ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 13758

back

Distances from reference structure (by RMSD)

99, 199, 82, 55, 8, 28, 2, 1, 1, 1, 1, 21, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.048, 0.146, 0.245, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.146 std_dev=0.099
C2 A 0, 0.065, 0.202, 0.340, 0.639 max_d=0.639 avg_d=0.202 std_dev=0.138
N3 B 0, 0.027, 0.168, 0.310, 1.471 max_d=1.471 avg_d=0.168 std_dev=0.142
C2 B 0, 0.005, 0.172, 0.340, 1.361 max_d=1.361 avg_d=0.172 std_dev=0.167
C4 B 0, 0.042, 0.238, 0.433, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.238 std_dev=0.196
C6 A 0, 0.059, 0.261, 0.462, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.261 std_dev=0.202
N3 A 0, 0.028, 0.232, 0.435, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.232 std_dev=0.204
N1 B 0, -0.059, 0.150, 0.359, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.150 std_dev=0.209
C4 A 0, -0.066, 0.144, 0.353, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.144 std_dev=0.209
C5 A 0, 0.032, 0.251, 0.471, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.251 std_dev=0.220
C6 B 0, -0.026, 0.214, 0.455, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.214 std_dev=0.241
C5 B 0, 0.018, 0.270, 0.522, 1.596 max_d=1.596 avg_d=0.270 std_dev=0.252
O2 B 0, 0.032, 0.296, 0.560, 2.464 max_d=2.464 avg_d=0.296 std_dev=0.264
N2 A 0, 0.106, 0.375, 0.644, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.375 std_dev=0.269
O4 B 0, 0.069, 0.355, 0.642, 1.666 max_d=1.666 avg_d=0.355 std_dev=0.287
C1' B 0, -0.036, 0.265, 0.566, 1.446 max_d=1.446 avg_d=0.265 std_dev=0.301
O6 A 0, 0.082, 0.424, 0.767, 1.572 max_d=1.572 avg_d=0.424 std_dev=0.343
N9 A 0, -0.114, 0.229, 0.572, 1.738 max_d=1.738 avg_d=0.229 std_dev=0.343
N7 A 0, 0.054, 0.422, 0.790, 1.607 max_d=1.607 avg_d=0.422 std_dev=0.368
C2' B 0, 0.002, 0.381, 0.760, 1.965 max_d=1.965 avg_d=0.381 std_dev=0.379
C8 A 0, -0.018, 0.374, 0.765, 1.919 max_d=1.919 avg_d=0.374 std_dev=0.391
C1' A 0, -0.126, 0.344, 0.815, 2.318 max_d=2.318 avg_d=0.344 std_dev=0.470
C3' B 0, -0.001, 0.499, 0.999, 2.723 max_d=2.723 avg_d=0.499 std_dev=0.500
O4' B 0, -0.072, 0.432, 0.936, 1.885 max_d=1.885 avg_d=0.432 std_dev=0.504
O2' B 0, -0.027, 0.546, 1.119, 3.156 max_d=3.156 avg_d=0.546 std_dev=0.573
C4' B 0, -0.041, 0.535, 1.111, 2.939 max_d=2.939 avg_d=0.535 std_dev=0.576
C2' A 0, -0.082, 0.556, 1.194, 2.995 max_d=2.995 avg_d=0.556 std_dev=0.638
O3' B 0, -0.014, 0.653, 1.321, 3.957 max_d=3.957 avg_d=0.653 std_dev=0.667
O4' A 0, -0.099, 0.677, 1.454, 3.253 max_d=3.253 avg_d=0.677 std_dev=0.777
C3' A 0, -0.153, 0.719, 1.590, 3.927 max_d=3.927 avg_d=0.719 std_dev=0.872
C5' B 0, -0.114, 0.781, 1.675, 3.949 max_d=3.949 avg_d=0.781 std_dev=0.895
O2' A 0, -0.097, 0.851, 1.798, 3.663 max_d=3.663 avg_d=0.851 std_dev=0.948
