ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 13748

back

Distances from reference structure (by RMSD)

46, 183, 104, 60, 15, 6, 8, 36, 26, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 10, 2, 0, 3,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.008, 0.146, 0.285, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.146 std_dev=0.138
C4 A 0, -0.005, 0.144, 0.294, 0.610 max_d=0.610 avg_d=0.144 std_dev=0.149
N9 B 0, 0.069, 0.256, 0.443, 1.726 max_d=1.726 avg_d=0.256 std_dev=0.187
N1 B 0, 0.098, 0.300, 0.502, 1.753 max_d=1.753 avg_d=0.300 std_dev=0.202
N3 B 0, 0.014, 0.221, 0.428, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.221 std_dev=0.207
C2 B 0, 0.083, 0.305, 0.527, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.305 std_dev=0.222
C1' B 0, 0.051, 0.283, 0.514, 2.171 max_d=2.171 avg_d=0.283 std_dev=0.232
C5 B 0, 0.039, 0.272, 0.504, 1.522 max_d=1.522 avg_d=0.272 std_dev=0.233
C6 B 0, 0.036, 0.294, 0.552, 1.797 max_d=1.797 avg_d=0.294 std_dev=0.258
C2' B 0, 0.065, 0.354, 0.643, 2.673 max_d=2.673 avg_d=0.354 std_dev=0.289
N9 A 0, -0.031, 0.279, 0.589, 1.902 max_d=1.902 avg_d=0.279 std_dev=0.310
O4' B 0, 0.025, 0.339, 0.653, 3.015 max_d=3.015 avg_d=0.339 std_dev=0.314
C8 B 0, 0.087, 0.421, 0.754, 2.335 max_d=2.335 avg_d=0.421 std_dev=0.334
O2' B 0, 0.155, 0.504, 0.852, 2.674 max_d=2.674 avg_d=0.504 std_dev=0.348
N3 A 0, -0.089, 0.281, 0.651, 2.344 max_d=2.344 avg_d=0.281 std_dev=0.370
N7 B 0, 0.064, 0.444, 0.825, 2.210 max_d=2.210 avg_d=0.444 std_dev=0.380
C2 A 0, -0.091, 0.290, 0.671, 3.291 max_d=3.291 avg_d=0.290 std_dev=0.381
C3' B 0, 0.002, 0.391, 0.781, 3.757 max_d=3.757 avg_d=0.391 std_dev=0.390
N1 A 0, -0.072, 0.331, 0.735, 3.495 max_d=3.495 avg_d=0.331 std_dev=0.403
N6 B 0, 0.045, 0.453, 0.860, 2.531 max_d=2.531 avg_d=0.453 std_dev=0.408
C4' B 0, -0.030, 0.389, 0.808, 3.900 max_d=3.900 avg_d=0.389 std_dev=0.419
C5 A 0, -0.191, 0.253, 0.697, 3.059 max_d=3.059 avg_d=0.253 std_dev=0.444
O5' B 0, -0.031, 0.453, 0.937, 4.391 max_d=4.391 avg_d=0.453 std_dev=0.484
O3' B 0, 0.061, 0.553, 1.046, 4.519 max_d=4.519 avg_d=0.553 std_dev=0.493
C8 A 0, -0.131, 0.398, 0.926, 3.001 max_d=3.001 avg_d=0.398 std_dev=0.528
C5' B 0, -0.034, 0.507, 1.047, 4.661 max_d=4.661 avg_d=0.507 std_dev=0.540
OP2 B 0, 0.041, 0.609, 1.178, 4.495 max_d=4.495 avg_d=0.609 std_dev=0.569
C1' A 0, -0.070, 0.508, 1.085, 3.559 max_d=3.559 avg_d=0.508 std_dev=0.577
P B 0, -0.024, 0.564, 1.152, 4.680 max_d=4.680 avg_d=0.564 std_dev=0.588
C6 A 0, -0.209, 0.381, 0.972, 3.868 max_d=3.868 avg_d=0.381 std_dev=0.591
N2 A 0, -0.191, 0.490, 1.171, 5.141 max_d=5.141 avg_d=0.490 std_dev=0.681
N7 A 0, -0.275, 0.430, 1.134, 4.660 max_d=4.660 avg_d=0.430 std_dev=0.704
O4' A 0, -0.127, 0.654, 1.434, 5.178 max_d=5.178 avg_d=0.654 std_dev=0.780
C2' A 0, -0.105, 0.703, 1.512, 3.582 max_d=3.582 avg_d=0.703 std_dev=0.808
OP1 B 0, -0.027, 0.868, 1.763, 5.521 max_d=5.521 avg_d=0.868 std_dev=0.895
O6 A 0, -0.332, 0.615, 1.562, 6.160 max_d=6.160 avg_d=0.615 std_dev=0.947
