ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 13766

back

Distances from reference structure (by RMSD)

47, 5, 0, 2, 0, 8, 3, 0, 1, 4, 10, 5, 6, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 1,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 B 0, -0.002, 0.194, 0.390, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.194 std_dev=0.196
C5 A 0, -0.040, 0.186, 0.412, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.186 std_dev=0.226
C4 A 0, -0.003, 0.241, 0.485, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.241 std_dev=0.244
C4 B 0, 0.005, 0.251, 0.497, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.251 std_dev=0.246
C6 A 0, -0.006, 0.276, 0.557, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.276 std_dev=0.281
N1 A 0, -0.007, 0.365, 0.738, 1.397 max_d=1.397 avg_d=0.365 std_dev=0.373
N3 A 0, -0.004, 0.392, 0.787, 1.414 max_d=1.414 avg_d=0.392 std_dev=0.396
C2 A 0, -0.019, 0.425, 0.868, 1.671 max_d=1.671 avg_d=0.425 std_dev=0.444
N9 A 0, -0.027, 0.423, 0.873, 1.730 max_d=1.730 avg_d=0.423 std_dev=0.450
N7 A 0, -0.069, 0.416, 0.900, 2.308 max_d=2.308 avg_d=0.416 std_dev=0.484
O6 A 0, -0.009, 0.482, 0.973, 2.055 max_d=2.055 avg_d=0.482 std_dev=0.491
C2 B 0, -0.084, 0.422, 0.929, 2.500 max_d=2.500 avg_d=0.422 std_dev=0.507
N9 B 0, -0.028, 0.488, 1.004, 1.943 max_d=1.943 avg_d=0.488 std_dev=0.516
C5 B 0, -0.084, 0.473, 1.031, 1.856 max_d=1.856 avg_d=0.473 std_dev=0.558
C8 A 0, -0.070, 0.489, 1.049, 2.384 max_d=2.384 avg_d=0.489 std_dev=0.560
C1' A 0, -0.035, 0.629, 1.293, 2.549 max_d=2.549 avg_d=0.629 std_dev=0.664
O4' A 0, -0.082, 0.620, 1.323, 2.786 max_d=2.786 avg_d=0.620 std_dev=0.702
C1' B 0, -0.054, 0.650, 1.354, 2.487 max_d=2.487 avg_d=0.650 std_dev=0.704
N2 A 0, -0.027, 0.681, 1.390, 2.828 max_d=2.828 avg_d=0.681 std_dev=0.709
N1 B 0, -0.108, 0.606, 1.321, 2.819 max_d=2.819 avg_d=0.606 std_dev=0.715
C6 B 0, -0.095, 0.624, 1.343, 2.352 max_d=2.352 avg_d=0.624 std_dev=0.719
C8 B 0, -0.092, 0.707, 1.507, 3.252 max_d=3.252 avg_d=0.707 std_dev=0.800
N7 B 0, -0.113, 0.709, 1.532, 3.116 max_d=3.116 avg_d=0.709 std_dev=0.823
C3' A 0, -0.061, 0.832, 1.725, 4.076 max_d=4.076 avg_d=0.832 std_dev=0.893
C4' A 0, -0.090, 0.811, 1.713, 3.950 max_d=3.950 avg_d=0.811 std_dev=0.902
C5' A 0, -0.053, 0.965, 1.982, 4.693 max_d=4.693 avg_d=0.965 std_dev=1.018
N6 B 0, -0.092, 0.935, 1.962, 3.257 max_d=3.257 avg_d=0.935 std_dev=1.027
