ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 13354

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 5, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.044, 0.124, 0.203, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.124 std_dev=0.080
N1 A 0, -0.013, 0.075, 0.163, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.075 std_dev=0.088
C5 B 0, 0.014, 0.102, 0.190, 0.254 max_d=0.254 avg_d=0.102 std_dev=0.088
C4 B 0, 0.012, 0.105, 0.197, 0.266 max_d=0.266 avg_d=0.105 std_dev=0.092
N3 B 0, 0.004, 0.099, 0.194, 0.269 max_d=0.269 avg_d=0.099 std_dev=0.095
C5 A 0, 0.042, 0.142, 0.242, 0.271 max_d=0.271 avg_d=0.142 std_dev=0.100
C2 A 0, 0.091, 0.198, 0.305, 0.303 max_d=0.303 avg_d=0.198 std_dev=0.107
C6 B 0, -0.009, 0.100, 0.208, 0.298 max_d=0.298 avg_d=0.100 std_dev=0.109
C2 B 0, 0.003, 0.113, 0.223, 0.312 max_d=0.312 avg_d=0.113 std_dev=0.110
N1 B 0, -0.023, 0.099, 0.220, 0.323 max_d=0.323 avg_d=0.099 std_dev=0.121
N3 A 0, 0.115, 0.264, 0.412, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.264 std_dev=0.149
C1' A 0, 0.018, 0.167, 0.317, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.167 std_dev=0.149
O2 A 0, 0.148, 0.307, 0.466, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.307 std_dev=0.159
C4 A 0, 0.042, 0.213, 0.383, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.213 std_dev=0.170
O2 B 0, 0.007, 0.199, 0.390, 0.541 max_d=0.541 avg_d=0.199 std_dev=0.191
O4 B 0, 0.045, 0.247, 0.449, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.247 std_dev=0.202
O4' A 0, -0.006, 0.234, 0.474, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.234 std_dev=0.240
C1' B 0, -0.063, 0.196, 0.455, 0.674 max_d=0.674 avg_d=0.196 std_dev=0.259
O4 A 0, 0.046, 0.337, 0.627, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.337 std_dev=0.291
C2' B 0, -0.070, 0.252, 0.575, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.252 std_dev=0.322
C2' A 0, -0.015, 0.314, 0.643, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.314 std_dev=0.329
O4' B 0, -0.106, 0.259, 0.624, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.259 std_dev=0.365
P A 0, 0.023, 0.420, 0.818, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.420 std_dev=0.398
C4' A 0, -0.101, 0.394, 0.890, 1.305 max_d=1.305 avg_d=0.394 std_dev=0.496
O5' A 0, -0.023, 0.522, 1.068, 1.436 max_d=1.436 avg_d=0.522 std_dev=0.546
C3' A 0, -0.143, 0.489, 1.122, 1.657 max_d=1.657 avg_d=0.489 std_dev=0.632
OP2 A 0, 0.021, 0.665, 1.310, 1.844 max_d=1.844 avg_d=0.665 std_dev=0.645
C4' B 0, -0.230, 0.434, 1.097, 1.670 max_d=1.670 avg_d=0.434 std_dev=0.664
O5' B 0, -0.183, 0.493, 1.169, 1.742 max_d=1.742 avg_d=0.493 std_dev=0.676
O2' B 0, -0.179, 0.512, 1.204, 1.794 max_d=1.794 avg_d=0.512 std_dev=0.691
C3' B 0, -0.242, 0.451, 1.143, 1.742 max_d=1.742 avg_d=0.451 std_dev=0.692
O2' A 0, -0.123, 0.579, 1.280, 1.875 max_d=1.875 avg_d=0.579 std_dev=0.702
OP2 B 0, -0.197, 0.513, 1.224, 1.830 max_d=1.830 avg_d=0.513 std_dev=0.711
C5' B 0, -0.220, 0.511, 1.243, 1.871 max_d=1.871 avg_d=0.511 std_dev=0.732
P B 0, -0.217, 0.516, 1.249, 1.874 max_d=1.874 avg_d=0.516 std_dev=0.733
C5' A 0, -0.146, 0.607, 1.360, 1.978 max_d=1.978 avg_d=0.607 std_dev=0.753
OP1 B 0, -0.246, 0.551, 1.349, 2.033 max_d=2.033 avg_d=0.551 std_dev=0.798
OP1 A 0, -0.176, 0.908, 1.992, 2.918 max_d=2.918 avg_d=0.908 std_dev=1.084
O3' A 0, -0.295, 0.834, 1.964, 2.926 max_d=2.926 avg_d=0.834 std_dev=1.129
