ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 13850

back

Distances from reference structure (by RMSD)

41, 25, 41, 3, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 13, 14, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.043, 0.122, 0.200, 0.359 max_d=0.359 avg_d=0.122 std_dev=0.078
N1 B 0, 0.042, 0.145, 0.249, 0.365 max_d=0.365 avg_d=0.145 std_dev=0.104
C5 A 0, 0.080, 0.197, 0.315, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.197 std_dev=0.118
N3 A 0, 0.074, 0.222, 0.370, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.222 std_dev=0.148
N9 A 0, 0.058, 0.236, 0.414, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.236 std_dev=0.178
C6 A 0, 0.015, 0.221, 0.427, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.221 std_dev=0.206
C4 B 0, 0.073, 0.279, 0.485, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.279 std_dev=0.206
C1' B 0, 0.047, 0.261, 0.475, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.261 std_dev=0.214
C2 A 0, 0.057, 0.272, 0.487, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.272 std_dev=0.215
N7 A 0, 0.132, 0.362, 0.593, 1.001 max_d=1.001 avg_d=0.362 std_dev=0.231
C2' A 0, 0.100, 0.335, 0.570, 1.382 max_d=1.382 avg_d=0.335 std_dev=0.235
C8 A 0, 0.120, 0.364, 0.608, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.364 std_dev=0.244
N1 A 0, -0.015, 0.240, 0.495, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.240 std_dev=0.255
C1' A 0, 0.008, 0.310, 0.611, 1.130 max_d=1.130 avg_d=0.310 std_dev=0.302
N6 A 0, 0.039, 0.362, 0.685, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.362 std_dev=0.323
N4 B 0, 0.095, 0.436, 0.776, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.436 std_dev=0.341
O2' A 0, 0.009, 0.598, 1.188, 2.759 max_d=2.759 avg_d=0.598 std_dev=0.589
O4' A 0, -0.067, 0.571, 1.208, 2.282 max_d=2.282 avg_d=0.571 std_dev=0.638
C2' B 0, -0.137, 0.591, 1.319, 2.172 max_d=2.172 avg_d=0.591 std_dev=0.728
O2' B 0, -0.121, 0.618, 1.356, 2.420 max_d=2.420 avg_d=0.618 std_dev=0.738
C2 B 0, -0.294, 0.526, 1.346, 2.276 max_d=2.276 avg_d=0.526 std_dev=0.820
N3 B 0, -0.264, 0.593, 1.450, 2.529 max_d=2.529 avg_d=0.593 std_dev=0.857
C3' A 0, -0.048, 0.837, 1.721, 2.874 max_d=2.874 avg_d=0.837 std_dev=0.885
C4' A 0, -0.077, 0.818, 1.714, 3.070 max_d=3.070 avg_d=0.818 std_dev=0.896
C5 B 0, -0.289, 0.623, 1.535, 2.637 max_d=2.637 avg_d=0.623 std_dev=0.912
C6 B 0, -0.321, 0.612, 1.545, 2.568 max_d=2.568 avg_d=0.612 std_dev=0.933
C5' A 0, -0.014, 1.003, 2.020, 3.602 max_d=3.602 avg_d=1.003 std_dev=1.017
O4' B 0, -0.276, 0.874, 2.023, 3.302 max_d=3.302 avg_d=0.874 std_dev=1.149
O3' A 0, -0.091, 1.246, 2.584, 4.160 max_d=4.160 avg_d=1.246 std_dev=1.338
C3' B 0, -0.321, 1.102, 2.525, 4.144 max_d=4.144 avg_d=1.102 std_dev=1.423
