ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 13747

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 17, 89, 57, 35, 5, 1, 2, 0, 4, 1, 0, 1, 15, 32, 7, 2, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.033, 0.127, 0.221, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.127 std_dev=0.094
C5 B 0, 0.128, 0.297, 0.465, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.297 std_dev=0.168
C2 B 0, 0.104, 0.279, 0.454, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.279 std_dev=0.175
N3 B 0, 0.080, 0.262, 0.443, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.262 std_dev=0.181
C4 B 0, 0.014, 0.196, 0.378, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.196 std_dev=0.182
C6 B 0, 0.158, 0.345, 0.532, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.345 std_dev=0.187
N9 B 0, 0.115, 0.305, 0.495, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.305 std_dev=0.190
C8 B 0, 0.199, 0.403, 0.607, 1.518 max_d=1.518 avg_d=0.403 std_dev=0.204
N1 B 0, 0.066, 0.271, 0.476, 1.216 max_d=1.216 avg_d=0.271 std_dev=0.205
N7 B 0, 0.220, 0.433, 0.645, 1.516 max_d=1.516 avg_d=0.433 std_dev=0.212
C1' B 0, 0.247, 0.467, 0.688, 1.696 max_d=1.696 avg_d=0.467 std_dev=0.220
N2 B 0, 0.210, 0.431, 0.652, 1.686 max_d=1.686 avg_d=0.431 std_dev=0.221
O6 B 0, 0.249, 0.501, 0.753, 1.882 max_d=1.882 avg_d=0.501 std_dev=0.252
N9 A 0, 0.039, 0.456, 0.873, 1.748 max_d=1.748 avg_d=0.456 std_dev=0.417
C5 A 0, 0.089, 0.550, 1.011, 1.593 max_d=1.593 avg_d=0.550 std_dev=0.461
N3 A 0, -0.034, 0.445, 0.925, 1.791 max_d=1.791 avg_d=0.445 std_dev=0.479
O4' B 0, 0.527, 1.026, 1.526, 3.294 max_d=3.294 avg_d=1.026 std_dev=0.499
C3' B 0, 0.877, 1.436, 1.996, 2.730 max_d=2.730 avg_d=1.436 std_dev=0.560
C4' B 0, 0.919, 1.492, 2.066, 3.172 max_d=3.172 avg_d=1.492 std_dev=0.574
C2' B 0, 0.647, 1.249, 1.852, 2.887 max_d=2.887 avg_d=1.249 std_dev=0.602
O4' A 0, 1.062, 1.715, 2.369, 3.253 max_d=3.253 avg_d=1.715 std_dev=0.653
C8 A 0, 0.093, 0.782, 1.472, 2.306 max_d=2.306 avg_d=0.782 std_dev=0.689
O3' B 0, 0.778, 1.502, 2.226, 3.603 max_d=3.603 avg_d=1.502 std_dev=0.724
N7 A 0, 0.114, 0.862, 1.610, 2.474 max_d=2.474 avg_d=0.862 std_dev=0.748
C2 A 0, -0.035, 0.713, 1.462, 2.557 max_d=2.557 avg_d=0.713 std_dev=0.749
C6 A 0, 0.047, 0.849, 1.651, 2.616 max_d=2.616 avg_d=0.849 std_dev=0.802
C1' A 0, 0.001, 0.808, 1.616, 3.064 max_d=3.064 avg_d=0.808 std_dev=0.808
N1 A 0, -0.093, 0.806, 1.705, 2.791 max_d=2.791 avg_d=0.806 std_dev=0.899
