ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 12555

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 11, 49, 92, 22, 12, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, 1.931, 3.206, 4.480, 4.115 max_d=4.115 avg_d=3.206 std_dev=1.274
N1 A 0, 1.916, 3.218, 4.519, 4.207 max_d=4.207 avg_d=3.218 std_dev=1.302
N6 B 0, 2.058, 3.405, 4.753, 4.703 max_d=4.703 avg_d=3.405 std_dev=1.347
N6 A 0, 2.156, 3.528, 4.900, 4.486 max_d=4.486 avg_d=3.528 std_dev=1.372
C2 A 0, 2.368, 3.989, 5.611, 5.170 max_d=5.170 avg_d=3.989 std_dev=1.621
C2 B 0, 2.376, 4.037, 5.698, 5.412 max_d=5.412 avg_d=4.037 std_dev=1.661
C6 B 0, 2.440, 4.164, 5.888, 5.316 max_d=5.316 avg_d=4.164 std_dev=1.724
C6 A 0, 2.456, 4.228, 6.000, 5.394 max_d=5.394 avg_d=4.228 std_dev=1.772
N3 A 0, 3.374, 5.841, 8.308, 7.399 max_d=7.399 avg_d=5.841 std_dev=2.467
N3 B 0, 3.336, 5.872, 8.408, 7.666 max_d=7.666 avg_d=5.872 std_dev=2.536
C5 B 0, 3.556, 6.231, 8.906, 7.694 max_d=7.694 avg_d=6.231 std_dev=2.675
C5 A 0, 3.559, 6.273, 8.987, 7.850 max_d=7.850 avg_d=6.273 std_dev=2.714
C4 B 0, 3.919, 6.951, 9.984, 8.756 max_d=8.756 avg_d=6.951 std_dev=3.033
C4 A 0, 3.918, 6.954, 9.990, 8.746 max_d=8.746 avg_d=6.954 std_dev=3.036
N7 B 0, 4.543, 7.915, 11.287, 9.782 max_d=9.782 avg_d=7.915 std_dev=3.372
N7 A 0, 4.605, 7.985, 11.364, 9.981 max_d=9.981 avg_d=7.985 std_dev=3.380
N9 A 0, 5.189, 9.136, 13.084, 11.361 max_d=11.361 avg_d=9.136 std_dev=3.948
N9 B 0, 5.180, 9.132, 13.083, 11.398 max_d=11.398 avg_d=9.132 std_dev=3.952
C8 B 0, 5.492, 9.602, 13.712, 11.786 max_d=11.786 avg_d=9.602 std_dev=4.110
C8 A 0, 5.534, 9.647, 13.761, 11.862 max_d=11.862 avg_d=9.647 std_dev=4.113
C1' A 0, 6.076, 10.647, 15.219, 13.250 max_d=13.250 avg_d=10.647 std_dev=4.571
C1' B 0, 6.076, 10.676, 15.276, 13.417 max_d=13.417 avg_d=10.676 std_dev=4.600
C2' A 0, 6.815, 11.588, 16.361, 14.437 max_d=14.437 avg_d=11.588 std_dev=4.773
C2' B 0, 6.456, 11.233, 16.010, 14.451 max_d=14.451 avg_d=11.233 std_dev=4.777
O2' A 0, 6.921, 11.806, 16.691, 14.830 max_d=14.830 avg_d=11.806 std_dev=4.885
O2' B 0, 6.784, 11.721, 16.658, 15.538 max_d=15.538 avg_d=11.721 std_dev=4.937
O4' A 0, 7.193, 12.505, 17.817, 15.435 max_d=15.435 avg_d=12.505 std_dev=5.312
O4' B 0, 7.221, 12.671, 18.122, 15.867 max_d=15.867 avg_d=12.671 std_dev=5.450
C3' A 0, 8.151, 13.685, 19.219, 16.883 max_d=16.883 avg_d=13.685 std_dev=5.534
C3' B 0, 7.590, 13.206, 18.821, 16.469 max_d=16.469 avg_d=13.206 std_dev=5.615
OP2 B 0, 8.271, 14.139, 20.008, 18.878 max_d=18.878 avg_d=14.139 std_dev=5.868
C4' A 0, 8.436, 14.324, 20.212, 17.633 max_d=17.633 avg_d=14.324 std_dev=5.888
O3' A 0, 9.246, 15.232, 21.217, 18.771 max_d=18.771 avg_d=15.232 std_dev=5.986
C4' B 0, 8.130, 14.223, 20.315, 17.665 max_d=17.665 avg_d=14.223 std_dev=6.093
O5' B 0, 8.410, 14.576, 20.743, 18.294 max_d=18.294 avg_d=14.576 std_dev=6.167
