ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 14034

back

Distances from reference structure (by RMSD)

44, 102, 79, 10, 15, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.042, 0.079, 0.116, 0.244 max_d=0.244 avg_d=0.079 std_dev=0.037
C5 A 0, 0.097, 0.148, 0.199, 0.375 max_d=0.375 avg_d=0.148 std_dev=0.051
N1 B 0, 0.021, 0.079, 0.136, 0.305 max_d=0.305 avg_d=0.079 std_dev=0.057
N3 A 0, 0.069, 0.127, 0.184, 0.383 max_d=0.383 avg_d=0.127 std_dev=0.058
C2 A 0, 0.095, 0.171, 0.248, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.171 std_dev=0.076
N9 A 0, 0.073, 0.159, 0.245, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.159 std_dev=0.086
C6 A 0, 0.047, 0.145, 0.242, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.145 std_dev=0.097
N7 A 0, 0.168, 0.271, 0.375, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.271 std_dev=0.104
C8 A 0, 0.162, 0.270, 0.378, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.270 std_dev=0.108
N1 A 0, 0.035, 0.147, 0.259, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.147 std_dev=0.112
C6 B 0, 0.088, 0.205, 0.322, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.205 std_dev=0.117
N3 B 0, 0.106, 0.237, 0.369, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.237 std_dev=0.132
C2 B 0, 0.104, 0.241, 0.378, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.241 std_dev=0.137
C4 B 0, 0.044, 0.187, 0.331, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.187 std_dev=0.143
C1' A 0, 0.018, 0.167, 0.316, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.167 std_dev=0.149
C1' B 0, 0.015, 0.175, 0.335, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.175 std_dev=0.160
N6 A 0, 0.083, 0.247, 0.412, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.247 std_dev=0.164
C5 B 0, 0.089, 0.262, 0.434, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.262 std_dev=0.173
O4 B 0, 0.067, 0.284, 0.501, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.284 std_dev=0.217
O2 B 0, 0.180, 0.442, 0.705, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.442 std_dev=0.263
O4' B 0, 0.152, 0.490, 0.827, 2.535 max_d=2.535 avg_d=0.490 std_dev=0.338
C2' B 0, 0.234, 0.586, 0.937, 3.090 max_d=3.090 avg_d=0.586 std_dev=0.352
C4' B 0, 0.232, 0.762, 1.292, 3.662 max_d=3.662 avg_d=0.762 std_dev=0.530
O4' A 0, 0.056, 0.591, 1.127, 2.438 max_d=2.438 avg_d=0.591 std_dev=0.535
C2' A 0, 0.059, 0.596, 1.133, 2.723 max_d=2.723 avg_d=0.596 std_dev=0.537
O2' B 0, 0.336, 0.884, 1.431, 4.426 max_d=4.426 avg_d=0.884 std_dev=0.548
C3' B 0, 0.272, 0.881, 1.490, 4.086 max_d=4.086 avg_d=0.881 std_dev=0.609
O2' A 0, 0.059, 0.831, 1.602, 3.221 max_d=3.221 avg_d=0.831 std_dev=0.772
C5' B 0, 0.372, 1.168, 1.963, 6.637 max_d=6.637 avg_d=1.168 std_dev=0.795
