ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 12376

back

Distances from reference structure (by RMSD)

51, 14, 2, 1, 3, 9, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 5, 17, 4, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
O6 B 0, -0.160, 0.617, 1.394, 3.389 max_d=3.389 avg_d=0.617 std_dev=0.777
N1 A 0, -0.476, 0.558, 1.591, 4.388 max_d=4.388 avg_d=0.558 std_dev=1.033
C6 B 0, -0.499, 0.580, 1.659, 4.659 max_d=4.659 avg_d=0.580 std_dev=1.079
C6 A 0, -0.524, 0.817, 2.157, 5.144 max_d=5.144 avg_d=0.817 std_dev=1.340
N1 B 0, -0.527, 0.819, 2.164, 4.781 max_d=4.781 avg_d=0.819 std_dev=1.345
O6 A 0, -0.394, 0.997, 2.388, 4.992 max_d=4.992 avg_d=0.997 std_dev=1.391
C2 A 0, -0.702, 0.798, 2.299, 6.101 max_d=6.101 avg_d=0.798 std_dev=1.501
N2 A 0, -0.503, 1.066, 2.636, 5.763 max_d=5.763 avg_d=1.066 std_dev=1.569
C5 B 0, -0.882, 0.850, 2.581, 7.170 max_d=7.170 avg_d=0.850 std_dev=1.731
C5 A 0, -1.016, 0.975, 2.966, 7.588 max_d=7.588 avg_d=0.975 std_dev=1.991
C2 B 0, -0.898, 1.113, 3.124, 7.419 max_d=7.419 avg_d=1.113 std_dev=2.011
N3 A 0, -1.227, 0.924, 3.074, 8.398 max_d=8.398 avg_d=0.924 std_dev=2.151
N7 B 0, -0.884, 1.342, 3.568, 8.832 max_d=8.832 avg_d=1.342 std_dev=2.226
C4 B 0, -1.512, 0.777, 3.065, 8.684 max_d=8.684 avg_d=0.777 std_dev=2.288
C4 A 0, -1.504, 0.826, 3.156, 8.708 max_d=8.708 avg_d=0.826 std_dev=2.330
N3 B 0, -1.277, 1.099, 3.475, 9.032 max_d=9.032 avg_d=1.099 std_dev=2.376
N2 B 0, -0.965, 1.577, 4.118, 8.958 max_d=8.958 avg_d=1.577 std_dev=2.541
N7 A 0, -1.165, 1.386, 3.937, 9.613 max_d=9.613 avg_d=1.386 std_dev=2.551
C8 B 0, -1.301, 1.522, 4.344, 10.879 max_d=10.879 avg_d=1.522 std_dev=2.823
N9 B 0, -1.646, 1.213, 4.072, 10.910 max_d=10.910 avg_d=1.213 std_dev=2.859
N9 A 0, -1.822, 1.170, 4.162, 11.235 max_d=11.235 avg_d=1.170 std_dev=2.992
C8 A 0, -1.551, 1.480, 4.511, 11.497 max_d=11.497 avg_d=1.480 std_dev=3.031
C1' B 0, -2.070, 1.476, 5.023, 13.198 max_d=13.198 avg_d=1.476 std_dev=3.547
C1' A 0, -2.300, 1.344, 4.988, 13.519 max_d=13.519 avg_d=1.344 std_dev=3.644
C2' A 0, -2.143, 1.706, 5.555, 14.752 max_d=14.752 avg_d=1.706 std_dev=3.849
C2' B 0, -2.118, 1.799, 5.715, 14.948 max_d=14.948 avg_d=1.799 std_dev=3.917
O2' B 0, -1.749, 2.177, 6.103, 15.455 max_d=15.455 avg_d=2.177 std_dev=3.926
O4' B 0, -2.140, 1.828, 5.795, 15.139 max_d=15.139 avg_d=1.828 std_dev=3.968
O2' A 0, -2.046, 2.072, 6.189, 16.218 max_d=16.218 avg_d=2.072 std_dev=4.117
