ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 14692

back

Distances from reference structure (by RMSD)

12, 138, 114, 92, 45, 40, 26, 12, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 2, 9, 0, 2, 4,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.084, 0.175, 0.267, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.175 std_dev=0.091
C5 A 0, 0.100, 0.256, 0.412, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.256 std_dev=0.156
N1 B 0, -0.005, 0.187, 0.378, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.187 std_dev=0.191
N9 A 0, 0.027, 0.254, 0.481, 1.516 max_d=1.516 avg_d=0.254 std_dev=0.227
C6 A 0, 0.097, 0.342, 0.587, 1.456 max_d=1.456 avg_d=0.342 std_dev=0.245
N3 A 0, 0.036, 0.328, 0.620, 1.793 max_d=1.793 avg_d=0.328 std_dev=0.292
C6 B 0, 0.020, 0.328, 0.635, 2.278 max_d=2.278 avg_d=0.328 std_dev=0.307
C2 B 0, 0.000, 0.335, 0.669, 2.578 max_d=2.578 avg_d=0.335 std_dev=0.334
N7 A 0, 0.080, 0.432, 0.784, 2.450 max_d=2.450 avg_d=0.432 std_dev=0.352
C1' A 0, 0.013, 0.377, 0.741, 2.156 max_d=2.156 avg_d=0.377 std_dev=0.364
O6 A 0, 0.131, 0.497, 0.863, 2.096 max_d=2.096 avg_d=0.497 std_dev=0.366
N1 A 0, 0.016, 0.384, 0.751, 2.262 max_d=2.262 avg_d=0.384 std_dev=0.367
C8 A 0, 0.033, 0.409, 0.784, 2.658 max_d=2.658 avg_d=0.409 std_dev=0.375
C5 B 0, 0.019, 0.429, 0.838, 3.296 max_d=3.296 avg_d=0.429 std_dev=0.410
C2 A 0, -0.002, 0.414, 0.829, 2.315 max_d=2.315 avg_d=0.414 std_dev=0.415
C2' A 0, 0.062, 0.488, 0.914, 2.811 max_d=2.811 avg_d=0.488 std_dev=0.426
C4 B 0, 0.014, 0.448, 0.882, 3.322 max_d=3.322 avg_d=0.448 std_dev=0.434
N3 B 0, 0.011, 0.448, 0.886, 3.354 max_d=3.354 avg_d=0.448 std_dev=0.437
C1' B 0, -0.142, 0.329, 0.800, 3.572 max_d=3.572 avg_d=0.329 std_dev=0.471
O4' A 0, -0.070, 0.442, 0.954, 4.572 max_d=4.572 avg_d=0.442 std_dev=0.512
C3' A 0, 0.139, 0.682, 1.224, 3.726 max_d=3.726 avg_d=0.682 std_dev=0.543
O4' B 0, -0.060, 0.492, 1.045, 3.689 max_d=3.689 avg_d=0.492 std_dev=0.553
C4' A 0, -0.014, 0.579, 1.173, 5.201 max_d=5.201 avg_d=0.579 std_dev=0.593
O2 B 0, -0.079, 0.535, 1.149, 4.868 max_d=4.868 avg_d=0.535 std_dev=0.614
O2' A 0, 0.226, 0.878, 1.529, 4.284 max_d=4.284 avg_d=0.878 std_dev=0.651
N2 A 0, -0.020, 0.635, 1.290, 3.768 max_d=3.768 avg_d=0.635 std_dev=0.655
N4 B 0, -0.041, 0.669, 1.379, 5.538 max_d=5.538 avg_d=0.669 std_dev=0.710
C2' B 0, -0.296, 0.432, 1.160, 6.051 max_d=6.051 avg_d=0.432 std_dev=0.728
O3' A 0, 0.259, 0.995, 1.731, 3.916 max_d=3.916 avg_d=0.995 std_dev=0.736
C5' A 0, -0.167, 0.666, 1.500, 7.570 max_d=7.570 avg_d=0.666 std_dev=0.834
C4' B 0, -0.272, 0.627, 1.527, 6.490 max_d=6.490 avg_d=0.627 std_dev=0.900
O5' A 0, -0.256, 0.661, 1.578, 8.770 max_d=8.770 avg_d=0.661 std_dev=0.917
C3' B 0, -0.428, 0.552, 1.532, 7.530 max_d=7.530 avg_d=0.552 std_dev=0.980
