ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 12554

back

Distances from reference structure (by RMSD)

22, 40, 24, 20, 56, 56, 37, 65, 28, 10, 25, 56, 50, 10, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.170, 0.300, 0.431, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.300 std_dev=0.131
N9 A 0, 0.196, 0.365, 0.533, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.365 std_dev=0.168
N1 B 0, 0.180, 0.353, 0.526, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.353 std_dev=0.173
C6 B 0, 0.231, 0.413, 0.596, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.413 std_dev=0.182
N3 A 0, 0.327, 0.635, 0.944, 1.286 max_d=1.286 avg_d=0.635 std_dev=0.308
C5 B 0, 0.350, 0.675, 1.001, 1.838 max_d=1.838 avg_d=0.675 std_dev=0.325
C5 A 0, 0.186, 0.527, 0.869, 1.340 max_d=1.340 avg_d=0.527 std_dev=0.342
C1' A 0, 0.345, 0.716, 1.087, 2.100 max_d=2.100 avg_d=0.716 std_dev=0.371
C2 B 0, 0.288, 0.682, 1.076, 1.945 max_d=1.945 avg_d=0.682 std_dev=0.394
C8 A 0, 0.191, 0.593, 0.995, 1.897 max_d=1.897 avg_d=0.593 std_dev=0.402
C1' B 0, 0.094, 0.511, 0.928, 2.315 max_d=2.315 avg_d=0.511 std_dev=0.417
N7 A 0, 0.225, 0.694, 1.163, 1.791 max_d=1.791 avg_d=0.694 std_dev=0.469
C2 A 0, 0.433, 0.917, 1.402, 1.851 max_d=1.851 avg_d=0.917 std_dev=0.485
C2' A 0, 0.347, 0.841, 1.334, 2.039 max_d=2.039 avg_d=0.841 std_dev=0.494
N3 B 0, 0.355, 0.853, 1.351, 2.322 max_d=2.322 avg_d=0.853 std_dev=0.498
C4 B 0, 0.284, 0.788, 1.292, 2.252 max_d=2.252 avg_d=0.788 std_dev=0.504
C2' B 0, 0.170, 0.694, 1.217, 2.626 max_d=2.626 avg_d=0.694 std_dev=0.523
C6 A 0, 0.309, 0.864, 1.419, 1.997 max_d=1.997 avg_d=0.864 std_dev=0.555
O4' B 0, 0.117, 0.684, 1.250, 3.032 max_d=3.032 avg_d=0.684 std_dev=0.567
N1 A 0, 0.424, 1.018, 1.611, 2.158 max_d=2.158 avg_d=1.018 std_dev=0.594
O4' A 0, 0.569, 1.179, 1.788, 3.139 max_d=3.139 avg_d=1.179 std_dev=0.610
O2 B 0, 0.366, 0.980, 1.595, 3.176 max_d=3.176 avg_d=0.980 std_dev=0.614
C3' B 0, 0.185, 0.817, 1.449, 3.179 max_d=3.179 avg_d=0.817 std_dev=0.632
C3' A 0, 0.716, 1.415, 2.114, 3.460 max_d=3.460 avg_d=1.415 std_dev=0.699
C4' B 0, 0.284, 0.985, 1.685, 3.692 max_d=3.692 avg_d=0.985 std_dev=0.700
O2' A 0, 0.477, 1.199, 1.922, 2.955 max_d=2.955 avg_d=1.199 std_dev=0.723
C4' A 0, 0.863, 1.602, 2.340, 3.673 max_d=3.673 avg_d=1.602 std_dev=0.738
N4 B 0, 0.364, 1.116, 1.869, 3.619 max_d=3.619 avg_d=1.116 std_dev=0.752
O2' B 0, 0.300, 1.073, 1.846, 4.395 max_d=4.395 avg_d=1.073 std_dev=0.773
N6 A 0, 0.390, 1.194, 1.998, 2.822 max_d=2.822 avg_d=1.194 std_dev=0.804
O3' B 0, 0.302, 1.151, 1.999, 4.550 max_d=4.550 avg_d=1.151 std_dev=0.848
O5' B 0, 0.468, 1.327, 2.187, 4.657 max_d=4.657 avg_d=1.327 std_dev=0.859
