ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 12859

back

Distances from reference structure (by RMSD)

19, 16, 29, 15, 23, 48, 19, 9, 17, 26, 3, 3, 2, 6, 47, 26, 70, 10, 0, 112,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.082, 0.251, 0.420, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.251 std_dev=0.169
N1 A 0, 0.253, 0.536, 0.818, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.536 std_dev=0.283
N3 B 0, 0.285, 0.704, 1.122, 1.731 max_d=1.731 avg_d=0.704 std_dev=0.418
C5 B 0, 0.374, 0.810, 1.247, 1.985 max_d=1.985 avg_d=0.810 std_dev=0.437
N9 B 0, 0.364, 0.863, 1.362, 1.947 max_d=1.947 avg_d=0.863 std_dev=0.499
C6 B 0, 0.506, 1.105, 1.703, 2.078 max_d=2.078 avg_d=1.105 std_dev=0.599
C2 A 0, 0.359, 0.978, 1.597, 2.278 max_d=2.278 avg_d=0.978 std_dev=0.619
C2 B 0, 0.493, 1.141, 1.788, 2.442 max_d=2.442 avg_d=1.141 std_dev=0.647
N1 B 0, 0.538, 1.193, 1.849, 2.183 max_d=2.183 avg_d=1.193 std_dev=0.656
C6 A 0, 0.355, 1.046, 1.737, 2.396 max_d=2.396 avg_d=1.046 std_dev=0.691
C1' B 0, 0.531, 1.251, 1.971, 2.604 max_d=2.604 avg_d=1.251 std_dev=0.720
O4' B 0, 0.915, 1.675, 2.434, 3.739 max_d=3.739 avg_d=1.675 std_dev=0.760
N7 B 0, 0.659, 1.478, 2.297, 3.620 max_d=3.620 avg_d=1.478 std_dev=0.819
C8 B 0, 0.644, 1.468, 2.291, 3.308 max_d=3.308 avg_d=1.468 std_dev=0.824
N3 A 0, 0.441, 1.350, 2.259, 3.430 max_d=3.430 avg_d=1.350 std_dev=0.909
C4' B 0, 1.224, 2.140, 3.057, 4.757 max_d=4.757 avg_d=2.140 std_dev=0.916
O6 B 0, 0.743, 1.669, 2.595, 3.244 max_d=3.244 avg_d=1.669 std_dev=0.926
C3' B 0, 1.004, 1.974, 2.944, 4.606 max_d=4.606 avg_d=1.974 std_dev=0.970
C1' A 0, 0.600, 1.600, 2.600, 3.528 max_d=3.528 avg_d=1.600 std_dev=1.000
C2' B 0, 0.861, 1.897, 2.934, 4.222 max_d=4.222 avg_d=1.897 std_dev=1.036
C5 A 0, 0.450, 1.522, 2.594, 3.683 max_d=3.683 avg_d=1.522 std_dev=1.072
O4' A 0, 0.813, 1.895, 2.977, 4.612 max_d=4.612 avg_d=1.895 std_dev=1.082
N2 B 0, 0.824, 1.909, 2.995, 4.023 max_d=4.023 avg_d=1.909 std_dev=1.085
C4 A 0, 0.468, 1.610, 2.752, 4.103 max_d=4.103 avg_d=1.610 std_dev=1.142
C5' B 0, 1.684, 2.856, 4.028, 6.623 max_d=6.623 avg_d=2.856 std_dev=1.172
O2 A 0, 0.664, 1.898, 3.132, 4.352 max_d=4.352 avg_d=1.898 std_dev=1.234
O3' B 0, 1.056, 2.401, 3.746, 6.598 max_d=6.598 avg_d=2.401 std_dev=1.345
O5' B 0, 2.091, 3.547, 5.002, 8.163 max_d=8.163 avg_d=3.547 std_dev=1.456
O2' B 0, 0.882, 2.568, 4.254, 5.572 max_d=5.572 avg_d=2.568 std_dev=1.686
C2' A 0, 0.778, 2.502, 4.225, 5.234 max_d=5.234 avg_d=2.502 std_dev=1.723
O4 A 0, 0.757, 2.508, 4.259, 6.319 max_d=6.319 avg_d=2.508 std_dev=1.751
C4' A 0, 1.225, 3.019, 4.812, 7.267 max_d=7.267 avg_d=3.019 std_dev=1.793
O5' A 0, 1.479, 3.501, 5.522, 8.385 max_d=8.385 avg_d=3.501 std_dev=2.022
C5' A 0, 1.527, 3.568, 5.608, 8.774 max_d=8.774 avg_d=3.568 std_dev=2.040
