ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 12283

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 6, 26, 42, 18, 94, 51, 18, 12, 29, 12, 1, 9, 9, 38, 29, 38, 17, 26, 24,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.153, 0.415, 0.678, 1.850 max_d=1.850 avg_d=0.415 std_dev=0.262
N1 B 0, 0.199, 0.494, 0.790, 1.445 max_d=1.445 avg_d=0.494 std_dev=0.295
N3 A 0, 0.334, 0.684, 1.033, 1.855 max_d=1.855 avg_d=0.684 std_dev=0.350
N9 A 0, 0.251, 0.669, 1.087, 2.429 max_d=2.429 avg_d=0.669 std_dev=0.418
C2 A 0, 0.278, 0.712, 1.145, 2.069 max_d=2.069 avg_d=0.712 std_dev=0.433
C5 A 0, 0.191, 0.669, 1.148, 2.858 max_d=2.858 avg_d=0.669 std_dev=0.478
N1 A 0, 0.239, 0.747, 1.254, 2.379 max_d=2.379 avg_d=0.747 std_dev=0.507
C8 A 0, 0.397, 0.976, 1.556, 3.470 max_d=3.470 avg_d=0.976 std_dev=0.580
C6 A 0, 0.206, 0.826, 1.447, 3.415 max_d=3.415 avg_d=0.826 std_dev=0.620
C1' A 0, 0.377, 1.032, 1.687, 2.988 max_d=2.988 avg_d=1.032 std_dev=0.655
N7 A 0, 0.402, 1.092, 1.783, 3.940 max_d=3.940 avg_d=1.092 std_dev=0.691
C4 B 0, 0.324, 1.016, 1.708, 4.057 max_d=4.057 avg_d=1.016 std_dev=0.692
C1' B 0, 0.266, 0.999, 1.733, 3.638 max_d=3.638 avg_d=0.999 std_dev=0.734
C2' A 0, 0.616, 1.408, 2.199, 4.141 max_d=4.141 avg_d=1.408 std_dev=0.791
C6 B 0, 0.179, 1.018, 1.857, 2.821 max_d=2.821 avg_d=1.018 std_dev=0.839
C2 B 0, 0.298, 1.140, 1.981, 2.876 max_d=2.876 avg_d=1.140 std_dev=0.842
O4' A 0, 0.535, 1.434, 2.334, 4.619 max_d=4.619 avg_d=1.434 std_dev=0.900
C5 B 0, 0.358, 1.285, 2.212, 3.928 max_d=3.928 avg_d=1.285 std_dev=0.927
N3 B 0, 0.326, 1.261, 2.197, 3.584 max_d=3.584 avg_d=1.261 std_dev=0.935
C3' A 0, 0.861, 1.819, 2.777, 5.171 max_d=5.171 avg_d=1.819 std_dev=0.958
N6 A 0, 0.374, 1.343, 2.312, 5.190 max_d=5.190 avg_d=1.343 std_dev=0.969
O2' A 0, 0.822, 1.861, 2.900, 5.187 max_d=5.187 avg_d=1.861 std_dev=1.039
O4' B 0, 0.271, 1.341, 2.411, 4.895 max_d=4.895 avg_d=1.341 std_dev=1.070
C4' A 0, 0.691, 1.784, 2.877, 5.945 max_d=5.945 avg_d=1.784 std_dev=1.093
N4 B 0, 0.466, 1.577, 2.689, 6.294 max_d=6.294 avg_d=1.577 std_dev=1.111
O3' A 0, 1.196, 2.466, 3.737, 6.679 max_d=6.679 avg_d=2.466 std_dev=1.271
C5' A 0, 1.086, 2.368, 3.651, 7.857 max_d=7.857 avg_d=2.368 std_dev=1.283
O5' A 0, 1.039, 2.328, 3.617, 8.040 max_d=8.040 avg_d=2.328 std_dev=1.289
O2 B 0, 0.420, 2.003, 3.585, 5.030 max_d=5.030 avg_d=2.003 std_dev=1.583
C2' B 0, 0.435, 2.068, 3.702, 6.151 max_d=6.151 avg_d=2.068 std_dev=1.633
P A 0, 1.439, 3.131, 4.822, 10.650 max_d=10.650 avg_d=3.131 std_dev=1.691
C4' B 0, 0.397, 2.246, 4.095, 7.090 max_d=7.090 avg_d=2.246 std_dev=1.849
OP2 A 0, 1.487, 3.395, 5.303, 11.995 max_d=11.995 avg_d=3.395 std_dev=1.908
OP1 A 0, 1.724, 3.697, 5.670, 12.663 max_d=12.663 avg_d=3.697 std_dev=1.973
