ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 12095

back

Distances from reference structure (by RMSD)

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N9 A max_d=0.634 avg_d=0.275 std_dev=0.117
C4 A max_d=0.718 avg_d=0.294 std_dev=0.174
N9 B max_d=1.026 avg_d=0.354 std_dev=0.181
N3 B max_d=0.764 avg_d=0.351 std_dev=0.195
C8 A max_d=0.779 avg_d=0.378 std_dev=0.198
C1' B max_d=1.456 avg_d=0.287 std_dev=0.205
C4 B max_d=0.751 avg_d=0.335 std_dev=0.222
C5 A max_d=0.766 avg_d=0.350 std_dev=0.226
N7 A max_d=0.934 avg_d=0.457 std_dev=0.273
C8 B max_d=1.759 avg_d=0.496 std_dev=0.278
C2 B max_d=1.432 avg_d=0.490 std_dev=0.282
C2' A max_d=1.745 avg_d=0.641 std_dev=0.287
C5 B max_d=1.375 avg_d=0.487 std_dev=0.309
C3' A max_d=2.187 avg_d=0.826 std_dev=0.310
N2 B max_d=2.155 avg_d=0.622 std_dev=0.326
N7 B max_d=1.929 avg_d=0.577 std_dev=0.330
N3 A max_d=1.299 avg_d=0.601 std_dev=0.369
O3' A max_d=2.804 avg_d=1.042 std_dev=0.390
N1 B max_d=1.907 avg_d=0.578 std_dev=0.394
C6 B max_d=1.947 avg_d=0.596 std_dev=0.396
C6 A max_d=1.267 avg_d=0.586 std_dev=0.407
C1' A max_d=1.430 avg_d=0.574 std_dev=0.408
O6 B max_d=2.728 avg_d=0.754 std_dev=0.453
C2 A max_d=1.647 avg_d=0.744 std_dev=0.485
N1 A max_d=1.654 avg_d=0.730 std_dev=0.508
N6 A max_d=1.638 avg_d=0.816 std_dev=0.532
O4' A max_d=2.368 avg_d=0.949 std_dev=0.546
C4' A max_d=2.289 avg_d=1.116 std_dev=0.554
O2' A max_d=3.232 avg_d=1.005 std_dev=0.592
C5' A max_d=5.113 avg_d=1.570 std_dev=0.787
C3' B max_d=3.787 avg_d=1.254 std_dev=0.853
O5' A max_d=6.106 avg_d=1.418 std_dev=0.885
O3' B max_d=4.514 avg_d=1.314 std_dev=0.940
C4' B max_d=2.957 avg_d=1.420 std_dev=1.053
O4' B max_d=2.727 avg_d=1.343 std_dev=1.082
C2' B max_d=3.058 avg_d=1.458 std_dev=1.116
OP2 A max_d=8.634 avg_d=2.097 std_dev=1.122
P A max_d=8.620 avg_d=1.618 std_dev=1.228
OP1 A max_d=10.018 avg_d=3.280 std_dev=1.655
O2' B max_d=4.863 avg_d=2.444 std_dev=1.903
C5' B max_d=5.880 avg_d=2.764 std_dev=2.282
O5' B max_d=7.045 avg_d=3.274 std_dev=2.990
P B max_d=10.081 avg_d=4.482 std_dev=4.463
OP1 B max_d=11.613 avg_d=5.203 std_dev=5.155
OP2 B max_d=11.372 avg_d=4.962 std_dev=5.236

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.00 0.10 0.25 0.26 0.14
C2 0.04 0.00 0.18 0.22 0.01 0.17 0.01 0.35 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.27 0.14 0.52 0.90 0.59 0.67
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.09 0.01 0.04 0.06 0.07 0.11 0.12 0.19 0.05 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01 0.13 0.15 0.15 0.14
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.12 0.00 0.11 0.02 0.12 0.19 0.17 0.22 0.13 0.17 0.08 0.02 0.01 0.01 0.12 0.13 0.15 0.10