C4' A 0, 1.499, 2.549, 3.599, 5.108 max_d=5.108 avg_d=2.549 std_dev=1.050
C5' B 0, 1.170, 2.243, 3.317, 5.774 max_d=5.774 avg_d=2.243 std_dev=1.074
N2 A 0, -0.043, 1.128, 2.299, 4.010 max_d=4.010 avg_d=1.128 std_dev=1.171
O2' B 0, 0.648, 1.831, 3.014, 4.887 max_d=4.887 avg_d=1.831 std_dev=1.183
O6 A 0, 0.081, 1.266, 2.451, 3.853 max_d=3.853 avg_d=1.266 std_dev=1.185
C2' A 0, 0.924, 2.109, 3.295, 5.642 max_d=5.642 avg_d=2.109 std_dev=1.186
C3' A 0, 1.267, 2.533, 3.799, 6.158 max_d=6.158 avg_d=2.533 std_dev=1.266
O2' A 0, 1.795, 3.077, 4.360, 6.966 max_d=6.966 avg_d=3.077 std_dev=1.282
C5' A 0, 2.383, 3.703, 5.024, 6.635 max_d=6.635 avg_d=3.703 std_dev=1.321
O3' A 0, 1.378, 2.806, 4.234, 6.767 max_d=6.767 avg_d=2.806 std_dev=1.428
O5' A 0, 1.735, 3.194, 4.652, 7.589 max_d=7.589 avg_d=3.194 std_dev=1.459
O5' B 0, 1.521, 3.240, 4.959, 7.224 max_d=7.224 avg_d=3.240 std_dev=1.719
P A 0, 2.465, 4.319, 6.173, 10.694 max_d=10.694 avg_d=4.319 std_dev=1.854
OP2 A 0, 2.369, 4.365, 6.361, 11.383 max_d=11.383 avg_d=4.365 std_dev=1.996
OP1 A 0, 3.008, 5.218, 7.427, 12.126 max_d=12.126 avg_d=5.218 std_dev=2.210
P B 0, 1.744, 4.026, 6.308, 9.821 max_d=9.821 avg_d=4.026 std_dev=2.282
OP1 B 0, 3.005, 5.454, 7.902, 10.118 max_d=10.118 avg_d=5.454 std_dev=2.448
OP2 B 0, 2.306, 4.839, 7.373, 12.092 max_d=12.092 avg_d=4.839 std_dev=2.534

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.02 0.25 0.01 0.29 0.03 0.34 0.30 0.27
C2 0.05 0.00 0.35 0.31 0.01 0.16 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.30 0.34 0.24 0.56 0.02 0.62 0.67 0.59
C2' 0.01 0.35 0.00 0.01 0.18 0.02 0.10 0.16 0.16 0.17 0.27 0.42 0.34 0.10 0.03 0.01 0.03 0.02 0.44 0.14 0.55 0.42 0.44
C3' 0.02 0.31 0.01 0.00 0.26 0.01 0.31 0.03 0.33 0.30 0.33 0.33 0.27 0.33 0.20 0.03 0.01 0.03 0.37 0.36 0.49 0.24 0.32
C4 0.02 0.01 0.18 0.26 0.00 0.08 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.21 0.19 0.13 0.53 0.02 0.55 0.61 0.52
C4' 0.01 0.16 0.02 0.01 0.08 0.00 0.12 0.01 0.11 0.20 0.12 0.21 0.15 0.19 0.09 0.26 0.03 0.01 0.02 0.13 0.19 0.30 0.05
C5 0.02 0.01 0.10 0.31 0.01 0.12 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.27 0.18 0.07 0.64 0.02 0.66 0.83 0.66
C5' 0.06 0.28 0.16 0.03 0.17 0.01 0.22 0.00 0.23 0.30 0.25 0.36 0.25 0.30 0.14 0.12 0.18 0.02 0.01 0.26 0.25 0.42 0.02
C6 0.02 0.01 0.16 0.33 0.01 0.11 0.01 0.23 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.28 0.23 0.11 0.66 0.01 0.70 0.89 0.69
C8 0.02 0.01 0.17 0.30 0.01 0.20 0.01 0.30 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.32 0.20 0.15 0.68 0.03 0.66 0.81 0.68
