ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 14691

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 42, 114, 90, 73, 57, 33, 38, 18, 10, 2, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 2, 8,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.107, 0.212, 0.316, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.212 std_dev=0.104
C4 B 0, 0.088, 0.204, 0.320, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.204 std_dev=0.116
N3 A 0, 0.125, 0.361, 0.598, 1.677 max_d=1.677 avg_d=0.361 std_dev=0.237
C5 A 0, 0.093, 0.370, 0.646, 1.966 max_d=1.966 avg_d=0.370 std_dev=0.276
N9 A 0, 0.025, 0.310, 0.596, 2.143 max_d=2.143 avg_d=0.310 std_dev=0.286
N3 B 0, 0.075, 0.377, 0.679, 1.979 max_d=1.979 avg_d=0.377 std_dev=0.302
N9 B 0, 0.064, 0.389, 0.715, 2.309 max_d=2.309 avg_d=0.389 std_dev=0.325
C5 B 0, 0.123, 0.457, 0.791, 2.509 max_d=2.509 avg_d=0.457 std_dev=0.334
C2 A 0, 0.082, 0.457, 0.832, 2.707 max_d=2.707 avg_d=0.457 std_dev=0.375
C6 A 0, 0.158, 0.539, 0.920, 2.558 max_d=2.558 avg_d=0.539 std_dev=0.381
N1 A 0, 0.123, 0.517, 0.910, 2.632 max_d=2.632 avg_d=0.517 std_dev=0.394
C1' A 0, 0.120, 0.531, 0.942, 3.472 max_d=3.472 avg_d=0.531 std_dev=0.411
C2 B 0, 0.110, 0.559, 1.008, 2.811 max_d=2.811 avg_d=0.559 std_dev=0.449
C6 B 0, 0.120, 0.575, 1.030, 3.701 max_d=3.701 avg_d=0.575 std_dev=0.455
C2' A 0, 0.245, 0.721, 1.197, 3.650 max_d=3.650 avg_d=0.721 std_dev=0.476
N7 A 0, 0.046, 0.527, 1.009, 3.792 max_d=3.792 avg_d=0.527 std_dev=0.481
N1 B 0, 0.121, 0.606, 1.090, 3.492 max_d=3.492 avg_d=0.606 std_dev=0.485
C8 A 0, -0.049, 0.440, 0.928, 3.861 max_d=3.861 avg_d=0.440 std_dev=0.488
C1' B 0, 0.022, 0.516, 1.010, 3.745 max_d=3.745 avg_d=0.516 std_dev=0.494
O6 A 0, 0.221, 0.790, 1.360, 3.966 max_d=3.966 avg_d=0.790 std_dev=0.570
C8 B 0, 0.114, 0.688, 1.261, 3.429 max_d=3.429 avg_d=0.688 std_dev=0.574
N7 B 0, 0.128, 0.737, 1.346, 4.067 max_d=4.067 avg_d=0.737 std_dev=0.609
O4' A 0, -0.003, 0.613, 1.229, 5.585 max_d=5.585 avg_d=0.613 std_dev=0.616
N2 A 0, 0.070, 0.687, 1.304, 4.668 max_d=4.668 avg_d=0.687 std_dev=0.617
C3' A 0, 0.161, 0.840, 1.520, 6.651 max_d=6.651 avg_d=0.840 std_dev=0.680
O2' A 0, 0.367, 1.055, 1.744, 4.522 max_d=4.522 avg_d=1.055 std_dev=0.689
N6 B 0, 0.124, 0.851, 1.578, 5.924 max_d=5.924 avg_d=0.851 std_dev=0.727
C4' A 0, 0.041, 0.777, 1.514, 7.431 max_d=7.431 avg_d=0.777 std_dev=0.736
