ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 14690

back

Distances from reference structure (by RMSD)

18, 148, 130, 69, 42, 34, 21, 20, 6, 5, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.058, 0.170, 0.282, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.170 std_dev=0.112
C4 B 0, 0.066, 0.186, 0.307, 0.720 max_d=0.720 avg_d=0.186 std_dev=0.121
C5 A 0, 0.093, 0.263, 0.432, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.263 std_dev=0.170
N3 B 0, 0.062, 0.265, 0.469, 2.018 max_d=2.018 avg_d=0.265 std_dev=0.204
N9 A 0, 0.036, 0.245, 0.455, 1.545 max_d=1.545 avg_d=0.245 std_dev=0.210
N3 A 0, 0.059, 0.275, 0.491, 1.674 max_d=1.674 avg_d=0.275 std_dev=0.216
C6 A 0, 0.106, 0.336, 0.567, 1.546 max_d=1.546 avg_d=0.336 std_dev=0.231
C5 B 0, 0.076, 0.314, 0.552, 2.526 max_d=2.526 avg_d=0.314 std_dev=0.238
N9 B 0, 0.031, 0.273, 0.514, 2.919 max_d=2.919 avg_d=0.273 std_dev=0.242
N1 A 0, 0.044, 0.321, 0.599, 2.318 max_d=2.318 avg_d=0.321 std_dev=0.277
C2 A 0, 0.037, 0.329, 0.620, 2.434 max_d=2.434 avg_d=0.329 std_dev=0.291
C2 B 0, 0.055, 0.354, 0.652, 3.385 max_d=3.385 avg_d=0.354 std_dev=0.299
C6 B 0, 0.077, 0.376, 0.675, 3.924 max_d=3.924 avg_d=0.376 std_dev=0.299
C1' A 0, 0.065, 0.369, 0.672, 2.360 max_d=2.360 avg_d=0.369 std_dev=0.303
N1 B 0, 0.056, 0.361, 0.667, 4.030 max_d=4.030 avg_d=0.361 std_dev=0.306
N7 A 0, 0.097, 0.407, 0.718, 1.925 max_d=1.925 avg_d=0.407 std_dev=0.311
C8 A 0, 0.044, 0.365, 0.686, 2.212 max_d=2.212 avg_d=0.365 std_dev=0.321
C1' B 0, -0.007, 0.322, 0.651, 4.686 max_d=4.686 avg_d=0.322 std_dev=0.329
O6 A 0, 0.152, 0.497, 0.843, 2.275 max_d=2.275 avg_d=0.497 std_dev=0.346
C2' A 0, 0.081, 0.461, 0.842, 3.562 max_d=3.562 avg_d=0.461 std_dev=0.381
O4' A 0, 0.068, 0.458, 0.847, 4.940 max_d=4.940 avg_d=0.458 std_dev=0.389
C8 B 0, 0.049, 0.447, 0.845, 4.485 max_d=4.485 avg_d=0.447 std_dev=0.398
C2' B 0, -0.070, 0.332, 0.734, 6.195 max_d=6.195 avg_d=0.332 std_dev=0.402
N7 B 0, 0.074, 0.481, 0.887, 4.471 max_d=4.471 avg_d=0.481 std_dev=0.407
O6 B 0, 0.097, 0.537, 0.978, 6.022 max_d=6.022 avg_d=0.537 std_dev=0.441
C4' A 0, 0.088, 0.539, 0.990, 6.559 max_d=6.559 avg_d=0.539 std_dev=0.451
N2 A 0, 0.061, 0.515, 0.968, 3.737 max_d=3.737 avg_d=0.515 std_dev=0.454
C3' A 0, 0.098, 0.556, 1.013, 6.182 max_d=6.182 avg_d=0.556 std_dev=0.457
N2 B 0, 0.060, 0.553, 1.047, 5.665 max_d=5.665 avg_d=0.553 std_dev=0.494
O4' B 0, -0.029, 0.504, 1.036, 6.509 max_d=6.509 avg_d=0.504 std_dev=0.533
