ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 14027

back

Distances from reference structure (by RMSD)

5, 56, 100, 57, 68, 7, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.069, 0.117, 0.165, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.117 std_dev=0.048
N1 B 0, 0.056, 0.125, 0.194, 0.336 max_d=0.336 avg_d=0.125 std_dev=0.069
N9 A 0, 0.137, 0.238, 0.340, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.238 std_dev=0.102
N1 A 0, 0.064, 0.167, 0.271, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.167 std_dev=0.103
C6 B 0, 0.157, 0.272, 0.387, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.272 std_dev=0.115
C2 B 0, 0.166, 0.292, 0.417, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.292 std_dev=0.125
C2 A 0, 0.157, 0.295, 0.433, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.295 std_dev=0.138
C1' A 0, 0.124, 0.271, 0.418, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.271 std_dev=0.147
N3 B 0, 0.234, 0.390, 0.545, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.390 std_dev=0.155
N3 A 0, 0.115, 0.272, 0.430, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.272 std_dev=0.157
C2' A 0, 0.179, 0.358, 0.536, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.358 std_dev=0.179
C4 B 0, 0.133, 0.318, 0.504, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.318 std_dev=0.185
C3' A 0, 0.218, 0.408, 0.599, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.408 std_dev=0.191
C5 B 0, 0.111, 0.301, 0.492, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.301 std_dev=0.191
C1' B 0, 0.111, 0.312, 0.513, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.312 std_dev=0.201
C5 A 0, 0.114, 0.331, 0.547, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.331 std_dev=0.217
O4' A 0, 0.208, 0.427, 0.646, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.427 std_dev=0.219
C6 A 0, 0.087, 0.311, 0.535, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.311 std_dev=0.224
C4' A 0, 0.138, 0.384, 0.631, 1.293 max_d=1.293 avg_d=0.384 std_dev=0.246
O2 B 0, 0.214, 0.489, 0.764, 1.167 max_d=1.167 avg_d=0.489 std_dev=0.275
C8 A 0, 0.223, 0.508, 0.794, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.508 std_dev=0.286
O2' A 0, 0.271, 0.580, 0.889, 1.421 max_d=1.421 avg_d=0.580 std_dev=0.309
N4 B 0, 0.194, 0.505, 0.815, 1.488 max_d=1.488 avg_d=0.505 std_dev=0.311
O3' A 0, 0.326, 0.639, 0.951, 1.377 max_d=1.377 avg_d=0.639 std_dev=0.312
C2' B 0, 0.167, 0.507, 0.847, 2.425 max_d=2.425 avg_d=0.507 std_dev=0.340
O4' B 0, 0.126, 0.469, 0.813, 2.220 max_d=2.220 avg_d=0.469 std_dev=0.344
N7 A 0, 0.210, 0.591, 0.973, 1.496 max_d=1.496 avg_d=0.591 std_dev=0.382
O2' B 0, 0.322, 0.716, 1.109, 2.579 max_d=2.579 avg_d=0.716 std_dev=0.393
N6 A 0, 0.115, 0.538, 0.962, 1.506 max_d=1.506 avg_d=0.538 std_dev=0.424
C5' A 0, 0.224, 0.649, 1.074, 2.432 max_d=2.432 avg_d=0.649 std_dev=0.425
C4' B 0, 0.171, 0.652, 1.132, 3.448 max_d=3.448 avg_d=0.652 std_dev=0.480
C3' B 0, 0.355, 0.836, 1.317, 3.772 max_d=3.772 avg_d=0.836 std_dev=0.481
O5' A 0, 0.370, 0.923, 1.475, 2.766 max_d=2.766 avg_d=0.923 std_dev=0.552
C5' B 0, 0.241, 0.900, 1.559, 5.711 max_d=5.711 avg_d=0.900 std_dev=0.659
O5' B 0, 0.328, 1.000, 1.673, 6.278 max_d=6.278 avg_d=1.000 std_dev=0.673
P A 0, 0.417, 1.129, 1.842, 3.928 max_d=3.928 avg_d=1.129 std_dev=0.713
OP1 A 0, 0.550, 1.370, 2.190, 4.227 max_d=4.227 avg_d=1.370 std_dev=0.820
O3' B 0, 0.450, 1.372, 2.294, 5.364 max_d=5.364 avg_d=1.372 std_dev=0.922
OP2 A 0, 0.369, 1.303, 2.237, 6.662 max_d=6.662 avg_d=1.303 std_dev=0.934
P B 0, 0.342, 1.517, 2.691, 8.598 max_d=8.598 avg_d=1.517 std_dev=1.174
OP1 B 0, 0.501, 1.734, 2.968, 10.805 max_d=10.805 avg_d=1.734 std_dev=1.234
OP2 B 0, 0.258, 1.802, 3.347, 9.162 max_d=9.162 avg_d=1.802 std_dev=1.545

