ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 12098

back

Distances from reference structure (by RMSD)

7, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, -0.004, 0.058, 0.121, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.058 std_dev=0.062
O2 A 0, 0.010, 0.088, 0.166, 0.280 max_d=0.280 avg_d=0.088 std_dev=0.078
C6 A 0, -0.022, 0.106, 0.234, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.106 std_dev=0.128
N3 B 0, -0.005, 0.123, 0.251, 0.464 max_d=0.464 avg_d=0.123 std_dev=0.128
C6 B 0, -0.028, 0.130, 0.287, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.130 std_dev=0.157
N1 B 0, -0.069, 0.097, 0.262, 0.574 max_d=0.574 avg_d=0.097 std_dev=0.165
N1 A 0, -0.071, 0.105, 0.282, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.105 std_dev=0.177
C5 A 0, -0.069, 0.141, 0.351, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.141 std_dev=0.210
C2 B 0, -0.057, 0.175, 0.408, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.175 std_dev=0.232
N3 A 0, -0.152, 0.183, 0.518, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.183 std_dev=0.335
C4 B 0, -0.140, 0.199, 0.538, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.199 std_dev=0.339
C5 B 0, -0.132, 0.246, 0.625, 1.283 max_d=1.283 avg_d=0.246 std_dev=0.379
C4 A 0, -0.211, 0.221, 0.654, 1.411 max_d=1.411 avg_d=0.221 std_dev=0.433
C1' B 0, -0.197, 0.248, 0.693, 1.475 max_d=1.475 avg_d=0.248 std_dev=0.445
O2 B 0, -0.123, 0.359, 0.841, 1.710 max_d=1.710 avg_d=0.359 std_dev=0.482
O4 B 0, -0.166, 0.328, 0.821, 1.716 max_d=1.716 avg_d=0.328 std_dev=0.493
C1' A 0, -0.226, 0.269, 0.764, 1.635 max_d=1.635 avg_d=0.269 std_dev=0.495
O4' B 0, -0.251, 0.323, 0.896, 1.877 max_d=1.877 avg_d=0.323 std_dev=0.574
C2' B 0, -0.220, 0.362, 0.943, 1.909 max_d=1.909 avg_d=0.362 std_dev=0.581
O4' A 0, -0.287, 0.358, 1.004, 2.102 max_d=2.102 avg_d=0.358 std_dev=0.645
OP2 A 0, -0.152, 0.505, 1.161, 1.847 max_d=1.847 avg_d=0.505 std_dev=0.656
C2' A 0, -0.291, 0.378, 1.047, 2.212 max_d=2.212 avg_d=0.378 std_dev=0.669
O4 A 0, -0.326, 0.356, 1.038, 2.230 max_d=2.230 avg_d=0.356 std_dev=0.682
C3' A 0, -0.319, 0.418, 1.155, 2.423 max_d=2.423 avg_d=0.418 std_dev=0.737
P A 0, -0.248, 0.515, 1.279, 2.395 max_d=2.395 avg_d=0.515 std_dev=0.764
C5' A 0, -0.274, 0.494, 1.262, 2.442 max_d=2.442 avg_d=0.494 std_dev=0.768
C4' A 0, -0.345, 0.446, 1.236, 2.555 max_d=2.555 avg_d=0.446 std_dev=0.790
O5' A 0, -0.273, 0.542, 1.356, 2.831 max_d=2.831 avg_d=0.542 std_dev=0.815
C4' B 0, -0.429, 0.468, 1.365, 3.040 max_d=3.040 avg_d=0.468 std_dev=0.897
O2' A 0, -0.353, 0.557, 1.467, 3.043 max_d=3.043 avg_d=0.557 std_dev=0.910
OP1 A 0, -0.319, 0.659, 1.636, 3.109 max_d=3.109 avg_d=0.659 std_dev=0.978
C3' B 0, -0.498, 0.497, 1.491, 3.436 max_d=3.436 avg_d=0.497 std_dev=0.995
O3' A 0, -0.434, 0.589, 1.613, 3.386 max_d=3.386 avg_d=0.589 std_dev=1.023
C5' B 0, -0.510, 0.583, 1.676, 3.708 max_d=3.708 avg_d=0.583 std_dev=1.093
O2' B 0, -0.526, 0.724, 1.975, 3.743 max_d=3.743 avg_d=0.724 std_dev=1.250
O5' B 0, -0.672, 0.669, 2.011, 4.602 max_d=4.602 avg_d=0.669 std_dev=1.342
P B 0, -0.606, 0.785, 2.176, 4.659 max_d=4.659 avg_d=0.785 std_dev=1.391
OP2 B 0, -0.487, 1.024, 2.535, 4.144 max_d=4.144 avg_d=1.024 std_dev=1.511
O3' B 0, -0.746, 0.791, 2.328, 5.209 max_d=5.209 avg_d=0.791 std_dev=1.537
OP1 B 0, -0.689, 1.043, 2.774, 5.787 max_d=5.787 avg_d=1.043 std_dev=1.731

