ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 12553

back

Distances from reference structure (by RMSD)

9, 82, 200, 89, 34, 56, 27, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.059, 0.131, 0.202, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.131 std_dev=0.071
C4 A 0, 0.051, 0.130, 0.209, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.130 std_dev=0.079
C5 B 0, 0.087, 0.201, 0.316, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.201 std_dev=0.115
N3 B 0, 0.119, 0.247, 0.375, 1.127 max_d=1.127 avg_d=0.247 std_dev=0.128
C6 B 0, 0.086, 0.226, 0.365, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.226 std_dev=0.140
C6 A 0, 0.094, 0.243, 0.393, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.243 std_dev=0.150
N9 B 0, 0.127, 0.301, 0.475, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.301 std_dev=0.174
C5 A 0, 0.050, 0.236, 0.423, 1.151 max_d=1.151 avg_d=0.236 std_dev=0.186
N9 A 0, 0.112, 0.301, 0.489, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.301 std_dev=0.189
N3 A 0, 0.088, 0.277, 0.467, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.277 std_dev=0.189
N1 A 0, 0.156, 0.349, 0.543, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.349 std_dev=0.193
O6 B 0, 0.123, 0.319, 0.515, 1.334 max_d=1.334 avg_d=0.319 std_dev=0.196
C1' A 0, 0.162, 0.365, 0.569, 1.382 max_d=1.382 avg_d=0.365 std_dev=0.203
N1 B 0, 0.137, 0.349, 0.560, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.349 std_dev=0.211
C2 B 0, 0.169, 0.387, 0.605, 1.461 max_d=1.461 avg_d=0.387 std_dev=0.218
C1' B 0, 0.146, 0.368, 0.590, 1.462 max_d=1.462 avg_d=0.368 std_dev=0.222
C2 A 0, 0.147, 0.402, 0.657, 1.562 max_d=1.562 avg_d=0.402 std_dev=0.255
N6 A 0, 0.117, 0.377, 0.638, 1.885 max_d=1.885 avg_d=0.377 std_dev=0.261
N7 B 0, 0.149, 0.414, 0.680, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.414 std_dev=0.265
C8 B 0, 0.175, 0.470, 0.765, 1.447 max_d=1.447 avg_d=0.470 std_dev=0.295
N2 B 0, 0.257, 0.626, 0.995, 2.290 max_d=2.290 avg_d=0.626 std_dev=0.369
C8 A 0, 0.116, 0.502, 0.888, 2.160 max_d=2.160 avg_d=0.502 std_dev=0.386
N7 A 0, 0.077, 0.477, 0.877, 2.240 max_d=2.240 avg_d=0.477 std_dev=0.400
C2' B 0, 0.236, 0.650, 1.063, 1.881 max_d=1.881 avg_d=0.650 std_dev=0.413
O4' A 0, 0.233, 0.667, 1.100, 1.959 max_d=1.959 avg_d=0.667 std_dev=0.433
O4' B 0, 0.273, 0.713, 1.153, 1.999 max_d=1.999 avg_d=0.713 std_dev=0.440
C2' A 0, 0.186, 0.636, 1.085, 2.946 max_d=2.946 avg_d=0.636 std_dev=0.449
C4' A 0, 0.314, 0.883, 1.452, 2.861 max_d=2.861 avg_d=0.883 std_dev=0.569
O2' B 0, 0.183, 0.795, 1.407, 2.545 max_d=2.545 avg_d=0.795 std_dev=0.612
O2' A 0, 0.258, 0.870, 1.483, 4.178 max_d=4.178 avg_d=0.870 std_dev=0.612
C3' A 0, 0.318, 0.937, 1.556, 3.590 max_d=3.590 avg_d=0.937 std_dev=0.619
C4' B 0, 0.342, 1.017, 1.691, 2.599 max_d=2.599 avg_d=1.017 std_dev=0.675
C3' B 0, 0.359, 1.036, 1.713, 2.556 max_d=2.556 avg_d=1.036 std_dev=0.677
O5' B 0, 1.569, 2.276, 2.984, 4.362 max_d=4.362 avg_d=2.276 std_dev=0.707