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.17 0.21 0.24 0.17
C2 0.03 0.00 0.15 0.19 0.01 0.09 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.24 0.03 0.40 0.46 0.63 0.46
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.08 0.01 0.05 0.02 0.07 0.07 0.12 0.15 0.06 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.18 0.20 0.23 0.18
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.11 0.00 0.08 0.02 0.11 0.12 0.16 0.18 0.10 0.09 0.05 0.02 0.01 0.01 0.22 0.27 0.23 0.20
C4 0.01 0.01 0.08 0.11 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.12 0.02 0.39 0.44 0.56 0.43
C4' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.04 0.04 0.02 0.00 0.02 0.14 0.19 0.04
C5 0.01 0.01 0.05 0.08 0.00 0.06 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.10 0.02 0.47 0.56 0.72 0.54
C5' 0.03 0.15 0.02 0.02 0.13 0.01 0.16 0.00 0.18 0.16 0.17 0.13 0.19 0.18 0.10 0.04 0.03 0.02 0.01 0.18 0.28 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.11 0.01 0.07 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.14 0.03 0.49 0.60 0.79 0.58
C8 0.01 0.01 0.07 0.12 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.13 0.03 0.45 0.51 0.58 0.46
N1 0.02 0.00 0.12 0.16 0.01 0.08 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.20 0.03 0.45 0.55 0.75 0.54
N3 0.03 0.00 0.15 0.18 0.00 0.08 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.21 0.03 0.35 0.39 0.53 0.39
N6 0.02 0.01 0.06 0.10 0.01 0.08 0.01 0.19 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.08 0.13 0.03 0.53 0.67 0.89 0.65
N7 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01 0.08 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.11 0.03 0.50 0.61 0.75 0.57
N9 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.34 0.38 0.44 0.35
O2' 0.02 0.15 0.01 0.02 0.08 0.04 0.06 0.04 0.09 0.04 0.12 0.14 0.08 0.04 0.03 0.00 0.06 0.04 0.07 0.16 0.18 0.09
O3' 0.02 0.24 0.02 0.01 0.12 0.02 0.10 0.03 0.14 0.13 0.20 0.21 0.13 0.11 0.05 0.06 0.00 0.02 0.20 0.37 0.33 0.21
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.11 0.18 0.23 0.13
O5' 0.17 0.40 0.18 0.22 0.39 0.02 0.47 0.01 0.49 0.45 0.45 0.35 0.53 0.50 0.34 0.07 0.20 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.21 0.46 0.20 0.27 0.44 0.14 0.56 0.18 0.60 0.51 0.55 0.39 0.67 0.61 0.38 0.16 0.37 0.18 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.63 0.23 0.23 0.56 0.19 0.72 0.28 0.79 0.58 0.75 0.53 0.89 0.75 0.44 0.18 0.33 0.23 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.46 0.18 0.20 0.43 0.04 0.54 0.01 0.58 0.46 0.54 0.39 0.65 0.57 0.35 0.09 0.21 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.36 0.30 0.51 0.62 0.22 0.43 0.25 0.47 0.29 0.32 0.24 0.21 0.34 0.55 0.64 0.34 0.60 0.96 0.61 0.76
C2 0.17 0.19 0.23 0.38 0.14 0.19 0.16 0.34 0.15 0.16 0.19 0.15 0.24 0.35 0.36 0.17 0.44 0.95 0.63 0.50
C2' 0.14 0.12 0.18 0.24 0.18 0.15 0.19 0.30 0.16 0.13 0.13 0.22 0.16 0.39 0.23 0.19 0.48 0.77 0.80 0.65
C3' 0.19 0.16 0.20 0.23 0.20 0.21 0.22 0.35 0.20 0.17 0.15 0.23 0.19 0.39 0.26 0.27 0.50 0.76 0.87 0.69
C4 0.22 0.19 0.38 0.54 0.15 0.31 0.19 0.41 0.20 0.20 0.15 0.16 0.22 0.43 0.55 0.21 0.55 1.01 0.46 0.66
C4' 0.27 0.20 0.45 0.51 0.16 0.35 0.16 0.39 0.18 0.21 0.16 0.19 0.26 0.52 0.55 0.27 0.54 0.85 0.81 0.76
C5 0.22 0.18 0.41 0.59 0.15 0.34 0.20 0.44 0.21 0.20 0.15 0.15 0.21 0.43 0.63 0.23 0.58 1.07 0.41 0.69
C5' 0.28 0.20 0.51 0.58 0.16 0.41 0.17 0.44 0.19 0.22 0.15 0.20 0.25 0.55 0.65 0.29 0.57 0.88 0.82 0.80
C6 0.18 0.16 0.33 0.53 0.14 0.28 0.19 0.41 0.19 0.17 0.15 0.15 0.21 0.38 0.56 0.20 0.54 1.06 0.46 0.63
C8 0.33 0.25 0.55 0.72 0.19 0.47 0.24 0.53 0.28 0.28 0.19 0.19 0.28 0.55 0.78 0.33 0.67 1.08 0.46 0.80
N1 0.17 0.18 0.25 0.43 0.14 0.21 0.18 0.36 0.17 0.16 0.17 0.15 0.23 0.34 0.43 0.19 0.47 1.00 0.59 0.53
N3 0.18 0.18 0.27 0.42 0.14 0.22 0.15 0.35 0.15 0.16 0.17 0.14 0.22 0.38 0.40 0.17 0.48 0.95 0.57 0.57
N6 0.19 0.16 0.36 0.57 0.14 0.31 0.20 0.44 0.20 0.17 0.15 0.15 0.21 0.38 0.62 0.22 0.57 1.11 0.46 0.66
N7 0.28 0.21 0.51 0.70 0.17 0.44 0.23 0.52 0.25 0.25 0.16 0.17 0.24 0.50 0.76 0.29 0.66 1.11 0.40 0.78
N9 0.30 0.24 0.48 0.63 0.19 0.41 0.23 0.47 0.25 0.26 0.19 0.19 0.27 0.51 0.66 0.29 0.61 1.02 0.49 0.75
O2' 0.16 0.13 0.21 0.23 0.16 0.15 0.15 0.28 0.13 0.13 0.12 0.21 0.20 0.44 0.25 0.17 0.47 0.69 0.91 0.67
O3' 0.45 0.36 0.39 0.38 0.29 0.47 0.36 0.56 0.40 0.40 0.28 0.27 0.40 0.58 0.51 0.52 0.65 0.73 1.10 0.80
O4' 0.49 0.38 0.69 0.79 0.25 0.60 0.31 0.60 0.38 0.42 0.28 0.22 0.44 0.70 0.85 0.48 0.71 1.01 0.70 0.87
O5' 0.24 0.21 0.48 0.58 0.24 0.36 0.24 0.40 0.22 0.21 0.21 0.29 0.24 0.47 0.65 0.26 0.56 0.90 0.68 0.75
OP1 0.35 0.27 0.58 0.65 0.25 0.44 0.25 0.40 0.25 0.28 0.24 0.30 0.33 0.56 0.73 0.34 0.49 0.80 0.70 0.68
OP2 0.32 0.26 0.50 0.60 0.34 0.41 0.36 0.45 0.31 0.28 0.27 0.43 0.31 0.48 0.66 0.36 0.59 0.96 0.72 0.79
P 0.25 0.21 0.50 0.61 0.25 0.38 0.25 0.41 0.23 0.22 0.21 0.31 0.24 0.47 0.69 0.27 0.57 0.91 0.71 0.78