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.07 0.40 0.16
C2 0.02 0.00 0.03 0.05 0.01 0.03 0.02 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.05 0.02 0.02 0.09 0.22 0.54 0.28
C2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.05 0.01 0.09 0.05 0.34 0.07
C3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.07 0.04 0.05 0.05 0.02 0.01 0.08 0.01 0.18 0.11 0.25 0.04
C4 0.03 0.01 0.04 0.07 0.00 0.07 0.00 0.14 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.03 0.13 0.38 0.58 0.37
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.07 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.04 0.04 0.05 0.02 0.08 0.00 0.01 0.07 0.26 0.04
C5 0.02 0.02 0.04 0.08 0.00 0.07 0.00 0.14 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.10 0.01 0.02 0.13 0.38 0.57 0.37
C5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.14 0.00 0.14 0.00 0.12 0.07 0.11 0.06 0.05 0.03 0.16 0.01 0.01 0.08 0.19 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.07 0.01 0.06 0.00 0.12 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.09 0.02 0.02 0.11 0.27 0.52 0.30
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03 0.01 0.08 0.18 0.49 0.25
N3 0.02 0.00 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.02 0.02 0.11 0.31 0.58 0.33
O2 0.04 0.01 0.04 0.05 0.01 0.04 0.02 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.07 0.06 0.02 0.04 0.08 0.17 0.52 0.25
O2' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.02 0.05 0.07 0.00 0.02 0.05 0.04 0.07 0.12 0.31 0.06
O3' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.09 0.02 0.10 0.03 0.09 0.05 0.06 0.06 0.02 0.00 0.10 0.02 0.23 0.22 0.18 0.12
O4 0.03 0.02 0.05 0.08 0.01 0.08 0.01 0.16 0.02 0.03 0.02 0.02 0.05 0.10 0.00 0.03 0.15 0.44 0.57 0.39
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.04 0.02 0.03 0.00 0.11 0.06 0.33 0.13
O5' 0.04 0.09 0.09 0.18 0.13 0.01 0.13 0.01 0.11 0.08 0.11 0.08 0.07 0.23 0.15 0.11 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.07 0.22 0.05 0.11 0.38 0.07 0.38 0.08 0.27 0.18 0.31 0.17 0.12 0.22 0.44 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.40 0.54 0.34 0.25 0.58 0.26 0.57 0.19 0.52 0.49 0.58 0.52 0.31 0.18 0.57 0.33 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.28 0.07 0.04 0.37 0.04 0.37 0.01 0.30 0.25 0.33 0.25 0.06 0.12 0.39 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.12 0.33 0.31 0.12 0.36 0.08 0.28 0.08 0.14 0.06 0.24 0.52 0.82 0.20 0.32 0.20 0.62 1.00 0.50
C2 0.21 0.16 0.31 0.19 0.08 0.15 0.05 0.10 0.07 0.14 0.06 0.27 0.58 0.69 0.17 0.15 0.05 0.70 0.73 0.36
C2' 0.22 0.25 0.37 0.14 0.17 0.09 0.14 0.17 0.12 0.18 0.22 0.39 0.51 0.40 0.19 0.14 0.23 0.55 0.86 0.37
C3' 0.21 0.25 0.38 0.09 0.17 0.12 0.15 0.21 0.13 0.17 0.21 0.37 0.58 0.48 0.18 0.18 0.32 0.59 0.87 0.43
C4 0.28 0.21 0.39 0.29 0.09 0.20 0.07 0.13 0.10 0.19 0.10 0.33 0.74 0.85 0.19 0.18 0.08 0.68 0.61 0.29
C4' 0.16 0.07 0.31 0.36 0.13 0.44 0.13 0.42 0.12 0.09 0.10 0.15 0.57 0.90 0.19 0.38 0.24 0.53 1.10 0.51
C5 0.31 0.21 0.40 0.38 0.08 0.32 0.06 0.18 0.10 0.20 0.08 0.34 0.70 0.98 0.20 0.27 0.09 0.65 0.72 0.35
C5' 0.23 0.08 0.34 0.48 0.12 0.55 0.12 0.51 0.13 0.13 0.09 0.14 0.58 1.08 0.19 0.45 0.28 0.51 1.09 0.52
C6 0.29 0.18 0.38 0.39 0.10 0.36 0.06 0.23 0.10 0.18 0.06 0.31 0.62 0.97 0.21 0.30 0.12 0.63 0.82 0.40
N1 0.25 0.15 0.33 0.30 0.10 0.28 0.06 0.18 0.08 0.15 0.05 0.27 0.56 0.84 0.20 0.25 0.10 0.65 0.84 0.41
N3 0.23 0.19 0.34 0.20 0.08 0.13 0.06 0.14 0.08 0.16 0.10 0.30 0.68 0.72 0.17 0.12 0.09 0.71 0.62 0.30
O2 0.16 0.13 0.25 0.11 0.07 0.07 0.05 0.12 0.05 0.11 0.05 0.21 0.49 0.51 0.15 0.08 0.08 0.73 0.74 0.37
O2' 0.30 0.33 0.47 0.21 0.23 0.08 0.20 0.14 0.16 0.23 0.26 0.54 0.68 0.28 0.26 0.11 0.15 0.54 1.04 0.43
O3' 0.43 0.40 0.56 0.28 0.21 0.25 0.20 0.32 0.21 0.32 0.29 0.60 0.83 0.24 0.23 0.32 0.54 0.77 0.91 0.59
O4 0.28 0.22 0.41 0.28 0.11 0.16 0.10 0.15 0.11 0.19 0.12 0.34 0.81 0.84 0.20 0.14 0.12 0.68 0.52 0.23
O4' 0.36 0.19 0.42 0.53 0.12 0.58 0.10 0.50 0.15 0.22 0.07 0.31 0.63 1.09 0.22 0.50 0.36 0.61 1.13 0.59
O5' 0.22 0.09 0.32 0.43 0.14 0.49 0.10 0.43 0.07 0.11 0.09 0.18 0.53 1.04 0.23 0.40 0.23 0.52 1.03 0.48
OP1 0.30 0.09 0.36 0.61 0.18 0.66 0.13 0.60 0.14 0.17 0.12 0.15 0.58 1.28 0.29 0.52 0.33 0.56 1.10 0.56
OP2 0.17 0.35 0.30 0.10 0.56 0.22 0.48 0.32 0.37 0.30 0.50 0.28 0.42 0.76 0.66 0.28 0.44 0.57 0.55 0.45
P 0.20 0.07 0.33 0.46 0.28 0.49 0.19 0.40 0.08 0.06 0.21 0.12 0.56 1.12 0.41 0.37 0.20 0.48 0.90 0.42

