ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 13851

back

Distances from reference structure (by RMSD)

57, 111, 99, 77, 63, 9, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 8,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.036, 0.108, 0.180, 0.458 max_d=0.458 avg_d=0.108 std_dev=0.072
C4 B 0, 0.024, 0.126, 0.229, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.126 std_dev=0.102
C5 B 0, 0.038, 0.190, 0.342, 1.014 max_d=1.014 avg_d=0.190 std_dev=0.152
N3 A 0, 0.086, 0.247, 0.409, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.247 std_dev=0.162
C5 A 0, 0.087, 0.271, 0.455, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.271 std_dev=0.184
C6 B 0, 0.050, 0.237, 0.424, 1.330 max_d=1.330 avg_d=0.237 std_dev=0.187
N3 B 0, -0.019, 0.190, 0.398, 1.545 max_d=1.545 avg_d=0.190 std_dev=0.209
C6 A 0, 0.114, 0.323, 0.532, 1.191 max_d=1.191 avg_d=0.323 std_dev=0.209
N9 A 0, -0.018, 0.203, 0.424, 1.679 max_d=1.679 avg_d=0.203 std_dev=0.221
N6 B 0, 0.108, 0.342, 0.575, 1.377 max_d=1.377 avg_d=0.342 std_dev=0.234
C2 A 0, 0.044, 0.318, 0.591, 2.008 max_d=2.008 avg_d=0.318 std_dev=0.273
N1 A 0, 0.017, 0.302, 0.586, 2.011 max_d=2.011 avg_d=0.302 std_dev=0.285
C1' A 0, 0.026, 0.340, 0.653, 2.220 max_d=2.220 avg_d=0.340 std_dev=0.314
N6 A 0, 0.178, 0.501, 0.825, 1.968 max_d=1.968 avg_d=0.501 std_dev=0.323
N7 A 0, 0.104, 0.469, 0.834, 1.829 max_d=1.829 avg_d=0.469 std_dev=0.365
C8 A 0, 0.048, 0.415, 0.782, 2.418 max_d=2.418 avg_d=0.415 std_dev=0.367
N9 B 0, -0.116, 0.274, 0.664, 2.945 max_d=2.945 avg_d=0.274 std_dev=0.390
N1 B 0, -0.164, 0.292, 0.747, 3.447 max_d=3.447 avg_d=0.292 std_dev=0.455
C2 B 0, -0.183, 0.274, 0.731, 3.423 max_d=3.423 avg_d=0.274 std_dev=0.457
N7 B 0, -0.112, 0.350, 0.813, 3.325 max_d=3.325 avg_d=0.350 std_dev=0.463
C1' B 0, -0.114, 0.363, 0.840, 3.584 max_d=3.584 avg_d=0.363 std_dev=0.477
O4' A 0, -0.025, 0.497, 1.018, 3.936 max_d=3.936 avg_d=0.497 std_dev=0.522
O2' B 0, 0.262, 0.806, 1.350, 4.040 max_d=4.040 avg_d=0.806 std_dev=0.544
C2' A 0, 0.018, 0.600, 1.181, 2.810 max_d=2.810 avg_d=0.600 std_dev=0.582
C3' A 0, -0.005, 0.579, 1.162, 4.471 max_d=4.471 avg_d=0.579 std_dev=0.583
C8 B 0, -0.205, 0.392, 0.989, 4.454 max_d=4.454 avg_d=0.392 std_dev=0.597
C2' B 0, 0.083, 0.714, 1.346, 4.674 max_d=4.674 avg_d=0.714 std_dev=0.632
C4' A 0, -0.011, 0.636, 1.284, 4.983 max_d=4.983 avg_d=0.636 std_dev=0.647
O3' A 0, 0.061, 0.821, 1.580, 5.606 max_d=5.606 avg_d=0.821 std_dev=0.759
O4' B 0, -0.069, 0.698, 1.464, 5.810 max_d=5.810 avg_d=0.698 std_dev=0.766
O5' A 0, -0.055, 0.810, 1.674, 6.277 max_d=6.277 avg_d=0.810 std_dev=0.865
C5' A 0, 0.001, 0.895, 1.789, 6.587 max_d=6.587 avg_d=0.895 std_dev=0.894
C4' B 0, 0.037, 0.999, 1.960, 7.176 max_d=7.176 avg_d=0.999 std_dev=0.961
C3' B 0, 0.012, 0.987, 1.963, 7.113 max_d=7.113 avg_d=0.987 std_dev=0.976
P A 0, -0.073, 1.029, 2.131, 7.515 max_d=7.515 avg_d=1.029 std_dev=1.102