O2' B 0, -0.370, 0.666, 1.702, 7.974 max_d=7.974 avg_d=0.666 std_dev=1.036
C5' B 0, -0.201, 0.913, 2.026, 7.574 max_d=7.574 avg_d=0.913 std_dev=1.113
P A 0, -0.504, 0.709, 1.922, 11.270 max_d=11.270 avg_d=0.709 std_dev=1.213
O5' B 0, -0.215, 1.035, 2.286, 8.704 max_d=8.704 avg_d=1.035 std_dev=1.250
OP2 A 0, -0.431, 0.847, 2.125, 11.264 max_d=11.264 avg_d=0.847 std_dev=1.278
O3' B 0, -0.625, 0.706, 2.036, 10.147 max_d=10.147 avg_d=0.706 std_dev=1.330
OP1 A 0, -0.565, 0.847, 2.258, 13.491 max_d=13.491 avg_d=0.847 std_dev=1.411
P B 0, -0.234, 1.444, 3.123, 10.919 max_d=10.919 avg_d=1.444 std_dev=1.679
OP2 B 0, -0.182, 1.730, 3.642, 11.325 max_d=11.325 avg_d=1.730 std_dev=1.912
OP1 B 0, -0.115, 1.868, 3.851, 13.155 max_d=13.155 avg_d=1.868 std_dev=1.983

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.19 0.01 0.17 0.03 0.18 0.29 0.19
C2 0.04 0.00 0.29 0.27 0.01 0.17 0.01 0.32 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.23 0.31 0.22 0.39 0.02 0.47 0.59 0.48
C2' 0.00 0.29 0.00 0.01 0.15 0.02 0.09 0.14 0.14 0.14 0.23 0.34 0.28 0.09 0.03 0.00 0.03 0.01 0.33 0.12 0.39 0.42 0.34
C3' 0.01 0.27 0.01 0.00 0.21 0.01 0.26 0.02 0.28 0.27 0.28 0.30 0.24 0.29 0.17 0.02 0.01 0.02 0.19 0.30 0.30 0.18 0.17
C4 0.02 0.01 0.15 0.21 0.00 0.08 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.18 0.11 0.28 0.02 0.29 0.41 0.31
C4' 0.01 0.17 0.02 0.01 0.08 0.00 0.10 0.01 0.10 0.19 0.13 0.23 0.17 0.17 0.07 0.21 0.03 0.00 0.02 0.12 0.13 0.17 0.05
C5 0.01 0.01 0.09 0.26 0.00 0.10 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.20 0.19 0.06 0.33 0.02 0.33 0.48 0.35
C5' 0.06 0.32 0.14 0.02 0.17 0.01 0.17 0.00 0.20 0.26 0.26 0.41 0.29 0.24 0.11 0.08 0.14 0.02 0.01 0.21 0.14 0.19 0.02
C6 0.02 0.01 0.14 0.28 0.01 0.10 0.01 0.20 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.21 0.23 0.10 0.34 0.01 0.37 0.51 0.39
C8 0.02 0.01 0.14 0.27 0.01 0.19 0.01 0.26 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.28 0.19 0.13 0.42 0.03 0.39 0.53 0.42
N1 0.03 0.01 0.23 0.28 0.01 0.13 0.01 0.26 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.20 0.27 0.17 0.36 0.01 0.42 0.55 0.43
N2 0.05 0.01 0.34 0.30 0.01 0.23 0.02 0.41 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.30 0.39 0.26 0.48 0.02 0.60 0.74 0.61
N3 0.04 0.01 0.28 0.24 0.00 0.17 0.01 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.29 0.22 0.36 0.02 0.41 0.52 0.43
N7 0.01 0.01 0.09 0.29 0.01 0.17 0.00 0.24 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.28 0.22 0.08 0.43 0.03 0.42 0.59 0.46
N9 0.01 0.02 0.03 0.17 0.01 0.07 0.01 0.11 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.14 0.09 0.01 0.25 0.03 0.24 0.36 0.25
O2' 0.02 0.23 0.00 0.02 0.14 0.21 0.20 0.08 0.21 0.28 0.20 0.30 0.22 0.28 0.14 0.00 0.06 0.15 0.23 0.24 0.31 0.44 0.27
O3' 0.19 0.31 0.03 0.01 0.18 0.03 0.19 0.14 0.23 0.19 0.27 0.39 0.29 0.22 0.09 0.06 0.00 0.14 0.23 0.25 0.45 0.29 0.28
