ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 1479

back

Distances from reference structure (by RMSD)

7, 64, 23, 20, 61, 49, 48, 49, 26, 9, 37, 56, 42, 9, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.166, 0.287, 0.407, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.287 std_dev=0.120
N9 B 0, 0.201, 0.361, 0.521, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.361 std_dev=0.160
N1 A 0, 0.177, 0.340, 0.504, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.340 std_dev=0.163
C6 A 0, 0.235, 0.419, 0.603, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.419 std_dev=0.184
C5 B 0, 0.181, 0.498, 0.815, 1.275 max_d=1.275 avg_d=0.498 std_dev=0.317
N3 B 0, 0.307, 0.627, 0.946, 1.297 max_d=1.297 avg_d=0.627 std_dev=0.319
C5 A 0, 0.342, 0.673, 1.004, 1.569 max_d=1.569 avg_d=0.673 std_dev=0.331
O4' A 0, 0.555, 0.904, 1.253, 2.584 max_d=2.584 avg_d=0.904 std_dev=0.349
C8 B 0, 0.217, 0.583, 0.949, 1.768 max_d=1.768 avg_d=0.583 std_dev=0.366
C1' B 0, 0.347, 0.716, 1.084, 2.114 max_d=2.114 avg_d=0.716 std_dev=0.368
C2' B 0, 0.403, 0.783, 1.163, 2.636 max_d=2.636 avg_d=0.783 std_dev=0.380
C2 A 0, 0.262, 0.660, 1.058, 1.797 max_d=1.797 avg_d=0.660 std_dev=0.398
C1' A 0, 0.086, 0.501, 0.916, 2.190 max_d=2.190 avg_d=0.501 std_dev=0.415
N7 B 0, 0.214, 0.656, 1.099, 1.685 max_d=1.685 avg_d=0.656 std_dev=0.442
C2 B 0, 0.410, 0.904, 1.397, 1.823 max_d=1.823 avg_d=0.904 std_dev=0.494
C4 A 0, 0.248, 0.760, 1.271, 2.005 max_d=2.005 avg_d=0.760 std_dev=0.511
N3 A 0, 0.305, 0.820, 1.334, 2.131 max_d=2.131 avg_d=0.820 std_dev=0.515
C6 B 0, 0.313, 0.843, 1.372, 1.922 max_d=1.922 avg_d=0.843 std_dev=0.530
C4' A 0, 0.800, 1.383, 1.965, 3.529 max_d=3.529 avg_d=1.383 std_dev=0.582
N1 B 0, 0.419, 1.003, 1.587, 2.118 max_d=2.118 avg_d=1.003 std_dev=0.584
C3' A 0, 0.794, 1.385, 1.976, 3.550 max_d=3.550 avg_d=1.385 std_dev=0.591
O2 A 0, 0.366, 0.966, 1.567, 2.967 max_d=2.967 avg_d=0.966 std_dev=0.600
C2' A 0, 0.466, 1.073, 1.680, 3.213 max_d=3.213 avg_d=1.073 std_dev=0.607
C3' B 0, 0.511, 1.128, 1.744, 3.387 max_d=3.387 avg_d=1.128 std_dev=0.616
O5' A 0, 0.968, 1.586, 2.204, 5.154 max_d=5.154 avg_d=1.586 std_dev=0.618
O4' B 0, 0.538, 1.171, 1.804, 3.688 max_d=3.688 avg_d=1.171 std_dev=0.633
O2' B 0, 0.578, 1.254, 1.931, 3.338 max_d=3.338 avg_d=1.254 std_dev=0.676
C5' A 0, 1.292, 1.970, 2.648, 4.135 max_d=4.135 avg_d=1.970 std_dev=0.678
C4' B 0, 0.739, 1.447, 2.154, 4.277 max_d=4.277 avg_d=1.447 std_dev=0.708
N6 B 0, 0.402, 1.170, 1.938, 2.731 max_d=2.731 avg_d=1.170 std_dev=0.768
N4 A 0, 0.289, 1.066, 1.844, 3.217 max_d=3.217 avg_d=1.066 std_dev=0.778
O5' B 0, 1.224, 2.032, 2.839, 6.114 max_d=6.114 avg_d=2.032 std_dev=0.807