O5' B 0, 0.484, 1.329, 2.174, 7.555 max_d=7.555 avg_d=1.329 std_dev=0.845
C3' A 0, 0.031, 0.883, 1.736, 3.675 max_d=3.675 avg_d=0.883 std_dev=0.853
C4' A 0, -0.007, 0.864, 1.734, 3.739 max_d=3.739 avg_d=0.864 std_dev=0.871
O3' B 0, 0.418, 1.339, 2.260, 4.463 max_d=4.463 avg_d=1.339 std_dev=0.921
O5' A 0, 0.035, 1.087, 2.138, 6.741 max_d=6.741 avg_d=1.087 std_dev=1.051
C5' A 0, 0.042, 1.161, 2.281, 5.286 max_d=5.286 avg_d=1.161 std_dev=1.119
O3' A 0, 0.067, 1.231, 2.396, 4.002 max_d=4.002 avg_d=1.231 std_dev=1.164
P B 0, 0.600, 1.901, 3.202, 9.740 max_d=9.740 avg_d=1.901 std_dev=1.301
P A 0, -0.073, 1.311, 2.694, 8.971 max_d=8.971 avg_d=1.311 std_dev=1.384
OP2 A 0, -0.066, 1.348, 2.763, 9.911 max_d=9.911 avg_d=1.348 std_dev=1.415
OP1 A 0, -0.054, 1.797, 3.648, 9.720 max_d=9.720 avg_d=1.797 std_dev=1.851
OP2 B 0, 0.554, 2.498, 4.442, 10.427 max_d=10.427 avg_d=2.498 std_dev=1.944
OP1 B 0, 1.418, 3.446, 5.474, 9.550 max_d=9.550 avg_d=3.446 std_dev=2.028

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.36 0.01 0.18 0.16 0.19 0.17
C2 0.04 0.00 0.31 0.20 0.01 0.15 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.39 0.27 0.13 0.16 0.37 0.17
C2' 0.00 0.31 0.00 0.01 0.18 0.01 0.11 0.21 0.17 0.13 0.26 0.30 0.14 0.07 0.03 0.00 0.04 0.02 0.44 0.40 0.64 0.49
C3' 0.01 0.20 0.01 0.00 0.25 0.01 0.38 0.02 0.37 0.42 0.29 0.15 0.44 0.46 0.26 0.02 0.01 0.02 0.10 0.14 0.15 0.10
C4 0.02 0.01 0.18 0.25 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.15 0.21 0.14 0.15 0.13 0.29 0.15
C4' 0.01 0.15 0.01 0.01 0.04 0.00 0.12 0.01 0.08 0.28 0.08 0.15 0.13 0.25 0.10 0.32 0.02 0.01 0.02 0.10 0.08 0.03
C5 0.01 0.01 0.11 0.38 0.01 0.12 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.28 0.13 0.06 0.27 0.26 0.51 0.29
C5' 0.07 0.19 0.21 0.02 0.09 0.01 0.14 0.00 0.13 0.28 0.14 0.19 0.18 0.27 0.08 0.11 0.25 0.01 0.01 0.11 0.08 0.02
C6 0.02 0.01 0.17 0.37 0.01 0.08 0.01 0.13 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.24 0.14 0.12 0.26 0.27 0.59 0.30
C8 0.02 0.01 0.13 0.42 0.01 0.28 0.01 0.28 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.41 0.23 0.17 0.37 0.32 0.42 0.34
N1 0.03 0.01 0.26 0.29 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.15 0.25 0.21 0.17 0.19 0.50 0.22
N3 0.04 0.01 0.30 0.15 0.00 0.15 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.43 0.27 0.13 0.15 0.27 0.14
N6 0.03 0.01 0.14 0.44 0.02 0.13 0.02 0.18 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.31 0.17 0.08 0.35 0.39 0.74 0.41
N7 0.01 0.01 0.07 0.46 0.01 0.25 0.01 0.27 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.42 0.26 0.09 0.41 0.40 0.62 0.43
N9 0.00 0.01 0.03 0.26 0.01 0.10 0.01 0.08 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.21 0.13 0.01 0.17 0.12 0.20 0.15
