ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 13774

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 12, 4, 31, 39, 49, 31, 26, 19, 30, 15, 33, 12, 14, 9, 37, 1, 1, 6, 126,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' B 0, 0.330, 0.829, 1.329, 3.804 max_d=3.804 avg_d=0.829 std_dev=0.500
N3 A 0, 0.258, 0.768, 1.278, 2.930 max_d=2.930 avg_d=0.768 std_dev=0.510
N9 B 0, 0.321, 0.886, 1.451, 2.388 max_d=2.388 avg_d=0.886 std_dev=0.565
O4' B 0, 0.522, 1.119, 1.716, 4.943 max_d=4.943 avg_d=1.119 std_dev=0.597
C4 B 0, 0.103, 0.788, 1.472, 2.633 max_d=2.633 avg_d=0.788 std_dev=0.685
N3 B 0, 0.195, 0.889, 1.584, 3.371 max_d=3.371 avg_d=0.889 std_dev=0.694
C2' B 0, 0.452, 1.187, 1.922, 4.589 max_d=4.589 avg_d=1.187 std_dev=0.735
C2 A 0, 0.270, 1.015, 1.760, 3.133 max_d=3.133 avg_d=1.015 std_dev=0.745
C3' B 0, 0.772, 1.521, 2.270, 5.607 max_d=5.607 avg_d=1.521 std_dev=0.749
C4' B 0, 0.643, 1.450, 2.257, 5.691 max_d=5.691 avg_d=1.450 std_dev=0.807
C4 A 0, 0.236, 1.100, 1.965, 4.068 max_d=4.068 avg_d=1.100 std_dev=0.865
C8 B 0, 0.496, 1.363, 2.230, 4.931 max_d=4.931 avg_d=1.363 std_dev=0.867
C6 A 0, 0.345, 1.222, 2.099, 2.881 max_d=2.881 avg_d=1.222 std_dev=0.877
N1 A 0, 0.046, 0.941, 1.835, 3.219 max_d=3.219 avg_d=0.941 std_dev=0.894
C5 B 0, 0.273, 1.194, 2.115, 4.122 max_d=4.122 avg_d=1.194 std_dev=0.921
O3' B 0, 1.227, 2.168, 3.109, 8.437 max_d=8.437 avg_d=2.168 std_dev=0.941
C2 B 0, 0.224, 1.174, 2.124, 4.404 max_d=4.404 avg_d=1.174 std_dev=0.950
N7 B 0, 0.541, 1.568, 2.594, 5.887 max_d=5.887 avg_d=1.568 std_dev=1.026
C5 A 0, 0.426, 1.461, 2.495, 4.500 max_d=4.500 avg_d=1.461 std_dev=1.034
C6 B 0, 0.303, 1.406, 2.509, 5.254 max_d=5.254 avg_d=1.406 std_dev=1.103
N1 B 0, 0.251, 1.356, 2.462, 4.194 max_d=4.194 avg_d=1.356 std_dev=1.105
O2' B 0, 0.256, 1.377, 2.499, 6.785 max_d=6.785 avg_d=1.377 std_dev=1.122
O2 A 0, 0.585, 1.724, 2.864, 4.786 max_d=4.786 avg_d=1.724 std_dev=1.140
C3' A 0, 0.733, 1.883, 3.032, 7.819 max_d=7.819 avg_d=1.883 std_dev=1.150
C2' A 0, 0.727, 1.891, 3.056, 6.962 max_d=6.962 avg_d=1.891 std_dev=1.165
C1' A 0, 0.414, 1.623, 2.833, 5.493 max_d=5.493 avg_d=1.623 std_dev=1.210
O3' A 0, 1.149, 2.384, 3.619, 8.983 max_d=8.983 avg_d=2.384 std_dev=1.235
C5' B 0, 0.894, 2.164, 3.434, 7.167 max_d=7.167 avg_d=2.164 std_dev=1.270
O5' B 0, 0.561, 1.852, 3.144, 6.825 max_d=6.825 avg_d=1.852 std_dev=1.291
O4 A 0, 0.197, 1.490, 2.782, 5.688 max_d=5.688 avg_d=1.490 std_dev=1.293
N6 B 0, 0.517, 1.873, 3.229, 7.580 max_d=7.580 avg_d=1.873 std_dev=1.356
O4' A 0, 0.361, 1.929, 3.496, 5.910 max_d=5.910 avg_d=1.929 std_dev=1.567
O2' A 0, 1.007, 2.584, 4.161, 8.524 max_d=8.524 avg_d=2.584 std_dev=1.577