O4' A 0, -2.451, 1.693, 5.836, 15.645 max_d=15.645 avg_d=1.693 std_dev=4.144
C3' A 0, -2.460, 1.949, 6.359, 17.176 max_d=17.176 avg_d=1.949 std_dev=4.410
C3' B 0, -2.536, 2.065, 6.666, 17.669 max_d=17.669 avg_d=2.065 std_dev=4.601
C4' B 0, -2.529, 2.096, 6.721, 17.639 max_d=17.639 avg_d=2.096 std_dev=4.625
O5' B 0, -1.859, 2.791, 7.441, 18.472 max_d=18.472 avg_d=2.791 std_dev=4.650
C4' A 0, -2.714, 1.979, 6.671, 17.869 max_d=17.869 avg_d=1.979 std_dev=4.693
O5' A 0, -2.240, 2.527, 7.294, 19.195 max_d=19.195 avg_d=2.527 std_dev=4.767
C5' B 0, -2.286, 2.576, 7.438, 18.974 max_d=18.974 avg_d=2.576 std_dev=4.862
O3' A 0, -2.616, 2.259, 7.134, 18.517 max_d=18.517 avg_d=2.259 std_dev=4.875
O3' B 0, -2.642, 2.255, 7.152, 18.445 max_d=18.445 avg_d=2.255 std_dev=4.897
C5' A 0, -2.653, 2.382, 7.416, 19.674 max_d=19.674 avg_d=2.382 std_dev=5.035
OP2 A 0, -1.967, 3.133, 8.232, 20.182 max_d=20.182 avg_d=3.133 std_dev=5.100
OP2 B 0, -1.510, 3.604, 8.718, 20.496 max_d=20.496 avg_d=3.604 std_dev=5.114
P A 0, -2.165, 2.957, 8.079, 19.670 max_d=19.670 avg_d=2.957 std_dev=5.122
P B 0, -1.762, 3.395, 8.552, 20.720 max_d=20.720 avg_d=3.395 std_dev=5.157
OP1 B 0, -1.880, 3.748, 9.377, 22.652 max_d=22.652 avg_d=3.748 std_dev=5.629
OP1 A 0, -2.241, 3.437, 9.115, 20.129 max_d=20.129 avg_d=3.437 std_dev=5.678

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.03 0.01 0.04 0.06 0.04 0.01 0.01 0.02 0.22 0.01 0.16 0.03 0.63 0.20 0.21
C2 0.05 0.00 0.20 0.35 0.01 0.32 0.01 0.51 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.31 0.32 0.24 0.60 0.02 0.97 0.95 0.71
C2' 0.01 0.20 0.00 0.01 0.11 0.02 0.08 0.15 0.12 0.07 0.17 0.24 0.19 0.06 0.03 0.00 0.03 0.01 0.23 0.11 0.48 0.27 0.25
C3' 0.01 0.35 0.01 0.00 0.25 0.01 0.31 0.02 0.34 0.33 0.34 0.40 0.31 0.35 0.20 0.03 0.01 0.02 0.29 0.36 0.33 0.34 0.20
C4 0.02 0.01 0.11 0.25 0.00 0.15 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.23 0.15 0.12 0.37 0.02 0.82 0.58 0.32
C4' 0.01 0.32 0.02 0.01 0.15 0.00 0.12 0.01 0.15 0.22 0.24 0.41 0.30 0.18 0.08 0.25 0.02 0.01 0.02 0.15 0.23 0.17 0.07
C5 0.02 0.01 0.08 0.31 0.01 0.12 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.25 0.18 0.05 0.43 0.02 0.91 0.73 0.33
C5' 0.06 0.51 0.15 0.02 0.21 0.01 0.14 0.00 0.21 0.33 0.38 0.69 0.47 0.28 0.09 0.10 0.16 0.02 0.01 0.19 0.24 0.27 0.02
C6 0.03 0.01 0.12 0.34 0.01 0.15 0.01 0.21 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.28 0.23 0.10 0.45 0.01 0.91 0.81 0.37