O3' A 0, -0.090, 0.949, 1.987, 4.013 max_d=4.013 avg_d=0.949 std_dev=1.038
O4' B 0, -0.117, 0.939, 1.995, 3.822 max_d=3.822 avg_d=0.939 std_dev=1.056
C2' A 0, -0.056, 1.007, 2.070, 4.026 max_d=4.026 avg_d=1.007 std_dev=1.063
C2' B 0, -0.104, 1.067, 2.237, 3.226 max_d=3.226 avg_d=1.067 std_dev=1.170
O5' A 0, 0.096, 1.399, 2.702, 4.128 max_d=4.128 avg_d=1.399 std_dev=1.303
O2' A 0, -0.063, 1.306, 2.675, 4.764 max_d=4.764 avg_d=1.306 std_dev=1.369
C4' B 0, -0.157, 1.257, 2.671, 5.500 max_d=5.500 avg_d=1.257 std_dev=1.414
C3' B 0, -0.146, 1.363, 2.872, 5.186 max_d=5.186 avg_d=1.363 std_dev=1.509
P A 0, 0.008, 1.534, 3.060, 4.907 max_d=4.907 avg_d=1.534 std_dev=1.526
O2' B 0, -0.172, 1.373, 2.918, 4.517 max_d=4.517 avg_d=1.373 std_dev=1.545
OP1 A 0, -0.095, 1.793, 3.681, 7.050 max_d=7.050 avg_d=1.793 std_dev=1.888
C5' B 0, -0.202, 1.802, 3.805, 6.945 max_d=6.945 avg_d=1.802 std_dev=2.004
O3' B 0, -0.202, 1.812, 3.826, 6.676 max_d=6.676 avg_d=1.812 std_dev=2.014
O5' B 0, -0.355, 2.183, 4.721, 6.658 max_d=6.658 avg_d=2.183 std_dev=2.538
OP2 A 0, -0.059, 2.591, 5.240, 7.281 max_d=7.281 avg_d=2.591 std_dev=2.649
P B 0, -0.595, 2.765, 6.125, 9.787 max_d=9.787 avg_d=2.765 std_dev=3.360
OP1 B 0, -0.637, 3.044, 6.725, 10.945 max_d=10.945 avg_d=3.044 std_dev=3.681
OP2 B 0, -0.596, 3.175, 6.945, 11.109 max_d=11.109 avg_d=3.175 std_dev=3.770

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.02 0.01 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.39 0.01 0.41 0.02 0.19 0.67 0.37
C2 0.05 0.00 0.25 0.23 0.01 0.10 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.34 0.52 0.17 0.70 0.02 0.29 1.35 0.76
C2' 0.01 0.25 0.00 0.01 0.14 0.02 0.09 0.22 0.14 0.11 0.21 0.30 0.24 0.07 0.03 0.01 0.06 0.03 0.23 0.12 0.36 0.44 0.28
C3' 0.02 0.23 0.01 0.00 0.26 0.01 0.37 0.02 0.38 0.41 0.30 0.21 0.19 0.45 0.25 0.03 0.01 0.02 0.10 0.43 0.37 0.18 0.16
C4 0.02 0.01 0.14 0.26 0.00 0.07 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.31 0.09 0.82 0.01 0.32 1.45 0.84
C4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.07 0.00 0.13 0.01 0.11 0.22 0.08 0.15 0.10 0.21 0.10 0.32 0.04 0.01 0.02 0.15 0.13 0.06 0.04
C5 0.02 0.01 0.09 0.37 0.01 0.13 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.37 0.20 0.04 1.07 0.01 0.48 1.94 1.14
C5' 0.08 0.13 0.22 0.02 0.08 0.01 0.15 0.00 0.15 0.23 0.12 0.17 0.12 0.24 0.08 0.13 0.23 0.02 0.01 0.19 0.09 0.04 0.02
