ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 1216

back

Distances from reference structure (by RMSD)

36, 15, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 7, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 16,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' B 0, -0.150, 0.545, 1.239, 2.362 max_d=2.362 avg_d=0.545 std_dev=0.694
N1 B 0, -0.225, 0.485, 1.195, 2.089 max_d=2.089 avg_d=0.485 std_dev=0.710
N3 A 0, -0.230, 0.630, 1.490, 2.534 max_d=2.534 avg_d=0.630 std_dev=0.860
O4' B 0, -0.147, 0.793, 1.732, 2.863 max_d=2.863 avg_d=0.793 std_dev=0.939
C2 A 0, -0.251, 0.717, 1.684, 2.721 max_d=2.721 avg_d=0.717 std_dev=0.967
C6 B 0, -0.297, 0.790, 1.877, 3.009 max_d=3.009 avg_d=0.790 std_dev=1.087
C4 A 0, -0.433, 0.659, 1.751, 3.084 max_d=3.084 avg_d=0.659 std_dev=1.092
N1 A 0, -0.403, 0.749, 1.901, 3.187 max_d=3.187 avg_d=0.749 std_dev=1.152
N2 A 0, -0.200, 0.968, 2.136, 3.134 max_d=3.134 avg_d=0.968 std_dev=1.168
C6 A 0, -0.362, 0.846, 2.053, 3.357 max_d=3.357 avg_d=0.846 std_dev=1.207
C5 A 0, -0.375, 0.848, 2.071, 3.330 max_d=3.330 avg_d=0.848 std_dev=1.223
C2 B 0, -0.345, 0.942, 2.230, 3.479 max_d=3.479 avg_d=0.942 std_dev=1.287
C4' B 0, -0.184, 1.201, 2.586, 3.630 max_d=3.630 avg_d=1.201 std_dev=1.385
O6 A 0, -0.344, 1.062, 2.467, 3.873 max_d=3.873 avg_d=1.062 std_dev=1.406
N9 A 0, -0.530, 0.879, 2.287, 4.019 max_d=4.019 avg_d=0.879 std_dev=1.409
C2' B 0, -0.324, 1.120, 2.565, 3.841 max_d=3.841 avg_d=1.120 std_dev=1.444
N7 A 0, -0.388, 1.169, 2.727, 4.223 max_d=4.223 avg_d=1.169 std_dev=1.557
O2 B 0, -0.321, 1.238, 2.798, 3.783 max_d=3.783 avg_d=1.238 std_dev=1.560
C1' A 0, -0.638, 0.949, 2.537, 4.451 max_d=4.451 avg_d=0.949 std_dev=1.588
C3' B 0, -0.339, 1.330, 3.000, 4.507 max_d=4.507 avg_d=1.330 std_dev=1.669
C8 A 0, -0.475, 1.196, 2.867, 4.783 max_d=4.783 avg_d=1.196 std_dev=1.671
C5' B 0, -0.165, 1.521, 3.208, 4.986 max_d=4.986 avg_d=1.521 std_dev=1.686
O2' B 0, -0.353, 1.432, 3.218, 4.868 max_d=4.868 avg_d=1.432 std_dev=1.786
C5 B 0, -0.634, 1.221, 3.077, 5.086 max_d=5.086 avg_d=1.221 std_dev=1.856
N3 B 0, -0.631, 1.288, 3.207, 5.219 max_d=5.219 avg_d=1.288 std_dev=1.919
O2' A 0, -0.590, 1.366, 3.323, 5.554 max_d=5.554 avg_d=1.366 std_dev=1.957
C2' A 0, -0.780, 1.254, 3.289, 5.704 max_d=5.704 avg_d=1.254 std_dev=2.035
O4' A 0, -0.792, 1.290, 3.371, 6.214 max_d=6.214 avg_d=1.290 std_dev=2.082
O5' B 0, -0.329, 1.771, 3.871, 6.292 max_d=6.292 avg_d=1.771 std_dev=2.100
C4 B 0, -0.959, 1.282, 3.522, 6.026 max_d=6.026 avg_d=1.282 std_dev=2.241
O3' B 0, -0.548, 1.924, 4.396, 6.545 max_d=6.545 avg_d=1.924 std_dev=2.472
C4' A 0, -1.084, 1.609, 4.302, 7.862 max_d=7.862 avg_d=1.609 std_dev=2.693
C3' A 0, -1.071, 1.639, 4.349, 7.789 max_d=7.789 avg_d=1.639 std_dev=2.710
P B 0, -1.021, 1.842, 4.704, 8.955 max_d=8.955 avg_d=1.842 std_dev=2.863