O4' B 0, 0.096, 0.837, 1.578, 5.429 max_d=5.429 avg_d=0.837 std_dev=0.741
C2' B 0, -0.264, 0.492, 1.247, 5.733 max_d=5.733 avg_d=0.492 std_dev=0.756
O2' B 0, -0.134, 0.776, 1.686, 7.013 max_d=7.013 avg_d=0.776 std_dev=0.910
O3' A 0, 0.289, 1.206, 2.123, 7.572 max_d=7.572 avg_d=1.206 std_dev=0.917
C5' A 0, -0.101, 0.894, 1.889, 9.035 max_d=9.035 avg_d=0.894 std_dev=0.995
C4' B 0, -0.114, 0.897, 1.907, 7.606 max_d=7.606 avg_d=0.897 std_dev=1.011
C3' B 0, -0.369, 0.665, 1.700, 8.061 max_d=8.061 avg_d=0.665 std_dev=1.034
O5' A 0, -0.175, 0.889, 1.952, 8.594 max_d=8.594 avg_d=0.889 std_dev=1.064
C5' B 0, -0.002, 1.303, 2.609, 9.425 max_d=9.425 avg_d=1.303 std_dev=1.306
O5' B 0, 0.097, 1.473, 2.848, 10.006 max_d=10.006 avg_d=1.473 std_dev=1.375
O3' B 0, -0.589, 0.787, 2.163, 10.268 max_d=10.268 avg_d=0.787 std_dev=1.376
P A 0, -0.344, 1.056, 2.455, 10.733 max_d=10.733 avg_d=1.056 std_dev=1.400
OP2 A 0, -0.186, 1.299, 2.784, 11.080 max_d=11.080 avg_d=1.299 std_dev=1.485
OP1 A 0, -0.237, 1.403, 3.043, 12.571 max_d=12.571 avg_d=1.403 std_dev=1.640
P B 0, 0.182, 1.968, 3.754, 12.244 max_d=12.244 avg_d=1.968 std_dev=1.786
OP1 B 0, 0.237, 2.249, 4.261, 13.037 max_d=13.037 avg_d=2.249 std_dev=2.012
OP2 B 0, 0.327, 2.356, 4.384, 13.097 max_d=13.097 avg_d=2.356 std_dev=2.029

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.17 0.01 0.18 0.03 0.27 0.27 0.18
C2 0.04 0.00 0.24 0.25 0.01 0.16 0.01 0.27 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.23 0.26 0.17 0.38 0.02 0.57 0.47 0.42
C2' 0.01 0.24 0.00 0.01 0.13 0.02 0.08 0.12 0.12 0.12 0.19 0.29 0.24 0.08 0.03 0.00 0.03 0.01 0.30 0.11 0.40 0.39 0.32
C3' 0.02 0.25 0.01 0.00 0.19 0.01 0.23 0.02 0.25 0.23 0.26 0.28 0.23 0.25 0.15 0.02 0.01 0.02 0.24 0.27 0.32 0.23 0.21
C4 0.02 0.01 0.13 0.19 0.00 0.08 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.15 0.14 0.09 0.34 0.02 0.49 0.41 0.35
C4' 0.01 0.16 0.02 0.01 0.08 0.00 0.10 0.01 0.10 0.17 0.12 0.21 0.15 0.15 0.07 0.18 0.03 0.01 0.02 0.12 0.17 0.21 0.08
C5 0.02 0.01 0.08 0.23 0.01 0.10 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.18 0.16 0.05 0.42 0.02 0.59 0.53 0.44
C5' 0.06 0.27 0.12 0.02 0.17 0.01 0.19 0.00 0.22 0.24 0.24 0.33 0.24 0.25 0.12 0.09 0.12 0.02 0.01 0.24 0.20 0.26 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.25 0.01 0.10 0.01 0.22 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.19 0.20 0.08 0.44 0.01 0.66 0.58 0.49