C6 0.02 0.01 0.14 0.38 0.01 0.11 0.01 0.15 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.39 0.25 0.07 1.09 0.01 0.52 2.06 1.19
C8 0.01 0.02 0.11 0.41 0.01 0.22 0.01 0.23 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.34 0.19 0.10 1.15 0.02 0.47 1.87 1.13
N1 0.04 0.01 0.21 0.30 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.37 0.38 0.13 0.91 0.01 0.41 1.75 1.00
N2 0.05 0.00 0.30 0.21 0.01 0.15 0.01 0.17 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.34 0.66 0.20 0.58 0.03 0.26 1.15 0.64
N3 0.04 0.01 0.24 0.19 0.01 0.10 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.30 0.54 0.17 0.61 0.02 0.24 1.14 0.64
N7 0.01 0.01 0.07 0.45 0.01 0.21 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.39 0.23 0.06 1.25 0.02 0.59 2.22 1.32
N9 0.01 0.02 0.03 0.25 0.01 0.10 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.23 0.18 0.01 0.80 0.02 0.29 1.32 0.77
O2' 0.02 0.34 0.01 0.03 0.30 0.32 0.37 0.13 0.39 0.34 0.37 0.34 0.30 0.39 0.23 0.00 0.08 0.22 0.20 0.42 0.40 0.43 0.25
O3' 0.39 0.52 0.06 0.01 0.31 0.04 0.20 0.23 0.25 0.19 0.38 0.66 0.54 0.23 0.18 0.08 0.00 0.26 0.21 0.24 0.67 0.26 0.31
O4' 0.01 0.17 0.03 0.02 0.09 0.01 0.04 0.02 0.07 0.10 0.13 0.20 0.17 0.06 0.01 0.22 0.26 0.00 0.40 0.06 0.13 0.54 0.36
O5' 0.41 0.70 0.23 0.10 0.82 0.02 1.07 0.01 1.09 1.15 0.91 0.58 0.61 1.25 0.80 0.20 0.21 0.40 0.00 1.22 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.12 0.43 0.01 0.15 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.42 0.24 0.06 1.22 0.00 0.63 2.34 1.36
OP1 0.19 0.29 0.36 0.37 0.32 0.13 0.48 0.09 0.52 0.47 0.41 0.26 0.24 0.59 0.29 0.40 0.67 0.13 0.02 0.63 0.00 0.01 0.01
OP2 0.67 1.35 0.44 0.18 1.45 0.06 1.94 0.04 2.06 1.87 1.75 1.15 1.14 2.22 1.32 0.43 0.26 0.54 0.02 2.34 0.01 0.00 0.01
P 0.37 0.76 0.28 0.16 0.84 0.04 1.14 0.02 1.19 1.13 1.00 0.64 0.64 1.32 0.77 0.25 0.31 0.36 0.01 1.36 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.73 1.06 0.80 0.87 0.75 1.02 1.00 1.58 1.35 0.58 1.32 0.80 1.67 0.86 0.58 1.19 1.03 0.72 1.66 2.07 2.30 2.18
C2 1.00 0.33 0.99 1.31 0.41 1.38 0.31 1.69 0.39 1.10 0.58 0.19 0.76 0.81 0.85 1.05 1.35 1.22 1.22 1.20 1.43 1.31
C2' 0.79 1.40 0.73 0.66 1.11 0.77 1.38 1.36 1.67 0.86 1.63 1.15 1.94 1.26 0.84 1.08 0.84 0.55 1.52 1.98 2.42 2.17
C3' 0.65 1.02 0.77 1.02 0.82 1.18 1.11 1.82 1.36 0.73 1.27 0.80 1.65 1.11 0.62 1.06 1.19 0.78 2.18 2.78 3.08 2.93