N4 B 0, -1.263, 1.780, 4.822, 8.248 max_d=8.248 avg_d=1.780 std_dev=3.042
O5' A 0, -1.124, 1.946, 5.017, 9.628 max_d=9.628 avg_d=1.946 std_dev=3.070
OP2 B 0, -1.106, 1.993, 5.092, 9.756 max_d=9.756 avg_d=1.993 std_dev=3.099
O3' A 0, -1.149, 2.082, 5.314, 8.938 max_d=8.938 avg_d=2.082 std_dev=3.232
C5' A 0, -1.301, 1.947, 5.196, 9.895 max_d=9.895 avg_d=1.947 std_dev=3.249
OP1 B 0, -1.226, 2.138, 5.502, 10.583 max_d=10.583 avg_d=2.138 std_dev=3.364
OP2 A 0, -0.934, 2.467, 5.869, 10.713 max_d=10.713 avg_d=2.467 std_dev=3.402
P A 0, -1.233, 2.325, 5.883, 11.183 max_d=11.183 avg_d=2.325 std_dev=3.558
OP1 A 0, -1.516, 2.782, 7.081, 13.381 max_d=13.381 avg_d=2.782 std_dev=4.298

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.16 0.01 0.24 0.03 0.15 0.57 0.19
C2 0.04 0.00 0.27 0.23 0.01 0.12 0.02 0.16 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.24 0.34 0.18 0.31 0.02 0.40 0.64 0.35
C2' 0.01 0.27 0.00 0.00 0.15 0.02 0.11 0.09 0.17 0.11 0.24 0.32 0.26 0.06 0.04 0.01 0.03 0.02 0.26 0.15 0.19 0.40 0.14
C3' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.17 0.01 0.21 0.03 0.24 0.21 0.24 0.25 0.19 0.22 0.13 0.02 0.02 0.02 0.32 0.26 0.32 0.29 0.18
C4 0.02 0.01 0.15 0.17 0.00 0.05 0.01 0.12 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.12 0.20 0.10 0.42 0.02 0.26 0.50 0.30
C4' 0.01 0.12 0.02 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.17 0.08 0.17 0.12 0.14 0.06 0.16 0.03 0.01 0.02 0.08 0.11 0.50 0.17
C5 0.02 0.02 0.11 0.21 0.01 0.07 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.16 0.18 0.06 0.58 0.02 0.37 0.58 0.49
C5' 0.05 0.16 0.09 0.03 0.12 0.01 0.17 0.00 0.16 0.26 0.14 0.20 0.15 0.25 0.13 0.09 0.10 0.02 0.02 0.19 0.22 0.29 0.03
C6 0.03 0.01 0.17 0.24 0.02 0.07 0.01 0.16 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.17 0.24 0.09 0.55 0.01 0.37 0.58 0.47
C8 0.02 0.02 0.11 0.21 0.01 0.17 0.01 0.26 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.25 0.14 0.11 0.77 0.03 0.54 0.73 0.71
N1 0.04 0.01 0.24 0.24 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.20 0.31 0.14 0.41 0.01 0.35 0.54 0.35
N2 0.05 0.01 0.32 0.25 0.01 0.17 0.02 0.20 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.31 0.41 0.22 0.27 0.02 0.53 0.78 0.46
N3 0.04 0.01 0.26 0.19 0.01 0.12 0.01 0.15 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.22 0.31 0.17 0.28 0.02 0.36 0.65 0.33
N7 0.02 0.03 0.06 0.22 0.02 0.14 0.01 0.25 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.24 0.16 0.06 0.78 0.03 0.58 0.85 0.77
N9 0.01 0.02 0.04 0.13 0.01 0.06 0.01 0.13 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.11 0.10 0.01 0.47 0.03 0.24 0.46 0.32
O2' 0.02 0.24 0.01 0.02 0.12 0.16 0.16 0.09 0.17 0.25 0.20 0.31 0.22 0.24 0.11 0.00 0.04 0.12 0.14 0.19 0.11 0.63 0.25
O3' 0.16 0.34 0.03 0.02 0.20 0.03 0.18 0.10 0.24 0.14 0.31 0.41 0.31 0.16 0.10 0.04 0.00 0.10 0.25 0.25 0.40 0.31 0.18
