ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 12285

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 9, 30, 29, 39, 35, 19, 25, 15, 13, 18, 1, 4, 16, 29, 30, 6, 16, 24, 140,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.390, 0.765, 1.141, 1.940 max_d=1.940 avg_d=0.765 std_dev=0.376
C2 A 0, 0.368, 0.762, 1.156, 1.791 max_d=1.791 avg_d=0.762 std_dev=0.394
C4 B 0, 0.189, 0.609, 1.029, 1.926 max_d=1.926 avg_d=0.609 std_dev=0.420
C4 A 0, 0.147, 0.656, 1.165, 2.392 max_d=2.392 avg_d=0.656 std_dev=0.509
N9 A 0, 0.327, 0.968, 1.609, 2.983 max_d=2.983 avg_d=0.968 std_dev=0.641
N1 A 0, 0.215, 0.959, 1.703, 3.106 max_d=3.106 avg_d=0.959 std_dev=0.744
N9 B 0, 0.326, 1.091, 1.855, 3.251 max_d=3.251 avg_d=1.091 std_dev=0.765
N3 B 0, 0.425, 1.250, 2.075, 2.740 max_d=2.740 avg_d=1.250 std_dev=0.825
C5 A 0, 0.188, 1.071, 1.954, 4.201 max_d=4.201 avg_d=1.071 std_dev=0.883
C5 B 0, 0.352, 1.241, 2.131, 3.541 max_d=3.541 avg_d=1.241 std_dev=0.889
C1' A 0, 0.439, 1.341, 2.243, 4.146 max_d=4.146 avg_d=1.341 std_dev=0.902
C8 A 0, 0.419, 1.360, 2.301, 4.562 max_d=4.562 avg_d=1.360 std_dev=0.941
C1' B 0, 0.459, 1.407, 2.354, 4.456 max_d=4.456 avg_d=1.407 std_dev=0.948
C6 B 0, 0.413, 1.447, 2.481, 4.754 max_d=4.754 avg_d=1.447 std_dev=1.034
C6 A 0, 0.181, 1.237, 2.293, 4.532 max_d=4.532 avg_d=1.237 std_dev=1.056
N1 B 0, 0.378, 1.460, 2.542, 4.388 max_d=4.388 avg_d=1.460 std_dev=1.082
C2' A 0, 0.649, 1.796, 2.943, 5.689 max_d=5.689 avg_d=1.796 std_dev=1.147
N7 A 0, 0.410, 1.567, 2.723, 5.699 max_d=5.699 avg_d=1.567 std_dev=1.157
C2 B 0, 0.477, 1.651, 2.825, 3.956 max_d=3.956 avg_d=1.651 std_dev=1.174
O4' A 0, 0.571, 1.822, 3.074, 4.822 max_d=4.822 avg_d=1.822 std_dev=1.252
C3' A 0, 0.895, 2.222, 3.549, 6.543 max_d=6.543 avg_d=2.222 std_dev=1.327
O4' B 0, 0.539, 1.962, 3.385, 6.595 max_d=6.595 avg_d=1.962 std_dev=1.423
C4' A 0, 0.842, 2.287, 3.733, 6.368 max_d=6.368 avg_d=2.287 std_dev=1.446
N6 A 0, 0.380, 1.927, 3.474, 6.640 max_d=6.640 avg_d=1.927 std_dev=1.547
C8 B 0, 0.390, 1.939, 3.488, 5.359 max_d=5.359 avg_d=1.939 std_dev=1.549
O6 B 0, 0.602, 2.155, 3.708, 6.995 max_d=6.995 avg_d=2.155 std_dev=1.553
O2' A 0, 0.819, 2.374, 3.930, 7.413 max_d=7.413 avg_d=2.374 std_dev=1.555
N7 B 0, 0.376, 2.070, 3.764, 5.182 max_d=5.182 avg_d=2.070 std_dev=1.694
C2' B 0, 0.374, 2.120, 3.866, 6.716 max_d=6.716 avg_d=2.120 std_dev=1.746