O2' A 0, -0.199, 0.915, 2.028, 3.744 max_d=3.744 avg_d=0.915 std_dev=1.113
OP2 A 0, -0.075, 1.084, 2.242, 7.171 max_d=7.171 avg_d=1.084 std_dev=1.158
O3' B 0, 0.047, 1.225, 2.402, 8.408 max_d=8.408 avg_d=1.225 std_dev=1.177
OP1 A 0, -0.030, 1.207, 2.444, 8.846 max_d=8.846 avg_d=1.207 std_dev=1.237
C5' B 0, 0.464, 1.780, 3.095, 9.717 max_d=9.717 avg_d=1.780 std_dev=1.316
O5' B 0, 0.401, 1.949, 3.497, 11.328 max_d=11.328 avg_d=1.949 std_dev=1.548
P B 0, 1.159, 2.975, 4.790, 12.854 max_d=12.854 avg_d=2.975 std_dev=1.815
OP2 B 0, 1.098, 3.182, 5.266, 14.558 max_d=14.558 avg_d=3.182 std_dev=2.084
OP1 B 0, 2.125, 4.319, 6.512, 14.273 max_d=14.273 avg_d=4.319 std_dev=2.194

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.23 0.01 0.11 0.12 0.24 0.11
C2 0.04 0.00 0.26 0.27 0.01 0.09 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.19 0.34 0.13 0.23 0.23 0.37 0.25
C2' 0.00 0.26 0.00 0.01 0.14 0.02 0.08 0.14 0.13 0.14 0.20 0.27 0.10 0.10 0.03 0.01 0.03 0.02 0.33 0.36 0.42 0.34
C3' 0.02 0.27 0.01 0.00 0.24 0.01 0.31 0.02 0.32 0.31 0.30 0.24 0.35 0.34 0.20 0.02 0.01 0.02 0.17 0.20 0.16 0.13
C4 0.02 0.01 0.14 0.24 0.00 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.19 0.19 0.06 0.25 0.23 0.33 0.24
C4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.07 0.00 0.14 0.01 0.13 0.22 0.09 0.09 0.17 0.22 0.10 0.24 0.03 0.01 0.02 0.11 0.17 0.04
C5 0.02 0.01 0.08 0.31 0.01 0.14 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.31 0.19 0.03 0.36 0.36 0.45 0.38
C5' 0.05 0.12 0.14 0.02 0.13 0.01 0.23 0.00 0.23 0.28 0.17 0.10 0.28 0.31 0.13 0.11 0.16 0.02 0.01 0.12 0.17 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.32 0.01 0.13 0.01 0.23 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.32 0.24 0.05 0.38 0.40 0.51 0.42
C8 0.02 0.01 0.14 0.31 0.01 0.22 0.01 0.28 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.32 0.22 0.11 0.37 0.33 0.34 0.34
N1 0.03 0.01 0.20 0.30 0.01 0.09 0.01 0.17 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.25 0.29 0.09 0.31 0.33 0.46 0.35
N3 0.04 0.01 0.27 0.24 0.01 0.09 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.33 0.13 0.19 0.17 0.31 0.19
N6 0.03 0.01 0.10 0.35 0.02 0.17 0.01 0.28 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.38 0.26 0.05 0.44 0.50 0.60 0.51
N7 0.01 0.01 0.10 0.34 0.01 0.22 0.00 0.31 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.37 0.25 0.08 0.44 0.44 0.49 0.45
N9 0.01 0.02 0.03 0.20 0.01 0.10 0.01 0.13 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.19 0.10 0.02 0.22 0.18 0.26 0.19
O2' 0.02 0.19 0.01 0.02 0.19 0.24 0.31 0.11 0.32 0.32 0.25 0.16 0.38 0.37 0.19 0.00 0.07 0.17 0.21 0.29 0.44 0.26
O3' 0.23 0.34 0.03 0.01 0.19 0.03 0.19 0.16 0.24 0.22 0.29 0.33 0.26 0.25 0.10 0.07 0.00 0.14 0.24 0.35 0.30 0.26
O4' 0.01 0.13 0.02 0.02 0.06 0.01 0.03 0.02 0.05 0.11 0.09 0.13 0.05 0.08 0.02 0.17 0.14 0.00 0.10 0.12 0.25 0.14