O2' 0.02 0.15 0.00 0.02 0.15 0.32 0.28 0.11 0.24 0.41 0.15 0.16 0.31 0.42 0.21 0.00 0.10 0.23 0.32 0.25 0.74 0.41
O3' 0.36 0.39 0.04 0.01 0.21 0.02 0.13 0.25 0.14 0.23 0.25 0.43 0.17 0.26 0.13 0.10 0.00 0.24 0.31 0.53 0.34 0.38
O4' 0.01 0.27 0.02 0.02 0.14 0.01 0.06 0.01 0.12 0.17 0.21 0.27 0.08 0.09 0.01 0.23 0.24 0.00 0.10 0.11 0.16 0.11
O5' 0.18 0.13 0.44 0.10 0.15 0.02 0.27 0.01 0.26 0.37 0.17 0.13 0.35 0.41 0.17 0.32 0.31 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.16 0.16 0.40 0.14 0.13 0.10 0.26 0.11 0.27 0.32 0.19 0.15 0.39 0.40 0.12 0.25 0.53 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.37 0.64 0.15 0.29 0.08 0.51 0.08 0.59 0.42 0.50 0.27 0.74 0.62 0.20 0.74 0.34 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.17 0.49 0.10 0.15 0.03 0.29 0.02 0.30 0.34 0.22 0.14 0.41 0.43 0.15 0.41 0.38 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.15 0.48 0.43 0.18 0.30 0.18 0.41 0.18 0.17 0.16 0.16 0.43 0.56 0.20 0.33 0.51 0.71 0.96 0.54
C2 0.14 0.14 0.25 0.37 0.14 0.20 0.14 0.30 0.13 0.13 0.11 0.19 0.27 0.31 0.20 0.17 0.51 1.14 1.09 0.61
C2' 0.26 0.33 0.47 0.32 0.54 0.32 0.53 0.44 0.46 0.35 0.45 0.24 0.58 0.56 0.59 0.45 0.44 0.99 0.98 0.64
C3' 0.70 0.45 1.20 1.10 0.23 0.81 0.31 0.81 0.43 0.52 0.26 0.61 1.30 1.28 0.24 0.58 0.88 0.79 1.13 0.81
C4 0.17 0.14 0.36 0.41 0.12 0.25 0.11 0.35 0.12 0.14 0.11 0.19 0.27 0.44 0.18 0.24 0.52 0.91 1.07 0.57
C4' 0.77 0.57 1.29 1.25 0.44 0.94 0.54 0.99 0.64 0.66 0.43 0.59 1.26 1.43 0.36 0.71 1.10 0.88 1.29 1.02
C5 0.19 0.15 0.37 0.45 0.12 0.27 0.11 0.38 0.12 0.14 0.11 0.21 0.30 0.48 0.18 0.24 0.57 0.95 1.16 0.64
C5' 0.83 0.58 1.39 1.42 0.49 1.09 0.62 1.16 0.72 0.72 0.46 0.56 1.35 1.66 0.41 0.81 1.25 1.07 1.44 1.19
C6 0.17 0.14 0.32 0.44 0.13 0.26 0.14 0.37 0.13 0.14 0.10 0.22 0.30 0.43 0.20 0.20 0.59 1.08 1.23 0.69
C8 0.22 0.16 0.46 0.49 0.13 0.33 0.13 0.44 0.15 0.18 0.14 0.21 0.36 0.61 0.18 0.32 0.57 0.78 1.10 0.61
N1 0.16 0.14 0.26 0.40 0.15 0.23 0.17 0.34 0.14 0.13 0.11 0.20 0.30 0.36 0.22 0.17 0.57 1.17 1.20 0.69
N3 0.14 0.13 0.29 0.36 0.12 0.19 0.11 0.29 0.10 0.12 0.10 0.18 0.24 0.33 0.18 0.19 0.47 1.01 1.02 0.53
N6 0.19 0.15 0.33 0.47 0.15 0.28 0.17 0.41 0.14 0.14 0.10 0.23 0.33 0.47 0.22 0.21 0.63 1.12 1.31 0.75
N7 0.21 0.16 0.43 0.49 0.12 0.32 0.12 0.43 0.14 0.16 0.12 0.22 0.33 0.58 0.17 0.29 0.59 0.87 1.17 0.65
N9 0.19 0.15 0.43 0.44 0.14 0.29 0.14 0.40 0.15 0.16 0.14 0.18 0.34 0.53 0.18 0.30 0.53 0.79 1.03 0.56
O2' 0.88 0.74 0.68 0.69 0.74 0.97 0.87 1.04 0.92 0.87 0.66 0.65 0.79 0.80 0.65 1.08 0.90 1.52 1.31 1.14
O3' 1.33 1.14 1.75 1.59 0.79 1.30 0.90 1.26 1.05 1.18 0.89 1.32 1.83 1.69 0.64 1.12 1.36 1.10 1.44 1.22
O4' 0.55 0.47 0.92 0.94 0.46 0.71 0.52 0.82 0.56 0.54 0.43 0.42 0.75 1.04 0.41 0.58 0.95 0.75 1.28 0.91