C8 0.02 0.02 0.12 0.23 0.01 0.17 0.01 0.24 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.23 0.18 0.11 0.47 0.03 0.50 0.50 0.43
N1 0.03 0.01 0.19 0.26 0.01 0.12 0.01 0.24 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.23 0.13 0.41 0.01 0.63 0.53 0.46
N2 0.05 0.01 0.29 0.28 0.02 0.21 0.02 0.33 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.29 0.33 0.21 0.42 0.02 0.60 0.50 0.45
N3 0.04 0.01 0.24 0.23 0.01 0.15 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.25 0.17 0.34 0.02 0.50 0.41 0.36
N7 0.01 0.01 0.08 0.25 0.01 0.15 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.23 0.20 0.07 0.50 0.03 0.62 0.62 0.51
N9 0.01 0.02 0.03 0.15 0.01 0.07 0.01 0.12 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.12 0.08 0.02 0.31 0.02 0.39 0.36 0.28
O2' 0.02 0.23 0.00 0.02 0.15 0.18 0.18 0.09 0.19 0.23 0.21 0.29 0.22 0.23 0.12 0.00 0.06 0.12 0.19 0.21 0.35 0.40 0.27
O3' 0.17 0.26 0.03 0.01 0.14 0.03 0.16 0.12 0.20 0.18 0.23 0.33 0.25 0.20 0.08 0.06 0.00 0.12 0.24 0.22 0.42 0.30 0.27
O4' 0.01 0.17 0.01 0.02 0.09 0.01 0.05 0.02 0.08 0.11 0.13 0.21 0.17 0.07 0.02 0.12 0.12 0.00 0.12 0.07 0.19 0.27 0.16
O5' 0.18 0.38 0.30 0.24 0.34 0.02 0.42 0.01 0.44 0.47 0.41 0.42 0.34 0.50 0.31 0.19 0.24 0.12 0.00 0.48 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.11 0.27 0.02 0.12 0.02 0.24 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.21 0.22 0.07 0.48 0.00 0.73 0.67 0.55
OP1 0.27 0.57 0.40 0.32 0.49 0.17 0.59 0.20 0.66 0.50 0.63 0.60 0.50 0.62 0.39 0.35 0.42 0.19 0.02 0.73 0.00 0.02 0.01
OP2 0.27 0.47 0.39 0.23 0.41 0.21 0.53 0.26 0.58 0.50 0.53 0.50 0.41 0.62 0.36 0.40 0.30 0.27 0.02 0.67 0.02 0.00 0.01
P 0.18 0.42 0.32 0.21 0.35 0.08 0.44 0.02 0.49 0.43 0.46 0.45 0.36 0.51 0.28 0.27 0.27 0.16 0.01 0.55 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.50 0.61 0.64 0.70 0.51 0.56 0.65 0.58 0.71 0.65 0.65 0.54 0.85 0.75 0.52 0.69 0.79 0.52 0.72 0.91 0.95 0.83
C2 0.62 0.62 0.58 0.58 0.53 0.70 0.64 0.93 0.56 0.82 0.47 0.58 0.83 0.90 0.63 0.77 0.53 0.75 1.10 1.44 1.50 1.32
C2' 0.48 0.57 0.61 0.71 0.46 0.59 0.61 0.66 0.68 0.64 0.63 0.48 0.84 0.72 0.49 0.64 0.85 0.56 0.81 1.05 1.04 0.96
C3' 0.56 0.54 0.81 0.93 0.45 0.74 0.53 0.75 0.59 0.59 0.57 0.50 0.75 0.63 0.49 0.83 1.13 0.60 0.84 1.03 1.03 0.94
C4 0.38 0.51 0.42 0.49 0.29 0.47 0.46 0.65 0.43 0.63 0.41 0.42 0.62 0.72 0.40 0.55 0.50 0.47 0.84 1.13 1.21 1.02
