ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 12351

back

Distances from reference structure (by RMSD)

63, 242, 135, 25, 11, 2, 19, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
O2 B 0, 0.038, 1.646, 3.253, 4.262 max_d=4.262 avg_d=1.646 std_dev=1.607
O2 A 0, -0.046, 1.614, 3.275, 4.294 max_d=4.294 avg_d=1.614 std_dev=1.661
O4 A 0, -0.100, 1.573, 3.245, 4.321 max_d=4.321 avg_d=1.573 std_dev=1.672
N3 B 0, -0.120, 1.583, 3.286, 4.101 max_d=4.101 avg_d=1.583 std_dev=1.703
O4 B 0, -0.119, 1.586, 3.291, 4.360 max_d=4.360 avg_d=1.586 std_dev=1.705
N3 A 0, -0.135, 1.578, 3.291, 4.147 max_d=4.147 avg_d=1.578 std_dev=1.713
C2 B 0, -0.216, 1.961, 4.138, 5.121 max_d=5.121 avg_d=1.961 std_dev=2.177
C2 A 0, -0.256, 1.948, 4.152, 5.045 max_d=5.045 avg_d=1.948 std_dev=2.204
C4 A 0, -0.286, 1.954, 4.194, 5.290 max_d=5.290 avg_d=1.954 std_dev=2.240
C4 B 0, -0.306, 1.953, 4.211, 5.132 max_d=5.132 avg_d=1.953 std_dev=2.258
N1 B 0, -0.591, 2.871, 6.333, 7.554 max_d=7.554 avg_d=2.871 std_dev=3.462
N1 A 0, -0.594, 2.873, 6.340, 7.550 max_d=7.550 avg_d=2.873 std_dev=3.467
C5 B 0, -0.495, 3.006, 6.507, 7.677 max_d=7.677 avg_d=3.006 std_dev=3.501
C5 A 0, -0.537, 2.970, 6.477, 7.862 max_d=7.862 avg_d=2.970 std_dev=3.507
O2' B 0, -0.377, 3.644, 7.666, 10.675 max_d=10.675 avg_d=3.644 std_dev=4.022
O2' A 0, -0.415, 3.642, 7.698, 10.163 max_d=10.163 avg_d=3.642 std_dev=4.057
C6 B 0, -0.633, 3.436, 7.505, 8.813 max_d=8.813 avg_d=3.436 std_dev=4.069
C6 A 0, -0.666, 3.412, 7.491, 8.870 max_d=8.870 avg_d=3.412 std_dev=4.078
C1' B 0, -0.641, 3.443, 7.527, 8.993 max_d=8.993 avg_d=3.443 std_dev=4.084
C1' A 0, -0.647, 3.442, 7.530, 9.326 max_d=9.326 avg_d=3.442 std_dev=4.089
C2' B 0, -0.405, 3.692, 7.789, 10.011 max_d=10.011 avg_d=3.692 std_dev=4.097
C2' A 0, -0.550, 3.685, 7.920, 10.005 max_d=10.005 avg_d=3.685 std_dev=4.235
O4' B 0, -0.650, 4.607, 9.863, 11.580 max_d=11.580 avg_d=4.607 std_dev=5.256
C3' B 0, -0.364, 4.917, 10.199, 12.208 max_d=12.208 avg_d=4.917 std_dev=5.282
O4' A 0, -0.804, 4.514, 9.832, 11.917 max_d=11.917 avg_d=4.514 std_dev=5.318
C3' A 0, -0.710, 4.797, 10.303, 12.722 max_d=12.722 avg_d=4.797 std_dev=5.507
O3' B 0, -0.162, 5.625, 11.413, 13.687 max_d=13.687 avg_d=5.625 std_dev=5.787
C4' B 0, -0.511, 5.418, 11.347, 13.177 max_d=13.177 avg_d=5.418 std_dev=5.929
C4' A 0, -0.849, 5.257, 11.364, 13.881 max_d=13.881 avg_d=5.257 std_dev=6.107
O3' A 0, -0.661, 5.449, 11.560, 14.641 max_d=14.641 avg_d=5.449 std_dev=6.110
O5' B 0, -0.410, 6.287, 12.984, 16.378 max_d=16.378 avg_d=6.287 std_dev=6.697
