ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 12284

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 4, 18, 46, 18, 3, 17, 3, 9, 32, 10, 9, 13, 31, 28, 68, 76, 43, 9, 59,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.279, 0.641, 1.002, 1.825 max_d=1.825 avg_d=0.641 std_dev=0.361
N3 A 0, 0.340, 0.722, 1.103, 1.900 max_d=1.900 avg_d=0.722 std_dev=0.381
C4 B 0, 0.213, 0.623, 1.032, 2.213 max_d=2.213 avg_d=0.623 std_dev=0.410
C4 A 0, 0.023, 0.558, 1.093, 2.658 max_d=2.658 avg_d=0.558 std_dev=0.535
N1 A 0, 0.367, 0.944, 1.522, 3.905 max_d=3.905 avg_d=0.944 std_dev=0.578
N9 A 0, 0.114, 0.769, 1.424, 3.238 max_d=3.238 avg_d=0.769 std_dev=0.655
C1' A 0, 0.496, 1.179, 1.862, 3.640 max_d=3.640 avg_d=1.179 std_dev=0.683
N9 B 0, 0.669, 1.412, 2.156, 3.141 max_d=3.141 avg_d=1.412 std_dev=0.744
N3 B 0, 0.689, 1.468, 2.248, 2.898 max_d=2.898 avg_d=1.468 std_dev=0.779
O4' A 0, 0.852, 1.702, 2.552, 5.130 max_d=5.130 avg_d=1.702 std_dev=0.850
C1' B 0, 0.835, 1.686, 2.538, 3.627 max_d=3.627 avg_d=1.686 std_dev=0.851
C5 A 0, 0.261, 1.183, 2.104, 4.160 max_d=4.160 avg_d=1.183 std_dev=0.922
C5 B 0, 0.671, 1.594, 2.518, 4.287 max_d=4.287 avg_d=1.594 std_dev=0.923
C8 A 0, 0.353, 1.347, 2.341, 5.029 max_d=5.029 avg_d=1.347 std_dev=0.994
C6 A 0, 0.376, 1.382, 2.388, 5.364 max_d=5.364 avg_d=1.382 std_dev=1.006
C2' A 0, 0.676, 1.710, 2.745, 5.408 max_d=5.408 avg_d=1.710 std_dev=1.034
C2 B 0, 0.865, 1.924, 2.982, 4.080 max_d=4.080 avg_d=1.924 std_dev=1.059
N1 B 0, 0.484, 1.572, 2.659, 4.909 max_d=4.909 avg_d=1.572 std_dev=1.088
C6 B 0, 0.449, 1.571, 2.694, 5.468 max_d=5.468 avg_d=1.571 std_dev=1.122
C4' A 0, 0.846, 2.026, 3.205, 6.253 max_d=6.253 avg_d=2.026 std_dev=1.180
O2' A 0, 1.078, 2.304, 3.530, 6.819 max_d=6.819 avg_d=2.304 std_dev=1.226
N7 A 0, 0.474, 1.729, 2.983, 5.835 max_d=5.835 avg_d=1.729 std_dev=1.255
O4' B 0, 1.127, 2.419, 3.711, 6.274 max_d=6.274 avg_d=2.419 std_dev=1.292
C3' A 0, 0.818, 2.122, 3.425, 6.789 max_d=6.789 avg_d=2.122 std_dev=1.303
C5' A 0, 0.980, 2.382, 3.784, 7.289 max_d=7.289 avg_d=2.382 std_dev=1.402
N6 A 0, 0.670, 2.175, 3.680, 7.987 max_d=7.987 avg_d=2.175 std_dev=1.505
C8 B 0, 1.176, 2.705, 4.233, 5.213 max_d=5.213 avg_d=2.705 std_dev=1.528
N7 B 0, 1.242, 2.924, 4.606, 5.996 max_d=5.996 avg_d=2.924 std_dev=1.682
O3' A 0, 1.308, 2.999, 4.691, 8.818 max_d=8.818 avg_d=2.999 std_dev=1.692
N6 B 0, 0.938, 2.648, 4.358, 7.921 max_d=7.921 avg_d=2.648 std_dev=1.710
C2' B 0, 1.239, 2.968, 4.698, 6.421 max_d=6.421 avg_d=2.968 std_dev=1.730
O5' A 0, 1.190, 2.928, 4.665, 8.755 max_d=8.755 avg_d=2.928 std_dev=1.738
C4' B 0, 1.658, 3.555, 5.452, 7.722 max_d=7.722 avg_d=3.555 std_dev=1.897
O2' B 0, 1.543, 3.579, 5.615, 7.742 max_d=7.742 avg_d=3.579 std_dev=2.036
P A 0, 1.515, 3.583, 5.652, 11.289 max_d=11.289 avg_d=3.583 std_dev=2.069
OP2 A 0, 1.598, 3.815, 6.033, 13.071 max_d=13.071 avg_d=3.815 std_dev=2.218
