ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 1478

back

Distances from reference structure (by RMSD)

63, 245, 142, 30, 12, 4, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.026, 0.080, 0.134, 0.428 max_d=0.428 avg_d=0.080 std_dev=0.054
N1 A 0, 0.022, 0.084, 0.146, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.084 std_dev=0.062
N9 B 0, 0.048, 0.135, 0.222, 0.668 max_d=0.668 avg_d=0.135 std_dev=0.087
N3 B 0, 0.047, 0.141, 0.236, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.141 std_dev=0.095
C1' A 0, 0.036, 0.142, 0.249, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.142 std_dev=0.107
C6 A 0, 0.059, 0.175, 0.290, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.175 std_dev=0.115
C4 A 0, 0.053, 0.170, 0.288, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.170 std_dev=0.117
C2 A 0, 0.080, 0.200, 0.319, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.200 std_dev=0.119
C5 B 0, 0.041, 0.164, 0.288, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.164 std_dev=0.123
C1' B 0, 0.067, 0.199, 0.330, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.199 std_dev=0.131
C5 A 0, 0.073, 0.209, 0.346, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.209 std_dev=0.137
N3 A 0, 0.075, 0.214, 0.353, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.214 std_dev=0.139
C2 B 0, 0.069, 0.211, 0.354, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.211 std_dev=0.143
N1 B 0, 0.075, 0.230, 0.385, 1.216 max_d=1.216 avg_d=0.230 std_dev=0.155
C6 B 0, 0.059, 0.222, 0.384, 1.293 max_d=1.293 avg_d=0.222 std_dev=0.163
C8 B 0, 0.066, 0.236, 0.406, 1.622 max_d=1.622 avg_d=0.236 std_dev=0.170
N4 A 0, 0.083, 0.261, 0.438, 1.547 max_d=1.547 avg_d=0.261 std_dev=0.178
N7 B 0, 0.066, 0.257, 0.449, 1.972 max_d=1.972 avg_d=0.257 std_dev=0.191
O2 A 0, 0.133, 0.347, 0.561, 1.445 max_d=1.445 avg_d=0.347 std_dev=0.214
N2 B 0, 0.100, 0.329, 0.558, 1.732 max_d=1.732 avg_d=0.329 std_dev=0.229
O4' A 0, 0.053, 0.286, 0.520, 2.252 max_d=2.252 avg_d=0.286 std_dev=0.234
O6 B 0, 0.076, 0.314, 0.551, 1.792 max_d=1.792 avg_d=0.314 std_dev=0.237
C2' A 0, 0.088, 0.350, 0.612, 2.874 max_d=2.874 avg_d=0.350 std_dev=0.262
C2' B 0, 0.054, 0.359, 0.663, 2.846 max_d=2.846 avg_d=0.359 std_dev=0.305
O4' B 0, 0.053, 0.361, 0.670, 2.557 max_d=2.557 avg_d=0.361 std_dev=0.308
C4' A 0, 0.099, 0.440, 0.782, 3.035 max_d=3.035 avg_d=0.440 std_dev=0.342
C3' A 0, 0.136, 0.513, 0.890, 3.544 max_d=3.544 avg_d=0.513 std_dev=0.377
O2' A 0, 0.104, 0.507, 0.910, 4.436 max_d=4.436 avg_d=0.507 std_dev=0.403
C3' B 0, 0.094, 0.519, 0.944, 4.054 max_d=4.054 avg_d=0.519 std_dev=0.425
C4' B 0, 0.078, 0.508, 0.939, 3.563 max_d=3.563 avg_d=0.508 std_dev=0.430
O2' B 0, 0.074, 0.511, 0.947, 3.449 max_d=3.449 avg_d=0.511 std_dev=0.436
O3' A 0, 0.258, 0.804, 1.349, 3.958 max_d=3.958 avg_d=0.804 std_dev=0.545