O3' A 0, 1.073, 1.928, 2.783, 4.824 max_d=4.824 avg_d=1.928 std_dev=0.855
C5' B 0, 1.045, 1.917, 2.788, 5.930 max_d=5.930 avg_d=1.917 std_dev=0.871
O2' A 0, 0.405, 1.307, 2.209, 4.276 max_d=4.276 avg_d=1.307 std_dev=0.902
O3' B 0, 0.540, 1.456, 2.373, 4.762 max_d=4.762 avg_d=1.456 std_dev=0.916
P A 0, 1.093, 2.172, 3.251, 6.236 max_d=6.236 avg_d=2.172 std_dev=1.079
P B 0, 1.434, 2.549, 3.665, 7.686 max_d=7.686 avg_d=2.549 std_dev=1.116
OP2 B 0, 1.258, 2.437, 3.615, 8.903 max_d=8.903 avg_d=2.437 std_dev=1.179
OP1 A 0, 1.398, 2.612, 3.826, 7.762 max_d=7.762 avg_d=2.612 std_dev=1.214
OP2 A 0, 0.742, 2.170, 3.598, 5.804 max_d=5.804 avg_d=2.170 std_dev=1.428
OP1 B 0, 1.628, 3.166, 4.705, 9.642 max_d=9.642 avg_d=3.166 std_dev=1.538

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.08 0.01 0.10 0.15 0.18 0.11
C2 0.02 0.00 0.09 0.11 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.11 0.11 0.04 0.17 0.19 0.27 0.17
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.02 0.08 0.05 0.09 0.03 0.07 0.06 0.16 0.01 0.02 0.01 0.14 0.23 0.21 0.15
C3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.15 0.01 0.17 0.02 0.16 0.09 0.13 0.16 0.13 0.02 0.01 0.02 0.15 0.25 0.21 0.16
C4 0.02 0.01 0.05 0.15 0.00 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.14 0.04 0.25 0.29 0.42 0.28
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.08 0.00 0.10 0.01 0.10 0.05 0.05 0.09 0.05 0.10 0.02 0.01 0.02 0.14 0.14 0.07
C5 0.02 0.01 0.08 0.17 0.01 0.10 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.18 0.05 0.28 0.32 0.44 0.31
C5' 0.03 0.08 0.05 0.02 0.14 0.01 0.17 0.00 0.14 0.08 0.11 0.16 0.06 0.07 0.07 0.02 0.01 0.11 0.13 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.16 0.01 0.10 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.16 0.05 0.25 0.25 0.33 0.24
N1 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.07 0.06 0.02 0.17 0.18 0.24 0.16
N3 0.02 0.01 0.07 0.13 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.12 0.04 0.21 0.23 0.35 0.22
N4 0.02 0.02 0.06 0.16 0.01 0.09 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.13 0.16 0.04 0.27 0.33 0.48 0.32
O2 0.04 0.01 0.16 0.13 0.02 0.05 0.02 0.06 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.17 0.19 0.07 0.14 0.18 0.24 0.13
O2' 0.02 0.11 0.01 0.02 0.12 0.10 0.12 0.07 0.10 0.07 0.12 0.13 0.17 0.00 0.06 0.08 0.10 0.24 0.22 0.14
O3' 0.08 0.11 0.02 0.01 0.14 0.02 0.18 0.07 0.16 0.06 0.12 0.16 0.19 0.06 0.00 0.05 0.18 0.38 0.31 0.25
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.04 0.04 0.07 0.08 0.05 0.00 0.09 0.15 0.20 0.14