O4' 0.01 0.22 0.01 0.02 0.11 0.00 0.06 0.02 0.10 0.13 0.17 0.26 0.22 0.08 0.01 0.15 0.14 0.00 0.11 0.08 0.13 0.26 0.17
O5' 0.17 0.39 0.33 0.19 0.28 0.02 0.33 0.01 0.34 0.42 0.36 0.48 0.36 0.43 0.25 0.23 0.23 0.11 0.00 0.37 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.12 0.30 0.02 0.12 0.02 0.21 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.24 0.25 0.08 0.37 0.00 0.41 0.56 0.43
OP1 0.18 0.47 0.39 0.30 0.29 0.13 0.33 0.14 0.37 0.39 0.42 0.60 0.41 0.42 0.24 0.31 0.45 0.13 0.02 0.41 0.00 0.01 0.01
OP2 0.29 0.59 0.42 0.18 0.41 0.17 0.48 0.19 0.51 0.53 0.55 0.74 0.52 0.59 0.36 0.44 0.29 0.26 0.02 0.56 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.48 0.34 0.17 0.31 0.05 0.35 0.02 0.39 0.42 0.43 0.61 0.43 0.46 0.25 0.27 0.28 0.17 0.01 0.43 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.37 0.53 0.41 0.45 0.58 0.39 0.58 0.46 0.50 0.39 0.61 0.67 0.67 0.50 0.53 0.36 0.56 0.68 0.78 0.65
C2 0.76 0.58 0.79 0.65 0.62 0.72 0.71 0.74 0.71 0.67 0.50 0.76 0.63 1.02 0.64 0.74 0.81 1.05 1.09 0.91
C2' 0.24 0.45 0.29 0.35 0.57 0.30 0.59 0.46 0.48 0.30 0.57 0.70 0.60 0.42 0.48 0.28 0.57 0.76 0.86 0.72
C3' 0.31 0.46 0.39 0.42 0.53 0.33 0.59 0.42 0.48 0.33 0.51 0.64 0.62 0.52 0.61 0.30 0.56 0.73 0.80 0.69
C4 0.34 0.27 0.39 0.34 0.42 0.36 0.50 0.47 0.44 0.30 0.33 0.55 0.38 0.55 0.34 0.36 0.65 0.82 0.97 0.76
C4' 0.43 0.53 0.52 0.54 0.50 0.45 0.57 0.48 0.51 0.40 0.52 0.57 0.73 0.65 0.72 0.41 0.52 0.64 0.69 0.60
C5 0.32 0.35 0.38 0.39 0.27 0.37 0.33 0.53 0.30 0.27 0.35 0.37 0.47 0.51 0.39 0.33 0.77 0.96 1.17 0.92
C5' 0.50 0.50 0.65 0.67 0.47 0.54 0.57 0.46 0.48 0.41 0.46 0.55 0.71 0.83 0.95 0.45 0.46 0.60 0.57 0.49
C6 0.48 0.49 0.51 0.41 0.32 0.45 0.43 0.59 0.44 0.44 0.44 0.36 0.61 0.71 0.39 0.47 0.81 1.05 1.27 0.98
C8 0.45 0.53 0.55 0.68 0.45 0.57 0.40 0.64 0.36 0.42 0.53 0.51 0.64 0.52 0.75 0.44 0.84 0.95 1.08 0.92
N1 0.68 0.59 0.71 0.55 0.50 0.61 0.62 0.66 0.62 0.61 0.49 0.58 0.69 0.96 0.54 0.65 0.79 1.04 1.16 0.92
N2 0.97 0.74 1.01 0.90 0.76 0.97 0.82 0.97 0.84 0.84 0.66 0.92 0.80 1.28 0.92 0.95 0.99 1.26 1.20 1.08
N3 0.61 0.42 0.65 0.54 0.60 0.60 0.68 0.66 0.66 0.55 0.45 0.74 0.44 0.83 0.52 0.62 0.74 0.93 1.01 0.84
N7 0.41 0.50 0.48 0.63 0.43 0.56 0.34 0.71 0.32 0.39 0.53 0.49 0.58 0.45 0.67 0.43 0.95 1.10 1.30 1.08
N9 0.27 0.39 0.36 0.42 0.46 0.34 0.47 0.43 0.38 0.26 0.46 0.56 0.52 0.44 0.48 0.28 0.62 0.74 0.88 0.71
O2' 0.35 0.58 0.35 0.38 0.69 0.35 0.68 0.53 0.57 0.42 0.70 0.82 0.74 0.47 0.45 0.37 0.61 0.82 0.93 0.78
O3' 0.31 0.42 0.39 0.43 0.49 0.38 0.57 0.51 0.48 0.30 0.47 0.61 0.62 0.53 0.62 0.34 0.63 0.85 0.89 0.81
O4' 0.47 0.58 0.54 0.58 0.53 0.50 0.59 0.53 0.55 0.47 0.57 0.58 0.75 0.61 0.68 0.47 0.57 0.63 0.70 0.60
O5' 0.49 0.47 0.68 0.80 0.50 0.60 0.59 0.52 0.47 0.40 0.45 0.60 0.62 0.77 1.10 0.43 0.59 0.76 0.65 0.60