O5' A 0, -0.688, 6.202, 13.091, 15.544 max_d=15.544 avg_d=6.202 std_dev=6.889
C5' B 0, -0.433, 6.519, 13.472, 15.662 max_d=15.662 avg_d=6.519 std_dev=6.953
OP2 B 0, -0.340, 6.869, 14.078, 18.448 max_d=18.448 avg_d=6.869 std_dev=7.209
C5' A 0, -0.923, 6.302, 13.526, 16.038 max_d=16.038 avg_d=6.302 std_dev=7.224
P B 0, -0.401, 7.182, 14.765, 18.681 max_d=18.681 avg_d=7.182 std_dev=7.583
OP2 A 0, 0.214, 7.869, 15.524, 18.633 max_d=18.633 avg_d=7.869 std_dev=7.655
P A 0, -0.519, 7.233, 14.985, 17.928 max_d=17.928 avg_d=7.233 std_dev=7.752
OP1 A 0, 0.458, 8.573, 16.687, 19.927 max_d=19.927 avg_d=8.573 std_dev=8.114
OP1 B 0, -0.344, 8.084, 16.512, 21.079 max_d=21.079 avg_d=8.084 std_dev=8.428

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.15 0.02 0.01 0.15 0.30 0.29 0.18
C2 0.02 0.00 0.11 0.15 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.13 0.02 0.05 0.29 0.35 0.62 0.36
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.06 0.02 0.08 0.08 0.10 0.03 0.09 0.19 0.00 0.03 0.07 0.01 0.25 0.54 0.33 0.34
C3' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.22 0.01 0.22 0.02 0.19 0.13 0.19 0.15 0.02 0.01 0.23 0.02 0.22 0.43 0.18 0.23
C4 0.02 0.01 0.06 0.22 0.00 0.10 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.18 0.16 0.01 0.04 0.44 0.59 0.94 0.61
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.10 0.00 0.13 0.01 0.12 0.06 0.07 0.06 0.15 0.03 0.11 0.01 0.02 0.24 0.18 0.08
C5 0.02 0.01 0.08 0.22 0.01 0.13 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.02 0.20 0.19 0.01 0.06 0.46 0.63 0.93 0.64
C5' 0.04 0.09 0.08 0.02 0.16 0.01 0.19 0.00 0.16 0.09 0.12 0.08 0.08 0.11 0.18 0.02 0.01 0.21 0.27 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.19 0.01 0.12 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.02 0.17 0.15 0.01 0.07 0.40 0.47 0.71 0.50
N1 0.01 0.01 0.03 0.13 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.11 0.08 0.02 0.02 0.28 0.33 0.54 0.34
N3 0.02 0.01 0.09 0.19 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.14 0.01 0.05 0.36 0.46 0.80 0.49
O2 0.04 0.01 0.19 0.15 0.02 0.06 0.02 0.08 0.02 0.02 0.01 0.00 0.14 0.22 0.03 0.09 0.23 0.33 0.53 0.28
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.18 0.15 0.20 0.08 0.17 0.11 0.15 0.14 0.00 0.06 0.20 0.11 0.14 0.60 0.32 0.30
O3' 0.15 0.13 0.03 0.01 0.16 0.03 0.19 0.11 0.15 0.08 0.14 0.22 0.06 0.00 0.19 0.10 0.21 0.41 0.30 0.18
O4 0.02 0.02 0.07 0.23 0.01 0.11 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.03 0.20 0.19 0.00 0.04 0.46 0.68 1.05 0.68