C4' 0.66 0.62 0.95 1.02 0.51 0.80 0.56 0.74 0.64 0.60 0.63 0.59 0.81 0.63 0.55 1.02 1.23 0.63 0.78 0.90 0.92 0.83
C5 0.48 0.72 0.55 0.61 0.37 0.60 0.33 0.78 0.35 0.62 0.62 0.58 0.42 0.61 0.44 0.67 0.62 0.54 0.95 1.27 1.35 1.13
C5' 0.80 0.61 1.17 1.29 0.52 1.06 0.49 0.97 0.57 0.60 0.59 0.62 0.74 0.56 0.61 1.24 1.57 0.79 0.91 0.97 0.97 0.88
C6 0.58 0.86 0.61 0.62 0.49 0.69 0.42 0.92 0.46 0.71 0.79 0.69 0.47 0.69 0.55 0.78 0.61 0.66 1.08 1.48 1.54 1.31
C8 0.60 0.64 0.79 0.92 0.48 0.76 0.44 0.81 0.47 0.60 0.56 0.61 0.53 0.57 0.52 0.78 0.97 0.62 0.90 1.05 1.12 0.96
N1 0.64 0.79 0.63 0.62 0.53 0.74 0.53 0.97 0.43 0.79 0.64 0.69 0.58 0.82 0.62 0.83 0.60 0.75 1.13 1.52 1.57 1.37
N2 0.81 0.64 0.77 0.78 0.67 0.92 0.77 1.14 0.71 0.95 0.54 0.67 1.01 1.01 0.79 0.95 0.72 0.95 1.29 1.61 1.66 1.50
N3 0.47 0.47 0.42 0.45 0.43 0.54 0.64 0.76 0.63 0.75 0.43 0.42 0.88 0.87 0.53 0.59 0.41 0.61 0.96 1.26 1.33 1.16
N7 0.61 0.76 0.74 0.86 0.51 0.78 0.44 0.91 0.53 0.62 0.71 0.67 0.55 0.55 0.54 0.78 0.88 0.65 1.03 1.27 1.35 1.15
N9 0.43 0.52 0.57 0.66 0.35 0.53 0.49 0.60 0.50 0.60 0.48 0.45 0.64 0.66 0.41 0.62 0.73 0.47 0.75 0.96 1.03 0.87
O2' 0.56 0.73 0.59 0.65 0.60 0.62 0.74 0.71 0.84 0.73 0.81 0.62 1.00 0.82 0.58 0.65 0.77 0.66 0.86 1.17 1.12 1.06
O3' 0.53 0.55 0.74 0.87 0.43 0.71 0.53 0.76 0.61 0.58 0.60 0.48 0.79 0.63 0.46 0.79 1.11 0.59 0.88 1.14 1.11 1.05
O4' 0.65 0.65 0.90 0.93 0.56 0.73 0.62 0.65 0.67 0.65 0.65 0.62 0.81 0.69 0.58 0.94 1.05 0.60 0.73 0.82 0.87 0.76
O5' 0.84 0.56 1.20 1.41 0.53 1.15 0.48 1.09 0.54 0.64 0.56 0.59 0.70 0.56 0.65 1.18 1.68 0.85 1.03 1.07 1.04 0.97
O6 0.68 0.98 0.74 0.75 0.61 0.82 0.55 1.06 0.71 0.76 0.99 0.79 0.73 0.69 0.63 0.90 0.73 0.77 1.20 1.65 1.71 1.46
OP1 0.97 0.53 1.32 1.65 0.54 1.48 0.53 1.49 0.59 0.74 0.59 0.57 0.80 0.65 0.72 1.37 2.08 1.07 1.33 1.47 1.30 1.27
OP2 0.95 0.62 1.21 1.58 0.66 1.41 0.65 1.52 0.65 0.89 0.66 0.64 0.76 0.78 0.82 1.13 1.80 1.07 1.50 1.64 1.53 1.48
P 1.00 0.51 1.34 1.70 0.57 1.49 0.49 1.49 0.50 0.77 0.52 0.58 0.66 0.62 0.77 1.31 2.06 1.11 1.37 1.43 1.31 1.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.14 0.01 0.22 0.34 0.32 0.21
C2 0.04 0.00 0.24 0.28 0.01 0.21 0.01 0.37 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.28 0.32 0.19 0.47 0.70 0.71 0.54
C2' 0.01 0.24 0.00 0.01 0.13 0.02 0.07 0.10 0.12 0.12 0.19 0.24 0.10 0.08 0.03 0.01 0.03 0.01 0.29 0.37 0.35 0.29
