ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 12548

back

Distances from reference structure (by RMSD)

58, 271, 119, 32, 10, 4, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.019, 0.085, 0.151, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.085 std_dev=0.066
N1 B 0, 0.020, 0.095, 0.170, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.095 std_dev=0.075
N9 A 0, 0.058, 0.155, 0.253, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.155 std_dev=0.097
C6 B 0, 0.055, 0.160, 0.264, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.160 std_dev=0.104
C5 A 0, 0.057, 0.170, 0.282, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.170 std_dev=0.113
C1' B 0, 0.038, 0.165, 0.291, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.165 std_dev=0.126
C2 B 0, 0.050, 0.186, 0.323, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.186 std_dev=0.137
C5 B 0, 0.041, 0.178, 0.316, 1.502 max_d=1.502 avg_d=0.178 std_dev=0.137
N3 A 0, 0.040, 0.182, 0.324, 1.256 max_d=1.256 avg_d=0.182 std_dev=0.142
C6 A 0, 0.056, 0.201, 0.347, 1.415 max_d=1.415 avg_d=0.201 std_dev=0.146
C1' A 0, 0.054, 0.203, 0.351, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.203 std_dev=0.148
C4 B 0, 0.007, 0.163, 0.320, 2.050 max_d=2.050 avg_d=0.163 std_dev=0.157
N3 B 0, 0.039, 0.206, 0.374, 1.946 max_d=1.946 avg_d=0.206 std_dev=0.167
N1 A 0, 0.050, 0.226, 0.401, 1.763 max_d=1.763 avg_d=0.226 std_dev=0.175
C2 A 0, 0.056, 0.240, 0.424, 1.675 max_d=1.675 avg_d=0.240 std_dev=0.184
C8 A 0, 0.084, 0.276, 0.467, 1.445 max_d=1.445 avg_d=0.276 std_dev=0.191
N7 A 0, 0.083, 0.294, 0.505, 1.669 max_d=1.669 avg_d=0.294 std_dev=0.211
O2 B 0, 0.088, 0.304, 0.520, 1.939 max_d=1.939 avg_d=0.304 std_dev=0.216
O4 B 0, 0.029, 0.246, 0.463, 2.849 max_d=2.849 avg_d=0.246 std_dev=0.217
N6 A 0, 0.085, 0.305, 0.525, 1.962 max_d=1.962 avg_d=0.305 std_dev=0.220
O4' B 0, 0.011, 0.293, 0.575, 2.288 max_d=2.288 avg_d=0.293 std_dev=0.282
C2' B 0, 0.007, 0.292, 0.578, 2.482 max_d=2.482 avg_d=0.292 std_dev=0.286
C2' A 0, 0.025, 0.355, 0.685, 3.020 max_d=3.020 avg_d=0.355 std_dev=0.330
O4' A 0, 0.034, 0.381, 0.727, 3.059 max_d=3.059 avg_d=0.381 std_dev=0.347
C4' B 0, 0.023, 0.405, 0.786, 2.904 max_d=2.904 avg_d=0.405 std_dev=0.382
C3' B 0, -0.017, 0.398, 0.812, 3.584 max_d=3.584 avg_d=0.398 std_dev=0.414
O2' B 0, 0.001, 0.423, 0.846, 3.232 max_d=3.232 avg_d=0.423 std_dev=0.422
O2' A 0, 0.032, 0.479, 0.927, 3.890 max_d=3.890 avg_d=0.479 std_dev=0.448
C4' A 0, 0.042, 0.507, 0.972, 4.100 max_d=4.100 avg_d=0.507 std_dev=0.465
C3' A 0, 0.018, 0.517, 1.016, 4.517 max_d=4.517 avg_d=0.517 std_dev=0.499
O3' B 0, -0.025, 0.578, 1.182, 4.972 max_d=4.972 avg_d=0.578 std_dev=0.603
C5' B 0, -0.026, 0.592, 1.211, 5.531 max_d=5.531 avg_d=0.592 std_dev=0.619