O5' 0.74 0.50 1.25 1.30 0.39 0.99 0.51 1.06 0.61 0.63 0.38 0.50 1.21 1.52 0.32 0.73 1.15 0.98 1.42 1.10
OP1 0.96 0.61 1.55 1.66 0.49 1.30 0.66 1.38 0.79 0.79 0.46 0.60 1.55 1.98 0.40 0.96 1.44 1.33 1.62 1.39
OP2 0.72 0.47 1.19 1.24 0.43 0.97 0.51 1.04 0.58 0.59 0.38 0.47 1.18 1.48 0.44 0.72 1.10 0.98 1.44 1.08
P 0.78 0.51 1.29 1.37 0.43 1.06 0.56 1.15 0.66 0.65 0.39 0.49 1.24 1.63 0.36 0.78 1.23 1.07 1.53 1.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.19 0.02 0.01 0.10 0.42 0.59 0.19
C2 0.02 0.00 0.17 0.19 0.01 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.13 0.01 0.12 0.27 0.78 0.75 0.32
C2' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.07 0.02 0.15 0.13 0.18 0.03 0.12 0.31 0.01 0.02 0.08 0.02 0.27 0.36 0.52 0.33
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.29 0.01 0.32 0.02 0.28 0.17 0.24 0.21 0.02 0.01 0.31 0.02 0.10 0.30 0.27 0.17
C4 0.02 0.01 0.07 0.29 0.00 0.14 0.01 0.23 0.01 0.02 0.01 0.02 0.25 0.21 0.00 0.04 0.43 1.16 0.95 0.50
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.14 0.00 0.20 0.01 0.20 0.08 0.08 0.14 0.20 0.03 0.15 0.01 0.02 0.25 0.41 0.08
C5 0.02 0.01 0.15 0.32 0.01 0.20 0.00 0.30 0.01 0.01 0.01 0.02 0.32 0.28 0.01 0.11 0.49 1.19 0.92 0.54
C5' 0.06 0.15 0.13 0.02 0.23 0.01 0.30 0.00 0.27 0.13 0.17 0.21 0.08 0.14 0.25 0.01 0.01 0.39 0.43 0.02
C6 0.02 0.01 0.18 0.28 0.01 0.20 0.01 0.27 0.00 0.01 0.01 0.01 0.30 0.24 0.01 0.14 0.42 0.95 0.78 0.42
N1 0.01 0.01 0.03 0.17 0.02 0.08 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.10 0.02 0.02 0.24 0.71 0.69 0.27
N3 0.02 0.00 0.12 0.24 0.01 0.08 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.13 0.01 0.08 0.35 0.98 0.86 0.40
O2 0.04 0.01 0.31 0.21 0.02 0.14 0.02 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00 0.25 0.26 0.02 0.20 0.29 0.68 0.74 0.35
O2' 0.02 0.13 0.01 0.02 0.25 0.20 0.32 0.08 0.30 0.14 0.16 0.25 0.00 0.06 0.26 0.14 0.20 0.37 0.53 0.30
O3' 0.19 0.13 0.02 0.01 0.21 0.03 0.28 0.14 0.24 0.10 0.13 0.26 0.06 0.00 0.24 0.13 0.17 0.50 0.31 0.20
O4 0.02 0.01 0.08 0.31 0.00 0.15 0.01 0.25 0.01 0.02 0.01 0.02 0.26 0.24 0.00 0.04 0.47 1.26 1.03 0.56
O4' 0.01 0.12 0.02 0.02 0.04 0.01 0.11 0.01 0.14 0.02 0.08 0.20 0.14 0.13 0.04 0.00 0.11 0.40 0.73 0.27
O5' 0.10 0.27 0.27 0.10 0.43 0.02 0.49 0.01 0.42 0.24 0.35 0.29 0.20 0.17 0.47 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.42 0.78 0.36 0.30 1.16 0.25 1.19 0.39 0.95 0.71 0.98 0.68 0.37 0.50 1.26 0.40 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.59 0.75 0.52 0.27 0.95 0.41 0.92 0.43 0.78 0.69 0.86 0.74 0.53 0.31 1.03 0.73 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.32 0.33 0.17 0.50 0.08 0.54 0.02 0.42 0.27 0.40 0.35 0.30 0.20 0.56 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00