O3' A 0, -0.143, 0.817, 1.776, 4.401 max_d=4.401 avg_d=0.817 std_dev=0.960
C4' A 0, -0.189, 0.840, 1.868, 3.958 max_d=3.958 avg_d=0.840 std_dev=1.029
O5' B 0, -0.208, 0.918, 2.044, 4.803 max_d=4.803 avg_d=0.918 std_dev=1.126
C5' A 0, -0.133, 1.252, 2.637, 4.752 max_d=4.752 avg_d=1.252 std_dev=1.385
P B 0, -0.362, 1.041, 2.444, 6.220 max_d=6.220 avg_d=1.041 std_dev=1.403
OP1 B 0, -0.350, 1.370, 3.090, 7.680 max_d=7.680 avg_d=1.370 std_dev=1.720
OP2 B 0, -0.468, 1.440, 3.347, 8.380 max_d=8.380 avg_d=1.440 std_dev=1.907
O5' A 0, -0.002, 2.018, 4.038, 6.820 max_d=6.820 avg_d=2.018 std_dev=2.020
P A 0, -0.261, 2.798, 5.856, 9.550 max_d=9.550 avg_d=2.798 std_dev=3.059
OP1 A 0, -0.189, 3.096, 6.381, 10.275 max_d=10.275 avg_d=3.096 std_dev=3.285
OP2 A 0, 0.124, 3.692, 7.259, 11.466 max_d=11.466 avg_d=3.692 std_dev=3.568

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.02 0.03 0.06 0.04 0.01 0.00 0.02 0.28 0.01 0.37 0.03 0.38 0.63 0.34
C2 0.04 0.00 0.33 0.22 0.01 0.20 0.01 0.27 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.32 0.31 0.32 0.40 0.02 0.45 0.72 0.45
C2' 0.01 0.33 0.00 0.01 0.18 0.02 0.10 0.18 0.16 0.16 0.26 0.40 0.32 0.09 0.03 0.01 0.04 0.03 0.44 0.13 0.43 0.84 0.42
C3' 0.02 0.22 0.01 0.00 0.21 0.01 0.26 0.03 0.28 0.23 0.26 0.21 0.18 0.27 0.17 0.02 0.01 0.02 0.39 0.31 0.42 0.59 0.26
C4 0.02 0.01 0.18 0.21 0.00 0.08 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.15 0.21 0.16 0.55 0.02 0.54 0.93 0.59
C4' 0.01 0.20 0.02 0.01 0.08 0.00 0.10 0.01 0.10 0.23 0.14 0.28 0.20 0.20 0.08 0.23 0.03 0.01 0.02 0.12 0.44 0.31 0.26
C5 0.02 0.01 0.10 0.26 0.00 0.10 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.22 0.15 0.08 0.75 0.02 0.83 1.30 0.91
C5' 0.07 0.27 0.18 0.03 0.17 0.01 0.23 0.00 0.23 0.34 0.23 0.34 0.24 0.33 0.16 0.08 0.16 0.02 0.01 0.27 0.35 0.38 0.02
C6 0.02 0.01 0.16 0.28 0.01 0.10 0.01 0.23 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.20 0.18 0.14 0.71 0.01 0.82 1.27 0.87
C8 0.02 0.02 0.16 0.23 0.01 0.23 0.01 0.34 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.39 0.09 0.18 0.94 0.02 1.03 1.54 1.15
N1 0.03 0.01 0.26 0.26 0.01 0.14 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.23 0.25 0.24 0.54 0.01 0.58 0.96 0.62
N2 0.06 0.01 0.40 0.21 0.02 0.28 0.02 0.34 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.44 0.38 0.39 0.32 0.02 0.50 0.62 0.47
N3 0.04 0.01 0.32 0.18 0.01 0.20 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.31 0.32 0.31 0.36 0.02 0.42 0.64 0.40
N7 0.01 0.01 0.09 0.27 0.01 0.20 0.00 0.33 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.37 0.12 0.10 0.96 0.02 1.15 1.68 1.25
N9 0.00 0.02 0.03 0.17 0.01 0.08 0.01 0.16 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.17 0.15 0.02 0.62 0.02 0.59 1.00 0.66
O2' 0.02 0.32 0.01 0.02 0.15 0.23 0.22 0.08 0.20 0.39 0.23 0.44 0.31 0.37 0.17 0.00 0.06 0.16 0.47 0.24 0.45 0.97 0.46