O3' A 0, 0.037, 0.703, 1.369, 5.136 max_d=5.136 avg_d=0.703 std_dev=0.666
O5' B 0, -0.048, 0.664, 1.376, 5.806 max_d=5.806 avg_d=0.664 std_dev=0.712
C5' A 0, 0.010, 0.785, 1.559, 6.720 max_d=6.720 avg_d=0.785 std_dev=0.775
O5' A 0, -0.028, 0.824, 1.676, 7.124 max_d=7.124 avg_d=0.824 std_dev=0.852
P B 0, -0.108, 0.884, 1.875, 8.475 max_d=8.475 avg_d=0.884 std_dev=0.991
OP1 B 0, -0.029, 1.089, 2.206, 9.260 max_d=9.260 avg_d=1.089 std_dev=1.117
P A 0, -0.096, 1.099, 2.295, 9.749 max_d=9.749 avg_d=1.099 std_dev=1.195
OP2 B 0, -0.206, 1.019, 2.244, 10.228 max_d=10.228 avg_d=1.019 std_dev=1.225
OP1 A 0, -0.008, 1.325, 2.659, 11.044 max_d=11.044 avg_d=1.325 std_dev=1.334
OP2 A 0, -0.148, 1.251, 2.651, 11.162 max_d=11.162 avg_d=1.251 std_dev=1.399

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.11 0.01 0.17 0.25 0.26 0.17
C2 0.04 0.00 0.18 0.21 0.01 0.13 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.18 0.25 0.11 0.38 0.52 0.50 0.42
C2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.09 0.02 0.06 0.08 0.09 0.09 0.14 0.18 0.08 0.07 0.03 0.01 0.03 0.01 0.21 0.29 0.25 0.19
C3' 0.01 0.21 0.01 0.00 0.13 0.01 0.15 0.03 0.17 0.20 0.19 0.20 0.18 0.19 0.10 0.02 0.01 0.02 0.24 0.33 0.20 0.20
C4 0.02 0.01 0.09 0.13 0.00 0.07 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.13 0.06 0.34 0.43 0.45 0.34
C4' 0.01 0.13 0.02 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.08 0.14 0.10 0.13 0.09 0.13 0.05 0.12 0.02 0.01 0.02 0.17 0.20 0.06
C5 0.01 0.01 0.06 0.15 0.00 0.08 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.13 0.04 0.42 0.51 0.61 0.43
C5' 0.05 0.24 0.08 0.03 0.15 0.01 0.17 0.00 0.18 0.23 0.21 0.22 0.20 0.23 0.11 0.06 0.08 0.02 0.01 0.20 0.26 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.17 0.01 0.08 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.16 0.06 0.43 0.56 0.64 0.46
C8 0.02 0.01 0.09 0.20 0.01 0.14 0.01 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.12 0.17 0.07 0.47 0.48 0.63 0.47
N1 0.03 0.01 0.14 0.19 0.01 0.10 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.21 0.09 0.41 0.56 0.57 0.45
N3 0.04 0.01 0.18 0.20 0.00 0.13 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.23 0.11 0.34 0.45 0.43 0.36
N6 0.02 0.02 0.08 0.18 0.01 0.09 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.15 0.17 0.05 0.47 0.62 0.74 0.52
N7 0.02 0.01 0.07 0.19 0.01 0.13 0.01 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.13 0.17 0.05 0.49 0.56 0.74 0.53
N9 0.01 0.02 0.03 0.10 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.07 0.02 0.31 0.36 0.41 0.30
O2' 0.02 0.18 0.01 0.02 0.12 0.12 0.12 0.06 0.14 0.12 0.17 0.17 0.15 0.13 0.07 0.00 0.06 0.09 0.13 0.25 0.25 0.14