C5' B 0, 0.471, 1.351, 2.232, 4.470 max_d=4.470 avg_d=1.351 std_dev=0.881
O5' A 0, 0.978, 1.879, 2.780, 4.545 max_d=4.545 avg_d=1.879 std_dev=0.901
C5' A 0, 1.156, 2.074, 2.992, 4.614 max_d=4.614 avg_d=2.074 std_dev=0.918
O3' A 0, 0.907, 1.945, 2.983, 5.156 max_d=5.156 avg_d=1.945 std_dev=1.038
P A 0, 1.225, 2.340, 3.455, 5.832 max_d=5.832 avg_d=2.340 std_dev=1.115
OP2 A 0, 1.174, 2.389, 3.604, 7.586 max_d=7.586 avg_d=2.389 std_dev=1.215
OP1 A 0, 1.506, 2.724, 3.943, 7.030 max_d=7.030 avg_d=2.724 std_dev=1.218
P B 0, 0.620, 1.856, 3.092, 5.942 max_d=5.942 avg_d=1.856 std_dev=1.236
OP2 B 0, 0.676, 1.969, 3.262, 5.957 max_d=5.957 avg_d=1.969 std_dev=1.293
OP1 B 0, 0.708, 2.231, 3.754, 7.177 max_d=7.177 avg_d=2.231 std_dev=1.523

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.17 0.01 0.21 0.22 0.35 0.23
C2 0.04 0.00 0.24 0.26 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.24 0.11 0.34 0.35 0.60 0.43
C2' 0.01 0.24 0.00 0.01 0.12 0.02 0.07 0.14 0.11 0.13 0.19 0.24 0.09 0.09 0.03 0.01 0.02 0.01 0.34 0.36 0.45 0.35
C3' 0.01 0.26 0.01 0.00 0.21 0.01 0.24 0.02 0.27 0.20 0.27 0.23 0.28 0.23 0.15 0.03 0.01 0.02 0.23 0.28 0.20 0.19
C4 0.02 0.01 0.12 0.21 0.00 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.14 0.06 0.35 0.36 0.58 0.42
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.09 0.11 0.08 0.07 0.10 0.11 0.06 0.20 0.02 0.01 0.02 0.16 0.19 0.08
C5 0.02 0.01 0.07 0.24 0.01 0.08 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.16 0.04 0.42 0.47 0.71 0.53
C5' 0.07 0.13 0.14 0.02 0.13 0.01 0.17 0.00 0.17 0.19 0.15 0.11 0.20 0.20 0.12 0.08 0.14 0.02 0.01 0.16 0.22 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.27 0.01 0.09 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.20 0.06 0.43 0.50 0.76 0.56
C8 0.02 0.01 0.13 0.20 0.01 0.11 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.22 0.15 0.07 0.43 0.45 0.64 0.50
N1 0.03 0.01 0.19 0.27 0.01 0.08 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.22 0.09 0.39 0.44 0.70 0.51
N3 0.04 0.01 0.24 0.23 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.22 0.11 0.30 0.30 0.53 0.37
N6 0.02 0.01 0.09 0.28 0.01 0.10 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.23 0.23 0.06 0.46 0.58 0.84 0.62
N7 0.01 0.01 0.09 0.23 0.01 0.11 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.24 0.18 0.05 0.47 0.54 0.77 0.58
N9 0.01 0.01 0.03 0.15 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.13 0.07 0.02 0.33 0.33 0.51 0.37
O2' 0.02 0.16 0.01 0.03 0.13 0.20 0.19 0.08 0.19 0.22 0.17 0.15 0.23 0.24 0.13 0.00 0.05 0.14 0.22 0.30 0.45 0.27
O3' 0.17 0.24 0.02 0.01 0.14 0.02 0.16 0.14 0.20 0.15 0.22 0.22 0.23 0.18 0.07 0.05 0.00 0.14 0.25 0.43 0.29 0.26