C4 0.02 0.01 0.09 0.12 0.00 0.08 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.13 0.07 0.30 0.56 0.36 0.40
C4' 0.01 0.17 0.01 0.00 0.08 0.00 0.06 0.01 0.07 0.13 0.13 0.17 0.07 0.11 0.04 0.10 0.02 0.00 0.01 0.17 0.18 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.11 0.00 0.06 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.10 0.03 0.23 0.57 0.33 0.36
C5' 0.04 0.35 0.06 0.02 0.18 0.01 0.15 0.00 0.19 0.21 0.28 0.33 0.18 0.19 0.10 0.05 0.07 0.01 0.01 0.24 0.17 0.01
C6 0.02 0.01 0.07 0.12 0.01 0.07 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.14 0.06 0.30 0.69 0.38 0.45
C8 0.01 0.01 0.11 0.19 0.00 0.13 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.15 0.09 0.24 0.42 0.40 0.31
N1 0.03 0.00 0.12 0.17 0.01 0.13 0.01 0.28 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.21 0.10 0.43 0.85 0.51 0.59
N3 0.04 0.00 0.19 0.22 0.00 0.17 0.01 0.33 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.26 0.14 0.49 0.76 0.53 0.59
N6 0.02 0.01 0.05 0.13 0.01 0.07 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.13 0.04 0.26 0.69 0.37 0.43
N7 0.01 0.01 0.08 0.17 0.01 0.11 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.14 0.06 0.23 0.50 0.41 0.34
N9 0.00 0.01 0.02 0.08 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.05 0.01 0.15 0.37 0.27 0.23
O2' 0.01 0.14 0.00 0.02 0.07 0.10 0.09 0.05 0.09 0.12 0.11 0.14 0.10 0.12 0.06 0.00 0.04 0.07 0.07 0.12 0.16 0.08
O3' 0.08 0.27 0.02 0.01 0.13 0.02 0.10 0.07 0.14 0.15 0.21 0.26 0.13 0.14 0.05 0.04 0.00 0.06 0.16 0.30 0.28 0.15
O4' 0.00 0.14 0.01 0.01 0.07 0.00 0.03 0.01 0.06 0.09 0.10 0.14 0.04 0.06 0.01 0.07 0.06 0.00 0.08 0.26 0.35 0.11
O5' 0.10 0.52 0.13 0.12 0.30 0.01 0.23 0.01 0.30 0.24 0.43 0.49 0.26 0.23 0.15 0.07 0.16 0.08 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.25 0.90 0.15 0.13 0.56 0.17 0.57 0.24 0.69 0.42 0.85 0.76 0.69 0.50 0.37 0.12 0.30 0.26 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.26 0.59 0.15 0.15 0.36 0.18 0.33 0.17 0.38 0.40 0.51 0.53 0.37 0.41 0.27 0.16 0.28 0.35 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.14 0.67 0.14 0.10 0.40 0.03 0.36 0.01 0.45 0.31 0.59 0.59 0.43 0.34 0.23 0.08 0.15 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.50 0.73 0.80 0.93 0.62 1.18 0.67 2.01 0.78 0.54 0.80 0.76 0.65 0.61 0.55 0.30 0.48 0.97 2.51 0.86 4.29 3.00 3.15
C2 0.57 1.15 0.85 0.86 0.97 1.04 1.13 1.73 1.30 0.75 1.27 1.16 1.00 1.03 0.76 0.39 0.45 0.94 2.22 1.40 3.59 2.44 2.63
C2' 0.52 0.73 0.96 1.03 0.63 1.16 0.69 2.03 0.80 0.58 0.80 0.74 0.65 0.65 0.57 0.49 0.49 0.89 2.65 0.88 4.58 3.25 3.38