O5' 0.11 0.23 0.33 0.17 0.25 0.02 0.36 0.01 0.38 0.37 0.31 0.19 0.44 0.44 0.22 0.21 0.24 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.12 0.23 0.36 0.20 0.23 0.11 0.36 0.12 0.40 0.33 0.33 0.17 0.50 0.44 0.18 0.29 0.35 0.12 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.37 0.42 0.16 0.33 0.17 0.45 0.17 0.51 0.34 0.46 0.31 0.60 0.49 0.26 0.44 0.30 0.25 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.25 0.34 0.13 0.24 0.04 0.38 0.02 0.42 0.34 0.35 0.19 0.51 0.45 0.19 0.26 0.26 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.28 0.34 0.31 0.33 0.26 0.30 0.25 0.40 0.27 0.32 0.35 0.28 0.28 0.31 0.27 0.33 0.35 0.30 0.86 1.14 1.19 1.02
C2 0.54 0.25 0.50 0.61 0.40 0.67 0.39 0.81 0.23 0.61 0.22 0.32 0.19 0.56 0.53 0.48 0.60 0.65 1.21 1.38 1.60 1.35
C2' 0.66 0.72 0.73 0.73 0.67 0.66 0.65 0.66 0.67 0.67 0.73 0.69 0.66 0.66 0.66 0.74 0.75 0.64 0.91 1.15 1.11 1.02
C3' 0.60 0.37 0.65 0.73 0.47 0.71 0.46 0.78 0.35 0.68 0.36 0.41 0.32 0.62 0.58 0.62 0.74 0.66 0.99 1.25 1.22 1.14
C4 0.30 0.17 0.27 0.33 0.22 0.38 0.22 0.51 0.17 0.34 0.17 0.19 0.17 0.31 0.29 0.30 0.34 0.37 0.99 1.26 1.39 1.16
C4' 0.51 0.40 0.52 0.60 0.39 0.62 0.37 0.73 0.31 0.58 0.39 0.37 0.28 0.52 0.49 0.51 0.60 0.60 1.01 1.30 1.31 1.18
C5 0.38 0.17 0.35 0.43 0.26 0.50 0.25 0.65 0.17 0.43 0.17 0.21 0.16 0.38 0.36 0.38 0.43 0.49 1.08 1.42 1.52 1.30
C5' 0.55 0.42 0.58 0.67 0.41 0.69 0.38 0.81 0.32 0.61 0.42 0.39 0.30 0.53 0.52 0.57 0.69 0.65 1.05 1.35 1.36 1.23
C6 0.54 0.23 0.50 0.61 0.37 0.71 0.34 0.87 0.20 0.59 0.20 0.30 0.17 0.50 0.50 0.51 0.61 0.68 1.25 1.59 1.70 1.48
C8 0.27 0.22 0.27 0.32 0.20 0.34 0.20 0.47 0.19 0.31 0.24 0.19 0.20 0.29 0.26 0.31 0.34 0.33 0.93 1.29 1.34 1.14
N1 0.64 0.28 0.59 0.71 0.44 0.81 0.41 0.97 0.24 0.69 0.24 0.36 0.19 0.60 0.60 0.57 0.70 0.77 1.33 1.59 1.78 1.53
N3 0.35 0.18 0.32 0.40 0.27 0.43 0.27 0.56 0.18 0.40 0.17 0.22 0.17 0.38 0.34 0.33 0.41 0.41 1.02 1.21 1.40 1.15
N6 0.62 0.26 0.58 0.70 0.41 0.82 0.37 1.01 0.22 0.65 0.23 0.33 0.18 0.54 0.56 0.59 0.71 0.78 1.35 1.75 1.81 1.61
N7 0.33 0.18 0.31 0.38 0.23 0.44 0.22 0.59 0.17 0.37 0.19 0.19 0.18 0.33 0.31 0.35 0.40 0.42 1.02 1.40 1.45 1.25
N9 0.23 0.23 0.23 0.27 0.19 0.28 0.20 0.41 0.20 0.28 0.24 0.20 0.21 0.26 0.23 0.28 0.29 0.28 0.90 1.21 1.29 1.08
O2' 0.74 1.06 0.85 0.80 0.82 0.69 0.78 0.67 0.91 0.71 1.10 0.93 0.88 0.71 0.74 0.87 0.83 0.68 0.91 1.15 1.11 1.02
O3' 0.81 0.42 0.85 0.96 0.60 0.96 0.58 1.06 0.39 0.89 0.38 0.50 0.33 0.80 0.77 0.79 0.96 0.91 1.21 1.44 1.44 1.36
O4' 0.38 0.42 0.36 0.40 0.34 0.43 0.34 0.53 0.35 0.43 0.43 0.37 0.35 0.41 0.37 0.39 0.40 0.44 0.94 1.24 1.28 1.11
O5' 0.50 0.35 0.55 0.62 0.36 0.61 0.34 0.70 0.28 0.54 0.34 0.34 0.26 0.47 0.46 0.55 0.65 0.57 0.92 1.23 1.24 1.10
OP1 0.59 0.40 0.66 0.77 0.40 0.76 0.37 0.88 0.30 0.62 0.39 0.39 0.27 0.52 0.53 0.65 0.81 0.68 1.03 1.34 1.34 1.21
OP2 0.49 0.32 0.56 0.62 0.36 0.60 0.34 0.70 0.29 0.52 0.32 0.32 0.28 0.46 0.46 0.57 0.66 0.55 0.89 1.27 1.24 1.09