O2' B 0, -0.021, 0.513, 1.047, 7.911 max_d=7.911 avg_d=0.513 std_dev=0.534
C3' B 0, -0.132, 0.450, 1.033, 7.936 max_d=7.936 avg_d=0.450 std_dev=0.582
O5' A 0, 0.001, 0.605, 1.210, 9.077 max_d=9.077 avg_d=0.605 std_dev=0.604
O2' A 0, 0.098, 0.703, 1.308, 4.638 max_d=4.638 avg_d=0.703 std_dev=0.605
C5' A 0, 0.048, 0.655, 1.262, 9.185 max_d=9.185 avg_d=0.655 std_dev=0.607
O3' A 0, 0.209, 0.844, 1.480, 7.963 max_d=7.963 avg_d=0.844 std_dev=0.635
C4' B 0, -0.099, 0.554, 1.207, 8.734 max_d=8.734 avg_d=0.554 std_dev=0.653
O3' B 0, -0.209, 0.550, 1.310, 9.916 max_d=9.916 avg_d=0.550 std_dev=0.759
P A 0, -0.143, 0.632, 1.406, 11.698 max_d=11.698 avg_d=0.632 std_dev=0.774
OP2 A 0, -0.021, 0.782, 1.584, 11.153 max_d=11.153 avg_d=0.782 std_dev=0.802
OP1 A 0, -0.094, 0.811, 1.717, 13.260 max_d=13.260 avg_d=0.811 std_dev=0.905
C5' B 0, -0.107, 0.806, 1.720, 10.497 max_d=10.497 avg_d=0.806 std_dev=0.913
O5' B 0, -0.006, 0.982, 1.969, 10.236 max_d=10.236 avg_d=0.982 std_dev=0.988
P B 0, 0.037, 1.302, 2.567, 12.280 max_d=12.280 avg_d=1.302 std_dev=1.265
OP2 B 0, 0.093, 1.522, 2.951, 12.233 max_d=12.233 avg_d=1.522 std_dev=1.429
OP1 B 0, 0.065, 1.525, 2.986, 14.014 max_d=14.014 avg_d=1.525 std_dev=1.460

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.15 0.01 0.18 0.02 0.22 0.27 0.17
C2 0.04 0.00 0.23 0.24 0.01 0.11 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.19 0.25 0.13 0.37 0.02 0.47 0.47 0.39
C2' 0.01 0.23 0.00 0.01 0.12 0.02 0.07 0.10 0.11 0.12 0.18 0.27 0.23 0.08 0.03 0.00 0.03 0.01 0.29 0.09 0.36 0.35 0.29
C3' 0.02 0.24 0.01 0.00 0.18 0.01 0.21 0.03 0.23 0.20 0.24 0.26 0.21 0.22 0.13 0.02 0.01 0.02 0.25 0.24 0.34 0.22 0.22
C4 0.02 0.01 0.12 0.18 0.00 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.11 0.13 0.07 0.35 0.02 0.39 0.40 0.33
C4' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.10 0.15 0.09 0.14 0.10 0.14 0.06 0.16 0.03 0.01 0.02 0.11 0.17 0.23 0.06
C5 0.02 0.01 0.07 0.21 0.01 0.09 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.15 0.15 0.04 0.42 0.02 0.46 0.48 0.41
C5' 0.05 0.18 0.10 0.03 0.15 0.01 0.19 0.00 0.21 0.22 0.19 0.21 0.16 0.24 0.13 0.08 0.11 0.02 0.01 0.24 0.19 0.27 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.23 0.01 0.10 0.01 0.21 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.16 0.18 0.06 0.44 0.01 0.52 0.54 0.45
C8 0.02 0.02 0.12 0.20 0.01 0.15 0.01 0.22 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.21 0.18 0.09 0.42 0.03 0.39 0.42 0.37
