ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 13004

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 12, 5, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.025, 0.083, 0.142, 0.222 max_d=0.222 avg_d=0.083 std_dev=0.059
C5 B 0, 0.090, 0.151, 0.212, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.151 std_dev=0.061
C6 B 0, 0.072, 0.140, 0.207, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.140 std_dev=0.067
N1 B 0, 0.023, 0.094, 0.164, 0.274 max_d=0.274 avg_d=0.094 std_dev=0.071
C2 B 0, 0.056, 0.127, 0.198, 0.247 max_d=0.247 avg_d=0.127 std_dev=0.071
C4 B 0, 0.066, 0.142, 0.218, 0.280 max_d=0.280 avg_d=0.142 std_dev=0.076
C1' A 0, 0.050, 0.128, 0.206, 0.388 max_d=0.388 avg_d=0.128 std_dev=0.078
C1' B 0, 0.064, 0.142, 0.220, 0.338 max_d=0.338 avg_d=0.142 std_dev=0.078
N3 B 0, 0.074, 0.155, 0.236, 0.314 max_d=0.314 avg_d=0.155 std_dev=0.081
O2 B 0, 0.100, 0.190, 0.281, 0.356 max_d=0.356 avg_d=0.190 std_dev=0.091
N4 B 0, 0.080, 0.192, 0.303, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.192 std_dev=0.112
C6 A 0, 0.042, 0.156, 0.270, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.156 std_dev=0.114
C4 A 0, 0.057, 0.173, 0.288, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.173 std_dev=0.115
C2' A 0, 0.061, 0.180, 0.299, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.180 std_dev=0.119
O4' B 0, 0.078, 0.197, 0.316, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.197 std_dev=0.119
O4' A 0, 0.036, 0.157, 0.277, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.157 std_dev=0.120
N3 A 0, 0.076, 0.207, 0.338, 0.462 max_d=0.462 avg_d=0.207 std_dev=0.131
C2' B 0, 0.061, 0.199, 0.337, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.199 std_dev=0.138
C2 A 0, 0.062, 0.208, 0.353, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.208 std_dev=0.146
O2' A 0, 0.085, 0.231, 0.378, 0.639 max_d=0.639 avg_d=0.231 std_dev=0.146
O2' B 0, 0.105, 0.255, 0.406, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.255 std_dev=0.150
N4 A 0, 0.086, 0.247, 0.407, 0.639 max_d=0.639 avg_d=0.247 std_dev=0.160
C5 A 0, 0.058, 0.220, 0.382, 0.833 max_d=0.833 avg_d=0.220 std_dev=0.162
C3' A 0, 0.035, 0.203, 0.370, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.203 std_dev=0.167
C4' A 0, 0.042, 0.217, 0.392, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.217 std_dev=0.175
C4' B 0, 0.073, 0.248, 0.423, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.248 std_dev=0.175
C3' B 0, 0.057, 0.244, 0.431, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.244 std_dev=0.187
O5' B 0, 0.111, 0.324, 0.538, 1.167 max_d=1.167 avg_d=0.324 std_dev=0.213
O3' A 0, 0.067, 0.287, 0.506, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.287 std_dev=0.220
O5' A 0, 0.054, 0.276, 0.499, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.276 std_dev=0.223
C5' A 0, 0.060, 0.284, 0.508, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.284 std_dev=0.224
C5' B 0, 0.076, 0.307, 0.538, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.307 std_dev=0.231
OP2 B 0, 0.168, 0.407, 0.646, 1.297 max_d=1.297 avg_d=0.407 std_dev=0.239
OP2 A 0, 0.144, 0.393, 0.643, 1.267 max_d=1.267 avg_d=0.393 std_dev=0.249