O4' 0.01 0.18 0.02 0.02 0.10 0.01 0.06 0.02 0.09 0.11 0.14 0.22 0.17 0.06 0.01 0.12 0.10 0.00 0.14 0.08 0.20 0.68 0.26
O5' 0.24 0.31 0.26 0.32 0.42 0.02 0.58 0.02 0.55 0.77 0.41 0.27 0.28 0.78 0.47 0.14 0.25 0.14 0.00 0.63 0.03 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.15 0.26 0.02 0.08 0.02 0.19 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.19 0.25 0.08 0.63 0.00 0.45 0.70 0.60
OP1 0.15 0.40 0.19 0.32 0.26 0.11 0.37 0.22 0.37 0.54 0.35 0.53 0.36 0.58 0.24 0.11 0.40 0.20 0.03 0.45 0.00 0.02 0.01
OP2 0.57 0.64 0.40 0.29 0.50 0.50 0.58 0.29 0.58 0.73 0.54 0.78 0.65 0.85 0.46 0.63 0.31 0.68 0.02 0.70 0.02 0.00 0.01
P 0.19 0.35 0.14 0.18 0.30 0.17 0.49 0.03 0.47 0.71 0.35 0.46 0.33 0.77 0.32 0.25 0.18 0.26 0.01 0.60 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.84 2.41 0.46 0.36 3.47 0.60 2.88 0.69 2.08 1.80 3.25 4.16 2.11 0.27 0.87 0.36 0.60 0.68 1.17 0.63
C2 0.68 1.82 0.35 0.42 2.24 0.67 1.88 0.65 1.46 1.38 2.23 2.45 1.65 0.30 0.86 0.29 0.57 0.54 0.96 0.52
C2' 1.21 2.85 0.69 0.33 3.99 0.53 3.33 0.81 2.50 2.22 3.76 4.74 2.51 0.35 0.60 0.79 0.62 0.85 1.34 0.84
C3' 1.38 3.04 0.83 0.36 4.32 0.52 3.67 0.86 2.77 2.43 4.00 5.20 2.66 0.43 0.56 0.95 0.70 0.87 1.56 0.97
C4 0.93 2.26 0.55 0.26 3.14 0.48 2.71 0.58 2.05 1.79 2.93 3.57 1.96 0.40 0.84 0.41 0.62 0.78 1.35 0.77
C4' 1.05 2.70 0.62 0.34 3.93 0.49 3.29 0.68 2.39 2.07 3.63 4.79 2.37 0.38 0.82 0.54 0.57 0.68 1.33 0.72
C5 1.11 2.24 0.74 0.22 3.13 0.31 2.88 0.62 2.26 1.91 2.82 3.49 1.93 0.60 0.86 0.58 0.81 1.15 1.74 1.13
C5' 1.11 2.72 0.69 0.34 4.01 0.47 3.42 0.69 2.49 2.13 3.65 4.91 2.38 0.48 0.85 0.60 0.72 0.86 1.58 0.93
C6 1.14 2.00 0.82 0.30 2.63 0.29 2.53 0.67 2.11 1.80 2.39 2.81 1.75 0.74 0.92 0.63 0.90 1.30 1.82 1.24
C8 1.11 2.44 0.72 0.19 3.58 0.34 3.20 0.63 2.41 2.01 3.19 4.21 2.10 0.52 0.82 0.59 0.80 1.12 1.78 1.12
N1 0.93 1.78 0.60 0.26 2.18 0.39 1.99 0.52 1.67 1.53 2.09 2.31 1.59 0.61 0.89 0.41 0.65 0.88 1.37 0.84
N2 0.35 1.39 0.23 0.67 1.61 0.94 1.24 0.91 0.91 0.92 1.70 1.78 1.37 0.23 0.93 0.44 0.74 0.56 0.66 0.53
N3 0.71 2.07 0.36 0.43 2.72 0.69 2.25 0.70 1.68 1.53 2.66 3.08 1.85 0.25 0.88 0.30 0.59 0.57 0.97 0.52
N7 1.19 2.35 0.82 0.26 3.40 0.30 3.17 0.72 2.45 2.02 3.00 3.90 2.02 0.65 0.85 0.69 0.95 1.37 2.00 1.34
N9 0.96 2.39 0.57 0.25 3.45 0.47 2.96 0.60 2.19 1.88 3.17 4.06 2.07 0.38 0.83 0.44 0.64 0.81 1.42 0.81
O2' 1.04 2.71 0.56 0.41 3.72 0.63 3.03 0.90 2.24 2.02 3.59 4.44 2.45 0.25 0.66 0.65 0.63 0.94 1.03 0.77
O3' 1.57 3.27 0.96 0.51 4.54 0.67 3.86 1.04 2.95 2.62 4.25 5.45 2.90 0.53 0.47 1.18 0.74 0.92 1.50 1.02
O4' 0.80 2.36 0.49 0.45 3.49 0.66 2.89 0.70 2.05 1.75 3.22 4.26 2.08 0.40 1.00 0.29 0.67 0.70 1.20 0.65
O5' 1.11 2.64 0.68 0.39 3.98 0.50 3.47 0.73 2.55 2.12 3.55 4.87 2.25 0.42 0.96 0.67 0.96 1.12 1.87 1.21
O6 1.25 1.85 0.99 0.50 2.39 0.43 2.45 0.93 2.14 1.77 2.14 2.53 1.69 0.89 1.01 0.81 1.20 1.74 2.22 1.64