N1 0.03 0.01 0.18 0.24 0.01 0.09 0.01 0.19 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.16 0.21 0.10 0.41 0.01 0.51 0.52 0.43
N2 0.05 0.01 0.27 0.26 0.02 0.14 0.02 0.21 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.25 0.31 0.16 0.37 0.02 0.51 0.49 0.41
N3 0.04 0.01 0.23 0.21 0.01 0.10 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.18 0.23 0.13 0.33 0.02 0.41 0.40 0.33
N7 0.01 0.01 0.08 0.22 0.01 0.14 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.21 0.19 0.06 0.47 0.03 0.48 0.52 0.45
N9 0.01 0.02 0.03 0.13 0.01 0.06 0.01 0.13 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.11 0.08 0.02 0.31 0.02 0.31 0.33 0.27
O2' 0.02 0.19 0.00 0.02 0.11 0.16 0.15 0.08 0.16 0.21 0.16 0.25 0.18 0.21 0.11 0.00 0.06 0.11 0.17 0.18 0.30 0.36 0.22
O3' 0.15 0.25 0.03 0.01 0.13 0.03 0.15 0.11 0.18 0.18 0.21 0.31 0.23 0.19 0.08 0.06 0.00 0.10 0.26 0.20 0.44 0.30 0.28
O4' 0.01 0.13 0.01 0.02 0.07 0.01 0.04 0.02 0.06 0.09 0.10 0.16 0.13 0.06 0.02 0.11 0.10 0.00 0.12 0.06 0.17 0.29 0.16
O5' 0.18 0.37 0.29 0.25 0.35 0.02 0.42 0.01 0.44 0.42 0.41 0.37 0.33 0.47 0.31 0.17 0.26 0.12 0.00 0.48 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.09 0.24 0.02 0.11 0.02 0.24 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.18 0.20 0.06 0.48 0.00 0.57 0.60 0.50
OP1 0.22 0.47 0.36 0.34 0.39 0.17 0.46 0.19 0.52 0.39 0.51 0.51 0.41 0.48 0.31 0.30 0.44 0.17 0.02 0.57 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.47 0.35 0.22 0.40 0.23 0.48 0.27 0.54 0.42 0.52 0.49 0.40 0.52 0.33 0.36 0.30 0.29 0.02 0.60 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.39 0.29 0.22 0.33 0.06 0.41 0.02 0.45 0.37 0.43 0.41 0.33 0.45 0.27 0.22 0.28 0.16 0.01 0.50 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.38 0.53 0.33 0.32 0.44 0.29 0.55 0.35 0.60 0.54 0.58 0.62 0.44 0.59 0.43 0.47 0.37 0.37 0.56 0.66 0.66 0.72 0.58
C2 0.55 0.41 0.49 0.51 0.50 0.55 0.60 0.65 0.57 0.69 0.37 0.58 0.45 0.75 0.57 0.57 0.51 0.60 0.81 0.74 1.01 1.03 0.90
C2' 0.34 0.54 0.29 0.30 0.40 0.26 0.50 0.35 0.58 0.49 0.58 0.65 0.43 0.56 0.38 0.43 0.41 0.34 0.55 0.66 0.72 0.73 0.60
C3' 0.27 0.49 0.31 0.34 0.35 0.23 0.45 0.29 0.52 0.42 0.52 0.59 0.39 0.49 0.31 0.46 0.50 0.23 0.48 0.59 0.63 0.66 0.51
C4 0.36 0.33 0.38 0.41 0.28 0.38 0.42 0.49 0.42 0.52 0.32 0.54 0.27 0.58 0.37 0.47 0.44 0.39 0.69 0.56 0.84 0.90 0.75
C4' 0.34 0.52 0.37 0.35 0.39 0.27 0.46 0.27 0.51 0.47 0.52 0.62 0.44 0.51 0.37 0.52 0.48 0.28 0.45 0.57 0.56 0.59 0.46