C4' B 0, -0.314, 1.145, 2.604, 4.208 max_d=4.208 avg_d=1.145 std_dev=1.459
O2 B 0, -0.629, 0.965, 2.559, 4.363 max_d=4.363 avg_d=0.965 std_dev=1.594
O5' A 0, -0.370, 1.263, 2.896, 5.092 max_d=5.092 avg_d=1.263 std_dev=1.633
O3' B 0, -0.461, 1.518, 3.497, 5.714 max_d=5.714 avg_d=1.518 std_dev=1.979
P A 0, -0.657, 1.615, 3.887, 6.885 max_d=6.885 avg_d=1.615 std_dev=2.272
C5' B 0, -0.661, 1.867, 4.395, 7.146 max_d=7.146 avg_d=1.867 std_dev=2.528
OP1 A 0, -0.687, 1.913, 4.513, 8.039 max_d=8.039 avg_d=1.913 std_dev=2.600
O5' B 0, -0.815, 2.027, 4.869, 8.044 max_d=8.044 avg_d=2.027 std_dev=2.842
OP2 A 0, -1.144, 2.024, 5.192, 9.145 max_d=9.145 avg_d=2.024 std_dev=3.168
P B 0, -1.100, 2.764, 6.629, 10.783 max_d=10.783 avg_d=2.764 std_dev=3.864
OP2 B 0, -1.052, 2.838, 6.728, 11.001 max_d=11.001 avg_d=2.838 std_dev=3.890
OP1 B 0, -1.036, 3.532, 8.100, 12.786 max_d=12.786 avg_d=3.532 std_dev=4.568

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.27 0.00 0.30 0.23 0.49 0.29
C2 0.02 0.00 0.28 0.28 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.28 0.13 0.58 0.36 1.14 0.63
C2' 0.00 0.28 0.00 0.00 0.15 0.01 0.08 0.20 0.14 0.13 0.22 0.27 0.11 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.22 0.28 0.29 0.26
C3' 0.01 0.28 0.00 0.00 0.27 0.00 0.34 0.02 0.36 0.32 0.33 0.23 0.40 0.37 0.22 0.01 0.01 0.02 0.06 0.11 0.10 0.07
C4 0.01 0.01 0.15 0.27 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.18 0.15 0.07 0.63 0.40 1.15 0.67
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.10 0.17 0.07 0.05 0.13 0.16 0.08 0.27 0.02 0.00 0.01 0.21 0.09 0.07
C5 0.01 0.01 0.08 0.34 0.00 0.11 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.28 0.16 0.04 0.80 0.57 1.53 0.91
C5' 0.07 0.06 0.20 0.02 0.05 0.01 0.09 0.00 0.09 0.13 0.07 0.06 0.13 0.14 0.05 0.07 0.19 0.01 0.01 0.09 0.13 0.02
C6 0.02 0.01 0.14 0.36 0.01 0.10 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.27 0.19 0.06 0.82 0.59 1.62 0.95
C8 0.01 0.01 0.13 0.32 0.01 0.17 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.31 0.18 0.08 0.84 0.61 1.42 0.90
N1 0.02 0.00 0.22 0.33 0.01 0.07 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.22 0.10 0.71 0.48 1.42 0.81
N3 0.02 0.00 0.27 0.23 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.29 0.13 0.50 0.31 0.94 0.53
N6 0.02 0.01 0.11 0.40 0.01 0.13 0.01 0.13 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.31 0.24 0.05 0.91 0.72 1.86 1.10
N7 0.01 0.01 0.07 0.37 0.01 0.16 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.34 0.23 0.05 0.92 0.72 1.72 1.06
N9 0.00 0.01 0.02 0.22 0.00 0.08 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.19 0.07 0.01 0.60 0.38 1.01 0.62
O2' 0.02 0.15 0.00 0.01 0.18 0.27 0.28 0.07 0.27 0.31 0.20 0.13 0.31 0.34 0.19 0.00 0.04 0.19 0.16 0.23 0.28 0.22