C8 0.01 0.02 0.07 0.33 0.01 0.22 0.01 0.33 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.20 0.20 0.14 0.59 0.03 1.03 0.78 0.56
N1 0.04 0.01 0.17 0.34 0.01 0.24 0.01 0.38 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.30 0.27 0.18 0.51 0.02 0.93 0.88 0.54
N2 0.06 0.01 0.24 0.40 0.02 0.41 0.02 0.69 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.34 0.42 0.29 0.77 0.03 1.12 1.22 0.97
N3 0.04 0.01 0.19 0.31 0.01 0.30 0.01 0.47 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.29 0.29 0.24 0.55 0.02 0.88 0.79 0.61
N7 0.01 0.02 0.06 0.35 0.01 0.18 0.01 0.28 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.24 0.23 0.08 0.58 0.03 1.06 0.91 0.55
N9 0.01 0.02 0.03 0.20 0.01 0.08 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.16 0.07 0.01 0.33 0.03 0.80 0.44 0.26
O2' 0.02 0.31 0.00 0.03 0.23 0.25 0.25 0.10 0.28 0.20 0.30 0.34 0.29 0.24 0.16 0.00 0.04 0.17 0.24 0.29 0.34 0.31 0.15
O3' 0.22 0.32 0.03 0.01 0.15 0.02 0.18 0.16 0.23 0.20 0.27 0.42 0.29 0.23 0.07 0.04 0.00 0.15 0.32 0.26 0.56 0.45 0.34
O4' 0.01 0.24 0.01 0.02 0.12 0.01 0.05 0.02 0.10 0.14 0.18 0.29 0.24 0.08 0.01 0.17 0.15 0.00 0.08 0.08 0.58 0.16 0.23
O5' 0.16 0.60 0.23 0.29 0.37 0.02 0.43 0.01 0.45 0.59 0.51 0.77 0.55 0.58 0.33 0.24 0.32 0.08 0.00 0.48 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.11 0.36 0.02 0.15 0.02 0.19 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.29 0.26 0.08 0.48 0.00 0.94 0.91 0.39
OP1 0.63 0.97 0.48 0.33 0.82 0.23 0.91 0.24 0.91 1.03 0.93 1.12 0.88 1.06 0.80 0.34 0.56 0.58 0.02 0.94 0.00 0.02 0.01
OP2 0.20 0.95 0.27 0.34 0.58 0.17 0.73 0.27 0.81 0.78 0.88 1.22 0.79 0.91 0.44 0.31 0.45 0.16 0.02 0.91 0.02 0.00 0.01
P 0.21 0.71 0.25 0.20 0.32 0.07 0.33 0.02 0.37 0.56 0.54 0.97 0.61 0.55 0.26 0.15 0.34 0.23 0.01 0.39 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.20 0.47 0.18 0.40 0.14 0.26 0.25 0.43 0.17 0.47 0.33 0.78 0.32 0.52 0.23 0.60 0.20 0.28 0.70 0.32 0.95 1.33 0.97
C2 0.36 0.17 0.32 0.51 0.32 0.39 0.41 0.46 0.33 0.52 0.18 0.24 0.20 0.55 0.40 0.56 0.43 0.44 0.72 0.43 0.87 1.13 0.85
C2' 0.32 0.28 0.25 0.38 0.26 0.34 0.39 0.48 0.31 0.55 0.21 0.52 0.22 0.60 0.36 0.62 0.25 0.45 0.72 0.46 0.91 1.26 0.92
C3' 0.46 0.47 0.40 0.40 0.38 0.45 0.48 0.57 0.40 0.67 0.36 0.73 0.40 0.71 0.48 0.79 0.30 0.56 0.75 0.53 0.93 1.29 0.95
C4 0.17 0.60 0.16 0.42 0.14 0.27 0.23 0.44 0.17 0.49 0.49 0.95 0.40 0.55 0.22 0.56 0.22 0.27 0.71 0.28 0.95 1.31 0.97
C4' 0.34 0.64 0.37 0.46 0.31 0.37 0.33 0.50 0.29 0.52 0.48 0.98 0.51 0.57 0.33 0.74 0.31 0.39 0.69 0.39 0.95 1.32 0.97