O2' B 0, 0.609, 2.652, 4.696, 8.343 max_d=8.343 avg_d=2.652 std_dev=2.043
C3' B 0, 0.442, 2.545, 4.649, 7.269 max_d=7.269 avg_d=2.545 std_dev=2.103
C5' B 0, 0.445, 3.071, 5.698, 9.073 max_d=9.073 avg_d=3.071 std_dev=2.627
O5' B 0, 0.443, 3.222, 6.002, 8.615 max_d=8.615 avg_d=3.222 std_dev=2.779
O3' B 0, 0.672, 3.640, 6.609, 10.020 max_d=10.020 avg_d=3.640 std_dev=2.968
P B 0, 0.517, 4.280, 8.044, 11.099 max_d=11.099 avg_d=4.280 std_dev=3.763
OP2 B 0, 0.466, 4.343, 8.221, 11.662 max_d=11.662 avg_d=4.343 std_dev=3.877
OP1 B 0, 0.629, 5.162, 9.694, 13.347 max_d=13.347 avg_d=5.162 std_dev=4.532

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.21 0.01 0.27 0.42 0.40 0.20
C2 0.04 0.00 0.28 0.32 0.01 0.21 0.01 0.33 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.29 0.38 0.20 0.52 0.70 0.85 0.52
C2' 0.01 0.28 0.00 0.01 0.15 0.02 0.08 0.13 0.13 0.14 0.22 0.28 0.11 0.09 0.03 0.00 0.03 0.02 0.37 0.52 0.44 0.34
C3' 0.02 0.32 0.01 0.00 0.22 0.01 0.25 0.03 0.28 0.28 0.31 0.30 0.29 0.28 0.16 0.02 0.01 0.02 0.33 0.40 0.37 0.23
C4 0.02 0.01 0.15 0.22 0.00 0.11 0.01 0.19 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.19 0.19 0.10 0.49 0.66 0.80 0.48
C4' 0.01 0.21 0.02 0.01 0.11 0.00 0.11 0.01 0.13 0.18 0.17 0.20 0.14 0.16 0.07 0.19 0.03 0.01 0.02 0.35 0.32 0.20
C5 0.02 0.01 0.08 0.25 0.01 0.11 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.21 0.16 0.05 0.60 0.85 1.08 0.70
C5' 0.06 0.33 0.13 0.03 0.19 0.01 0.20 0.00 0.23 0.26 0.29 0.30 0.25 0.26 0.12 0.08 0.15 0.02 0.01 0.30 0.36 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.28 0.01 0.13 0.01 0.23 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.23 0.21 0.09 0.61 0.89 1.15 0.73
C8 0.02 0.02 0.14 0.28 0.01 0.18 0.01 0.26 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.23 0.21 0.12 0.67 0.86 1.01 0.75
N1 0.04 0.01 0.22 0.31 0.02 0.17 0.01 0.29 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.26 0.31 0.16 0.57 0.80 1.03 0.63
N3 0.04 0.01 0.28 0.30 0.01 0.20 0.01 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.27 0.36 0.20 0.46 0.61 0.71 0.43
N6 0.03 0.01 0.11 0.29 0.02 0.14 0.02 0.25 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.24 0.22 0.07 0.67 1.02 1.33 0.87
N7 0.02 0.01 0.09 0.28 0.01 0.16 0.01 0.26 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.24 0.21 0.07 0.70 1.00 1.24 0.87
N9 0.01 0.02 0.03 0.16 0.01 0.07 0.01 0.12 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.13 0.10 0.01 0.46 0.60 0.70 0.44
O2' 0.02 0.29 0.00 0.02 0.19 0.19 0.21 0.08 0.23 0.23 0.26 0.27 0.24 0.24 0.13 0.00 0.06 0.14 0.20 0.61 0.41 0.38
O3' 0.21 0.38 0.03 0.01 0.19 0.03 0.16 0.15 0.21 0.21 0.31 0.36 0.22 0.21 0.10 0.06 0.00 0.14 0.31 0.64 0.39 0.34