O3' 0.27 0.28 0.02 0.01 0.15 0.02 0.16 0.19 0.19 0.18 0.22 0.29 0.24 0.23 0.07 0.04 0.00 0.20 0.11 0.29 0.19 0.16
O4' 0.00 0.13 0.01 0.02 0.07 0.00 0.04 0.01 0.06 0.08 0.10 0.13 0.05 0.05 0.01 0.19 0.20 0.00 0.32 0.21 0.41 0.25
O5' 0.30 0.58 0.22 0.06 0.63 0.01 0.80 0.01 0.82 0.84 0.71 0.50 0.91 0.92 0.60 0.16 0.11 0.32 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.23 0.36 0.28 0.11 0.40 0.21 0.57 0.09 0.59 0.61 0.48 0.31 0.72 0.72 0.38 0.23 0.29 0.21 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.49 1.14 0.29 0.10 1.15 0.09 1.53 0.13 1.62 1.42 1.42 0.94 1.86 1.72 1.01 0.28 0.19 0.41 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.29 0.63 0.26 0.07 0.67 0.07 0.91 0.02 0.95 0.90 0.81 0.53 1.10 1.06 0.62 0.22 0.16 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.49 0.37 0.35 0.41 0.39 0.58 0.53 0.73 0.54 0.47 0.32 0.32 0.32 0.34 0.35 0.62 0.79 1.04 1.04 0.99
C2 0.33 0.29 0.28 0.60 0.28 0.72 0.83 1.02 0.74 0.33 0.36 0.26 0.58 0.20 0.60 0.62 1.19 1.60 1.58 1.47
C2' 0.37 0.34 0.33 0.43 0.36 0.54 0.53 0.76 0.50 0.37 0.37 0.38 0.39 0.32 0.40 0.50 0.88 1.24 1.31 1.17
C3' 0.86 0.50 0.75 0.98 0.66 1.19 1.06 1.48 1.08 0.82 0.41 0.52 0.36 0.67 0.93 1.13 1.62 2.02 2.07 1.96
C4 0.25 0.33 0.21 0.30 0.20 0.33 0.36 0.47 0.32 0.24 0.35 0.18 0.46 0.23 0.32 0.29 0.55 0.87 0.76 0.69
C4' 0.89 0.54 0.67 0.86 0.62 1.17 0.99 1.45 1.04 0.83 0.42 0.46 0.41 0.63 0.77 1.19 1.54 1.92 1.91 1.88
C5 0.23 0.32 0.22 0.39 0.19 0.43 0.45 0.63 0.40 0.22 0.35 0.17 0.50 0.21 0.43 0.35 0.74 1.11 1.02 0.93
C5' 0.90 0.55 0.67 0.85 0.61 1.18 0.96 1.47 1.03 0.83 0.43 0.46 0.42 0.63 0.76 1.21 1.55 1.96 1.93 1.91
C6 0.30 0.29 0.28 0.60 0.22 0.71 0.70 1.02 0.65 0.29 0.35 0.19 0.56 0.21 0.63 0.58 1.18 1.65 1.60 1.47
C8 0.33 0.35 0.25 0.26 0.27 0.32 0.28 0.40 0.29 0.31 0.33 0.24 0.40 0.28 0.27 0.35 0.44 0.73 0.61 0.56
N1 0.38 0.28 0.33 0.72 0.29 0.87 0.89 1.24 0.83 0.37 0.36 0.24 0.60 0.22 0.73 0.74 1.43 1.93 1.93 1.78
N3 0.25 0.32 0.20 0.35 0.20 0.41 0.51 0.59 0.43 0.24 0.36 0.19 0.50 0.21 0.37 0.36 0.70 1.02 0.93 0.86
N6 0.35 0.29 0.32 0.70 0.24 0.83 0.76 1.20 0.73 0.33 0.35 0.19 0.58 0.22 0.74 0.68 1.37 1.92 1.86 1.72
N7 0.25 0.33 0.22 0.31 0.21 0.32 0.31 0.45 0.29 0.24 0.34 0.20 0.46 0.24 0.35 0.28 0.53 0.87 0.74 0.67
N9 0.35 0.35 0.26 0.26 0.28 0.34 0.30 0.43 0.31 0.33 0.34 0.25 0.39 0.28 0.25 0.38 0.46 0.74 0.63 0.59
O2' 0.36 0.45 0.35 0.45 0.37 0.52 0.58 0.78 0.51 0.36 0.50 0.40 0.62 0.38 0.45 0.45 0.96 1.38 1.48 1.29
O3' 1.44 0.97 1.35 1.66 1.19 1.86 1.74 2.19 1.75 1.40 0.82 0.98 0.72 1.23 1.62 1.76 2.36 2.78 2.82 2.72
O4' 0.77 0.55 0.54 0.62 0.55 0.89 0.75 1.07 0.81 0.72 0.46 0.41 0.49 0.53 0.52 0.97 1.11 1.37 1.34 1.35
O5' 0.86 0.47 0.65 0.86 0.49 1.19 0.85 1.50 0.95 0.77 0.34 0.33 0.36 0.63 0.78 1.19 1.55 2.01 1.94 1.93