P B 0, 0.145, 0.395, 0.646, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.395 std_dev=0.251
O3' B 0, 0.061, 0.319, 0.577, 1.286 max_d=1.286 avg_d=0.319 std_dev=0.258
P A 0, 0.121, 0.387, 0.653, 1.392 max_d=1.392 avg_d=0.387 std_dev=0.266
O2 A 0, 0.080, 0.349, 0.618, 1.310 max_d=1.310 avg_d=0.349 std_dev=0.269
OP1 B 0, 0.176, 0.486, 0.795, 1.496 max_d=1.496 avg_d=0.486 std_dev=0.310
OP1 A 0, 0.135, 0.476, 0.816, 1.726 max_d=1.726 avg_d=0.476 std_dev=0.340

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.07 0.05
C2 0.00 0.00 0.09 0.08 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.10 0.04 0.09 0.10 0.16 0.13
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.06 0.03 0.16 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.03
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.11 0.03 0.07 0.07 0.14 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.04 0.03
C4 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.14 0.19 0.24 0.20
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.02 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.07 0.10 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.12 0.04 0.17 0.21 0.26 0.22
C5' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.10 0.00 0.12 0.00 0.11 0.06 0.07 0.11 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.09 0.11 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.12 0.05 0.15 0.17 0.20 0.18
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.09 0.10 0.14 0.11
N3 0.00 0.00 0.06 0.07 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.09 0.03 0.12 0.14 0.20 0.16
N4 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.16 0.22 0.27 0.22
O2 0.01 0.00 0.16 0.14 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.18 0.07 0.07 0.08 0.15 0.12
O2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.05 0.02 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01
O3' 0.00 0.10 0.01 0.00 0.07 0.01 0.12 0.01 0.12 0.03 0.09 0.08 0.18 0.02 0.00 0.01 0.04 0.08 0.06 0.05
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.03 0.01 0.07 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.06 0.05
O5' 0.03 0.09 0.03 0.03 0.14 0.00 0.17 0.00 0.15 0.09 0.12 0.16 0.07 0.01 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.03 0.10 0.03 0.05 0.19 0.01 0.21 0.01 0.17 0.10 0.14 0.22 0.08 0.03 0.08 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.16 0.05 0.04 0.24 0.02 0.26 0.01 0.20 0.14 0.20 0.27 0.15 0.03 0.06 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.13 0.03 0.03 0.20 0.01 0.22 0.00 0.18 0.11 0.16 0.22 0.12 0.01 0.05 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.11 0.12 0.12 0.10 0.11 0.12 0.11 0.12 0.11 0.11 0.10 0.12 0.12 0.13 0.11 0.12 0.18 0.19 0.15
C2 0.25 0.22 0.25 0.25 0.19 0.24 0.24 0.22 0.26 0.24 0.20 0.16 0.21 0.25 0.26 0.25 0.19 0.19 0.18 0.18
C2' 0.09 0.08 0.09 0.08 0.06 0.08 0.09 0.10 0.09 0.08 0.07 0.08 0.10 0.10 0.09 0.09 0.13 0.18 0.22 0.16
C3' 0.08 0.06 0.08 0.07 0.06 0.08 0.09 0.10 0.08 0.07 0.06 0.10 0.09 0.10 0.07 0.08 0.13 0.18 0.21 0.16
C4 0.29 0.22 0.30 0.33 0.22 0.34 0.28 0.34 0.31 0.27 0.20 0.20 0.21 0.29 0.34 0.33 0.32 0.32 0.32 0.32
C4' 0.09 0.10 0.11 0.10 0.09 0.09 0.10 0.11 0.09 0.08 0.10 0.13 0.14 0.12 0.11 0.08 0.14 0.19 0.21 0.17