C3' 0.35 0.56 0.77 0.85 0.44 0.93 0.50 1.74 0.62 0.38 0.64 0.59 0.46 0.44 0.37 0.39 0.47 0.64 2.34 0.73 4.26 2.87 3.02
C4 0.33 0.74 0.58 0.68 0.56 0.84 0.66 1.52 0.84 0.39 0.85 0.78 0.60 0.54 0.41 0.22 0.45 0.69 1.97 0.98 3.52 2.19 2.42
C4' 0.39 0.53 0.75 0.93 0.43 1.10 0.46 1.92 0.56 0.39 0.59 0.57 0.45 0.41 0.39 0.29 0.61 0.82 2.42 0.65 4.26 2.95 3.08
C5 0.24 0.51 0.27 0.43 0.25 0.47 0.36 0.96 0.61 0.23 0.65 0.57 0.33 0.21 0.17 0.34 0.56 0.35 1.32 0.80 2.71 1.32 1.63
C5' 0.33 0.34 0.59 0.84 0.23 0.93 0.23 1.64 0.36 0.28 0.41 0.40 0.26 0.21 0.26 0.37 0.79 0.63 2.06 0.46 3.82 2.48 2.63
C6 0.32 0.58 0.24 0.42 0.25 0.38 0.40 0.72 0.74 0.30 0.76 0.65 0.35 0.19 0.19 0.41 0.64 0.31 1.03 0.99 2.24 0.93 1.24
C8 0.22 0.39 0.30 0.46 0.19 0.55 0.25 1.12 0.43 0.22 0.48 0.45 0.25 0.18 0.17 0.34 0.53 0.40 1.51 0.56 3.05 1.59 1.90
N1 0.26 0.97 0.44 0.51 0.68 0.58 0.90 1.08 1.18 0.33 1.15 1.00 0.75 0.69 0.39 0.23 0.50 0.50 1.47 1.37 2.67 1.47 1.74
N3 0.61 1.04 0.91 0.96 0.89 1.17 1.00 1.94 1.14 0.73 1.13 1.06 0.92 0.92 0.73 0.41 0.48 1.02 2.46 1.24 4.02 2.83 2.98
N6 0.68 0.31 0.53 0.64 0.27 0.56 0.22 0.46 0.42 0.77 0.50 0.41 0.16 0.56 0.57 0.74 0.88 0.57 0.51 0.74 1.38 0.52 0.54
N7 0.36 0.32 0.26 0.41 0.17 0.37 0.19 0.76 0.36 0.36 0.42 0.39 0.19 0.24 0.27 0.50 0.65 0.29 1.09 0.51 2.48 1.02 1.36
N9 0.31 0.61 0.56 0.68 0.45 0.86 0.53 1.57 0.68 0.34 0.71 0.66 0.49 0.43 0.35 0.21 0.45 0.69 2.03 0.80 3.67 2.30 2.53
O2' 0.79 0.91 1.25 1.34 0.86 1.54 0.90 2.52 0.95 0.83 0.95 0.92 0.86 0.87 0.82 0.71 0.64 1.24 3.17 1.01 5.20 3.99 4.03
O3' 0.41 0.58 0.91 0.95 0.48 0.98 0.54 1.83 0.65 0.44 0.66 0.60 0.50 0.50 0.43 0.54 0.45 0.66 2.50 0.74 4.52 3.13 3.26
O4' 0.44 0.62 0.71 0.91 0.51 1.15 0.54 1.96 0.64 0.45 0.68 0.66 0.54 0.48 0.45 0.24 0.59 0.93 2.39 0.72 4.14 2.86 3.00
O5' 0.48 0.38 0.54 0.80 0.31 0.78 0.29 1.29 0.37 0.41 0.43 0.43 0.33 0.31 0.39 0.53 0.96 0.54 1.65 0.46 3.26 1.91 2.10
OP1 1.11 0.93 1.07 1.31 0.95 1.24 0.89 1.45 0.87 1.01 0.90 0.95 0.96 0.92 1.02 1.17 1.57 1.08 1.59 0.85 2.91 1.73 1.88
OP2 0.81 0.78 0.86 1.05 0.71 0.92 0.67 1.07 0.74 0.72 0.80 0.84 0.74 0.65 0.74 0.93 1.28 0.76 1.24 0.79 2.47 1.28 1.43
P 0.82 0.62 0.78 1.02 0.65 0.93 0.60 1.17 0.58 0.75 0.62 0.65 0.64 0.65 0.73 0.91 1.31 0.77 1.35 0.60 2.73 1.48 1.65

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.18 0.00 0.16 0.02 0.23 0.35 0.19
C2 0.03 0.00 0.51 0.54 0.01 0.62 0.01 1.24 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.33 0.21 0.39 1.76 0.01 1.74 3.13 2.37
C2' 0.00 0.51 0.00 0.01 0.25 0.01 0.12 0.11 0.22 0.25 0.39 0.61 0.50 0.14 0.03 0.00 0.03 0.02 0.35 0.17 0.37 0.56 0.36
