ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 12375

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 4, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.070, 0.141, 0.211, 0.205 max_d=0.205 avg_d=0.141 std_dev=0.070
C1' B 0, 0.150, 0.236, 0.321, 0.316 max_d=0.316 avg_d=0.236 std_dev=0.085
C4 A 0, 0.066, 0.154, 0.241, 0.247 max_d=0.247 avg_d=0.154 std_dev=0.088
N1 B 0, 0.168, 0.279, 0.391, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.279 std_dev=0.111
N3 A 0, 0.095, 0.213, 0.330, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.213 std_dev=0.118
C6 A 0, 0.136, 0.265, 0.393, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.265 std_dev=0.129
C1' A 0, 0.149, 0.302, 0.455, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.302 std_dev=0.153
N1 A 0, 0.138, 0.293, 0.449, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.293 std_dev=0.156
N9 A 0, 0.113, 0.282, 0.451, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.282 std_dev=0.169
N9 B 0, 0.126, 0.296, 0.467, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.296 std_dev=0.171
C5 A 0, 0.081, 0.258, 0.435, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.258 std_dev=0.177
C2 A 0, 0.138, 0.322, 0.507, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.322 std_dev=0.184
O6 A 0, 0.167, 0.356, 0.545, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.356 std_dev=0.189
C6 B 0, 0.090, 0.286, 0.483, 0.641 max_d=0.641 avg_d=0.286 std_dev=0.196
C5 B 0, 0.073, 0.333, 0.593, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.333 std_dev=0.260
N3 B 0, -0.001, 0.273, 0.548, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.273 std_dev=0.274
C2 B 0, 0.059, 0.369, 0.679, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.369 std_dev=0.310
C8 A 0, 0.116, 0.454, 0.792, 1.013 max_d=1.013 avg_d=0.454 std_dev=0.338
N2 A 0, 0.187, 0.531, 0.875, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.531 std_dev=0.344
N7 A 0, 0.075, 0.433, 0.791, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.433 std_dev=0.358
N6 B 0, 0.063, 0.471, 0.878, 1.303 max_d=1.303 avg_d=0.471 std_dev=0.408
C8 B 0, 0.100, 0.560, 1.020, 1.546 max_d=1.546 avg_d=0.560 std_dev=0.460
N7 B 0, 0.067, 0.602, 1.138, 1.726 max_d=1.726 avg_d=0.602 std_dev=0.535
C2' A 0, -0.003, 0.674, 1.351, 2.028 max_d=2.028 avg_d=0.674 std_dev=0.677
O3' A 0, -0.097, 0.704, 1.506, 2.400 max_d=2.400 avg_d=0.704 std_dev=0.802
O4' B 0, 0.021, 0.872, 1.722, 2.566 max_d=2.566 avg_d=0.872 std_dev=0.851
C2' B 0, -0.096, 0.793, 1.681, 2.716 max_d=2.716 avg_d=0.793 std_dev=0.888
O4' A 0, -0.192, 0.734, 1.661, 2.717 max_d=2.717 avg_d=0.734 std_dev=0.926
C3' A 0, -0.235, 0.738, 1.711, 2.813 max_d=2.813 avg_d=0.738 std_dev=0.973
C4' B 0, 0.080, 1.136, 2.192, 3.224 max_d=3.224 avg_d=1.136 std_dev=1.056
O2' A 0, -0.095, 1.020, 2.136, 3.019 max_d=3.019 avg_d=1.020 std_dev=1.116
C4' A 0, -0.375, 0.853, 2.080, 3.478 max_d=3.478 avg_d=0.853 std_dev=1.228
O2' B 0, -0.292, 0.959, 2.209, 3.689 max_d=3.689 avg_d=0.959 std_dev=1.251
C3' B 0, -0.085, 1.210, 2.505, 3.908 max_d=3.908 avg_d=1.210 std_dev=1.295