O5' 0.10 0.17 0.14 0.15 0.25 0.02 0.28 0.01 0.25 0.17 0.21 0.27 0.14 0.10 0.18 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.15 0.19 0.23 0.25 0.29 0.14 0.32 0.11 0.25 0.18 0.23 0.33 0.18 0.24 0.38 0.15 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.27 0.21 0.21 0.42 0.14 0.44 0.13 0.33 0.24 0.35 0.48 0.24 0.22 0.31 0.20 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.17 0.15 0.16 0.28 0.07 0.31 0.02 0.24 0.16 0.22 0.32 0.13 0.14 0.25 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.52 0.63 0.52 0.49 0.63 0.48 0.95 0.55 1.15 0.82 0.91 0.58 1.60 1.08 0.59 0.73 0.56 0.53 0.78 0.97 1.28 1.03
C2 0.58 0.77 0.65 0.46 0.49 0.45 0.72 0.37 0.94 0.59 0.72 0.76 1.51 0.88 0.43 1.02 0.67 0.52 0.56 0.78 1.12 0.85
C2' 0.76 0.86 0.83 0.76 0.85 0.72 1.10 0.71 1.30 0.96 1.12 0.80 1.67 1.17 0.80 0.94 0.78 0.73 0.84 0.97 1.23 1.03
C3' 0.82 0.76 0.86 0.77 0.76 0.77 0.90 0.71 1.03 0.84 0.87 0.79 1.36 0.98 0.76 1.02 0.81 0.79 0.76 0.89 1.09 0.93
C4 1.05 1.56 1.12 0.84 0.97 0.80 0.59 0.53 0.65 0.45 1.17 1.44 0.64 0.39 0.82 1.48 1.03 0.88 0.44 0.53 0.80 0.55
C4' 0.63 0.64 0.63 0.60 0.65 0.59 0.85 0.61 0.99 0.77 0.80 0.63 1.35 0.96 0.63 0.78 0.64 0.63 0.77 0.95 1.20 0.98
C5 0.95 1.34 0.99 0.73 0.85 0.72 0.51 0.47 0.54 0.41 0.97 1.26 0.53 0.35 0.73 1.35 0.91 0.81 0.42 0.54 0.81 0.56
C5' 0.64 0.58 0.61 0.53 0.53 0.56 0.63 0.52 0.71 0.60 0.56 0.63 1.03 0.74 0.54 0.84 0.61 0.63 0.65 0.84 1.07 0.87
C6 0.71 0.93 0.73 0.51 0.55 0.52 0.39 0.34 0.47 0.35 0.59 0.91 0.83 0.49 0.48 1.10 0.70 0.62 0.42 0.64 0.93 0.67
N1 0.55 0.68 0.58 0.42 0.46 0.43 0.64 0.37 0.81 0.55 0.61 0.69 1.30 0.80 0.42 0.94 0.61 0.51 0.56 0.78 1.10 0.84
N3 0.85 1.26 0.94 0.68 0.70 0.63 0.49 0.40 0.64 0.39 0.83 1.19 1.12 0.58 0.59 1.32 0.90 0.70 0.42 0.61 0.94 0.66
N4 1.36 2.03 1.44 1.15 1.39 1.08 1.02 0.79 1.14 0.78 1.76 1.84 0.74 0.64 1.19 1.75 1.31 1.15 0.66 0.56 0.76 0.57
O2 0.50 0.73 0.54 0.46 0.68 0.45 1.14 0.53 1.45 0.92 1.17 0.62 2.01 1.27 0.61 0.84 0.60 0.52 0.79 0.98 1.34 1.07
O2' 0.89 1.18 0.97 0.94 1.14 0.86 1.44 0.92 1.67 1.24 1.54 1.02 2.00 1.48 1.05 0.93 0.89 0.86 1.10 1.21 1.47 1.27
O3' 1.01 0.91 1.07 0.99 0.95 0.98 1.06 0.93 1.18 1.01 1.04 0.94 1.46 1.12 0.96 1.17 1.00 0.98 0.94 1.04 1.16 1.06
O4' 0.50 0.57 0.47 0.46 0.56 0.47 0.83 0.55 0.99 0.75 0.76 0.54 1.39 0.97 0.54 0.70 0.55 0.53 0.79 1.00 1.29 1.04
O5' 0.79 0.77 0.74 0.58 0.60 0.66 0.48 0.52 0.48 0.50 0.51 0.83 0.72 0.53 0.60 1.05 0.70 0.76 0.56 0.71 0.92 0.74
OP1 1.01 0.90 0.92 0.75 0.78 0.88 0.58 0.72 0.50 0.65 0.62 0.99 0.55 0.57 0.81 1.23 0.83 1.00 0.66 0.78 0.89 0.80
OP2 1.18 1.25 1.09 0.87 1.00 0.98 0.72 0.79 0.66 0.74 0.95 1.27 0.46 0.60 0.97 1.42 0.97 1.12 0.70 0.74 0.84 0.78
P 0.92 0.93 0.84 0.64 0.72 0.75 0.48 0.58 0.42 0.53 0.62 0.98 0.46 0.45 0.71 1.18 0.76 0.89 0.56 0.70 0.87 0.73