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.05 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.29 0.03 0.01 0.23 0.38 0.64 0.35
C2 0.01 0.00 0.11 0.09 0.01 0.08 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.30 0.03 0.09 0.09 0.63 0.71 0.38
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.03 0.01 0.09 0.17 0.12 0.02 0.07 0.20 0.01 0.03 0.03 0.02 0.52 0.47 0.59 0.50
C3' 0.02 0.09 0.00 0.00 0.27 0.01 0.35 0.02 0.33 0.16 0.17 0.08 0.01 0.01 0.29 0.02 0.26 0.24 0.19 0.16
C4 0.03 0.01 0.03 0.27 0.00 0.12 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.31 0.11 0.00 0.04 0.31 1.16 1.01 0.74
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.12 0.00 0.12 0.01 0.11 0.07 0.10 0.07 0.22 0.02 0.13 0.01 0.02 0.38 0.29 0.09
C5 0.03 0.01 0.09 0.35 0.00 0.12 0.00 0.09 0.00 0.02 0.01 0.01 0.29 0.25 0.02 0.10 0.50 1.34 1.17 0.96
C5' 0.05 0.13 0.17 0.02 0.12 0.01 0.09 0.00 0.09 0.05 0.15 0.16 0.07 0.18 0.14 0.02 0.01 0.31 0.27 0.01
C6 0.02 0.01 0.12 0.33 0.01 0.11 0.00 0.09 0.00 0.01 0.02 0.02 0.24 0.23 0.01 0.12 0.53 1.14 1.09 0.89
N1 0.01 0.01 0.02 0.16 0.01 0.07 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.03 0.18 0.14 0.02 0.02 0.27 0.71 0.82 0.54
N3 0.01 0.00 0.07 0.17 0.01 0.10 0.01 0.15 0.02 0.01 0.00 0.02 0.31 0.20 0.03 0.07 0.14 0.86 0.81 0.50
O2 0.04 0.01 0.20 0.08 0.02 0.07 0.01 0.16 0.02 0.03 0.02 0.00 0.32 0.52 0.05 0.15 0.13 0.44 0.52 0.21
O2' 0.01 0.26 0.01 0.01 0.31 0.22 0.29 0.07 0.24 0.18 0.31 0.32 0.00 0.03 0.34 0.15 0.31 0.44 0.36 0.31
O3' 0.29 0.30 0.03 0.01 0.11 0.02 0.25 0.18 0.23 0.14 0.20 0.52 0.03 0.00 0.12 0.19 0.14 0.68 0.20 0.31
O4 0.03 0.03 0.03 0.29 0.00 0.13 0.02 0.14 0.01 0.02 0.03 0.05 0.34 0.12 0.00 0.05 0.30 1.25 1.04 0.77
O4' 0.01 0.09 0.02 0.02 0.04 0.01 0.10 0.02 0.12 0.02 0.07 0.15 0.15 0.19 0.05 0.00 0.05 0.19 0.58 0.17
O5' 0.23 0.09 0.52 0.26 0.31 0.02 0.50 0.01 0.53 0.27 0.14 0.13 0.31 0.14 0.30 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.38 0.63 0.47 0.24 1.16 0.38 1.34 0.31 1.14 0.71 0.86 0.44 0.44 0.68 1.25 0.19 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.64 0.71 0.59 0.19 1.01 0.29 1.17 0.27 1.09 0.82 0.81 0.52 0.36 0.20 1.04 0.58 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.35 0.38 0.50 0.16 0.74 0.09 0.96 0.01 0.89 0.54 0.50 0.21 0.31 0.31 0.77 0.17 0.00 0.00 0.01 0.00