O4' 0.01 0.20 0.02 0.02 0.10 0.01 0.05 0.02 0.09 0.12 0.16 0.20 0.07 0.07 0.01 0.14 0.14 0.00 0.18 0.35 0.38 0.21
O5' 0.27 0.52 0.37 0.33 0.49 0.02 0.60 0.01 0.61 0.67 0.57 0.46 0.67 0.70 0.46 0.20 0.31 0.18 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.42 0.70 0.52 0.40 0.66 0.35 0.85 0.30 0.89 0.86 0.80 0.61 1.02 1.00 0.60 0.61 0.64 0.35 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.40 0.85 0.44 0.37 0.80 0.32 1.08 0.36 1.15 1.01 1.03 0.71 1.33 1.24 0.70 0.41 0.39 0.38 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.20 0.52 0.34 0.23 0.48 0.20 0.70 0.02 0.73 0.75 0.63 0.43 0.87 0.87 0.44 0.38 0.34 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.07 1.60 1.27 1.19 1.57 1.07 1.30 1.39 1.13 1.22 1.72 1.70 1.84 1.49 1.49 0.85 1.28 1.87 1.40 1.52
C2 0.61 0.79 0.49 0.52 0.94 0.64 0.95 0.80 0.86 0.74 0.89 1.00 0.80 0.82 0.95 0.83 0.79 0.85 0.92 0.90
C2' 1.05 1.55 1.29 1.21 1.50 1.15 1.26 1.55 1.10 1.18 1.67 1.64 1.82 1.53 1.48 0.91 1.46 2.09 1.63 1.78
C3' 0.99 1.51 1.21 1.18 1.53 1.15 1.31 1.60 1.13 1.14 1.67 1.70 1.78 1.43 1.43 0.91 1.56 2.25 1.83 1.95
C4 0.70 1.03 0.80 0.74 1.10 0.74 0.98 0.93 0.83 0.81 1.15 1.21 1.17 1.08 1.10 0.70 0.83 1.09 0.92 0.95
C4' 1.11 1.77 1.33 1.28 1.80 1.18 1.52 1.61 1.30 1.34 1.96 1.99 2.03 1.47 1.54 0.93 1.58 2.30 1.84 1.95
C5 0.61 0.96 0.68 0.60 1.08 0.69 0.97 0.93 0.81 0.73 1.10 1.21 1.11 1.00 0.97 0.71 0.88 1.10 1.05 1.05
C5' 1.08 1.72 1.29 1.25 1.80 1.16 1.53 1.58 1.30 1.31 1.94 2.01 1.96 1.41 1.49 0.94 1.56 2.24 1.84 1.92
C6 0.65 1.00 0.65 0.60 1.13 0.79 1.08 1.10 0.93 0.80 1.13 1.25 1.15 0.97 0.93 0.85 1.12 1.33 1.34 1.34
C8 0.75 1.19 0.92 0.80 1.24 0.76 1.03 1.00 0.84 0.87 1.33 1.40 1.40 1.20 1.14 0.66 0.89 1.27 1.02 1.07
N1 0.68 0.94 0.60 0.58 1.07 0.81 1.08 1.09 0.98 0.82 1.03 1.14 1.03 0.92 0.91 0.94 1.12 1.23 1.31 1.31
N3 0.74 1.00 0.76 0.78 1.07 0.78 0.98 0.93 0.87 0.84 1.10 1.15 1.08 1.02 1.15 0.76 0.82 1.05 0.88 0.91
N6 0.78 1.23 0.78 0.75 1.35 0.96 1.26 1.37 1.09 0.96 1.39 1.50 1.43 1.07 1.03 0.95 1.42 1.79 1.73 1.75
N7 0.64 1.06 0.77 0.66 1.15 0.71 0.99 0.95 0.80 0.77 1.21 1.32 1.25 1.09 1.01 0.67 0.89 1.18 1.06 1.08
N9 0.84 1.26 1.00 0.92 1.28 0.85 1.08 1.08 0.91 0.96 1.38 1.42 1.46 1.27 1.24 0.72 0.96 1.38 1.05 1.13
O2' 1.28 1.86 1.54 1.51 1.82 1.44 1.58 1.94 1.42 1.46 2.00 1.96 2.14 1.71 1.76 1.15 1.88 2.61 2.09 2.26
O3' 1.12 1.62 1.34 1.38 1.69 1.38 1.52 1.89 1.34 1.28 1.80 1.88 1.86 1.51 1.64 1.13 1.89 2.66 2.23 2.35
O4' 1.17 1.79 1.36 1.28 1.79 1.14 1.50 1.48 1.29 1.37 1.96 1.96 2.04 1.52 1.57 0.93 1.41 2.04 1.58 1.68
O5' 1.13 1.64 1.36 1.31 1.72 1.20 1.50 1.52 1.29 1.30 1.83 1.91 1.85 1.50 1.53 1.01 1.51 2.04 1.76 1.80
OP1 1.14 1.56 1.36 1.38 1.72 1.32 1.55 1.65 1.36 1.29 1.76 1.94 1.72 1.47 1.58 1.14 1.64 2.16 1.90 1.93