C3' B 0, 1.663, 3.954, 6.244, 7.626 max_d=7.626 avg_d=3.954 std_dev=2.290
OP1 A 0, 2.182, 4.497, 6.811, 12.843 max_d=12.843 avg_d=4.497 std_dev=2.314
C5' B 0, 2.161, 4.775, 7.389, 10.361 max_d=10.361 avg_d=4.775 std_dev=2.614
O5' B 0, 2.288, 5.248, 8.208, 10.461 max_d=10.461 avg_d=5.248 std_dev=2.960
O3' B 0, 2.115, 5.204, 8.294, 9.768 max_d=9.768 avg_d=5.204 std_dev=3.089
P B 0, 2.973, 6.850, 10.727, 13.438 max_d=13.438 avg_d=6.850 std_dev=3.877
OP2 B 0, 3.173, 7.347, 11.522, 13.991 max_d=13.991 avg_d=7.347 std_dev=4.175
OP1 B 0, 3.253, 7.746, 12.239, 15.243 max_d=15.243 avg_d=7.746 std_dev=4.493

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.20 0.01 0.29 0.43 0.55 0.31
C2 0.04 0.00 0.28 0.30 0.01 0.17 0.01 0.24 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.26 0.38 0.18 0.56 0.67 1.00 0.64
C2' 0.01 0.28 0.00 0.00 0.14 0.02 0.08 0.14 0.13 0.15 0.22 0.28 0.10 0.09 0.03 0.00 0.04 0.01 0.35 0.51 0.45 0.36
C3' 0.01 0.30 0.00 0.00 0.22 0.01 0.24 0.03 0.27 0.26 0.29 0.28 0.28 0.27 0.16 0.02 0.01 0.02 0.40 0.48 0.34 0.32
C4 0.02 0.01 0.14 0.22 0.00 0.08 0.01 0.15 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.21 0.10 0.57 0.64 0.96 0.63
C4' 0.01 0.17 0.02 0.01 0.08 0.00 0.09 0.01 0.09 0.18 0.13 0.16 0.11 0.16 0.07 0.21 0.03 0.00 0.02 0.31 0.34 0.12
C5 0.02 0.01 0.08 0.24 0.01 0.09 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.18 0.05 0.71 0.81 1.22 0.82
C5' 0.07 0.24 0.14 0.03 0.15 0.01 0.19 0.00 0.20 0.28 0.21 0.22 0.23 0.28 0.14 0.10 0.16 0.02 0.01 0.26 0.39 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.27 0.01 0.09 0.01 0.20 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.23 0.24 0.09 0.72 0.85 1.29 0.86
C8 0.02 0.02 0.15 0.26 0.01 0.18 0.01 0.28 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.25 0.19 0.11 0.75 0.80 1.12 0.81
N1 0.04 0.01 0.22 0.29 0.02 0.13 0.01 0.21 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.24 0.32 0.14 0.64 0.77 1.18 0.77
N3 0.04 0.01 0.28 0.28 0.01 0.16 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.24 0.36 0.18 0.49 0.59 0.87 0.55
N6 0.02 0.02 0.10 0.28 0.01 0.11 0.01 0.23 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.25 0.24 0.07 0.79 0.96 1.46 0.98
N7 0.01 0.01 0.09 0.27 0.01 0.16 0.00 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.26 0.20 0.07 0.81 0.93 1.34 0.94
N9 0.01 0.02 0.03 0.16 0.01 0.07 0.01 0.14 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.14 0.11 0.02 0.54 0.59 0.85 0.56
O2' 0.02 0.26 0.00 0.02 0.18 0.21 0.21 0.10 0.23 0.25 0.24 0.24 0.25 0.26 0.14 0.00 0.06 0.15 0.18 0.54 0.39 0.28
O3' 0.20 0.38 0.04 0.01 0.21 0.03 0.18 0.16 0.24 0.19 0.32 0.36 0.24 0.20 0.11 0.06 0.00 0.15 0.37 0.64 0.41 0.34
O4' 0.01 0.18 0.01 0.02 0.10 0.00 0.05 0.02 0.09 0.11 0.14 0.18 0.07 0.07 0.02 0.15 0.15 0.00 0.26 0.39 0.56 0.31