O3' A 0, 1.011, 2.833, 4.656, 8.577 max_d=8.577 avg_d=2.833 std_dev=1.823
O5' A 0, 1.086, 2.936, 4.787, 7.584 max_d=7.584 avg_d=2.936 std_dev=1.851
C5' A 0, 0.981, 2.858, 4.735, 7.516 max_d=7.516 avg_d=2.858 std_dev=1.877
N2 B 0, 0.705, 2.683, 4.662, 6.477 max_d=6.477 avg_d=2.683 std_dev=1.978
O2' B 0, 0.727, 2.789, 4.852, 7.899 max_d=7.899 avg_d=2.789 std_dev=2.062
C4' B 0, 0.554, 2.648, 4.742, 8.904 max_d=8.904 avg_d=2.648 std_dev=2.094
C3' B 0, 0.360, 2.738, 5.116, 8.820 max_d=8.820 avg_d=2.738 std_dev=2.378
P A 0, 1.032, 3.635, 6.237, 9.938 max_d=9.938 avg_d=3.635 std_dev=2.603
C5' B 0, 0.728, 3.496, 6.264, 11.028 max_d=11.028 avg_d=3.496 std_dev=2.768
OP2 A 0, 1.095, 4.004, 6.913, 11.709 max_d=11.709 avg_d=4.004 std_dev=2.909
O5' B 0, 0.807, 3.786, 6.764, 11.110 max_d=11.110 avg_d=3.786 std_dev=2.979
OP1 A 0, 1.196, 4.213, 7.231, 11.401 max_d=11.401 avg_d=4.213 std_dev=3.018
O3' B 0, 0.548, 3.684, 6.819, 10.610 max_d=10.610 avg_d=3.684 std_dev=3.136
P B 0, 1.048, 4.948, 8.848, 13.268 max_d=13.268 avg_d=4.948 std_dev=3.900
OP2 B 0, 1.237, 5.307, 9.377, 14.160 max_d=14.160 avg_d=5.307 std_dev=4.070
OP1 B 0, 1.229, 5.687, 10.144, 15.622 max_d=15.622 avg_d=5.687 std_dev=4.457

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.22 0.01 0.19 0.30 0.37 0.23
C2 0.03 0.00 0.32 0.45 0.01 0.50 0.01 0.87 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.33 0.44 0.43 0.82 1.20 1.12 1.02
C2' 0.00 0.32 0.00 0.01 0.17 0.02 0.10 0.14 0.16 0.15 0.26 0.32 0.13 0.09 0.03 0.00 0.03 0.02 0.33 0.41 0.47 0.38
C3' 0.01 0.45 0.01 0.00 0.24 0.01 0.26 0.02 0.29 0.39 0.37 0.43 0.30 0.36 0.18 0.02 0.01 0.02 0.29 0.40 0.41 0.29
C4 0.02 0.01 0.17 0.24 0.00 0.21 0.01 0.37 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.20 0.22 0.41 0.59 0.70 0.47
C4' 0.01 0.50 0.02 0.01 0.21 0.00 0.10 0.01 0.19 0.34 0.37 0.49 0.14 0.25 0.08 0.22 0.03 0.01 0.02 0.18 0.31 0.10
C5 0.01 0.01 0.10 0.26 0.01 0.10 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.16 0.10 0.49 0.59 0.94 0.55
C5' 0.05 0.87 0.14 0.02 0.37 0.01 0.22 0.00 0.37 0.51 0.67 0.81 0.29 0.39 0.12 0.09 0.16 0.02 0.01 0.27 0.32 0.02
C6 0.02 0.01 0.16 0.29 0.01 0.19 0.01 0.37 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.18 0.22 0.19 0.51 0.72 1.00 0.61
C8 0.02 0.02 0.15 0.39 0.01 0.34 0.01 0.51 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.34 0.27 0.23 0.85 0.83 1.20 0.93