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.27 0.00 0.24 0.31 0.50 0.29
C2 0.02 0.00 0.10 0.12 0.01 0.05 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.32 0.15 0.06 0.45 0.61 0.73 0.55
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.01 0.08 0.21 0.10 0.02 0.08 0.06 0.18 0.00 0.03 0.01 0.44 0.46 0.97 0.65
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.26 0.00 0.34 0.02 0.33 0.17 0.17 0.28 0.13 0.02 0.01 0.01 0.10 0.20 0.53 0.20
C4 0.01 0.01 0.05 0.26 0.00 0.06 0.00 0.24 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.25 0.15 0.03 0.34 0.69 0.69 0.36
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.03 0.05 0.07 0.07 0.26 0.03 0.00 0.02 0.09 0.34 0.06
C5 0.01 0.01 0.08 0.34 0.00 0.08 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.23 0.05 0.21 0.66 0.78 0.21
C5' 0.10 0.24 0.21 0.02 0.24 0.01 0.18 0.00 0.14 0.17 0.26 0.26 0.26 0.07 0.21 0.02 0.01 0.15 0.35 0.01
C6 0.01 0.01 0.10 0.33 0.01 0.08 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.18 0.06 0.17 0.55 0.58 0.18
N1 0.01 0.01 0.02 0.17 0.01 0.03 0.01 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.09 0.01 0.29 0.47 0.48 0.31
N3 0.01 0.00 0.08 0.17 0.00 0.05 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.33 0.10 0.05 0.45 0.70 0.72 0.55
N4 0.02 0.01 0.06 0.28 0.00 0.07 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.27 0.19 0.03 0.35 0.76 0.78 0.37
O2 0.03 0.01 0.18 0.13 0.01 0.07 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.43 0.30 0.10 0.52 0.63 0.96 0.71
O2' 0.02 0.32 0.00 0.02 0.25 0.26 0.14 0.07 0.08 0.14 0.33 0.27 0.43 0.00 0.06 0.17 0.32 0.35 1.10 0.62
O3' 0.27 0.15 0.03 0.01 0.15 0.03 0.23 0.21 0.18 0.09 0.10 0.19 0.30 0.06 0.00 0.25 0.29 0.50 0.39 0.20
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.02 0.06 0.01 0.05 0.03 0.10 0.17 0.25 0.00 0.09 0.28 0.18 0.11
O5' 0.24 0.45 0.44 0.10 0.34 0.02 0.21 0.01 0.17 0.29 0.45 0.35 0.52 0.32 0.29 0.09 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.31 0.61 0.46 0.20 0.69 0.09 0.66 0.15 0.55 0.47 0.70 0.76 0.63 0.35 0.50 0.28 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.50 0.73 0.97 0.53 0.69 0.34 0.78 0.35 0.58 0.48 0.72 0.78 0.96 1.10 0.39 0.18 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.29 0.55 0.65 0.20 0.36 0.06 0.21 0.01 0.18 0.31 0.55 0.37 0.71 0.62 0.20 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00