O3' B 0, 8.544, 14.741, 20.937, 18.521 max_d=18.521 avg_d=14.741 std_dev=6.196
C5' A 0, 9.386, 15.729, 22.072, 19.246 max_d=19.246 avg_d=15.729 std_dev=6.343
O5' A 0, 8.935, 15.294, 21.652, 19.821 max_d=19.821 avg_d=15.294 std_dev=6.358
P B 0, 9.083, 15.640, 22.198, 19.352 max_d=19.352 avg_d=15.640 std_dev=6.557
C5' B 0, 8.966, 15.667, 22.367, 19.383 max_d=19.383 avg_d=15.667 std_dev=6.701
P A 0, 9.714, 16.675, 23.637, 22.006 max_d=22.006 avg_d=16.675 std_dev=6.962
OP2 A 0, 8.991, 15.985, 22.979, 22.620 max_d=22.620 avg_d=15.985 std_dev=6.994
OP1 B 0, 10.446, 17.839, 25.233, 21.922 max_d=21.922 avg_d=17.839 std_dev=7.394
OP1 A 0, 11.063, 18.656, 26.249, 23.761 max_d=23.761 avg_d=18.656 std_dev=7.593

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.41 0.40 0.59 0.23
C2 0.04 0.00 0.16 0.16 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.21 0.04 0.66 0.16 1.30 0.67
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.08 0.01 0.07 0.01 0.09 0.09 0.13 0.16 0.09 0.08 0.03 0.00 0.02 0.01 0.23 0.55 0.29 0.08
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.08 0.01 0.09 0.03 0.10 0.16 0.13 0.15 0.11 0.14 0.06 0.02 0.01 0.01 0.17 0.40 0.19 0.13
C4 0.02 0.01 0.08 0.08 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.09 0.10 0.02 0.70 0.19 1.31 0.72
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.09 0.06 0.07 0.07 0.09 0.04 0.05 0.02 0.00 0.01 0.54 0.15 0.23
C5 0.02 0.01 0.07 0.09 0.00 0.06 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.11 0.03 0.84 0.48 1.71 1.01
C5' 0.03 0.09 0.01 0.03 0.09 0.01 0.14 0.00 0.14 0.16 0.11 0.08 0.17 0.17 0.09 0.05 0.07 0.02 0.01 0.13 0.13 0.01
C6 0.02 0.01 0.09 0.10 0.01 0.06 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.13 0.03 0.85 0.51 1.81 1.06
C8 0.01 0.01 0.09 0.16 0.01 0.09 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.18 0.04 0.88 0.54 1.59 1.01
N1 0.03 0.00 0.13 0.13 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.17 0.03 0.76 0.30 1.60 0.89
N3 0.04 0.00 0.16 0.15 0.00 0.07 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.19 0.04 0.59 0.20 1.09 0.54
N6 0.03 0.01 0.09 0.11 0.01 0.07 0.01 0.17 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.10 0.14 0.04 0.91 0.73 2.06 1.23
N7 0.01 0.01 0.08 0.14 0.01 0.09 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.17 0.04 0.93 0.73 1.92 1.20
N9 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.68 0.17 1.15 0.65
O2' 0.02 0.19 0.00 0.02 0.09 0.05 0.07 0.05 0.11 0.05 0.16 0.18 0.10 0.05 0.02 0.00 0.05 0.06 0.06 1.02 0.24 0.41
O3' 0.02 0.21 0.02 0.01 0.10 0.02 0.11 0.07 0.13 0.18 0.17 0.19 0.14 0.17 0.06 0.05 0.00 0.01 0.26 0.67 0.45 0.45
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.36 0.41 0.44 0.19