O2' A 0, 1.174, 3.275, 5.375, 6.958 max_d=6.958 avg_d=3.275 std_dev=2.100
C3' A 0, 1.158, 3.340, 5.522, 7.717 max_d=7.717 avg_d=3.340 std_dev=2.182
P B 0, 2.308, 4.549, 6.789, 10.709 max_d=10.709 avg_d=4.549 std_dev=2.240
OP1 B 0, 2.829, 5.323, 7.817, 11.865 max_d=11.865 avg_d=5.323 std_dev=2.494
OP2 B 0, 2.077, 4.627, 7.177, 11.390 max_d=11.390 avg_d=4.627 std_dev=2.550
P A 0, 1.893, 4.459, 7.025, 10.612 max_d=10.612 avg_d=4.459 std_dev=2.566
OP2 A 0, 1.779, 4.485, 7.192, 10.392 max_d=10.392 avg_d=4.485 std_dev=2.707
O3' A 0, 1.242, 4.121, 7.000, 9.844 max_d=9.844 avg_d=4.121 std_dev=2.879
OP1 A 0, 2.423, 5.573, 8.723, 13.066 max_d=13.066 avg_d=5.573 std_dev=3.150

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.09 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.34 0.03 0.01 0.23 0.39 0.36 0.23
C2 0.02 0.00 0.18 0.26 0.01 0.18 0.01 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.28 0.02 0.18 0.37 0.62 0.71 0.43
C2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.07 0.02 0.15 0.21 0.18 0.04 0.14 0.32 0.00 0.04 0.08 0.03 0.52 0.59 0.60 0.54
C3' 0.02 0.26 0.01 0.00 0.38 0.01 0.42 0.03 0.38 0.23 0.32 0.29 0.03 0.01 0.41 0.02 0.24 0.32 0.28 0.21
C4 0.02 0.01 0.07 0.38 0.00 0.15 0.01 0.21 0.01 0.02 0.01 0.02 0.40 0.19 0.01 0.04 0.43 0.81 0.84 0.48
C4' 0.02 0.18 0.02 0.01 0.15 0.00 0.24 0.01 0.26 0.09 0.16 0.34 0.32 0.03 0.16 0.01 0.02 0.18 0.24 0.06
C5 0.02 0.01 0.15 0.42 0.01 0.24 0.00 0.34 0.01 0.01 0.01 0.02 0.44 0.29 0.02 0.15 0.58 0.92 0.91 0.65
C5' 0.09 0.29 0.21 0.03 0.21 0.01 0.34 0.00 0.34 0.12 0.26 0.53 0.12 0.24 0.23 0.02 0.01 0.17 0.30 0.02
C6 0.02 0.01 0.18 0.38 0.01 0.26 0.01 0.34 0.00 0.01 0.01 0.02 0.40 0.24 0.02 0.20 0.56 0.81 0.75 0.59
N1 0.01 0.01 0.04 0.23 0.02 0.09 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.23 0.15 0.02 0.02 0.29 0.54 0.51 0.30
N3 0.02 0.01 0.14 0.32 0.01 0.16 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00 0.01 0.33 0.20 0.01 0.13 0.38 0.71 0.80 0.46
O2 0.04 0.01 0.32 0.29 0.02 0.34 0.02 0.53 0.02 0.02 0.01 0.00 0.36 0.48 0.02 0.33 0.59 0.76 0.90 0.69
O2' 0.03 0.27 0.00 0.03 0.40 0.32 0.44 0.12 0.40 0.23 0.33 0.36 0.00 0.07 0.43 0.22 0.38 0.46 0.65 0.45
O3' 0.34 0.28 0.04 0.01 0.19 0.03 0.29 0.24 0.24 0.15 0.20 0.48 0.07 0.00 0.23 0.23 0.30 0.51 0.38 0.34
O4 0.03 0.02 0.08 0.41 0.01 0.16 0.02 0.23 0.02 0.02 0.01 0.02 0.43 0.23 0.00 0.05 0.45 0.87 0.93 0.53
O4' 0.01 0.18 0.03 0.02 0.04 0.01 0.15 0.02 0.20 0.02 0.13 0.33 0.22 0.23 0.05 0.00 0.14 0.31 0.39 0.22