C5' A 0, 0.112, 0.671, 1.230, 6.021 max_d=6.021 avg_d=0.671 std_dev=0.559
O3' B 0, 0.159, 0.729, 1.299, 5.445 max_d=5.445 avg_d=0.729 std_dev=0.570
C5' B 0, 0.082, 0.758, 1.434, 5.730 max_d=5.730 avg_d=0.758 std_dev=0.676
O5' A 0, -0.002, 0.785, 1.572, 7.728 max_d=7.728 avg_d=0.785 std_dev=0.787
O5' B 0, 0.058, 0.919, 1.780, 6.691 max_d=6.691 avg_d=0.919 std_dev=0.861
P A 0, -0.059, 1.035, 2.129, 10.679 max_d=10.679 avg_d=1.035 std_dev=1.094
P B 0, 0.057, 1.241, 2.425, 9.150 max_d=9.150 avg_d=1.241 std_dev=1.184
OP1 A 0, -0.010, 1.233, 2.476, 11.001 max_d=11.001 avg_d=1.233 std_dev=1.243
OP1 B 0, 0.097, 1.495, 2.893, 11.251 max_d=11.251 avg_d=1.495 std_dev=1.398
OP2 A 0, -0.208, 1.236, 2.680, 12.350 max_d=12.350 avg_d=1.236 std_dev=1.444
OP2 B 0, 0.015, 1.501, 2.987, 9.817 max_d=9.817 avg_d=1.501 std_dev=1.486

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.11 0.01 0.18 0.24 0.26 0.16
C2 0.02 0.00 0.10 0.13 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.12 0.07 0.32 0.34 0.50 0.31
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.05 0.02 0.08 0.07 0.09 0.03 0.09 0.06 0.18 0.01 0.02 0.01 0.23 0.31 0.26 0.21
C3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.18 0.01 0.20 0.02 0.19 0.11 0.16 0.20 0.16 0.02 0.01 0.02 0.24 0.33 0.20 0.20
C4 0.02 0.01 0.05 0.18 0.00 0.10 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.15 0.04 0.48 0.50 0.83 0.54
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.10 0.00 0.14 0.01 0.13 0.06 0.07 0.11 0.12 0.13 0.03 0.01 0.02 0.19 0.23 0.07
C5 0.02 0.01 0.08 0.20 0.01 0.14 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.16 0.19 0.06 0.54 0.55 0.90 0.61
C5' 0.04 0.14 0.07 0.02 0.18 0.01 0.22 0.00 0.21 0.11 0.16 0.20 0.21 0.07 0.09 0.02 0.01 0.20 0.27 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.19 0.01 0.13 0.01 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.14 0.16 0.08 0.49 0.44 0.70 0.50
N1 0.01 0.01 0.03 0.11 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.08 0.07 0.02 0.33 0.31 0.47 0.31
N3 0.02 0.01 0.09 0.16 0.00 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.13 0.06 0.40 0.41 0.66 0.42
N4 0.02 0.01 0.06 0.20 0.01 0.11 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.15 0.18 0.04 0.51 0.56 0.95 0.60
O2 0.04 0.01 0.18 0.16 0.01 0.12 0.02 0.21 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.16 0.21 0.12 0.28 0.36 0.39 0.28
O2' 0.02 0.11 0.01 0.02 0.14 0.13 0.16 0.07 0.14 0.08 0.13 0.15 0.16 0.00 0.05 0.09 0.12 0.30 0.29 0.18
O3' 0.11 0.12 0.02 0.01 0.15 0.03 0.19 0.09 0.16 0.07 0.13 0.18 0.21 0.05 0.00 0.08 0.24 0.43 0.32 0.25
O4' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.04 0.01 0.06 0.02 0.08 0.02 0.06 0.04 0.12 0.09 0.08 0.00 0.15 0.24 0.27 0.18