O5' 0.41 0.66 0.23 0.17 0.70 0.01 0.84 0.01 0.85 0.88 0.76 0.59 0.91 0.93 0.68 0.06 0.26 0.36 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.40 0.16 0.55 0.40 0.19 0.54 0.48 0.13 0.51 0.54 0.30 0.20 0.73 0.73 0.17 1.02 0.67 0.41 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.59 1.30 0.29 0.19 1.31 0.15 1.71 0.13 1.81 1.59 1.60 1.09 2.06 1.92 1.15 0.24 0.45 0.44 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.67 0.08 0.13 0.72 0.23 1.01 0.01 1.06 1.01 0.89 0.54 1.23 1.20 0.65 0.41 0.45 0.19 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.54 0.37 0.77 0.81 0.43 0.61 0.53 0.61 0.59 0.54 0.41 0.45 0.85 0.64 0.47 0.88 0.99 0.48 0.62 0.83 0.94 0.73
C2 0.48 0.34 0.69 0.73 0.46 0.56 0.73 0.62 0.87 0.69 0.55 0.42 1.27 0.87 0.50 0.79 0.86 0.47 0.69 0.87 1.01 0.83
C2' 0.76 0.52 1.00 0.99 0.60 0.80 0.64 0.73 0.70 0.66 0.57 0.62 0.92 0.71 0.65 1.14 1.16 0.68 0.65 0.78 0.83 0.67
C3' 0.75 0.46 0.94 0.88 0.52 0.75 0.47 0.63 0.49 0.54 0.39 0.60 0.72 0.54 0.59 1.12 1.06 0.69 0.51 0.64 0.70 0.53
C4 0.43 0.38 0.61 0.60 0.28 0.43 0.38 0.44 0.45 0.39 0.21 0.45 0.81 0.53 0.31 0.76 0.75 0.38 0.49 0.71 0.86 0.64
C4' 0.58 0.38 0.79 0.78 0.40 0.61 0.41 0.55 0.45 0.45 0.32 0.48 0.69 0.50 0.45 0.95 0.98 0.53 0.50 0.71 0.83 0.61
C5 0.53 0.71 0.57 0.44 0.39 0.38 0.17 0.31 0.18 0.19 0.38 0.69 0.51 0.27 0.34 0.79 0.57 0.46 0.37 0.59 0.77 0.54
C5' 0.54 0.40 0.63 0.58 0.34 0.49 0.30 0.43 0.33 0.33 0.25 0.48 0.58 0.38 0.38 0.84 0.77 0.52 0.40 0.65 0.82 0.58
C6 0.60 0.91 0.64 0.46 0.49 0.43 0.19 0.33 0.19 0.18 0.55 0.84 0.50 0.24 0.41 0.85 0.57 0.52 0.38 0.56 0.75 0.53
C8 0.52 0.59 0.55 0.44 0.36 0.39 0.20 0.32 0.21 0.23 0.32 0.61 0.47 0.28 0.35 0.76 0.59 0.48 0.37 0.62 0.80 0.56
N1 0.46 0.63 0.60 0.52 0.30 0.40 0.37 0.40 0.47 0.38 0.22 0.63 0.98 0.57 0.30 0.79 0.65 0.40 0.47 0.66 0.84 0.63
N3 0.52 0.37 0.75 0.80 0.50 0.61 0.72 0.66 0.82 0.68 0.57 0.44 1.15 0.84 0.53 0.83 0.94 0.49 0.70 0.89 1.01 0.83
N6 0.88 1.32 0.85 0.63 0.88 0.67 0.58 0.53 0.63 0.46 1.10 1.20 0.35 0.34 0.74 1.04 0.67 0.79 0.55 0.60 0.76 0.60
N7 0.63 0.82 0.60 0.42 0.53 0.45 0.32 0.36 0.32 0.29 0.57 0.80 0.40 0.27 0.48 0.81 0.52 0.59 0.41 0.61 0.79 0.57
N9 0.45 0.37 0.61 0.60 0.28 0.44 0.33 0.43 0.39 0.36 0.19 0.45 0.70 0.47 0.31 0.78 0.77 0.39 0.46 0.70 0.85 0.62
O2' 0.93 0.75 1.21 1.24 0.83 1.02 0.89 0.97 0.95 0.89 0.85 0.80 1.12 0.94 0.86 1.32 1.42 0.85 0.89 1.01 1.01 0.90
O3' 0.91 0.56 1.11 1.05 0.65 0.92 0.59 0.78 0.59 0.68 0.51 0.70 0.77 0.64 0.74 1.30 1.22 0.85 0.62 0.69 0.67 0.57
O4' 0.46 0.33 0.68 0.73 0.34 0.53 0.42 0.55 0.46 0.45 0.29 0.40 0.72 0.54 0.38 0.80 0.92 0.42 0.57 0.82 0.94 0.72
O5' 1.21 1.02 1.33 1.28 1.05 1.16 0.98 1.04 0.90 1.07 0.89 1.11 0.91 1.02 1.11 1.46 1.42 1.13 0.93 0.95 0.91 0.87
OP1 1.01 0.84 0.96 0.93 0.88 0.95 0.86 0.91 0.80 0.95 0.74 0.91 0.87 0.94 0.94 1.07 0.99 1.03 0.83 0.93 0.90 0.86