O3' 0.11 0.25 0.03 0.01 0.13 0.02 0.13 0.08 0.16 0.17 0.21 0.23 0.17 0.17 0.07 0.06 0.00 0.08 0.23 0.44 0.28 0.25
O4' 0.01 0.11 0.01 0.02 0.06 0.01 0.04 0.02 0.06 0.07 0.09 0.11 0.05 0.05 0.02 0.09 0.08 0.00 0.13 0.23 0.28 0.18
O5' 0.17 0.38 0.21 0.24 0.34 0.02 0.42 0.01 0.43 0.47 0.41 0.34 0.47 0.49 0.31 0.13 0.23 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.25 0.52 0.29 0.33 0.43 0.17 0.51 0.20 0.56 0.48 0.56 0.45 0.62 0.56 0.36 0.25 0.44 0.23 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.26 0.50 0.25 0.20 0.45 0.20 0.61 0.26 0.64 0.63 0.57 0.43 0.74 0.74 0.41 0.25 0.28 0.28 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.17 0.42 0.19 0.20 0.34 0.06 0.43 0.02 0.46 0.47 0.45 0.36 0.52 0.53 0.30 0.14 0.25 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.28 0.24 0.36 0.39 0.25 0.34 0.23 0.40 0.22 0.23 0.23 0.28 0.41 0.44 0.30 0.30 0.46 0.64 0.60 0.53
C2 0.24 0.26 0.29 0.31 0.34 0.27 0.30 0.33 0.25 0.24 0.31 0.27 0.33 0.32 0.40 0.26 0.42 0.57 0.55 0.47
C2' 0.39 0.33 0.49 0.52 0.31 0.46 0.30 0.50 0.31 0.33 0.30 0.37 0.53 0.59 0.34 0.41 0.51 0.68 0.61 0.56
C3' 0.43 0.35 0.53 0.55 0.30 0.50 0.31 0.53 0.33 0.36 0.31 0.41 0.58 0.63 0.34 0.45 0.52 0.69 0.60 0.55
C4 0.23 0.20 0.30 0.32 0.24 0.26 0.22 0.32 0.18 0.19 0.21 0.25 0.35 0.35 0.31 0.24 0.41 0.59 0.56 0.47
C4' 0.39 0.31 0.46 0.48 0.25 0.44 0.25 0.48 0.27 0.31 0.25 0.37 0.53 0.55 0.29 0.40 0.50 0.68 0.60 0.55
C5 0.22 0.18 0.27 0.29 0.20 0.22 0.19 0.27 0.15 0.17 0.17 0.25 0.34 0.31 0.28 0.22 0.39 0.58 0.57 0.45
C5' 0.51 0.42 0.56 0.57 0.32 0.55 0.34 0.56 0.38 0.43 0.34 0.48 0.64 0.62 0.33 0.52 0.56 0.73 0.63 0.59
C6 0.23 0.20 0.27 0.28 0.22 0.22 0.20 0.25 0.16 0.18 0.19 0.28 0.35 0.29 0.30 0.22 0.39 0.57 0.58 0.44
C8 0.22 0.18 0.29 0.32 0.19 0.24 0.18 0.30 0.15 0.17 0.16 0.25 0.36 0.36 0.26 0.23 0.41 0.61 0.58 0.47
N1 0.21 0.20 0.26 0.27 0.29 0.21 0.25 0.25 0.18 0.17 0.24 0.25 0.33 0.27 0.38 0.21 0.39 0.54 0.55 0.42
N3 0.27 0.26 0.33 0.35 0.31 0.31 0.28 0.37 0.25 0.25 0.29 0.28 0.37 0.38 0.37 0.29 0.44 0.60 0.57 0.50
N6 0.30 0.29 0.33 0.34 0.24 0.28 0.23 0.29 0.23 0.27 0.25 0.36 0.40 0.34 0.29 0.28 0.44 0.61 0.66 0.48
N7 0.23 0.20 0.28 0.31 0.19 0.23 0.19 0.28 0.16 0.18 0.17 0.27 0.35 0.33 0.25 0.23 0.41 0.61 0.60 0.47
N9 0.24 0.20 0.31 0.34 0.22 0.28 0.20 0.33 0.17 0.19 0.19 0.25 0.37 0.38 0.29 0.25 0.42 0.61 0.57 0.48
O2' 0.43 0.38 0.54 0.57 0.37 0.51 0.36 0.56 0.37 0.39 0.36 0.41 0.57 0.65 0.39 0.45 0.57 0.74 0.69 0.64
O3' 0.47 0.38 0.58 0.61 0.33 0.56 0.34 0.58 0.36 0.39 0.33 0.43 0.64 0.72 0.36 0.49 0.56 0.72 0.62 0.58
O4' 0.33 0.27 0.40 0.42 0.24 0.37 0.24 0.42 0.24 0.27 0.24 0.33 0.47 0.47 0.29 0.35 0.48 0.67 0.62 0.55
O5' 0.58 0.51 0.60 0.60 0.47 0.60 0.48 0.61 0.49 0.52 0.47 0.56 0.68 0.64 0.48 0.60 0.64 0.79 0.71 0.67