O3' A 0, 0.451, 1.284, 2.116, 5.042 max_d=5.042 avg_d=1.284 std_dev=0.832
C5' B 0, 0.569, 1.442, 2.314, 3.835 max_d=3.835 avg_d=1.442 std_dev=0.872
C5' A 0, 0.450, 1.345, 2.240, 4.783 max_d=4.783 avg_d=1.345 std_dev=0.895
O3' B 0, 0.475, 1.434, 2.393, 3.830 max_d=3.830 avg_d=1.434 std_dev=0.959
P B 0, 2.502, 3.479, 4.457, 6.545 max_d=6.545 avg_d=3.479 std_dev=0.977
O5' A 0, 0.239, 1.236, 2.233, 5.506 max_d=5.506 avg_d=1.236 std_dev=0.997
P A 0, 0.463, 1.874, 3.284, 6.543 max_d=6.543 avg_d=1.874 std_dev=1.411
OP2 B 0, 4.281, 5.727, 7.173, 8.402 max_d=8.402 avg_d=5.727 std_dev=1.446
OP1 B 0, 1.587, 3.069, 4.550, 8.382 max_d=8.382 avg_d=3.069 std_dev=1.481
OP2 A 0, 0.694, 2.191, 3.688, 7.010 max_d=7.010 avg_d=2.191 std_dev=1.497
OP1 A 0, 0.657, 2.333, 4.009, 8.033 max_d=8.033 avg_d=2.333 std_dev=1.676

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.15 0.01 0.17 0.22 0.35 0.22
C2 0.05 0.00 0.23 0.27 0.01 0.11 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.19 0.31 0.11 0.38 0.51 0.64 0.44
C2' 0.01 0.23 0.00 0.01 0.12 0.02 0.07 0.11 0.11 0.12 0.18 0.24 0.09 0.08 0.03 0.00 0.02 0.01 0.26 0.33 0.37 0.25
C3' 0.01 0.27 0.01 0.00 0.19 0.01 0.20 0.02 0.23 0.21 0.26 0.25 0.24 0.21 0.13 0.02 0.01 0.02 0.25 0.36 0.28 0.21
C4 0.02 0.01 0.12 0.19 0.00 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.16 0.06 0.35 0.41 0.55 0.38
C4' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.08 0.00 0.10 0.01 0.10 0.13 0.11 0.11 0.12 0.13 0.06 0.15 0.03 0.00 0.02 0.18 0.23 0.09
C5 0.02 0.01 0.07 0.20 0.01 0.10 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.14 0.04 0.42 0.49 0.63 0.46
C5' 0.06 0.20 0.11 0.02 0.16 0.01 0.20 0.00 0.22 0.19 0.22 0.17 0.25 0.22 0.12 0.07 0.11 0.02 0.01 0.17 0.23 0.02
C6 0.03 0.01 0.11 0.23 0.01 0.10 0.01 0.22 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.15 0.19 0.05 0.45 0.56 0.70 0.52
C8 0.02 0.02 0.12 0.21 0.01 0.13 0.01 0.19 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.18 0.18 0.08 0.38 0.37 0.49 0.37
N1 0.04 0.01 0.18 0.26 0.01 0.11 0.01 0.22 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.16 0.26 0.09 0.43 0.56 0.70 0.50
N3 0.05 0.01 0.24 0.25 0.01 0.11 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.18 0.29 0.11 0.33 0.43 0.56 0.38
N6 0.03 0.02 0.09 0.24 0.01 0.12 0.01 0.25 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.17 0.19 0.05 0.48 0.62 0.76 0.57
N7 0.01 0.02 0.08 0.21 0.01 0.13 0.01 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.19 0.18 0.05 0.44 0.48 0.60 0.47
N9 0.01 0.02 0.03 0.13 0.01 0.06 0.01 0.12 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.10 0.08 0.02 0.29 0.30 0.44 0.30
O2' 0.02 0.19 0.00 0.02 0.12 0.15 0.15 0.07 0.15 0.18 0.16 0.18 0.17 0.19 0.10 0.00 0.05 0.11 0.15 0.29 0.36 0.20
O3' 0.15 0.31 0.02 0.01 0.16 0.03 0.14 0.11 0.19 0.18 0.26 0.29 0.19 0.18 0.08 0.05 0.00 0.11 0.28 0.52 0.37 0.32
O4' 0.01 0.11 0.01 0.02 0.06 0.00 0.04 0.02 0.05 0.08 0.09 0.11 0.05 0.05 0.02 0.11 0.11 0.00 0.14 0.24 0.37 0.28