C4 0.77 0.66 0.79 1.04 0.31 1.17 0.41 1.62 0.85 0.62 0.93 0.38 1.23 0.31 0.52 1.06 1.13 0.94 1.39 1.64 1.89 1.74
C4' 0.81 1.06 0.94 0.96 0.94 1.05 1.19 1.60 1.38 0.96 1.28 0.89 1.63 1.23 0.82 1.30 1.11 0.78 2.04 2.81 2.75 2.73
C5 0.78 0.55 0.81 1.03 0.29 1.14 0.31 1.57 0.68 0.65 0.78 0.32 1.00 0.35 0.55 1.08 1.12 0.93 1.35 1.67 1.91 1.73
C5' 0.93 1.09 1.06 1.05 1.02 1.11 1.23 1.64 1.39 1.07 1.29 0.97 1.62 1.28 0.94 1.42 1.19 0.88 2.11 3.03 2.94 2.84
C6 0.87 0.36 0.89 1.14 0.34 1.22 0.26 1.58 0.42 0.86 0.56 0.22 0.69 0.58 0.69 1.07 1.21 1.04 1.24 1.46 1.71 1.53
C8 0.73 0.83 0.80 0.89 0.55 1.01 0.69 1.52 1.03 0.53 1.06 0.61 1.34 0.56 0.53 1.19 1.02 0.76 1.55 2.08 2.29 2.10
N1 0.98 0.27 0.99 1.27 0.46 1.33 0.39 1.63 0.30 1.06 0.46 0.25 0.55 0.82 0.84 1.07 1.32 1.17 1.18 1.24 1.49 1.34
N2 1.18 0.21 1.17 1.48 0.67 1.51 0.63 1.73 0.22 1.41 0.40 0.36 0.48 1.22 1.10 1.12 1.49 1.39 1.18 0.99 1.19 1.12
N3 0.87 0.58 0.86 1.18 0.24 1.31 0.25 1.70 0.77 0.83 0.88 0.26 1.21 0.42 0.64 1.01 1.24 1.11 1.33 1.39 1.63 1.52
N7 0.74 0.67 0.80 0.94 0.40 1.05 0.48 1.53 0.82 0.54 0.88 0.45 1.12 0.38 0.51 1.15 1.05 0.82 1.45 1.93 2.15 1.95
N9 0.72 0.87 0.78 0.91 0.53 1.06 0.72 1.57 1.10 0.50 1.12 0.60 1.45 0.54 0.50 1.14 1.04 0.79 1.53 1.93 2.17 2.01
O2' 1.02 1.63 0.80 0.59 1.35 0.65 1.56 1.12 1.80 1.03 1.80 1.42 1.96 1.43 1.07 1.16 0.80 0.70 1.14 1.41 2.07 1.69
O3' 0.85 0.89 1.01 1.37 0.79 1.53 0.94 2.13 1.09 0.73 1.03 0.81 1.30 0.96 0.72 1.14 1.47 1.17 2.56 2.84 3.16 3.18
O4' 0.83 1.00 0.97 0.95 0.84 1.05 1.06 1.57 1.30 0.81 1.23 0.82 1.57 1.05 0.74 1.38 1.10 0.79 1.85 2.46 2.46 2.42
O5' 0.80 1.05 0.95 1.10 0.91 1.31 1.23 1.89 1.48 0.96 1.35 0.84 1.83 1.28 0.79 1.30 1.30 0.95 2.41 3.50 3.38 3.22
O6 0.88 0.32 0.91 1.15 0.39 1.20 0.33 1.55 0.35 0.88 0.48 0.25 0.56 0.63 0.72 1.09 1.22 1.03 1.20 1.47 1.71 1.52
OP1 1.00 1.02 1.16 1.20 1.00 1.25 1.20 1.71 1.33 1.11 1.21 0.93 1.58 1.27 0.98 1.46 1.33 1.01 2.25 3.30 3.13 3.00
OP2 0.85 1.04 1.01 1.28 0.88 1.57 1.27 2.13 1.58 0.94 1.42 0.79 2.03 1.32 0.75 1.37 1.54 1.15 2.69 3.90 3.75 3.49
P 0.88 1.10 1.03 1.17 0.98 1.35 1.28 1.91 1.52 1.04 1.40 0.91 1.87 1.33 0.88 1.36 1.37 1.01 2.45 3.58 3.48 3.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.01 0.24 0.45 0.52 0.31
C2 0.04 0.00 0.30 0.51 0.01 0.43 0.02 0.69 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.26 0.54 0.28 1.21 1.23 1.80 1.43
C2' 0.00 0.30 0.00 0.01 0.16 0.02 0.09 0.04 0.14 0.16 0.23 0.30 0.11 0.10 0.03 0.01 0.02 0.01 0.38 0.55 0.51 0.42