N1 0.03 0.01 0.26 0.37 0.01 0.37 0.01 0.67 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.24 0.34 0.33 0.66 1.01 1.05 0.84
N3 0.03 0.00 0.32 0.43 0.01 0.49 0.01 0.81 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.32 0.42 0.43 0.73 1.02 0.94 0.87
N6 0.02 0.01 0.13 0.30 0.01 0.14 0.01 0.29 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.21 0.23 0.13 0.56 0.71 1.16 0.67
N7 0.01 0.01 0.09 0.36 0.01 0.25 0.01 0.39 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.31 0.25 0.13 0.80 0.81 1.32 0.91
N9 0.01 0.02 0.03 0.18 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.14 0.10 0.01 0.40 0.43 0.64 0.41
O2' 0.02 0.33 0.00 0.02 0.15 0.22 0.18 0.09 0.18 0.34 0.24 0.32 0.21 0.31 0.14 0.00 0.06 0.16 0.23 0.34 0.50 0.34
O3' 0.22 0.44 0.03 0.01 0.20 0.03 0.16 0.16 0.22 0.27 0.34 0.42 0.23 0.25 0.10 0.06 0.00 0.15 0.29 0.56 0.52 0.34
O4' 0.01 0.43 0.02 0.02 0.22 0.01 0.10 0.02 0.19 0.23 0.33 0.43 0.13 0.13 0.01 0.16 0.15 0.00 0.13 0.28 0.36 0.21
O5' 0.19 0.82 0.33 0.29 0.41 0.02 0.49 0.01 0.51 0.85 0.66 0.73 0.56 0.80 0.40 0.23 0.29 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.30 1.20 0.41 0.40 0.59 0.18 0.59 0.27 0.72 0.83 1.01 1.02 0.71 0.81 0.43 0.34 0.56 0.28 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.37 1.12 0.47 0.41 0.70 0.31 0.94 0.32 1.00 1.20 1.05 0.94 1.16 1.32 0.64 0.50 0.52 0.36 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.23 1.02 0.38 0.29 0.47 0.10 0.55 0.02 0.61 0.93 0.84 0.87 0.67 0.91 0.41 0.34 0.34 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.99 2.36 1.15 1.07 1.64 1.14 1.83 1.53 2.20 1.38 2.42 2.75 1.96 1.72 1.22 1.63 1.37 0.93 1.51 2.37 2.15 1.90 1.89
C2 0.62 1.53 0.53 0.47 1.14 0.79 1.28 1.06 1.47 1.04 1.56 1.67 1.30 1.23 0.86 1.03 0.93 0.94 1.03 1.54 1.15 1.20 1.15
C2' 1.11 2.33 1.27 1.16 1.68 1.25 1.90 1.70 2.22 1.56 2.38 2.72 1.95 1.87 1.34 1.73 1.38 1.08 1.72 2.42 2.42 2.15 2.16
C3' 1.31 2.48 1.45 1.42 1.86 1.46 2.10 1.89 2.44 1.78 2.57 2.87 2.10 2.09 1.54 1.82 1.63 1.32 1.99 2.67 2.65 2.47 2.43
C4 0.68 2.01 0.74 0.66 1.35 0.85 1.55 1.13 1.90 1.10 2.09 2.30 1.63 1.42 0.93 1.26 1.05 0.82 1.08 2.03 1.39 1.35 1.28
C4' 1.46 2.75 1.59 1.61 2.08 1.60 2.32 1.99 2.70 1.89 2.87 3.12 2.33 2.23 1.71 1.88 1.84 1.42 2.07 2.93 2.79 2.60 2.51
C5 0.64 2.12 0.66 0.55 1.43 0.81 1.68 1.13 2.10 1.13 2.28 2.38 1.68 1.50 0.96 1.17 0.94 0.83 1.11 2.27 1.43 1.43 1.34