O5' 0.17 0.38 0.26 0.25 0.35 0.02 0.42 0.01 0.45 0.38 0.43 0.33 0.48 0.44 0.29 0.15 0.28 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.22 0.51 0.33 0.36 0.41 0.18 0.49 0.17 0.56 0.37 0.56 0.43 0.62 0.48 0.30 0.29 0.52 0.24 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.35 0.64 0.37 0.28 0.55 0.23 0.63 0.23 0.70 0.49 0.70 0.56 0.76 0.60 0.44 0.36 0.37 0.37 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.22 0.44 0.25 0.21 0.38 0.09 0.46 0.02 0.52 0.37 0.50 0.38 0.57 0.47 0.30 0.20 0.32 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.39 0.34 0.67 0.79 0.30 0.51 0.24 0.56 0.22 0.28 0.26 0.43 0.36 0.25 0.32 0.58 0.83 0.39 0.66 0.25 0.73 1.09 0.79
C2 0.36 0.31 0.60 0.69 0.33 0.44 0.33 0.49 0.33 0.34 0.31 0.34 0.33 0.34 0.34 0.43 0.63 0.37 0.70 0.37 0.68 1.09 0.81
C2' 0.53 0.49 0.73 0.78 0.44 0.57 0.34 0.57 0.30 0.37 0.37 0.60 0.52 0.32 0.45 0.63 0.77 0.54 0.72 0.28 0.71 1.12 0.84
C3' 0.57 0.53 0.69 0.73 0.48 0.57 0.40 0.56 0.36 0.43 0.42 0.63 0.56 0.38 0.49 0.62 0.71 0.60 0.74 0.35 0.72 1.18 0.89
C4 0.29 0.26 0.54 0.67 0.23 0.39 0.21 0.45 0.20 0.23 0.21 0.35 0.27 0.23 0.25 0.46 0.67 0.30 0.64 0.25 0.68 1.11 0.79
C4' 0.41 0.37 0.64 0.74 0.32 0.48 0.25 0.51 0.22 0.28 0.27 0.48 0.39 0.25 0.33 0.59 0.79 0.42 0.64 0.24 0.70 1.10 0.78
C5 0.22 0.22 0.43 0.58 0.18 0.31 0.17 0.38 0.16 0.20 0.17 0.31 0.21 0.20 0.19 0.46 0.58 0.25 0.61 0.23 0.68 1.17 0.80
C5' 0.46 0.42 0.61 0.72 0.38 0.49 0.33 0.53 0.31 0.37 0.34 0.51 0.44 0.34 0.40 0.62 0.75 0.48 0.68 0.32 0.74 1.17 0.83
C6 0.21 0.23 0.38 0.53 0.18 0.27 0.17 0.35 0.17 0.19 0.18 0.32 0.22 0.20 0.19 0.43 0.50 0.24 0.62 0.24 0.67 1.18 0.82
C8 0.25 0.24 0.48 0.63 0.19 0.35 0.17 0.43 0.16 0.21 0.17 0.34 0.23 0.21 0.21 0.53 0.67 0.26 0.61 0.22 0.71 1.17 0.80
N1 0.23 0.22 0.44 0.57 0.21 0.31 0.22 0.37 0.24 0.23 0.20 0.30 0.22 0.25 0.22 0.35 0.50 0.26 0.65 0.33 0.65 1.13 0.81
N3 0.39 0.34 0.65 0.74 0.33 0.49 0.31 0.53 0.30 0.33 0.30 0.39 0.35 0.31 0.35 0.49 0.72 0.39 0.69 0.32 0.70 1.08 0.80
N6 0.30 0.33 0.38 0.50 0.28 0.31 0.27 0.37 0.26 0.29 0.30 0.38 0.31 0.28 0.29 0.55 0.48 0.32 0.65 0.27 0.73 1.27 0.88
N7 0.24 0.23 0.43 0.58 0.20 0.32 0.19 0.41 0.18 0.24 0.18 0.32 0.22 0.24 0.22 0.54 0.60 0.26 0.61 0.24 0.72 1.21 0.83
N9 0.30 0.27 0.56 0.69 0.23 0.41 0.19 0.47 0.18 0.23 0.20 0.37 0.28 0.21 0.25 0.51 0.72 0.31 0.63 0.23 0.70 1.12 0.78
O2' 0.61 0.52 0.86 0.89 0.49 0.67 0.39 0.67 0.34 0.43 0.39 0.61 0.56 0.37 0.51 0.74 0.90 0.60 0.77 0.32 0.77 1.09 0.86
O3' 0.69 0.61 0.80 0.80 0.56 0.68 0.44 0.64 0.38 0.49 0.46 0.72 0.66 0.42 0.58 0.73 0.75 0.72 0.83 0.33 0.76 1.22 0.95
O4' 0.37 0.31 0.66 0.81 0.27 0.51 0.22 0.57 0.20 0.27 0.23 0.41 0.33 0.24 0.30 0.63 0.88 0.36 0.65 0.24 0.77 1.10 0.78
O5' 0.63 0.59 0.68 0.75 0.58 0.62 0.54 0.63 0.52 0.58 0.54 0.65 0.61 0.56 0.59 0.75 0.76 0.67 0.79 0.51 0.81 1.26 0.93
OP1 0.93 0.80 0.86 0.90 0.84 0.91 0.81 0.93 0.75 0.88 0.74 0.83 0.85 0.85 0.89 0.95 0.86 1.01 1.06 0.73 1.08 1.52 1.21
OP2 0.97 0.87 0.89 0.92 0.91 0.93 0.90 0.95 0.86 0.96 0.84 0.87 0.90 0.94 0.95 1.02 0.90 1.03 1.13 0.85 1.16 1.62 1.30