C5 0.21 1.05 0.23 0.45 0.30 0.35 0.18 0.53 0.28 0.52 0.89 1.52 0.75 0.60 0.20 0.61 0.26 0.30 0.78 0.21 1.06 1.45 1.09
C5' 0.56 0.97 0.62 0.67 0.54 0.57 0.49 0.66 0.49 0.63 0.78 1.37 0.81 0.67 0.51 0.93 0.57 0.55 0.75 0.52 1.03 1.40 1.05
C6 0.18 1.11 0.20 0.46 0.31 0.34 0.18 0.52 0.33 0.54 1.00 1.55 0.76 0.63 0.19 0.56 0.28 0.30 0.78 0.21 1.03 1.42 1.06
C8 0.32 1.13 0.34 0.49 0.38 0.42 0.19 0.59 0.29 0.52 0.90 1.66 0.85 0.59 0.25 0.71 0.33 0.37 0.81 0.21 1.15 1.54 1.17
N1 0.24 0.52 0.24 0.48 0.18 0.33 0.29 0.45 0.21 0.52 0.49 0.78 0.31 0.59 0.29 0.52 0.35 0.33 0.73 0.29 0.89 1.20 0.89
N2 0.58 0.61 0.51 0.63 0.59 0.57 0.58 0.59 0.59 0.57 0.62 0.62 0.60 0.57 0.58 0.65 0.64 0.66 0.80 0.58 0.94 1.09 0.86
N3 0.30 0.18 0.24 0.45 0.25 0.33 0.36 0.43 0.28 0.49 0.16 0.35 0.14 0.53 0.34 0.55 0.35 0.38 0.71 0.39 0.89 1.18 0.87
N7 0.38 1.36 0.38 0.53 0.49 0.48 0.23 0.65 0.40 0.55 1.12 1.95 1.03 0.63 0.29 0.73 0.39 0.43 0.86 0.21 1.21 1.62 1.23
N9 0.19 0.72 0.20 0.42 0.18 0.29 0.20 0.47 0.17 0.48 0.56 1.12 0.51 0.54 0.20 0.61 0.20 0.27 0.73 0.26 1.00 1.38 1.02
O2' 0.36 0.34 0.47 0.69 0.35 0.48 0.42 0.59 0.41 0.48 0.34 0.43 0.32 0.52 0.38 0.55 0.58 0.42 0.85 0.49 1.02 1.38 1.03
O3' 0.35 0.37 0.34 0.41 0.30 0.36 0.39 0.49 0.35 0.54 0.30 0.59 0.32 0.59 0.37 0.68 0.29 0.45 0.70 0.49 0.82 1.24 0.87
O4' 0.25 0.73 0.29 0.46 0.27 0.32 0.23 0.48 0.25 0.41 0.56 1.09 0.56 0.47 0.22 0.67 0.24 0.27 0.70 0.31 0.99 1.37 1.01
O5' 0.73 1.06 0.76 0.74 0.67 0.76 0.66 0.87 0.60 0.90 0.84 1.51 0.90 0.94 0.70 1.12 0.73 0.77 1.01 0.66 1.33 1.69 1.33
O6 0.32 1.59 0.31 0.52 0.54 0.46 0.27 0.64 0.57 0.61 1.44 2.15 1.14 0.71 0.27 0.62 0.39 0.42 0.87 0.30 1.17 1.60 1.22
OP1 1.39 2.12 1.50 1.53 1.44 1.32 1.14 1.16 1.26 0.96 1.81 2.66 1.92 0.91 1.23 1.61 1.53 1.24 1.05 1.04 1.16 1.54 1.23
OP2 1.17 1.37 1.19 1.16 1.06 1.26 1.11 1.44 0.99 1.44 1.13 1.88 1.24 1.48 1.16 1.56 1.23 1.26 1.61 1.07 2.00 2.36 1.99
P 0.94 1.50 1.00 1.01 0.93 0.95 0.78 0.99 0.81 0.92 1.23 2.04 1.31 0.94 0.85 1.29 1.02 0.92 1.05 0.75 1.38 1.77 1.40

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.34 0.01 0.25 0.03 0.47 0.38 0.26
C2 0.04 0.00 0.50 0.33 0.01 0.33 0.01 0.49 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.49 0.23 0.54 0.56 0.01 0.66 0.81 0.61
C2' 0.01 0.50 0.00 0.00 0.27 0.02 0.14 0.22 0.24 0.25 0.40 0.60 0.48 0.12 0.03 0.00 0.03 0.02 0.60 0.19 1.04 0.81 0.76
C3' 0.02 0.33 0.00 0.00 0.32 0.01 0.41 0.02 0.43 0.37 0.39 0.31 0.27 0.43 0.26 0.02 0.01 0.02 0.28 0.48 0.77 0.32 0.40