O3' 0.28 0.31 0.04 0.01 0.21 0.03 0.15 0.16 0.18 0.09 0.25 0.38 0.32 0.12 0.15 0.06 0.00 0.19 0.35 0.18 0.59 0.45 0.31
O4' 0.01 0.32 0.03 0.02 0.16 0.01 0.08 0.02 0.14 0.18 0.24 0.39 0.31 0.10 0.02 0.16 0.19 0.00 0.35 0.11 0.43 0.45 0.36
O5' 0.37 0.40 0.44 0.39 0.55 0.02 0.75 0.01 0.71 0.94 0.54 0.32 0.36 0.96 0.62 0.47 0.35 0.35 0.00 0.81 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.13 0.31 0.02 0.12 0.02 0.27 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.24 0.18 0.11 0.81 0.00 1.00 1.47 1.05
OP1 0.38 0.45 0.43 0.42 0.54 0.44 0.83 0.35 0.82 1.03 0.58 0.50 0.42 1.15 0.59 0.45 0.59 0.43 0.02 1.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.63 0.72 0.84 0.59 0.93 0.31 1.30 0.38 1.27 1.54 0.96 0.62 0.64 1.68 1.00 0.97 0.45 0.45 0.02 1.47 0.01 0.00 0.01
P 0.34 0.45 0.42 0.26 0.59 0.26 0.91 0.02 0.87 1.15 0.62 0.47 0.40 1.25 0.66 0.46 0.31 0.36 0.01 1.05 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.82 0.69 0.79 0.75 0.56 0.86 0.66 0.91 0.76 0.76 0.60 0.69 0.82 0.74 0.45 0.93 0.93 1.17 1.22 1.12
C2 0.25 0.23 0.29 0.30 0.22 0.33 0.26 0.47 0.27 0.24 0.23 0.24 0.37 0.31 0.22 0.31 0.63 0.66 1.37 0.85
C2' 0.98 0.84 1.02 0.97 0.68 1.04 0.76 1.10 0.88 0.90 0.74 0.86 1.04 0.95 0.58 1.07 1.09 1.45 1.30 1.31
C3' 1.15 0.91 1.09 1.08 0.66 1.28 0.76 1.37 0.97 1.01 0.76 0.95 1.14 1.07 0.50 1.35 1.32 1.70 1.30 1.51
C4 0.51 0.42 0.51 0.49 0.37 0.58 0.45 0.68 0.50 0.47 0.37 0.41 0.55 0.50 0.32 0.61 0.79 0.97 1.39 1.03
C4' 1.26 1.08 1.13 1.06 0.85 1.26 0.93 1.25 1.10 1.15 0.95 1.12 1.19 1.03 0.70 1.41 1.15 1.39 0.92 1.17
C5 0.47 0.36 0.48 0.49 0.32 0.58 0.42 0.70 0.47 0.43 0.32 0.35 0.52 0.50 0.28 0.60 0.82 1.06 1.46 1.09
C5' 1.38 1.16 1.21 1.14 0.89 1.39 0.95 1.36 1.14 1.23 1.01 1.22 1.32 1.13 0.74 1.55 1.20 1.53 0.90 1.20
C6 0.34 0.26 0.37 0.39 0.24 0.45 0.32 0.60 0.35 0.31 0.25 0.27 0.43 0.41 0.23 0.45 0.76 0.95 1.49 1.03
C8 0.70 0.54 0.69 0.69 0.44 0.82 0.56 0.91 0.65 0.63 0.46 0.54 0.72 0.70 0.36 0.85 0.97 1.31 1.39 1.22
N1 0.25 0.22 0.29 0.31 0.20 0.34 0.25 0.50 0.27 0.23 0.22 0.24 0.37 0.33 0.21 0.33 0.67 0.77 1.45 0.93
N2 0.21 0.22 0.24 0.28 0.19 0.27 0.21 0.43 0.22 0.20 0.22 0.24 0.34 0.29 0.20 0.22 0.56 0.50 1.32 0.75
N3 0.39 0.35 0.41 0.39 0.33 0.44 0.38 0.55 0.40 0.38 0.33 0.35 0.46 0.39 0.31 0.46 0.67 0.75 1.34 0.89
N7 0.59 0.44 0.59 0.60 0.37 0.72 0.48 0.84 0.56 0.53 0.38 0.43 0.62 0.61 0.30 0.74 0.92 1.25 1.46 1.19
N9 0.68 0.55 0.66 0.64 0.46 0.76 0.56 0.83 0.64 0.62 0.48 0.55 0.70 0.64 0.38 0.80 0.90 1.15 1.34 1.13
O2' 1.17 1.04 1.20 1.08 0.85 1.10 0.93 1.07 1.07 1.11 0.94 1.07 1.22 1.02 0.73 1.17 0.99 1.32 1.29 1.16
O3' 1.25 1.08 1.16 1.13 0.88 1.33 0.96 1.41 1.13 1.16 0.96 1.11 1.18 1.08 0.74 1.43 1.41 1.60 1.32 1.58
O4' 1.07 0.99 0.96 0.88 0.85 1.04 0.91 1.03 1.01 1.03 0.91 1.00 1.00 0.86 0.74 1.18 0.98 1.15 0.95 1.03