C3' 0.02 0.51 0.01 0.00 0.21 0.01 0.15 0.02 0.20 0.40 0.37 0.51 0.18 0.32 0.12 0.02 0.01 0.02 0.46 0.63 0.41 0.43
C4 0.02 0.01 0.16 0.21 0.00 0.18 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.21 0.15 0.75 0.84 1.11 0.85
C4' 0.01 0.43 0.02 0.01 0.18 0.00 0.08 0.01 0.16 0.30 0.31 0.42 0.11 0.21 0.06 0.11 0.03 0.01 0.02 0.31 0.27 0.09
C5 0.01 0.02 0.09 0.15 0.01 0.08 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.14 0.07 0.71 0.94 1.13 0.88
C5' 0.03 0.69 0.04 0.02 0.28 0.01 0.16 0.00 0.27 0.46 0.52 0.64 0.21 0.36 0.11 0.08 0.07 0.02 0.01 0.46 0.27 0.02
C6 0.02 0.01 0.14 0.20 0.01 0.16 0.01 0.27 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.21 0.13 0.86 1.03 1.37 1.06
C8 0.02 0.02 0.16 0.40 0.01 0.30 0.01 0.46 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.19 0.37 0.16 0.62 1.06 0.96 0.84
N1 0.03 0.00 0.23 0.37 0.01 0.31 0.01 0.52 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.20 0.40 0.22 1.09 1.17 1.68 1.32
N3 0.04 0.00 0.30 0.51 0.01 0.42 0.01 0.64 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.24 0.50 0.28 1.09 1.06 1.53 1.22
N6 0.02 0.01 0.11 0.18 0.01 0.11 0.01 0.21 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.14 0.19 0.10 0.83 1.08 1.37 1.06
N7 0.02 0.02 0.10 0.32 0.01 0.21 0.00 0.36 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.17 0.31 0.09 0.65 1.11 1.08 0.91
N9 0.01 0.01 0.03 0.12 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.10 0.02 0.46 0.71 0.76 0.57
O2' 0.02 0.26 0.01 0.02 0.12 0.11 0.11 0.08 0.14 0.19 0.20 0.24 0.14 0.17 0.07 0.00 0.05 0.09 0.11 0.29 0.36 0.18
O3' 0.09 0.54 0.02 0.01 0.21 0.03 0.14 0.07 0.21 0.37 0.40 0.50 0.19 0.31 0.10 0.05 0.00 0.05 0.39 0.56 0.32 0.34
O4' 0.01 0.28 0.01 0.02 0.15 0.01 0.07 0.02 0.13 0.16 0.22 0.28 0.10 0.09 0.02 0.09 0.05 0.00 0.16 0.32 0.46 0.20
O5' 0.24 1.21 0.38 0.46 0.75 0.02 0.71 0.01 0.86 0.62 1.09 1.09 0.83 0.65 0.46 0.11 0.39 0.16 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.45 1.23 0.55 0.63 0.84 0.31 0.94 0.46 1.03 1.06 1.17 1.06 1.08 1.11 0.71 0.29 0.56 0.32 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.52 1.80 0.51 0.41 1.11 0.27 1.13 0.27 1.37 0.96 1.68 1.53 1.37 1.08 0.76 0.36 0.32 0.46 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.31 1.43 0.42 0.43 0.85 0.09 0.88 0.02 1.06 0.84 1.32 1.22 1.06 0.91 0.57 0.18 0.34 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00