O5' 0.29 0.56 0.35 0.40 0.57 0.02 0.71 0.01 0.72 0.75 0.64 0.49 0.79 0.81 0.54 0.18 0.37 0.26 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.43 0.67 0.51 0.48 0.64 0.31 0.81 0.26 0.85 0.80 0.77 0.59 0.96 0.93 0.59 0.54 0.64 0.39 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.55 1.00 0.45 0.34 0.96 0.34 1.22 0.39 1.29 1.12 1.18 0.87 1.46 1.34 0.85 0.39 0.41 0.56 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.31 0.64 0.36 0.32 0.63 0.12 0.82 0.02 0.86 0.81 0.77 0.55 0.98 0.94 0.56 0.28 0.34 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.75 2.06 0.89 0.97 1.34 1.13 1.62 1.55 2.02 1.25 2.20 1.63 2.26 1.59 0.96 1.26 1.32 0.92 1.58 2.20 2.14 2.00
C2 0.61 1.32 0.52 0.49 1.00 0.85 1.17 1.01 1.34 0.97 1.40 1.10 1.42 1.14 0.78 0.91 0.84 0.99 0.90 0.99 1.20 1.00
C2' 0.83 2.13 1.03 1.12 1.37 1.26 1.65 1.69 2.06 1.28 2.27 1.70 2.32 1.63 0.98 1.44 1.46 0.98 1.74 2.46 2.34 2.23
C3' 0.85 2.23 1.04 1.09 1.48 1.23 1.82 1.69 2.26 1.43 2.44 1.76 2.58 1.81 1.09 1.41 1.40 0.98 1.80 2.55 2.49 2.34
C4 0.61 1.75 0.60 0.60 1.21 0.90 1.49 1.16 1.81 1.11 1.91 1.38 1.98 1.42 0.86 0.97 0.93 0.90 1.08 1.39 1.52 1.32
C4' 0.85 2.31 1.02 1.10 1.54 1.22 1.88 1.70 2.33 1.47 2.52 1.81 2.66 1.86 1.13 1.34 1.43 0.95 1.82 2.59 2.51 2.34
C5 0.62 1.84 0.57 0.58 1.30 0.90 1.61 1.14 1.97 1.16 2.06 1.45 2.18 1.52 0.92 0.92 0.92 0.91 1.01 1.31 1.45 1.23
C5' 0.85 2.33 0.99 1.06 1.58 1.18 1.95 1.64 2.43 1.51 2.59 1.82 2.80 1.92 1.17 1.29 1.36 0.96 1.75 2.47 2.45 2.25
C6 0.69 1.81 0.63 0.70 1.33 1.01 1.61 1.27 1.92 1.18 1.99 1.46 2.08 1.51 0.98 0.94 1.04 0.98 1.11 1.41 1.48 1.30
C8 0.62 2.00 0.66 0.66 1.34 0.92 1.69 1.22 2.13 1.20 2.25 1.54 2.42 1.61 0.93 1.02 1.00 0.86 1.16 1.59 1.70 1.47
N1 0.70 1.53 0.64 0.70 1.19 1.01 1.39 1.22 1.60 1.09 1.65 1.29 1.70 1.32 0.92 0.97 1.04 1.03 1.06 1.25 1.36 1.19
N3 0.63 1.54 0.60 0.61 1.08 0.92 1.29 1.18 1.52 1.04 1.62 1.26 1.63 1.26 0.81 0.97 0.93 0.95 1.11 1.35 1.46 1.30
N6 0.80 2.03 0.76 0.90 1.49 1.16 1.78 1.52 2.14 1.31 2.23 1.65 2.35 1.67 1.11 1.02 1.25 1.04 1.37 1.85 1.75 1.63
N7 0.62 2.00 0.60 0.60 1.37 0.91 1.73 1.18 2.16 1.21 2.26 1.54 2.44 1.62 0.96 0.95 0.95 0.88 1.07 1.44 1.56 1.33
N9 0.65 1.92 0.71 0.73 1.28 0.97 1.59 1.29 1.98 1.18 2.11 1.50 2.22 1.53 0.90 1.08 1.07 0.88 1.26 1.71 1.77 1.59
O2' 0.93 2.27 1.17 1.32 1.47 1.42 1.72 1.94 2.13 1.40 2.37 1.84 2.36 1.73 1.08 1.55 1.69 1.05 2.05 2.94 2.72 2.64
O3' 1.01 2.41 1.19 1.26 1.66 1.39 2.01 1.92 2.46 1.66 2.62 1.93 2.80 2.03 1.29 1.52 1.54 1.12 2.09 2.94 2.86 2.71
O4' 0.83 2.22 0.96 1.05 1.48 1.18 1.80 1.62 2.23 1.40 2.40 1.75 2.52 1.76 1.09 1.27 1.38 0.95 1.68 2.36 2.28 2.13
O5' 0.90 2.33 1.07 1.10 1.61 1.17 2.00 1.56 2.47 1.55 2.60 1.83 2.85 1.97 1.22 1.37 1.40 0.97 1.65 2.30 2.37 2.12
OP1 1.04 2.51 1.18 1.21 1.78 1.26 2.17 1.62 2.67 1.67 2.81 1.98 3.08 2.11 1.37 1.40 1.50 1.07 1.72 2.37 2.48 2.20
OP2 1.30 2.56 1.41 1.32 1.92 1.37 2.27 1.59 2.72 1.79 2.83 2.10 3.10 2.22 1.55 1.68 1.55 1.29 1.69 2.20 2.39 2.07