C3' A 0, -0.194, 0.812, 1.819, 4.670 max_d=4.670 avg_d=0.812 std_dev=1.007
O2' A 0, -0.126, 0.932, 1.991, 5.457 max_d=5.457 avg_d=0.932 std_dev=1.058
C4' A 0, -0.311, 0.861, 2.033, 5.728 max_d=5.728 avg_d=0.861 std_dev=1.172
O3' A 0, -0.208, 1.071, 2.350, 5.673 max_d=5.673 avg_d=1.071 std_dev=1.279
O5' A 0, -0.376, 1.032, 2.439, 7.120 max_d=7.120 avg_d=1.032 std_dev=1.407
C5' A 0, -0.448, 1.052, 2.552, 7.331 max_d=7.331 avg_d=1.052 std_dev=1.500
OP2 A 0, -0.466, 1.253, 2.971, 9.265 max_d=9.265 avg_d=1.253 std_dev=1.718
P A 0, -0.522, 1.255, 3.032, 9.171 max_d=9.171 avg_d=1.255 std_dev=1.777
OP1 A 0, -0.637, 1.506, 3.648, 10.902 max_d=10.902 avg_d=1.506 std_dev=2.142

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.02 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.11 0.01 0.16 0.03 0.16 0.22 0.15
C2 0.04 0.00 0.20 0.21 0.01 0.23 0.01 0.49 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.19 0.22 0.16 0.44 0.02 0.70 0.59 0.55
C2' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.11 0.02 0.09 0.10 0.13 0.08 0.17 0.23 0.19 0.07 0.03 0.00 0.03 0.01 0.18 0.12 0.22 0.24 0.18
C3' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.12 0.00 0.16 0.02 0.17 0.23 0.18 0.26 0.19 0.22 0.11 0.02 0.01 0.02 0.18 0.19 0.21 0.18 0.15
C4 0.02 0.01 0.11 0.12 0.00 0.10 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.13 0.09 0.26 0.02 0.36 0.36 0.29
C4' 0.01 0.23 0.02 0.00 0.10 0.00 0.07 0.01 0.10 0.17 0.17 0.30 0.22 0.14 0.05 0.15 0.02 0.00 0.02 0.09 0.11 0.16 0.05
C5 0.02 0.01 0.09 0.16 0.00 0.07 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.14 0.05 0.28 0.02 0.32 0.37 0.30
C5' 0.06 0.49 0.10 0.02 0.26 0.01 0.22 0.00 0.28 0.25 0.40 0.61 0.45 0.23 0.13 0.07 0.10 0.02 0.01 0.27 0.15 0.18 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.17 0.01 0.10 0.01 0.28 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.16 0.18 0.08 0.29 0.01 0.42 0.42 0.35
C8 0.02 0.01 0.08 0.23 0.01 0.17 0.01 0.25 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.15 0.15 0.10 0.42 0.03 0.35 0.45 0.42
N1 0.04 0.01 0.17 0.18 0.01 0.17 0.01 0.40 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.18 0.20 0.13 0.37 0.01 0.60 0.52 0.46
N2 0.05 0.01 0.23 0.26 0.01 0.30 0.01 0.61 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.23 0.27 0.19 0.56 0.02 0.90 0.73 0.70
N3 0.04 0.01 0.19 0.19 0.00 0.22 0.01 0.45 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.20 0.16 0.39 0.01 0.59 0.51 0.47
N7 0.01 0.01 0.07 0.22 0.01 0.14 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.17 0.06 0.39 0.03 0.35 0.48 0.42
N9 0.01 0.02 0.03 0.11 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.09 0.07 0.01 0.23 0.02 0.21 0.28 0.22
O2' 0.02 0.19 0.00 0.02 0.12 0.15 0.14 0.07 0.16 0.15 0.18 0.23 0.16 0.15 0.09 0.00 0.05 0.10 0.13 0.18 0.16 0.22 0.13
O3' 0.11 0.22 0.03 0.01 0.13 0.02 0.14 0.10 0.18 0.15 0.20 0.27 0.20 0.17 0.07 0.05 0.00 0.08 0.22 0.21 0.32 0.27 0.23
O4' 0.01 0.16 0.01 0.02 0.09 0.00 0.05 0.02 0.08 0.10 0.13 0.19 0.16 0.06 0.01 0.10 0.08 0.00 0.12 0.07 0.15 0.21 0.13