OP2 2.21 2.02 2.28 2.28 2.15 2.20 2.17 2.14 2.10 2.26 2.01 2.09 2.13 2.26 2.21 2.30 2.34 2.17 2.07 2.06 1.96 2.00
P 1.41 1.26 1.47 1.46 1.31 1.38 1.30 1.31 1.24 1.38 1.19 1.32 1.26 1.36 1.36 1.55 1.55 1.37 1.22 1.26 1.18 1.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.14 0.14 0.25 0.13
C2 0.03 0.00 0.35 0.32 0.01 0.12 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.34 0.44 0.20 0.30 0.38 0.54 0.40
C2' 0.00 0.35 0.00 0.00 0.19 0.01 0.11 0.04 0.18 0.15 0.29 0.34 0.15 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.15 0.18 0.18 0.11
C3' 0.01 0.32 0.00 0.00 0.18 0.00 0.14 0.02 0.20 0.18 0.28 0.30 0.18 0.13 0.06 0.02 0.01 0.01 0.20 0.23 0.13 0.14
C4 0.02 0.01 0.19 0.18 0.00 0.07 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.16 0.22 0.11 0.29 0.30 0.47 0.33
C4' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.09 0.09 0.10 0.11 0.09 0.09 0.04 0.07 0.02 0.00 0.02 0.13 0.16 0.05
C5 0.01 0.01 0.11 0.14 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.11 0.16 0.07 0.35 0.39 0.58 0.41
C5' 0.04 0.21 0.04 0.02 0.15 0.01 0.16 0.00 0.19 0.13 0.21 0.18 0.20 0.15 0.09 0.05 0.05 0.02 0.01 0.13 0.18 0.02
C6 0.02 0.01 0.18 0.20 0.01 0.09 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.26 0.11 0.36 0.44 0.63 0.46
C8 0.02 0.01 0.15 0.18 0.01 0.09 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.14 0.19 0.11 0.36 0.34 0.48 0.35
N1 0.03 0.01 0.29 0.28 0.01 0.10 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.38 0.17 0.34 0.42 0.61 0.45
N3 0.03 0.00 0.34 0.30 0.00 0.11 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.32 0.39 0.19 0.27 0.31 0.47 0.34
N6 0.02 0.02 0.15 0.18 0.01 0.09 0.02 0.20 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.15 0.22 0.09 0.39 0.50 0.69 0.50
N7 0.01 0.01 0.07 0.13 0.01 0.09 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.10 0.12 0.05 0.39 0.42 0.60 0.43
N9 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.05 0.02 0.26 0.24 0.38 0.25
O2' 0.01 0.34 0.00 0.02 0.16 0.07 0.11 0.05 0.18 0.14 0.27 0.32 0.15 0.10 0.05 0.00 0.05 0.06 0.08 0.19 0.16 0.08
O3' 0.06 0.44 0.02 0.01 0.22 0.02 0.16 0.05 0.26 0.19 0.38 0.39 0.22 0.12 0.05 0.05 0.00 0.04 0.19 0.30 0.15 0.17
O4' 0.01 0.20 0.01 0.01 0.11 0.00 0.07 0.02 0.11 0.11 0.17 0.19 0.09 0.05 0.02 0.06 0.04 0.00 0.11 0.14 0.23 0.13
O5' 0.14 0.30 0.15 0.20 0.29 0.02 0.35 0.01 0.36 0.36 0.34 0.27 0.39 0.39 0.26 0.08 0.19 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.14 0.38 0.18 0.23 0.30 0.13 0.39 0.13 0.44 0.34 0.42 0.31 0.50 0.42 0.24 0.19 0.30 0.14 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.54 0.18 0.13 0.47 0.16 0.58 0.18 0.63 0.48 0.61 0.47 0.69 0.60 0.38 0.16 0.15 0.23 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.40 0.11 0.14 0.33 0.05 0.41 0.02 0.46 0.35 0.45 0.34 0.50 0.43 0.25 0.08 0.17 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00