O3' B 0, -0.412, 0.735, 1.882, 2.877 max_d=2.877 avg_d=0.735 std_dev=1.147

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.13 0.01 0.01 0.27 0.33 0.30 0.27
C2 0.02 0.00 0.06 0.14 0.01 0.03 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.26 0.11 0.01 0.03 0.19 0.17 0.51 0.16
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.06 0.02 0.07 0.01 0.07 0.03 0.05 0.11 0.00 0.07 0.06 0.00 0.15 0.14 0.36 0.07
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.32 0.00 0.38 0.01 0.34 0.19 0.22 0.08 0.01 0.01 0.35 0.01 0.09 0.32 0.57 0.26
C4 0.01 0.01 0.06 0.32 0.00 0.17 0.00 0.38 0.00 0.01 0.00 0.00 0.18 0.20 0.00 0.01 0.07 0.10 0.66 0.06
C4' 0.02 0.03 0.02 0.00 0.17 0.00 0.24 0.00 0.22 0.09 0.09 0.07 0.11 0.02 0.18 0.01 0.00 0.20 0.39 0.03
C5 0.01 0.00 0.07 0.38 0.00 0.24 0.00 0.44 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.31 0.00 0.02 0.05 0.13 0.63 0.07
C5' 0.03 0.17 0.01 0.01 0.38 0.00 0.44 0.00 0.38 0.21 0.27 0.06 0.09 0.10 0.41 0.01 0.00 0.36 0.36 0.01
C6 0.00 0.00 0.07 0.34 0.00 0.22 0.00 0.38 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.27 0.00 0.03 0.12 0.20 0.52 0.15
N1 0.00 0.00 0.03 0.19 0.01 0.09 0.01 0.21 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.05 0.01 0.01 0.20 0.23 0.45 0.19
N3 0.02 0.00 0.05 0.22 0.00 0.09 0.00 0.27 0.00 0.01 0.00 0.00 0.25 0.07 0.00 0.02 0.14 0.11 0.61 0.10
O2 0.02 0.00 0.11 0.08 0.00 0.07 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.36 0.31 0.01 0.04 0.24 0.20 0.47 0.19
O2' 0.02 0.26 0.00 0.01 0.18 0.11 0.09 0.09 0.06 0.12 0.25 0.36 0.00 0.17 0.19 0.11 0.04 0.23 0.41 0.09
O3' 0.13 0.11 0.07 0.01 0.20 0.02 0.31 0.10 0.27 0.05 0.07 0.31 0.17 0.00 0.23 0.05 0.47 0.78 0.80 0.62
O4 0.01 0.01 0.06 0.35 0.00 0.18 0.00 0.41 0.00 0.01 0.00 0.01 0.19 0.23 0.00 0.02 0.05 0.11 0.71 0.06
O4' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.11 0.05 0.02 0.00 0.32 0.59 0.18 0.40
O5' 0.27 0.19 0.15 0.09 0.07 0.00 0.05 0.00 0.12 0.20 0.14 0.24 0.04 0.47 0.05 0.32 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.33 0.17 0.14 0.32 0.10 0.20 0.13 0.36 0.20 0.23 0.11 0.20 0.23 0.78 0.11 0.59 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.30 0.51 0.36 0.57 0.66 0.39 0.63 0.36 0.52 0.45 0.61 0.47 0.41 0.80 0.71 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.27 0.16 0.07 0.26 0.06 0.03 0.07 0.01 0.15 0.19 0.10 0.19 0.09 0.62 0.06 0.40 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.37 0.15 0.43 0.64 0.07 0.67 0.13 0.64 0.21 0.23 0.07 0.16 0.66 1.08 0.06 0.48 0.60 0.61 0.55 0.58
C2 0.37 0.11 0.36 0.54 0.05 0.63 0.13 0.61 0.21 0.23 0.05 0.10 0.57 0.90 0.07 0.50 0.58 0.58 0.55 0.57
C2' 0.46 0.26 0.53 0.72 0.17 0.72 0.25 0.70 0.32 0.34 0.18 0.27 0.78 1.16 0.11 0.54 0.67 0.67 0.64 0.65
C3' 0.19 0.10 0.25 0.46 0.07 0.43 0.09 0.41 0.12 0.13 0.07 0.10 0.44 0.90 0.05 0.26 0.41 0.39 0.41 0.40
C4 0.16 0.14 0.11 0.44 0.11 0.59 0.08 0.60 0.11 0.07 0.17 0.24 0.09 0.77 0.14 0.41 0.56 0.59 0.54 0.58
C4' 0.22 0.11 0.28 0.51 0.08 0.50 0.10 0.47 0.13 0.15 0.08 0.13 0.45 0.96 0.06 0.30 0.46 0.45 0.44 0.44
C5 0.15 0.12 0.17 0.53 0.11 0.61 0.07 0.62 0.09 0.07 0.15 0.19 0.17 0.94 0.14 0.36 0.57 0.61 0.53 0.57
C5' 0.12 0.16 0.11 0.31 0.19 0.27 0.18 0.25 0.17 0.15 0.18 0.15 0.19 0.78 0.20 0.11 0.24 0.23 0.23 0.22
C6 0.23 0.05 0.28 0.60 0.07 0.64 0.06 0.63 0.11 0.10 0.10 0.08 0.37 1.05 0.11 0.40 0.59 0.61 0.53 0.57
N1 0.32 0.08 0.36 0.61 0.04 0.66 0.09 0.63 0.17 0.18 0.05 0.07 0.55 1.03 0.07 0.46 0.59 0.60 0.55 0.58