C4 0.02 0.01 0.27 0.32 0.00 0.11 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.18 0.14 0.27 0.36 0.02 0.46 0.55 0.36
C4' 0.01 0.33 0.02 0.01 0.11 0.00 0.11 0.01 0.09 0.37 0.21 0.46 0.32 0.31 0.11 0.32 0.03 0.00 0.01 0.12 0.27 0.23 0.07
C5 0.02 0.01 0.14 0.41 0.01 0.11 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.25 0.15 0.11 0.39 0.02 0.53 0.65 0.45
C5' 0.08 0.49 0.22 0.02 0.19 0.01 0.15 0.00 0.16 0.45 0.33 0.66 0.46 0.39 0.11 0.11 0.22 0.01 0.01 0.17 0.17 0.27 0.01
C6 0.02 0.01 0.24 0.43 0.01 0.09 0.01 0.16 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.22 0.19 0.22 0.40 0.01 0.55 0.72 0.47
C8 0.02 0.02 0.25 0.37 0.01 0.37 0.01 0.45 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.59 0.15 0.30 0.55 0.03 0.64 0.71 0.61
N1 0.03 0.01 0.40 0.39 0.01 0.21 0.01 0.33 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.31 0.18 0.41 0.46 0.01 0.57 0.75 0.51
N2 0.05 0.01 0.60 0.31 0.02 0.46 0.02 0.66 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.68 0.30 0.65 0.70 0.03 0.85 1.01 0.81
N3 0.04 0.01 0.48 0.27 0.01 0.32 0.01 0.46 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.47 0.25 0.53 0.54 0.01 0.61 0.70 0.54
N7 0.02 0.02 0.12 0.43 0.01 0.31 0.01 0.39 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.52 0.22 0.17 0.54 0.03 0.70 0.81 0.66
N9 0.01 0.02 0.03 0.26 0.01 0.11 0.01 0.11 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.22 0.11 0.01 0.31 0.02 0.44 0.48 0.32
O2' 0.02 0.49 0.00 0.02 0.18 0.32 0.25 0.11 0.22 0.59 0.31 0.68 0.47 0.52 0.22 0.00 0.05 0.24 0.42 0.27 0.98 0.85 0.66
O3' 0.34 0.23 0.03 0.01 0.14 0.03 0.15 0.22 0.19 0.15 0.18 0.30 0.25 0.22 0.11 0.05 0.00 0.24 0.23 0.25 0.57 0.32 0.25
O4' 0.01 0.54 0.02 0.02 0.27 0.00 0.11 0.01 0.22 0.30 0.41 0.65 0.53 0.17 0.01 0.24 0.24 0.00 0.13 0.16 0.25 0.36 0.24
O5' 0.25 0.56 0.60 0.28 0.36 0.01 0.39 0.01 0.40 0.55 0.46 0.70 0.54 0.54 0.31 0.42 0.23 0.13 0.00 0.43 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.19 0.48 0.02 0.12 0.02 0.17 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.27 0.25 0.16 0.43 0.00 0.63 0.80 0.55
OP1 0.47 0.66 1.04 0.77 0.46 0.27 0.53 0.17 0.55 0.64 0.57 0.85 0.61 0.70 0.44 0.98 0.57 0.25 0.02 0.63 0.00 0.01 0.01
OP2 0.38 0.81 0.81 0.32 0.55 0.23 0.65 0.27 0.72 0.71 0.75 1.01 0.70 0.81 0.48 0.85 0.32 0.36 0.02 0.80 0.01 0.00 0.01
P 0.26 0.61 0.76 0.40 0.36 0.07 0.45 0.01 0.47 0.61 0.51 0.81 0.54 0.66 0.32 0.66 0.25 0.24 0.01 0.55 0.01 0.01 0.00