OP1 0.80 0.72 0.79 0.80 0.67 0.82 0.69 0.82 0.72 0.74 0.67 0.75 0.86 0.83 0.66 0.83 0.80 0.92 0.86 0.82
OP2 0.76 0.68 0.75 0.75 0.70 0.78 0.71 0.78 0.71 0.71 0.66 0.71 0.85 0.78 0.74 0.79 0.81 0.91 0.91 0.83
P 0.69 0.61 0.69 0.69 0.54 0.71 0.57 0.70 0.60 0.62 0.55 0.65 0.79 0.72 0.55 0.72 0.71 0.83 0.77 0.72

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.12 0.03 0.01 0.14 0.19 0.27 0.15
C2 0.03 0.00 0.10 0.14 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.14 0.02 0.07 0.27 0.36 0.40 0.27
C2' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.06 0.02 0.09 0.08 0.10 0.03 0.08 0.17 0.00 0.02 0.07 0.01 0.21 0.28 0.28 0.20
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.18 0.01 0.22 0.02 0.21 0.11 0.16 0.21 0.02 0.01 0.20 0.02 0.21 0.31 0.21 0.18
C4 0.02 0.01 0.06 0.18 0.00 0.10 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.16 0.16 0.01 0.04 0.40 0.52 0.66 0.44
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.10 0.00 0.14 0.01 0.14 0.05 0.08 0.15 0.13 0.02 0.10 0.01 0.02 0.17 0.21 0.07
C5 0.02 0.01 0.09 0.22 0.01 0.14 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.02 0.16 0.21 0.01 0.07 0.46 0.54 0.73 0.50
C5' 0.04 0.14 0.08 0.02 0.18 0.01 0.23 0.00 0.21 0.10 0.15 0.22 0.07 0.09 0.19 0.02 0.01 0.20 0.26 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.21 0.01 0.14 0.01 0.21 0.00 0.01 0.01 0.02 0.14 0.19 0.02 0.08 0.41 0.42 0.59 0.41
N1 0.01 0.01 0.03 0.11 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.08 0.02 0.02 0.26 0.30 0.40 0.25
N3 0.02 0.01 0.08 0.16 0.01 0.08 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.13 0.01 0.06 0.33 0.44 0.51 0.35
O2 0.04 0.01 0.17 0.21 0.02 0.15 0.02 0.22 0.02 0.02 0.01 0.00 0.16 0.25 0.02 0.13 0.27 0.37 0.37 0.29
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.16 0.13 0.16 0.07 0.14 0.09 0.14 0.16 0.00 0.05 0.17 0.10 0.12 0.25 0.29 0.16
O3' 0.12 0.14 0.02 0.01 0.16 0.02 0.21 0.09 0.19 0.08 0.13 0.25 0.05 0.00 0.18 0.09 0.22 0.45 0.32 0.25
O4 0.03 0.02 0.07 0.20 0.01 0.10 0.01 0.19 0.02 0.02 0.01 0.02 0.17 0.18 0.00 0.04 0.42 0.58 0.73 0.48
O4' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.04 0.01 0.07 0.02 0.08 0.02 0.06 0.13 0.10 0.09 0.04 0.00 0.11 0.17 0.29 0.17
O5' 0.14 0.27 0.21 0.21 0.40 0.02 0.46 0.01 0.41 0.26 0.33 0.27 0.12 0.22 0.42 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.19 0.36 0.28 0.31 0.52 0.17 0.54 0.20 0.42 0.30 0.44 0.37 0.25 0.45 0.58 0.17 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.27 0.40 0.28 0.21 0.66 0.21 0.73 0.26 0.59 0.40 0.51 0.37 0.29 0.32 0.73 0.29 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.27 0.20 0.18 0.44 0.07 0.50 0.02 0.41 0.25 0.35 0.29 0.16 0.25 0.48 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00