O4' 0.01 0.11 0.01 0.02 0.06 0.01 0.04 0.02 0.06 0.07 0.09 0.11 0.06 0.05 0.02 0.14 0.14 0.00 0.12 0.21 0.27 0.16
O5' 0.21 0.34 0.34 0.23 0.35 0.02 0.42 0.01 0.43 0.43 0.39 0.30 0.46 0.47 0.33 0.22 0.25 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.22 0.35 0.36 0.28 0.36 0.16 0.47 0.16 0.50 0.45 0.44 0.30 0.58 0.54 0.33 0.30 0.43 0.21 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.35 0.60 0.45 0.20 0.58 0.19 0.71 0.22 0.76 0.64 0.70 0.53 0.84 0.77 0.51 0.45 0.29 0.27 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.43 0.35 0.19 0.42 0.08 0.53 0.02 0.56 0.50 0.51 0.37 0.62 0.58 0.37 0.27 0.26 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.53 0.59 0.74 0.79 1.07 0.62 0.97 0.63 0.71 0.56 0.86 1.40 0.52 0.90 0.97 0.51 0.78 1.01 1.17 0.92
C2 0.62 0.78 0.84 0.74 1.59 0.63 1.36 0.59 0.94 0.68 1.28 2.07 0.73 1.18 0.89 0.57 0.77 0.93 1.26 0.95
C2' 0.53 0.65 0.80 0.82 1.14 0.62 1.00 0.59 0.73 0.58 0.96 1.47 0.56 0.96 1.02 0.48 0.73 0.91 1.08 0.83
C3' 0.51 0.48 0.74 0.74 0.87 0.59 0.75 0.51 0.51 0.43 0.70 1.18 0.50 0.95 0.95 0.48 0.57 0.74 0.86 0.63
C4 0.63 0.49 0.83 0.74 1.00 0.64 0.87 0.53 0.56 0.45 0.72 1.43 0.69 1.15 0.93 0.57 0.59 0.79 1.00 0.72
C4' 0.50 0.46 0.71 0.75 0.82 0.59 0.73 0.56 0.53 0.44 0.65 1.11 0.49 0.88 0.96 0.48 0.65 0.88 0.98 0.74
C5 0.95 0.72 1.10 0.89 0.61 0.85 0.52 0.62 0.39 0.63 0.50 1.06 1.15 1.45 1.06 0.83 0.46 0.59 0.73 0.48
C5' 0.57 0.39 0.70 0.69 0.55 0.61 0.49 0.52 0.34 0.38 0.41 0.83 0.56 0.94 0.91 0.56 0.51 0.73 0.79 0.57
C6 1.15 0.94 1.30 1.03 0.66 0.99 0.55 0.70 0.46 0.80 0.64 1.18 1.46 1.68 1.18 0.98 0.47 0.53 0.67 0.43
C8 0.83 0.60 0.96 0.82 0.47 0.77 0.42 0.59 0.34 0.55 0.40 0.82 0.94 1.27 1.00 0.75 0.48 0.65 0.73 0.51
N1 0.91 0.71 1.12 0.86 1.19 0.80 1.00 0.55 0.59 0.60 0.84 1.80 1.16 1.55 1.04 0.75 0.51 0.66 0.96 0.64
N3 0.58 0.77 0.78 0.77 1.46 0.63 1.28 0.63 0.92 0.69 1.21 1.88 0.63 1.02 0.91 0.55 0.83 1.00 1.28 0.99
N6 1.60 1.51 1.69 1.37 0.64 1.35 0.53 1.02 0.82 1.30 1.12 0.78 2.03 2.02 1.47 1.39 0.72 0.57 0.48 0.45
N7 1.08 0.89 1.18 0.98 0.41 0.96 0.36 0.73 0.48 0.80 0.58 0.68 1.29 1.50 1.12 0.97 0.52 0.58 0.60 0.44
N9 0.59 0.44 0.79 0.74 0.84 0.62 0.74 0.53 0.49 0.42 0.60 1.22 0.62 1.07 0.93 0.55 0.59 0.81 0.97 0.71
O2' 0.74 1.03 0.92 0.99 1.50 0.79 1.36 0.85 1.11 0.94 1.34 1.78 0.86 0.93 1.13 0.72 1.05 1.22 1.42 1.18
O3' 0.59 0.69 0.77 0.80 1.05 0.65 0.92 0.62 0.71 0.62 0.92 1.33 0.64 0.91 0.99 0.57 0.71 0.83 0.96 0.76
O4' 0.55 0.53 0.72 0.78 0.90 0.64 0.83 0.64 0.62 0.52 0.71 1.19 0.54 0.88 0.97 0.54 0.76 1.00 1.12 0.88
O5' 0.83 0.62 0.87 0.77 0.49 0.80 0.46 0.67 0.46 0.61 0.47 0.70 0.85 1.15 0.94 0.83 0.60 0.71 0.71 0.59