C5' 1.86 3.08 1.94 2.02 2.45 1.97 2.68 2.26 3.07 2.26 3.22 3.42 2.67 2.60 2.10 2.06 2.21 1.83 2.37 3.31 2.92 2.87 2.71
C6 0.70 2.03 0.65 0.55 1.46 0.88 1.72 1.26 2.09 1.21 2.19 2.22 1.65 1.56 1.03 1.08 0.89 0.93 1.28 2.24 1.63 1.61 1.55
C8 0.74 2.35 0.84 0.72 1.54 0.88 1.79 1.20 2.27 1.19 2.51 2.73 1.85 1.60 1.03 1.36 1.08 0.79 1.17 2.49 1.62 1.54 1.45
N1 0.73 1.75 0.64 0.54 1.34 0.90 1.54 1.28 1.78 1.19 1.85 1.90 1.49 1.44 1.01 1.05 0.88 1.01 1.29 1.87 1.55 1.54 1.51
N3 0.68 1.72 0.71 0.69 1.20 0.87 1.35 1.12 1.60 1.06 1.74 1.96 1.44 1.29 0.87 1.22 1.09 0.87 1.05 1.69 1.27 1.24 1.20
N6 0.80 2.20 0.76 0.69 1.60 1.00 1.91 1.46 2.34 1.36 2.41 2.42 1.79 1.76 1.16 1.12 0.96 1.00 1.53 2.56 2.04 1.94 1.89
N7 0.67 2.30 0.72 0.60 1.51 0.82 1.80 1.14 2.30 1.16 2.51 2.63 1.80 1.59 1.00 1.24 0.97 0.79 1.13 2.53 1.52 1.50 1.40
N9 0.80 2.24 0.91 0.82 1.49 0.95 1.70 1.27 2.10 1.20 2.32 2.61 1.81 1.55 1.04 1.43 1.17 0.83 1.22 2.27 1.68 1.56 1.50
O2' 1.29 2.54 1.45 1.28 1.91 1.36 2.14 1.90 2.45 1.80 2.59 2.95 2.17 2.13 1.57 1.84 1.43 1.18 1.95 2.65 2.86 2.49 2.52
O3' 1.45 2.58 1.64 1.58 1.97 1.59 2.24 2.07 2.57 1.95 2.68 2.99 2.20 2.26 1.68 2.02 1.76 1.43 2.22 2.83 3.04 2.83 2.82
O4' 1.29 2.67 1.41 1.41 1.94 1.42 2.13 1.77 2.54 1.65 2.76 3.05 2.24 1.99 1.52 1.76 1.69 1.23 1.78 2.72 2.43 2.20 2.14
O5' 1.71 2.93 1.81 1.89 2.28 1.85 2.51 2.09 2.92 2.07 3.08 3.30 2.52 2.42 1.92 1.98 2.12 1.70 2.15 3.18 2.61 2.63 2.44
OP1 2.32 3.51 2.41 2.56 2.88 2.49 3.11 2.71 3.53 2.65 3.68 3.86 3.08 2.99 2.54 2.37 2.68 2.31 2.77 3.81 3.16 3.17 2.99
OP2 2.00 3.20 2.12 2.20 2.59 2.09 2.85 2.32 3.27 2.39 3.40 3.54 2.77 2.76 2.24 2.20 2.35 1.97 2.42 3.55 2.71 2.89 2.64
P 2.05 3.24 2.14 2.26 2.61 2.17 2.85 2.37 3.26 2.40 3.41 3.59 2.81 2.75 2.27 2.19 2.44 2.02 2.45 3.53 2.79 2.87 2.66

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.27 0.01 0.20 0.02 0.44 0.39 0.26
C2 0.04 0.00 0.36 0.30 0.01 0.22 0.01 0.39 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.30 0.31 0.30 0.37 0.02 0.66 0.68 0.52
C2' 0.00 0.36 0.00 0.01 0.19 0.02 0.11 0.19 0.18 0.17 0.29 0.43 0.35 0.09 0.03 0.00 0.03 0.02 0.36 0.14 0.65 0.55 0.46
C3' 0.01 0.30 0.01 0.00 0.26 0.01 0.32 0.03 0.35 0.29 0.34 0.31 0.26 0.33 0.20 0.02 0.01 0.02 0.27 0.37 0.40 0.27 0.24
C4 0.02 0.01 0.19 0.26 0.00 0.11 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.17 0.18 0.16 0.33 0.02 0.59 0.58 0.43