O3' B 0, -0.046, 1.624, 3.293, 5.026 max_d=5.026 avg_d=1.624 std_dev=1.670
C5' B 0, -0.065, 1.923, 3.911, 5.988 max_d=5.988 avg_d=1.923 std_dev=1.988
C5' A 0, -0.780, 1.292, 3.363, 5.724 max_d=5.724 avg_d=1.292 std_dev=2.072
O5' A 0, -0.831, 1.321, 3.473, 5.969 max_d=5.969 avg_d=1.321 std_dev=2.152
OP2 A 0, -0.814, 1.558, 3.929, 6.718 max_d=6.718 avg_d=1.558 std_dev=2.372
O5' B 0, -0.212, 2.246, 4.704, 7.339 max_d=7.339 avg_d=2.246 std_dev=2.458
P A 0, -1.078, 1.716, 4.510, 7.654 max_d=7.654 avg_d=1.716 std_dev=2.794
OP1 B 0, -0.442, 2.504, 5.449, 8.648 max_d=8.648 avg_d=2.504 std_dev=2.946
P B 0, -0.708, 2.542, 5.792, 9.315 max_d=9.315 avg_d=2.542 std_dev=3.250
OP1 A 0, -1.266, 1.989, 5.243, 8.933 max_d=8.933 avg_d=1.989 std_dev=3.255
OP2 B 0, -0.759, 2.871, 6.500, 10.563 max_d=10.563 avg_d=2.871 std_dev=3.630

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.06 0.07 0.03 0.00 0.03 0.26 0.01 0.10 0.03 0.18 0.18 0.14
C2 0.06 0.00 0.41 0.33 0.01 0.18 0.02 0.27 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.30 0.24 0.41 0.31 0.03 0.69 0.39 0.41
C2' 0.00 0.41 0.00 0.01 0.21 0.02 0.09 0.16 0.18 0.25 0.31 0.52 0.40 0.14 0.02 0.01 0.01 0.01 0.34 0.14 0.63 0.58 0.51
C3' 0.01 0.33 0.01 0.00 0.28 0.00 0.32 0.02 0.37 0.19 0.37 0.34 0.28 0.27 0.19 0.04 0.00 0.02 0.03 0.40 0.47 0.21 0.20
C4 0.03 0.01 0.21 0.28 0.00 0.06 0.01 0.16 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.16 0.20 0.29 0.04 0.62 0.36 0.40
C4' 0.01 0.18 0.02 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.09 0.26 0.10 0.25 0.18 0.24 0.09 0.30 0.02 0.01 0.03 0.15 0.30 0.19 0.04
C5 0.01 0.02 0.09 0.32 0.01 0.11 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.21 0.15 0.05 0.38 0.03 0.92 0.48 0.57
C5' 0.04 0.27 0.16 0.02 0.16 0.01 0.21 0.00 0.21 0.32 0.22 0.34 0.26 0.32 0.13 0.13 0.19 0.02 0.02 0.27 0.23 0.23 0.02
C6 0.02 0.02 0.18 0.37 0.02 0.09 0.01 0.21 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.13 0.20 0.13 0.41 0.01 1.07 0.53 0.63
C8 0.03 0.01 0.25 0.19 0.01 0.26 0.01 0.32 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.51 0.03 0.27 0.36 0.05 0.65 0.41 0.48
N1 0.04 0.01 0.31 0.37 0.01 0.10 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.13 0.23 0.29 0.36 0.03 0.93 0.47 0.54
N2 0.06 0.00 0.52 0.34 0.01 0.25 0.02 0.34 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.49 0.28 0.49 0.31 0.04 0.62 0.37 0.38
N3 0.07 0.01 0.40 0.28 0.00 0.18 0.02 0.26 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.31 0.22 0.41 0.27 0.05 0.51 0.33 0.33
N7 0.03 0.02 0.14 0.27 0.02 0.24 0.01 0.32 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.46 0.10 0.18 0.43 0.05 0.98 0.53 0.64
N9 0.00 0.02 0.02 0.19 0.01 0.09 0.01 0.13 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.18 0.10 0.01 0.23 0.04 0.41 0.29 0.30
O2' 0.03 0.30 0.01 0.04 0.06 0.30 0.21 0.13 0.13 0.51 0.13 0.49 0.31 0.46 0.18 0.00 0.04 0.22 0.23 0.20 0.73 0.62 0.48
O3' 0.26 0.24 0.01 0.00 0.16 0.02 0.15 0.19 0.20 0.03 0.23 0.28 0.22 0.10 0.10 0.04 0.00 0.18 0.20 0.23 0.46 0.22 0.19