OP1 1.02 0.84 1.00 0.90 0.59 0.97 0.59 0.86 0.68 0.83 0.67 0.63 1.04 1.25 1.04 1.04 0.76 0.82 0.77 0.73
OP2 1.33 1.19 1.27 1.12 0.88 1.24 0.89 1.11 0.99 1.16 1.01 0.86 1.40 1.52 1.18 1.34 1.00 0.98 0.92 0.94
P 1.08 0.90 1.06 0.94 0.62 1.01 0.62 0.89 0.72 0.88 0.72 0.65 1.12 1.31 1.05 1.08 0.79 0.85 0.81 0.77

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.07 0.01 0.11 0.17 0.21 0.12
C2 0.02 0.00 0.10 0.12 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.12 0.12 0.04 0.19 0.25 0.28 0.18
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.05 0.02 0.08 0.05 0.09 0.03 0.08 0.06 0.17 0.01 0.02 0.01 0.15 0.23 0.20 0.14
C3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.15 0.01 0.17 0.02 0.17 0.09 0.13 0.16 0.15 0.02 0.01 0.02 0.16 0.26 0.21 0.16
C4 0.02 0.01 0.05 0.15 0.00 0.09 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.15 0.04 0.29 0.37 0.43 0.30
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.09 0.00 0.11 0.01 0.10 0.05 0.06 0.10 0.06 0.10 0.03 0.01 0.02 0.14 0.18 0.07
C5 0.02 0.01 0.08 0.17 0.01 0.11 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.19 0.06 0.32 0.39 0.44 0.32
C5' 0.03 0.08 0.05 0.02 0.15 0.01 0.17 0.00 0.15 0.08 0.11 0.17 0.07 0.07 0.07 0.02 0.01 0.14 0.17 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.17 0.01 0.10 0.01 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.17 0.06 0.28 0.31 0.34 0.25
N1 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.07 0.02 0.19 0.23 0.26 0.17
N3 0.02 0.01 0.08 0.13 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.13 0.04 0.24 0.31 0.35 0.23
N4 0.02 0.02 0.06 0.16 0.01 0.10 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.13 0.17 0.05 0.31 0.42 0.49 0.34
O2 0.04 0.01 0.17 0.15 0.02 0.06 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.18 0.20 0.07 0.16 0.22 0.25 0.15
O2' 0.02 0.12 0.01 0.02 0.11 0.10 0.11 0.07 0.10 0.06 0.12 0.13 0.18 0.00 0.06 0.08 0.10 0.24 0.22 0.14
O3' 0.07 0.12 0.02 0.01 0.15 0.03 0.19 0.07 0.17 0.07 0.13 0.17 0.20 0.06 0.00 0.05 0.19 0.38 0.30 0.25
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.04 0.05 0.07 0.08 0.05 0.00 0.10 0.16 0.27 0.16
O5' 0.11 0.19 0.15 0.16 0.29 0.02 0.32 0.01 0.28 0.19 0.24 0.31 0.16 0.10 0.19 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.17 0.25 0.23 0.26 0.37 0.14 0.39 0.14 0.31 0.23 0.31 0.42 0.22 0.24 0.38 0.16 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.28 0.20 0.21 0.43 0.18 0.44 0.17 0.34 0.26 0.35 0.49 0.25 0.22 0.30 0.27 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.18 0.14 0.16 0.30 0.07 0.32 0.02 0.25 0.17 0.23 0.34 0.15 0.14 0.25 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00