O5' 0.23 0.37 0.52 0.24 0.43 0.02 0.58 0.01 0.56 0.29 0.38 0.59 0.38 0.30 0.45 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.39 0.62 0.59 0.32 0.81 0.18 0.92 0.17 0.81 0.54 0.71 0.76 0.46 0.51 0.87 0.31 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.36 0.71 0.60 0.28 0.84 0.24 0.91 0.30 0.75 0.51 0.80 0.90 0.65 0.38 0.93 0.39 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.23 0.43 0.54 0.21 0.48 0.06 0.65 0.02 0.59 0.30 0.46 0.69 0.45 0.34 0.53 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 1.18 1.16 1.26 1.55 0.63 1.79 0.52 2.20 0.64 1.24 1.07 1.64 0.94 1.11 0.96 1.52 1.62 1.68 2.23 0.94 2.79 2.43 2.62
C2 0.63 0.88 0.63 0.80 0.41 0.92 0.55 1.18 0.56 0.90 0.74 1.29 0.67 0.95 0.59 0.93 0.78 1.02 1.38 0.79 1.83 1.72 1.71
C2' 1.48 1.37 1.56 2.00 0.74 2.32 0.59 2.81 0.82 1.53 1.32 1.94 1.13 1.33 1.17 1.63 2.05 2.10 2.83 1.23 3.40 2.97 3.20
C3' 1.66 1.71 1.89 2.30 0.98 2.59 0.66 3.16 1.02 1.51 1.58 2.29 1.49 1.20 1.28 1.96 2.38 2.24 3.20 1.38 3.90 3.37 3.68
C4 0.75 0.63 1.09 1.19 0.48 0.74 0.38 0.62 0.47 0.54 0.48 0.79 0.69 0.54 0.56 1.33 1.29 0.59 0.86 0.72 1.18 1.23 1.03
C4' 1.57 1.49 1.88 2.23 0.81 2.43 0.49 2.93 0.87 1.33 1.38 2.04 1.27 1.00 1.15 2.11 2.42 2.08 2.90 1.25 3.63 3.03 3.36
C5 0.98 0.64 1.29 1.33 0.55 0.96 0.42 0.90 0.62 0.75 0.69 0.78 0.65 0.56 0.76 1.67 1.46 0.83 0.85 0.84 1.22 1.12 1.03
C5' 1.71 1.57 2.16 2.52 0.86 2.57 0.58 2.99 1.07 1.32 1.52 2.13 1.31 0.92 1.21 2.45 2.81 2.12 2.88 1.48 3.56 2.91 3.25
C6 0.95 0.84 1.23 1.32 0.47 1.17 0.37 1.32 0.62 0.94 0.89 1.09 0.63 0.70 0.77 1.59 1.41 1.06 1.26 0.82 1.69 1.45 1.53
N1 0.78 0.91 0.87 1.06 0.44 1.18 0.43 1.49 0.50 0.98 0.86 1.27 0.67 0.90 0.69 1.19 1.09 1.17 1.56 0.68 2.03 1.80 1.90
N3 0.47 0.76 0.74 0.82 0.35 0.55 0.47 0.64 0.55 0.63 0.59 1.05 0.67 0.77 0.38 0.98 0.86 0.60 1.00 0.76 1.40 1.43 1.28
O2 1.04 1.08 1.04 1.19 0.61 1.40 0.73 1.62 0.80 1.19 0.92 1.63 0.86 1.19 0.90 1.23 1.20 1.44 1.80 1.18 2.23 2.09 2.10
O2' 1.67 1.42 1.69 2.18 0.99 2.56 1.14 3.08 1.21 1.90 1.45 2.01 1.17 1.87 1.42 1.72 2.25 2.31 3.08 1.62 3.75 3.36 3.52
O3' 1.78 1.72 2.04 2.53 0.98 2.88 0.74 3.58 1.03 1.60 1.55 2.40 1.53 1.37 1.33 2.01 2.57 2.43 3.65 1.48 4.54 3.89 4.28
O4 1.22 0.91 1.66 1.83 0.72 1.35 0.49 1.20 0.63 0.79 0.71 1.15 0.98 0.69 0.90 1.76 1.95 1.05 1.37 1.00 1.52 1.57 1.36
O4' 1.32 1.22 1.57 1.80 0.70 1.95 0.44 2.35 0.67 1.18 1.12 1.67 1.04 0.93 1.01 1.89 1.95 1.75 2.34 0.96 2.93 2.47 2.74
O5' 1.87 1.72 2.37 2.72 1.04 2.64 0.80 2.89 1.30 1.37 1.71 2.22 1.43 0.94 1.35 2.65 3.03 2.17 2.69 1.70 3.13 2.59 2.88
OP1 2.24 1.98 2.88 3.19 1.32 3.04 1.06 3.17 1.53 1.50 1.92 2.59 1.74 1.11 1.61 3.25 3.70 2.47 2.81 1.98 3.25 2.62 2.90
OP2 1.87 1.93 2.41 2.73 1.19 2.57 1.28 2.65 1.88 1.30 2.14 2.38 1.50 1.21 1.32 2.89 3.22 2.03 2.21 2.37 2.55 1.87 2.18
P 2.08 1.80 2.66 3.03 1.16 2.87 0.98 2.96 1.49 1.39 1.84 2.33 1.52 1.02 1.47 3.06 3.55 2.32 2.59 1.94 2.92 2.29 2.62

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.08 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.03 0.36 0.01 0.33 0.03 0.44 0.51 0.37