C3' 0.02 0.54 0.01 0.00 0.29 0.01 0.23 0.03 0.31 0.28 0.44 0.67 0.51 0.24 0.13 0.02 0.01 0.02 0.19 0.29 0.22 0.13 0.16
C4 0.02 0.01 0.25 0.29 0.00 0.28 0.01 0.53 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.11 0.20 0.76 0.01 0.43 1.51 1.02
C4' 0.01 0.62 0.01 0.01 0.28 0.00 0.14 0.01 0.25 0.30 0.46 0.78 0.59 0.20 0.05 0.16 0.02 0.00 0.02 0.19 0.22 0.22 0.02
C5 0.01 0.01 0.12 0.23 0.01 0.14 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.11 0.06 0.37 0.01 0.36 1.13 0.60
C5' 0.05 1.24 0.11 0.03 0.53 0.01 0.25 0.00 0.49 0.56 0.94 1.61 1.14 0.38 0.08 0.09 0.12 0.02 0.01 0.36 0.36 0.44 0.02
C6 0.02 0.01 0.22 0.31 0.01 0.25 0.01 0.49 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.27 0.14 0.14 0.70 0.00 0.37 1.74 1.07
C8 0.01 0.01 0.25 0.28 0.01 0.30 0.01 0.56 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.13 0.14 0.23 0.79 0.03 1.45 0.44 0.79
N1 0.03 0.01 0.39 0.44 0.01 0.46 0.01 0.94 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.32 0.18 0.28 1.33 0.01 1.16 2.65 1.88
N2 0.04 0.00 0.61 0.67 0.01 0.78 0.01 1.61 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.36 0.26 0.49 2.29 0.02 2.58 4.04 3.13
N3 0.03 0.01 0.50 0.51 0.01 0.59 0.01 1.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.29 0.18 0.40 1.61 0.01 1.45 2.61 2.03
N7 0.01 0.01 0.14 0.24 0.01 0.20 0.00 0.38 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.17 0.13 0.14 0.54 0.03 1.28 0.30 0.52
N9 0.00 0.02 0.03 0.13 0.01 0.05 0.01 0.08 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.12 0.09 0.02 0.19 0.02 0.46 0.54 0.25
O2' 0.02 0.33 0.00 0.02 0.22 0.16 0.22 0.09 0.27 0.13 0.32 0.36 0.29 0.17 0.12 0.00 0.06 0.11 0.23 0.27 0.26 0.65 0.25
O3' 0.18 0.21 0.03 0.01 0.11 0.02 0.11 0.12 0.14 0.14 0.18 0.26 0.18 0.13 0.09 0.06 0.00 0.12 0.11 0.16 0.29 0.18 0.12
O4' 0.00 0.39 0.02 0.02 0.20 0.00 0.06 0.02 0.14 0.23 0.28 0.49 0.40 0.14 0.02 0.11 0.12 0.00 0.12 0.09 0.14 0.11 0.14
O5' 0.16 1.76 0.35 0.19 0.76 0.02 0.37 0.01 0.70 0.79 1.33 2.29 1.61 0.54 0.19 0.23 0.11 0.12 0.00 0.51 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.17 0.29 0.01 0.19 0.01 0.36 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.27 0.16 0.09 0.51 0.00 0.33 1.52 0.84
OP1 0.23 1.74 0.37 0.22 0.43 0.22 0.36 0.36 0.37 1.45 1.16 2.58 1.45 1.28 0.46 0.26 0.29 0.14 0.02 0.33 0.00 0.02 0.01
OP2 0.35 3.13 0.56 0.13 1.51 0.22 1.13 0.44 1.74 0.44 2.65 4.04 2.61 0.30 0.54 0.65 0.18 0.11 0.02 1.52 0.02 0.00 0.01
P 0.19 2.37 0.36 0.16 1.02 0.02 0.60 0.02 1.07 0.79 1.88 3.13 2.03 0.52 0.25 0.25 0.12 0.14 0.01 0.84 0.01 0.01 0.00