O5' 0.16 0.44 0.18 0.18 0.26 0.02 0.28 0.01 0.29 0.42 0.37 0.56 0.39 0.39 0.23 0.13 0.22 0.12 0.00 0.30 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.12 0.19 0.02 0.09 0.02 0.27 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.18 0.21 0.07 0.30 0.00 0.40 0.44 0.36
OP1 0.16 0.70 0.22 0.21 0.36 0.11 0.32 0.15 0.42 0.35 0.60 0.90 0.59 0.35 0.21 0.16 0.32 0.15 0.02 0.40 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.59 0.24 0.18 0.36 0.16 0.37 0.18 0.42 0.45 0.52 0.73 0.51 0.48 0.28 0.22 0.27 0.21 0.02 0.44 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.55 0.18 0.15 0.29 0.05 0.30 0.02 0.35 0.42 0.46 0.70 0.47 0.42 0.22 0.13 0.23 0.13 0.01 0.36 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.64 0.77 0.59 0.53 0.71 0.53 0.72 0.45 0.76 0.63 0.78 0.73 0.78 0.67 0.66 0.60 0.52 0.62 0.44 0.48 0.44 0.35
C2 0.40 0.23 0.43 0.50 0.28 0.49 0.27 0.53 0.26 0.41 0.26 0.25 0.32 0.34 0.36 0.41 0.53 0.47 0.57 0.68 0.66 0.57
C2' 0.84 0.99 0.78 0.72 0.90 0.74 0.87 0.66 0.92 0.78 0.97 0.95 0.90 0.79 0.84 0.80 0.70 0.84 0.65 0.61 0.50 0.54
C3' 0.77 1.00 0.70 0.62 0.87 0.64 0.84 0.56 0.93 0.71 1.01 0.94 0.93 0.73 0.78 0.72 0.59 0.76 0.54 0.60 0.39 0.45
C4 0.34 0.37 0.36 0.37 0.33 0.35 0.33 0.36 0.37 0.34 0.39 0.34 0.40 0.33 0.34 0.35 0.40 0.37 0.36 0.54 0.48 0.36
C4' 0.69 0.98 0.61 0.52 0.82 0.52 0.83 0.42 0.94 0.65 1.01 0.89 0.99 0.71 0.72 0.64 0.51 0.65 0.41 0.65 0.25 0.34
C5 0.30 0.53 0.34 0.32 0.40 0.28 0.42 0.31 0.53 0.27 0.58 0.46 0.59 0.32 0.32 0.34 0.35 0.28 0.26 0.56 0.44 0.33
C5' 0.61 0.91 0.59 0.56 0.73 0.54 0.73 0.54 0.87 0.57 0.95 0.81 0.93 0.62 0.63 0.61 0.61 0.59 0.51 0.96 0.34 0.56
C6 0.41 0.67 0.43 0.38 0.54 0.37 0.57 0.39 0.68 0.39 0.71 0.60 0.73 0.46 0.44 0.43 0.40 0.37 0.34 0.62 0.50 0.42
C8 0.33 0.59 0.36 0.31 0.44 0.26 0.46 0.27 0.58 0.32 0.63 0.50 0.63 0.37 0.36 0.36 0.33 0.31 0.20 0.53 0.39 0.25
N1 0.29 0.42 0.31 0.36 0.32 0.36 0.35 0.43 0.44 0.27 0.47 0.35 0.52 0.29 0.28 0.30 0.40 0.33 0.43 0.65 0.62 0.51
N2 0.62 0.43 0.64 0.72 0.50 0.71 0.51 0.74 0.48 0.66 0.46 0.46 0.53 0.59 0.59 0.62 0.74 0.68 0.80 0.82 0.78 0.76
N3 0.52 0.40 0.52 0.54 0.46 0.53 0.45 0.52 0.41 0.53 0.39 0.43 0.40 0.50 0.51 0.51 0.56 0.55 0.54 0.61 0.58 0.50
N7 0.38 0.70 0.42 0.36 0.53 0.31 0.55 0.33 0.69 0.35 0.75 0.60 0.76 0.42 0.42 0.42 0.38 0.33 0.23 0.58 0.40 0.31
N9 0.41 0.51 0.40 0.38 0.45 0.35 0.46 0.33 0.51 0.41 0.54 0.48 0.55 0.43 0.42 0.40 0.39 0.41 0.32 0.50 0.42 0.30
O2' 1.07 1.25 0.99 0.91 1.14 0.94 1.10 0.83 1.16 0.97 1.23 1.21 1.12 0.98 1.07 1.03 0.88 1.06 0.82 0.66 0.58 0.67
O3' 0.96 1.22 0.86 0.77 1.04 0.81 1.00 0.71 1.09 0.84 1.20 1.15 1.06 0.85 0.95 0.90 0.72 0.95 0.68 0.61 0.50 0.57
O4' 0.56 0.79 0.51 0.44 0.67 0.41 0.70 0.34 0.80 0.57 0.83 0.72 0.85 0.63 0.60 0.53 0.44 0.52 0.32 0.60 0.31 0.28
O5' 0.47 0.75 0.50 0.51 0.58 0.45 0.60 0.47 0.73 0.43 0.80 0.66 0.79 0.48 0.49 0.51 0.59 0.44 0.46 0.91 0.33 0.51
O6 0.69 1.03 0.69 0.58 0.88 0.56 0.91 0.54 1.03 0.67 1.07 0.95 1.04 0.76 0.75 0.69 0.56 0.60 0.45 0.70 0.49 0.51