OP1 1.21 2.72 0.85 0.53 4.03 0.49 3.50 0.67 2.56 2.16 3.62 4.95 2.39 0.77 1.10 0.72 0.78 0.96 1.68 1.04
OP2 1.25 2.50 0.96 0.77 3.79 0.77 3.42 0.95 2.54 2.09 3.32 4.62 2.15 0.93 1.33 0.89 1.00 1.26 1.89 1.30
P 1.03 2.49 0.68 0.48 3.80 0.52 3.32 0.68 2.40 1.98 3.37 4.68 2.15 0.61 1.16 0.56 0.87 1.07 1.73 1.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.11 0.02 0.01 0.03 0.03 0.06 0.02 0.27 0.01 0.33 0.36 0.45 0.23
C2 0.03 0.00 0.17 0.29 0.01 0.10 0.01 0.27 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.17 0.18 0.10 0.42 0.18 0.36 0.30
C2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.05 0.02 0.11 0.21 0.15 0.02 0.14 0.07 0.30 0.00 0.03 0.02 0.31 0.70 0.64 0.42
C3' 0.02 0.29 0.01 0.00 0.40 0.01 0.37 0.02 0.30 0.24 0.36 0.43 0.25 0.02 0.01 0.02 0.17 0.43 0.59 0.29
C4 0.03 0.01 0.05 0.40 0.00 0.22 0.01 0.45 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.29 0.25 0.04 0.58 0.40 0.50 0.50
C4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.22 0.00 0.27 0.01 0.25 0.14 0.16 0.24 0.07 0.23 0.03 0.01 0.02 0.18 0.34 0.08
C5 0.02 0.01 0.11 0.37 0.01 0.27 0.00 0.50 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.32 0.27 0.07 0.61 0.43 0.59 0.49
C5' 0.11 0.27 0.21 0.02 0.45 0.01 0.50 0.00 0.44 0.28 0.36 0.49 0.18 0.06 0.17 0.02 0.01 0.25 0.33 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.30 0.01 0.25 0.01 0.44 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.28 0.19 0.10 0.55 0.28 0.54 0.36
N1 0.01 0.01 0.02 0.24 0.02 0.14 0.01 0.28 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.17 0.11 0.02 0.43 0.21 0.41 0.26
N3 0.03 0.01 0.14 0.36 0.00 0.16 0.01 0.36 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.23 0.20 0.09 0.50 0.27 0.41 0.42
N4 0.03 0.02 0.07 0.43 0.01 0.24 0.02 0.49 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.32 0.31 0.05 0.61 0.52 0.56 0.59
O2 0.06 0.01 0.30 0.25 0.02 0.07 0.02 0.18 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.18 0.30 0.16 0.36 0.21 0.36 0.24
O2' 0.02 0.17 0.00 0.02 0.29 0.23 0.32 0.06 0.28 0.17 0.23 0.32 0.18 0.00 0.08 0.22 0.15 0.71 0.67 0.39
O3' 0.27 0.18 0.03 0.01 0.25 0.03 0.27 0.17 0.19 0.11 0.20 0.31 0.30 0.08 0.00 0.21 0.40 0.32 1.04 0.56
O4' 0.01 0.10 0.02 0.02 0.04 0.01 0.07 0.02 0.10 0.02 0.09 0.05 0.16 0.22 0.21 0.00 0.37 0.36 0.44 0.33
O5' 0.33 0.42 0.31 0.17 0.58 0.02 0.61 0.01 0.55 0.43 0.50 0.61 0.36 0.15 0.40 0.37 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.36 0.18 0.70 0.43 0.40 0.18 0.43 0.25 0.28 0.21 0.27 0.52 0.21 0.71 0.32 0.36 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.45 0.36 0.64 0.59 0.50 0.34 0.59 0.33 0.54 0.41 0.41 0.56 0.36 0.67 1.04 0.44 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.23 0.30 0.42 0.29 0.50 0.08 0.49 0.02 0.36 0.26 0.42 0.59 0.24 0.39 0.56 0.33 0.01 0.01 0.01 0.00