C4' A 0, 0.528, 2.115, 3.702, 7.504 max_d=7.504 avg_d=2.115 std_dev=1.587
O5' A 0, 0.577, 2.298, 4.019, 7.798 max_d=7.798 avg_d=2.298 std_dev=1.721
C5' A 0, 0.552, 2.414, 4.277, 8.557 max_d=8.557 avg_d=2.414 std_dev=1.862
P B 0, 0.438, 2.312, 4.186, 8.755 max_d=8.755 avg_d=2.312 std_dev=1.874
OP2 B 0, 0.353, 2.328, 4.304, 8.759 max_d=8.759 avg_d=2.328 std_dev=1.976
OP1 B 0, 0.763, 2.955, 5.146, 9.688 max_d=9.688 avg_d=2.955 std_dev=2.191
P A 0, 0.839, 3.044, 5.248, 9.048 max_d=9.048 avg_d=3.044 std_dev=2.204
OP2 A 0, 1.008, 3.248, 5.488, 9.180 max_d=9.180 avg_d=3.248 std_dev=2.240
OP1 A 0, 1.020, 3.483, 5.947, 11.327 max_d=11.327 avg_d=3.483 std_dev=2.463

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.26 0.02 0.01 0.17 0.45 0.45 0.21
C2 0.02 0.00 0.11 0.17 0.02 0.07 0.02 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.21 0.02 0.07 0.32 0.60 0.47 0.28
C2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.06 0.02 0.10 0.19 0.12 0.03 0.09 0.20 0.01 0.03 0.07 0.02 0.31 0.57 0.49 0.38
C3' 0.02 0.17 0.01 0.00 0.33 0.01 0.37 0.03 0.34 0.20 0.25 0.15 0.02 0.01 0.35 0.03 0.31 0.32 0.43 0.27
C4 0.02 0.02 0.06 0.33 0.00 0.14 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.02 0.31 0.21 0.01 0.04 0.51 0.74 0.62 0.44
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.14 0.00 0.18 0.01 0.17 0.08 0.09 0.09 0.27 0.03 0.15 0.01 0.02 0.20 0.36 0.09
C5 0.02 0.02 0.10 0.37 0.01 0.18 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01 0.02 0.29 0.29 0.01 0.07 0.55 0.74 0.63 0.46
C5' 0.08 0.15 0.19 0.03 0.24 0.01 0.28 0.00 0.24 0.14 0.19 0.15 0.10 0.18 0.26 0.02 0.01 0.29 0.32 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.34 0.01 0.17 0.01 0.24 0.00 0.01 0.01 0.02 0.23 0.24 0.02 0.08 0.48 0.66 0.52 0.37
N1 0.01 0.01 0.03 0.20 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.02 0.17 0.13 0.02 0.02 0.32 0.57 0.46 0.27
N3 0.02 0.01 0.09 0.25 0.01 0.09 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.31 0.17 0.02 0.06 0.41 0.68 0.54 0.36
O2 0.05 0.01 0.20 0.15 0.02 0.09 0.02 0.15 0.02 0.02 0.01 0.00 0.30 0.37 0.02 0.13 0.26 0.55 0.46 0.25
O2' 0.03 0.26 0.01 0.02 0.31 0.27 0.29 0.10 0.23 0.17 0.31 0.30 0.00 0.05 0.34 0.19 0.24 0.45 0.52 0.29
O3' 0.26 0.21 0.03 0.01 0.21 0.03 0.29 0.18 0.24 0.13 0.17 0.37 0.05 0.00 0.24 0.18 0.36 0.50 0.51 0.39
O4 0.02 0.02 0.07 0.35 0.01 0.15 0.01 0.26 0.02 0.02 0.02 0.02 0.34 0.24 0.00 0.04 0.54 0.78 0.69 0.49
O4' 0.01 0.07 0.02 0.03 0.04 0.01 0.07 0.02 0.08 0.02 0.06 0.13 0.19 0.18 0.04 0.00 0.15 0.32 0.53 0.22