N1 0.04 0.01 0.27 0.33 0.01 0.12 0.01 0.25 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.28 0.28 0.19 0.62 0.01 0.67 0.79 0.65
N2 0.06 0.01 0.42 0.33 0.02 0.21 0.02 0.36 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.38 0.43 0.30 0.58 0.03 0.66 0.69 0.62
N3 0.05 0.01 0.34 0.27 0.01 0.15 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.28 0.33 0.24 0.51 0.02 0.54 0.56 0.51
N7 0.02 0.01 0.10 0.33 0.01 0.19 0.00 0.30 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.33 0.22 0.08 0.72 0.03 0.75 0.97 0.77
N9 0.01 0.02 0.03 0.20 0.01 0.09 0.01 0.14 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.18 0.11 0.02 0.50 0.02 0.49 0.54 0.47
O2' 0.02 0.30 0.01 0.03 0.21 0.26 0.27 0.12 0.28 0.32 0.28 0.38 0.28 0.33 0.18 0.00 0.07 0.19 0.23 0.31 0.41 0.41 0.27
O3' 0.25 0.34 0.03 0.01 0.19 0.03 0.18 0.18 0.23 0.20 0.28 0.43 0.33 0.22 0.11 0.07 0.00 0.17 0.33 0.25 0.53 0.36 0.35
O4' 0.01 0.24 0.02 0.03 0.13 0.01 0.07 0.02 0.11 0.15 0.19 0.30 0.24 0.08 0.02 0.19 0.17 0.00 0.22 0.09 0.24 0.36 0.23
O5' 0.29 0.56 0.44 0.37 0.53 0.02 0.64 0.01 0.66 0.68 0.62 0.58 0.51 0.72 0.50 0.23 0.33 0.22 0.00 0.70 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.14 0.36 0.02 0.13 0.02 0.26 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.31 0.25 0.09 0.70 0.00 0.77 1.01 0.77
OP1 0.34 0.62 0.55 0.49 0.55 0.19 0.66 0.25 0.70 0.66 0.67 0.66 0.54 0.75 0.49 0.41 0.53 0.24 0.02 0.77 0.00 0.02 0.01
OP2 0.30 0.67 0.42 0.24 0.61 0.30 0.83 0.42 0.89 0.81 0.79 0.69 0.56 0.97 0.54 0.41 0.36 0.36 0.02 1.01 0.02 0.00 0.01
P 0.27 0.59 0.44 0.32 0.52 0.05 0.66 0.02 0.69 0.68 0.65 0.62 0.51 0.77 0.47 0.27 0.35 0.23 0.01 0.77 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.55 0.70 0.64 0.93 0.60 0.89 0.63 1.17 0.74 0.53 0.77 0.73 0.63 0.57 0.55 0.90 0.81 0.72 1.45 0.83 1.82 2.04 1.73
C2 0.34 0.45 0.44 0.96 0.27 0.89 0.34 1.23 0.56 0.31 0.57 0.49 0.32 0.23 0.27 0.69 0.86 0.59 1.72 0.73 2.09 2.48 2.04
C2' 0.80 1.01 0.79 1.00 0.89 0.98 0.91 1.19 1.01 0.78 1.05 1.05 0.94 0.83 0.82 0.97 0.89 0.90 1.55 1.05 1.83 2.07 1.78
C3' 0.75 1.06 0.77 0.94 0.88 0.94 0.90 1.18 1.05 0.73 1.12 1.13 0.95 0.78 0.78 0.96 0.82 0.86 1.43 1.12 1.75 1.92 1.68
C4 0.39 0.30 0.62 0.72 0.28 0.71 0.26 1.06 0.32 0.34 0.33 0.32 0.29 0.26 0.33 1.02 0.61 0.50 1.33 0.39 1.80 2.06 1.70
C4' 0.62 0.97 0.67 0.95 0.75 0.92 0.80 1.21 0.99 0.59 1.06 1.04 0.83 0.66 0.64 0.89 0.83 0.77 1.36 1.11 1.74 1.90 1.64