OP1 0.70 0.88 0.78 0.85 0.72 0.80 0.70 0.86 0.82 0.60 0.91 0.80 0.86 0.60 0.67 0.79 0.96 0.70 0.84 1.29 0.65 0.91
OP2 0.62 0.72 0.74 0.81 0.60 0.73 0.58 0.78 0.66 0.52 0.73 0.67 0.70 0.51 0.57 0.75 0.93 0.61 0.73 1.17 0.55 0.78
P 0.51 0.72 0.60 0.67 0.56 0.60 0.56 0.67 0.68 0.44 0.76 0.63 0.75 0.46 0.49 0.61 0.78 0.51 0.63 1.12 0.48 0.71

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.10 0.12 0.22 0.12
C2 0.04 0.00 0.24 0.23 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.29 0.13 0.20 0.33 0.34 0.21
C2' 0.00 0.24 0.00 0.00 0.12 0.01 0.07 0.02 0.11 0.13 0.19 0.24 0.09 0.09 0.02 0.00 0.03 0.01 0.11 0.13 0.17 0.08
C3' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.14 0.01 0.12 0.02 0.15 0.15 0.20 0.22 0.15 0.12 0.06 0.02 0.01 0.01 0.14 0.17 0.13 0.09
C4 0.02 0.01 0.12 0.14 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.09 0.15 0.07 0.20 0.29 0.32 0.20
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.09 0.05 0.05 0.08 0.09 0.04 0.06 0.02 0.00 0.02 0.12 0.16 0.05
C5 0.01 0.01 0.07 0.12 0.01 0.06 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.14 0.04 0.24 0.38 0.38 0.25
C5' 0.03 0.09 0.02 0.02 0.09 0.01 0.13 0.00 0.13 0.15 0.11 0.08 0.16 0.16 0.08 0.05 0.05 0.02 0.01 0.19 0.17 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.15 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.19 0.06 0.25 0.42 0.40 0.27
C8 0.02 0.01 0.13 0.15 0.01 0.09 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.10 0.17 0.09 0.24 0.30 0.32 0.25
N1 0.03 0.00 0.19 0.20 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.26 0.10 0.23 0.39 0.38 0.25
N3 0.04 0.00 0.24 0.22 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.26 0.12 0.18 0.27 0.31 0.18
N6 0.02 0.01 0.09 0.15 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.08 0.19 0.05 0.28 0.49 0.44 0.31
N7 0.02 0.01 0.09 0.12 0.01 0.09 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.07 0.15 0.06 0.27 0.40 0.39 0.29
N9 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.18 0.22 0.28 0.17
O2' 0.02 0.21 0.00 0.02 0.09 0.06 0.06 0.05 0.10 0.10 0.16 0.20 0.08 0.07 0.02 0.00 0.05 0.05 0.06 0.12 0.16 0.07
O3' 0.02 0.29 0.03 0.01 0.15 0.02 0.14 0.05 0.19 0.17 0.26 0.26 0.19 0.15 0.06 0.05 0.00 0.02 0.15 0.25 0.16 0.14
O4' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.07 0.00 0.04 0.02 0.06 0.09 0.10 0.12 0.05 0.06 0.01 0.05 0.02 0.00 0.09 0.13 0.23 0.15
O5' 0.10 0.20 0.11 0.14 0.20 0.02 0.24 0.01 0.25 0.24 0.23 0.18 0.28 0.27 0.18 0.06 0.15 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.12 0.33 0.13 0.17 0.29 0.12 0.38 0.19 0.42 0.30 0.39 0.27 0.49 0.40 0.22 0.12 0.25 0.13 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.22 0.34 0.17 0.13 0.32 0.16 0.38 0.17 0.40 0.32 0.38 0.31 0.44 0.39 0.28 0.16 0.16 0.23 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.12 0.21 0.08 0.09 0.20 0.05 0.25 0.02 0.27 0.25 0.25 0.18 0.31 0.29 0.17 0.07 0.14 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00