O5' 0.17 0.32 0.31 0.31 0.51 0.02 0.55 0.01 0.48 0.32 0.41 0.26 0.24 0.36 0.54 0.15 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.45 0.60 0.57 0.32 0.74 0.20 0.74 0.29 0.66 0.57 0.68 0.55 0.45 0.50 0.78 0.32 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.45 0.47 0.49 0.43 0.62 0.36 0.63 0.32 0.52 0.46 0.54 0.46 0.52 0.51 0.69 0.53 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.21 0.28 0.38 0.27 0.44 0.09 0.46 0.02 0.37 0.27 0.36 0.25 0.29 0.39 0.49 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.79 2.85 1.81 1.50 2.49 1.30 2.76 1.17 3.08 2.23 3.10 2.54 3.29 2.62 2.14 1.84 1.47 1.54 0.79 1.07 0.68 0.36
C2 1.35 2.15 1.43 1.14 1.86 1.03 2.06 1.04 2.28 1.73 2.31 1.91 2.41 1.99 1.62 1.42 1.10 1.21 0.70 1.06 0.69 0.32
C2' 1.74 2.75 1.70 1.46 2.37 1.29 2.61 1.12 2.92 2.13 2.97 2.45 3.11 2.49 2.04 1.74 1.45 1.52 0.72 1.00 0.71 0.36
C3' 1.69 2.76 1.67 1.40 2.35 1.24 2.62 1.09 2.98 2.09 3.02 2.43 3.26 2.48 2.00 1.75 1.40 1.48 0.69 1.00 0.72 0.33
C4 1.37 2.16 1.57 1.06 1.90 1.01 2.14 1.08 2.34 1.84 2.34 1.91 2.52 2.12 1.67 1.61 0.94 1.17 0.73 1.08 0.84 0.36
C4' 1.88 3.17 1.90 1.56 2.69 1.34 3.01 1.17 3.45 2.34 3.49 2.77 3.80 2.81 2.26 1.97 1.55 1.58 0.77 1.07 0.69 0.34
C5 1.58 2.55 1.72 1.19 2.24 1.11 2.55 1.14 2.82 2.15 2.80 2.25 3.06 2.52 1.96 1.80 1.09 1.34 0.75 1.11 0.79 0.35
C5' 1.83 3.23 1.89 1.51 2.70 1.27 3.07 1.15 3.56 2.34 3.59 2.79 3.96 2.85 2.25 1.99 1.50 1.51 0.74 1.09 0.70 0.37
C6 1.57 2.61 1.67 1.21 2.28 1.11 2.61 1.12 2.91 2.14 2.89 2.29 3.18 2.55 1.96 1.72 1.14 1.35 0.73 1.12 0.72 0.32
N1 1.53 2.49 1.60 1.25 2.17 1.12 2.44 1.10 2.72 2.01 2.72 2.20 2.93 2.36 1.87 1.62 1.20 1.33 0.73 1.09 0.69 0.32
N3 1.12 1.89 1.30 0.91 1.61 0.86 1.82 0.96 2.02 1.53 2.04 1.65 2.16 1.79 1.39 1.29 0.84 0.99 0.65 1.07 0.77 0.30
O2 1.55 2.23 1.57 1.38 1.97 1.23 2.07 1.13 2.24 1.80 2.31 2.05 2.28 1.96 1.76 1.54 1.35 1.41 0.78 0.99 0.69 0.39
O2' 1.88 3.00 1.86 1.65 2.56 1.41 2.78 1.21 3.10 2.23 3.19 2.68 3.27 2.62 2.18 1.91 1.69 1.60 0.81 1.16 0.89 0.67
O3' 1.63 2.69 1.59 1.42 2.24 1.24 2.49 1.10 2.86 1.95 2.93 2.35 3.14 2.32 1.89 1.72 1.48 1.43 0.68 1.12 0.84 0.57
O4 1.50 2.16 1.75 1.21 1.93 1.13 2.10 1.17 2.27 1.85 2.29 1.96 2.40 2.07 1.73 1.82 1.06 1.25 0.80 1.02 0.92 0.45
O4' 1.94 3.18 1.97 1.60 2.74 1.37 3.07 1.22 3.48 2.42 3.49 2.81 3.79 2.89 2.33 2.03 1.57 1.62 0.83 1.11 0.67 0.38
O5' 1.77 3.10 1.81 1.40 2.62 1.22 3.00 1.13 3.46 2.32 3.47 2.68 3.87 2.83 2.19 1.92 1.37 1.48 0.79 1.09 0.77 0.41
OP1 1.78 3.12 1.89 1.53 2.61 1.42 3.02 1.44 3.53 2.33 3.53 2.66 3.99 2.86 2.18 2.05 1.59 1.54 0.99 1.53 0.84 0.86
OP2 2.08 3.38 2.07 1.55 2.93 1.52 3.32 1.41 3.76 2.65 3.75 2.97 4.16 3.17 2.51 2.22 1.53 1.83 1.04 1.28 0.83 0.63
P 1.87 3.28 1.92 1.45 2.77 1.30 3.18 1.22 3.68 2.46 3.68 2.83 4.12 3.00 2.32 2.08 1.43 1.56 0.82 1.18 0.73 0.45

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.10 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.03 0.33 0.01 0.34 0.40 0.54 0.38