C2 0.05 0.00 0.40 0.39 0.01 0.46 0.01 0.87 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.34 0.44 0.39 1.17 0.01 1.47 1.88 1.52
C2' 0.01 0.40 0.00 0.01 0.20 0.02 0.10 0.22 0.18 0.21 0.31 0.48 0.39 0.12 0.03 0.01 0.04 0.02 0.52 0.14 0.59 0.57 0.51
C3' 0.02 0.39 0.01 0.00 0.26 0.01 0.35 0.03 0.36 0.49 0.35 0.48 0.36 0.48 0.25 0.02 0.01 0.03 0.32 0.40 0.40 0.27 0.26
C4 0.03 0.01 0.20 0.26 0.00 0.19 0.01 0.35 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.26 0.24 0.20 0.64 0.01 0.83 1.01 0.79
C4' 0.01 0.46 0.02 0.01 0.19 0.00 0.12 0.01 0.16 0.38 0.32 0.61 0.45 0.30 0.10 0.33 0.03 0.01 0.02 0.14 0.19 0.33 0.09
C5 0.02 0.01 0.10 0.35 0.01 0.12 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.35 0.17 0.08 0.67 0.01 0.95 1.05 0.82
C5' 0.08 0.87 0.22 0.03 0.35 0.01 0.20 0.00 0.32 0.56 0.63 1.15 0.80 0.45 0.13 0.11 0.25 0.02 0.01 0.26 0.27 0.39 0.02
C6 0.03 0.01 0.18 0.36 0.01 0.16 0.01 0.32 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.37 0.21 0.16 0.72 0.01 1.03 1.22 0.93
C8 0.02 0.02 0.21 0.49 0.01 0.38 0.01 0.56 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.42 0.23 0.23 1.03 0.02 1.27 1.28 1.15
N1 0.04 0.01 0.31 0.35 0.01 0.32 0.01 0.63 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.34 0.31 0.29 0.93 0.01 1.24 1.58 1.23
N2 0.06 0.01 0.48 0.48 0.02 0.61 0.02 1.15 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.41 0.57 0.47 1.52 0.02 1.97 2.48 2.01
N3 0.05 0.01 0.39 0.36 0.01 0.45 0.01 0.80 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.31 0.45 0.40 1.08 0.01 1.26 1.59 1.32
N7 0.02 0.01 0.12 0.48 0.01 0.30 0.00 0.45 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.44 0.26 0.14 0.98 0.02 1.31 1.35 1.15
N9 0.01 0.02 0.03 0.25 0.01 0.10 0.01 0.13 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.24 0.14 0.02 0.54 0.02 0.72 0.75 0.60
O2' 0.03 0.34 0.01 0.02 0.26 0.33 0.35 0.11 0.37 0.42 0.34 0.41 0.31 0.44 0.24 0.00 0.08 0.23 0.41 0.41 0.51 0.62 0.45
O3' 0.36 0.44 0.04 0.01 0.24 0.03 0.17 0.25 0.21 0.23 0.31 0.57 0.45 0.26 0.14 0.08 0.00 0.24 0.37 0.23 0.67 0.45 0.44
O4' 0.01 0.39 0.02 0.03 0.20 0.01 0.08 0.02 0.16 0.23 0.29 0.47 0.40 0.14 0.02 0.23 0.24 0.00 0.24 0.11 0.34 0.48 0.30
O5' 0.33 1.17 0.52 0.32 0.64 0.02 0.67 0.01 0.72 1.03 0.93 1.52 1.08 0.98 0.54 0.41 0.37 0.24 0.00 0.75 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.14 0.40 0.01 0.14 0.01 0.26 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.41 0.23 0.11 0.75 0.00 1.12 1.26 0.97
OP1 0.44 1.47 0.59 0.40 0.83 0.19 0.95 0.27 1.03 1.27 1.24 1.97 1.26 1.31 0.72 0.51 0.67 0.34 0.02 1.12 0.00 0.02 0.01
OP2 0.51 1.88 0.57 0.27 1.01 0.33 1.05 0.39 1.22 1.28 1.58 2.48 1.59 1.35 0.75 0.62 0.45 0.48 0.02 1.26 0.02 0.00 0.01
P 0.37 1.52 0.51 0.26 0.79 0.09 0.82 0.02 0.93 1.15 1.23 2.01 1.32 1.15 0.60 0.45 0.44 0.30 0.01 0.97 0.01 0.01 0.00