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.17 0.01 0.20 0.21 0.31 0.22
C2 0.04 0.00 0.24 0.26 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.25 0.11 0.31 0.33 0.55 0.40
C2' 0.01 0.24 0.00 0.01 0.13 0.02 0.08 0.14 0.12 0.13 0.19 0.24 0.10 0.09 0.03 0.00 0.02 0.01 0.33 0.35 0.42 0.34
C3' 0.01 0.26 0.01 0.00 0.21 0.01 0.24 0.03 0.27 0.19 0.28 0.23 0.28 0.23 0.15 0.03 0.01 0.02 0.21 0.26 0.16 0.17
C4 0.02 0.01 0.13 0.21 0.00 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.15 0.06 0.32 0.33 0.53 0.39
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.09 0.11 0.08 0.07 0.10 0.11 0.06 0.20 0.02 0.00 0.02 0.15 0.15 0.07
C5 0.01 0.01 0.08 0.24 0.01 0.09 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.17 0.04 0.38 0.43 0.65 0.49
C5' 0.07 0.13 0.14 0.03 0.13 0.01 0.18 0.00 0.18 0.19 0.16 0.12 0.20 0.21 0.13 0.08 0.14 0.02 0.01 0.15 0.21 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.27 0.01 0.09 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.21 0.06 0.39 0.46 0.70 0.51
C8 0.02 0.01 0.13 0.19 0.01 0.11 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.22 0.15 0.07 0.39 0.42 0.59 0.46
N1 0.03 0.01 0.19 0.28 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.24 0.09 0.35 0.41 0.64 0.47
N3 0.04 0.01 0.24 0.23 0.00 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.23 0.11 0.27 0.28 0.48 0.34
N6 0.02 0.01 0.10 0.28 0.01 0.10 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.22 0.23 0.06 0.42 0.53 0.77 0.57
N7 0.01 0.01 0.09 0.23 0.01 0.11 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.24 0.18 0.05 0.42 0.49 0.71 0.54
N9 0.01 0.01 0.03 0.15 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.13 0.08 0.02 0.30 0.30 0.46 0.34
O2' 0.02 0.16 0.00 0.03 0.13 0.20 0.19 0.08 0.19 0.22 0.16 0.14 0.22 0.24 0.13 0.00 0.05 0.14 0.21 0.29 0.43 0.27
O3' 0.17 0.25 0.02 0.01 0.15 0.02 0.17 0.14 0.21 0.15 0.24 0.23 0.23 0.18 0.08 0.05 0.00 0.14 0.24 0.42 0.26 0.25
O4' 0.01 0.11 0.01 0.02 0.06 0.00 0.04 0.02 0.06 0.07 0.09 0.11 0.06 0.05 0.02 0.14 0.14 0.00 0.11 0.20 0.21 0.14
O5' 0.20 0.31 0.33 0.21 0.32 0.02 0.38 0.01 0.39 0.39 0.35 0.27 0.42 0.42 0.30 0.21 0.24 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.21 0.33 0.35 0.26 0.33 0.15 0.43 0.15 0.46 0.42 0.41 0.28 0.53 0.49 0.30 0.29 0.42 0.20 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.31 0.55 0.42 0.16 0.53 0.15 0.65 0.21 0.70 0.59 0.64 0.48 0.77 0.71 0.46 0.43 0.26 0.21 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.40 0.34 0.17 0.39 0.07 0.49 0.02 0.51 0.46 0.47 0.34 0.57 0.54 0.34 0.27 0.25 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00