O4' 0.01 0.41 0.01 0.02 0.20 0.01 0.05 0.02 0.13 0.27 0.29 0.49 0.41 0.18 0.01 0.22 0.18 0.00 0.08 0.06 0.08 0.35 0.14
O5' 0.10 0.31 0.34 0.03 0.29 0.03 0.38 0.02 0.41 0.36 0.36 0.31 0.27 0.43 0.23 0.23 0.20 0.08 0.00 0.47 0.04 0.01 0.01
O6 0.03 0.03 0.14 0.40 0.04 0.15 0.03 0.27 0.01 0.05 0.03 0.04 0.05 0.05 0.04 0.20 0.23 0.06 0.47 0.00 1.28 0.62 0.75
OP1 0.18 0.69 0.63 0.47 0.62 0.30 0.92 0.23 1.07 0.65 0.93 0.62 0.51 0.98 0.41 0.73 0.46 0.08 0.04 1.28 0.00 0.04 0.04
OP2 0.18 0.39 0.58 0.21 0.36 0.19 0.48 0.23 0.53 0.41 0.47 0.37 0.33 0.53 0.29 0.62 0.22 0.35 0.01 0.62 0.04 0.00 0.01
P 0.14 0.41 0.51 0.20 0.40 0.04 0.57 0.02 0.63 0.48 0.54 0.38 0.33 0.64 0.30 0.48 0.19 0.14 0.01 0.75 0.04 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.27 0.21 0.37 0.86 0.26 0.81 0.32 1.26 0.32 0.35 0.25 0.21 0.40 0.38 0.29 0.12 0.92 0.59 2.18 1.66 3.35 2.50
C2 0.18 0.17 0.30 0.65 0.18 0.61 0.21 0.94 0.22 0.22 0.18 0.17 0.26 0.24 0.19 0.13 0.66 0.46 1.84 1.24 2.81 2.05
C2' 0.43 0.43 0.61 1.07 0.49 1.03 0.58 1.47 0.59 0.59 0.51 0.42 0.66 0.63 0.50 0.25 1.09 0.82 2.38 1.77 3.46 2.65
C3' 0.50 0.49 0.67 1.15 0.51 1.14 0.53 1.60 0.51 0.56 0.49 0.49 0.52 0.56 0.52 0.32 1.18 0.92 2.52 1.99 3.66 2.85
C4 0.24 0.21 0.37 0.86 0.25 0.82 0.30 1.26 0.31 0.31 0.25 0.21 0.36 0.34 0.27 0.11 0.89 0.60 2.18 1.59 3.27 2.46
C4' 0.23 0.14 0.28 0.77 0.20 0.74 0.29 1.20 0.29 0.34 0.16 0.14 0.42 0.39 0.24 0.12 0.86 0.52 2.12 1.64 3.33 2.47
C5 0.27 0.24 0.40 0.96 0.29 0.92 0.34 1.44 0.35 0.35 0.29 0.23 0.40 0.38 0.30 0.13 0.98 0.68 2.34 1.76 3.41 2.63
C5' 0.18 0.14 0.29 0.81 0.14 0.76 0.27 1.25 0.26 0.34 0.10 0.11 0.44 0.40 0.20 0.13 0.92 0.49 2.16 1.71 3.37 2.52
C6 0.24 0.23 0.36 0.91 0.27 0.88 0.33 1.38 0.34 0.33 0.29 0.21 0.39 0.36 0.28 0.14 0.91 0.65 2.27 1.64 3.26 2.52
C8 0.31 0.27 0.45 1.05 0.31 1.01 0.37 1.57 0.37 0.39 0.30 0.26 0.43 0.42 0.34 0.14 1.11 0.74 2.47 1.96 3.62 2.81
N1 0.18 0.17 0.31 0.74 0.20 0.71 0.26 1.10 0.27 0.26 0.22 0.16 0.32 0.29 0.21 0.12 0.73 0.53 1.99 1.35 2.91 2.19
N2 0.17 0.19 0.25 0.47 0.17 0.44 0.17 0.66 0.15 0.18 0.16 0.19 0.17 0.19 0.17 0.17 0.48 0.34 1.53 1.01 2.46 1.73
N3 0.21 0.19 0.34 0.73 0.21 0.68 0.25 1.04 0.25 0.26 0.21 0.19 0.30 0.28 0.23 0.13 0.76 0.51 1.96 1.37 3.01 2.21
N7 0.33 0.29 0.46 1.09 0.33 1.06 0.39 1.64 0.39 0.41 0.32 0.28 0.44 0.44 0.36 0.16 1.13 0.77 2.53 2.01 3.64 2.86
N9 0.27 0.23 0.40 0.92 0.27 0.88 0.33 1.36 0.32 0.34 0.26 0.22 0.39 0.37 0.29 0.11 0.97 0.64 2.28 1.74 3.42 2.59
O2' 0.29 0.26 0.38 0.82 0.37 0.79 0.51 1.24 0.53 0.51 0.40 0.24 0.67 0.59 0.39 0.11 0.83 0.63 2.14 1.54 3.21 2.41
O3' 0.30 0.24 0.43 0.87 0.30 0.90 0.34 1.34 0.32 0.38 0.26 0.26 0.35 0.40 0.33 0.13 0.89 0.72 2.28 1.78 3.43 2.63
O4' 0.32 0.17 0.14 0.64 0.32 0.60 0.45 1.05 0.46 0.49 0.29 0.18 0.62 0.55 0.37 0.24 0.74 0.42 1.97 1.51 3.21 2.32
O5' 0.28 0.39 0.58 1.13 0.27 1.06 0.21 1.60 0.18 0.25 0.27 0.37 0.20 0.25 0.26 0.21 1.22 0.74 2.50 2.04 3.67 2.86
O6 0.27 0.27 0.37 0.98 0.31 0.97 0.37 1.53 0.38 0.36 0.33 0.25 0.41 0.40 0.31 0.20 0.98 0.72 2.41 1.78 3.36 2.66