C3' 0.02 0.28 0.01 0.00 0.18 0.01 0.20 0.03 0.22 0.25 0.25 0.26 0.23 0.24 0.13 0.02 0.01 0.02 0.26 0.35 0.26 0.22
C4 0.02 0.01 0.13 0.18 0.00 0.10 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.15 0.10 0.40 0.54 0.65 0.42
C4' 0.01 0.21 0.02 0.01 0.10 0.00 0.09 0.01 0.11 0.17 0.16 0.20 0.11 0.15 0.06 0.16 0.03 0.01 0.02 0.23 0.23 0.09
C5 0.01 0.01 0.07 0.20 0.01 0.09 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.16 0.15 0.05 0.49 0.64 0.87 0.55
C5' 0.05 0.37 0.10 0.03 0.19 0.01 0.18 0.00 0.22 0.27 0.30 0.34 0.22 0.25 0.12 0.08 0.11 0.02 0.01 0.23 0.31 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.22 0.01 0.11 0.01 0.22 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.19 0.19 0.09 0.50 0.70 0.92 0.58
C8 0.02 0.02 0.12 0.25 0.01 0.17 0.01 0.27 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.18 0.22 0.12 0.58 0.63 0.88 0.61
N1 0.03 0.01 0.19 0.25 0.01 0.16 0.01 0.30 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.24 0.26 0.15 0.48 0.72 0.82 0.56
N3 0.04 0.01 0.24 0.26 0.01 0.20 0.01 0.34 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.26 0.30 0.19 0.42 0.61 0.60 0.47
N6 0.02 0.02 0.10 0.23 0.01 0.11 0.02 0.22 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.20 0.21 0.07 0.55 0.78 1.06 0.66
N7 0.01 0.01 0.08 0.24 0.01 0.15 0.00 0.25 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.18 0.21 0.07 0.60 0.72 1.04 0.68
N9 0.01 0.02 0.03 0.13 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.10 0.08 0.02 0.38 0.46 0.58 0.37
O2' 0.02 0.28 0.01 0.02 0.16 0.16 0.16 0.08 0.19 0.18 0.24 0.26 0.20 0.18 0.10 0.00 0.07 0.11 0.17 0.35 0.34 0.23
O3' 0.14 0.32 0.03 0.01 0.15 0.03 0.15 0.11 0.19 0.22 0.26 0.30 0.21 0.21 0.08 0.07 0.00 0.10 0.26 0.47 0.35 0.26
O4' 0.01 0.19 0.01 0.02 0.10 0.01 0.05 0.02 0.09 0.12 0.15 0.19 0.07 0.07 0.02 0.11 0.10 0.00 0.18 0.33 0.30 0.20
O5' 0.22 0.47 0.29 0.26 0.40 0.02 0.49 0.01 0.50 0.58 0.48 0.42 0.55 0.60 0.38 0.17 0.26 0.18 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.34 0.70 0.37 0.35 0.54 0.23 0.64 0.23 0.70 0.63 0.72 0.61 0.78 0.72 0.46 0.35 0.47 0.33 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.32 0.71 0.35 0.26 0.65 0.23 0.87 0.31 0.92 0.88 0.82 0.60 1.06 1.04 0.58 0.34 0.35 0.30 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.21 0.54 0.29 0.22 0.42 0.09 0.55 0.02 0.58 0.61 0.56 0.47 0.66 0.68 0.37 0.23 0.26 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00