 0.30 0.18
O5' 0.22 0.24 0.48 0.12 0.23 0.01 0.26 0.01 0.27 0.27 0.25 0.26 0.24 0.31 0.22 0.36 0.22 0.08 0.00 0.30 0.02 0.03 0.01
O6 0.03 0.02 0.08 0.31 0.02 0.10 0.02 0.20 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.35 0.14 0.07 0.30 0.00 0.36 0.47 0.33
OP1 0.19 0.30 0.47 0.17 0.27 0.10 0.30 0.15 0.33 0.26 0.32 0.32 0.28 0.32 0.22 0.37 0.45 0.13 0.02 0.36 0.00 0.02 0.01
OP2 0.42 0.49 0.65 0.15 0.47 0.17 0.46 0.13 0.47 0.42 0.48 0.50 0.48 0.45 0.44 0.70 0.26 0.30 0.03 0.47 0.02 0.00 0.01
P 0.25 0.35 0.50 0.09 0.30 0.07 0.30 0.02 0.32 0.24 0.34 0.37 0.34 0.29 0.26 0.42 0.27 0.18 0.01 0.33 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.25 0.86 0.16 0.16 0.61 0.19 0.79 0.17 0.97 0.58 1.00 0.96 0.62 0.77 0.45 0.18 0.33 0.24 0.31 1.10 0.36 0.62 0.36
C2 0.16 0.44 0.13 0.17 0.39 0.19 0.51 0.14 0.57 0.41 0.52 0.42 0.38 0.52 0.30 0.20 0.34 0.18 0.24 0.62 0.39 0.50 0.26
C2' 0.30 0.67 0.31 0.39 0.47 0.39 0.66 0.36 0.85 0.52 0.85 0.78 0.47 0.68 0.37 0.31 0.52 0.34 0.33 1.01 0.49 0.59 0.42
C3' 0.33 0.70 0.31 0.32 0.52 0.35 0.66 0.37 0.79 0.56 0.80 0.82 0.54 0.69 0.43 0.30 0.40 0.37 0.38 0.91 0.53 0.64 0.48
C4 0.24 0.74 0.16 0.16 0.58 0.19 0.75 0.18 0.88 0.57 0.87 0.73 0.57 0.73 0.44 0.16 0.32 0.24 0.32 0.96 0.41 0.63 0.37
C4' 0.28 0.77 0.22 0.18 0.57 0.22 0.75 0.21 0.91 0.58 0.91 0.86 0.59 0.75 0.45 0.23 0.32 0.27 0.32 1.05 0.40 0.63 0.39
C5 0.31 0.76 0.21 0.20 0.67 0.24 0.87 0.26 1.01 0.68 0.94 0.69 0.60 0.86 0.53 0.17 0.32 0.31 0.40 1.11 0.49 0.73 0.46
C5' 0.33 0.83 0.25 0.20 0.64 0.25 0.83 0.26 1.01 0.65 1.00 0.90 0.63 0.83 0.51 0.26 0.32 0.31 0.36 1.17 0.48 0.70 0.45
C6 0.32 0.60 0.24 0.24 0.61 0.26 0.81 0.28 0.88 0.67 0.76 0.53 0.51 0.83 0.52 0.21 0.34 0.31 0.41 0.97 0.51 0.74 0.47
C8 0.32 0.89 0.21 0.19 0.71 0.24 0.94 0.28 1.15 0.71 1.13 0.88 0.66 0.92 0.55 0.16 0.31 0.33 0.42 1.30 0.48 0.76 0.49
N1 0.22 0.43 0.16 0.20 0.44 0.20 0.58 0.18 0.62 0.50 0.54 0.38 0.37 0.61 0.37 0.16 0.34 0.21 0.30 0.68 0.44 0.60 0.35
N2 0.21 0.35 0.21 0.23 0.34 0.28 0.43 0.23 0.46 0.36 0.41 0.33 0.32 0.45 0.28 0.30 0.38 0.27 0.25 0.51 0.41 0.41 0.25
N3 0.18 0.60 0.14 0.17 0.46 0.19 0.60 0.14 0.69 0.46 0.67 0.62 0.48 0.59 0.34 0.19 0.34 0.19 0.25 0.76 0.37 0.53 0.28
N7 0.36 0.86 0.24 0.22 0.74 0.28 0.99 0.33 1.19 0.76 1.11 0.80 0.66 0.98 0.59 0.19 0.32 0.36 0.46 1.34 0.54 0.80 0.54
N9 0.27 0.85 0.17 0.16 0.63 0.20 0.82 0.20 1.00 0.61 1.01 0.88 0.63 0.80 0.47 0.16 0.31 0.26 0.34 1.11 0.41 0.67 0.40
O2' 0.32 1.08 0.27 0.28 0.78 0.28 1.04 0.24 1.31 0.75 1.35 1.18 0.75 1.00 0.58 0.29 0.48 0.30 0.36 1.50 0.30 0.68 0.42
O3' 0.55 0.86 0.48 0.48 0.70 0.54 0.79 0.55 0.87 0.71 0.89 0.99 0.74 0.81 0.63 0.45 0.55 0.57 0.56 0.95 0.50 0.74 0.60
O4' 0.36 0.87 0.30 0.27 0.66 0.29 0.83 0.26 1.00 0.64 1.01 0.94 0.68 0.81 0.52 0.32 0.39 0.33 0.40 1.13 0.41 0.69 0.42
O5' 0.37 0.88 0.28 0.25 0.68 0.31 0.88 0.35 1.08 0.70 1.08 0.93 0.67 0.88 0.55 0.27 0.33 0.38 0.45 1.25 0.57 0.79 0.54
O6 0.38 0.58 0.31 0.30 0.65 0.32 0.89 0.36 0.95 0.78 0.77 0.52 0.51 0.96 0.58 0.29 0.38 0.38 0.50 1.07 0.60 0.85 0.58
OP1 0.41 0.93 0.34 0.26 0.76 0.31 0.99 0.38 1.20 0.79 1.16 0.97 0.72 0.99 0.63 0.36 0.31 0.41 0.50 1.40 0.59 0.86 0.60