C4' 0.01 0.22 0.02 0.01 0.11 0.00 0.11 0.01 0.13 0.21 0.17 0.29 0.21 0.18 0.08 0.27 0.03 0.01 0.02 0.13 0.20 0.23 0.08
C5 0.01 0.01 0.11 0.32 0.00 0.11 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.24 0.18 0.07 0.44 0.01 0.68 0.70 0.54
C5' 0.08 0.39 0.19 0.03 0.23 0.01 0.22 0.00 0.26 0.26 0.33 0.47 0.35 0.25 0.14 0.10 0.19 0.02 0.01 0.26 0.19 0.25 0.02
C6 0.02 0.01 0.18 0.35 0.01 0.13 0.01 0.26 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.23 0.23 0.13 0.44 0.01 0.71 0.75 0.57
C8 0.01 0.01 0.17 0.29 0.01 0.21 0.01 0.26 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.37 0.16 0.17 0.56 0.03 0.70 0.69 0.59
N1 0.03 0.01 0.29 0.34 0.01 0.17 0.01 0.33 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.24 0.27 0.23 0.39 0.01 0.69 0.72 0.54
N2 0.05 0.01 0.43 0.31 0.02 0.29 0.01 0.47 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.41 0.39 0.36 0.42 0.03 0.72 0.74 0.59
N3 0.04 0.01 0.35 0.26 0.01 0.21 0.01 0.35 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.29 0.31 0.29 0.33 0.02 0.60 0.60 0.45
N7 0.01 0.01 0.09 0.33 0.01 0.18 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.36 0.20 0.09 0.57 0.03 0.76 0.80 0.66
N9 0.01 0.02 0.03 0.20 0.01 0.08 0.01 0.14 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.18 0.11 0.01 0.34 0.02 0.55 0.51 0.39
O2' 0.02 0.30 0.00 0.02 0.17 0.27 0.24 0.10 0.23 0.37 0.24 0.41 0.29 0.36 0.18 0.00 0.06 0.18 0.25 0.27 0.56 0.57 0.37
O3' 0.27 0.31 0.03 0.01 0.18 0.03 0.18 0.19 0.23 0.16 0.27 0.39 0.31 0.20 0.11 0.06 0.00 0.19 0.30 0.25 0.46 0.33 0.31
O4' 0.01 0.30 0.02 0.02 0.16 0.01 0.07 0.02 0.13 0.17 0.23 0.36 0.29 0.09 0.01 0.18 0.19 0.00 0.18 0.10 0.30 0.38 0.24
O5' 0.20 0.37 0.36 0.27 0.33 0.02 0.44 0.01 0.44 0.56 0.39 0.42 0.33 0.57 0.34 0.25 0.30 0.18 0.00 0.49 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.14 0.37 0.02 0.13 0.01 0.26 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.27 0.25 0.10 0.49 0.00 0.77 0.83 0.64
OP1 0.44 0.66 0.65 0.40 0.59 0.20 0.68 0.19 0.71 0.70 0.69 0.72 0.60 0.76 0.55 0.56 0.46 0.30 0.02 0.77 0.00 0.02 0.01
OP2 0.39 0.68 0.55 0.27 0.58 0.23 0.70 0.25 0.75 0.69 0.72 0.74 0.60 0.80 0.51 0.57 0.33 0.38 0.02 0.83 0.02 0.00 0.01
P 0.26 0.52 0.46 0.24 0.43 0.08 0.54 0.02 0.57 0.59 0.54 0.59 0.45 0.66 0.39 0.37 0.31 0.24 0.01 0.64 0.01 0.01 0.00