C2 0.05 0.00 0.40 0.40 0.02 0.32 0.01 0.51 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.46 0.51 0.36 0.79 0.79 1.23 0.93
C2' 0.01 0.40 0.00 0.01 0.21 0.02 0.11 0.23 0.19 0.20 0.32 0.39 0.14 0.11 0.03 0.01 0.04 0.03 0.50 0.69 0.74 0.56
C3' 0.02 0.40 0.01 0.00 0.30 0.01 0.35 0.03 0.38 0.38 0.39 0.37 0.40 0.39 0.23 0.03 0.01 0.03 0.40 0.59 0.48 0.35
C4 0.02 0.02 0.21 0.30 0.00 0.15 0.01 0.28 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.29 0.27 0.19 0.60 0.55 0.98 0.69
C4' 0.02 0.32 0.02 0.01 0.15 0.00 0.14 0.01 0.16 0.28 0.24 0.31 0.16 0.24 0.10 0.32 0.04 0.01 0.02 0.32 0.32 0.18
C5 0.02 0.01 0.11 0.35 0.01 0.14 0.00 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.35 0.20 0.09 0.66 0.60 1.14 0.77
C5' 0.10 0.51 0.23 0.03 0.28 0.01 0.29 0.00 0.33 0.44 0.42 0.47 0.35 0.41 0.20 0.12 0.23 0.02 0.01 0.31 0.40 0.02
C6 0.03 0.01 0.19 0.38 0.01 0.16 0.01 0.33 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.38 0.27 0.17 0.71 0.67 1.26 0.86
C8 0.02 0.02 0.20 0.38 0.01 0.28 0.01 0.44 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.45 0.23 0.21 0.67 0.63 1.02 0.73
N1 0.04 0.00 0.32 0.39 0.02 0.24 0.01 0.42 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.41 0.40 0.29 0.77 0.75 1.29 0.92
N3 0.05 0.01 0.39 0.37 0.01 0.31 0.01 0.47 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.42 0.50 0.36 0.72 0.70 1.06 0.82
N6 0.03 0.01 0.14 0.40 0.01 0.16 0.02 0.35 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.42 0.26 0.12 0.74 0.71 1.36 0.91
N7 0.01 0.01 0.11 0.39 0.01 0.24 0.00 0.41 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.45 0.23 0.11 0.70 0.68 1.20 0.82
N9 0.01 0.02 0.03 0.23 0.01 0.10 0.01 0.20 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.23 0.14 0.02 0.50 0.47 0.81 0.56
O2' 0.03 0.46 0.01 0.03 0.29 0.32 0.35 0.12 0.38 0.45 0.41 0.42 0.42 0.45 0.23 0.00 0.08 0.22 0.40 0.59 0.78 0.48
O3' 0.33 0.51 0.04 0.01 0.27 0.04 0.20 0.23 0.27 0.23 0.40 0.50 0.26 0.23 0.14 0.08 0.00 0.23 0.46 0.71 0.49 0.42
O4' 0.01 0.36 0.03 0.03 0.19 0.01 0.09 0.02 0.17 0.21 0.29 0.36 0.12 0.11 0.02 0.22 0.23 0.00 0.29 0.36 0.44 0.37
O5' 0.34 0.79 0.50 0.40 0.60 0.02 0.66 0.01 0.71 0.67 0.77 0.72 0.74 0.70 0.50 0.40 0.46 0.29 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.40 0.79 0.69 0.59 0.55 0.32 0.60 0.31 0.67 0.63 0.75 0.70 0.71 0.68 0.47 0.59 0.71 0.36 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.54 1.23 0.74 0.48 0.98 0.32 1.14 0.40 1.26 1.02 1.29 1.06 1.36 1.20 0.81 0.78 0.49 0.44 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.38 0.93 0.56 0.35 0.69 0.18 0.77 0.02 0.86 0.73 0.92 0.82 0.91 0.82 0.56 0.48 0.42 0.37 0.01 0.01 0.01 0.00