C5 0.37 0.48 0.44 0.51 0.26 0.47 0.27 0.59 0.25 0.48 0.39 0.65 0.39 0.48 0.35 0.48 0.53 0.42 0.78 0.38 0.94 1.02 0.85
C5' 0.37 0.52 0.48 0.48 0.38 0.41 0.40 0.37 0.45 0.40 0.48 0.62 0.48 0.45 0.34 0.65 0.66 0.32 0.48 0.50 0.57 0.59 0.47
C6 0.47 0.53 0.50 0.56 0.38 0.56 0.37 0.69 0.26 0.59 0.44 0.71 0.46 0.58 0.46 0.53 0.58 0.53 0.86 0.32 1.08 1.14 0.97
C8 0.32 0.57 0.44 0.51 0.35 0.42 0.37 0.49 0.45 0.35 0.52 0.67 0.50 0.40 0.28 0.50 0.57 0.32 0.68 0.50 0.76 0.85 0.70
N1 0.54 0.49 0.52 0.56 0.47 0.58 0.52 0.69 0.42 0.67 0.37 0.68 0.48 0.71 0.55 0.56 0.56 0.59 0.86 0.55 1.08 1.12 0.96
N2 0.64 0.52 0.55 0.57 0.60 0.64 0.70 0.74 0.70 0.76 0.52 0.63 0.55 0.82 0.65 0.63 0.56 0.70 0.87 0.88 1.08 1.08 0.96
N3 0.48 0.32 0.43 0.43 0.43 0.46 0.57 0.55 0.58 0.64 0.39 0.48 0.35 0.70 0.51 0.53 0.44 0.52 0.73 0.74 0.90 0.93 0.79
N7 0.38 0.60 0.49 0.58 0.35 0.53 0.30 0.63 0.42 0.36 0.56 0.70 0.52 0.34 0.32 0.51 0.62 0.42 0.81 0.46 0.92 1.02 0.86
N9 0.28 0.44 0.33 0.37 0.29 0.30 0.43 0.38 0.48 0.45 0.45 0.58 0.34 0.52 0.31 0.44 0.43 0.29 0.60 0.56 0.72 0.79 0.64
O2' 0.49 0.65 0.37 0.31 0.53 0.37 0.60 0.42 0.67 0.58 0.68 0.77 0.57 0.64 0.51 0.51 0.35 0.50 0.59 0.75 0.77 0.77 0.66
O3' 0.31 0.45 0.31 0.33 0.33 0.25 0.42 0.31 0.49 0.43 0.49 0.56 0.37 0.48 0.32 0.48 0.51 0.27 0.48 0.57 0.67 0.67 0.53
O4' 0.39 0.53 0.39 0.37 0.43 0.32 0.51 0.34 0.54 0.54 0.54 0.61 0.45 0.57 0.43 0.52 0.44 0.36 0.53 0.59 0.59 0.66 0.53
O5' 0.37 0.49 0.52 0.61 0.36 0.50 0.37 0.50 0.42 0.35 0.46 0.57 0.46 0.40 0.32 0.61 0.79 0.35 0.59 0.47 0.66 0.66 0.57
O6 0.52 0.64 0.55 0.63 0.45 0.65 0.41 0.79 0.42 0.60 0.61 0.78 0.54 0.57 0.50 0.57 0.65 0.59 0.96 0.40 1.20 1.27 1.09
OP1 0.38 0.37 0.54 0.77 0.23 0.76 0.24 0.84 0.32 0.23 0.34 0.47 0.36 0.28 0.22 0.63 1.06 0.51 0.81 0.40 0.98 0.83 0.82
OP2 0.49 0.47 0.61 0.87 0.42 0.83 0.41 0.96 0.43 0.42 0.44 0.52 0.47 0.42 0.42 0.60 1.01 0.62 1.02 0.47 1.14 1.05 1.02
P 0.46 0.40 0.62 0.85 0.31 0.79 0.26 0.84 0.30 0.29 0.34 0.48 0.41 0.29 0.32 0.66 1.09 0.57 0.84 0.34 0.91 0.82 0.80

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.19 0.02 0.29 0.33 0.20
C2 0.04 0.00 0.21 0.19 0.01 0.14 0.01 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.23 0.25 0.17 0.45 0.02 0.60 0.62 0.49
C2' 0.00 0.21 0.00 0.01 0.11 0.02 0.07 0.05 0.11 0.10 0.17 0.25 0.21 0.07 0.03 0.01 0.02 0.01 0.22 0.10 0.31 0.30 0.20
C3' 0.02 0.19 0.01 0.00 0.13 0.01 0.14 0.03 0.16 0.16 0.18 0.23 0.18 0.16 0.09 0.02 0.01 0.02 0.27 0.17 0.35 0.27 0.22