OP1 1.30 1.24 1.55 2.17 1.22 2.18 1.09 2.78 0.99 1.16 1.07 1.30 0.83 1.07 1.24 1.12 2.26 1.82 3.64 3.29 4.79 4.07
OP2 0.44 0.59 0.82 1.47 0.44 1.35 0.32 1.97 0.29 0.33 0.43 0.59 0.21 0.29 0.41 0.40 1.60 0.92 2.83 2.48 4.01 3.24
P 0.59 0.68 0.92 1.52 0.57 1.45 0.45 2.04 0.41 0.48 0.53 0.69 0.30 0.43 0.56 0.50 1.63 1.08 2.91 2.53 4.08 3.31

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.31 0.75 0.30 0.25
C2 0.03 0.00 0.24 0.65 0.01 0.59 0.01 0.92 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.62 0.40 1.74 1.08 2.33 1.78
C2' 0.01 0.24 0.00 0.01 0.13 0.01 0.10 0.01 0.15 0.08 0.21 0.22 0.14 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.27 0.56 0.28 0.20
C3' 0.01 0.65 0.01 0.00 0.26 0.01 0.10 0.02 0.23 0.44 0.48 0.63 0.15 0.32 0.10 0.02 0.01 0.01 0.28 0.39 0.30 0.18
C4 0.02 0.01 0.13 0.26 0.00 0.25 0.00 0.33 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.07 0.24 0.21 0.98 0.56 1.23 0.87
C4' 0.02 0.59 0.01 0.01 0.25 0.00 0.07 0.01 0.20 0.38 0.43 0.59 0.12 0.28 0.05 0.09 0.03 0.01 0.03 0.53 0.30 0.22
C5 0.02 0.01 0.10 0.10 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.12 0.09 0.74 0.50 1.12 0.67
C5' 0.02 0.92 0.01 0.02 0.33 0.01 0.11 0.00 0.28 0.63 0.65 0.86 0.16 0.49 0.12 0.07 0.04 0.02 0.01 0.27 0.24 0.01
C6 0.03 0.01 0.15 0.23 0.01 0.20 0.01 0.28 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.09 0.24 0.18 1.05 0.52 1.60 1.05
C8 0.02 0.02 0.08 0.44 0.01 0.38 0.02 0.63 0.03 0.00 0.03 0.02 0.05 0.00 0.01 0.18 0.38 0.23 0.23 0.94 0.27 0.29
N1 0.03 0.00 0.21 0.48 0.01 0.43 0.01 0.65 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.11 0.47 0.31 1.49 0.86 2.15 1.55
N3 0.03 0.00 0.22 0.63 0.00 0.59 0.01 0.86 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.18 0.57 0.42 1.59 0.91 1.90 1.51
N6 0.04 0.01 0.14 0.15 0.02 0.12 0.02 0.16 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.05 0.03 0.13 0.18 0.14 0.90 0.44 1.51 0.91
N7 0.02 0.01 0.05 0.32 0.00 0.28 0.01 0.49 0.03 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.17 0.30 0.14 0.26 0.76 0.52 0.18
N9 0.01 0.01 0.03 0.10 0.01 0.05 0.01 0.12 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.07 0.02 0.43 0.67 0.54 0.31
O2' 0.03 0.17 0.01 0.02 0.07 0.09 0.09 0.07 0.09 0.18 0.11 0.18 0.13 0.17 0.05 0.00 0.03 0.11 0.07 0.77 0.45 0.38
O3' 0.02 0.62 0.01 0.01 0.24 0.03 0.12 0.04 0.24 0.38 0.47 0.57 0.18 0.30 0.07 0.03 0.00 0.03 0.27 0.29 0.33 0.12
O4' 0.01 0.40 0.00 0.01 0.21 0.01 0.09 0.02 0.18 0.23 0.31 0.42 0.14 0.14 0.02 0.11 0.03 0.00 0.31 0.77 0.28 0.27
O5' 0.31 1.74 0.27 0.28 0.98 0.03 0.74 0.01 1.05 0.23 1.49 1.59 0.90 0.26 0.43 0.07 0.27 0.31 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.75 1.08 0.56 0.39 0.56 0.53 0.50 0.27 0.52 0.94 0.86 0.91 0.44 0.76 0.67 0.77 0.29 0.77 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.30 2.33 0.28 0.30 1.23 0.30 1.12 0.24 1.60 0.27 2.15 1.90 1.51 0.52 0.54 0.45 0.33 0.28 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.25 1.78 0.20 0.18 0.87 0.22 0.67 0.01 1.05 0.29 1.55 1.51 0.91 0.18 0.31 0.38 0.12 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00