P 0.48 0.34 0.54 0.62 0.33 0.61 0.31 0.72 0.26 0.52 0.34 0.32 0.25 0.44 0.44 0.54 0.65 0.55 0.93 1.27 1.27 1.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.01 0.22 0.30 0.33 0.22
C2 0.04 0.00 0.21 0.25 0.01 0.09 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.17 0.29 0.08 0.51 0.59 0.71 0.52
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.11 0.02 0.07 0.05 0.11 0.10 0.17 0.21 0.09 0.07 0.03 0.00 0.03 0.01 0.29 0.36 0.29 0.26
C3' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.16 0.00 0.16 0.03 0.20 0.15 0.23 0.23 0.20 0.15 0.09 0.02 0.01 0.02 0.35 0.41 0.20 0.28
C4 0.02 0.01 0.11 0.16 0.00 0.07 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.16 0.04 0.52 0.56 0.66 0.51
C4' 0.01 0.09 0.02 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.11 0.13 0.10 0.08 0.13 0.13 0.06 0.09 0.02 0.01 0.02 0.21 0.27 0.07
C5 0.02 0.01 0.07 0.16 0.01 0.10 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.15 0.03 0.67 0.73 0.86 0.68
C5' 0.05 0.16 0.05 0.03 0.17 0.01 0.23 0.00 0.24 0.25 0.21 0.13 0.28 0.28 0.15 0.06 0.06 0.02 0.01 0.24 0.34 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.20 0.01 0.11 0.01 0.24 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.11 0.20 0.04 0.69 0.79 0.94 0.73
C8 0.02 0.02 0.10 0.15 0.01 0.13 0.01 0.25 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.11 0.16 0.07 0.66 0.65 0.73 0.63
N1 0.03 0.01 0.17 0.23 0.01 0.10 0.01 0.21 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.14 0.26 0.06 0.62 0.71 0.86 0.65
N3 0.04 0.01 0.21 0.23 0.01 0.08 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.16 0.26 0.08 0.44 0.50 0.59 0.44
N6 0.02 0.01 0.09 0.20 0.01 0.13 0.01 0.28 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.11 0.21 0.04 0.77 0.91 1.07 0.84
N7 0.02 0.02 0.07 0.15 0.01 0.13 0.01 0.28 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.11 0.16 0.05 0.74 0.80 0.93 0.77
N9 0.01 0.02 0.03 0.09 0.01 0.06 0.01 0.15 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.06 0.07 0.02 0.47 0.47 0.54 0.44
O2' 0.02 0.17 0.00 0.02 0.09 0.09 0.09 0.06 0.11 0.11 0.14 0.16 0.11 0.11 0.06 0.00 0.06 0.07 0.12 0.31 0.27 0.15
O3' 0.07 0.29 0.03 0.01 0.16 0.02 0.15 0.06 0.20 0.16 0.26 0.26 0.21 0.16 0.07 0.06 0.00 0.05 0.28 0.48 0.24 0.27
O4' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.07 0.06 0.08 0.04 0.05 0.02 0.07 0.05 0.00 0.12 0.30 0.35 0.20
O5' 0.22 0.51 0.29 0.35 0.52 0.02 0.67 0.01 0.69 0.66 0.62 0.44 0.77 0.74 0.47 0.12 0.28 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.30 0.59 0.36 0.41 0.56 0.21 0.73 0.24 0.79 0.65 0.71 0.50 0.91 0.80 0.47 0.31 0.48 0.30 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.33 0.71 0.29 0.20 0.66 0.27 0.86 0.34 0.94 0.73 0.86 0.59 1.07 0.93 0.54 0.27 0.24 0.35 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.52 0.26 0.28 0.51 0.07 0.68 0.02 0.73 0.63 0.65 0.44 0.84 0.77 0.44 0.15 0.27 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00