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.04 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.05 0.09 0.11 0.10 0.04 0.00 0.11 0.20 0.25 0.15
O5' 0.15 0.29 0.25 0.22 0.44 0.02 0.46 0.01 0.40 0.28 0.36 0.23 0.14 0.21 0.46 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.30 0.35 0.54 0.43 0.59 0.24 0.63 0.21 0.47 0.33 0.46 0.33 0.60 0.41 0.68 0.20 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.29 0.62 0.33 0.18 0.94 0.18 0.93 0.27 0.71 0.54 0.80 0.53 0.32 0.30 1.05 0.25 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.36 0.34 0.23 0.61 0.08 0.64 0.02 0.50 0.34 0.49 0.28 0.30 0.18 0.68 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.30 0.51 0.42 0.39 1.14 0.34 0.97 0.37 0.68 0.46 0.91 0.31 0.68 0.56 1.44 0.35 0.53 0.99 0.88 0.72
C2 0.46 0.21 0.71 0.56 1.06 0.45 0.85 0.30 0.45 0.21 0.68 0.55 1.04 0.70 1.50 0.36 0.35 0.85 0.78 0.53
C2' 0.45 0.76 0.47 0.46 1.34 0.43 1.18 0.52 0.90 0.69 1.14 0.53 0.58 0.52 1.60 0.50 0.71 1.07 1.09 0.90
C3' 0.40 0.60 0.43 0.43 1.11 0.42 1.00 0.50 0.76 0.57 0.90 0.43 0.61 0.59 1.36 0.47 0.66 1.06 1.01 0.85
C4 1.10 1.04 1.25 1.06 0.21 0.94 0.20 0.70 0.45 0.85 0.64 1.47 1.45 1.10 0.56 0.91 0.56 0.69 0.72 0.39
C4' 0.35 0.52 0.40 0.40 1.00 0.37 0.89 0.44 0.65 0.48 0.80 0.38 0.61 0.59 1.25 0.41 0.58 1.03 0.88 0.77
C5 0.93 0.82 1.09 0.93 0.18 0.81 0.17 0.61 0.36 0.69 0.48 1.19 1.30 0.99 0.48 0.77 0.50 0.70 0.71 0.38
C5' 0.31 0.32 0.44 0.40 0.74 0.35 0.66 0.36 0.46 0.32 0.54 0.31 0.67 0.60 0.98 0.34 0.47 0.93 0.79 0.64
C6 0.62 0.41 0.83 0.69 0.45 0.58 0.37 0.41 0.15 0.35 0.16 0.77 1.07 0.80 0.82 0.50 0.35 0.75 0.68 0.39
N1 0.40 0.20 0.64 0.52 0.88 0.41 0.72 0.30 0.39 0.20 0.54 0.45 0.93 0.67 1.25 0.33 0.35 0.84 0.75 0.52
N3 0.86 0.64 1.07 0.86 0.65 0.74 0.49 0.50 0.18 0.51 0.21 1.19 1.34 0.94 1.21 0.67 0.36 0.73 0.68 0.36
O2 0.30 0.62 0.51 0.42 1.51 0.35 1.23 0.34 0.83 0.51 1.25 0.30 0.88 0.58 1.85 0.32 0.53 0.99 0.95 0.75
O2' 0.76 1.17 0.61 0.64 1.62 0.67 1.46 0.78 1.21 1.05 1.49 0.97 0.54 0.68 1.83 0.81 0.96 1.32 1.26 1.15
O3' 0.69 0.89 0.60 0.68 1.30 0.69 1.21 0.78 1.01 0.85 1.13 0.76 0.72 0.87 1.50 0.75 0.93 1.35 1.18 1.12
O4 1.41 1.50 1.50 1.31 0.61 1.20 0.53 0.96 0.84 1.25 1.23 1.83 1.65 1.31 0.32 1.21 0.82 0.74 0.85 0.57
O4' 0.31 0.42 0.44 0.41 0.95 0.36 0.82 0.37 0.56 0.38 0.73 0.30 0.70 0.60 1.23 0.35 0.50 0.98 0.79 0.68
O5' 0.44 0.41 0.56 0.48 0.69 0.43 0.63 0.40 0.45 0.38 0.51 0.51 0.77 0.62 0.93 0.43 0.47 0.88 0.84 0.61
OP1 0.58 0.58 0.64 0.63 0.81 0.60 0.77 0.59 0.62 0.56 0.66 0.64 0.86 0.88 1.01 0.61 0.66 1.07 0.97 0.81