OP2 0.60 1.06 0.54 0.49 0.91 0.52 1.13 0.56 1.35 0.93 1.30 1.06 0.86 1.13 0.78 0.55 0.52 0.59 0.67 1.55 0.73 1.00 0.75
P 0.43 0.95 0.37 0.31 0.77 0.33 1.00 0.37 1.21 0.79 1.18 0.98 0.74 0.99 0.63 0.39 0.38 0.42 0.51 1.41 0.60 0.88 0.61

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.08 0.00 0.22 0.03 0.27 0.32 0.19
C2 0.03 0.00 0.07 0.06 0.01 0.08 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.13 0.16 0.09 0.29 0.02 0.30 0.50 0.30
C2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.07 0.06 0.06 0.06 0.08 0.06 0.06 0.03 0.00 0.02 0.01 0.21 0.07 0.41 0.40 0.27
C3' 0.02 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.06 0.05 0.08 0.06 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.09 0.06 0.45 0.30 0.24
C4 0.02 0.01 0.05 0.04 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.11 0.05 0.33 0.02 0.33 0.53 0.34
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.09 0.06 0.11 0.08 0.08 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.06 0.24 0.17 0.08
C5 0.02 0.01 0.05 0.04 0.00 0.05 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.09 0.04 0.40 0.02 0.41 0.67 0.44
C5' 0.05 0.10 0.07 0.01 0.11 0.01 0.15 0.00 0.15 0.19 0.12 0.11 0.09 0.20 0.11 0.06 0.04 0.02 0.01 0.18 0.17 0.18 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.05 0.01 0.05 0.01 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.13 0.11 0.06 0.40 0.01 0.42 0.69 0.45
C8 0.02 0.01 0.06 0.06 0.01 0.09 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.06 0.06 0.45 0.03 0.44 0.66 0.47
N1 0.03 0.01 0.06 0.05 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.14 0.07 0.35 0.01 0.36 0.61 0.38
N2 0.04 0.00 0.08 0.08 0.01 0.11 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.15 0.18 0.11 0.25 0.02 0.28 0.45 0.26
N3 0.03 0.00 0.06 0.06 0.00 0.08 0.01 0.09 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.15 0.09 0.27 0.02 0.28 0.45 0.27
N7 0.02 0.01 0.06 0.06 0.01 0.08 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.07 0.05 0.46 0.03 0.48 0.76 0.52
N9 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.11 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.07 0.02 0.34 0.03 0.33 0.50 0.33
O2' 0.02 0.13 0.00 0.02 0.09 0.04 0.11 0.06 0.13 0.12 0.13 0.15 0.11 0.13 0.06 0.00 0.05 0.03 0.20 0.15 0.49 0.50 0.31
O3' 0.08 0.16 0.02 0.01 0.11 0.02 0.09 0.04 0.11 0.06 0.14 0.18 0.15 0.07 0.07 0.05 0.00 0.06 0.10 0.11 0.50 0.31 0.25
O4' 0.00 0.09 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.06 0.06 0.07 0.11 0.09 0.05 0.02 0.03 0.06 0.00 0.17 0.06 0.15 0.24 0.15
O5' 0.22 0.29 0.21 0.09 0.33 0.02 0.40 0.01 0.40 0.45 0.35 0.25 0.27 0.46 0.34 0.20 0.10 0.17 0.00 0.43 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.07 0.06 0.02 0.06 0.02 0.18 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.15 0.11 0.06 0.43 0.00 0.48 0.76 0.50
OP1 0.27 0.30 0.41 0.45 0.33 0.24 0.41 0.17 0.42 0.44 0.36 0.28 0.28 0.48 0.33 0.49 0.50 0.15 0.02 0.48 0.00 0.01 0.01
OP2 0.32 0.50 0.40 0.30 0.53 0.17 0.67 0.18 0.69 0.66 0.61 0.45 0.45 0.76 0.50 0.50 0.31 0.24 0.02 0.76 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.30 0.27 0.24 0.34 0.08 0.44 0.02 0.45 0.47 0.38 0.26 0.27 0.52 0.33 0.31 0.25 0.15 0.01 0.50 0.01 0.01 0.00