O6 0.52 0.59 0.53 0.47 0.43 0.51 0.43 0.68 0.45 0.48 0.58 0.47 0.72 0.72 0.45 0.51 0.92 1.20 1.47 1.15
OP1 0.57 0.40 0.77 1.00 0.40 0.90 0.48 0.85 0.36 0.36 0.32 0.54 0.60 0.93 1.44 0.60 0.81 1.15 0.84 0.83
OP2 0.51 0.36 0.69 1.03 0.53 0.90 0.58 0.99 0.47 0.39 0.39 0.68 0.44 0.72 1.32 0.59 1.08 1.34 1.17 1.13
P 0.58 0.39 0.79 1.06 0.41 0.90 0.49 0.86 0.39 0.39 0.32 0.54 0.55 0.88 1.46 0.60 0.86 1.08 0.86 0.86

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.08 0.01 0.14 0.39 0.25 0.16
C2 0.02 0.00 0.12 0.15 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.15 0.06 0.29 0.58 0.50 0.30
C2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.06 0.02 0.09 0.05 0.11 0.03 0.10 0.07 0.22 0.00 0.02 0.01 0.20 0.30 0.28 0.20
C3' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.17 0.01 0.19 0.02 0.18 0.11 0.17 0.19 0.20 0.02 0.01 0.02 0.26 0.32 0.23 0.22
C4 0.02 0.01 0.06 0.17 0.00 0.09 0.00 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.17 0.03 0.47 0.76 0.84 0.53
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.09 0.00 0.13 0.01 0.12 0.05 0.06 0.10 0.09 0.10 0.02 0.00 0.02 0.17 0.23 0.07
C5 0.02 0.01 0.09 0.19 0.00 0.13 0.00 0.24 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.20 0.05 0.54 0.81 0.89 0.62
C5' 0.04 0.11 0.05 0.02 0.19 0.01 0.24 0.00 0.21 0.11 0.14 0.21 0.11 0.07 0.07 0.02 0.01 0.18 0.33 0.02
C6 0.01 0.01 0.11 0.18 0.01 0.12 0.00 0.21 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.18 0.07 0.48 0.69 0.69 0.51
N1 0.01 0.01 0.03 0.11 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.08 0.02 0.30 0.54 0.47 0.31
N3 0.02 0.00 0.10 0.17 0.00 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.17 0.05 0.37 0.67 0.67 0.40
N4 0.02 0.01 0.07 0.19 0.00 0.10 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.13 0.20 0.03 0.50 0.83 0.95 0.60
O2 0.04 0.01 0.22 0.20 0.01 0.09 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.20 0.24 0.09 0.23 0.57 0.40 0.25
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.12 0.10 0.13 0.07 0.12 0.07 0.12 0.13 0.20 0.00 0.06 0.08 0.11 0.26 0.27 0.14
O3' 0.08 0.15 0.02 0.01 0.17 0.02 0.20 0.07 0.18 0.08 0.17 0.20 0.24 0.06 0.00 0.05 0.23 0.46 0.30 0.25
O4' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.02 0.07 0.02 0.05 0.03 0.09 0.08 0.05 0.00 0.12 0.38 0.26 0.18
O5' 0.14 0.29 0.20 0.26 0.47 0.02 0.54 0.01 0.48 0.30 0.37 0.50 0.23 0.11 0.23 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.39 0.58 0.30 0.32 0.76 0.17 0.81 0.18 0.69 0.54 0.67 0.83 0.57 0.26 0.46 0.38 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.50 0.28 0.23 0.84 0.23 0.89 0.33 0.69 0.47 0.67 0.95 0.40 0.27 0.30 0.26 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.30 0.20 0.22 0.53 0.07 0.62 0.02 0.51 0.31 0.40 0.60 0.25 0.14 0.25 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00