C5 0.24 0.18 0.25 0.28 0.19 0.29 0.25 0.30 0.27 0.23 0.17 0.20 0.17 0.23 0.30 0.28 0.28 0.29 0.29 0.29
C5' 0.10 0.12 0.12 0.11 0.10 0.09 0.11 0.11 0.09 0.09 0.11 0.13 0.15 0.13 0.13 0.08 0.14 0.19 0.20 0.16
C6 0.19 0.15 0.19 0.22 0.17 0.22 0.21 0.23 0.22 0.18 0.14 0.18 0.14 0.18 0.23 0.22 0.22 0.23 0.23 0.22
N1 0.18 0.15 0.18 0.20 0.16 0.19 0.19 0.18 0.20 0.17 0.15 0.15 0.15 0.18 0.20 0.19 0.17 0.19 0.18 0.17
N3 0.30 0.24 0.30 0.32 0.22 0.32 0.28 0.31 0.31 0.29 0.21 0.18 0.24 0.30 0.33 0.32 0.29 0.27 0.27 0.27
N4 0.34 0.25 0.34 0.39 0.23 0.40 0.31 0.41 0.34 0.31 0.21 0.21 0.23 0.34 0.40 0.38 0.39 0.40 0.39 0.40
O2 0.27 0.25 0.25 0.23 0.19 0.23 0.22 0.17 0.25 0.26 0.22 0.15 0.26 0.26 0.23 0.27 0.13 0.17 0.16 0.13
O2' 0.09 0.07 0.09 0.07 0.07 0.08 0.09 0.12 0.08 0.07 0.06 0.13 0.10 0.10 0.08 0.09 0.17 0.22 0.27 0.21
O3' 0.10 0.07 0.09 0.08 0.08 0.09 0.09 0.12 0.08 0.07 0.08 0.13 0.10 0.12 0.08 0.10 0.16 0.20 0.24 0.19
O4' 0.10 0.11 0.11 0.11 0.09 0.10 0.11 0.11 0.10 0.09 0.11 0.10 0.14 0.11 0.12 0.09 0.13 0.19 0.19 0.16
O5' 0.08 0.09 0.09 0.09 0.07 0.08 0.10 0.10 0.09 0.07 0.09 0.09 0.13 0.10 0.10 0.08 0.13 0.18 0.18 0.15
OP1 0.09 0.11 0.11 0.10 0.09 0.08 0.10 0.10 0.09 0.08 0.11 0.10 0.16 0.13 0.12 0.08 0.13 0.18 0.18 0.15
OP2 0.09 0.09 0.08 0.10 0.07 0.11 0.11 0.13 0.11 0.08 0.09 0.06 0.12 0.09 0.10 0.11 0.14 0.20 0.18 0.16
P 0.08 0.09 0.08 0.08 0.06 0.08 0.10 0.10 0.09 0.07 0.09 0.08 0.14 0.10 0.10 0.08 0.13 0.19 0.18 0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.10 0.07
C2 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.09 0.11 0.17 0.13
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.08 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.06 0.03
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.04 0.04 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.03 0.02
C4 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.12 0.18 0.22 0.18
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02
C5 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.02 0.13 0.18 0.22 0.18
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.06 0.08 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.03 0.11 0.14 0.17 0.14
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.09 0.10 0.15 0.11
N3 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.11 0.15 0.20 0.15
N4 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.13 0.20 0.24 0.19
O2 0.01 0.00 0.08 0.07 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.09 0.03 0.08 0.09 0.16 0.11
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02
O3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.05 0.05 0.09 0.01 0.00 0.00 0.04 0.09 0.04 0.05
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.07 0.06
O5' 0.05 0.09 0.03 0.02 0.12 0.01 0.13 0.00 0.11 0.09 0.11 0.13 0.08 0.01 0.04 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.05 0.11 0.04 0.05 0.18 0.02 0.18 0.03 0.14 0.10 0.15 0.20 0.09 0.04 0.09 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.17 0.06 0.03 0.22 0.03 0.22 0.01 0.17 0.15 0.20 0.24 0.16 0.05 0.04 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.13 0.03 0.02 0.18 0.02 0.18 0.00 0.14 0.11 0.15 0.19 0.11 0.02 0.05 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00