OP1 1.42 0.92 1.16 1.37 0.86 1.77 1.25 2.08 1.42 1.26 0.71 0.60 0.80 1.17 1.28 1.79 2.07 2.54 2.35 2.44
OP2 0.95 0.47 0.75 0.97 0.41 1.33 0.78 1.66 0.95 0.79 0.31 0.26 0.39 0.75 0.92 1.31 1.66 2.19 1.97 2.05
P 1.01 0.56 0.77 0.97 0.53 1.35 0.90 1.67 1.04 0.88 0.40 0.34 0.46 0.76 0.89 1.36 1.68 2.17 2.02 2.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.11 0.19 0.25 0.14
C2 0.02 0.00 0.07 0.07 0.01 0.04 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.08 0.03 0.20 0.27 0.39 0.24
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.02 0.09 0.02 0.09 0.03 0.05 0.06 0.14 0.00 0.01 0.01 0.09 0.10 0.24 0.12
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.09 0.00 0.13 0.02 0.13 0.05 0.07 0.10 0.13 0.02 0.01 0.02 0.10 0.12 0.21 0.10
C4 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.07 0.00 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.12 0.03 0.27 0.38 0.51 0.34
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.07 0.04 0.05 0.07 0.05 0.04 0.02 0.00 0.02 0.10 0.16 0.05
C5 0.01 0.01 0.09 0.13 0.00 0.08 0.00 0.19 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.17 0.04 0.28 0.39 0.50 0.35
C5' 0.04 0.11 0.02 0.02 0.17 0.01 0.19 0.00 0.17 0.11 0.14 0.19 0.08 0.04 0.03 0.02 0.01 0.12 0.14 0.01
C6 0.01 0.01 0.09 0.13 0.01 0.07 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.15 0.05 0.24 0.31 0.41 0.28
N1 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.19 0.25 0.35 0.22
N3 0.02 0.00 0.05 0.07 0.00 0.05 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.08 0.03 0.24 0.33 0.46 0.30
N4 0.01 0.01 0.06 0.10 0.00 0.07 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.14 0.03 0.28 0.43 0.56 0.37
O2 0.03 0.00 0.14 0.13 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.16 0.05 0.18 0.24 0.35 0.21
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.05 0.04 0.06 0.04 0.06 0.02 0.06 0.06 0.14 0.00 0.03 0.04 0.05 0.10 0.22 0.09
O3' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.12 0.02 0.17 0.03 0.15 0.05 0.08 0.14 0.16 0.03 0.00 0.01 0.13 0.23 0.25 0.14
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.02 0.05 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.01 0.00 0.10 0.23 0.21 0.13
O5' 0.11 0.20 0.09 0.10 0.27 0.02 0.28 0.01 0.24 0.19 0.24 0.28 0.18 0.05 0.13 0.10 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.19 0.27 0.10 0.12 0.38 0.10 0.39 0.12 0.31 0.25 0.33 0.43 0.24 0.10 0.23 0.23 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.39 0.24 0.21 0.51 0.16 0.50 0.14 0.41 0.35 0.46 0.56 0.35 0.22 0.25 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.24 0.12 0.10 0.34 0.05 0.35 0.01 0.28 0.22 0.30 0.37 0.21 0.09 0.14 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00