O5' 0.18 0.32 0.23 0.24 0.48 0.02 0.54 0.01 0.49 0.33 0.40 0.51 0.28 0.12 0.24 0.15 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.24 0.34 0.31 0.33 0.50 0.19 0.55 0.20 0.44 0.31 0.41 0.56 0.36 0.30 0.43 0.24 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.50 0.26 0.20 0.83 0.23 0.90 0.27 0.70 0.47 0.66 0.95 0.39 0.29 0.32 0.27 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.31 0.21 0.20 0.54 0.07 0.61 0.02 0.50 0.31 0.42 0.60 0.28 0.18 0.25 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.21 0.19 0.31 0.35 0.20 0.27 0.23 0.39 0.27 0.21 0.23 0.22 0.19 0.25 0.19 0.34 0.40 0.26 0.54 0.34 0.84 0.73 0.62
C2 0.16 0.16 0.26 0.30 0.17 0.22 0.22 0.34 0.27 0.20 0.21 0.23 0.16 0.24 0.16 0.29 0.33 0.22 0.53 0.35 0.80 0.73 0.60
C2' 0.32 0.28 0.42 0.44 0.28 0.38 0.29 0.46 0.31 0.29 0.29 0.31 0.29 0.30 0.29 0.45 0.48 0.36 0.55 0.36 0.82 0.70 0.60
C3' 0.34 0.29 0.42 0.43 0.30 0.39 0.31 0.47 0.31 0.32 0.29 0.31 0.30 0.32 0.31 0.45 0.48 0.38 0.56 0.36 0.82 0.72 0.61
C4 0.19 0.24 0.24 0.29 0.18 0.22 0.20 0.34 0.20 0.20 0.20 0.33 0.22 0.23 0.18 0.28 0.32 0.22 0.56 0.28 0.83 0.84 0.64
C4' 0.24 0.22 0.34 0.38 0.22 0.31 0.24 0.41 0.26 0.23 0.23 0.25 0.23 0.25 0.22 0.38 0.44 0.30 0.54 0.32 0.85 0.74 0.62
C5 0.18 0.22 0.24 0.29 0.18 0.23 0.19 0.35 0.20 0.20 0.18 0.30 0.20 0.23 0.18 0.27 0.33 0.23 0.56 0.27 0.86 0.86 0.66
C5' 0.33 0.30 0.40 0.43 0.30 0.38 0.29 0.46 0.29 0.30 0.28 0.34 0.31 0.31 0.31 0.44 0.49 0.37 0.59 0.33 0.88 0.80 0.66
C6 0.16 0.17 0.24 0.29 0.15 0.22 0.18 0.35 0.20 0.18 0.16 0.25 0.17 0.22 0.15 0.27 0.34 0.21 0.55 0.28 0.85 0.81 0.63
N1 0.16 0.16 0.26 0.30 0.16 0.23 0.20 0.35 0.24 0.19 0.18 0.22 0.16 0.23 0.16 0.29 0.35 0.22 0.53 0.32 0.83 0.75 0.61
N3 0.16 0.20 0.24 0.28 0.16 0.21 0.20 0.32 0.23 0.19 0.17 0.30 0.18 0.23 0.16 0.27 0.31 0.20 0.53 0.33 0.80 0.77 0.60
N4 0.25 0.32 0.28 0.32 0.25 0.27 0.25 0.37 0.25 0.25 0.29 0.38 0.29 0.27 0.25 0.31 0.35 0.27 0.60 0.28 0.86 0.91 0.68
O2 0.21 0.22 0.31 0.33 0.23 0.27 0.28 0.37 0.33 0.25 0.30 0.23 0.21 0.29 0.22 0.34 0.37 0.26 0.53 0.39 0.80 0.70 0.60
O2' 0.34 0.31 0.45 0.46 0.31 0.41 0.33 0.49 0.36 0.32 0.33 0.32 0.31 0.34 0.32 0.49 0.53 0.39 0.57 0.41 0.85 0.71 0.64
O3' 0.41 0.32 0.49 0.50 0.35 0.47 0.34 0.53 0.34 0.36 0.31 0.34 0.35 0.36 0.37 0.53 0.56 0.45 0.58 0.37 0.82 0.72 0.63
O4' 0.21 0.20 0.31 0.35 0.20 0.28 0.23 0.39 0.25 0.22 0.22 0.23 0.20 0.25 0.20 0.35 0.42 0.27 0.56 0.32 0.87 0.77 0.65
O5' 0.43 0.40 0.47 0.50 0.42 0.47 0.45 0.55 0.46 0.46 0.42 0.41 0.41 0.48 0.43 0.49 0.53 0.47 0.67 0.52 0.92 0.89 0.74
OP1 0.58 0.51 0.62 0.64 0.53 0.62 0.53 0.68 0.52 0.56 0.49 0.53 0.54 0.56 0.55 0.66 0.70 0.61 0.76 0.55 0.99 0.97 0.82
OP2 0.65 0.59 0.64 0.67 0.67 0.68 0.74 0.77 0.75 0.75 0.66 0.55 0.61 0.80 0.68 0.63 0.65 0.70 0.92 0.85 1.10 1.18 0.99
P 0.49 0.43 0.51 0.53 0.46 0.52 0.49 0.59 0.49 0.51 0.44 0.44 0.45 0.52 0.48 0.54 0.56 0.52 0.72 0.55 0.95 0.96 0.79

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.09 0.01 0.20 0.02 0.31 0.32 0.19