N3 0.30 0.05 0.24 0.46 0.07 0.60 0.10 0.59 0.17 0.16 0.09 0.10 0.36 0.77 0.10 0.48 0.57 0.58 0.55 0.58
O2 0.44 0.22 0.43 0.53 0.11 0.62 0.18 0.59 0.27 0.31 0.11 0.25 0.70 0.85 0.08 0.52 0.57 0.56 0.55 0.56
O2' 0.82 0.67 0.88 1.01 0.57 1.01 0.63 0.98 0.70 0.73 0.58 0.69 1.15 1.40 0.50 0.87 0.99 0.97 0.98 0.97
O3' 0.41 0.43 0.43 0.59 0.44 0.56 0.42 0.54 0.41 0.41 0.44 0.42 0.60 0.96 0.45 0.45 0.59 0.55 0.64 0.59
O4 0.07 0.24 0.16 0.28 0.16 0.51 0.11 0.56 0.10 0.12 0.23 0.37 0.35 0.52 0.17 0.36 0.54 0.58 0.53 0.58
O4' 0.27 0.09 0.35 0.60 0.07 0.62 0.07 0.59 0.13 0.15 0.08 0.11 0.54 1.07 0.11 0.39 0.54 0.55 0.48 0.52
O5' 0.36 0.22 0.43 0.74 0.18 0.70 0.23 0.69 0.27 0.28 0.18 0.22 0.52 1.22 0.15 0.46 0.67 0.67 0.64 0.65
OP1 0.14 0.11 0.12 0.36 0.12 0.44 0.14 0.47 0.14 0.12 0.11 0.11 0.14 0.72 0.13 0.28 0.45 0.46 0.46 0.48
OP2 0.46 0.61 0.38 0.09 0.63 0.09 0.58 0.09 0.53 0.55 0.65 0.63 0.38 0.54 0.65 0.32 0.09 0.09 0.12 0.09
P 0.20 0.10 0.21 0.56 0.09 0.56 0.13 0.57 0.16 0.14 0.08 0.09 0.22 0.99 0.08 0.33 0.55 0.56 0.53 0.54

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.10 0.01 0.01 0.17 0.14 0.24 0.17
C2 0.02 0.00 0.04 0.15 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.17 0.03 0.01 0.03 0.09 0.10 0.19 0.13
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.05 0.03 0.05 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.00 0.07 0.06 0.01 0.12 0.10 0.21 0.13
C3' 0.02 0.15 0.00 0.00 0.29 0.01 0.31 0.01 0.27 0.17 0.22 0.06 0.01 0.01 0.31 0.02 0.06 0.07 0.06 0.06
C4 0.01 0.00 0.05 0.29 0.00 0.14 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.26 0.00 0.02 0.08 0.05 0.09 0.05
C4' 0.01 0.03 0.03 0.01 0.14 0.00 0.18 0.01 0.16 0.07 0.07 0.05 0.16 0.03 0.15 0.00 0.01 0.07 0.02 0.02
C5 0.01 0.00 0.05 0.31 0.01 0.18 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.33 0.01 0.04 0.10 0.05 0.11 0.05
C5' 0.05 0.02 0.03 0.01 0.13 0.01 0.16 0.00 0.12 0.03 0.06 0.06 0.14 0.15 0.15 0.03 0.01 0.06 0.02 0.03
C6 0.01 0.00 0.04 0.27 0.01 0.16 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.26 0.01 0.04 0.06 0.08 0.19 0.09
N1 0.00 0.00 0.03 0.17 0.01 0.07 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.08 0.01 0.01 0.10 0.11 0.22 0.14
N3 0.01 0.00 0.04 0.22 0.00 0.07 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.18 0.13 0.00 0.02 0.06 0.07 0.13 0.08
O2 0.03 0.00 0.04 0.06 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.23 0.15 0.01 0.06 0.13 0.13 0.21 0.16
O2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.13 0.16 0.07 0.14 0.03 0.07 0.18 0.23 0.00 0.19 0.14 0.13 0.02 0.11 0.12 0.02
O3' 0.10 0.03 0.07 0.01 0.26 0.03 0.33 0.15 0.26 0.08 0.13 0.15 0.19 0.00 0.31 0.03 0.29 0.38 0.34 0.33
O4 0.01 0.01 0.06 0.31 0.00 0.15 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.31 0.00 0.02 0.11 0.05 0.04 0.05
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.04 0.01 0.02 0.06 0.13 0.03 0.02 0.00 0.16 0.12 0.20 0.15
O5' 0.17 0.09 0.12 0.06 0.08 0.01 0.10 0.01 0.06 0.10 0.06 0.13 0.02 0.29 0.11 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.14 0.10 0.10 0.07 0.05 0.07 0.05 0.06 0.08 0.11 0.07 0.13 0.11 0.38 0.05 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.19 0.21 0.06 0.09 0.02 0.11 0.02 0.19 0.22 0.13 0.21 0.12 0.34 0.04 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.17 0.13 0.13 0.06 0.05 0.02 0.05 0.03 0.09 0.14 0.08 0.16 0.02 0.33 0.05 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00