OP2 1.21 1.68 1.41 1.33 1.75 1.21 1.53 1.44 1.33 1.35 1.85 1.95 1.88 1.56 1.51 1.07 1.46 1.86 1.71 1.69
P 1.08 1.59 1.32 1.27 1.70 1.15 1.48 1.45 1.26 1.25 1.79 1.91 1.79 1.45 1.49 0.97 1.45 1.95 1.71 1.72

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.10 0.01 0.15 0.18 0.20 0.13
C2 0.03 0.00 0.11 0.13 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.11 0.13 0.06 0.29 0.31 0.35 0.28
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.06 0.02 0.08 0.07 0.10 0.03 0.09 0.07 0.20 0.01 0.02 0.01 0.20 0.25 0.21 0.18
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.16 0.01 0.18 0.02 0.17 0.10 0.15 0.17 0.18 0.02 0.01 0.02 0.23 0.29 0.19 0.20
C4 0.02 0.01 0.06 0.16 0.00 0.09 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.13 0.13 0.04 0.42 0.47 0.54 0.44
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.09 0.00 0.12 0.01 0.11 0.05 0.07 0.10 0.10 0.12 0.03 0.01 0.02 0.13 0.19 0.04
C5 0.02 0.01 0.08 0.18 0.01 0.12 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.14 0.17 0.06 0.46 0.51 0.57 0.48
C5' 0.04 0.13 0.07 0.02 0.17 0.01 0.19 0.00 0.17 0.10 0.15 0.19 0.17 0.07 0.08 0.02 0.01 0.16 0.23 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.17 0.01 0.11 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.13 0.16 0.07 0.41 0.41 0.43 0.39
N1 0.01 0.01 0.03 0.10 0.02 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.07 0.06 0.02 0.28 0.29 0.31 0.26
N3 0.02 0.01 0.09 0.15 0.01 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.13 0.05 0.36 0.39 0.45 0.36
N4 0.03 0.02 0.07 0.17 0.01 0.10 0.01 0.19 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.14 0.16 0.04 0.45 0.54 0.61 0.50
O2 0.05 0.01 0.20 0.18 0.02 0.10 0.02 0.17 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.17 0.22 0.10 0.24 0.28 0.32 0.24
O2' 0.02 0.11 0.01 0.02 0.13 0.12 0.14 0.07 0.13 0.07 0.12 0.14 0.17 0.00 0.05 0.08 0.11 0.21 0.19 0.12
O3' 0.10 0.13 0.02 0.01 0.13 0.03 0.17 0.08 0.16 0.06 0.13 0.16 0.22 0.05 0.00 0.07 0.22 0.38 0.27 0.25
O4' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.04 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.05 0.04 0.10 0.08 0.07 0.00 0.13 0.18 0.24 0.15
O5' 0.15 0.29 0.20 0.23 0.42 0.02 0.46 0.01 0.41 0.28 0.36 0.45 0.24 0.11 0.22 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.18 0.31 0.25 0.29 0.47 0.13 0.51 0.16 0.41 0.29 0.39 0.54 0.28 0.21 0.38 0.18 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.35 0.21 0.19 0.54 0.19 0.57 0.23 0.43 0.31 0.45 0.61 0.32 0.19 0.27 0.24 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.28 0.18 0.20 0.44 0.04 0.48 0.02 0.39 0.26 0.36 0.50 0.24 0.12 0.25 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00