C5 0.78 0.67 1.02 0.68 0.70 0.75 0.67 1.06 0.64 0.73 0.65 0.67 0.70 0.68 0.74 1.44 0.57 0.69 1.10 0.64 1.69 1.89 1.56
C5' 0.62 0.87 0.78 0.97 0.65 0.98 0.70 1.31 0.90 0.56 0.97 0.95 0.72 0.58 0.59 1.05 0.88 0.79 1.28 1.04 1.76 1.86 1.64
C6 1.02 1.10 1.18 0.68 1.09 0.75 1.10 0.99 1.09 1.07 1.09 1.10 1.09 1.09 1.06 1.58 0.56 0.83 1.02 1.06 1.68 1.89 1.52
C8 0.68 0.35 1.00 0.77 0.42 0.83 0.35 1.19 0.33 0.55 0.34 0.35 0.40 0.40 0.55 1.43 0.66 0.69 1.13 0.41 1.70 1.86 1.58
N1 0.59 1.00 0.68 0.56 0.87 0.56 0.97 0.94 1.10 0.68 1.08 1.01 0.89 0.89 0.71 1.10 0.48 0.43 1.32 1.16 1.92 2.25 1.79
N2 0.74 0.38 0.80 1.45 0.33 1.35 0.26 1.64 0.55 0.74 0.57 0.44 0.29 0.44 0.61 0.62 1.31 1.03 2.20 0.88 2.39 2.81 2.39
N3 0.47 0.29 0.54 1.00 0.33 0.94 0.29 1.23 0.29 0.46 0.31 0.30 0.31 0.37 0.42 0.73 0.89 0.70 1.67 0.36 2.00 2.32 1.94
N7 0.98 0.65 1.28 0.88 0.75 0.96 0.67 1.26 0.58 0.86 0.59 0.65 0.74 0.72 0.87 1.69 0.76 0.91 1.10 0.54 1.68 1.83 1.56
N9 0.42 0.33 0.68 0.75 0.29 0.75 0.29 1.10 0.37 0.35 0.38 0.35 0.30 0.28 0.35 1.08 0.63 0.56 1.28 0.47 1.76 1.97 1.65
O2' 1.14 1.34 1.01 1.29 1.23 1.28 1.23 1.40 1.31 1.10 1.36 1.38 1.29 1.13 1.16 1.05 1.17 1.24 1.83 1.33 1.98 2.24 1.96
O3' 1.05 1.48 0.94 1.11 1.23 1.10 1.24 1.22 1.42 0.98 1.53 1.58 1.35 1.05 1.08 1.03 1.01 1.09 1.53 1.47 1.72 1.91 1.68
O4' 0.54 0.76 0.66 0.95 0.60 0.92 0.65 1.23 0.82 0.51 0.86 0.81 0.64 0.56 0.52 0.93 0.84 0.72 1.36 0.96 1.77 1.95 1.67
O5' 0.65 0.92 0.83 0.94 0.75 0.97 0.82 1.31 1.00 0.66 1.03 0.98 0.80 0.73 0.67 1.14 0.84 0.82 1.53 1.14 1.98 2.11 1.84
O6 1.56 1.52 1.70 1.06 1.56 1.14 1.51 1.23 1.43 1.59 1.45 1.51 1.56 1.54 1.59 2.05 0.90 1.33 1.00 1.32 1.57 1.71 1.43
OP1 0.83 1.02 1.06 1.11 0.84 1.13 0.89 1.47 1.07 0.77 1.13 1.10 0.89 0.79 0.79 1.37 1.05 0.96 1.54 1.22 2.04 2.11 1.88
OP2 1.10 0.95 1.47 1.38 0.93 1.43 0.91 1.80 0.96 0.99 0.98 0.97 0.94 0.91 1.00 1.73 1.26 1.23 1.81 1.04 2.34 2.40 2.19
P 0.80 0.88 1.11 1.10 0.75 1.13 0.79 1.50 0.95 0.73 0.98 0.93 0.79 0.73 0.74 1.44 1.01 0.94 1.56 1.09 2.07 2.15 1.92

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.07 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.01 0.01 0.02 0.38 0.01 0.30 0.03 0.41 0.30 0.21
C2 0.05 0.00 0.40 0.33 0.01 0.40 0.01 0.72 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.38 0.44 0.41 0.98 0.02 1.08 1.49 1.13
C2' 0.01 0.40 0.00 0.01 0.22 0.02 0.14 0.21 0.21 0.17 0.33 0.47 0.39 0.09 0.04 0.01 0.05 0.03 0.56 0.18 0.75 0.58 0.52
C3' 0.02 0.33 0.01 0.00 0.29 0.01 0.38 0.02 0.39 0.41 0.36 0.36 0.29 0.44 0.25 0.02 0.01 0.03 0.41 0.44 0.73 0.27 0.38