C2 0.04 0.00 0.20 0.23 0.01 0.15 0.01 0.26 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.20 0.25 0.15 0.43 0.02 0.65 0.57 0.46
C2' 0.01 0.20 0.00 0.01 0.11 0.02 0.07 0.08 0.10 0.10 0.16 0.24 0.20 0.07 0.03 0.00 0.02 0.01 0.23 0.09 0.35 0.33 0.23
C3' 0.02 0.23 0.01 0.00 0.15 0.01 0.16 0.03 0.19 0.18 0.21 0.27 0.21 0.18 0.10 0.02 0.01 0.02 0.30 0.19 0.39 0.31 0.26
C4 0.02 0.01 0.11 0.15 0.00 0.08 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.11 0.13 0.08 0.42 0.01 0.55 0.55 0.41
C4' 0.01 0.15 0.02 0.01 0.08 0.00 0.09 0.01 0.10 0.13 0.12 0.18 0.14 0.12 0.06 0.12 0.03 0.00 0.02 0.11 0.22 0.30 0.10
C5 0.01 0.01 0.07 0.16 0.00 0.09 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.11 0.15 0.04 0.51 0.01 0.66 0.74 0.54
C5' 0.05 0.26 0.08 0.03 0.18 0.01 0.21 0.00 0.23 0.23 0.25 0.30 0.23 0.24 0.14 0.07 0.09 0.02 0.01 0.25 0.23 0.33 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.19 0.01 0.10 0.01 0.23 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.13 0.18 0.07 0.53 0.01 0.73 0.79 0.58
C8 0.01 0.02 0.10 0.18 0.01 0.13 0.01 0.23 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.14 0.18 0.09 0.54 0.02 0.58 0.72 0.54
N1 0.03 0.01 0.16 0.21 0.01 0.12 0.01 0.25 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.22 0.11 0.49 0.01 0.70 0.69 0.53
N2 0.05 0.01 0.24 0.27 0.02 0.18 0.02 0.30 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.26 0.32 0.18 0.43 0.02 0.68 0.56 0.48
N3 0.04 0.01 0.20 0.21 0.01 0.14 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.23 0.14 0.38 0.02 0.56 0.49 0.39
N7 0.01 0.01 0.07 0.18 0.01 0.12 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.14 0.18 0.05 0.59 0.02 0.70 0.87 0.63
N9 0.01 0.02 0.03 0.10 0.01 0.06 0.01 0.14 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.07 0.08 0.01 0.39 0.02 0.45 0.49 0.36
O2' 0.02 0.20 0.00 0.02 0.11 0.12 0.11 0.07 0.13 0.14 0.17 0.26 0.19 0.14 0.07 0.00 0.05 0.09 0.10 0.13 0.32 0.38 0.20
O3' 0.09 0.25 0.02 0.01 0.13 0.03 0.15 0.09 0.18 0.18 0.22 0.32 0.23 0.18 0.08 0.05 0.00 0.08 0.29 0.20 0.48 0.41 0.30
O4' 0.01 0.15 0.01 0.02 0.08 0.00 0.04 0.02 0.07 0.09 0.11 0.18 0.14 0.05 0.01 0.09 0.08 0.00 0.18 0.06 0.28 0.35 0.21
O5' 0.20 0.43 0.23 0.30 0.42 0.02 0.51 0.01 0.53 0.54 0.49 0.43 0.38 0.59 0.39 0.10 0.29 0.18 0.00 0.57 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.09 0.19 0.01 0.11 0.01 0.25 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.13 0.20 0.06 0.57 0.00 0.80 0.91 0.65
OP1 0.31 0.65 0.35 0.39 0.55 0.22 0.66 0.23 0.73 0.58 0.70 0.68 0.56 0.70 0.45 0.32 0.48 0.28 0.02 0.80 0.00 0.01 0.01
OP2 0.32 0.57 0.33 0.31 0.55 0.30 0.74 0.33 0.79 0.72 0.69 0.56 0.49 0.87 0.49 0.38 0.41 0.35 0.02 0.91 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.46 0.23 0.26 0.41 0.10 0.54 0.02 0.58 0.54 0.53 0.48 0.39 0.63 0.36 0.20 0.30 0.21 0.01 0.65 0.01 0.01 0.00