OP2 0.94 0.95 0.99 0.90 0.99 0.89 0.96 0.87 0.90 0.91 0.94 1.04 1.10 0.90 1.10 0.91 0.89 1.04 1.18 0.93
P 0.60 0.59 0.70 0.61 0.72 0.57 0.67 0.54 0.56 0.55 0.61 0.70 0.88 0.73 0.89 0.58 0.59 0.89 0.94 0.69

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.17 0.03 0.01 0.14 0.38 0.29 0.18
C2 0.03 0.00 0.12 0.16 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.18 0.02 0.07 0.22 0.56 0.46 0.26
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.01 0.09 0.10 0.11 0.03 0.10 0.21 0.00 0.03 0.07 0.01 0.25 0.39 0.22 0.28
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.22 0.01 0.24 0.02 0.22 0.13 0.19 0.17 0.02 0.01 0.24 0.02 0.15 0.25 0.16 0.14
C4 0.02 0.01 0.06 0.22 0.00 0.11 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.02 0.20 0.17 0.01 0.04 0.34 0.73 0.70 0.40
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.11 0.00 0.15 0.01 0.14 0.06 0.07 0.09 0.16 0.02 0.12 0.00 0.02 0.16 0.23 0.04
C5 0.02 0.01 0.09 0.24 0.01 0.15 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.20 0.01 0.08 0.39 0.75 0.71 0.44
C5' 0.04 0.10 0.10 0.02 0.19 0.01 0.23 0.00 0.20 0.10 0.14 0.13 0.07 0.12 0.21 0.02 0.01 0.22 0.28 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.22 0.01 0.14 0.01 0.20 0.00 0.01 0.01 0.02 0.19 0.16 0.02 0.09 0.34 0.65 0.56 0.36
N1 0.01 0.01 0.03 0.13 0.02 0.06 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.11 0.10 0.02 0.02 0.22 0.52 0.42 0.25
N3 0.02 0.01 0.10 0.19 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.17 0.01 0.05 0.28 0.65 0.58 0.32
O2 0.05 0.01 0.21 0.17 0.02 0.09 0.02 0.13 0.02 0.02 0.01 0.00 0.20 0.29 0.02 0.13 0.22 0.52 0.40 0.26
O2' 0.02 0.15 0.00 0.02 0.20 0.16 0.21 0.07 0.19 0.11 0.17 0.20 0.00 0.05 0.21 0.12 0.18 0.33 0.23 0.22
O3' 0.17 0.18 0.03 0.01 0.17 0.02 0.20 0.12 0.16 0.10 0.17 0.29 0.05 0.00 0.20 0.11 0.21 0.43 0.29 0.25
O4 0.03 0.02 0.07 0.24 0.01 0.12 0.01 0.21 0.02 0.02 0.01 0.02 0.21 0.20 0.00 0.04 0.37 0.78 0.77 0.43
O4' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.04 0.00 0.08 0.02 0.09 0.02 0.05 0.13 0.12 0.11 0.04 0.00 0.11 0.30 0.33 0.15
O5' 0.14 0.22 0.25 0.15 0.34 0.02 0.39 0.01 0.34 0.22 0.28 0.22 0.18 0.21 0.37 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.38 0.56 0.39 0.25 0.73 0.16 0.75 0.22 0.65 0.52 0.65 0.52 0.33 0.43 0.78 0.30 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.29 0.46 0.22 0.16 0.70 0.23 0.71 0.28 0.56 0.42 0.58 0.40 0.23 0.29 0.77 0.33 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.26 0.28 0.14 0.40 0.04 0.44 0.02 0.36 0.25 0.32 0.26 0.22 0.25 0.43 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00