C4 0.02 0.01 0.22 0.29 0.00 0.17 0.01 0.32 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.25 0.25 0.21 0.61 0.02 0.57 0.85 0.55
C4' 0.02 0.40 0.02 0.01 0.17 0.00 0.15 0.01 0.18 0.34 0.29 0.52 0.38 0.29 0.11 0.32 0.03 0.01 0.02 0.18 0.33 0.24 0.10
C5 0.02 0.01 0.14 0.38 0.01 0.15 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.36 0.17 0.10 0.69 0.02 0.61 0.98 0.61
C5' 0.07 0.72 0.21 0.02 0.32 0.01 0.26 0.00 0.35 0.46 0.55 0.94 0.66 0.41 0.14 0.13 0.23 0.02 0.01 0.33 0.37 0.41 0.02
C6 0.03 0.01 0.21 0.39 0.01 0.18 0.01 0.35 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.37 0.21 0.19 0.76 0.01 0.72 1.18 0.75
C8 0.02 0.01 0.17 0.41 0.01 0.34 0.01 0.46 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.47 0.20 0.23 0.82 0.02 0.76 0.93 0.75
N1 0.04 0.01 0.33 0.36 0.02 0.29 0.01 0.55 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.35 0.32 0.32 0.87 0.02 0.92 1.38 0.96
N2 0.06 0.01 0.47 0.36 0.02 0.52 0.01 0.94 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.48 0.56 0.49 1.20 0.03 1.44 1.89 1.49
N3 0.05 0.01 0.39 0.29 0.01 0.38 0.01 0.66 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.35 0.45 0.40 0.87 0.02 0.92 1.21 0.94
N7 0.01 0.01 0.09 0.44 0.01 0.29 0.00 0.41 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.48 0.22 0.13 0.83 0.02 0.78 1.10 0.79
N9 0.01 0.02 0.04 0.25 0.01 0.11 0.01 0.14 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.24 0.18 0.02 0.49 0.02 0.45 0.56 0.36
O2' 0.02 0.38 0.01 0.02 0.25 0.32 0.36 0.13 0.37 0.47 0.35 0.48 0.35 0.48 0.24 0.00 0.08 0.22 0.54 0.42 0.83 0.65 0.53
O3' 0.38 0.44 0.05 0.01 0.25 0.03 0.17 0.23 0.21 0.20 0.32 0.56 0.45 0.22 0.18 0.08 0.00 0.23 0.37 0.22 0.78 0.37 0.42
O4' 0.01 0.41 0.03 0.03 0.21 0.01 0.10 0.02 0.19 0.23 0.32 0.49 0.40 0.13 0.02 0.22 0.23 0.00 0.15 0.14 0.34 0.28 0.23
O5' 0.30 0.98 0.56 0.41 0.61 0.02 0.69 0.01 0.76 0.82 0.87 1.20 0.87 0.83 0.49 0.54 0.37 0.15 0.00 0.80 0.03 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.18 0.44 0.02 0.18 0.02 0.33 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.42 0.22 0.14 0.80 0.00 0.77 1.28 0.79
OP1 0.41 1.08 0.75 0.73 0.57 0.33 0.61 0.37 0.72 0.76 0.92 1.44 0.92 0.78 0.45 0.83 0.78 0.34 0.03 0.77 0.00 0.02 0.01
OP2 0.30 1.49 0.58 0.27 0.85 0.24 0.98 0.41 1.18 0.93 1.38 1.89 1.21 1.10 0.56 0.65 0.37 0.28 0.02 1.28 0.02 0.00 0.01
P 0.21 1.13 0.52 0.38 0.55 0.10 0.61 0.02 0.75 0.75 0.96 1.49 0.94 0.79 0.36 0.53 0.42 0.23 0.01 0.79 0.01 0.01 0.00