P 1.00 2.40 1.14 1.15 1.70 1.21 2.08 1.56 2.56 1.61 2.68 1.90 2.96 2.04 1.30 1.41 1.44 1.05 1.65 2.27 2.38 2.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.20 0.01 0.19 0.30 0.35 0.23
C2 0.04 0.00 0.29 0.29 0.01 0.14 0.02 0.26 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.26 0.34 0.20 0.38 0.69 0.65 0.51
C2' 0.01 0.29 0.00 0.01 0.15 0.02 0.09 0.13 0.15 0.14 0.23 0.28 0.12 0.09 0.03 0.00 0.03 0.02 0.33 0.48 0.44 0.39
C3' 0.01 0.29 0.01 0.00 0.23 0.01 0.27 0.03 0.29 0.26 0.30 0.26 0.31 0.28 0.17 0.02 0.01 0.02 0.22 0.42 0.23 0.23
C4 0.02 0.01 0.15 0.23 0.00 0.09 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.19 0.18 0.10 0.37 0.61 0.62 0.48
C4' 0.01 0.14 0.02 0.01 0.09 0.00 0.12 0.01 0.12 0.17 0.13 0.13 0.14 0.16 0.08 0.22 0.03 0.01 0.02 0.23 0.25 0.06
C5 0.01 0.02 0.09 0.27 0.01 0.12 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.26 0.17 0.06 0.48 0.79 0.82 0.64
C5' 0.06 0.26 0.13 0.03 0.19 0.01 0.25 0.00 0.27 0.28 0.27 0.22 0.31 0.31 0.16 0.10 0.15 0.02 0.01 0.25 0.30 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.29 0.01 0.12 0.01 0.27 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.26 0.22 0.10 0.49 0.86 0.88 0.68
C8 0.02 0.02 0.14 0.26 0.01 0.17 0.01 0.28 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.32 0.20 0.11 0.52 0.69 0.76 0.63
N1 0.04 0.01 0.23 0.30 0.01 0.13 0.01 0.27 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.25 0.29 0.16 0.44 0.80 0.78 0.61
N3 0.04 0.01 0.28 0.26 0.01 0.13 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.24 0.32 0.19 0.33 0.59 0.55 0.43
N6 0.03 0.02 0.12 0.31 0.02 0.14 0.02 0.31 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.30 0.24 0.08 0.54 0.99 1.00 0.78
N7 0.01 0.02 0.09 0.28 0.01 0.16 0.01 0.31 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.33 0.21 0.07 0.57 0.87 0.93 0.75
N9 0.01 0.02 0.03 0.17 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.17 0.09 0.01 0.35 0.49 0.54 0.42
O2' 0.02 0.26 0.00 0.02 0.19 0.22 0.26 0.10 0.26 0.32 0.25 0.24 0.30 0.33 0.17 0.00 0.06 0.15 0.21 0.45 0.44 0.32
O3' 0.20 0.34 0.03 0.01 0.18 0.03 0.17 0.15 0.22 0.20 0.29 0.32 0.24 0.21 0.09 0.06 0.00 0.14 0.25 0.61 0.29 0.32
O4' 0.01 0.20 0.02 0.02 0.10 0.01 0.06 0.02 0.10 0.11 0.16 0.19 0.08 0.07 0.01 0.15 0.14 0.00 0.13 0.18 0.36 0.18
O5' 0.19 0.38 0.33 0.22 0.37 0.02 0.48 0.01 0.49 0.52 0.44 0.33 0.54 0.57 0.35 0.21 0.25 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.30 0.69 0.48 0.42 0.61 0.23 0.79 0.25 0.86 0.69 0.80 0.59 0.99 0.87 0.49 0.45 0.61 0.18 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.35 0.65 0.44 0.23 0.62 0.25 0.82 0.30 0.88 0.76 0.78 0.55 1.00 0.93 0.54 0.44 0.29 0.36 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.51 0.39 0.23 0.48 0.06 0.64 0.02 0.68 0.63 0.61 0.43 0.78 0.75 0.42 0.32 0.32 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00