O5' 1.59 1.26 1.38 1.30 0.87 1.63 0.95 1.57 1.22 1.36 1.04 1.35 1.56 1.31 0.67 1.80 1.43 1.75 1.11 1.39
O6 0.32 0.25 0.36 0.38 0.22 0.45 0.30 0.61 0.33 0.28 0.24 0.26 0.42 0.41 0.22 0.44 0.78 0.99 1.52 1.06
OP1 2.49 2.07 2.24 2.04 1.47 2.42 1.51 2.17 1.87 2.15 1.76 2.24 2.56 2.04 1.21 2.66 1.74 1.97 1.20 1.58
OP2 2.02 1.66 1.72 1.56 1.16 1.95 1.20 1.81 1.50 1.73 1.40 1.81 2.02 1.56 0.95 2.19 1.57 1.96 1.35 1.57
P 2.19 1.85 1.90 1.71 1.33 2.08 1.37 1.87 1.68 1.91 1.58 1.99 2.18 1.68 1.09 2.35 1.57 1.83 1.13 1.46

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.12 0.02 0.01 0.23 0.22 0.40 0.29
C2 0.02 0.00 0.14 0.19 0.01 0.07 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.17 0.02 0.07 0.38 0.27 0.76 0.46
C2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.07 0.02 0.10 0.10 0.12 0.03 0.11 0.25 0.00 0.04 0.08 0.01 0.27 0.35 0.41 0.31
C3' 0.01 0.19 0.01 0.00 0.22 0.01 0.20 0.04 0.18 0.13 0.22 0.23 0.02 0.01 0.24 0.02 0.23 0.35 0.23 0.19
C4 0.02 0.01 0.07 0.22 0.00 0.13 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.02 0.18 0.20 0.01 0.04 0.48 0.35 1.05 0.61
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.13 0.00 0.15 0.01 0.13 0.07 0.09 0.07 0.16 0.03 0.14 0.00 0.02 0.16 0.22 0.06
C5 0.02 0.01 0.10 0.20 0.01 0.15 0.00 0.30 0.00 0.01 0.01 0.02 0.17 0.19 0.01 0.07 0.48 0.37 1.00 0.60
C5' 0.07 0.18 0.10 0.04 0.28 0.01 0.30 0.00 0.26 0.18 0.23 0.15 0.08 0.11 0.30 0.02 0.01 0.23 0.29 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.18 0.01 0.13 0.00 0.26 0.00 0.01 0.01 0.02 0.15 0.16 0.02 0.10 0.43 0.32 0.78 0.51
N1 0.01 0.01 0.03 0.13 0.01 0.07 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.09 0.02 0.02 0.35 0.26 0.65 0.42
N3 0.02 0.01 0.11 0.22 0.01 0.09 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.20 0.02 0.06 0.44 0.31 0.93 0.54
O2 0.04 0.01 0.25 0.23 0.02 0.07 0.02 0.15 0.02 0.02 0.01 0.00 0.20 0.25 0.03 0.13 0.35 0.27 0.68 0.42
O2' 0.02 0.15 0.00 0.02 0.18 0.16 0.17 0.08 0.15 0.10 0.17 0.20 0.00 0.07 0.19 0.12 0.18 0.30 0.40 0.24
O3' 0.12 0.17 0.04 0.01 0.20 0.03 0.19 0.11 0.16 0.09 0.20 0.25 0.07 0.00 0.23 0.09 0.26 0.43 0.34 0.22
O4 0.02 0.02 0.08 0.24 0.01 0.14 0.01 0.30 0.02 0.02 0.02 0.03 0.19 0.23 0.00 0.04 0.51 0.38 1.15 0.64
O4' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.04 0.00 0.07 0.02 0.10 0.02 0.06 0.13 0.12 0.09 0.04 0.00 0.21 0.24 0.32 0.27
O5' 0.23 0.38 0.27 0.23 0.48 0.02 0.48 0.01 0.43 0.35 0.44 0.35 0.18 0.26 0.51 0.21 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.22 0.27 0.35 0.35 0.35 0.16 0.37 0.23 0.32 0.26 0.31 0.27 0.30 0.43 0.38 0.24 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.40 0.76 0.41 0.23 1.05 0.22 1.00 0.29 0.78 0.65 0.93 0.68 0.40 0.34 1.15 0.32 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.29 0.46 0.31 0.19 0.61 0.06 0.60 0.02 0.51 0.42 0.54 0.42 0.24 0.22 0.64 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00