P 0.76 0.67 0.71 0.78 0.70 0.73 0.69 0.76 0.65 0.74 0.64 0.70 0.70 0.72 0.73 0.84 0.77 0.82 0.93 0.65 0.98 1.43 1.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.03 0.27 0.01 0.29 0.03 0.27 0.44 0.30
C2 0.05 0.00 0.37 0.36 0.01 0.12 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.23 0.37 0.19 0.50 0.02 0.45 0.83 0.59
C2' 0.01 0.37 0.00 0.01 0.20 0.02 0.11 0.16 0.18 0.16 0.29 0.43 0.36 0.09 0.04 0.01 0.04 0.02 0.37 0.15 0.44 0.51 0.38
C3' 0.02 0.36 0.01 0.00 0.30 0.01 0.36 0.03 0.39 0.32 0.39 0.37 0.31 0.36 0.22 0.03 0.01 0.02 0.29 0.42 0.43 0.39 0.30
C4 0.02 0.01 0.20 0.30 0.00 0.09 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.18 0.21 0.10 0.53 0.02 0.44 0.85 0.61
C4' 0.01 0.12 0.02 0.01 0.09 0.00 0.13 0.01 0.13 0.19 0.11 0.15 0.11 0.19 0.09 0.27 0.04 0.01 0.02 0.15 0.29 0.27 0.11
C5 0.02 0.01 0.11 0.36 0.01 0.13 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.27 0.21 0.05 0.66 0.02 0.61 1.12 0.81
C5' 0.07 0.18 0.16 0.03 0.15 0.01 0.20 0.00 0.21 0.23 0.19 0.20 0.16 0.25 0.13 0.12 0.19 0.02 0.01 0.25 0.20 0.28 0.02
C6 0.02 0.01 0.18 0.39 0.01 0.13 0.01 0.21 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.26 0.26 0.09 0.68 0.01 0.66 1.20 0.85
C8 0.02 0.02 0.16 0.32 0.01 0.19 0.01 0.23 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.32 0.21 0.12 0.68 0.03 0.60 1.06 0.79
N1 0.04 0.01 0.29 0.39 0.01 0.11 0.01 0.19 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.23 0.32 0.15 0.60 0.02 0.56 1.04 0.74
N2 0.06 0.01 0.43 0.37 0.02 0.15 0.02 0.20 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.30 0.47 0.23 0.45 0.03 0.44 0.75 0.53
N3 0.04 0.01 0.36 0.31 0.01 0.11 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.22 0.36 0.19 0.44 0.02 0.38 0.70 0.50
N7 0.02 0.02 0.09 0.36 0.01 0.19 0.00 0.25 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.34 0.25 0.07 0.75 0.03 0.73 1.28 0.93
N9 0.01 0.02 0.04 0.22 0.01 0.09 0.01 0.13 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.18 0.11 0.02 0.50 0.02 0.39 0.75 0.56
O2' 0.03 0.23 0.01 0.03 0.18 0.27 0.27 0.12 0.26 0.32 0.23 0.30 0.22 0.34 0.18 0.00 0.07 0.18 0.21 0.30 0.40 0.50 0.27
O3' 0.27 0.37 0.04 0.01 0.21 0.04 0.21 0.19 0.26 0.21 0.32 0.47 0.36 0.25 0.11 0.07 0.00 0.19 0.34 0.29 0.61 0.52 0.39
O4' 0.01 0.19 0.02 0.02 0.10 0.01 0.05 0.02 0.09 0.12 0.15 0.23 0.19 0.07 0.02 0.18 0.19 0.00 0.26 0.07 0.27 0.41 0.31
O5' 0.29 0.50 0.37 0.29 0.53 0.02 0.66 0.01 0.68 0.68 0.60 0.45 0.44 0.75 0.50 0.21 0.34 0.26 0.00 0.75 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.15 0.42 0.02 0.15 0.02 0.25 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.30 0.29 0.07 0.75 0.00 0.77 1.36 0.96
OP1 0.27 0.45 0.44 0.43 0.44 0.29 0.61 0.20 0.66 0.60 0.56 0.44 0.38 0.73 0.39 0.40 0.61 0.27 0.02 0.77 0.00 0.02 0.01
OP2 0.44 0.83 0.51 0.39 0.85 0.27 1.12 0.28 1.20 1.06 1.04 0.75 0.70 1.28 0.75 0.50 0.52 0.41 0.02 1.36 0.02 0.00 0.01
P 0.30 0.59 0.38 0.30 0.61 0.11 0.81 0.02 0.85 0.79 0.74 0.53 0.50 0.93 0.56 0.27 0.39 0.31 0.01 0.96 0.01 0.01 0.00