C4 0.02 0.01 0.11 0.13 0.00 0.08 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.14 0.09 0.41 0.01 0.53 0.56 0.42
C4' 0.01 0.14 0.02 0.01 0.08 0.00 0.09 0.01 0.10 0.13 0.12 0.17 0.13 0.12 0.06 0.09 0.02 0.00 0.02 0.11 0.18 0.27 0.09
C5 0.01 0.01 0.07 0.14 0.01 0.09 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.10 0.15 0.05 0.49 0.01 0.65 0.71 0.53
C5' 0.04 0.27 0.05 0.03 0.19 0.01 0.21 0.00 0.24 0.23 0.26 0.32 0.24 0.24 0.13 0.07 0.07 0.02 0.01 0.26 0.22 0.29 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.16 0.01 0.10 0.01 0.24 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.13 0.18 0.08 0.51 0.01 0.71 0.77 0.58
C8 0.02 0.01 0.10 0.16 0.01 0.13 0.01 0.23 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.11 0.16 0.10 0.50 0.03 0.58 0.64 0.50
N1 0.03 0.01 0.17 0.18 0.01 0.12 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.19 0.22 0.13 0.49 0.02 0.67 0.72 0.55
N2 0.05 0.01 0.25 0.23 0.01 0.17 0.02 0.32 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.29 0.31 0.20 0.46 0.03 0.62 0.62 0.52
N3 0.04 0.01 0.21 0.18 0.01 0.13 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.22 0.16 0.39 0.02 0.52 0.53 0.42
N7 0.01 0.02 0.07 0.16 0.01 0.12 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.10 0.17 0.06 0.54 0.03 0.70 0.77 0.59
N9 0.01 0.02 0.03 0.09 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.08 0.02 0.36 0.02 0.45 0.47 0.35
O2' 0.02 0.23 0.01 0.02 0.12 0.09 0.10 0.07 0.13 0.11 0.19 0.29 0.21 0.10 0.05 0.00 0.05 0.07 0.10 0.13 0.27 0.30 0.17
O3' 0.07 0.25 0.02 0.01 0.14 0.02 0.15 0.07 0.18 0.16 0.22 0.31 0.22 0.17 0.08 0.05 0.00 0.05 0.27 0.19 0.45 0.33 0.26
O4' 0.01 0.17 0.01 0.02 0.09 0.00 0.05 0.02 0.08 0.10 0.13 0.20 0.16 0.06 0.02 0.07 0.05 0.00 0.16 0.07 0.25 0.36 0.21
O5' 0.19 0.45 0.22 0.27 0.41 0.02 0.49 0.01 0.51 0.50 0.49 0.46 0.39 0.54 0.36 0.10 0.27 0.16 0.00 0.55 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.10 0.17 0.01 0.11 0.01 0.26 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.13 0.19 0.07 0.55 0.00 0.78 0.87 0.65
OP1 0.29 0.60 0.31 0.35 0.53 0.18 0.65 0.22 0.71 0.58 0.67 0.62 0.52 0.70 0.45 0.27 0.45 0.25 0.02 0.78 0.00 0.01 0.01
OP2 0.33 0.62 0.30 0.27 0.56 0.27 0.71 0.29 0.77 0.64 0.72 0.62 0.53 0.77 0.47 0.30 0.33 0.36 0.02 0.87 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.49 0.20 0.22 0.42 0.09 0.53 0.02 0.58 0.50 0.55 0.52 0.42 0.59 0.35 0.17 0.26 0.21 0.01 0.65 0.01 0.01 0.00